# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.273 0.081 0.035 0.071 0.075 0.073 0.117 0.087 0.084 0.065 0.041 2 E 0.452 0.201 0.086 0.139 0.060 0.026 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 3 V 0.087 0.092 0.063 0.160 0.146 0.128 0.137 0.082 0.056 0.032 0.018 4 I 0.025 0.030 0.021 0.047 0.069 0.082 0.157 0.170 0.159 0.127 0.113 5 E 0.094 0.193 0.148 0.240 0.144 0.074 0.051 0.027 0.016 0.009 0.004 6 S 0.114 0.070 0.099 0.160 0.136 0.129 0.133 0.072 0.046 0.029 0.013 7 K 0.237 0.152 0.105 0.198 0.114 0.068 0.062 0.031 0.017 0.010 0.004 8 W 0.048 0.035 0.038 0.074 0.080 0.125 0.205 0.137 0.125 0.090 0.042 9 Y 0.064 0.102 0.100 0.147 0.129 0.120 0.122 0.081 0.062 0.048 0.025 10 K 0.061 0.129 0.109 0.166 0.136 0.116 0.131 0.072 0.042 0.027 0.011 11 K 0.205 0.196 0.098 0.173 0.120 0.083 0.063 0.032 0.016 0.010 0.004 12 D 0.467 0.168 0.062 0.122 0.069 0.041 0.038 0.020 0.009 0.004 0.002 13 G 0.459 0.138 0.045 0.127 0.081 0.049 0.051 0.027 0.013 0.006 0.004 14 A 0.029 0.024 0.013 0.019 0.029 0.048 0.104 0.114 0.189 0.211 0.219 15 S 0.027 0.483 0.096 0.174 0.112 0.053 0.032 0.013 0.005 0.003 0.001 16 S 0.375 0.133 0.075 0.152 0.119 0.073 0.043 0.018 0.007 0.003 0.001 17 A 0.941 0.025 0.012 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 S 0.018 0.123 0.043 0.276 0.205 0.138 0.122 0.047 0.018 0.007 0.003 19 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.038 0.080 0.209 0.261 0.395 20 D 0.045 0.046 0.421 0.251 0.157 0.052 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 21 D 0.012 0.038 0.650 0.205 0.067 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.020 0.070 0.124 0.247 0.264 0.254 23 E 0.002 0.002 0.006 0.020 0.048 0.117 0.313 0.210 0.147 0.106 0.028 24 K 0.002 0.019 0.851 0.099 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.009 0.016 0.138 0.104 0.162 0.212 0.243 0.080 0.019 0.011 0.005 26 L 0.003 0.005 0.005 0.005 0.007 0.031 0.107 0.140 0.287 0.291 0.120 27 N 0.260 0.251 0.105 0.202 0.095 0.035 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 28 T 0.252 0.044 0.146 0.101 0.090 0.082 0.120 0.071 0.044 0.033 0.016 29 T 0.287 0.284 0.090 0.165 0.088 0.045 0.026 0.008 0.004 0.001 0.001 30 L 0.003 0.014 0.006 0.008 0.017 0.026 0.091 0.174 0.188 0.194 0.279 31 P 0.054 0.145 0.069 0.205 0.235 0.117 0.089 0.047 0.021 0.010 0.007 32 K 0.913 0.042 0.027 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.259 0.131 0.070 0.271 0.144 0.062 0.042 0.013 0.005 0.002 0.001 34 Y 0.003 0.011 0.008 0.014 0.020 0.028 0.084 0.128 0.243 0.271 0.190 35 K 0.005 0.018 0.055 0.132 0.224 0.269 0.177 0.070 0.031 0.015 