# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.008 0.002 0.012 0.004 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.945 2 S 0.014 0.009 0.004 0.018 0.020 0.048 0.037 0.001 0.001 0.001 0.846 3 M 0.007 0.003 0.001 0.007 0.003 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.963 4 K 0.047 0.028 0.001 0.024 0.024 0.049 0.127 0.001 0.001 0.004 0.694 5 K 0.184 0.050 0.004 0.023 0.015 0.035 0.155 0.002 0.001 0.006 0.525 6 T 0.215 0.145 0.002 0.034 0.027 0.037 0.067 0.001 0.001 0.004 0.467 7 K 0.067 0.189 0.007 0.040 0.043 0.043 0.080 0.001 0.001 0.003 0.526 8 N 0.021 0.270 0.003 0.046 0.032 0.042 0.107 0.001 0.001 0.003 0.475 9 W 0.015 0.467 0.002 0.030 0.023 0.031 0.077 0.001 0.001 0.001 0.353 10 L 0.004 0.778 0.001 0.025 0.012 0.018 0.038 0.001 0.001 0.001 0.123 11 L 0.002 0.905 0.001 0.004 0.003 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.064 12 V 0.002 0.970 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 13 F 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 14 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 15 T 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 18 F 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 C 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 20 F 0.004 0.988 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 21 L 0.012 0.967 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 22 M 0.023 0.932 0.007 0.002 0.008 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 0.015 23 L 0.045 0.814 0.014 0.010 0.026 0.023 0.003 0.018 0.001 0.001 0.047 24 G 0.089 0.531 0.029 0.023 0.043 0.061 0.016 0.045 0.001 0.002 0.162 25 C 0.120 0.291 0.025 0.032 0.067 0.092 0.041 0.037 0.001 0.005 0.290 26 Q 0.087 0.096 0.030 0.023 0.032 0.051 0.083 0.020 0.001 0.009 0.568 27 S 0.076 0.033 0.023 0.016 0.024 0.029 0.191 0.008 0.001 0.014 0.586 28 K 0.102 0.017 0.017 0.012 0.012 0.015 0.137 0.002 0.001 0.012 0.676 29 E 0.041 0.023 0.004 0.010 0.021 0.028 0.309 0.002 0.001 0.008 0.554 30 D 0.082 0.030 0.003 0.012 0.041 0.055 0.123 0.001 0.001 0.009 0.644 31 K 0.071 0.088 0.003 0.012 0.042 0.052 0.158 0.002 0.001 0.007 0.564 32 K 0.097 0.077 0.004 0.010 0.030 0.038 0.239 0.005 0.001 0.008 0.491 33 G 0.189 0.061 0.005 0.011 0.024 0.031 0.096 0.007 0.001 0.013 0.561 34 G 0.288 0.029 0.020 0.009 0.021 0.025 0.084 0.006 0.001 0.013 0.506 35 T 0.079 0.015 0.032 0.010 0.014 0.019 0.090 0.003 0.001 0.009 0.730 36 K 0.023 0.006 0.007 0.010 0.024 0.035 0.107 0.001 0.001 0.003 0.784 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 38 S 0.013 0.004 0.001 0.007 0.022 0.063 0.109 0.001 0.001 0.002 0.777 39 N 0.100 0.009 0.001 0.005 0.009 0.016 0.074 0.001 0.001 0.003 0.782 40 E 0.129 0.055 0.002 0.007 0.013 0.024 0.089 0.001 0.001 0.003 0.677 41 A 0.071 0.152 0.002 0.010 0.018 0.033 0.174 0.002 0.001 0.003 0.535 42 A 0.209 0.238 0.002 0.011 0.026 0.040 0.111 0.004 0.001 0.005 0.355 43 L 0.173 0.500 0.006 0.009 0.020 0.024 0.044 0.005 