# TARGET T0401 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0401.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 180 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.142 0.096 0.102 0.142 0.154 0.136 0.087 0.064 0.038 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 2 E 0.403 0.165 0.152 0.097 0.068 0.044 0.034 0.014 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 3 V 0.202 0.133 0.131 0.146 0.143 0.101 0.062 0.037 0.024 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 4 I 0.107 0.086 0.085 0.140 0.182 0.139 0.102 0.077 0.041 0.021 0.010 0.006 0.002 0.001 5 E 0.245 0.180 0.138 0.141 0.109 0.079 0.053 0.024 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 6 S 0.309 0.167 0.125 0.113 0.091 0.083 0.054 0.027 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 7 K 0.356 0.166 0.148 0.105 0.086 0.059 0.042 0.016 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 8 W 0.157 0.108 0.105 0.154 0.158 0.132 0.081 0.053 0.026 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 9 Y 0.176 0.133 0.111 0.164 0.160 0.103 0.071 0.043 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 10 K 0.273 0.157 0.149 0.136 0.105 0.073 0.049 0.026 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 11 K 0.329 0.184 0.159 0.120 0.080 0.053 0.038 0.016 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 12 D 0.354 0.179 0.141 0.125 0.085 0.056 0.032 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 13 G 0.312 0.177 0.156 0.133 0.099 0.060 0.032 0.014 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.213 0.132 0.098 0.157 0.168 0.099 0.063 0.041 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 15 S 0.314 0.170 0.175 0.110 0.090 0.067 0.037 0.013 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 S 0.302 0.207 0.191 0.125 0.077 0.052 0.030 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.713 0.161 0.066 0.030 0.016 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 S 0.137 0.200 0.232 0.167 0.114 0.105 0.026 0.008 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 I 0.012 0.023 0.030 0.123 0.256 0.245 0.158 0.095 0.046 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 20 D 0.436 0.265 0.219 0.045 0.018 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.370 0.303 0.211 0.068 0.023 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.009 0.014 0.022 0.098 0.196 0.213 0.261 0.118 0.053 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 23 E 0.043 0.107 0.187 0.238 0.235 0.112 0.045 0.017 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.752 0.189 0.028 0.013 0.006 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.087 0.106 0.147 0.230 0.203 0.142 0.054 0.016 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.038 0.036 0.066 0.133 0.260 0.202 0.129 0.084 0.034 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 27 N 0.422 0.248 0.163 0.071 0.038 0.034 0.014 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 T 0.284 0.113 0.104 0.154 0.149 0.095 0.052 0.028 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 29 T 0.396 0.190 0.209 0.090 0.057 0.028 0.018 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.122 0.075 0.107 0.158 0.195 0.158 0.089 0.056 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 31 P 0.169 0.157 0.160 0.170 0.155 0.087 0.058 0.020 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.581 0.201 0.103 0.057 0.029 0.017 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.295 0.269 0.234 0.103 0.046 0.034 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 Y 0.026 0.023 0.036 0.097 0.184 0.189 0.200 0.138 0.074 0.018 0.010 0.004 0.003 0.001 35 K 