0.006 36 S 0.018 0.050 0.762 0.120 0.031 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 37 F 0.002 0.002 0.010 0.021 0.042 0.142 0.305 0.203 0.143 0.097 0.034 38 L 0.002 0.002 0.006 0.009 0.011 0.020 0.063 0.116 0.259 0.311 0.201 39 L 0.006 0.016 0.133 0.128 0.151 0.162 0.173 0.097 0.067 0.047 0.020 40 W 0.010 0.023 0.220 0.130 0.139 0.128 0.145 0.093 0.055 0.037 0.020 41 S 0.014 0.017 0.031 0.045 0.057 0.101 0.190 0.171 0.158 0.134 0.082 42 N 0.029 0.025 0.023 0.048 0.062 0.089 0.179 0.176 0.168 0.119 0.083 43 G 0.123 0.072 0.062 0.129 0.120 0.100 0.129 0.091 0.077 0.053 0.042 44 G 0.030 0.019 0.023 0.031 0.040 0.051 0.109 0.122 0.188 0.180 0.206 45 E 0.092 0.119 0.042 0.162 0.158 0.113 0.125 0.078 0.054 0.034 0.023 46 G 0.047 0.025 0.018 0.043 0.054 0.062 0.114 0.134 0.177 0.161 0.166 47 K 0.147 0.136 0.056 0.178 0.150 0.101 0.090 0.057 0.039 0.026 0.020 48 L 0.059 0.071 0.028 0.086 0.083 0.106 0.153 0.116 0.124 0.106 0.069 49 G 0.213 0.185 0.035 0.129 0.104 0.083 0.090 0.057 0.046 0.034 0.025 50 D 0.428 0.166 0.035 0.118 0.074 0.049 0.049 0.030 0.024 0.016 0.010 51 N 0.269 0.133 0.040 0.134 0.102 0.078 0.088 0.058 0.045 0.032 0.019 52 Y 0.025 0.038 0.019 0.088 0.103 0.134 0.168 0.126 0.133 0.102 0.063 53 I 0.010 0.015 0.013 0.035 0.049 0.085 0.130 0.145 0.202 0.188 0.128 54 Y 0.012 0.029 0.029 0.099 0.125 0.147 0.194 0.134 0.112 0.074 0.046 55 I 0.004 0.004 0.009 0.016 0.023 0.035 0.077 0.110 0.204 0.266 0.251 56 W 0.009 0.009 0.013 0.042 0.067 0.111 0.174 0.159 0.177 0.152 0.087 57 A 0.021 0.069 0.045 0.119 0.113 0.114 0.161 0.117 0.115 0.082 0.045 58 I 0.006 0.008 0.010 0.029 0.052 0.083 0.163 0.155 0.193 0.152 0.149 59 E 0.335 0.122 0.092 0.157 0.107 0.065 0.063 0.028 0.017 0.008 0.005 60 D 0.099 0.116 0.100 0.241 0.159 0.106 0.100 0.042 0.021 0.011 0.006 61 V 0.004 0.006 0.008 0.011 0.018 0.038 0.082 0.095 0.224 0.273 0.241 62 I 0.021 0.025 0.031 0.089 0.127 0.174 0.250 0.121 0.084 0.056 0.023 63 A 0.031 0.103 0.457 0.225 0.092 0.047 0.022 0.010 0.007 0.004 0.002 64 Y 0.013 0.013 0.024 0.052 0.076 0.173 0.270 0.160 0.109 0.079 0.031 65 N 0.045 0.058 0.037 0.084 0.075 0.107 0.168 0.141 0.130 0.110 0.045 66 H 0.079 0.111 0.148 0.208 0.160 0.108 0.091 0.049 0.025 0.013 0.007 67 D 0.128 0.098 0.136 0.152 0.124 0.111 0.115 0.061 0.036 0.026 0.013 68 Y 0.048 0.027 0.030 0.047 0.062 0.116 0.213 0.142 0.149 0.107 0.060 69 G 0.173 0.188 0.084 0.194 0.131 0.078 0.070 0.041 0.022 0.013 0.007 70 I 0.010 0.019 0.021 0.035 0.045 0.080 0.152 0.140 0.193 0.188 0.116 71 Q 0.100 0.123 0.070 0.189 0.185 0.128 0.109 0.049 0.026 0.015 0.007 72 K 0.283 0.142 