# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.129 0.016 0.007 0.025 0.022 0.039 0.043 0.001 0.001 0.003 0.715 2 E 0.011 0.006 0.001 0.022 0.010 0.019 0.058 0.001 0.001 0.001 0.872 3 V 0.062 0.015 0.002 0.035 0.019 0.027 0.122 0.001 0.001 0.002 0.715 4 I 0.131 0.094 0.003 0.045 0.036 0.072 0.079 0.002 0.001 0.003 0.534 5 E 0.066 0.122 0.005 0.041 0.043 0.096 0.155 0.003 0.001 0.004 0.467 6 S 0.090 0.179 0.006 0.037 0.019 0.043 0.091 0.004 0.001 0.005 0.526 7 K 0.124 0.234 0.005 0.025 0.021 0.048 0.086 0.005 0.001 0.006 0.446 8 W 0.135 0.303 0.008 0.022 0.020 0.032 0.190 0.008 0.001 0.006 0.277 9 Y 0.121 0.356 0.014 0.016 0.020 0.033 0.108 0.013 0.001 0.006 0.314 10 K 0.126 0.374 0.023 0.017 0.025 0.049 0.048 0.015 0.001 0.004 0.319 11 K 0.155 0.258 0.020 0.026 0.020 0.034 0.060 0.018 0.001 0.005 0.403 12 D 0.175 0.056 0.008 0.019 0.021 0.026 0.044 0.008 0.001 0.003 0.641 13 G 0.095 0.016 0.009 0.012 0.006 0.010 0.038 0.003 0.001 0.002 0.808 14 A 0.160 0.042 0.039 0.042 0.015 0.027 0.274 0.004 0.001 0.010 0.386 15 S 0.071 0.019 0.003 0.011 0.004 0.005 0.383 0.001 0.001 0.003 0.500 16 S 0.053 0.037 0.004 0.009 0.002 0.004 0.066 0.001 0.001 0.002 0.822 17 A 0.002 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.449 0.001 0.001 0.003 0.525 18 S 0.076 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.822 0.001 0.001 0.002 0.070 19 I 0.020 0.922 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.030 20 D 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.024 21 D 0.003 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.100 22 V 0.016 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.025 23 E 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 24 K 0.002 0.986 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 25 L 0.034 0.934 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.004 26 L 0.072 0.841 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 0.009 27 N 0.271 0.236 0.055 0.003 0.004 0.005 0.008 0.268 0.001 0.001 0.149 28 T 0.094 0.024 0.783 0.017 0.001 0.002 0.004 0.014 0.001 0.001 0.060 29 T 0.017 0.012 0.023 0.086 0.008 0.009 0.110 0.005 0.001 0.001 0.729 30 L 0.011 0.004 0.014 0.020 0.017 0.013 0.189 0.001 0.001 0.002 0.730 31 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.988 32 K 0.003 0.003 0.001 0.011 0.002 0.016 0.123 0.001 0.001 0.001 0.841 33 Q 0.185 0.042 0.001 0.009 0.001 0.002 0.248 0.001 0.001 0.004 0.508 34 Y 0.236 0.394 0.001 0.006 0.002 0.003 0.065 0.001 0.001 0.001 0.292 35 K 0.014 0.892 0.004 0.001 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.065 36 S 0.005 