# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.041 0.003 0.008 0.018 0.024 0.105 0.003 0.001 0.044 0.723 2 S 0.142 0.033 0.009 0.008 0.023 0.027 0.093 0.004 0.002 0.230 0.429 3 M 0.063 0.035 0.003 0.010 0.008 0.013 0.111 0.002 0.001 0.069 0.685 4 K 0.052 0.032 0.003 0.008 0.008 0.014 0.101 0.002 0.001 0.084 0.697 5 K 0.014 0.050 0.001 0.021 0.011 0.032 0.127 0.001 0.001 0.064 0.678 6 T 0.009 0.161 0.001 0.020 0.011 0.033 0.081 0.001 0.001 0.091 0.590 7 K 0.008 0.345 0.001 0.063 0.050 0.055 0.053 0.001 0.001 0.153 0.272 8 N 0.003 0.610 0.001 0.042 0.021 0.066 0.014 0.001 0.001 0.180 0.063 9 W 0.002 0.819 0.001 0.017 0.008 0.017 0.005 0.001 0.001 0.103 0.029 10 L 0.001 0.776 0.001 0.036 0.014 0.020 0.003 0.001 0.001 0.137 0.012 11 L 0.001 0.153 0.001 0.007 0.006 0.014 0.002 0.001 0.001 0.811 0.005 12 V 0.002 0.749 0.001 0.008 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.215 0.008 13 F 0.001 0.348 0.002 0.002 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.628 0.005 14 L 0.002 0.854 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.126 0.006 15 T 0.003 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.061 0.006 16 V 0.006 0.942 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.032 0.007 17 T 0.010 0.917 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.049 0.011 18 F 0.017 0.931 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.015 0.022 19 C 0.054 0.779 0.011 0.002 0.002 0.004 0.015 0.007 0.003 0.083 0.041 20 F 0.063 0.459 0.028 0.007 0.007 0.020 0.048 0.009 0.010 0.170 0.179 21 L 0.099 0.248 0.024 0.032 0.025 0.054 0.074 0.013 0.006 0.166 0.259 22 M 0.095 0.065 0.021 0.051 0.067 0.096 0.094 0.015 0.008 0.130 0.357 23 L 0.057 0.015 0.009 0.053 0.104 0.111 0.107 0.004 0.003 0.098 0.439 24 G 0.038 0.011 0.004 0.042 0.070 0.087 0.094 0.003 0.001 0.057 0.593 25 C 0.080 0.017 0.002 0.031 0.043 0.038 0.122 0.005 0.001 0.045 0.615 26 Q 0.040 0.020 0.002 0.013 0.036 0.032 0.123 0.004 0.001 0.035 0.695 27 S 0.068 0.041 0.002 0.009 0.027 0.032 0.091 0.004 0.001 0.036 0.690 28 K 0.098 0.049 0.003 0.013 0.035 0.050 0.092 0.007 0.001 0.051 0.602 29 E 0.110 0.026 0.008 0.015 0.037 0.063 0.093 0.010 0.003 0.071 0.565 30 D 0.156 0.008 0.007 0.016 0.057 0.080 0.077 0.006 0.003 0.052 0.539 31 K 0.179 0.003 0.002 0.010 0.038 0.041 0.063 0.002 0.001 0.032 0.629 32 K 0.048 0.002 0.001 0.010 0.032 0.035 0.088 0.001 0.001 0.021 0.763 33 G 0.019 0.002 0.001 0.006 0.015 0.020 0.096 0.001 0.001 0.013 0.829 34 G 0.006 