0.001 0.003 0.216 44 T 0.104 0.517 0.008 0.009 0.048 0.052 0.041 0.007 0.001 0.003 0.211 45 K 0.095 0.491 0.009 0.013 0.026 0.048 0.041 0.010 0.001 0.002 0.265 46 T 0.073 0.516 0.004 0.008 0.030 0.037 0.082 0.016 0.001 0.003 0.230 47 E 0.189 0.341 0.011 0.007 0.008 0.021 0.063 0.020 0.001 0.007 0.333 48 N 0.117 0.290 0.012 0.006 0.015 0.023 0.114 0.026 0.001 0.009 0.388 49 L 0.200 0.077 0.096 0.006 0.011 0.013 0.081 0.003 0.001 0.011 0.503 50 D 0.022 0.116 0.008 0.006 0.008 0.012 0.303 0.003 0.001 0.005 0.517 51 F 0.130 0.142 0.010 0.018 0.082 0.128 0.131 0.003 0.001 0.008 0.349 52 R 0.048 0.503 0.003 0.012 0.075 0.105 0.049 0.003 0.001 0.004 0.198 53 L 0.086 0.361 0.012 0.019 0.184 0.133 0.032 0.003 0.001 0.002 0.170 54 S 0.058 0.403 0.003 0.014 0.079 0.155 0.039 0.006 0.001 0.003 0.240 55 F 0.080 0.344 0.011 0.027 0.102 0.112 0.018 0.008 0.001 0.003 0.294 56 N 0.040 0.259 0.006 0.022 0.101 0.124 0.071 0.015 0.001 0.005 0.358 57 K 0.260 0.092 0.042 0.036 0.040 0.107 0.120 0.017 0.001 0.013 0.272 58 I 0.184 0.169 0.013 0.066 0.171 0.169 0.032 0.004 0.001 0.004 0.189 59 K 0.025 0.054 0.015 0.091 0.258 0.324 0.031 0.004 0.001 0.008 0.190 60 V 0.026 0.057 0.029 0.107 0.118 0.173 0.035 0.002 0.001 0.002 0.450 61 T 0.015 0.021 0.002 0.135 0.188 0.423 0.053 0.001 0.001 0.002 0.161 62 T 0.015 0.012 0.002 0.040 0.053 0.072 0.042 0.002 0.001 0.004 0.759 63 D 0.026 0.032 0.001 0.056 0.079 0.121 0.067 0.001 0.001 0.003 0.615 64 Q 0.089 0.046 0.004 0.062 0.044 0.092 0.222 0.004 0.001 0.011 0.426 65 N 0.144 0.094 0.003 0.070 0.068 0.086 0.156 0.007 0.001 0.017 0.356 66 H 0.294 0.047 0.014 0.047 0.029 0.060 0.094 0.007 0.001 0.011 0.397 67 F 0.132 0.076 0.027 0.096 0.043 0.063 0.098 0.006 0.001 0.010 0.449 68 S 0.041 0.028 0.010 0.070 0.046 0.054 0.112 0.004 0.001 0.008 0.627 69 G 0.038 0.019 0.006 0.065 0.024 0.045 0.071 0.003 0.001 0.004 0.725 70 G 0.114 0.032 0.007 0.135 0.038 0.087 0.124 0.002 0.001 0.007 0.453 71 T 0.060 0.018 0.009 0.047 0.022 0.026 0.273 0.001 0.001 0.007 0.539 72 S 0.029 0.019 0.003 0.016 0.008 0.016 0.336 0.001 0.001 0.004 0.568 73 I 0.014 0.055 0.002 0.014 0.006 0.011 0.122 0.001 0.001 0.002 0.773 74 E 0.002 0.084 0.001 0.002 0.001 0.002 0.283 0.001 0.001 0.001 0.624 75 Q 0.025 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.802 0.001 0.001 0.001 0.108 76 L 0.028 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 77 K 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 78 Q 0.008 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.024 79 W 0.066 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.015 80 F 0.132 0.762 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.073 0.001 0.001 0.024 81 G 0.165 0.278 0.232 0.005 0.003 0.004 0.015 0.157 0.001 0.001 0.138 82 D 0.192 0.146 0.277 0.012 0.009 0.009 0.036 0.030 0.001 0.003 0.283 83 P 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.985 84 N 0.034 0.032 0.005 0.019 0.029 0.040 0.324 0.008 0.001 0.012 0.497 