# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.013 0.036 0.035 0.069 0.032 0.005 0.778 2 E 0.021 0.006 0.020 0.034 0.054 0.140 0.003 0.722 3 V 0.023 0.005 0.013 0.017 0.034 0.042 0.002 0.865 4 I 0.057 0.037 0.083 0.114 0.215 0.090 0.004 0.399 5 E 0.049 0.052 0.047 0.059 0.088 0.155 0.005 0.545 6 S 0.059 0.067 0.034 0.037 0.083 0.074 0.008 0.638 7 K 0.086 0.067 0.035 0.018 0.042 0.097 0.014 0.640 8 W 0.139 0.084 0.032 0.038 0.048 0.167 0.024 0.468 9 Y 0.169 0.130 0.048 0.035 0.059 0.128 0.022 0.410 10 K 0.115 0.180 0.066 0.035 0.066 0.087 0.014 0.437 11 K 0.097 0.130 0.045 0.022 0.046 0.114 0.018 0.527 12 D 0.119 0.081 0.031 0.011 0.019 0.083 0.022 0.635 13 G 0.127 0.025 0.020 0.005 0.009 0.036 0.019 0.759 14 A 0.192 0.048 0.100 0.014 0.017 0.166 0.014 0.447 15 S 0.089 0.046 0.036 0.009 0.010 0.312 0.009 0.490 16 S 0.056 0.037 0.011 0.001 0.003 0.047 0.004 0.840 17 A 0.015 0.037 0.006 0.001 0.001 0.397 0.002 0.542 18 S 0.030 0.025 0.001 0.001 0.001 0.842 0.002 0.100 19 I 0.125 0.688 0.002 0.001 0.001 0.028 0.005 0.150 20 D 0.007 0.859 0.003 0.001 0.001 0.048 0.001 0.081 21 D 0.004 0.862 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.095 22 V 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 23 E 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 24 K 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 25 L 0.020 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 26 L 0.029 0.922 0.006 0.001 0.001 0.001 0.030 0.011 27 N 0.159 0.521 0.060 0.004 0.003 0.007 0.139 0.106 28 T 0.236 0.197 0.297 0.018 0.006 0.019 0.039 0.188 29 T 0.098 0.132 0.119 0.020 0.013 0.105 0.026 0.488 30 L 0.113 0.080 0.075 0.013 0.022 0.181 0.011 0.505 31 P 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.983 32 K 0.008 0.011 0.004 0.002 0.003 0.100 0.001 0.871 33 Q 0.051 0.053 0.004 0.001 0.002 0.365 0.004 0.519 34 Y 0.143 0.472 0.006 0.001 0.005 0.057 0.007 0.309 35 K 0.030 0.816 0.010 0.004 0.008 0.022 0.002 0.107 36 S 0.011 0.893 0.004 0.001 0.002 0.010 0.002 0.075 37 F 0.014 0.957 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 38 L 0.011 0.972 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 39 L 0.013 0.943 0.015 0.006 0.007 0.001 0.005 0.009 40 W 0.084 0.776 0.014 0.010 0.013 0.004 0.038 0.060 41 S 0.169 0.594 0.032 0.019 0.015 0.013 0.077 0.082 42 N 0.129 0.175 0.088 0.029 0.023 0.044 0.103 0.409 43 G 0.091 0.030 0.139 0.025 0.024 0.169 0.064 0.459 44 G 0.235 0.015 0.133 0.085 0.050 0.198 0.028 0.258 45 E 0.035 0.007 0.048 0.052 0.055 0.128 0.005 0.670 46 G 0.014 0.004 0.041 0.088 0.141 0.040 0.002 0.669 47 K 0.030 0.006 0.046 0.109 0.191 0.113 