0.001 0.001 0.006 0.028 0.031 0.140 0.001 0.001 0.017 0.771 35 T 0.006 0.005 0.001 0.014 0.031 0.030 0.122 0.001 0.001 0.044 0.747 36 K 0.089 0.119 0.001 0.017 0.023 0.021 0.089 0.008 0.001 0.037 0.595 37 P 0.167 0.271 0.001 0.008 0.007 0.010 0.061 0.008 0.001 0.053 0.415 38 S 0.036 0.348 0.002 0.014 0.006 0.016 0.055 0.004 0.001 0.042 0.477 39 N 0.083 0.503 0.003 0.012 0.008 0.022 0.039 0.009 0.001 0.056 0.264 40 E 0.105 0.143 0.006 0.016 0.012 0.019 0.056 0.010 0.002 0.421 0.211 41 A 0.062 0.355 0.005 0.014 0.023 0.030 0.072 0.007 0.002 0.111 0.320 42 A 0.052 0.221 0.006 0.011 0.019 0.038 0.062 0.008 0.001 0.198 0.384 43 L 0.037 0.117 0.011 0.022 0.026 0.042 0.115 0.012 0.006 0.155 0.456 44 T 0.085 0.149 0.022 0.012 0.041 0.048 0.070 0.010 0.006 0.167 0.390 45 K 0.140 0.132 0.007 0.010 0.020 0.022 0.068 0.015 0.003 0.046 0.538 46 T 0.285 0.150 0.006 0.005 0.008 0.011 0.076 0.006 0.002 0.060 0.391 47 E 0.022 0.134 0.003 0.007 0.006 0.014 0.092 0.003 0.001 0.023 0.696 48 N 0.116 0.270 0.005 0.008 0.006 0.014 0.068 0.006 0.001 0.048 0.459 49 L 0.112 0.233 0.003 0.015 0.034 0.041 0.095 0.006 0.001 0.050 0.411 50 D 0.038 0.109 0.005 0.023 0.024 0.057 0.082 0.004 0.001 0.139 0.518 51 F 0.042 0.099 0.004 0.039 0.103 0.173 0.086 0.005 0.001 0.064 0.384 52 R 0.082 0.065 0.005 0.043 0.060 0.088 0.075 0.003 0.001 0.163 0.415 53 L 0.014 0.048 0.005 0.029 0.196 0.174 0.075 0.002 0.001 0.044 0.413 54 S 0.079 0.236 0.005 0.030 0.059 0.157 0.056 0.006 0.001 0.042 0.330 55 F 0.144 0.082 0.004 0.031 0.044 0.088 0.089 0.009 0.002 0.069 0.437 56 N 0.035 0.067 0.002 0.075 0.112 0.198 0.087 0.002 0.001 0.040 0.382 57 K 0.009 0.014 0.002 0.094 0.065 0.205 0.078 0.001 0.001 0.125 0.407 58 I 0.006 0.009 0.002 0.225 0.191 0.110 0.096 0.001 0.001 0.133 0.228 59 K 0.026 0.083 0.003 0.254 0.155 0.144 0.044 0.005 0.001 0.087 0.198 60 V 0.059 0.073 0.002 0.077 0.054 0.075 0.090 0.013 0.001 0.070 0.487 61 T 0.063 0.033 0.007 0.083 0.061 0.093 0.098 0.005 0.002 0.238 0.317 62 T 0.025 0.050 0.006 0.083 0.058 0.104 0.103 0.003 0.001 0.095 0.471 63 D 0.145 0.103 0.004 0.047 0.032 0.061 0.134 0.012 0.001 0.075 0.385 64 Q 0.127 0.032 0.006 0.031 0.025 0.047 0.161 0.009 0.003 0.112 0.447 65 N 0.038 0.030 0.006 0.089 0.037 0.092 0.123 0.003 0.002 0.091 0.488 66 H 0.035 0.013 0.005 0.092 0.039 0.090 0.120 0.003 0.001 0.075 0.526 67 F 0.085 0.009 0.003 0.092 0.068 0.062 0.161 0.004 0.001 0.073 0.443 68 S 0.048 0.018 0.002 0.063 0.039 0.049 0.114 0.003 0.001 0.122 0.542 69 G 