# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.071 0.042 0.252 0.282 0.003 0.068 0.008 0.006 0.007 0.003 0.031 0.040 0.153 0.002 0.008 0.023 2 E 0.026 0.069 0.183 0.358 0.005 0.090 0.006 0.004 0.004 0.003 0.031 0.035 0.162 0.002 0.003 0.019 3 V 0.013 0.045 0.072 0.535 0.012 0.086 0.006 0.003 0.003 0.001 0.051 0.029 0.126 0.003 0.001 0.012 4 I 0.006 0.068 0.126 0.475 0.009 0.058 0.010 0.010 0.002 0.001 0.028 0.061 0.129 0.003 0.007 0.007 5 E 0.004 0.044 0.063 0.262 0.012 0.229 0.018 0.010 0.006 0.003 0.036 0.039 0.247 0.005 0.006 0.016 6 S 0.014 0.028 0.028 0.174 0.009 0.119 0.009 0.016 0.006 0.002 0.233 0.042 0.297 0.007 0.006 0.010 7 K 0.016 0.103 0.051 0.145 0.008 0.063 0.012 0.012 0.012 0.003 0.122 0.207 0.197 0.015 0.015 0.021 8 W 0.017 0.060 0.121 0.161 0.005 0.029 0.022 0.006 0.008 0.002 0.037 0.092 0.359 0.009 0.026 0.045 9 Y 0.016 0.023 0.235 0.107 0.020 0.053 0.052 0.008 0.004 0.002 0.020 0.022 0.359 0.020 0.013 0.047 10 K 0.018 0.041 0.090 0.117 0.025 0.106 0.021 0.041 0.007 0.004 0.057 0.030 0.361 0.019 0.030 0.035 11 K 0.003 0.012 0.010 0.013 0.199 0.017 0.170 0.004 0.006 0.003 0.018 0.012 0.017 0.502 0.004 0.010 12 D 0.024 0.014 0.020 0.028 0.001 0.005 0.003 0.234 0.002 0.001 0.017 0.013 0.021 0.001 0.606 0.010 13 G 0.006 0.012 0.046 0.018 0.001 0.026 0.001 0.001 0.210 0.043 0.004 0.008 0.017 0.001 0.001 0.606 14 A 0.765 0.057 0.063 0.071 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.013 0.001 0.001 0.006 15 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 16 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 17 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.001 0.001 0.001 18 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.974 0.001 0.001 0.004 19 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 20 D 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.072 0.915 0.001 0.003 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.002 22 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 23 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.952 0.001 0.002 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.002 0.892 0.003 27 N 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.972 28 T 0.977 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.003 29 T 0.002 0.026 0.928 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.010 30 L 0.028 0.027 0.031 0.324 0.013 0.402 0.005 0.005 0.001 0.008 0.054 0.025 0.071 0.001 0.001 0.005 31 P 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.737 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.049 0.061 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.833 0.121 0.036 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.919 0.074 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 35 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.990 0.001 0.001 0.001 36 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 37 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.002 39 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.012 0.002 0.006 40 W 0.002 0.006 0.018 0.017 0.010 0.006 0.022 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.557 0.274 0.019 0.060 41 S 0.004 0.005 0.015 0.004 0.040 0.008 0.212 0.006 0.002 0.002 0.008 0.003 0.090 0.533 0.043 0.027 42 N 0.007 0.016 0.019 0.005 0.053 0.010 0.159 0.118 0.003 0.004 0.016 0.005 0.046 0.152 0.366 0.020 43 G 