0.003 0.502 48 L 0.029 0.006 0.028 0.135 0.203 0.089 0.003 0.507 49 G 0.025 0.008 0.035 0.090 0.174 0.124 0.006 0.539 50 D 0.020 0.002 0.013 0.016 0.027 0.063 0.005 0.855 51 N 0.112 0.005 0.034 0.036 0.050 0.196 0.038 0.529 52 Y 0.259 0.006 0.051 0.047 0.059 0.250 0.026 0.303 53 I 0.041 0.007 0.137 0.195 0.213 0.130 0.004 0.273 54 Y 0.010 0.004 0.123 0.192 0.378 0.058 0.001 0.235 55 I 0.009 0.006 0.151 0.173 0.350 0.036 0.001 0.274 56 W 0.011 0.010 0.151 0.207 0.327 0.087 0.001 0.205 57 A 0.013 0.010 0.046 0.037 0.103 0.112 0.003 0.675 58 I 0.038 0.045 0.077 0.060 0.212 0.107 0.007 0.455 59 E 0.027 0.041 0.019 0.019 0.039 0.210 0.007 0.638 60 D 0.052 0.067 0.012 0.009 0.018 0.204 0.010 0.627 61 V 0.198 0.338 0.041 0.011 0.030 0.049 0.016 0.317 62 I 0.036 0.705 0.033 0.024 0.038 0.033 0.006 0.126 63 A 0.055 0.628 0.012 0.014 0.027 0.038 0.010 0.214 64 Y 0.104 0.727 0.018 0.007 0.015 0.011 0.017 0.101 65 N 0.124 0.572 0.033 0.020 0.023 0.024 0.043 0.162 66 H 0.075 0.421 0.053 0.022 0.019 0.040 0.025 0.346 67 D 0.072 0.269 0.035 0.011 0.016 0.164 0.030 0.402 68 Y 0.274 0.258 0.027 0.019 0.019 0.130 0.041 0.233 69 G 0.190 0.234 0.037 0.014 0.015 0.138 0.029 0.344 70 I 0.080 0.210 0.086 0.020 0.027 0.083 0.012 0.483 71 Q 0.045 0.198 0.052 0.030 0.043 0.131 0.009 0.492 72 K 0.092 0.205 0.023 0.022 0.035 0.118 0.011 0.493 73 Y 0.196 0.305 0.045 0.023 0.045 0.053 0.022 0.311 74 L 0.165 0.358 0.048 0.027 0.044 0.069 0.023 0.266 75 Q 0.086 0.329 0.047 0.039 0.073 0.052 0.014 0.360 76 K 0.068 0.207 0.042 0.019 0.032 0.059 0.019 0.553 77 E 0.185 0.107 0.074 0.024 0.025 0.118 0.087 0.381 78 Y 0.564 0.035 0.128 0.021 0.021 0.032 0.060 0.140 79 W 0.021 0.031 0.591 0.123 0.080 0.049 0.004 0.101 80 A 0.013 0.012 0.405 0.153 0.179 0.056 0.002 0.180 81 F 0.016 0.011 0.343 0.109 0.200 0.030 0.003 0.289 82 G 0.016 0.009 0.311 0.139 0.231 0.080 0.004 0.212 83 M 0.016 0.006 0.163 0.113 0.128 0.138 0.005 0.431 84 D 0.018 0.006 0.090 0.090 0.151 0.115 0.010 0.520 85 G 0.048 0.004 0.041 0.029 0.050 0.163 0.018 0.648 86 D 0.079 0.004 0.036 0.032 0.035 0.334 0.030 0.451 87 I 0.180 0.004 0.031 0.044 0.055 0.261 0.037 0.388 88 G 0.064 0.006 0.069 0.183 0.240 0.148 0.011 0.279 89 Y 0.010 0.002 0.042 0.350 0.453 0.047 0.002 0.094 90 I 0.003 0.001 0.033 0.327 0.522 0.013 0.001 0.100 91 L 0.001 0.001 0.019 0.414 0.538 0.007 0.001 0.021 92 H 0.001 0.001 0.013 0.329 0.528 0.014 0.001 0.113 93 L 0.003 0.002 0.017 0.312 0.556 0.030 0.001 0.078 94 S 0.014 0.004 0.019 0.140 0.254 0.246 0.007 0.316 95 D 0.028 0.002 0.008 0.028 0.040 0.094 0.016 0.784 96 N 0.160 0.004 0.020 0.025 0.034 0.214 0.081 0.462 