This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA E A 3 3 NATAA V A 4 4 NATAA I A 5 5 NATAA E A 6 6 NATAA S A 7 7 NATAA K A 8 8 NATAA W A 9 9 NATAA Y A 10 10 NATAA K A 11 11 NATAA K A 12 12 NATAA D A 13 13 NATAA G A 14 14 NATAA A A 15 15 NATAA S A 16 16 NATAA S A 17 17 NATAA A A 18 18 NATAA S A 19 19 NATAA I A 20 20 NATAA D A 21 21 NATAA D A 22 22 NATAA V A 23 23 NATAA E A 24 24 NATAA K A 25 25 NATAA L A 26 26 NATAA L A 27 27 NATAA N A 28 28 NATAA T A 29 29 NATAA T A 30 30 NATAA L A 31 31 NATRO P A 32 32 NATAA K A 33 33 NATAA Q A 34 34 NATAA Y A 35 35 NATAA K A 36 36 NATAA S A 37 37 NATAA F A 38 38 NATAA L A 39 39 NATAA L A 40 40 NATAA W A 41 41 NATAA S A 42 42 NATAA N A 43 43 NATAA G A 44 44 NATAA G A 45 45 NATAA E A 46 46 NATAA G A 47 47 NATAA K A 48 48 NATAA L A 49 49 NATAA G A 50 50 NATAA D A 51 51 NATAA N A 52 52 NATAA Y A 53 53 NATAA I A 54 54 NATAA Y A 55 55 NATAA I A 56 56 NATAA W A 57 57 NATAA A A 58 58 NATAA I A 59 59 NATAA E A 60 60 NATAA D A 61 61 NATAA V A 62 62 NATAA I A 63 63 NATAA A A 64 64 NATAA Y A 65 65 NATAA N A 66 66 NATAA H A 67 67 NATAA D A 68 68 NATAA Y A 69 69 NATAA G A 70 70 NATAA I A 71 71 NATAA Q A 72 72 NATAA K A 73 73 NATAA Y A 74 74 NATAA L A 75 75 NATAA Q A 76 76 NATAA K A 77 77 NATAA E A 78 78 NATAA Y A 79 79 NATAA W A 80 80 NATAA A A 81 81 NATAA F A 82 82 NATAA G A 83 83 NATAA M A 84 84 NATAA D A 85 85 NATAA G A 86 86 NATAA D A 87 87 NATAA I A 88 88 NATAA G A 89 89 NATAA Y A 90 90 NATAA I A 91 91 NATAA L A 92 92 NATAA H A 93 93 NATAA L A 94 94 NATAA S A 95 95 NATAA D A 96 96 NATAA N A 97 97 NATAA S A 98 98 NATAA I A 99 99 NATAA Y A 100 100 NATAA R A 101 101 NATAA V A 102 102 NATAA D A 103 103 NATAA L A 104 104 NATAA G A 105 105 NATAA D A 106 106 NATAA L A 107 107 NATAA D A 108 108 NATAA I A 109 109 NATAA T A 110 110 NATAA S A 111 111 NATAA I A 112 112 NATAA K A 113 113 NATAA Y A 114 114 NATAA I A 115 115 NATAA A A 116 116 NATRO P A 117 117 NATAA S A 118 118 NATAA F A 119 119 NATAA D A 120 120 NATAA D A 121 121 NATAA F A 122 122 NATAA L A 123 123 NATAA G A 124 124 NATAA K A 125 125 NATAA A A 126 126 NATAA I A 127 127 NATAA Y A 128 128 NATAA L A 129 129 NATAA N A 130 130 NATAA F A 131 131 NATAA N A 132 132 NATAA K A 133 133 NATAA L A 134 134 NATAA Q A 135 135 NATAA N A 136 136 NATAA V A 137 137 NATAA A A 138 138 NATAA N A 139 139 NATAA N A 140 140 NATAA N A 141 141 NATAA L A 142 142 NATAA T A 143 143 NATAA T