0.018 0.037 0.001 0.048 0.011 0.023 0.143 0.002 0.001 0.051 0.665 70 G 0.015 0.061 0.001 0.035 0.031 0.031 0.163 0.001 0.001 0.100 0.561 71 T 0.004 0.230 0.001 0.066 0.020 0.036 0.092 0.004 0.001 0.194 0.352 72 S 0.010 0.932 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.018 0.029 73 I 0.008 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 0.007 74 E 0.002 0.731 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.244 0.014 75 Q 0.006 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.004 76 L 0.050 0.821 0.020 0.001 0.001 0.001 0.003 0.069 0.015 0.012 0.008 77 K 0.370 0.084 0.159 0.001 0.001 0.001 0.005 0.081 0.258 0.015 0.025 78 Q 0.503 0.025 0.019 0.001 0.003 0.005 0.024 0.007 0.008 0.016 0.389 79 W 0.071 0.006 0.003 0.003 0.002 0.002 0.065 0.002 0.001 0.015 0.829 80 F 0.006 0.004 0.005 0.013 0.008 0.008 0.296 0.001 0.001 0.034 0.623 81 G 0.011 0.008 0.001 0.008 0.002 0.004 0.094 0.002 0.001 0.008 0.860 82 D 0.371 0.011 0.001 0.021 0.009 0.007 0.096 0.009 0.001 0.056 0.417 83 P 0.019 0.010 0.001 0.033 0.009 0.013 0.145 0.002 0.001 0.043 0.723 84 N 0.054 0.034 0.002 0.050 0.010 0.029 0.099 0.004 0.001 0.042 0.676 85 K 0.094 0.038 0.002 0.052 0.014 0.027 0.125 0.005 0.001 0.061 0.582 86 S 0.051 0.034 0.003 0.044 0.020 0.034 0.119 0.004 0.001 0.100 0.590 87 E 0.080 0.045 0.003 0.046 0.040 0.086 0.102 0.005 0.001 0.051 0.540 88 Q 0.096 0.014 0.007 0.033 0.031 0.057 0.109 0.004 0.002 0.079 0.569 89 R 0.034 0.004 0.007 0.029 0.074 0.115 0.125 0.002 0.002 0.076 0.532 90 N 0.300 0.009 0.002 0.020 0.025 0.043 0.070 0.003 0.001 0.042 0.485 91 A 0.124 0.002 0.001 0.009 0.026 0.029 0.128 0.002 0.001 0.052 0.627 92 G 0.005 0.003 0.001 0.037 0.058 0.098 0.154 0.001 0.001 0.025 0.618 93 N 0.012 0.004 0.001 0.031 0.081 0.140 0.094 0.001 0.001 0.047 0.590 94 I 0.002 0.001 0.001 0.063 0.387 0.248 0.069 0.001 0.001 0.035 0.194 95 T 0.005 0.008 0.001 0.092 0.164 0.336 0.047 0.001 0.001 0.055 0.290 96 L 0.005 0.002 0.001 0.052 0.255 0.283 0.075 0.001 0.001 0.091 0.236 97 D 0.007 0.007 0.001 0.113 0.203 0.368 0.048 0.001 0.001 0.055 0.197 98 S 0.008 0.009 0.001 0.051 0.183 0.368 0.060 0.001 0.001 0.044 0.275 99 Y 0.020 0.005 0.002 0.059 0.152 0.328 0.073 0.002 0.001 0.057 0.301 100 T 0.035 0.003 0.003 0.050 0.226 0.341 0.051 0.001 0.001 0.058 0.231 101 W 0.032 0.002 0.004 0.030 0.084 0.145 0.059 0.002 0.001 0.049 0.593 102 V 0.361 0.002 0.003 0.012 0.068 0.047 0.059 0.002 0.001 0.053 0.393 103 K 0.179 0.001 0.002 0.008 0.024 0.023 0.079 