# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.193 0.002 0.016 0.037 0.035 0.078 0.007 0.001 0.052 0.506 2 E 0.036 0.145 0.004 0.035 0.063 0.085 0.078 0.007 0.001 0.106 0.439 3 V 0.034 0.132 0.007 0.025 0.048 0.055 0.102 0.006 0.002 0.103 0.485 4 I 0.099 0.214 0.011 0.027 0.051 0.050 0.072 0.012 0.004 0.068 0.393 5 E 0.177 0.254 0.004 0.016 0.022 0.028 0.054 0.011 0.003 0.048 0.382 6 S 0.130 0.251 0.003 0.016 0.022 0.035 0.047 0.010 0.002 0.050 0.433 7 K 0.075 0.204 0.003 0.018 0.025 0.034 0.091 0.007 0.002 0.066 0.475 8 W 0.081 0.131 0.007 0.023 0.027 0.052 0.110 0.011 0.003 0.106 0.450 9 Y 0.121 0.038 0.006 0.022 0.029 0.034 0.083 0.009 0.003 0.114 0.542 10 K 0.160 0.042 0.003 0.021 0.023 0.028 0.135 0.008 0.002 0.053 0.525 11 K 0.059 0.009 0.001 0.015 0.011 0.015 0.095 0.004 0.001 0.074 0.717 12 D 0.051 0.009 0.001 0.021 0.010 0.012 0.109 0.003 0.001 0.112 0.673 13 G 0.024 0.021 0.001 0.038 0.008 0.009 0.140 0.002 0.001 0.051 0.705 14 A 0.015 0.011 0.001 0.017 0.005 0.007 0.134 0.003 0.001 0.210 0.598 15 S 0.126 0.406 0.002 0.016 0.007 0.006 0.062 0.011 0.001 0.122 0.241 16 S 0.217 0.568 0.001 0.007 0.002 0.002 0.019 0.005 0.001 0.057 0.121 17 A 0.030 0.680 0.003 0.006 0.003 0.003 0.018 0.005 0.001 0.077 0.174 18 S 0.017 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.009 0.033 19 I 0.010 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.014 20 D 0.008 0.932 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.028 0.017 21 D 0.006 0.954 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 0.012 22 V 0.065 0.693 0.051 0.003 0.004 0.003 0.008 0.009 0.012 0.100 0.053 23 E 0.173 0.238 0.101 0.007 0.006 0.010 0.055 0.016 0.049 0.160 0.186 24 K 0.293 0.071 0.014 0.009 0.005 0.012 0.057 0.010 0.012 0.083 0.434 25 L 0.041 0.009 0.003 0.010 0.008 0.006 0.062 0.004 0.002 0.054 0.802 26 L 0.033 0.014 0.004 0.028 0.010 0.016 0.144 0.004 0.002 0.045 0.701 27 N 0.030 0.004 0.001 0.021 0.008 0.020 0.091 0.004 0.001 0.039 0.781 28 T 0.015 0.013 0.001 0.047 0.018 0.014 0.167 0.001 0.001 0.023 0.702 29 T 0.008 0.035 0.001 0.076 0.011 0.016 0.153 0.001 0.001 0.039 0.660 30 L 0.026 0.174 0.003 0.029 0.010 0.012 0.085 0.009 0.002 0.069 0.581 31 P 0.165 0.626 0.001 0.009 0.003 0.003 0.015 0.008 0.001 0.036 0.133 32 K 0.130 0.250 0.001 0.015 0.004 0.005 0.030 0.006 0.001 0.335 0.222 33 Q 0.013 0.541 0.004 0.011 0.003 0.004 0.047 0.003 0.002 0.131 0.240 34 Y 0.030 0.866 0.004 0.003 0.001 0.002 0.008 0.004 0.002 0.026 0.054 35 K 0.038 0.849 0.004 0.002 0.004 0.003 0.007 0.008 0.002 0.028 0.055 36 S 0.027 0.723 0.003 0.003 