# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.174 0.195 0.037 0.013 0.315 0.016 0.021 0.086 0.054 0.044 0.045 2 E 0.127 0.215 0.056 0.011 0.335 0.018 0.036 0.098 0.038 0.024 0.040 3 V 0.251 0.130 0.028 0.006 0.318 0.008 0.023 0.097 0.034 0.047 0.058 4 I 0.144 0.210 0.054 0.015 0.268 0.020 0.037 0.117 0.041 0.045 0.048 5 E 0.122 0.184 0.088 0.023 0.193 0.029 0.034 0.142 0.061 0.057 0.067 6 S 0.089 0.152 0.048 0.018 0.167 0.023 0.038 0.246 0.118 0.064 0.035 7 K 0.056 0.080 0.036 0.017 0.082 0.030 0.065 0.303 0.177 0.120 0.034 8 W 0.066 0.153 0.052 0.017 0.129 0.019 0.057 0.223 0.114 0.123 0.046 9 Y 0.102 0.166 0.065 0.022 0.176 0.018 0.030 0.168 0.085 0.107 0.060 10 K 0.082 0.145 0.078 0.026 0.134 0.029 0.063 0.217 0.109 0.074 0.042 11 K 0.059 0.117 0.073 0.036 0.086 0.044 0.095 0.200 0.120 0.127 0.042 12 D 0.035 0.271 0.132 0.066 0.109 0.038 0.068 0.113 0.059 0.077 0.033 13 G 0.075 0.093 0.063 0.031 0.086 0.017 0.026 0.143 0.092 0.273 0.102 14 A 0.031 0.234 0.148 0.021 0.089 0.029 0.057 0.126 0.078 0.155 0.033 15 S 0.078 0.491 0.124 0.004 0.206 0.002 0.003 0.040 0.009 0.020 0.021 16 S 0.004 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.542 0.412 0.016 0.004 17 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 0.849 0.124 0.007 0.001 18 S 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.779 0.078 0.122 0.002 19 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.903 0.074 0.011 0.001 20 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.937 0.055 0.002 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.970 0.018 0.004 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.063 0.006 0.001 23 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.932 0.062 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.864 0.093 0.014 0.001 25 L 0.020 0.003 0.003 0.004 0.006 0.002 0.231 0.673 0.025 0.030 0.002 26 L 0.017 0.666 0.118 0.017 0.087 0.011 0.020 0.033 0.015 0.008 0.008 27 N 0.044 0.015 0.011 0.028 0.022 0.041 0.032 0.108 0.109 0.388 0.202 28 T 0.094 0.315 0.070 0.005 0.340 0.004 0.015 0.051 0.033 0.041 0.032 29 T 0.115 0.283 0.098 0.008 0.193 0.014 0.071 0.059 0.023 0.056 0.079 30 L 0.014 0.494 0.405 0.007 0.036 0.002 0.002 0.005 0.003 0.010 0.021 31 P 0.023 0.544 0.106 0.014 0.091 0.004 0.006 0.166 0.032 0.007 0.007 32 K 0.001 0.005 0.006 0.001 0.002 0.007 0.020 0.774 0.178 0.006 0.001 33 Q 0.002 0.009 0.004 0.001 0.003 0.001 0.013 0.806 0.107 0.051 0.003 34 Y 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.861 0.091 0.030 0.002 35 K 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.886 0.093 0.004 0.001 36 S 