# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.328 0.327 0.043 0.114 0.026 0.017 0.005 0.023 0.006 0.001 2 E 0.193 0.226 0.403 0.037 0.027 0.071 0.019 0.002 0.016 0.002 0.003 3 V 0.195 0.413 0.242 0.040 0.026 0.053 0.008 0.001 0.020 0.001 0.001 4 I 0.259 0.393 0.215 0.045 0.027 0.033 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 5 E 0.213 0.240 0.285 0.086 0.062 0.051 0.024 0.003 0.029 0.004 0.003 6 S 0.300 0.217 0.213 0.068 0.113 0.029 0.015 0.008 0.027 0.009 0.002 7 K 0.458 0.132 0.148 0.187 0.023 0.023 0.013 0.002 0.011 0.001 0.002 8 W 0.278 0.229 0.137 0.191 0.078 0.022 0.031 0.005 0.026 0.002 0.001 9 Y 0.222 0.253 0.270 0.099 0.042 0.049 0.026 0.003 0.032 0.002 0.002 10 K 0.257 0.221 0.335 0.095 0.023 0.029 0.014 0.002 0.020 0.002 0.003 11 K 0.352 0.173 0.245 0.100 0.031 0.034 0.021 0.006 0.026 0.008 0.004 12 D 0.150 0.108 0.283 0.260 0.031 0.027 0.099 0.009 0.022 0.007 0.004 13 G 0.048 0.013 0.096 0.023 0.081 0.012 0.106 0.356 0.006 0.257 0.003 14 A 0.302 0.094 0.457 0.074 0.024 0.022 0.006 0.003 0.008 0.007 0.004 15 S 0.189 0.100 0.453 0.078 0.038 0.091 0.006 0.002 0.036 0.006 0.001 16 S 0.951 0.003 0.031 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.979 0.003 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 S 0.876 0.011 0.018 0.077 0.007 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 D 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 E 0.996 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.979 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.940 0.002 0.006 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.220 0.008 0.017 0.733 0.003 0.002 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 27 N 0.033 0.006 0.012 0.055 0.010 0.008 0.768 0.098 0.002 0.008 0.001 28 T 0.057 0.312 0.396 0.117 0.032 0.058 0.016 0.002 0.009 0.001 0.001 29 T 0.108 0.178 0.431 0.176 0.007 0.076 0.008 0.001 0.010 0.001 0.003 30 L 0.006 0.186 0.350 0.003 0.039 0.039 0.002 0.001 0.374 0.001 0.001 31 P 0.361 0.001 0.587 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 32 K 0.945 0.002 0.025 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.929 0.013 0.017 0.030 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.934 0.003 0.005 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 K 0.989 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 S 0.992 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 F 0.976 0.002 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.958 0.011 0.010 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 39 L 0.949 0.022 0.010 0.008 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 40 W 0.768 0.033 0.042 0.133 0.008 0.006 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 41 S 0.256 0.033 0.055 0.576 0.016 0.010 0.024 0.008 0.016 0.004 0.001 42 N 0.060 0.017 0.038 0.316 0.022 0.013 0.441 0.054 0.016 0.021 0.002 43 G 0.022 0.008 0.049 0.039 0.063 0.003 0.184 0.347 0.003 0.281 0.002 44 G 0.098 0.073 0.255 0.064 0.119 0.023 0.043 0.174 0.013 0.128 0.011 45 E 0.069 0.357 0.356 0.112 0.034 0.018 0.015 0.001 0.032 0.001 0.005 46 G 0.072 0.081 0.276 0.025 0.229 0.036 0.025 0.101 0.013 0.130 0.009 47 K 0.156 0.344 0.326 0.039 0.023 0.058 0.010 0.001 0.036 0.002 0.005 48 L 0.112 0.255 0.441 0.064 0.033 0.033 0.020 0.001 0.033 0.003 0.005 49 G 0.087 0.038 0.136 0.039 0.163 0.022 0.031 0.150 0.013 0.315 0.006 50 D 0.144 0.084 0.238 0.345 0.053 0.033 0.051 0.017 0.018 0.011 0.005 51 N 0.131 0.087 0.116 0.294 0.101 0.031 0.159 0.050 0.016 0.013 0.002 52 Y 0.080 0.403 0.312 0.064 0.064 0.025 0.029 0.003 0.016 0.001 0.001 53 I 0.055 0.527 0.304 