0.038 0.066 0.048 0.058 0.003 0.007 0.007 0.096 0.146 0.032 0.016 0.010 0.017 0.003 0.115 0.337 44 G 0.356 0.008 0.039 0.025 0.020 0.020 0.072 0.002 0.116 0.182 0.018 0.030 0.034 0.031 0.003 0.044 45 E 0.143 0.081 0.412 0.116 0.010 0.018 0.004 0.107 0.002 0.001 0.019 0.012 0.035 0.002 0.033 0.004 46 G 0.010 0.038 0.096 0.547 0.014 0.058 0.004 0.008 0.053 0.084 0.014 0.020 0.020 0.001 0.002 0.032 47 K 0.042 0.021 0.051 0.119 0.498 0.063 0.103 0.005 0.004 0.003 0.028 0.015 0.016 0.027 0.001 0.004 48 L 0.007 0.060 0.053 0.173 0.057 0.056 0.019 0.467 0.003 0.002 0.041 0.020 0.011 0.003 0.024 0.003 49 G 0.008 0.035 0.026 0.057 0.041 0.107 0.046 0.042 0.224 0.256 0.048 0.048 0.020 0.010 0.009 0.023 50 D 0.213 0.124 0.029 0.080 0.005 0.064 0.006 0.079 0.038 0.013 0.204 0.064 0.049 0.002 0.022 0.009 51 N 0.076 0.248 0.149 0.159 0.002 0.034 0.003 0.009 0.074 0.017 0.052 0.123 0.022 0.002 0.004 0.028 52 Y 0.197 0.028 0.432 0.194 0.002 0.048 0.004 0.002 0.006 0.001 0.017 0.031 0.023 0.001 0.002 0.012 53 I 0.010 0.049 0.538 0.358 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.014 0.001 0.001 0.005 54 Y 0.005 0.013 0.068 0.826 0.011 0.044 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.004 55 I 0.005 0.025 0.066 0.545 0.074 0.211 0.008 0.015 0.002 0.001 0.016 0.005 0.021 0.003 0.001 0.002 56 W 0.002 0.164 0.034 0.701 0.004 0.026 0.001 0.030 0.003 0.003 0.011 0.010 0.007 0.001 0.002 0.003 57 A 0.007 0.007 0.007 0.045 0.007 0.824 0.002 0.002 0.006 0.014 0.019 0.032 0.025 0.001 0.001 0.003 58 I 0.004 0.005 0.003 0.006 0.005 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 0.894 0.012 0.030 0.002 0.001 0.001 59 E 0.001 0.229 0.005 0.019 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.017 0.682 0.027 0.001 0.007 0.002 60 D 0.003 0.004 0.022 0.011 0.001 0.032 0.010 0.001 0.004 0.001 0.009 0.057 0.788 0.002 0.008 0.049 61 V 0.008 0.002 0.030 0.003 0.001 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.115 0.021 0.778 0.005 0.003 0.012 62 I 0.003 0.060 0.022 0.033 0.001 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.010 0.150 0.668 0.005 0.021 0.011 63 A 0.002 0.005 0.032 0.044 0.003 0.009 0.037 0.001 0.002 0.001 0.006 0.006 0.729 0.041 0.006 0.079 64 Y 0.013 0.009 0.080 0.033 0.001 0.012 0.011 0.005 0.001 0.001 0.012 0.016 0.745 0.011 0.030 0.023 65 N 0.002 0.005 0.010 0.008 0.001 0.133 0.010 0.002 0.002 0.003 0.017 0.021 0.760 0.005 0.007 0.014 66 H 0.006 0.011 0.003 0.009 0.002 0.022 0.004 0.006 0.001 0.001 0.259 0.022 0.631 0.011 0.006 0.007 67 D 0.003 0.029 0.008 0.005 0.010 0.010 0.072 0.002 0.003 0.001 0.033 0.288 0.148 0.364 0.010 0.012 68 Y 0.006 0.006 0.083 0.012 0.001 0.002 0.008 0.011 0.001 0.001 0.016 0.035 0.334 0.001 0.461 0.023 69 G 0.003 0.002 0.042 0.009 0.001 0.018 0.005 0.001 0.007 0.013 0.011 0.017 0.642 0.002 0.001 0.226 70 I 0.035 0.004 0.004 0.010 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.067 0.022 0.839 0.004 0.001 0.002 71 Q 0.001 0.009 0.004 0.007 0.001 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.187 0.728 0.002 0.002 0.002 72 K 0.001 0.002 0.003 0.010 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.042 0.024 0.901 0.002 0.004 0.004 73 Y 0.001 0.007 0.013 0.013 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.009 0.083 0.815 0.008 0.006 0.025 74 L 0.002 0.003 0.047 0.011 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.852 