0.002 0.001 0.051 0.631 104 D 0.011 0.001 0.001 0.013 0.040 0.049 0.104 0.001 0.001 0.031 0.750 105 G 0.007 0.001 0.001 0.019 0.091 0.104 0.105 0.001 0.001 0.059 0.612 106 A 0.001 0.001 0.001 0.041 0.429 0.363 0.038 0.001 0.001 0.028 0.101 107 V 0.001 0.002 0.001 0.091 0.197 0.467 0.025 0.001 0.001 0.044 0.172 108 I 0.001 0.001 0.001 0.047 0.493 0.361 0.017 0.001 0.001 0.010 0.070 109 N 0.002 0.006 0.001 0.157 0.273 0.469 0.010 0.001 0.001 0.024 0.059 110 A 0.005 0.006 0.001 0.119 0.377 0.331 0.021 0.001 0.001 0.053 0.088 111 Q 0.004 0.005 0.004 0.234 0.251 0.325 0.029 0.001 0.001 0.065 0.082 112 L 0.054 0.008 0.006 0.105 0.151 0.259 0.066 0.003 0.001 0.109 0.238 113 Y 0.475 0.007 0.002 0.055 0.034 0.050 0.059 0.006 0.001 0.138 0.172 114 K 0.016 0.020 0.002 0.027 0.019 0.036 0.125 0.002 0.001 0.066 0.688 115 N 0.010 0.078 0.002 0.014 0.028 0.044 0.078 0.002 0.001 0.043 0.699 116 S 0.028 0.217 0.002 0.026 0.153 0.104 0.065 0.004 0.001 0.162 0.239 117 T 0.006 0.169 0.002 0.029 0.065 0.103 0.034 0.002 0.001 0.452 0.137 118 V 0.015 0.371 0.003 0.028 0.093 0.151 0.033 0.004 0.001 0.149 0.152 119 A 0.038 0.135 0.005 0.035 0.091 0.107 0.039 0.003 0.001 0.410 0.137 120 R 0.013 0.050 0.009 0.034 0.080 0.149 0.058 0.002 0.002 0.417 0.185 121 S 0.086 0.231 0.010 0.036 0.045 0.089 0.085 0.009 0.002 0.167 0.239 122 I 0.161 0.107 0.012 0.032 0.025 0.035 0.094 0.016 0.003 0.198 0.318 123 S 0.034 0.095 0.004 0.038 0.041 0.077 0.140 0.003 0.001 0.110 0.456 124 N 0.019 0.110 0.005 0.027 0.020 0.052 0.096 0.004 0.001 0.101 0.566 125 F 0.024 0.114 0.004 0.054 0.089 0.074 0.156 0.005 0.001 0.099 0.380 126 S 0.059 0.325 0.003 0.023 0.038 0.074 0.066 0.007 0.001 0.069 0.334 127 F 0.057 0.200 0.006 0.031 0.028 0.044 0.083 0.007 0.002 0.073 0.471 128 S 0.101 0.098 0.025 0.040 0.044 0.087 0.087 0.011 0.005 0.138 0.364 129 R 0.327 0.118 0.004 0.038 0.031 0.043 0.061 0.014 0.002 0.034 0.327 130 E 0.167 0.046 0.007 0.014 0.014 0.020 0.072 0.007 0.002 0.063 0.587 131 A 0.021 0.030 0.001 0.021 0.042 0.069 0.124 0.002 0.001 0.024 0.664 132 K 0.058 0.060 0.002 0.036 0.016 0.037 0.087 0.004 0.001 0.057 0.643 133 I 0.007 0.030 0.003 0.027 0.055 0.033 0.144 0.002 0.001 0.045 0.653 134 G 0.115 0.537 0.002 0.011 0.013 0.019 0.031 0.017 0.001 0.023 0.232 135 K 0.309 0.364 0.002 0.005 0.004 0.005 0.025 0.009 0.001 0.083 0.194 136 E 0.011 0.539 0.006 0.013 0.006 0.010 0.065 0.005 0.001 0.037 0.306 137 D 0.044 0.776 0.004 0.004 0.004 0.015 0.017 0.009 0.001 0.035 0.092 138 Y 0.290 