0.007 0.011 0.023 0.006 0.002 0.091 0.104 37 F 0.046 0.314 0.012 0.015 0.021 0.022 0.048 0.007 0.004 0.392 0.120 38 L 0.045 0.117 0.044 0.049 0.034 0.033 0.077 0.008 0.014 0.394 0.184 39 L 0.084 0.040 0.056 0.048 0.032 0.042 0.086 0.010 0.023 0.183 0.397 40 W 0.142 0.013 0.009 0.026 0.026 0.033 0.084 0.013 0.006 0.062 0.587 41 S 0.138 0.009 0.002 0.022 0.012 0.014 0.112 0.007 0.002 0.047 0.637 42 N 0.055 0.007 0.001 0.031 0.013 0.019 0.160 0.004 0.001 0.036 0.673 43 G 0.032 0.009 0.001 0.029 0.014 0.027 0.120 0.003 0.001 0.027 0.738 44 G 0.048 0.008 0.001 0.050 0.043 0.069 0.132 0.005 0.001 0.043 0.600 45 E 0.028 0.005 0.001 0.061 0.066 0.078 0.117 0.002 0.001 0.039 0.604 46 G 0.030 0.004 0.001 0.072 0.072 0.109 0.120 0.002 0.001 0.051 0.538 47 K 0.040 0.003 0.002 0.046 0.053 0.074 0.143 0.002 0.001 0.049 0.587 48 L 0.106 0.005 0.002 0.020 0.027 0.033 0.093 0.003 0.001 0.032 0.679 49 G 0.194 0.007 0.001 0.013 0.016 0.025 0.102 0.003 0.001 0.025 0.614 50 D 0.018 0.005 0.001 0.018 0.024 0.038 0.136 0.001 0.001 0.023 0.737 51 N 0.012 0.008 0.001 0.053 0.081 0.254 0.134 0.001 0.001 0.032 0.424 52 Y 0.008 0.008 0.001 0.082 0.174 0.292 0.089 0.001 0.001 0.027 0.318 53 I 0.006 0.007 0.001 0.103 0.338 0.270 0.062 0.001 0.001 0.024 0.188 54 Y 0.025 0.019 0.001 0.075 0.205 0.384 0.050 0.003 0.001 0.023 0.216 55 I 0.065 0.065 0.001 0.114 0.183 0.144 0.058 0.004 0.001 0.036 0.329 56 W 0.029 0.076 0.004 0.096 0.141 0.169 0.104 0.005 0.002 0.042 0.333 57 A 0.062 0.506 0.003 0.014 0.018 0.031 0.055 0.010 0.001 0.020 0.280 58 I 0.169 0.688 0.002 0.005 0.006 0.006 0.013 0.017 0.001 0.017 0.077 59 E 0.051 0.719 0.004 0.006 0.009 0.007 0.024 0.008 0.002 0.040 0.132 60 D 0.037 0.748 0.006 0.006 0.004 0.008 0.015 0.008 0.002 0.044 0.123 61 V 0.133 0.361 0.018 0.012 0.016 0.015 0.038 0.031 0.008 0.168 0.202 62 I 0.086 0.336 0.023 0.019 0.020 0.020 0.064 0.014 0.013 0.113 0.294 63 A 0.072 0.315 0.009 0.012 0.015 0.016 0.049 0.011 0.005 0.060 0.438 64 Y 0.089 0.262 0.013 0.011 0.018 0.013 0.057 0.019 0.007 0.073 0.438 65 N 0.186 0.244 0.015 0.010 0.010 0.015 0.069 0.018 0.011 0.087 0.334 66 H 0.130 0.242 0.005 0.009 0.008 0.012 0.076 0.012 0.003 0.041 0.462 67 D 0.054 0.299 0.004 0.016 0.011 0.013 0.073 0.010 0.002 0.050 0.468 68 Y 0.040 0.328 0.009 0.027 0.023 0.025 0.069 0.009 0.004 0.062 0.403 69 G 0.071 0.357 0.012 0.016 0.017 0.027 0.056 0.015 0.005 0.063 0.361 70 I 0.195 0.268 0.017 0.013 0.017 0.018 0.048 0.032 0.007 0.055 0.330 71 Q 0.324 0.148 0.008 0.017 0.017 0.021 0.051 0.019 0.005 0.047 0.344 72 K 0.087 0.049 0.006 0.025 0.016 