# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.014 0.692 0.009 0.016 0.024 0.002 0.001 0.031 0.094 0.022 0.025 0.064 2 E 0.009 0.013 0.563 0.010 0.034 0.053 0.004 0.001 0.045 0.081 0.022 0.087 0.079 3 V 0.017 0.027 0.241 0.013 0.104 0.139 0.012 0.005 0.064 0.038 0.047 0.035 0.257 4 I 0.021 0.022 0.284 0.031 0.078 0.158 0.012 0.007 0.075 0.048 0.050 0.114 0.098 5 E 0.015 0.012 0.401 0.014 0.068 0.130 0.004 0.003 0.058 0.074 0.048 0.060 0.114 6 S 0.006 0.011 0.314 0.013 0.081 0.200 0.002 0.001 0.032 0.090 0.137 0.029 0.084 7 K 0.007 0.017 0.205 0.018 0.105 0.235 0.003 0.001 0.019 0.094 0.210 0.039 0.048 8 W 0.011 0.028 0.225 0.011 0.135 0.198 0.003 0.001 0.016 0.119 0.144 0.043 0.065 9 Y 0.009 0.025 0.373 0.008 0.090 0.138 0.003 0.001 0.019 0.098 0.119 0.044 0.074 10 K 0.005 0.028 0.339 0.008 0.090 0.155 0.002 0.001 0.019 0.114 0.165 0.023 0.049 11 K 0.003 0.019 0.347 0.006 0.131 0.069 0.001 0.001 0.008 0.177 0.197 0.022 0.018 12 D 0.001 0.014 0.316 0.002 0.077 0.032 0.001 0.001 0.006 0.254 0.270 0.012 0.015 13 G 0.001 0.026 0.415 0.001 0.044 0.033 0.001 0.001 0.005 0.180 0.279 0.005 0.012 14 A 0.001 0.065 0.550 0.001 0.017 0.041 0.001 0.001 0.006 0.249 0.059 0.007 0.004 15 S 0.001 0.005 0.832 0.001 0.007 0.021 0.001 0.001 0.002 0.115 0.008 0.002 0.007 16 S 0.001 0.001 0.036 0.001 0.112 0.782 0.001 0.001 0.001 0.016 0.052 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.076 0.872 0.001 0.001 0.001 0.011 0.026 0.001 0.001 18 S 0.001 0.001 0.010 0.001 0.050 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 19 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 20 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 23 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.013 0.611 0.001 0.001 0.001 0.010 0.353 0.001 0.001 27 N 0.001 0.002 0.109 0.001 0.019 0.127 0.001 0.001 0.002 0.044 0.693 0.002 0.003 28 T 0.001 0.008 0.520 0.001 0.011 0.045 0.001 0.001 0.006 0.276 0.114 0.014 0.007 29 T 0.001 0.017 0.765 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.008 0.139 0.036 0.002 0.013 30 L 0.001 0.013 0.853 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.007 0.101 0.004 0.004 0.002 31 P 0.001 0.002 0.587 0.001 0.036 0.310 0.001 0.001 0.002 0.040 0.019 0.001 0.003 32 K 0.001 0.001 0.013 0.001 0.105 0.827 0.001 0.001 0.001 0.012 0.041 0.001 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.039 0.001 0.084 0.847 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.001 0.004 34 Y 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 35 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 36 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 37 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.004 39 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.002 0.002 40 W 0.003 0.002 0.014 0.001 0.020 0.863 0.001 0.001 0.001 0.011 0.067 0.005 0.013 41 S 0.009 0.006 0.102 0.008 0.028 0.455 0.001 0.001 0.003 0.075 