# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.584 0.116 0.047 0.066 0.050 0.032 0.047 0.028 0.016 0.009 0.005 2 S 0.260 0.191 0.095 0.155 0.097 0.063 0.067 0.033 0.021 0.012 0.006 3 M 0.171 0.183 0.115 0.170 0.119 0.075 0.076 0.043 0.026 0.014 0.007 4 K 0.197 0.125 0.106 0.179 0.124 0.081 0.084 0.053 0.028 0.016 0.007 5 K 0.057 0.084 0.130 0.185 0.133 0.118 0.128 0.079 0.047 0.029 0.011 6 T 0.017 0.061 0.130 0.173 0.143 0.147 0.137 0.085 0.053 0.037 0.015 7 K 0.021 0.038 0.089 0.118 0.124 0.157 0.189 0.117 0.076 0.049 0.021 8 N 0.038 0.051 0.118 0.124 0.106 0.121 0.187 0.105 0.077 0.050 0.022 9 W 0.003 0.006 0.027 0.033 0.051 0.082 0.181 0.156 0.196 0.159 0.105 10 L 0.004 0.010 0.044 0.048 0.067 0.097 0.205 0.147 0.175 0.130 0.073 11 L 0.001 0.003 0.022 0.024 0.046 0.064 0.180 0.170 0.204 0.160 0.125 12 V 0.001 0.001 0.006 0.004 0.009 0.015 0.053 0.092 0.210 0.280 0.330 13 F 0.001 0.001 0.005 0.005 0.014 0.019 0.068 0.120 0.221 0.271 0.275 14 L 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.015 0.053 0.121 0.219 0.295 0.275 15 T 0.001 0.001 0.009 0.008 0.021 0.028 0.096 0.164 0.232 0.256 0.187 16 V 0.001 0.001 0.010 0.008 0.019 0.029 0.099 0.160 0.234 0.252 0.189 17 T 0.001 0.001 0.014 0.011 0.024 0.034 0.113 0.179 0.224 0.227 0.172 18 F 0.001 0.002 0.018 0.015 0.032 0.038 0.124 0.189 0.211 0.219 0.152 19 C 0.001 0.002 0.012 0.010 0.020 0.026 0.080 0.150 0.212 0.252 0.235 20 F 0.001 0.004 0.018 0.021 0.045 0.055 0.134 0.194 0.195 0.185 0.147 21 L 0.003 0.006 0.030 0.033 0.060 0.057 0.161 0.215 0.176 0.152 0.108 22 M 0.002 0.004 0.017 0.019 0.034 0.040 0.091 0.134 0.195 0.228 0.235 23 L 0.007 0.007 0.019 0.026 0.047 0.072 0.150 0.148 0.203 0.175 0.146 24 G 0.031 0.053 0.083 0.144 0.158 0.120 0.179 0.098 0.069 0.039 0.025 25 C 0.012 0.016 0.026 0.035 0.055 0.079 0.169 0.145 0.176 0.151 0.136 26 Q 0.202 0.191 0.099 0.184 0.111 0.066 0.073 0.033 0.022 0.012 0.007 27 S 0.282 0.217 0.088 0.150 0.080 0.060 0.062 0.028 0.017 0.010 0.006 28 K 0.249 0.173 0.063 0.144 0.111 0.086 0.080 0.041 0.025 0.016 0.010 29 E 0.348 0.227 0.070 0.143 0.076 0.044 0.042 0.026 0.012 0.008 0.003 30 D 0.087 0.079 0.050 0.106 0.094 0.159 0.165 0.095 0.079 0.061 0.025 31 K 0.123 0.182 0.109 0.179 0.120 0.095 0.091 0.050 0.027 0.017 0.006 32 K 0.151 0.162 0.104 0.192 0.119 0.101 0.085 0.046 0.022 0.013 0.005 33 G 0.262 0.173 0.080 0.128 0.091 0.078 0.084 0.049 0.028 0.018 0.008 34 G 0.256 0.123 0.057 0.145 0.110 0.081 0.098 0.065 0.035 0.021 0.009 35 T 0.168 0.177 0.088 0.133 0.099 0.105 0.105 0.056 