0.027 0.077 0.007 0.004 0.057 0.645 73 Y 0.016 0.018 0.020 0.025 0.023 0.024 0.147 0.004 0.006 0.043 0.674 74 L 0.127 0.027 0.029 0.016 0.017 0.029 0.136 0.023 0.012 0.054 0.530 75 Q 0.548 0.011 0.004 0.011 0.009 0.012 0.075 0.014 0.002 0.034 0.279 76 K 0.038 0.007 0.001 0.037 0.013 0.015 0.171 0.002 0.001 0.029 0.687 77 E 0.006 0.008 0.001 0.194 0.034 0.091 0.164 0.001 0.001 0.044 0.458 78 Y 0.002 0.002 0.001 0.282 0.086 0.184 0.123 0.001 0.001 0.063 0.256 79 W 0.002 0.001 0.001 0.473 0.157 0.194 0.041 0.001 0.001 0.048 0.081 80 A 0.003 0.001 0.001 0.487 0.153 0.174 0.029 0.001 0.001 0.050 0.103 81 F 0.006 0.001 0.001 0.613 0.125 0.071 0.029 0.001 0.001 0.029 0.125 82 G 0.031 0.002 0.001 0.305 0.069 0.112 0.091 0.003 0.001 0.052 0.333 83 M 0.090 0.005 0.001 0.039 0.024 0.027 0.103 0.004 0.001 0.048 0.658 84 D 0.183 0.008 0.001 0.020 0.020 0.023 0.124 0.004 0.001 0.057 0.560 85 G 0.042 0.010 0.001 0.014 0.024 0.034 0.126 0.001 0.001 0.037 0.710 86 D 0.021 0.007 0.001 0.023 0.062 0.144 0.135 0.002 0.001 0.054 0.552 87 I 0.008 0.006 0.001 0.031 0.217 0.395 0.076 0.001 0.001 0.035 0.229 88 G 0.003 0.003 0.001 0.038 0.358 0.413 0.034 0.001 0.001 0.024 0.127 89 Y 0.002 0.001 0.001 0.034 0.348 0.555 0.015 0.001 0.001 0.011 0.034 90 I 0.002 0.001 0.001 0.058 0.339 0.501 0.024 0.001 0.001 0.020 0.056 91 L 0.001 0.001 0.001 0.067 0.418 0.426 0.021 0.001 0.001 0.011 0.054 92 H 0.035 0.005 0.001 0.056 0.212 0.468 0.064 0.002 0.001 0.039 0.119 93 L 0.217 0.003 0.003 0.050 0.158 0.197 0.042 0.003 0.001 0.055 0.272 94 S 0.155 0.002 0.001 0.023 0.034 0.047 0.161 0.001 0.001 0.033 0.544 95 D 0.041 0.002 0.001 0.017 0.022 0.059 0.073 0.001 0.001 0.016 0.770 96 N 0.010 0.001 0.001 0.010 0.030 0.040 0.140 0.001 0.001 0.014 0.755 97 S 0.013 0.001 0.001 0.027 0.101 0.355 0.068 0.001 0.001 0.020 0.414 98 I 0.004 0.001 0.001 0.017 0.126 0.131 0.104 0.001 0.001 0.022 0.596 99 Y 0.003 0.001 0.001 0.130 0.297 0.309 0.057 0.001 0.001 0.018 0.185 100 R 0.001 0.001 0.001 0.106 0.143 0.365 0.097 0.001 0.001 0.029 0.257 101 V 0.003 0.005 0.001 0.156 0.286 0.330 0.054 0.001 0.001 0.026 0.139 102 D 0.057 0.011 0.001 0.176 0.167 0.377 0.045 0.002 0.001 0.032 0.132 103 L 0.111 0.016 0.001 0.146 0.102 0.178 0.065 0.004 0.001 0.062 0.313 104 G 0.044 0.012 0.001 0.136 0.055 0.083 0.071 0.003 0.001 0.022 0.574 105 D 0.068 0.013 0.001 0.109 0.044 0.105 0.133 0.004 0.001 0.082 0.439 106 L 0.016 0.005 0.002 0.030 0.047 0.036 0.143 0.003 0.001 0.042 0.675 107 D 0.247 0.046 0.003 0.022 0.037 0.037 0.115 0.013 0.001 0.047 0.433 108 I 0.293 0.026 0.001 0.012 0.019 