0.563 0.003 0.004 0.002 0.003 0.015 0.016 0.003 0.030 0.071 139 D 0.058 0.541 0.013 0.005 0.015 0.024 0.040 0.007 0.004 0.041 0.250 140 E 0.090 0.148 0.051 0.019 0.016 0.084 0.056 0.031 0.019 0.128 0.357 141 L 0.491 0.047 0.009 0.020 0.021 0.019 0.070 0.010 0.006 0.048 0.259 142 K 0.109 0.034 0.006 0.013 0.030 0.023 0.068 0.004 0.002 0.048 0.662 143 I 0.018 0.042 0.002 0.010 0.009 0.016 0.100 0.003 0.001 0.040 0.761 144 G 0.082 0.140 0.003 0.013 0.012 0.010 0.111 0.003 0.001 0.057 0.566 145 E 0.016 0.120 0.001 0.012 0.024 0.027 0.116 0.004 0.001 0.052 0.626 146 S 0.023 0.576 0.001 0.013 0.005 0.014 0.035 0.006 0.001 0.062 0.264 147 Y 0.019 0.820 0.001 0.002 0.003 0.004 0.012 0.006 0.001 0.033 0.099 148 K 0.006 0.725 0.003 0.004 0.014 0.014 0.014 0.001 0.001 0.151 0.069 149 K 0.012 0.914 0.002 0.002 0.002 0.010 0.005 0.003 0.001 0.018 0.031 150 V 0.141 0.673 0.013 0.006 0.007 0.012 0.014 0.030 0.009 0.036 0.061 151 V 0.346 0.081 0.188 0.010 0.011 0.023 0.017 0.061 0.101 0.045 0.116 152 E 0.487 0.013 0.007 0.005 0.020 0.035 0.035 0.003 0.003 0.027 0.364 153 K 0.160 0.004 0.001 0.007 0.004 0.005 0.056 0.002 0.001 0.014 0.747 154 L 0.004 0.001 0.002 0.009 0.015 0.015 0.224 0.001 0.001 0.014 0.715 155 G 0.011 0.008 0.001 0.015 0.005 0.010 0.091 0.001 0.001 0.010 0.847 156 E 0.379 0.037 0.001 0.009 0.012 0.007 0.067 0.009 0.001 0.020 0.459 157 P 0.092 0.037 0.001 0.019 0.012 0.015 0.138 0.005 0.001 0.114 0.567 158 D 0.018 0.043 0.002 0.061 0.015 0.049 0.129 0.002 0.001 0.084 0.595 159 V 0.048 0.056 0.002 0.147 0.018 0.048 0.116 0.004 0.001 0.157 0.403 160 L 0.039 0.051 0.004 0.097 0.051 0.070 0.115 0.008 0.002 0.116 0.448 161 S 0.069 0.068 0.004 0.040 0.065 0.112 0.080 0.005 0.001 0.162 0.394 162 Q 0.038 0.032 0.004 0.054 0.050 0.096 0.103 0.005 0.002 0.134 0.480 163 S 0.042 0.024 0.007 0.054 0.072 0.116 0.134 0.004 0.002 0.137 0.410 164 M 0.078 0.018 0.004 0.027 0.051 0.081 0.116 0.005 0.002 0.063 0.556 165 S 0.096 0.014 0.003 0.022 0.030 0.046 0.125 0.002 0.001 0.070 0.592 166 S 0.049 0.025 0.003 0.012 0.011 0.017 0.116 0.002 0.001 0.041 0.722 167 D 0.177 0.102 0.002 0.009 0.013 0.016 0.095 0.005 0.001 0.047 0.534 168 K 0.132 0.097 0.002 0.007 0.016 0.022 0.114 0.005 0.001 0.097 0.508 169 E 0.020 0.045 0.003 0.018 0.039 0.085 0.105 0.002 0.001 0.370 0.312 170 E 0.009 0.118 0.002 0.047 0.063 0.163 0.077 0.002 0.001 0.277 0.241 171 M 0.008 0.166 0.001 0.039 0.181 0.257 0.047 0.002 0.001 0.127 0.171 172 Q 0.005 0.081 0.001 0.029 0.161 0.399 