0.069 0.143 0.153 0.217 0.190 0.118 0.057 0.025 0.021 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 36 S 0.501 0.257 0.084 0.052 0.030 0.051 0.011 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 F 0.038 0.044 0.066 0.153 0.197 0.212 0.132 0.079 0.040 0.018 0.008 0.009 0.003 0.001 38 L 0.035 0.029 0.052 0.083 0.156 0.165 0.170 0.155 0.075 0.033 0.028 0.012 0.006 0.003 39 L 0.195 0.156 0.131 0.148 0.123 0.100 0.058 0.042 0.025 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 40 W 0.175 0.112 0.098 0.149 0.154 0.112 0.070 0.052 0.033 0.020 0.014 0.007 0.003 0.001 41 S 0.091 0.077 0.094 0.114 0.159 0.154 0.115 0.072 0.057 0.034 0.020 0.007 0.003 0.002 42 N 0.085 0.064 0.104 0.111 0.147 0.133 0.107 0.095 0.066 0.048 0.024 0.011 0.004 0.002 43 G 0.149 0.097 0.079 0.101 0.124 0.106 0.100 0.085 0.066 0.045 0.028 0.011 0.006 0.004 44 G 0.048 0.036 0.046 0.066 0.085 0.113 0.118 0.130 0.116 0.110 0.066 0.042 0.018 0.006 45 E 0.087 0.083 0.107 0.130 0.143 0.115 0.106 0.096 0.054 0.034 0.027 0.009 0.004 0.004 46 G 0.092 0.059 0.069 0.092 0.105 0.108 0.098 0.112 0.090 0.075 0.052 0.029 0.015 0.006 47 K 0.113 0.123 0.113 0.165 0.155 0.107 0.091 0.068 0.031 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 48 L 0.072 0.075 0.094 0.143 0.165 0.142 0.106 0.090 0.053 0.030 0.015 0.009 0.004 0.002 49 G 0.198 0.179 0.159 0.151 0.111 0.070 0.060 0.030 0.022 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 50 D 0.197 0.218 0.126 0.178 0.097 0.086 0.048 0.025 0.011 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 51 N 0.099 0.147 0.139 0.177 0.141 0.125 0.079 0.050 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 52 Y 0.040 0.046 0.053 0.103 0.158 0.159 0.138 0.122 0.081 0.056 0.017 0.016 0.008 0.004 53 I 0.020 0.017 0.025 0.040 0.070 0.111 0.158 0.165 0.145 0.113 0.075 0.036 0.018 0.008 54 Y 0.014 0.012 0.025 0.041 0.081 0.088 0.128 0.152 0.134 0.120 0.103 0.059 0.023 0.019 55 I 0.008 0.007 0.010 0.016 0.028 0.042 0.058 0.089 0.165 0.170 0.152 0.132 0.087 0.036 56 W 0.031 0.031 0.032 0.045 0.064 0.080 0.108 0.143 0.126 0.130 0.101 0.059 0.032 0.018 57 A 0.016 0.028 0.036 0.068 0.115 0.123 0.162 0.161 0.116 0.076 0.057 0.021 0.009 0.012 58 I 0.007 0.012 0.017 0.042 0.081 0.132 0.148 0.168 0.182 0.103 0.054 0.028 0.019 0.007 59 E 0.144 0.161 0.163 0.158 0.119 0.099 0.068 0.035 0.031 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 60 D 0.178 0.206 0.212 0.144 0.098 0.084 0.032 0.018 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 61 V 0.032 0.047 0.052 0.115 0.194 0.180 0.168 0.115 0.059 0.021 0.010 0.004 0.003 0.001 62 I 0.092 0.119 0.131 0.187 0.192 0.127 0.074 0.042 0.024 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 63 A 0.567 0.220 0.092 0.045 0.027 0.027 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.126 0.110 0.125 0.185 0.199 0.136 0.062 0.031 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 65 N 0.235 0.158 0.170 0.152 0.127 0.073 0.048 0.018 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 66 H 0.437 0.178 0.127 0.101 0.068 0.045 0.025 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 67 D 0.456 0.192 0.111 0.078 0.066 0.045 0.031 0.008 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Y 0.204 0.127 0.113 0.156 0.162 0.119 0.057 0.035 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 69 G 0.446 0.212 0.133 0.082 0.055 0.036 0.021 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.118 0.099 0.119 0.185 0.176 0.143 0.076 0.044 0.025 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 71 Q 0.413 0.178 0.143 0.093 0.071 0.042 0.037 0.007 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.492 