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.937 0.032 0.007 0.001 37 F 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.912 0.050 0.013 0.001 38 L 0.005 0.005 0.001 0.001 0.008 0.003 0.009 0.821 0.128 0.015 0.003 39 L 0.007 0.008 0.003 0.002 0.019 0.007 0.031 0.707 0.168 0.046 0.004 40 W 0.038 0.027 0.030 0.007 0.046 0.012 0.127 0.506 0.087 0.105 0.015 41 S 0.047 0.150 0.119 0.047 0.099 0.060 0.104 0.212 0.062 0.064 0.035 42 N 0.043 0.240 0.163 0.129 0.068 0.053 0.067 0.065 0.043 0.084 0.044 43 G 0.040 0.019 0.035 0.057 0.018 0.026 0.014 0.035 0.037 0.536 0.182 44 G 0.079 0.168 0.159 0.042 0.137 0.051 0.060 0.092 0.078 0.090 0.042 45 E 0.136 0.122 0.060 0.039 0.163 0.042 0.068 0.107 0.110 0.098 0.055 46 G 0.095 0.194 0.189 0.057 0.206 0.019 0.024 0.044 0.047 0.076 0.049 47 K 0.253 0.140 0.057 0.009 0.340 0.010 0.020 0.039 0.027 0.043 0.062 48 L 0.090 0.137 0.094 0.102 0.132 0.090 0.063 0.083 0.048 0.108 0.053 49 G 0.018 0.048 0.114 0.545 0.026 0.079 0.034 0.046 0.029 0.046 0.016 50 D 0.020 0.068 0.085 0.171 0.028 0.103 0.148 0.174 0.085 0.098 0.020 51 N 0.039 0.053 0.064 0.053 0.036 0.036 0.034 0.065 0.068 0.459 0.093 52 Y 0.178 0.188 0.029 0.008 0.389 0.008 0.015 0.040 0.033 0.059 0.053 53 I 0.210 0.172 0.023 0.006 0.460 0.011 0.016 0.033 0.017 0.020 0.032 54 Y 0.192 0.163 0.039 0.007 0.483 0.010 0.013 0.028 0.010 0.014 0.042 55 I 0.327 0.099 0.018 0.008 0.359 0.009 0.014 0.038 0.019 0.041 0.069 56 W 0.085 0.218 0.120 0.031 0.244 0.044 0.049 0.063 0.032 0.051 0.063 57 A 0.106 0.404 0.132 0.006 0.235 0.003 0.004 0.037 0.011 0.018 0.043 58 I 0.018 0.024 0.006 0.002 0.021 0.004 0.006 0.432 0.424 0.050 0.013 59 E 0.005 0.020 0.014 0.008 0.010 0.018 0.041 0.677 0.184 0.020 0.004 60 D 0.020 0.032 0.011 0.003 0.025 0.006 0.019 0.622 0.127 0.123 0.011 61 V 0.008 0.006 0.003 0.001 0.012 0.002 0.006 0.717 0.210 0.031 0.004 62 I 0.005 0.012 0.004 0.003 0.010 0.007 0.012 0.753 0.178 0.013 0.003 63 A 0.017 0.010 0.004 0.003 0.014 0.003 0.060 0.773 0.068 0.042 0.005 64 Y 0.029 0.066 0.026 0.007 0.060 0.011 0.049 0.569 0.075 0.098 0.011 65 N 0.067 0.061 0.024 0.012 0.093 0.013 0.024 0.482 0.131 0.053 0.039 66 H 0.006 0.017 0.010 0.004 0.010 0.008 0.033 0.681 0.193 0.033 0.006 67 D 0.026 0.050 0.022 0.007 0.035 0.012 0.064 0.528 0.093 0.141 0.022 68 Y 0.040 0.328 0.064 0.019 0.099 0.017 0.029 0.267 0.054 0.052 0.031 69 G 0.057 0.096 0.052 0.027 0.061 0.019 0.026 0.366 0.076 0.144 0.076 70 I 0.042 0.089 0.026 0.007 0.077 0.008 0.016 0.480 0.172 0.065 0.019 71 Q 0.028 0.043 0.015 0.010 0.048 0.020 0.034 0.564 0.192 0.033 0.013 72 K 0.022 0.049 0.018 0.007 0.038 