97 S 0.188 0.002 0.015 0.021 0.019 0.538 0.018 0.198 98 I 0.037 0.003 0.054 0.039 0.076 0.100 0.005 0.687 99 Y 0.020 0.002 0.091 0.192 0.383 0.121 0.002 0.189 100 R 0.012 0.001 0.114 0.115 0.229 0.052 0.001 0.476 101 V 0.009 0.001 0.231 0.214 0.335 0.041 0.001 0.168 102 D 0.005 0.002 0.165 0.167 0.242 0.063 0.001 0.355 103 L 0.009 0.003 0.169 0.163 0.326 0.054 0.002 0.275 104 G 0.023 0.005 0.122 0.117 0.214 0.208 0.005 0.306 105 D 0.045 0.005 0.044 0.086 0.104 0.131 0.010 0.574 106 L 0.067 0.010 0.060 0.054 0.087 0.150 0.014 0.559 107 D 0.046 0.011 0.020 0.040 0.059 0.419 0.010 0.395 108 I 0.080 0.017 0.018 0.025 0.045 0.100 0.014 0.701 109 T 0.060 0.030 0.018 0.030 0.046 0.376 0.014 0.426 110 S 0.145 0.028 0.016 0.017 0.028 0.275 0.021 0.469 111 I 0.151 0.112 0.063 0.076 0.124 0.076 0.017 0.380 112 K 0.033 0.084 0.051 0.123 0.129 0.136 0.006 0.437 113 Y 0.056 0.081 0.048 0.111 0.150 0.107 0.005 0.441 114 I 0.081 0.202 0.079 0.064 0.245 0.043 0.007 0.280 115 A 0.068 0.249 0.091 0.083 0.166 0.046 0.007 0.289 116 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.987 117 S 0.080 0.057 0.007 0.005 0.016 0.178 0.013 0.644 118 F 0.348 0.134 0.025 0.003 0.009 0.103 0.016 0.363 119 D 0.038 0.165 0.006 0.003 0.002 0.216 0.006 0.564 120 D 0.032 0.347 0.007 0.001 0.002 0.146 0.003 0.463 121 F 0.069 0.730 0.007 0.001 0.001 0.061 0.006 0.125 122 L 0.017 0.951 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.023 123 G 0.016 0.953 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.021 124 K 0.025 0.940 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.020 125 A 0.087 0.827 0.007 0.001 0.001 0.003 0.025 0.049 126 I 0.021 0.896 0.024 0.005 0.003 0.006 0.008 0.036 127 Y 0.051 0.719 0.047 0.015 0.016 0.016 0.019 0.119 128 L 0.098 0.677 0.037 0.014 0.012 0.014 0.020 0.129 129 N 0.104 0.513 0.041 0.012 0.013 0.039 0.036 0.242 130 F 0.111 0.322 0.083 0.016 0.019 0.052 0.029 0.368 131 N 0.068 0.187 0.073 0.032 0.033 0.209 0.026 0.372 132 K 0.148 0.114 0.031 0.020 0.023 0.168 0.024 0.472 133 L 0.120 0.191 0.058 0.024 0.039 0.134 0.019 0.415 134 Q 0.079 0.183 0.040 0.043 0.051 0.262 0.014 0.330 135 N 0.110 0.184 0.027 0.036 0.055 0.113 0.018 0.457 136 V 0.144 0.250 0.057 0.049 0.086 0.051 0.020 0.344 137 A 0.062 0.221 0.029 0.047 0.055 0.226 0.020 0.339 138 N 0.104 0.167 0.018 0.030 0.040 0.176 0.042 0.423 139 N 0.190 0.086 0.027 0.013 0.019 0.074 0.065 0.526 140 N 0.157 0.050 0.046 0.026 0.018 0.242 0.050 0.412 141 L 0.200 0.056 0.055 0.054 0.049 0.182 0.031 0.374 142 T 0.091 0.074 0.060 0.088 0.121 0.242 0.011 0.312 143 T 0.039 0.038 0.047 0.083 0.135 0.077 0.005 0.575