0.034 0.025 0.009 36 K 0.122 0.210 0.101 0.181 0.132 0.099 0.081 0.039 0.019 0.010 0.004 37 P 0.426 0.229 0.068 0.101 0.058 0.039 0.040 0.022 0.009 0.005 0.002 38 S 0.319 0.141 0.069 0.138 0.101 0.075 0.080 0.042 0.021 0.011 0.005 39 N 0.259 0.272 0.110 0.155 0.079 0.048 0.040 0.021 0.009 0.005 0.002 40 E 0.084 0.109 0.090 0.185 0.159 0.138 0.126 0.065 0.027 0.014 0.005 41 A 0.223 0.121 0.154 0.149 0.105 0.082 0.093 0.046 0.016 0.008 0.003 42 A 0.072 0.105 0.273 0.256 0.134 0.070 0.054 0.024 0.008 0.004 0.001 43 L 0.036 0.033 0.101 0.094 0.105 0.148 0.206 0.128 0.077 0.054 0.018 44 T 0.044 0.118 0.208 0.172 0.126 0.099 0.116 0.062 0.031 0.019 0.006 45 K 0.043 0.134 0.319 0.203 0.125 0.071 0.060 0.028 0.010 0.005 0.002 46 T 0.328 0.158 0.231 0.130 0.068 0.033 0.030 0.015 0.005 0.003 0.001 47 E 0.338 0.174 0.137 0.156 0.081 0.042 0.042 0.021 0.006 0.003 0.001 48 N 0.140 0.135 0.126 0.117 0.099 0.098 0.130 0.078 0.042 0.026 0.010 49 L 0.070 0.082 0.170 0.170 0.157 0.127 0.137 0.054 0.021 0.009 0.003 50 D 0.200 0.154 0.359 0.165 0.066 0.025 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 51 F 0.016 0.022 0.072 0.064 0.080 0.172 0.283 0.133 0.087 0.054 0.016 52 R 0.057 0.087 0.227 0.250 0.159 0.079 0.072 0.042 0.016 0.009 0.002 53 L 0.033 0.029 0.163 0.096 0.098 0.171 0.208 0.106 0.050 0.035 0.009 54 S 0.012 0.173 0.401 0.236 0.102 0.037 0.024 0.010 0.003 0.001 0.001 55 F 0.020 0.006 0.018 0.026 0.062 0.102 0.229 0.221 0.133 0.118 0.065 56 N 0.166 0.175 0.382 0.159 0.062 0.026 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 57 K 0.014 0.035 0.131 0.249 0.215 0.138 0.133 0.054 0.019 0.008 0.003 58 I 0.003 0.001 0.004 0.002 0.004 0.014 0.048 0.068 0.187 0.313 0.358 59 K 0.013 0.141 0.237 0.367 0.176 0.042 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 60 V 0.003 0.002 0.012 0.006 0.014 0.022 0.062 0.110 0.171 0.229 0.370 61 T 0.039 0.082 0.088 0.211 0.217 0.122 0.116 0.062 0.034 0.019 0.011 62 T 0.147 0.111 0.114 0.156 0.113 0.097 0.126 0.068 0.038 0.020 0.009 63 D 0.173 0.111 0.086 0.172 0.131 0.107 0.102 0.055 0.030 0.019 0.013 64 Q 0.130 0.122 0.058 0.130 0.103 0.093 0.138 0.087 0.068 0.046 0.025 65 N 0.183 0.117 0.062 0.129 0.110 0.103 0.121 0.076 0.049 0.032 0.017 66 H 0.131 0.159 0.118 0.232 0.140 0.082 0.063 0.035 0.021 0.013 0.007 67 F 0.038 0.026 0.024 0.044 0.052 0.091 0.162 0.146 0.165 0.153 0.100 68 S 0.057 0.243 0.090 0.235 0.165 0.086 0.055 0.033 0.020 0.011 0.006 69 G 0.071 0.037 0.023 0.053 0.065 0.077 0.140 0.156 0.154 0.125 0.097 70 G 0.294 0.132 0.049 