# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.569 0.182 0.155 0.069 0.020 0.005 0.001 2 E 0.696 0.201 0.082 0.017 0.003 0.001 0.001 3 V 0.354 0.302 0.208 0.091 0.037 0.009 0.001 4 I 0.155 0.143 0.165 0.287 0.187 0.060 0.003 5 E 0.373 0.291 0.189 0.102 0.036 0.009 0.001 6 S 0.409 0.263 0.167 0.115 0.037 0.008 0.001 7 K 0.556 0.260 0.132 0.036 0.012 0.004 0.001 8 W 0.227 0.225 0.219 0.206 0.097 0.025 0.001 9 Y 0.319 0.239 0.208 0.157 0.062 0.015 0.001 10 K 0.438 0.264 0.178 0.087 0.029 0.005 0.001 11 K 0.716 0.191 0.071 0.019 0.003 0.001 0.001 12 D 0.754 0.179 0.054 0.010 0.002 0.001 0.001 13 G 0.439 0.374 0.123 0.049 0.012 0.002 0.001 14 A 0.108 0.144 0.257 0.286 0.174 0.030 0.001 15 S 0.257 0.502 0.144 0.076 0.017 0.003 0.001 16 S 0.360 0.415 0.138 0.066 0.020 0.001 0.001 17 A 0.382 0.441 0.088 0.074 0.013 0.002 0.001 18 S 0.114 0.216 0.369 0.198 0.093 0.010 0.001 19 I 0.007 0.026 0.119 0.375 0.391 0.081 0.001 20 D 0.217 0.426 0.284 0.061 0.011 0.001 0.001 21 D 0.109 0.493 0.255 0.109 0.030 0.004 0.001 22 V 0.014 0.027 0.071 0.207 0.425 0.250 0.006 23 E 0.028 0.106 0.254 0.437 0.145 0.028 0.001 24 K 0.443 0.399 0.132 0.020 0.005 0.001 0.001 25 L 0.118 0.251 0.287 0.239 0.087 0.016 0.001 26 L 0.048 0.083 0.148 0.302 0.313 0.101 0.005 27 N 0.338 0.410 0.172 0.063 0.014 0.004 0.001 28 T 0.303 0.275 0.201 0.157 0.054 0.009 0.001 29 T 0.295 0.437 0.199 0.050 0.014 0.004 0.001 30 L 0.033 0.062 0.169 0.392 0.274 0.068 0.002 31 P 0.190 0.347 0.251 0.161 0.041 0.009 0.001 32 K 0.592 0.293 0.088 0.021 0.005 0.001 0.001 33 Q 0.179 0.376 0.287 0.119 0.034 0.006 0.001 34 Y 0.007 0.021 0.075 0.217 0.427 0.238 0.015 35 K 0.011 0.067 0.189 0.339 0.285 0.100 0.009 36 S 0.082 0.300 0.302 0.187 0.091 0.033 0.005 37 F 0.012 0.044 0.099 0.181 0.294 0.290 0.079 38 L 0.005 0.011 0.022 0.068 0.184 0.450 0.261 39 L 0.023 0.082 0.142 0.230 0.235 0.185 0.104 40 W 0.046 0.111 0.125 0.182 0.200 0.203 0.133 41 S 0.027 0.060 0.079 0.134 0.197 0.294 0.208 42 N 0.031 0.058 0.056 0.107 0.176 0.302 0.269 43 G 0.062 0.093 0.116 0.175 0.197 0.206 0.150 44 G 0.058 0.080 0.081 0.138 0.204 0.270 0.170 45 E 0.094 0.155 0.178 0.215 0.170 0.132 0.056 46 G 0.064 0.067 0.088 0.162 0.268 0.271 0.080 47 K 0.128 0.207 0.221 0.221 0.128 0.077 0.017 48 L 0.113 0.140 0.181 0.234 0.213 0.100 0.018 49 G 0.229 0.278 0.202 0.171 0.077 0.034 0.009 50 D 0.398 0.285 0.159 0.094 0.040 0.020 0.005 51 N 0.139 0.222 0.217 0.191 0.141 0.073 0.016 52 Y 0.024 0.056 0.119 0.217 0.274 0.243 0.067 53 I 0.012 0.026 0.054 0.099 0.213 0.422 0.173 54 Y 0.012 0.028 0.058 0.127 0.204 0.349 0.222 55 I 0.006 0.008 0.016 0.032 0.103 0.384 0.451 56 W 0.010 0.023 0.046 0.100 0.195 0.354 0.272 57 A 0.014 0.041 0.090 0.170 0.245 0.271 0.169 58 I 0.012 0.027 0.059 0.135 0.270 0.373 0.125 59 E 0.103 0.227 0.266 0.212 0.111 0.064 0.018 60 D 0.090 0.259 0.251 0.221 0.124 0.047 0.007 61 V 0.037 0.047 0.085 0.193 0.338 0.274 0.024 62 I 0.087 0.169 0.227 0.282 0.162 0.066 0.007 63 A 0.262 0.402 0.210 0.086 0.028 0.011 0.001 64 Y 0.073 0.115 0.168 0.318 0.231 0.089 0.007 65 N 0.188 0.239 0.246 0.193 0.088 0.040 0.006 66 H 0.264 0.321 0.193 0.139 0.060 0.021 0.002 67 D 0.170 0.221 0.246 0.193 0.121 0.045 0.003 68 Y 0.088 0.133 0.185 0.277 0.204 0.105 0.008 69 G 0.166 0.304 0.300 0.156 0.055 0.017 0.002 70 I 0.069 0.092 0.125 0.286 0.281 0.138 0.009 71 Q 0.228 0.284 0.279 0.149 0.046 0.013 0.001 72 K 0.384 0.424 0.133 0.045 0.010 0.004 0.001 