0.007 0.013 0.021 75 Q 0.004 0.007 0.051 0.015 0.008 0.067 0.053 0.006 0.002 0.001 0.010 0.005 0.622 0.083 0.010 0.055 76 K 0.022 0.042 0.018 0.033 0.001 0.040 0.008 0.056 0.007 0.001 0.186 0.021 0.391 0.019 0.131 0.021 77 E 0.022 0.401 0.078 0.118 0.001 0.005 0.004 0.003 0.063 0.002 0.012 0.090 0.043 0.003 0.017 0.138 78 Y 0.274 0.006 0.537 0.121 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.003 0.025 79 W 0.006 0.010 0.849 0.109 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 80 A 0.002 0.028 0.025 0.861 0.054 0.019 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 81 F 0.001 0.023 0.026 0.876 0.018 0.020 0.001 0.023 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 82 G 0.004 0.022 0.060 0.553 0.081 0.193 0.003 0.023 0.019 0.019 0.009 0.004 0.005 0.001 0.001 0.004 83 M 0.022 0.070 0.014 0.190 0.415 0.136 0.015 0.027 0.007 0.009 0.072 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 84 D 0.009 0.127 0.023 0.101 0.199 0.099 0.026 0.252 0.014 0.009 0.062 0.046 0.005 0.008 0.017 0.002 85 G 0.019 0.105 0.054 0.129 0.028 0.056 0.018 0.198 0.109 0.063 0.074 0.042 0.014 0.004 0.055 0.034 86 D 0.134 0.075 0.050 0.056 0.011 0.077 0.034 0.028 0.163 0.115 0.090 0.075 0.034 0.009 0.012 0.036 87 I 0.169 0.270 0.171 0.161 0.001 0.023 0.003 0.038 0.022 0.004 0.035 0.041 0.026 0.001 0.023 0.012 88 G 0.061 0.067 0.368 0.405 0.001 0.022 0.001 0.001 0.020 0.002 0.005 0.012 0.004 0.001 0.001 0.030 89 Y 0.053 0.014 0.480 0.435 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 90 I 0.001 0.013 0.132 0.828 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.001 0.017 0.015 0.962 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 H 0.001 0.004 0.007 0.464 0.025 0.492 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.005 0.026 0.006 0.094 0.220 0.144 0.002 0.014 0.001 0.001 0.479 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 94 S 0.001 0.200 0.004 0.041 0.345 0.044 0.017 0.091 0.004 0.003 0.041 0.188 0.001 0.016 0.005 0.001 95 D 0.003 0.041 0.021 0.022 0.009 0.020 0.024 0.254 0.022 0.014 0.036 0.022 0.017 0.006 0.474 0.016 96 N 0.034 0.083 0.089 0.026 0.001 0.012 0.004 0.021 0.260 0.030 0.027 0.029 0.020 0.002 0.020 0.342 97 S 0.785 0.023 0.087 0.036 0.001 0.006 0.002 0.001 0.014 0.001 0.003 0.006 0.004 0.001 0.002 0.029 98 I 0.053 0.014 0.776 0.043 0.001 0.096 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 99 Y 0.004 0.230 0.150 0.598 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 100 R 0.003 0.006 0.017 0.961 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 V 0.002 0.006 0.225 0.737 0.010 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 D 0.001 0.006 0.005 0.254 0.443 0.269 0.004 0.005 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.003 0.079 0.004 0.278 0.031 0.081 0.001 0.285 0.003 0.001 0.214 0.008 0.003 0.001 0.007 0.001 104 G 0.004 0.125 0.010 0.183 0.014 0.059 0.003 0.025 0.151 0.151 0.041 0.216 0.004 0.001 0.003 0.010 105 D 0.268 0.076 0.094 0.083 0.018 0.191 0.014 0.014 0.023 0.006 0.056 0.057 0.059 0.003 0.015 0.023 106 L 0.033 0.171 0.325 0.143 0.004 0.027 0.005 0.015 0.008 0.004 0.132 0.053 0.044 0.001 0.006 0.029 107 D 0.039 0.032 0.061 0.032 0.009 0.575 0.011 0.003 0.006 0.006 0.022 0.132 0.056 0.004 0.003 0.011 108 I 0.007 0.014 0.025 0.018 0.004 0.036 0.006 0.007 0.001 0.001 0.736 0.021 0.111 0.005 0.005 0.004 