0.158 0.113 0.083 0.077 0.042 0.026 0.017 0.010 71 T 0.049 0.034 0.020 0.057 0.079 0.087 0.136 0.147 0.164 0.126 0.102 72 S 0.026 0.173 0.044 0.113 0.126 0.084 0.109 0.106 0.091 0.075 0.053 73 I 0.011 0.014 0.013 0.059 0.125 0.174 0.262 0.141 0.111 0.052 0.039 74 E 0.838 0.053 0.060 0.035 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.010 0.021 0.031 0.152 0.159 0.208 0.256 0.084 0.049 0.021 0.009 76 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.015 0.039 0.171 0.305 0.458 77 K 0.005 0.019 0.092 0.170 0.242 0.188 0.173 0.066 0.027 0.015 0.004 78 Q 0.004 0.032 0.777 0.130 0.034 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 79 W 0.007 0.007 0.015 0.030 0.059 0.164 0.295 0.214 0.107 0.068 0.034 80 F 0.028 0.027 0.022 0.042 0.046 0.057 0.132 0.180 0.204 0.161 0.103 81 G 0.149 0.053 0.112 0.105 0.118 0.103 0.162 0.090 0.056 0.034 0.019 82 D 0.142 0.199 0.286 0.224 0.091 0.027 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 83 P 0.051 0.027 0.021 0.041 0.062 0.079 0.216 0.183 0.144 0.103 0.072 84 N 0.273 0.254 0.094 0.153 0.089 0.049 0.041 0.023 0.013 0.007 0.004 85 K 0.156 0.235 0.139 0.216 0.110 0.059 0.045 0.022 0.010 0.005 0.002 86 S 0.322 0.137 0.056 0.103 0.088 0.075 0.087 0.056 0.035 0.027 0.014 87 E 0.455 0.217 0.056 0.118 0.058 0.031 0.033 0.017 0.008 0.004 0.002 88 Q 0.175 0.145 0.097 0.182 0.119 0.094 0.085 0.051 0.027 0.018 0.007 89 R 0.094 0.083 0.071 0.126 0.121 0.146 0.153 0.090 0.059 0.039 0.017 90 N 0.145 0.304 0.117 0.203 0.100 0.054 0.042 0.021 0.008 0.004 0.002 91 A 0.049 0.042 0.032 0.069 0.093 0.115 0.146 0.142 0.124 0.109 0.079 92 G 0.340 0.196 0.075 0.142 0.094 0.049 0.053 0.030 0.012 0.007 0.003 93 N 0.172 0.132 0.095 0.255 0.153 0.083 0.055 0.028 0.014 0.008 0.004 94 I 0.028 0.014 0.015 0.021 0.035 0.074 0.135 0.140 0.191 0.194 0.152 95 T 0.033 0.159 0.069 0.316 0.209 0.090 0.066 0.033 0.016 0.007 0.003 96 L 0.002 0.002 0.003 0.005 0.010 0.024 0.061 0.103 0.202 0.250 0.338 97 D 0.098 0.175 0.145 0.291 0.184 0.052 0.029 0.015 0.007 0.003 0.002 98 S 0.036 0.029 0.040 0.093 0.093 0.096 0.165 0.153 0.125 0.107 0.063 99 Y 0.010 0.011 0.010 0.031 0.046 0.119 0.144 0.116 0.192 0.185 0.136 100 T 0.113 0.108 0.057 0.152 0.132 0.094 0.140 0.086 0.064 0.035 0.019 101 W 0.037 0.032 0.050 0.088 0.100 0.125 0.157 0.124 0.118 0.100 0.069 102 V 0.075 0.095 0.049 0.122 0.114 0.113 0.171 0.099 0.079 0.053 0.029 103 K 0.249 0.236 0.060 0.161 0.094 0.062 0.059 0.037 0.021 0.014 0.007 104 D 0.214 0.168 0.049 0.139 0.110 0.090 0.095 0.061 0.036 0.024 