0.260 0.029 0.022 42 N 0.004 0.005 0.167 0.005 0.016 0.082 0.001 0.001 0.006 0.138 0.541 0.022 0.015 43 G 0.004 0.007 0.417 0.007 0.017 0.029 0.001 0.001 0.007 0.144 0.321 0.014 0.032 44 G 0.013 0.018 0.498 0.015 0.019 0.023 0.003 0.002 0.029 0.146 0.093 0.092 0.049 45 E 0.040 0.036 0.362 0.016 0.026 0.019 0.009 0.003 0.031 0.101 0.064 0.082 0.212 46 G 0.056 0.042 0.295 0.028 0.024 0.015 0.014 0.004 0.031 0.078 0.050 0.149 0.215 47 K 0.041 0.024 0.296 0.015 0.012 0.009 0.011 0.003 0.030 0.058 0.035 0.217 0.248 48 L 0.018 0.034 0.311 0.018 0.017 0.006 0.008 0.004 0.028 0.094 0.085 0.060 0.316 49 G 0.004 0.005 0.405 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.008 0.200 0.227 0.086 0.036 50 D 0.002 0.003 0.084 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.324 0.542 0.007 0.014 51 N 0.003 0.011 0.107 0.012 0.009 0.002 0.001 0.001 0.003 0.417 0.391 0.031 0.011 52 Y 0.064 0.033 0.350 0.019 0.011 0.007 0.026 0.004 0.037 0.090 0.037 0.048 0.274 53 I 0.346 0.019 0.076 0.018 0.004 0.006 0.082 0.027 0.081 0.010 0.004 0.207 0.119 54 Y 0.323 0.009 0.028 0.012 0.002 0.009 0.154 0.031 0.041 0.005 0.004 0.154 0.228 55 I 0.291 0.012 0.066 0.046 0.005 0.022 0.125 0.029 0.038 0.016 0.009 0.124 0.218 56 W 0.166 0.014 0.183 0.035 0.009 0.046 0.026 0.012 0.058 0.098 0.023 0.234 0.095 57 A 0.035 0.013 0.456 0.005 0.019 0.079 0.003 0.002 0.027 0.111 0.036 0.033 0.180 58 I 0.007 0.006 0.142 0.009 0.092 0.581 0.001 0.001 0.005 0.052 0.072 0.011 0.022 59 E 0.003 0.002 0.034 0.007 0.098 0.706 0.001 0.001 0.002 0.038 0.100 0.004 0.006 60 D 0.004 0.002 0.035 0.002 0.161 0.702 0.001 0.001 0.002 0.022 0.054 0.003 0.015 61 V 0.002 0.001 0.018 0.001 0.042 0.890 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.001 0.007 62 I 0.001 0.002 0.010 0.001 0.037 0.898 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 0.004 0.005 63 A 0.005 0.003 0.016 0.001 0.037 0.853 0.001 0.001 0.002 0.012 0.049 0.005 0.016 64 Y 0.005 0.004 0.039 0.003 0.019 0.802 0.001 0.001 0.002 0.024 0.075 0.008 0.017 65 N 0.004 0.004 0.203 0.005 0.034 0.501 0.001 0.001 0.003 0.062 0.150 0.012 0.021 66 H 0.001 0.002 0.079 0.003 0.064 0.591 0.001 0.001 0.002 0.035 0.213 0.003 0.007 67 D 0.002 0.005 0.085 0.003 0.068 0.547 0.001 0.001 0.003 0.048 0.221 0.007 0.011 68 Y 0.005 0.014 0.160 0.005 0.055 0.474 0.001 0.001 0.006 0.097 0.143 0.011 0.029 69 G 0.007 0.012 0.324 0.003 0.029 0.323 0.001 0.001 0.013 0.108 0.097 0.053 0.029 70 I 0.005 0.018 0.225 0.003 0.048 0.468 0.001 0.001 0.012 0.047 0.077 0.007 0.088 71 Q 0.004 0.010 0.175 0.012 0.092 0.502 0.001 0.001 0.007 0.055 0.084 0.035 0.023 72 K 0.003 0.005 0.073 0.005 0.176 0.503 0.001 0.001 0.006 0.052 0.128 0.008 0.039 73 Y 0.005 0.011 0.111 0.005 0.165 0.430 0.001 0.001 0.008 0.055 0.161 0.016 0.033 74 L 0.007 0.033 0.357 0.008 0.112 0.191 0.001 0.001 0.018 0.098 0.089 0.031 0.054 75 Q 0.004 0.008 0.537 0.009 0.100 0.105 0.001 