0.216 0.146 0.059 0.034 0.033 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.101 0.118 0.105 0.200 0.219 0.131 0.067 0.034 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 74 L 0.050 0.072 0.079 0.184 0.230 0.151 0.109 0.065 0.038 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 75 Q 0.120 0.176 0.172 0.186 0.136 0.105 0.047 0.023 0.024 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 76 K 0.138 0.189 0.163 0.156 0.108 0.105 0.065 0.028 0.024 0.010 0.010 0.002 0.001 0.001 77 E 0.017 0.053 0.079 0.133 0.181 0.205 0.136 0.086 0.060 0.025 0.013 0.008 0.003 0.002 78 Y 0.002 0.003 0.005 0.013 0.036 0.076 0.114 0.135 0.220 0.173 0.082 0.079 0.048 0.016 79 W 0.002 0.002 0.003 0.006 0.016 0.031 0.080 0.116 0.163 0.194 0.202 0.104 0.054 0.028 80 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.011 0.024 0.047 0.091 0.138 0.252 0.219 0.120 0.085 81 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.014 0.035 0.111 0.176 0.140 0.272 0.177 0.056 82 G 0.002 0.006 0.006 0.016 0.030 0.052 0.110 0.156 0.149 0.163 0.140 0.082 0.047 0.041 83 M 0.005 0.016 0.022 0.048 0.085 0.111 0.145 0.178 0.138 0.096 0.097 0.029 0.014 0.015 84 D 0.018 0.057 0.080 0.144 0.150 0.153 0.113 0.110 0.080 0.044 0.032 0.008 0.005 0.004 85 G 0.047 0.110 0.135 0.180 0.130 0.134 0.092 0.066 0.055 0.026 0.017 0.005 0.002 0.001 86 D 0.031 0.083 0.140 0.149 0.139 0.134 0.118 0.089 0.070 0.028 0.013 0.004 0.001 0.001 87 I 0.009 0.025 0.033 0.075 0.125 0.150 0.155 0.155 0.132 0.077 0.027 0.023 0.009 0.005 88 G 0.005 0.008 0.014 0.021 0.046 0.074 0.120 0.140 0.198 0.162 0.119 0.051 0.027 0.017 89 Y 0.002 0.002 0.004 0.006 0.015 0.024 0.061 0.107 0.130 0.171 0.271 0.113 0.060 0.035 90 I 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.018 0.027 0.062 0.140 0.162 0.169 0.193 0.136 0.072 91 L 0.002 0.003 0.003 0.006 0.009 0.022 0.041 0.079 0.156 0.236 0.144 0.173 0.098 0.029 92 H 0.008 0.024 0.032 0.066 0.097 0.116 0.176 0.190 0.104 0.067 0.078 0.019 0.008 0.015 93 L 0.010 0.023 0.033 0.074 0.119 0.147 0.130 0.156 0.127 0.071 0.057 0.024 0.017 0.010 94 S 0.072 0.143 0.164 0.212 0.147 0.113 0.064 0.039 0.029 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 95 D 0.278 0.224 0.226 0.106 0.058 0.049 0.029 0.009 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 96 N 0.208 0.188 0.279 0.122 0.078 0.050 0.045 0.012 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 97 S 0.275 0.214 0.184 0.117 0.075 0.058 0.044 0.013 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 98 I 0.045 0.066 0.058 0.126 0.171 0.187 0.139 0.103 0.053 0.030 0.010 0.006 0.003 0.001 99 Y 0.020 0.019 0.031 0.056 0.102 0.121 0.147 0.169 0.121 0.096 0.062 0.040 0.013 0.005 100 R 0.028 0.025 0.033 0.059 0.106 0.099 0.109 0.138 0.127 0.102 0.086 0.050 0.020 0.018 101 V 0.006 0.004 0.006 0.009 0.016 0.030 0.044 0.075 0.145 0.186 0.205 0.159 0.092 0.022 102 D 0.015 0.018 0.025 0.045 0.080 0.090 0.132 0.170 0.113 0.117 0.098 0.048 0.024 0.026 103 L 0.009 0.009 0.013 0.022 0.036 0.057 0.079 0.111 0.173 0.176 0.134 0.100 0.054 0.025 104 G 0.027 0.032 0.040 0.072 0.108 0.125 0.142 0.158 0.110 0.087 0.057 0.023 0.011 0.008 105 D 0.076 0.093 0.114 0.127 0.130 0.115 0.111 0.074 0.074 0.042 0.029 0.009 0.003 0.003 106 L 0.084 0.093 0.099 0.144 0.164 0.139 0.096 0.086 0.045 0.027 0.013 0.006 0.003 0.002 107 D 0.281 0.195 0.164 0.125 0.089 0.059 0.041 0.018 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 108 I 0.139 0.134 0.129 0.168 0.153 0.117 0.073 0.046 0.024 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 109 T 0.422 0.210 0.128 0.092 0.059 0.036 0.031 