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.070 37 F 0.014 0.930 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.045 38 L 0.011 0.964 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.011 39 L 0.007 0.944 0.012 0.001 0.003 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 0.012 40 W 0.020 0.883 0.023 0.003 0.005 0.009 0.002 0.038 0.001 0.001 0.018 41 S 0.082 0.755 0.014 0.006 0.014 0.016 0.004 0.056 0.001 0.001 0.051 42 N 0.168 0.246 0.038 0.020 0.039 0.048 0.026 0.065 0.001 0.004 0.346 43 G 0.247 0.034 0.123 0.027 0.026 0.044 0.082 0.026 0.001 0.018 0.373 44 G 0.184 0.012 0.229 0.061 0.019 0.019 0.162 0.004 0.001 0.012 0.297 45 E 0.014 0.003 0.004 0.069 0.047 0.054 0.119 0.001 0.001 0.002 0.687 46 G 0.010 0.002 0.003 0.043 0.110 0.180 0.036 0.001 0.001 0.004 0.612 47 K 0.020 0.003 0.002 0.071 0.116 0.318 0.045 0.001 0.001 0.004 0.421 48 L 0.020 0.003 0.003 0.047 0.075 0.227 0.060 0.001 0.001 0.004 0.562 49 G 0.036 0.002 0.002 0.062 0.067 0.132 0.095 0.001 0.001 0.003 0.601 50 D 0.020 0.001 0.001 0.017 0.007 0.010 0.040 0.001 0.001 0.002 0.903 51 N 0.221 0.001 0.002 0.025 0.038 0.034 0.114 0.001 0.001 0.013 0.552 52 Y 0.189 0.001 0.003 0.048 0.030 0.028 0.193 0.001 0.001 0.007 0.500 53 I 0.043 0.003 0.004 0.096 0.268 0.333 0.069 0.001 0.001 0.003 0.182 54 Y 0.004 0.002 0.001 0.090 0.286 0.404 0.047 0.001 0.001 0.001 0.165 55 I 0.005 0.002 0.001 0.112 0.146 0.508 0.015 0.001 0.001 0.001 0.209 56 W 0.010 0.007 0.001 0.189 0.179 0.377 0.063 0.001 0.001 0.002 0.172 57 A 0.015 0.004 0.001 0.046 0.051 0.107 0.117 0.001 0.001 0.002 0.657 58 I 0.034 0.018 0.002 0.039 0.040 0.167 0.083 0.001 0.001 0.003 0.614 59 E 0.024 0.028 0.001 0.014 0.015 0.062 0.247 0.001 0.001 0.004 0.605 60 D 0.126 0.062 0.001 0.008 0.003 0.005 0.249 0.001 0.001 0.004 0.540 61 V 0.226 0.500 0.004 0.004 0.004 0.007 0.034 0.003 0.001 0.002 0.215 62 I 0.045 0.728 0.004 0.006 0.007 0.014 0.035 0.006 0.001 0.001 0.155 63 A 0.040 0.762 0.005 0.004 0.006 0.010 0.021 0.012 0.001 0.001 0.139 64 Y 0.070 0.797 0.004 0.004 0.005 0.008 0.010 0.015 0.001 0.001 0.085 65 N 0.097 0.697 0.013 0.006 0.007 0.009 0.017 0.026 0.001 0.001 0.126 66 H 0.072 0.564 0.041 0.007 0.007 0.010 0.034 0.020 0.001 0.002 0.244 67 D 0.102 0.395 0.025 0.016 0.009 0.017 0.085 0.016 0.001 0.004 0.333 68 Y 0.247 0.348 0.028 0.023 0.009 0.013 0.077 0.015 0.001 0.006 0.234 69 G 0.127 0.314 0.022 0.018 0.015 0.018 0.130 0.013 0.001 0.005 0.339 70 I 0.061 0.219 0.046 0.020 0.012 0.019 0.107 0.006 0.001 0.004 0.506 71 Q 0.042 0.239 0.007 0.022 0.016 0.048 0.090 0.004 0.001 0.004 0.527 72 K 0.082 0.132 