0.163 0.201 0.094 0.048 0.033 0.019 0.009 0.005 0.002 73 Y 0.034 0.028 0.023 0.061 0.071 0.200 0.229 0.115 0.113 0.090 0.035 74 L 0.007 0.018 0.007 0.020 0.025 0.049 0.121 0.130 0.214 0.227 0.181 75 Q 0.065 0.158 0.098 0.207 0.182 0.114 0.086 0.043 0.023 0.015 0.009 76 K 0.329 0.159 0.123 0.176 0.097 0.046 0.035 0.018 0.009 0.005 0.003 77 E 0.134 0.083 0.033 0.158 0.143 0.117 0.144 0.090 0.052 0.030 0.016 78 Y 0.002 0.006 0.004 0.016 0.026 0.048 0.097 0.131 0.227 0.241 0.202 79 W 0.001 0.004 0.006 0.016 0.030 0.078 0.121 0.122 0.218 0.224 0.180 80 A 0.001 0.003 0.010 0.014 0.025 0.040 0.098 0.136 0.217 0.236 0.221 81 F 0.001 0.001 0.005 0.009 0.015 0.027 0.067 0.113 0.222 0.285 0.254 82 G 0.002 0.002 0.004 0.012 0.018 0.039 0.089 0.122 0.244 0.249 0.219 83 M 0.013 0.019 0.020 0.065 0.085 0.121 0.189 0.156 0.154 0.103 0.076 84 D 0.044 0.083 0.049 0.138 0.135 0.132 0.163 0.104 0.070 0.046 0.037 85 G 0.189 0.110 0.038 0.124 0.114 0.097 0.128 0.080 0.054 0.038 0.028 86 D 0.242 0.130 0.037 0.121 0.093 0.077 0.100 0.070 0.057 0.045 0.030 87 I 0.017 0.035 0.018 0.071 0.089 0.127 0.172 0.132 0.146 0.120 0.073 88 G 0.013 0.025 0.018 0.055 0.080 0.114 0.159 0.135 0.160 0.135 0.105 89 Y 0.003 0.006 0.011 0.023 0.035 0.056 0.123 0.154 0.203 0.218 0.167 90 I 0.001 0.003 0.005 0.014 0.021 0.044 0.088 0.112 0.230 0.284 0.198 91 L 0.002 0.002 0.004 0.008 0.017 0.031 0.081 0.122 0.236 0.276 0.222 92 H 0.014 0.029 0.056 0.143 0.147 0.133 0.157 0.113 0.099 0.073 0.036 93 L 0.004 0.009 0.012 0.023 0.033 0.095 0.189 0.140 0.202 0.186 0.106 94 S 0.119 0.184 0.055 0.165 0.129 0.105 0.109 0.057 0.041 0.023 0.014 95 D 0.438 0.274 0.052 0.107 0.047 0.029 0.025 0.013 0.007 0.005 0.003 96 N 0.375 0.134 0.035 0.098 0.081 0.074 0.073 0.045 0.037 0.029 0.021 97 S 0.361 0.263 0.040 0.122 0.072 0.047 0.042 0.025 0.014 0.008 0.005 98 I 0.037 0.044 0.027 0.080 0.094 0.145 0.147 0.121 0.126 0.108 0.071 99 Y 0.040 0.043 0.034 0.073 0.081 0.122 0.174 0.143 0.133 0.099 0.058 100 R 0.034 0.080 0.064 0.224 0.169 0.128 0.122 0.077 0.053 0.030 0.018 101 V 0.007 0.005 0.008 0.013 0.022 0.036 0.078 0.128 0.206 0.228 0.268 102 D 0.042 0.061 0.043 0.152 0.149 0.124 0.147 0.108 0.083 0.058 0.033 103 L 0.015 0.017 0.021 0.053 0.070 0.091 0.151 0.162 0.173 0.143 0.102 104 G 0.098 0.048 0.035 0.083 0.098 0.101 0.157 0.126 0.114 0.082 0.061 105 D 0.077 0.102 0.059 0.159 0.125 0.101 0.139 0.088 0.072 0.050 0.028 106 L 0.036 0.025 0.019 0.049 0.068 0.104 0.168 0.145 0.163 0.134 0.090 107 D 0.227 0.294 0.081 0.169 0.086 0.049 0.043 0.022 0.015 0.009 0.005 108 I 0.073 0.061 0.041 0.105 0.115 0.135 