85 K 0.413 0.042 0.020 0.022 0.006 0.010 0.078 0.002 0.001 0.011 0.396 86 S 0.129 0.077 0.004 0.027 0.020 0.025 0.215 0.003 0.001 0.007 0.494 87 E 0.147 0.024 0.013 0.029 0.020 0.021 0.142 0.002 0.001 0.017 0.586 88 Q 0.085 0.051 0.005 0.020 0.034 0.043 0.218 0.003 0.001 0.009 0.532 89 R 0.170 0.044 0.013 0.044 0.102 0.140 0.124 0.004 0.001 0.013 0.347 90 N 0.069 0.060 0.002 0.026 0.136 0.123 0.162 0.006 0.001 0.013 0.402 91 A 0.073 0.062 0.025 0.045 0.064 0.090 0.077 0.003 0.001 0.010 0.551 92 G 0.033 0.019 0.002 0.032 0.051 0.059 0.360 0.006 0.001 0.014 0.423 93 N 0.477 0.004 0.015 0.023 0.019 0.021 0.096 0.002 0.001 0.073 0.270 94 I 0.161 0.013 0.022 0.105 0.111 0.083 0.159 0.001 0.001 0.012 0.333 95 T 0.007 0.002 0.004 0.128 0.212 0.337 0.086 0.001 0.001 0.009 0.214 96 L 0.007 0.002 0.002 0.149 0.239 0.389 0.033 0.001 0.001 0.003 0.177 97 D 0.002 0.001 0.001 0.140 0.305 0.461 0.020 0.001 0.001 0.001 0.069 98 S 0.005 0.001 0.001 0.102 0.145 0.268 0.046 0.001 0.001 0.002 0.430 99 Y 0.009 0.001 0.001 0.193 0.241 0.362 0.053 0.001 0.001 0.002 0.138 100 T 0.013 0.003 0.001 0.104 0.228 0.299 0.075 0.001 0.001 0.008 0.270 101 W 0.014 0.004 0.001 0.100 0.180 0.270 0.048 0.001 0.001 0.003 0.381 102 V 0.018 0.006 0.001 0.075 0.159 0.299 0.150 0.001 0.001 0.007 0.284 103 K 0.030 0.008 0.001 0.039 0.052 0.093 0.101 0.001 0.001 0.011 0.663 104 D 0.045 0.007 0.001 0.024 0.050 0.063 0.103 0.002 0.001 0.017 0.688 105 G 0.377 0.004 0.015 0.026 0.036 0.036 0.107 0.002 0.001 0.053 0.344 106 A 0.091 0.005 0.016 0.077 0.156 0.163 0.229 0.001 0.001 0.014 0.248 107 V 0.006 0.001 0.002 0.085 0.254 0.423 0.045 0.001 0.001 0.006 0.176 108 I 0.002 0.001 0.001 0.066 0.346 0.529 0.009 0.001 0.001 0.001 0.046 109 N 0.001 0.001 0.001 0.139 0.295 0.489 0.009 0.001 0.001 0.001 0.066 110 A 0.002 0.001 0.001 0.060 0.428 0.443 0.007 0.001 0.001 0.001 0.060 111 Q 0.001 0.001 0.001 0.117 0.295 0.519 0.011 0.001 0.001 0.001 0.055 112 L 0.004 0.001 0.001 0.066 0.326 0.467 0.013 0.001 0.001 0.001 0.123 113 Y 0.003 0.002 0.001 0.096 0.220 0.537 0.040 0.001 0.001 0.003 0.098 114 K 0.010 0.004 0.001 0.043 0.101 0.285 0.113 0.001 0.001 0.006 0.435 115 N 0.032 0.005 0.001 0.032 0.060 0.137 0.081 0.002 0.001 0.023 0.626 116 S 0.345 0.004 0.024 0.018 0.031 0.042 0.136 0.001 0.001 0.040 0.360 117 T 0.025 0.015 0.013 0.040 0.069 0.082 0.297 0.001 0.001 0.011 0.447 118 V 0.016 0.018 0.007 0.057 0.169 0.442 0.064 0.001 0.001 0.007 0.219 119 A 0.018 0.055 0.002 0.075 0.202 0.409 0.046 0.001 0.001 0.002 0.190 120 R 0.021 0.079 0.001 0.054 0.251 0.318 0.041 0.001 0.001 0.001 0.232 121 S 0.051 0.109 0.001 0.046 0.166 0.283 0.037 0.002 0.001 0.002 0.302 122 I 0.051 0.221 0.002 0.037 0.134 0.245 0.042 0.004 0.001 0.005 0.259 123 S 0.061 0.224 0.007 0.035 0.091 0.165 0.086 0.013 0.001 0.008 0.309 124 N 0.169 0.099 0.015 0.030 0.038 0.100 0.092 0.017 0.001 0.011 0.430 125 F 0.222 0.098 0.076 0.041 0.038 0.082 0.098 0.012 0.001 0.012 0.321 