0.029 0.029 0.036 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 54 Y 0.029 0.613 0.226 0.014 0.061 0.036 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 55 I 0.058 0.621 0.175 0.020 0.022 0.080 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 56 W 0.070 0.456 0.226 0.046 0.124 0.042 0.007 0.001 0.025 0.002 0.001 57 A 0.094 0.175 0.391 0.028 0.081 0.141 0.026 0.003 0.050 0.009 0.002 58 I 0.682 0.072 0.144 0.052 0.009 0.027 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 59 E 0.878 0.032 0.037 0.039 0.004 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 60 D 0.724 0.044 0.048 0.112 0.031 0.018 0.011 0.002 0.009 0.001 0.001 61 V 0.927 0.018 0.023 0.024 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 62 I 0.906 0.045 0.028 0.011 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 63 A 0.835 0.043 0.030 0.053 0.017 0.008 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 64 Y 0.615 0.069 0.080 0.191 0.017 0.009 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 65 N 0.442 0.048 0.153 0.136 0.032 0.065 0.058 0.028 0.023 0.014 0.002 66 H 0.768 0.037 0.076 0.080 0.014 0.007 0.008 0.002 0.005 0.002 0.001 67 D 0.645 0.033 0.054 0.234 0.005 0.016 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 68 Y 0.335 0.069 0.064 0.459 0.017 0.007 0.039 0.002 0.009 0.001 0.001 69 G 0.254 0.029 0.101 0.046 0.078 0.036 0.188 0.185 0.013 0.069 0.002 70 I 0.508 0.120 0.218 0.102 0.012 0.022 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 71 Q 0.753 0.055 0.122 0.037 0.004 0.014 0.004 0.001 0.007 0.001 0.002 72 K 0.864 0.025 0.023 0.071 0.005 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 73 Y 0.426 0.057 0.078 0.350 0.018 0.021 0.033 0.004 0.010 0.001 0.001 74 L 0.268 0.146 0.327 0.096 0.023 0.039 0.034 0.003 0.061 0.003 0.001 75 Q 0.253 0.067 0.520 0.046 0.017 0.032 0.018 0.002 0.031 0.011 0.004 76 K 0.643 0.033 0.203 0.082 0.009 0.010 0.005 0.003 0.004 0.004 0.003 77 E 0.202 0.066 0.068 0.542 0.039 0.017 0.044 0.013 0.007 0.001 0.001 78 Y 0.032 0.544 0.200 0.056 0.093 0.016 0.035 0.002 0.021 0.001 0.001 79 W 0.012 0.698 0.211 0.005 0.044 0.016 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 80 A 0.007 0.584 0.291 0.005 0.042 0.049 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 81 F 0.009 0.780 0.106 0.014 0.036 0.024 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 82 G 0.041 0.381 0.277 0.026 0.153 0.049 0.018 0.006 0.032 0.014 0.003 83 M 0.124 0.314 0.225 0.091 0.091 0.045 0.034 0.007 0.049 0.016 0.004 84 D 0.083 0.154 0.225 0.198 0.064 0.026 0.172 0.012 0.042 0.018 0.007 85 G 0.017 0.007 0.029 0.024 0.094 0.002 0.028 0.388 0.002 0.405 0.001 86 D 0.064 0.123 0.192 0.374 0.068 0.034 0.067 0.031 0.026 0.016 0.004 87 I 0.061 0.254 0.321 0.173 0.059 0.016 0.079 0.007 0.022 0.004 0.004 88 G 0.046 0.174 0.254 0.028 0.341 0.013 0.034 0.062 0.008 0.036 0.003 89 Y 0.007 0.683 0.171 0.012 0.106 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 90 I 0.001 0.803 0.109 0.002 0.060 0.011 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 91 L 0.002 0.846 0.074 0.002 0.055 0.009 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 92 H 0.009 0.346 0.371 0.006 0.028 0.180 0.009 0.001 0.047 0.001 0.002 93 L 0.159 0.346 0.327 0.041 0.037 0.046 0.010 0.001 0.027 0.003 0.003 94 S 0.350 0.258 0.179 0.075 0.053 0.017 0.023 0.005 0.023 0.014 0.003 95 D 0.096 0.063 0.078 0.522 0.039 0.022 0.142 0.017 0.013 0.005 0.002 96 N 0.023 0.037 0.060 0.107 0.056 0.016 0.471 0.200 0.011 0.020 0.001 97 S 0.060 0.235 0.370 0.109 0.037 0.042 0.116 0.013 0.013 0.004 0.001 98 I 0.026 0.410 0.460 