0.175 0.108 0.087 0.062 0.039 109 T 0.418 0.200 0.066 0.127 0.073 0.042 0.035 0.019 0.011 0.007 0.004 110 S 0.146 0.160 0.059 0.184 0.127 0.091 0.094 0.061 0.040 0.025 0.012 111 I 0.037 0.032 0.024 0.050 0.064 0.095 0.161 0.139 0.158 0.147 0.093 112 K 0.102 0.122 0.121 0.242 0.162 0.103 0.071 0.036 0.022 0.013 0.006 113 Y 0.042 0.050 0.075 0.118 0.125 0.172 0.166 0.109 0.073 0.048 0.021 114 I 0.015 0.034 0.023 0.049 0.056 0.077 0.156 0.153 0.180 0.152 0.105 115 A 0.014 0.013 0.014 0.043 0.071 0.105 0.203 0.168 0.164 0.123 0.083 116 P 0.420 0.142 0.191 0.144 0.061 0.020 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 117 S 0.040 0.099 0.052 0.148 0.155 0.141 0.175 0.095 0.050 0.030 0.016 118 F 0.004 0.007 0.005 0.016 0.029 0.043 0.107 0.151 0.225 0.217 0.197 119 D 0.363 0.128 0.125 0.164 0.099 0.054 0.040 0.015 0.007 0.003 0.001 120 D 0.042 0.058 0.275 0.276 0.157 0.096 0.059 0.020 0.009 0.005 0.002 121 F 0.002 0.004 0.008 0.011 0.021 0.048 0.120 0.133 0.228 0.234 0.190 122 L 0.002 0.003 0.006 0.019 0.038 0.062 0.163 0.185 0.220 0.187 0.114 123 G 0.022 0.047 0.409 0.187 0.120 0.092 0.062 0.026 0.018 0.011 0.004 124 K 0.026 0.046 0.191 0.264 0.199 0.117 0.095 0.037 0.014 0.007 0.004 125 A 0.008 0.007 0.012 0.015 0.022 0.049 0.119 0.146 0.218 0.248 0.157 126 I 0.016 0.020 0.023 0.059 0.087 0.138 0.237 0.155 0.132 0.090 0.043 127 Y 0.045 0.080 0.258 0.193 0.126 0.098 0.091 0.045 0.031 0.023 0.009 128 L 0.037 0.034 0.075 0.090 0.104 0.185 0.227 0.098 0.076 0.051 0.023 129 N 0.166 0.236 0.094 0.161 0.096 0.075 0.082 0.044 0.025 0.015 0.006 130 F 0.036 0.039 0.029 0.070 0.085 0.133 0.208 0.148 0.119 0.090 0.045 131 N 0.258 0.125 0.111 0.145 0.113 0.085 0.080 0.040 0.023 0.014 0.007 132 K 0.179 0.193 0.146 0.234 0.113 0.060 0.043 0.018 0.008 0.004 0.002 133 L 0.011 0.016 0.015 0.024 0.034 0.082 0.157 0.140 0.201 0.202 0.118 134 Q 0.070 0.079 0.059 0.159 0.171 0.151 0.164 0.076 0.041 0.021 0.009 135 N 0.184 0.162 0.304 0.211 0.077 0.031 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 136 V 0.022 0.019 0.028 0.042 0.055 0.158 0.240 0.134 0.137 0.118 0.047 137 A 0.105 0.178 0.054 0.142 0.104 0.103 0.136 0.083 0.052 0.033 0.012 138 N 0.182 0.264 0.156 0.183 0.092 0.055 0.035 0.018 0.009 0.005 0.002 139 N 0.467 0.145 0.093 0.115 0.073 0.039 0.034 0.019 0.008 0.004 0.003 140 N 0.488 0.173 0.049 0.114 0.061 0.037 0.036 0.023 0.011 0.006 0.003 141 L 0.059 0.063 0.039 0.080 0.092 0.133 0.173 0.128 0.108 0.077 0.047 142 T 0.118 0.174 0.117 0.172 0.137 0.094 0.086 0.050 0.027 0.015 0.009 143 T 0.210 0.137 0.115 0.159 0.118 0.080 0.084 0.048 0.027 0.014 0.008