0.022 0.068 0.006 0.001 0.030 0.522 109 T 0.035 0.022 0.001 0.023 0.029 0.033 0.115 0.002 0.001 0.028 0.711 110 S 0.033 0.035 0.002 0.033 0.041 0.145 0.111 0.004 0.001 0.044 0.552 111 I 0.037 0.024 0.001 0.033 0.115 0.114 0.145 0.005 0.001 0.050 0.476 112 K 0.028 0.017 0.002 0.121 0.151 0.152 0.084 0.003 0.001 0.064 0.379 113 Y 0.014 0.011 0.002 0.079 0.090 0.121 0.116 0.003 0.001 0.066 0.498 114 I 0.041 0.047 0.003 0.063 0.060 0.051 0.090 0.007 0.001 0.041 0.597 115 A 0.283 0.080 0.002 0.059 0.027 0.036 0.075 0.013 0.001 0.071 0.352 116 P 0.037 0.164 0.001 0.022 0.010 0.010 0.085 0.004 0.001 0.037 0.628 117 S 0.026 0.763 0.001 0.004 0.002 0.003 0.022 0.006 0.001 0.016 0.157 118 F 0.033 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.008 0.025 119 D 0.024 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.022 0.020 120 D 0.031 0.815 0.010 0.001 0.002 0.002 0.009 0.006 0.004 0.069 0.049 121 F 0.063 0.775 0.024 0.001 0.002 0.002 0.012 0.009 0.010 0.047 0.053 122 L 0.133 0.651 0.023 0.003 0.004 0.004 0.015 0.014 0.012 0.037 0.105 123 G 0.060 0.565 0.010 0.003 0.006 0.007 0.031 0.009 0.006 0.034 0.269 124 K 0.036 0.545 0.007 0.006 0.008 0.009 0.040 0.008 0.004 0.061 0.278 125 A 0.051 0.232 0.015 0.014 0.013 0.014 0.097 0.015 0.007 0.246 0.294 126 I 0.072 0.350 0.019 0.027 0.013 0.015 0.081 0.013 0.008 0.106 0.296 127 Y 0.133 0.187 0.009 0.036 0.014 0.017 0.073 0.014 0.005 0.121 0.389 128 L 0.069 0.127 0.016 0.046 0.018 0.019 0.073 0.013 0.009 0.098 0.512 129 N 0.134 0.240 0.007 0.021 0.008 0.013 0.055 0.016 0.006 0.041 0.459 130 F 0.166 0.207 0.004 0.013 0.007 0.008 0.054 0.015 0.003 0.045 0.477 131 N 0.061 0.128 0.004 0.015 0.010 0.012 0.105 0.009 0.003 0.101 0.552 132 K 0.074 0.378 0.006 0.013 0.009 0.016 0.063 0.013 0.003 0.057 0.370 133 L 0.114 0.401 0.006 0.017 0.019 0.017 0.050 0.014 0.003 0.049 0.311 134 Q 0.070 0.200 0.006 0.034 0.038 0.050 0.079 0.008 0.002 0.104 0.408 135 N 0.058 0.079 0.008 0.032 0.030 0.061 0.111 0.007 0.003 0.204 0.407 136 V 0.146 0.038 0.022 0.034 0.049 0.052 0.105 0.009 0.008 0.125 0.411 137 A 0.287 0.018 0.004 0.016 0.019 0.025 0.069 0.008 0.002 0.032 0.518 138 N 0.129 0.004 0.001 0.009 0.011 0.022 0.058 0.003 0.001 0.034 0.728 139 N 0.020 0.002 0.001 0.011 0.021 0.028 0.142 0.001 0.001 0.034 0.742 140 N 0.023 0.003 0.001 0.025 0.035 0.083 0.115 0.001 0.001 0.034 0.679 141 L 0.018 0.002 0.001 0.015 0.051 0.060 0.098 0.001 0.001 0.021 0.734 142 T 0.015 0.005 0.001 0.025 0.087 0.105 0.101 0.001 0.001 0.028 0.634 143 T 0.013 0.007 0.001 0.029 0.073 0.138 0.099 0.001 0.001 0.037 0.603