126 S 0.077 0.051 0.022 0.050 0.086 0.093 0.200 0.005 0.001 0.009 0.408 127 F 0.033 0.043 0.020 0.041 0.027 0.050 0.043 0.002 0.001 0.004 0.737 128 S 0.041 0.113 0.003 0.081 0.074 0.132 0.120 0.003 0.001 0.005 0.427 129 R 0.072 0.083 0.006 0.038 0.024 0.043 0.174 0.004 0.001 0.006 0.550 130 E 0.073 0.178 0.004 0.040 0.026 0.063 0.147 0.005 0.001 0.007 0.458 131 A 0.204 0.154 0.008 0.043 0.042 0.077 0.086 0.008 0.001 0.008 0.372 132 K 0.277 0.188 0.007 0.032 0.025 0.042 0.083 0.014 0.001 0.009 0.323 133 I 0.261 0.184 0.140 0.058 0.041 0.050 0.045 0.005 0.001 0.006 0.210 134 G 0.066 0.095 0.011 0.029 0.045 0.087 0.215 0.015 0.001 0.005 0.431 135 K 0.008 0.012 0.006 0.009 0.004 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.939 136 E 0.005 0.074 0.001 0.007 0.007 0.011 0.390 0.001 0.001 0.001 0.502 137 D 0.171 0.047 0.001 0.006 0.002 0.008 0.550 0.008 0.001 0.011 0.195 138 Y 0.180 0.728 0.001 0.005 0.005 0.007 0.011 0.002 0.001 0.002 0.059 139 D 0.103 0.555 0.022 0.011 0.018 0.015 0.054 0.005 0.001 0.003 0.215 140 E 0.110 0.421 0.040 0.023 0.016 0.019 0.057 0.008 0.001 0.006 0.301 141 L 0.162 0.473 0.009 0.027 0.032 0.066 0.022 0.010 0.001 0.002 0.196 142 K 0.098 0.469 0.007 0.028 0.037 0.044 0.105 0.028 0.001 0.004 0.180 143 I 0.073 0.361 0.020 0.022 0.012 0.023 0.023 0.022 0.001 0.003 0.441 144 G 0.212 0.171 0.009 0.030 0.023 0.039 0.066 0.045 0.001 0.012 0.392 145 E 0.310 0.035 0.234 0.019 0.008 0.008 0.101 0.003 0.001 0.012 0.270 146 S 0.013 0.034 0.007 0.011 0.009 0.016 0.344 0.002 0.001 0.003 0.563 147 Y 0.043 0.042 0.012 0.022 0.013 0.041 0.125 0.001 0.001 0.010 0.690 148 K 0.009 0.156 0.001 0.008 0.007 0.011 0.244 0.001 0.001 0.002 0.561 149 K 0.067 0.119 0.003 0.006 0.005 0.006 0.439 0.001 0.001 0.004 0.349 150 V 0.063 0.807 0.001 0.003 0.006 0.006 0.026 0.001 0.001 0.001 0.086 151 V 0.006 0.951 0.001 0.001 0.006 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.025 152 E 0.015 0.928 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.042 153 K 0.029 0.942 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.015 154 L 0.085 0.867 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 0.016 155 G 0.254 0.325 0.100 0.005 0.005 0.010 0.012 0.180 0.001 0.003 0.107 156 E 0.072 0.065 0.698 0.006 0.003 0.004 0.017 0.006 0.001 0.001 0.126 157 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 158 D 0.034 0.016 0.006 0.030 0.042 0.067 0.144 0.003 0.001 0.021 0.637 159 V 0.280 0.056 0.017 0.050 0.014 0.018 0.098 0.001 0.001 0.004 0.463 160 L 0.186 0.100 0.007 0.114 0.042 0.102 0.132 0.002 0.001 0.003 0.313 161 S 0.119 0.129 0.003 0.113 0.051 0.076 0.149 0.004 0.001 0.013 0.344 162 Q 0.140 0.185 0.007 0.050 0.029 0.041 0.093 0.007 0.001 0.005 0.444 163 S 0.128 0.165 0.004 0.054 0.041 0.062 0.156 0.011 0.001 0.006 0.373 164 M 0.141 0.130 0.007 0.046 0.036 0.060 0.165 0.011 0.001 0.013 0.390 165 S 0.131 0.177 0.013 0.043 0.040 0.078 0.190 0.011 0.001 0.008 0.308 166 S 0.148 