# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.185 0.012 0.024 0.039 0.081 0.057 0.515 2 E 0.050 0.162 0.031 0.053 0.068 0.082 0.174 0.379 3 V 0.067 0.117 0.038 0.050 0.069 0.092 0.125 0.443 4 I 0.128 0.144 0.049 0.055 0.075 0.081 0.109 0.358 5 E 0.158 0.126 0.028 0.030 0.041 0.084 0.060 0.474 6 S 0.126 0.151 0.019 0.027 0.046 0.078 0.066 0.487 7 K 0.096 0.143 0.030 0.037 0.067 0.084 0.065 0.478 8 W 0.122 0.049 0.050 0.052 0.098 0.085 0.105 0.439 9 Y 0.071 0.015 0.038 0.069 0.069 0.100 0.083 0.555 10 K 0.212 0.021 0.021 0.019 0.025 0.077 0.021 0.603 11 K 0.195 0.026 0.013 0.006 0.010 0.065 0.040 0.646 12 D 0.029 0.016 0.014 0.008 0.008 0.119 0.030 0.775 13 G 0.028 0.026 0.010 0.005 0.009 0.135 0.034 0.753 14 A 0.012 0.021 0.042 0.007 0.008 0.161 0.125 0.625 15 S 0.028 0.798 0.003 0.002 0.002 0.020 0.045 0.101 16 S 0.115 0.732 0.003 0.001 0.001 0.014 0.078 0.056 17 A 0.005 0.727 0.013 0.002 0.001 0.015 0.142 0.095 18 S 0.010 0.883 0.003 0.001 0.001 0.004 0.070 0.028 19 I 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 20 D 0.001 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.014 21 D 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 22 V 0.015 0.819 0.010 0.002 0.002 0.004 0.134 0.014 23 E 0.063 0.042 0.122 0.012 0.004 0.022 0.673 0.060 24 K 0.555 0.026 0.006 0.002 0.002 0.019 0.073 0.317 25 L 0.051 0.003 0.095 0.002 0.002 0.101 0.056 0.691 26 L 0.020 0.005 0.156 0.002 0.003 0.129 0.032 0.653 27 N 0.010 0.003 0.013 0.001 0.001 0.094 0.009 0.868 28 T 0.003 0.003 0.077 0.007 0.004 0.136 0.009 0.762 29 T 0.012 0.025 0.113 0.009 0.011 0.119 0.050 0.661 30 L 0.056 0.339 0.079 0.004 0.004 0.069 0.106 0.343 31 P 0.162 0.645 0.011 0.001 0.001 0.013 0.101 0.065 32 K 0.018 0.498 0.014 0.002 0.002 0.015 0.363 0.088 33 Q 0.003 0.830 0.011 0.001 0.003 0.010 0.074 0.068 34 Y 0.006 0.953 0.003 0.001 0.001 0.002 0.025 0.008 35 K 0.008 0.924 0.002 0.004 0.002 0.004 0.040 0.015 36 S 0.025 0.794 0.004 0.003 0.007 0.011 0.093 0.062 37 F 0.037 0.211 0.038 0.013 0.021 0.036 0.542 0.103 38 L 0.013 0.032 0.135 0.034 0.024 0.055 0.625 0.083 39 L 0.057 0.018 0.079 0.023 0.019 0.121 0.172 0.511 40 W 0.201 0.006 0.024 0.009 0.007 0.098 0.057 0.597 41 S 0.099 0.005 0.043 0.006 0.010 0.137 0.033 0.667 42 N 0.008 0.001 0.016 0.003 0.007 0.133 0.009 0.823 43 G 0.004 0.002 0.014 0.019 0.025 0.135 0.013 0.788 44 G 0.022 0.007 0.056 0.120 0.177 0.113 0.040 0.464 45 E 0.024 0.003 0.060 0.125 0.159 0.088 0.049 0.493 46 G 0.019 0.001 0.058 0.081 0.152 0.089 0.047 0.553 47 K 0.054 0.001 0.079 0.107 0.174 0.082 0.075 0.428 48 L 0.069 0.001 