73 Y 0.045 0.111 0.254 0.338 0.198 0.052 0.002 74 L 0.021 0.064 0.137 0.289 0.339 0.140 0.010 75 Q 0.075 0.283 0.319 0.218 0.080 0.021 0.003 76 K 0.189 0.410 0.237 0.113 0.039 0.011 0.002 77 E 0.013 0.100 0.299 0.293 0.201 0.084 0.010 78 Y 0.001 0.002 0.013 0.065 0.332 0.501 0.086 79 W 0.001 0.001 0.004 0.016 0.103 0.546 0.329 80 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.261 0.719 81 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.147 0.842 82 G 0.001 0.001 0.002 0.011 0.042 0.220 0.724 83 M 0.002 0.008 0.020 0.060 0.150 0.297 0.462 84 D 0.010 0.041 0.073 0.132 0.188 0.319 0.237 85 G 0.022 0.085 0.128 0.173 0.196 0.250 0.147 86 D 0.014 0.067 0.099 0.179 0.252 0.264 0.125 87 I 0.005 0.023 0.053 0.146 0.313 0.339 0.122 88 G 0.004 0.010 0.036 0.082 0.208 0.386 0.274 89 Y 0.001 0.001 0.004 0.009 0.044 0.420 0.522 90 I 0.001 0.003 0.009 0.026 0.089 0.370 0.503 91 L 0.001 0.003 0.007 0.023 0.098 0.469 0.399 92 H 0.006 0.048 0.155 0.295 0.273 0.186 0.037 93 L 0.008 0.032 0.096 0.256 0.348 0.235 0.024 94 S 0.125 0.337 0.262 0.180 0.071 0.023 0.002 95 D 0.403 0.348 0.135 0.079 0.028 0.006 0.001 96 N 0.358 0.298 0.196 0.110 0.032 0.006 0.001 97 S 0.409 0.308 0.208 0.054 0.015 0.005 0.001 98 I 0.044 0.145 0.232 0.313 0.196 0.064 0.006 99 Y 0.024 0.056 0.103 0.200 0.334 0.255 0.029 100 R 0.046 0.107 0.171 0.251 0.220 0.153 0.052 101 V 0.022 0.025 0.037 0.062 0.147 0.424 0.284 102 D 0.033 0.078 0.095 0.198 0.227 0.218 0.151 103 L 0.040 0.050 0.071 0.124 0.189 0.284 0.242 104 G 0.059 0.088 0.111 0.160 0.202 0.248 0.132 105 D 0.101 0.146 0.173 0.202 0.169 0.159 0.050 106 L 0.078 0.088 0.141 0.213 0.254 0.187 0.038 107 D 0.190 0.252 0.209 0.162 0.106 0.067 0.014 108 I 0.166 0.194 0.204 0.218 0.151 0.058 0.010 109 T 0.415 0.333 0.128 0.083 0.027 0.012 0.002 110 S 0.167 0.232 0.216 0.191 0.125 0.059 0.010 111 I 0.042 0.068 0.126 0.237 0.289 0.208 0.030 112 K 0.070 0.175 0.262 0.262 0.148 0.071 0.013 113 Y 0.042 0.121 0.209 0.237 0.223 0.140 0.029 114 I 0.012 0.027 0.048 0.099 0.219 0.455 0.140 115 A 0.011 0.028 0.084 0.195 0.315 0.293 0.073 116 P 0.072 0.264 0.281 0.210 0.106 0.054 0.012 117 S 0.021 0.101 0.219 0.288 0.238 0.112 0.021 118 F 0.004 0.010 0.021 0.079 0.268 0.504 0.113 119 D 0.043 0.222 0.312 0.292 0.098 0.029 0.004 120 D 0.068 0.303 0.293 0.205 0.096 0.030 0.004 121 F 0.009 0.031 0.083 0.220 0.353 0.271 0.033 122 L 0.009 0.023 0.054 0.165 0.338 0.330 0.081 123 G 0.084 0.276 0.302 0.211 0.093 0.029 0.004 124 K 0.094 0.277 0.284 0.207 0.099 0.033 0.006 125 A 0.035 0.060 0.103 0.195 0.292 0.276 0.040 126 I 0.058 0.125 0.171 0.250 0.247 0.131 0.019 127 Y 0.130 0.285 0.241 0.195 0.107 0.039 0.004 128 L 0.168 0.196 0.202 0.249 0.135 0.046 0.004 129 N 0.308 0.342 0.195 0.099 0.038 0.015 0.002 130 F 0.171 0.182 0.198 0.238 0.157 0.050 0.003 131 N 0.405 0.269 0.179 0.107 0.032 0.008 0.001 132 K 0.461 0.368 0.112 0.046 0.011 0.003 0.001 133 L 0.132 0.145 0.215 0.263 0.190 0.053 0.002 134 Q 0.287 0.286 0.213 0.155 0.046 0.013 0.001 135 N 0.383 0.385 0.145 0.063 0.020 0.004 0.001 136 V 0.179 0.173 0.226 0.259 0.133 0.029 0.001 137 A 0.297 0.302 0.225 0.129 0.039 0.008 0.001 138 N 0.659 0.247 0.066 0.022 0.004 0.001 0.001 139 N 0.620 0.247 0.080 0.040 0.011 0.001 0.001 140 N 0.601 0.248 0.107 0.034 0.009 0.002 0.001 141 L 0.343 0.248 0.212 0.136 0.054 0.007 0.001 142 T 0.523 0.317 0.094 0.052 0.012 0.002 0.001 143 T 0.584 0.251 0.098 0.046 0.018 0.003 0.001