0.111 0.017 0.033 0.029 0.049 0.172 0.012 0.001 0.014 0.414 167 D 0.108 0.057 0.010 0.014 0.012 0.018 0.184 0.007 0.001 0.016 0.573 168 K 0.080 0.038 0.031 0.014 0.012 0.015 0.169 0.002 0.001 0.013 0.626 169 E 0.028 0.030 0.003 0.008 0.010 0.013 0.460 0.001 0.001 0.010 0.436 170 E 0.126 0.041 0.007 0.018 0.017 0.037 0.432 0.002 0.001 0.017 0.303 171 M 0.097 0.251 0.008 0.034 0.088 0.140 0.080 0.002 0.001 0.009 0.290 172 Q 0.044 0.161 0.011 0.047 0.265 0.262 0.050 0.002 0.001 0.004 0.153 173 T 0.032 0.243 0.009 0.047 0.174 0.210 0.041 0.003 0.001 0.002 0.240 174 V 0.035 0.122 0.002 0.051 0.336 0.346 0.010 0.001 0.001 0.001 0.095 175 W 0.024 0.165 0.002 0.049 0.242 0.353 0.020 0.005 0.001 0.003 0.137 176 S 0.034 0.146 0.003 0.049 0.236 0.378 0.019 0.003 0.001 0.002 0.131 177 S 0.027 0.165 0.005 0.059 0.162 0.232 0.049 0.007 0.001 0.005 0.289 178 G 0.142 0.038 0.006 0.037 0.082 0.137 0.133 0.028 0.001 0.020 0.375 179 I 0.309 0.038 0.066 0.037 0.054 0.079 0.111 0.005 0.001 0.012 0.289 180 K 0.017 0.018 0.006 0.032 0.062 0.094 0.148 0.003 0.001 0.005 0.614 181 T 0.027 0.009 0.004 0.018 0.057 0.091 0.079 0.002 0.001 0.013 0.700 182 K 0.062 0.020 0.005 0.028 0.028 0.040 0.141 0.002 0.001 0.009 0.665 183 S 0.058 0.009 0.004 0.015 0.025 0.025 0.283 0.002 0.001 0.020 0.559 184 S 0.126 0.008 0.006 0.020 0.019 0.024 0.161 0.001 0.001 0.036 0.599 185 S 0.130 0.007 0.007 0.017 0.030 0.031 0.233 0.001 0.001 0.038 0.505 186 A 0.211 0.004 0.021 0.034 0.072 0.094 0.238 0.001 0.001 0.044 0.282 187 T 0.029 0.003 0.002 0.041 0.169 0.327 0.163 0.001 0.001 0.013 0.251 188 I 0.008 0.001 0.004 0.034 0.421 0.476 0.013 0.001 0.001 0.002 0.040 189 E 0.001 0.001 0.001 0.049 0.423 0.443 0.022 0.001 0.001 0.001 0.059 190 L 0.005 0.001 0.001 0.032 0.416 0.482 0.007 0.001 0.001 0.001 0.058 191 Y 0.002 0.001 0.001 0.038 0.335 0.574 0.004 0.001 0.001 0.001 0.045 192 F 0.001 0.001 0.001 0.030 0.481 0.440 0.007 0.001 0.001 0.001 0.040 193 E 0.002 0.002 0.001 0.058 0.262 0.469 0.052 0.001 0.001 0.002 0.153 194 N 0.004 0.003 0.001 0.035 0.146 0.412 0.115 0.001 0.001 0.009 0.275 195 G 0.077 0.001 0.003 0.014 0.052 0.082 0.092 0.001 0.001 0.116 0.562 196 L 0.446 0.002 0.070 0.010 0.013 0.014 0.220 0.001 0.001 0.033 0.191 197 L 0.007 0.007 0.005 0.026 0.050 0.082 0.175 0.001 0.001 0.008 0.639 198 K 0.009 0.006 0.001 0.021 0.233 0.595 0.030 0.001 0.001 0.004 0.101 199 N 0.023 0.043 0.001 0.018 0.186 0.328 0.060 0.001 0.001 0.001 0.338 200 K 0.057 0.052 0.001 0.020 0.236 0.319 0.032 0.001 0.001 0.002 0.281 201 T 0.028 0.143 0.001 0.013 0.130 0.207 0.133 0.006 0.001 0.005 0.333 202 Q 0.159 0.151 0.006 0.019 0.060 0.129 0.104 0.009 0.001 0.009 0.353 203 K 0.117 0.196 0.009 0.018 0.038 0.074 0.102 0.012 0.001 0.008 0.425 204 D 0.190 0.052 0.016 0.011 0.035 0.084 0.145 0.019 0.001 0.022 0.425 205 L 0.194 0.086 0.133 0.025 0.035 0.054 0.063 0.005 0.001 0.011 0.395 206 E 0.029 0.035 0.012 0.027 0.054 0.068 0.211 0.004 0.001 0.004 0.557