0.023 0.036 0.058 0.096 0.025 0.693 49 G 0.077 0.002 0.008 0.019 0.030 0.125 0.021 0.719 50 D 0.015 0.002 0.006 0.028 0.039 0.145 0.016 0.749 51 N 0.013 0.009 0.027 0.113 0.217 0.117 0.044 0.459 52 Y 0.009 0.008 0.056 0.191 0.257 0.090 0.042 0.347 53 I 0.006 0.009 0.162 0.245 0.275 0.051 0.065 0.187 54 Y 0.010 0.022 0.137 0.278 0.318 0.038 0.043 0.154 55 I 0.018 0.020 0.121 0.187 0.257 0.059 0.048 0.289 56 W 0.010 0.034 0.189 0.158 0.175 0.065 0.089 0.280 57 A 0.143 0.394 0.039 0.035 0.059 0.045 0.093 0.192 58 I 0.211 0.571 0.007 0.009 0.008 0.027 0.053 0.114 59 E 0.036 0.601 0.010 0.012 0.011 0.036 0.055 0.240 60 D 0.073 0.632 0.012 0.006 0.017 0.025 0.073 0.162 61 V 0.147 0.232 0.040 0.018 0.018 0.055 0.324 0.165 62 I 0.097 0.219 0.026 0.029 0.024 0.080 0.133 0.392 63 A 0.169 0.207 0.012 0.005 0.016 0.062 0.047 0.483 64 Y 0.069 0.230 0.017 0.014 0.012 0.092 0.053 0.514 65 N 0.150 0.162 0.024 0.012 0.014 0.103 0.147 0.390 66 H 0.186 0.224 0.012 0.008 0.010 0.061 0.051 0.449 67 D 0.151 0.169 0.018 0.008 0.016 0.077 0.062 0.499 68 Y 0.037 0.257 0.025 0.029 0.023 0.085 0.039 0.506 69 G 0.198 0.238 0.024 0.014 0.033 0.062 0.068 0.362 70 I 0.273 0.178 0.025 0.035 0.021 0.057 0.068 0.344 71 Q 0.318 0.096 0.017 0.015 0.028 0.044 0.036 0.446 72 K 0.148 0.035 0.017 0.012 0.025 0.071 0.021 0.672 73 Y 0.047 0.018 0.039 0.022 0.050 0.114 0.046 0.665 74 L 0.111 0.010 0.036 0.020 0.023 0.113 0.043 0.644 75 Q 0.347 0.015 0.015 0.006 0.007 0.073 0.051 0.487 76 K 0.018 0.007 0.038 0.007 0.010 0.138 0.033 0.749 77 E 0.003 0.011 0.172 0.031 0.078 0.144 0.057 0.503 78 Y 0.001 0.004 0.291 0.085 0.142 0.093 0.044 0.339 79 W 0.003 0.005 0.460 0.157 0.210 0.028 0.039 0.098 80 A 0.006 0.002 0.494 0.121 0.202 0.025 0.044 0.104 81 F 0.005 0.001 0.463 0.113 0.160 0.038 0.064 0.156 82 G 0.022 0.001 0.221 0.079 0.138 0.082 0.089 0.368 83 M 0.228 0.001 0.067 0.034 0.058 0.096 0.068 0.448 84 D 0.071 0.001 0.010 0.007 0.013 0.144 0.022 0.732 85 G 0.009 0.001 0.004 0.012 0.019 0.153 0.010 0.791 86 D 0.012 0.004 0.010 0.069 0.131 0.132 0.041 0.601 87 I 0.004 0.003 0.043 0.296 0.387 0.052 0.048 0.167 88 G 0.002 0.002 0.041 0.254 0.496 0.030 0.026 0.149 89 Y 0.002 0.001 0.042 0.345 0.548 0.010 0.019 0.032 90 I 0.002 0.001 0.020 0.343 0.533 0.014 0.012 0.077 91 L 0.001 0.001 0.050 0.389 0.490 0.013 0.022 0.035 92 H 0.031 0.001 0.042 0.207 0.328 0.061 0.074 0.258 93 L 0.144 0.001 0.024 0.124 0.134 0.091 0.078 0.406 94 S 0.152 0.001 0.015 0.029 0.064 0.117 0.037 0.585 95 D 0.008 0.001 0.001 0.010 0.012 0.098 0.005 0.866 96 N 0.007 0.001 0.008 0.050 0.101 0.147 