109 T 0.002 0.226 0.015 0.034 0.001 0.011 0.003 0.008 0.006 0.001 0.020 0.604 0.046 0.001 0.014 0.008 110 S 0.025 0.032 0.196 0.134 0.001 0.016 0.016 0.001 0.014 0.001 0.017 0.034 0.338 0.004 0.010 0.160 111 I 0.059 0.009 0.479 0.080 0.001 0.084 0.007 0.001 0.001 0.001 0.017 0.018 0.220 0.003 0.004 0.018 112 K 0.007 0.115 0.198 0.290 0.001 0.029 0.004 0.002 0.001 0.001 0.008 0.024 0.302 0.002 0.003 0.012 113 Y 0.005 0.012 0.028 0.639 0.019 0.045 0.015 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.189 0.011 0.002 0.011 114 I 0.008 0.065 0.185 0.466 0.003 0.031 0.007 0.024 0.001 0.001 0.013 0.026 0.141 0.002 0.012 0.015 115 A 0.004 0.011 0.023 0.156 0.020 0.542 0.021 0.005 0.007 0.010 0.014 0.011 0.156 0.004 0.005 0.011 116 P 0.021 0.360 0.088 0.251 0.003 0.020 0.002 0.026 0.001 0.001 0.110 0.019 0.081 0.001 0.004 0.012 117 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.041 0.029 0.001 0.001 0.001 118 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 119 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.027 0.001 0.002 0.001 120 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.002 0.004 121 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.002 122 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.004 0.001 0.001 123 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.004 0.002 0.004 124 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.003 0.006 125 A 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.954 0.006 0.002 0.018 126 I 0.002 0.003 0.023 0.005 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.909 0.012 0.010 0.015 127 Y 0.002 0.005 0.020 0.014 0.003 0.016 0.041 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.751 0.082 0.009 0.040 128 L 0.008 0.016 0.034 0.026 0.001 0.012 0.015 0.007 0.001 0.001 0.038 0.025 0.715 0.009 0.067 0.026 129 N 0.008 0.027 0.038 0.028 0.004 0.089 0.026 0.003 0.010 0.005 0.032 0.076 0.524 0.014 0.010 0.105 130 F 0.041 0.019 0.044 0.026 0.007 0.039 0.036 0.006 0.002 0.001 0.131 0.046 0.522 0.044 0.017 0.019 131 N 0.009 0.088 0.083 0.031 0.001 0.050 0.009 0.013 0.004 0.002 0.053 0.211 0.370 0.006 0.039 0.031 132 K 0.015 0.019 0.047 0.039 0.002 0.041 0.011 0.002 0.009 0.002 0.104 0.067 0.536 0.007 0.008 0.093 133 L 0.038 0.024 0.088 0.032 0.003 0.037 0.029 0.002 0.002 0.001 0.072 0.130 0.480 0.028 0.013 0.020 134 Q 0.005 0.093 0.099 0.067 0.001 0.021 0.007 0.005 0.002 0.001 0.021 0.091 0.519 0.002 0.038 0.028 135 N 0.008 0.010 0.046 0.094 0.002 0.092 0.010 0.001 0.006 0.002 0.020 0.029 0.614 0.003 0.003 0.060 136 V 0.029 0.017 0.061 0.037 0.015 0.047 0.029 0.003 0.001 0.001 0.184 0.044 0.478 0.038 0.005 0.013 137 A 0.004 0.099 0.047 0.051 0.016 0.050 0.041 0.039 0.003 0.001 0.055 0.174 0.286 0.051 0.061 0.022 138 N 0.006 0.023 0.045 0.025 0.018 0.036 0.126 0.021 0.013 0.007 0.041 0.030 0.301 0.134 0.101 0.072 139 N 0.054 0.034 0.067 0.021 0.001 0.022 0.011 0.037 0.015 0.005 0.082 0.046 0.307 0.011 0.191 0.098 140 N 0.079 0.063 0.131 0.058 0.002 0.026 0.009 0.003 0.057 0.007 0.029 0.068 0.138 0.007 0.013 0.310 141 L 0.233 0.027 0.350 0.073 0.005 0.044 0.021 0.003 0.003 0.001 0.022 0.027 0.123 0.007 0.014 0.045 142 T 0.011 0.134 0.406 0.100 0.023 0.107 0.043 0.009 0.003 0.003 0.011 0.022 0.085 0.014 0.007 0.021 143 T 0.019 0.087 0.081 0.408 0.020 0.098 0.019 0.044 0.008 0.003 0.074 0.014 0.083 0.006 0.019 0.017