0.010 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 110 S 0.310 0.211 0.128 0.111 0.081 0.085 0.039 0.016 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 111 I 0.061 0.062 0.072 0.140 0.183 0.188 0.128 0.085 0.040 0.023 0.009 0.005 0.002 0.001 112 K 0.166 0.123 0.136 0.148 0.147 0.107 0.073 0.045 0.030 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 113 Y 0.137 0.095 0.113 0.129 0.144 0.115 0.097 0.078 0.044 0.025 0.012 0.007 0.003 0.001 114 I 0.032 0.022 0.028 0.057 0.109 0.153 0.165 0.154 0.122 0.073 0.051 0.021 0.010 0.004 115 A 0.040 0.057 0.077 0.132 0.169 0.159 0.135 0.107 0.062 0.034 0.016 0.007 0.004 0.002 116 P 0.353 0.206 0.129 0.117 0.082 0.046 0.027 0.018 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 117 S 0.088 0.141 0.162 0.195 0.162 0.124 0.058 0.039 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 118 F 0.011 0.013 0.020 0.070 0.142 0.210 0.232 0.165 0.093 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 119 D 0.153 0.237 0.265 0.152 0.092 0.064 0.021 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 D 0.546 0.248 0.141 0.035 0.013 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 F 0.026 0.049 0.065 0.195 0.230 0.210 0.122 0.069 0.024 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 122 L 0.018 0.029 0.046 0.121 0.189 0.203 0.190 0.129 0.051 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 123 G 0.347 0.239 0.176 0.112 0.063 0.038 0.014 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 K 0.321 0.221 0.177 0.110 0.072 0.062 0.019 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.050 0.047 0.067 0.135 0.196 0.199 0.151 0.084 0.036 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 126 I 0.078 0.083 0.108 0.178 0.217 0.144 0.099 0.058 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 127 Y 0.274 0.147 0.125 0.129 0.130 0.076 0.058 0.031 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 128 L 0.214 0.137 0.123 0.173 0.154 0.094 0.047 0.031 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 129 N 0.405 0.207 0.121 0.098 0.068 0.054 0.028 0.008 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 130 F 0.232 0.151 0.127 0.147 0.140 0.099 0.060 0.025 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 131 N 0.536 0.162 0.122 0.071 0.049 0.026 0.021 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 132 K 0.510 0.214 0.110 0.063 0.039 0.035 0.018 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 L 0.121 0.114 0.115 0.173 0.186 0.144 0.078 0.035 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 134 Q 0.285 0.172 0.186 0.135 0.100 0.058 0.035 0.013 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 135 N 0.497 0.188 0.136 0.073 0.046 0.031 0.016 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 136 V 0.217 0.138 0.122 0.179 0.162 0.092 0.049 0.023 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 137 A 0.387 0.181 0.131 0.119 0.094 0.040 0.030 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 138 N 0.625 0.177 0.082 0.043 0.028 0.021 0.015 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 N 0.672 0.136 0.076 0.043 0.029 0.018 0.019 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 140 N 0.609 0.153 0.077 0.053 0.043 0.028 0.025 0.004 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 141 L 0.191 0.115 0.097 0.138 0.158 0.152 0.072 0.040 0.017 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 142 T 0.329 0.116 0.124 0.115 0.124 0.071 0.055 0.023 0.020 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 143 T 0.307 0.128 0.116 0.116 0.106 0.083 0.056 0.032 0.024 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001