0.016 0.672 97 S 0.020 0.003 0.038 0.212 0.316 0.086 0.055 0.270 98 I 0.004 0.001 0.015 0.123 0.123 0.094 0.023 0.617 99 Y 0.002 0.001 0.099 0.296 0.409 0.040 0.027 0.126 100 R 0.003 0.001 0.060 0.286 0.384 0.034 0.021 0.212 101 V 0.003 0.001 0.120 0.341 0.328 0.028 0.026 0.154 102 D 0.026 0.003 0.114 0.226 0.359 0.048 0.035 0.189 103 L 0.042 0.006 0.112 0.156 0.274 0.073 0.054 0.284 104 G 0.057 0.010 0.063 0.072 0.143 0.099 0.030 0.526 105 D 0.137 0.009 0.025 0.041 0.085 0.131 0.093 0.477 106 L 0.022 0.004 0.034 0.034 0.055 0.176 0.095 0.581 107 D 0.156 0.020 0.014 0.019 0.032 0.123 0.082 0.554 108 I 0.275 0.024 0.006 0.015 0.016 0.102 0.076 0.487 109 T 0.035 0.022 0.012 0.026 0.032 0.126 0.028 0.718 110 S 0.043 0.027 0.018 0.028 0.075 0.125 0.047 0.635 111 I 0.027 0.026 0.035 0.096 0.091 0.110 0.049 0.566 112 K 0.060 0.021 0.052 0.089 0.101 0.105 0.048 0.523 113 Y 0.018 0.019 0.086 0.056 0.101 0.119 0.074 0.528 114 I 0.029 0.048 0.059 0.023 0.040 0.103 0.036 0.662 115 A 0.231 0.179 0.022 0.020 0.018 0.080 0.145 0.304 116 P 0.035 0.281 0.021 0.009 0.008 0.074 0.055 0.516 117 S 0.031 0.801 0.006 0.001 0.003 0.016 0.042 0.100 118 F 0.012 0.942 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.016 119 D 0.016 0.873 0.002 0.001 0.001 0.005 0.081 0.022 120 D 0.020 0.784 0.004 0.002 0.002 0.010 0.110 0.068 121 F 0.045 0.824 0.006 0.001 0.002 0.010 0.062 0.050 122 L 0.053 0.816 0.006 0.002 0.002 0.013 0.058 0.050 123 G 0.034 0.653 0.006 0.003 0.004 0.029 0.073 0.198 124 K 0.029 0.565 0.016 0.007 0.012 0.044 0.091 0.236 125 A 0.033 0.230 0.105 0.020 0.026 0.074 0.317 0.195 126 I 0.058 0.324 0.102 0.030 0.027 0.067 0.175 0.216 127 Y 0.135 0.131 0.053 0.013 0.017 0.084 0.152 0.414 128 L 0.040 0.091 0.108 0.024 0.019 0.109 0.123 0.486 129 N 0.115 0.209 0.043 0.008 0.018 0.075 0.070 0.462 130 F 0.135 0.201 0.024 0.010 0.011 0.085 0.073 0.461 131 N 0.050 0.173 0.025 0.020 0.030 0.089 0.148 0.465 132 K 0.059 0.262 0.027 0.028 0.046 0.081 0.106 0.390 133 L 0.129 0.215 0.028 0.031 0.051 0.072 0.112 0.361 134 Q 0.068 0.074 0.052 0.054 0.072 0.086 0.213 0.382 135 N 0.087 0.052 0.031 0.031 0.059 0.098 0.151 0.490 136 V 0.086 0.013 0.048 0.033 0.051 0.123 0.174 0.473 137 A 0.131 0.017 0.024 0.025 0.030 0.097 0.052 0.623 138 N 0.119 0.006 0.008 0.009 0.014 0.106 0.047 0.691 139 N 0.018 0.005 0.025 0.029 0.037 0.159 0.056 0.670 140 N 0.048 0.006 0.027 0.033 0.068 0.115 0.054 0.648 141 L 0.032 0.004 0.025 0.053 0.051 0.124 0.034 0.677 142 T 0.027 0.006 0.044 0.066 0.097 0.126 0.035 0.599 143 T 0.036 0.005 0.024 0.062 0.088 0.109 0.042 0.634