0.003 0.015 0.008 0.020 0.091 0.004 0.001 0.004 0.640 73 Y 0.280 0.296 0.007 0.015 0.007 0.011 0.076 0.010 0.001 0.004 0.294 74 L 0.219 0.454 0.018 0.009 0.009 0.016 0.044 0.015 0.001 0.003 0.213 75 Q 0.100 0.401 0.013 0.018 0.020 0.039 0.053 0.021 0.001 0.002 0.333 76 K 0.130 0.170 0.008 0.016 0.011 0.025 0.028 0.014 0.001 0.004 0.594 77 E 0.381 0.070 0.019 0.039 0.017 0.025 0.075 0.015 0.001 0.009 0.350 78 Y 0.629 0.021 0.034 0.049 0.011 0.012 0.044 0.007 0.001 0.003 0.190 79 W 0.042 0.017 0.048 0.557 0.091 0.086 0.027 0.003 0.001 0.002 0.127 80 A 0.004 0.002 0.001 0.404 0.161 0.210 0.020 0.001 0.001 0.001 0.195 81 F 0.005 0.002 0.002 0.718 0.054 0.090 0.012 0.001 0.001 0.001 0.117 82 G 0.002 0.001 0.001 0.794 0.035 0.065 0.018 0.001 0.001 0.001 0.083 83 M 0.003 0.001 0.001 0.399 0.065 0.115 0.080 0.001 0.001 0.002 0.334 84 D 0.003 0.001 0.001 0.240 0.031 0.078 0.100 0.001 0.001 0.007 0.539 85 G 0.081 0.001 0.003 0.069 0.020 0.067 0.133 0.001 0.001 0.037 0.589 86 D 0.060 0.001 0.001 0.026 0.005 0.005 0.292 0.001 0.001 0.009 0.602 87 I 0.252 0.001 0.003 0.040 0.075 0.049 0.083 0.001 0.001 0.008 0.490 88 G 0.021 0.002 0.001 0.045 0.196 0.291 0.109 0.001 0.001 0.003 0.332 89 Y 0.005 0.001 0.001 0.050 0.331 0.513 0.040 0.001 0.001 0.001 0.058 90 I 0.002 0.001 0.001 0.035 0.228 0.662 0.008 0.001 0.001 0.001 0.063 91 L 0.001 0.001 0.001 0.027 0.476 0.470 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 92 H 0.002 0.002 0.001 0.023 0.318 0.517 0.012 0.001 0.001 0.001 0.124 93 L 0.003 0.001 0.001 0.029 0.258 0.610 0.015 0.001 0.001 0.001 0.082 94 S 0.004 0.001 0.001 0.030 0.204 0.337 0.177 0.001 0.001 0.001 0.244 95 D 0.012 0.001 0.001 0.017 0.026 0.036 0.054 0.001 0.001 0.004 0.849 96 N 0.092 0.003 0.006 0.024 0.039 0.072 0.225 0.001 0.001 0.078 0.461 97 S 0.310 0.001 0.003 0.016 0.015 0.015 0.341 0.001 0.001 0.042 0.257 98 I 0.149 0.004 0.009 0.048 0.055 0.080 0.147 0.001 0.001 0.010 0.499 99 Y 0.009 0.001 0.001 0.100 0.291 0.361 0.079 0.001 0.001 0.002 0.155 100 R 0.005 0.001 0.001 0.091 0.111 0.203 0.056 0.001 0.001 0.001 0.531 101 V 0.007 0.002 0.001 0.223 0.263 0.325 0.019 0.001 0.001 0.001 0.160 102 D 0.005 0.002 0.001 0.170 0.159 0.280 0.052 0.001 0.001 0.002 0.329 103 L 0.009 0.004 0.001 0.224 0.146 0.311 0.060 0.001 0.001 0.003 0.241 104 G 0.011 0.004 0.001 0.138 0.115 0.175 0.172 0.001 0.001 0.007 0.375 105 D 0.064 0.005 0.004 0.053 0.072 0.116 0.104 0.001 0.001 0.018 0.563 106 L 0.063 0.014 0.005 0.069 0.039 0.073 0.190 0.002 0.001 0.012 0.535 107 D 0.024 0.004 0.002 0.021 0.023 0.034 0.475 0.001 0.001 0.010 0.405 108 I 0.096 