0.015 105 G 0.370 0.164 0.049 0.141 0.093 0.062 0.052 0.032 0.019 0.013 0.007 106 A 0.057 0.047 0.031 0.075 0.085 0.131 0.199 0.138 0.118 0.076 0.043 107 V 0.031 0.070 0.056 0.169 0.169 0.152 0.133 0.082 0.066 0.043 0.030 108 I 0.002 0.002 0.004 0.005 0.011 0.023 0.067 0.104 0.237 0.269 0.277 109 N 0.026 0.088 0.096 0.312 0.251 0.095 0.063 0.034 0.019 0.010 0.006 110 A 0.004 0.002 0.006 0.007 0.014 0.020 0.058 0.125 0.198 0.249 0.318 111 Q 0.030 0.072 0.066 0.261 0.254 0.126 0.092 0.049 0.027 0.013 0.009 112 L 0.003 0.003 0.007 0.009 0.019 0.019 0.070 0.130 0.193 0.220 0.328 113 Y 0.032 0.097 0.104 0.215 0.197 0.129 0.099 0.052 0.035 0.026 0.015 114 K 0.163 0.197 0.123 0.205 0.111 0.070 0.068 0.030 0.019 0.010 0.005 115 N 0.216 0.097 0.051 0.121 0.096 0.097 0.122 0.084 0.057 0.039 0.022 116 S 0.079 0.111 0.053 0.167 0.137 0.132 0.142 0.074 0.055 0.030 0.019 117 T 0.026 0.024 0.029 0.045 0.053 0.075 0.113 0.124 0.171 0.166 0.174 118 V 0.006 0.011 0.017 0.048 0.087 0.115 0.170 0.142 0.167 0.119 0.117 119 A 0.003 0.006 0.012 0.016 0.025 0.022 0.056 0.096 0.195 0.247 0.322 120 R 0.009 0.021 0.044 0.134 0.205 0.156 0.140 0.105 0.083 0.060 0.042 121 S 0.027 0.037 0.051 0.094 0.094 0.119 0.192 0.139 0.119 0.088 0.040 122 I 0.010 0.016 0.019 0.071 0.100 0.153 0.196 0.151 0.127 0.093 0.064 123 S 0.042 0.034 0.035 0.050 0.051 0.071 0.142 0.141 0.180 0.154 0.100 124 N 0.057 0.076 0.070 0.202 0.167 0.126 0.133 0.065 0.053 0.029 0.021 125 F 0.007 0.005 0.008 0.010 0.018 0.023 0.064 0.102 0.192 0.229 0.345 126 S 0.065 0.178 0.125 0.258 0.188 0.079 0.051 0.026 0.016 0.008 0.005 127 F 0.046 0.022 0.034 0.073 0.114 0.114 0.220 0.171 0.101 0.059 0.047 128 S 0.193 0.175 0.119 0.176 0.112 0.069 0.066 0.038 0.023 0.018 0.010 129 R 0.029 0.066 0.044 0.113 0.126 0.144 0.219 0.114 0.077 0.046 0.021 130 E 0.270 0.194 0.096 0.174 0.103 0.057 0.050 0.029 0.015 0.009 0.003 131 A 0.114 0.078 0.105 0.151 0.111 0.135 0.174 0.069 0.038 0.018 0.007 132 K 0.163 0.187 0.228 0.270 0.098 0.027 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 133 I 0.005 0.003 0.007 0.006 0.015 0.032 0.074 0.098 0.205 0.256 0.300 134 G 0.014 0.213 0.160 0.173 0.150 0.099 0.088 0.046 0.030 0.020 0.008 135 K 0.098 0.092 0.193 0.227 0.176 0.097 0.074 0.028 0.010 0.004 0.001 136 E 0.809 0.060 0.076 0.036 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 137 D 0.031 0.212 0.113 0.247 0.134 0.103 0.101 0.039 0.013 0.005 0.001 138 Y 0.003 0.002 0.005 0.011 0.034 0.080 0.192 0.216 0.182 0.164 0.111 139 D 0.167 0.121 0.534 0.128 0.035 