0.027 0.001 0.001 0.163 0.133 173 T 0.003 0.022 0.002 0.073 0.160 0.323 0.027 0.001 0.001 0.317 0.073 174 V 0.003 0.012 0.010 0.133 0.292 0.299 0.022 0.001 0.001 0.174 0.054 175 W 0.082 0.035 0.004 0.152 0.266 0.199 0.046 0.005 0.001 0.081 0.127 176 S 0.157 0.024 0.003 0.058 0.083 0.131 0.078 0.005 0.001 0.101 0.358 177 S 0.019 0.009 0.002 0.061 0.040 0.107 0.143 0.001 0.001 0.093 0.523 178 G 0.024 0.010 0.004 0.084 0.056 0.108 0.143 0.002 0.001 0.068 0.500 179 I 0.033 0.004 0.001 0.021 0.122 0.097 0.147 0.002 0.001 0.039 0.532 180 K 0.049 0.005 0.002 0.034 0.085 0.113 0.110 0.003 0.001 0.091 0.507 181 T 0.069 0.004 0.003 0.019 0.025 0.048 0.117 0.002 0.001 0.080 0.632 182 K 0.098 0.005 0.002 0.026 0.030 0.045 0.141 0.003 0.001 0.056 0.593 183 S 0.099 0.002 0.003 0.013 0.023 0.036 0.122 0.003 0.001 0.068 0.630 184 S 0.035 0.002 0.002 0.041 0.069 0.091 0.140 0.001 0.001 0.071 0.548 185 S 0.015 0.001 0.002 0.038 0.040 0.084 0.143 0.001 0.001 0.076 0.599 186 A 0.002 0.001 0.001 0.105 0.246 0.366 0.080 0.001 0.001 0.044 0.156 187 T 0.001 0.001 0.001 0.157 0.137 0.376 0.064 0.001 0.001 0.030 0.233 188 I 0.001 0.001 0.001 0.070 0.414 0.420 0.025 0.001 0.001 0.008 0.062 189 E 0.001 0.001 0.001 0.186 0.301 0.410 0.013 0.001 0.001 0.019 0.070 190 L 0.001 0.001 0.001 0.062 0.460 0.394 0.016 0.001 0.001 0.016 0.052 191 Y 0.003 0.001 0.001 0.149 0.276 0.391 0.027 0.001 0.001 0.032 0.119 192 F 0.093 0.001 0.001 0.119 0.170 0.207 0.054 0.002 0.001 0.076 0.277 193 E 0.240 0.003 0.001 0.056 0.028 0.042 0.068 0.003 0.001 0.035 0.523 194 N 0.009 0.003 0.001 0.012 0.020 0.020 0.070 0.001 0.001 0.018 0.848 195 G 0.011 0.005 0.002 0.022 0.119 0.067 0.060 0.001 0.001 0.057 0.656 196 L 0.019 0.018 0.001 0.027 0.284 0.267 0.064 0.004 0.001 0.060 0.255 197 L 0.009 0.008 0.001 0.015 0.126 0.155 0.060 0.002 0.001 0.188 0.435 198 K 0.011 0.009 0.002 0.015 0.279 0.294 0.040 0.001 0.001 0.057 0.293 199 N 0.122 0.046 0.002 0.010 0.105 0.141 0.042 0.003 0.001 0.061 0.465 200 K 0.065 0.015 0.008 0.010 0.084 0.080 0.087 0.009 0.004 0.076 0.563 201 T 0.219 0.029 0.006 0.011 0.054 0.073 0.078 0.006 0.002 0.030 0.491 202 Q 0.109 0.010 0.002 0.008 0.020 0.027 0.059 0.002 0.001 0.020 0.742 203 K 0.014 0.004 0.001 0.007 0.037 0.042 0.117 0.001 0.001 0.021 0.756 204 D 0.033 0.008 0.001 0.017 0.040 0.090 0.109 0.002 0.001 0.031 0.668 205 L 0.019 0.003 0.001 0.007 0.026 0.032 0.114 0.001 0.001 0.017 0.780 206 E 0.016 0.005 0.001 0.023 0.073 0.105 0.114 0.001 0.001 0.023 0.639