0.010 0.004 0.017 0.012 0.016 0.082 0.001 0.001 0.012 0.749 109 T 0.019 0.015 0.004 0.011 0.017 0.030 0.420 0.001 0.001 0.020 0.464 110 S 0.153 0.009 0.003 0.009 0.009 0.010 0.403 0.001 0.001 0.014 0.390 111 I 0.189 0.130 0.015 0.037 0.044 0.066 0.088 0.002 0.001 0.008 0.421 112 K 0.037 0.109 0.008 0.090 0.100 0.143 0.149 0.002 0.001 0.004 0.357 113 Y 0.035 0.070 0.003 0.073 0.069 0.099 0.101 0.003 0.001 0.003 0.544 114 I 0.054 0.107 0.010 0.061 0.076 0.177 0.050 0.005 0.001 0.003 0.456 115 A 0.085 0.105 0.009 0.052 0.069 0.171 0.063 0.004 0.001 0.003 0.439 116 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.985 117 S 0.191 0.034 0.004 0.017 0.007 0.020 0.129 0.002 0.001 0.002 0.593 118 F 0.420 0.086 0.006 0.008 0.002 0.003 0.053 0.002 0.001 0.005 0.416 119 D 0.059 0.148 0.003 0.006 0.005 0.017 0.111 0.002 0.001 0.002 0.645 120 D 0.042 0.135 0.005 0.007 0.001 0.003 0.186 0.002 0.001 0.002 0.619 121 F 0.071 0.672 0.002 0.005 0.001 0.002 0.045 0.003 0.001 0.001 0.199 122 L 0.018 0.910 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.055 123 G 0.013 0.919 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.051 124 K 0.025 0.901 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.054 125 A 0.040 0.914 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.030 126 I 0.032 0.854 0.009 0.005 0.003 0.005 0.008 0.015 0.001 0.001 0.068 127 Y 0.064 0.727 0.019 0.008 0.010 0.015 0.013 0.030 0.001 0.001 0.114 128 L 0.097 0.646 0.027 0.014 0.007 0.011 0.022 0.027 0.001 0.002 0.147 129 N 0.114 0.499 0.032 0.015 0.014 0.017 0.065 0.027 0.001 0.003 0.215 130 F 0.101 0.350 0.048 0.019 0.015 0.027 0.073 0.015 0.001 0.005 0.346 131 N 0.072 0.299 0.019 0.029 0.025 0.039 0.141 0.010 0.001 0.009 0.356 132 K 0.105 0.168 0.010 0.012 0.012 0.014 0.145 0.006 0.001 0.007 0.520 133 L 0.124 0.349 0.021 0.013 0.015 0.026 0.119 0.005 0.001 0.006 0.321 134 Q 0.066 0.284 0.010 0.024 0.040 0.058 0.202 0.006 0.001 0.006 0.303 135 N 0.085 0.258 0.010 0.016 0.050 0.060 0.082 0.010 0.001 0.006 0.423 136 V 0.111 0.395 0.022 0.021 0.055 0.094 0.037 0.013 0.001 0.005 0.247 137 A 0.074 0.296 0.014 0.027 0.055 0.092 0.123 0.014 0.001 0.005 0.300 138 N 0.131 0.183 0.014 0.024 0.045 0.054 0.096 0.014 0.001 0.010 0.430 139 N 0.208 0.127 0.019 0.022 0.037 0.052 0.070 0.009 0.001 0.017 0.438 140 N 0.186 0.047 0.023 0.022 0.023 0.027 0.252 0.006 0.001 0.021 0.393 141 L 0.256 0.054 0.045 0.028 0.029 0.037 0.198 0.004 0.001 0.016 0.332 142 T 0.056 0.052 0.011 0.050 0.088 0.124 0.224 0.003 0.001 0.010 0.381 143 T 0.067 0.029 0.009 0.039 0.076 0.108 0.094 0.003 0.001 0.007 0.569