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 140 E 0.012 0.060 0.427 0.319 0.117 0.036 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 141 L 0.003 0.001 0.003 0.002 0.005 0.009 0.040 0.073 0.171 0.262 0.431 142 K 0.039 0.194 0.241 0.243 0.165 0.061 0.032 0.015 0.005 0.003 0.001 143 I 0.026 0.076 0.387 0.180 0.118 0.098 0.063 0.030 0.012 0.007 0.003 144 G 0.527 0.118 0.065 0.083 0.059 0.040 0.061 0.029 0.011 0.005 0.002 145 E 0.356 0.086 0.052 0.090 0.071 0.083 0.134 0.067 0.037 0.018 0.006 146 S 0.088 0.394 0.164 0.198 0.086 0.033 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 147 Y 0.009 0.010 0.015 0.033 0.073 0.130 0.285 0.190 0.134 0.078 0.044 148 K 0.601 0.108 0.169 0.071 0.027 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 149 K 0.044 0.121 0.280 0.361 0.132 0.035 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 150 V 0.006 0.003 0.008 0.008 0.014 0.018 0.056 0.102 0.222 0.309 0.255 151 V 0.012 0.028 0.051 0.131 0.163 0.190 0.249 0.099 0.044 0.027 0.005 152 E 0.003 0.031 0.839 0.100 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.024 0.028 0.058 0.078 0.108 0.252 0.292 0.111 0.030 0.015 0.004 154 L 0.038 0.032 0.024 0.037 0.036 0.053 0.131 0.172 0.209 0.159 0.108 155 G 0.354 0.090 0.083 0.092 0.093 0.065 0.099 0.062 0.033 0.019 0.010 156 E 0.143 0.181 0.270 0.231 0.098 0.032 0.024 0.011 0.006 0.003 0.002 157 P 0.059 0.039 0.024 0.045 0.066 0.095 0.221 0.166 0.128 0.094 0.063 158 D 0.291 0.255 0.097 0.175 0.086 0.039 0.025 0.016 0.009 0.005 0.002 159 V 0.102 0.095 0.070 0.160 0.139 0.116 0.139 0.092 0.046 0.027 0.014 160 L 0.029 0.025 0.026 0.062 0.076 0.098 0.146 0.141 0.162 0.139 0.097 161 S 0.124 0.120 0.085 0.161 0.125 0.098 0.123 0.076 0.049 0.027 0.012 162 Q 0.054 0.061 0.095 0.198 0.157 0.127 0.127 0.080 0.053 0.031 0.017 163 S 0.026 0.019 0.023 0.037 0.050 0.065 0.132 0.143 0.184 0.176 0.145 164 M 0.061 0.074 0.062 0.169 0.167 0.126 0.143 0.090 0.059 0.032 0.016 165 S 0.113 0.094 0.088 0.117 0.108 0.098 0.133 0.090 0.074 0.053 0.032 166 S 0.156 0.121 0.064 0.151 0.131 0.092 0.114 0.070 0.049 0.032 0.019 167 D 0.295 0.357 0.063 0.111 0.054 0.036 0.038 0.020 0.013 0.009 0.004 168 K 0.270 0.168 0.052 0.162 0.120 0.080 0.068 0.038 0.021 0.012 0.007 169 E 0.582 0.172 0.054 0.093 0.043 0.021 0.018 0.010 0.004 0.003 0.001 170 E 0.034 0.054 0.040 0.144 0.148 0.165 0.178 0.107 0.067 0.044 0.019 171 M 0.005 0.011 0.013 0.029 0.049 0.097 0.155 0.159 0.198 0.181 0.103 172 Q 0.008 0.021 0.046 0.114 0.137 0.169 0.196 0.127 0.093 0.061 0.026 173 T 