0.013 0.078 0.529 0.187 0.050 0.012 73 Y 0.050 0.039 0.022 0.009 0.059 0.011 0.081 0.246 0.096 0.352 0.035 74 L 0.054 0.313 0.129 0.059 0.111 0.021 0.030 0.071 0.054 0.122 0.037 75 Q 0.069 0.280 0.277 0.065 0.152 0.012 0.015 0.062 0.039 0.013 0.017 76 K 0.016 0.030 0.023 0.012 0.026 0.042 0.168 0.378 0.262 0.034 0.010 77 E 0.045 0.043 0.029 0.017 0.051 0.040 0.156 0.122 0.087 0.360 0.051 78 Y 0.239 0.152 0.007 0.002 0.476 0.003 0.005 0.020 0.011 0.041 0.043 79 W 0.174 0.138 0.013 0.003 0.611 0.007 0.008 0.012 0.006 0.006 0.022 80 A 0.363 0.078 0.025 0.003 0.454 0.004 0.006 0.009 0.004 0.005 0.051 81 F 0.231 0.115 0.029 0.024 0.330 0.034 0.035 0.038 0.024 0.059 0.083 82 G 0.173 0.167 0.111 0.043 0.324 0.019 0.016 0.026 0.020 0.038 0.063 83 M 0.201 0.091 0.046 0.053 0.204 0.060 0.048 0.072 0.051 0.091 0.084 84 D 0.021 0.070 0.086 0.293 0.043 0.184 0.097 0.061 0.039 0.080 0.027 85 G 0.018 0.035 0.052 0.434 0.019 0.106 0.057 0.051 0.039 0.150 0.039 86 D 0.055 0.062 0.131 0.135 0.046 0.047 0.023 0.039 0.053 0.336 0.072 87 I 0.193 0.120 0.051 0.031 0.245 0.048 0.068 0.059 0.063 0.078 0.045 88 G 0.303 0.086 0.032 0.033 0.305 0.048 0.038 0.024 0.019 0.058 0.053 89 Y 0.225 0.104 0.012 0.005 0.592 0.011 0.010 0.008 0.004 0.009 0.018 90 I 0.320 0.061 0.006 0.001 0.585 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.017 91 L 0.166 0.202 0.050 0.002 0.502 0.003 0.003 0.004 0.002 0.003 0.062 92 H 0.201 0.255 0.061 0.002 0.392 0.002 0.002 0.005 0.003 0.005 0.074 93 L 0.231 0.202 0.051 0.015 0.212 0.026 0.046 0.073 0.051 0.043 0.050 94 S 0.032 0.117 0.167 0.202 0.056 0.131 0.100 0.079 0.053 0.045 0.018 95 D 0.020 0.120 0.093 0.283 0.036 0.098 0.164 0.085 0.041 0.044 0.016 96 N 0.020 0.031 0.053 0.144 0.017 0.055 0.028 0.033 0.047 0.470 0.102 97 S 0.117 0.245 0.093 0.029 0.243 0.023 0.028 0.030 0.037 0.097 0.058 98 I 0.290 0.134 0.026 0.010 0.383 0.016 0.019 0.023 0.021 0.033 0.045 99 Y 0.150 0.223 0.047 0.017 0.430 0.025 0.029 0.017 0.012 0.018 0.031 100 R 0.280 0.096 0.015 0.002 0.545 0.003 0.004 0.005 0.003 0.009 0.038 101 V 0.193 0.201 0.032 0.005 0.494 0.007 0.008 0.008 0.005 0.008 0.040 102 D 0.220 0.164 0.061 0.005 0.415 0.007 0.007 0.008 0.006 0.010 0.097 103 L 0.207 0.176 0.027 0.018 0.293 0.021 0.025 0.057 0.072 0.054 0.051 104 G 0.058 0.098 0.089 0.077 0.105 0.112 0.154 0.074 0.082 0.103 0.050 105 D 0.209 0.131 0.040 0.008 0.298 0.007 0.013 0.033 0.027 0.118 0.114 106 L 0.074 0.302 0.041 0.016 0.297 0.028 0.032 0.062 0.055 0.063 0.030 107 D 0.220 0.140 0.068 0.008 0.447 0.006 0.006 0.023 0.016 0.018 0.049 108 I 0.069 0.039 0.011 0.006 0.078 0.010 0.017 0.281 