0.001 0.011 0.069 0.093 0.023 0.041 76 K 0.003 0.006 0.147 0.048 0.200 0.083 0.001 0.001 0.020 0.088 0.376 0.008 0.020 77 E 0.005 0.004 0.155 0.044 0.057 0.032 0.003 0.002 0.028 0.223 0.404 0.027 0.015 78 Y 0.036 0.008 0.433 0.018 0.022 0.010 0.025 0.055 0.171 0.081 0.026 0.012 0.102 79 W 0.068 0.007 0.098 0.008 0.002 0.003 0.066 0.200 0.413 0.022 0.003 0.089 0.020 80 A 0.069 0.004 0.031 0.006 0.001 0.001 0.072 0.391 0.359 0.005 0.002 0.015 0.042 81 F 0.041 0.007 0.071 0.047 0.002 0.002 0.163 0.350 0.218 0.014 0.006 0.037 0.041 82 G 0.072 0.007 0.131 0.019 0.004 0.002 0.043 0.171 0.410 0.030 0.009 0.047 0.056 83 M 0.024 0.015 0.323 0.011 0.011 0.005 0.019 0.049 0.200 0.094 0.070 0.032 0.148 84 D 0.006 0.012 0.318 0.018 0.013 0.002 0.003 0.004 0.027 0.227 0.274 0.053 0.042 85 G 0.002 0.003 0.085 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.346 0.522 0.011 0.014 86 D 0.004 0.003 0.076 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.396 0.476 0.018 0.013 87 I 0.065 0.013 0.220 0.021 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.244 0.178 0.059 0.186 88 G 0.460 0.004 0.066 0.011 0.001 0.001 0.010 0.001 0.007 0.008 0.009 0.110 0.313 89 Y 0.779 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.034 0.001 0.003 0.001 0.001 0.080 0.094 90 I 0.799 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.054 91 L 0.827 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.083 92 H 0.642 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.156 0.179 93 L 0.154 0.005 0.038 0.011 0.002 0.001 0.008 0.001 0.004 0.009 0.014 0.069 0.684 94 S 0.048 0.004 0.088 0.052 0.010 0.002 0.002 0.001 0.004 0.088 0.397 0.233 0.071 95 D 0.003 0.002 0.016 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.785 0.013 0.011 96 N 0.003 0.010 0.078 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.490 0.384 0.013 0.012 97 S 0.008 0.031 0.408 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.006 0.277 0.072 0.116 0.060 98 I 0.060 0.035 0.280 0.029 0.007 0.002 0.007 0.001 0.021 0.059 0.023 0.041 0.437 99 Y 0.110 0.011 0.137 0.099 0.003 0.003 0.021 0.003 0.030 0.027 0.011 0.444 0.101 100 R 0.273 0.007 0.060 0.024 0.002 0.002 0.065 0.010 0.035 0.010 0.005 0.112 0.396 101 V 0.310 0.009 0.075 0.022 0.002 0.002 0.087 0.025 0.049 0.011 0.002 0.210 0.195 102 D 0.175 0.009 0.117 0.025 0.005 0.006 0.074 0.026 0.105 0.017 0.008 0.249 0.185 103 L 0.104 0.019 0.179 0.041 0.037 0.016 0.043 0.017 0.064 0.056 0.065 0.073 0.286 104 G 0.039 0.015 0.273 0.047 0.023 0.017 0.009 0.004 0.045 0.168 0.159 0.142 0.058 105 D 0.016 0.024 0.409 0.006 0.031 0.015 0.002 0.001 0.023 0.242 0.077 0.047 0.107 106 L 0.005 0.051 0.425 0.006 0.029 0.030 0.001 0.001 0.013 0.226 0.122 0.028 0.063 107 D 0.002 0.018 0.630 0.006 0.025 0.026 0.001 0.001 0.006 0.150 0.070 0.036 0.031 108 I 0.002 0.012 0.165 0.009 0.170 0.107 0.001 0.001 0.003 0.119 0.378 0.004 0.031 109 T 0.002 0.007 0.162 