0.006 0.010 0.047 0.062 0.074 0.120 0.181 0.143 0.154 0.125 0.076 174 V 0.002 0.003 0.007 0.017 0.032 0.052 0.096 0.118 0.211 0.232 0.231 175 W 0.001 0.002 0.004 0.008 0.018 0.029 0.066 0.103 0.225 0.263 0.282 176 S 0.004 0.008 0.017 0.044 0.085 0.137 0.179 0.136 0.161 0.137 0.090 177 S 0.042 0.048 0.081 0.150 0.149 0.139 0.172 0.105 0.064 0.031 0.018 178 G 0.090 0.071 0.039 0.150 0.128 0.131 0.182 0.096 0.058 0.033 0.022 179 I 0.004 0.003 0.003 0.005 0.008 0.015 0.037 0.057 0.173 0.219 0.477 180 K 0.116 0.183 0.065 0.198 0.199 0.085 0.075 0.041 0.019 0.012 0.007 181 T 0.105 0.132 0.083 0.147 0.112 0.112 0.102 0.066 0.061 0.045 0.035 182 K 0.500 0.166 0.032 0.098 0.071 0.039 0.043 0.025 0.013 0.008 0.006 183 S 0.294 0.190 0.029 0.112 0.073 0.066 0.074 0.058 0.046 0.037 0.021 184 S 0.130 0.172 0.035 0.135 0.133 0.119 0.113 0.069 0.045 0.031 0.018 185 S 0.277 0.143 0.049 0.139 0.118 0.094 0.075 0.046 0.027 0.020 0.011 186 A 0.082 0.072 0.047 0.108 0.102 0.158 0.184 0.107 0.077 0.044 0.019 187 T 0.056 0.107 0.048 0.233 0.181 0.119 0.113 0.064 0.043 0.023 0.013 188 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.032 0.063 0.201 0.285 0.400 189 E 0.025 0.116 0.105 0.344 0.268 0.081 0.033 0.015 0.007 0.003 0.002 190 L 0.005 0.002 0.008 0.010 0.020 0.022 0.059 0.134 0.180 0.219 0.339 191 Y 0.012 0.027 0.025 0.112 0.171 0.155 0.164 0.121 0.096 0.064 0.053 192 F 0.004 0.004 0.005 0.009 0.018 0.022 0.077 0.118 0.230 0.239 0.274 193 E 0.063 0.217 0.149 0.259 0.152 0.071 0.047 0.020 0.011 0.007 0.004 194 N 0.195 0.117 0.075 0.168 0.132 0.101 0.112 0.048 0.029 0.014 0.008 195 G 0.738 0.107 0.025 0.049 0.025 0.016 0.018 0.011 0.005 0.003 0.002 196 L 0.083 0.134 0.049 0.203 0.157 0.107 0.133 0.066 0.040 0.017 0.011 197 L 0.021 0.018 0.020 0.024 0.037 0.050 0.108 0.125 0.182 0.213 0.202 198 K 0.056 0.150 0.255 0.286 0.154 0.056 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 199 N 0.145 0.152 0.222 0.183 0.107 0.065 0.067 0.035 0.014 0.008 0.004 200 K 0.050 0.033 0.039 0.084 0.106 0.126 0.191 0.141 0.112 0.077 0.041 201 T 0.235 0.307 0.137 0.155 0.065 0.035 0.035 0.018 0.008 0.004 0.001 202 Q 0.045 0.103 0.192 0.202 0.137 0.108 0.105 0.057 0.028 0.017 0.006 203 K 0.356 0.204 0.187 0.126 0.057 0.030 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 204 D 0.430 0.219 0.116 0.132 0.052 0.022 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 205 L 0.077 0.065 0.064 0.068 0.085 0.092 0.173 0.151 0.107 0.072 0.045 206 E 0.203 0.149 0.118 0.180 0.133 0.073 0.077 0.039 0.017 0.008 0.003