0.043 0.014 0.034 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 99 Y 0.056 0.465 0.276 0.067 0.078 0.038 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 100 R 0.008 0.687 0.131 0.009 0.119 0.024 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 101 V 0.009 0.788 0.128 0.003 0.037 0.021 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 102 D 0.019 0.335 0.377 0.011 0.046 0.156 0.006 0.001 0.044 0.003 0.002 103 L 0.074 0.404 0.300 0.076 0.055 0.030 0.021 0.001 0.035 0.003 0.003 104 G 0.061 0.064 0.105 0.038 0.268 0.020 0.045 0.146 0.009 0.243 0.003 105 D 0.104 0.174 0.246 0.229 0.087 0.065 0.047 0.010 0.027 0.007 0.004 106 L 0.225 0.211 0.226 0.199 0.067 0.026 0.014 0.003 0.022 0.003 0.003 107 D 0.159 0.207 0.350 0.056 0.042 0.071 0.031 0.003 0.073 0.006 0.001 108 I 0.762 0.023 0.123 0.071 0.004 0.008 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 109 T 0.559 0.047 0.049 0.305 0.010 0.007 0.015 0.002 0.004 0.001 0.001 110 S 0.366 0.106 0.092 0.252 0.055 0.020 0.085 0.006 0.017 0.001 0.001 111 I 0.184 0.343 0.282 0.083 0.037 0.028 0.025 0.001 0.016 0.001 0.001 112 K 0.172 0.469 0.250 0.032 0.020 0.036 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 113 Y 0.167 0.327 0.308 0.048 0.017 0.104 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 114 I 0.221 0.421 0.182 0.071 0.015 0.061 0.009 0.001 0.018 0.001 0.001 115 A 0.130 0.198 0.393 0.011 0.076 0.050 0.015 0.001 0.110 0.015 0.001 116 P 0.626 0.004 0.295 0.034 0.007 0.011 0.002 0.001 0.001 0.006 0.013 117 S 0.451 0.049 0.115 0.226 0.053 0.048 0.014 0.012 0.028 0.005 0.001 118 F 0.913 0.005 0.025 0.047 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 119 D 0.986 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 D 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 F 0.983 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 L 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 G 0.991 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 K 0.970 0.002 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.937 0.004 0.013 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 I 0.904 0.034 0.016 0.031 0.001 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 127 Y 0.868 0.031 0.043 0.033 0.003 0.012 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 128 L 0.713 0.041 0.040 0.176 0.010 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 129 N 0.512 0.048 0.061 0.259 0.024 0.026 0.046 0.007 0.014 0.002 0.001 130 F 0.618 0.055 0.080 0.193 0.011 0.012 0.019 0.002 0.009 0.001 0.001 131 N 0.458 0.060 0.108 0.254 0.020 0.021 0.057 0.008 0.009 0.003 0.001 132 K 0.552 0.094 0.134 0.132 0.021 0.024 0.026 0.004 0.012 0.001 0.001 133 L 0.553 0.090 0.130 0.180 0.009 0.021 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 134 Q 0.637 0.131 0.097 0.091 0.014 0.010 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 135 N 0.449 0.108 0.161 0.113 0.043 0.065 0.031 0.006 0.020 0.003 0.001 136 V 0.513 0.163 0.175 0.082 0.020 0.022 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 137 A 0.557 0.109 0.151 0.116 0.013 0.020 0.015 0.002 0.014 0.002 0.001 138 N 0.308 0.079 0.082 0.298 0.051 0.025 0.095 0.027 0.020 0.012 0.001 139 N 0.250 0.048 0.092 0.334 0.038 0.013 0.163 0.041 0.010 0.010 0.001 140 N 0.102 0.076 0.116 0.259 0.040 0.038 0.302 0.048 0.013 0.005 0.001 141 L 0.073 0.295 0.488 0.070 0.016 0.037 0.010 0.001 0.010 0.001 0.001 142 T 0.131 0.343 0.279 0.166 0.018 0.043 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 143 T 0.053 0.566 0.159 0.050 0.113 0.025 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001