0.410 0.058 0.021 109 T 0.021 0.051 0.034 0.026 0.031 0.086 0.146 0.303 0.185 0.099 0.018 110 S 0.103 0.098 0.029 0.014 0.154 0.014 0.034 0.141 0.074 0.279 0.061 111 I 0.213 0.161 0.019 0.008 0.340 0.009 0.016 0.077 0.041 0.062 0.054 112 K 0.112 0.286 0.041 0.007 0.383 0.015 0.019 0.057 0.029 0.014 0.036 113 Y 0.230 0.114 0.029 0.008 0.369 0.008 0.024 0.098 0.043 0.033 0.044 114 I 0.118 0.132 0.054 0.025 0.152 0.039 0.065 0.107 0.070 0.173 0.064 115 A 0.069 0.331 0.164 0.021 0.219 0.011 0.019 0.057 0.028 0.028 0.053 116 P 0.030 0.134 0.119 0.029 0.078 0.067 0.125 0.214 0.086 0.083 0.035 117 S 0.078 0.443 0.139 0.003 0.140 0.004 0.006 0.059 0.021 0.074 0.033 118 F 0.010 0.018 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 0.522 0.391 0.036 0.005 119 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.882 0.102 0.004 0.001 120 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.948 0.039 0.006 0.001 121 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.931 0.055 0.010 0.001 122 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.853 0.135 0.006 0.001 123 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.800 0.149 0.026 0.001 124 K 0.005 0.007 0.006 0.001 0.007 0.004 0.057 0.755 0.085 0.072 0.002 125 A 0.045 0.032 0.009 0.002 0.047 0.004 0.037 0.580 0.159 0.069 0.016 126 I 0.041 0.081 0.020 0.005 0.085 0.013 0.058 0.512 0.135 0.038 0.014 127 Y 0.151 0.042 0.017 0.007 0.110 0.010 0.045 0.358 0.090 0.123 0.048 128 L 0.042 0.116 0.036 0.014 0.111 0.031 0.114 0.357 0.105 0.052 0.022 129 N 0.080 0.085 0.046 0.017 0.114 0.023 0.062 0.294 0.087 0.134 0.056 130 F 0.060 0.067 0.024 0.010 0.086 0.013 0.028 0.333 0.208 0.135 0.036 131 N 0.035 0.093 0.052 0.034 0.066 0.053 0.068 0.331 0.148 0.090 0.028 132 K 0.075 0.081 0.037 0.016 0.095 0.021 0.046 0.304 0.117 0.160 0.047 133 L 0.089 0.061 0.020 0.007 0.105 0.010 0.020 0.344 0.186 0.124 0.033 134 Q 0.046 0.161 0.043 0.015 0.117 0.025 0.038 0.386 0.108 0.040 0.021 135 N 0.118 0.093 0.037 0.007 0.214 0.010 0.025 0.296 0.068 0.077 0.056 136 V 0.090 0.075 0.027 0.008 0.134 0.012 0.040 0.414 0.103 0.069 0.028 137 A 0.040 0.078 0.061 0.028 0.059 0.050 0.087 0.410 0.092 0.069 0.026 138 N 0.055 0.154 0.069 0.070 0.074 0.056 0.067 0.241 0.087 0.087 0.039 139 N 0.029 0.141 0.112 0.115 0.054 0.060 0.061 0.130 0.087 0.157 0.053 140 N 0.075 0.080 0.051 0.036 0.075 0.023 0.030 0.088 0.080 0.340 0.122 141 L 0.137 0.223 0.045 0.011 0.292 0.012 0.023 0.073 0.056 0.074 0.052 142 T 0.148 0.216 0.079 0.024 0.259 0.031 0.033 0.070 0.040 0.051 0.049 143 T 0.138 0.217 0.098 0.030 0.251 0.024 0.029 0.082 0.046 0.043 0.043