0.014 0.074 0.087 0.001 0.001 0.005 0.164 0.453 0.019 0.012 110 S 0.008 0.021 0.272 0.010 0.121 0.158 0.002 0.001 0.013 0.167 0.138 0.027 0.063 111 I 0.020 0.048 0.313 0.018 0.050 0.140 0.010 0.003 0.033 0.096 0.087 0.032 0.152 112 K 0.036 0.026 0.206 0.022 0.046 0.158 0.019 0.006 0.051 0.069 0.046 0.246 0.067 113 Y 0.062 0.028 0.159 0.009 0.072 0.152 0.031 0.023 0.065 0.051 0.079 0.057 0.210 114 I 0.029 0.034 0.326 0.016 0.034 0.134 0.015 0.013 0.050 0.091 0.114 0.054 0.089 115 A 0.004 0.009 0.570 0.005 0.029 0.098 0.001 0.001 0.016 0.166 0.056 0.029 0.016 116 P 0.001 0.010 0.283 0.002 0.080 0.205 0.001 0.001 0.009 0.256 0.141 0.005 0.009 117 S 0.001 0.015 0.342 0.001 0.076 0.222 0.001 0.001 0.004 0.173 0.154 0.004 0.008 118 F 0.001 0.003 0.081 0.001 0.082 0.747 0.001 0.001 0.001 0.031 0.050 0.001 0.003 119 D 0.001 0.001 0.010 0.001 0.026 0.933 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 0.001 0.001 120 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 121 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 122 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 123 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.001 0.001 124 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.905 0.001 0.001 0.001 0.002 0.078 0.001 0.002 125 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.010 0.900 0.001 0.001 0.001 0.007 0.064 0.001 0.004 126 I 0.001 0.002 0.029 0.001 0.016 0.831 0.001 0.001 0.003 0.012 0.089 0.003 0.011 127 Y 0.002 0.003 0.069 0.002 0.024 0.781 0.001 0.001 0.008 0.024 0.063 0.012 0.011 128 L 0.004 0.009 0.120 0.004 0.034 0.576 0.001 0.002 0.020 0.071 0.104 0.012 0.041 129 N 0.003 0.007 0.283 0.005 0.028 0.342 0.001 0.001 0.021 0.093 0.146 0.036 0.034 130 F 0.004 0.013 0.243 0.006 0.061 0.329 0.001 0.001 0.018 0.090 0.174 0.012 0.050 131 N 0.004 0.010 0.345 0.009 0.052 0.246 0.001 0.001 0.011 0.121 0.135 0.039 0.027 132 K 0.004 0.007 0.280 0.006 0.092 0.325 0.001 0.001 0.011 0.076 0.115 0.016 0.066 133 L 0.006 0.012 0.168 0.010 0.107 0.443 0.001 0.001 0.008 0.050 0.114 0.018 0.062 134 Q 0.013 0.016 0.163 0.013 0.086 0.412 0.002 0.001 0.012 0.063 0.094 0.058 0.066 135 N 0.017 0.017 0.228 0.007 0.089 0.307 0.002 0.001 0.012 0.052 0.068 0.051 0.148 136 V 0.008 0.024 0.226 0.010 0.076 0.317 0.002 0.001 0.009 0.049 0.134 0.033 0.109 137 A 0.007 0.013 0.237 0.013 0.073 0.218 0.002 0.001 0.009 0.082 0.249 0.054 0.043 138 N 0.003 0.010 0.141 0.008 0.095 0.139 0.001 0.001 0.005 0.131 0.430 0.016 0.022 139 N 0.001 0.007 0.136 0.005 0.051 0.054 0.001 0.001 0.003 0.152 0.569 0.010 0.011 140 N 0.003 0.020 0.327 0.007 0.052 0.048 0.001 0.001 0.006 0.201 0.279 0.025 0.030 141 L 0.009 0.052 0.470 0.006 0.030 0.043 0.003 0.001 0.017 0.162 0.084 0.050 0.073 142 T 0.015 0.050 0.524 0.010 0.012 0.029 0.003 0.002 0.026 0.124 0.051 0.060 0.093 143 T 0.008 0.018 0.646 0.010 0.014 0.019 0.001 0.001 0.012 0.119 0.030 0.066 0.057