# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.011 0.006 0.006 0.007 0.019 0.003 0.924 2 S 0.033 0.019 0.011 0.025 0.043 0.125 0.005 0.739 3 M 0.022 0.012 0.006 0.006 0.011 0.032 0.003 0.908 4 K 0.048 0.062 0.023 0.022 0.043 0.232 0.007 0.562 5 K 0.294 0.055 0.027 0.021 0.022 0.209 0.022 0.351 6 T 0.131 0.242 0.034 0.023 0.033 0.100 0.011 0.426 7 K 0.045 0.237 0.097 0.050 0.078 0.113 0.007 0.373 8 N 0.031 0.255 0.066 0.039 0.055 0.213 0.007 0.333 9 W 0.026 0.372 0.095 0.033 0.053 0.138 0.006 0.277 10 L 0.012 0.583 0.088 0.042 0.052 0.101 0.004 0.118 11 L 0.004 0.826 0.042 0.007 0.016 0.053 0.002 0.050 12 V 0.002 0.961 0.012 0.002 0.005 0.004 0.001 0.013 13 F 0.001 0.987 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 14 L 0.001 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 15 T 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 16 V 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 17 T 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 18 F 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 19 C 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 20 F 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 21 L 0.005 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 22 M 0.008 0.971 0.009 0.002 0.002 0.001 0.003 0.006 23 L 0.023 0.859 0.053 0.013 0.012 0.003 0.013 0.023 24 G 0.071 0.582 0.092 0.035 0.036 0.015 0.049 0.121 25 C 0.140 0.230 0.158 0.055 0.061 0.041 0.066 0.249 26 Q 0.087 0.074 0.092 0.047 0.040 0.135 0.033 0.492 27 S 0.037 0.022 0.033 0.020 0.025 0.116 0.013 0.735 28 K 0.075 0.024 0.026 0.033 0.065 0.132 0.011 0.635 29 E 0.043 0.022 0.010 0.028 0.032 0.254 0.008 0.604 30 D 0.105 0.053 0.019 0.058 0.081 0.161 0.013 0.510 31 K 0.112 0.166 0.019 0.048 0.089 0.100 0.013 0.454 32 K 0.139 0.146 0.023 0.046 0.087 0.149 0.031 0.379 33 G 0.217 0.074 0.025 0.036 0.048 0.102 0.057 0.441 34 G 0.215 0.038 0.032 0.051 0.056 0.110 0.043 0.454 35 T 0.076 0.017 0.028 0.027 0.033 0.125 0.020 0.675 36 K 0.058 0.011 0.040 0.041 0.061 0.176 0.007 0.607 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 38 S 0.012 0.004 0.011 0.011 0.029 0.278 0.003 0.652 39 N 0.199 0.018 0.015 0.009 0.017 0.167 0.011 0.563 40 E 0.095 0.110 0.016 0.017 0.032 0.137 0.006 0.586 41 A 0.035 0.153 0.011 0.013 0.026 0.231 0.005 0.525 42 A 0.084 0.358 0.012 0.017 0.033 0.151 0.011 0.334 43 L 0.100 0.621 0.009 0.014 0.025 0.053 0.010 0.168 44 T 0.067 0.683 0.009 0.014 0.023 0.045 0.011 0.148 45 K 0.050 0.657 0.017 0.016 0.032 0.026 0.014 0.188 46 T 0.038 0.614 0.012 0.012 0.021 0.041 0.015 0.247 47 E 0.080 0.359 0.021 0.014 0.018 0.132 0.037 0.339 48 N 0.126 0.488 0.027 0.013 0.022 0.105 0.034 0.184 49 L 0.104 0.499 0.027 0.018 0.026 0.070 0.016 0.238 50 D 0.050 0.299 0.025 0.025 0.030 0.143 0.019 0.409 51 F 0.117 0.308 0.039 0.055 0.071 0.076 0.026 0.307 52 R 0.073 0.411 0.036 0.089 0.133 0.036 0.015 0.207 53 L 0.059 0.312 0.057 0.106 0.119 0.040 0.017 0.290 54 S 0.069 0.197 0.068 0.138 0.149 0.084 0.028 0.266 55 F 0.079 0.153 0.093 0.120 0.181 0.046 0.020 0.308 56 N 0.022 0.059 0.071 0.122 0.128 0.173 0.019 0.407 57 K 0.176 0.023 0.078 0.043 0.066 0.170 0.054 0.390 58 I 0.136 0.068 0.191 0.132 0.129 0.093 0.016 0.235 59 K 0.016 0.013 0.276 0.176 0.250 0.096 0.005 0.166 60 V 0.014 0.014 0.149 0.174 0.281 0.049 0.004 0.314 61 T 0.005 0.004 0.224 0.208 0.421 0.043 0.002 0.092 62 T 0.011 0.010 0.044 0.151 0.155 0.103 0.006 0.519 63 D 0.016 0.018 0.135 0.083 0.215 0.159 0.008 0.367 64 Q 0.037 0.023 0.068 0.074 0.116 0.297 0.019 0.365 65 N 0.147 0.042 0.053 0.059 0.082 0.233 0.042 0.340 66 H 0.145 0.052 0.069 0.069 0.113 0.122 0.029 0.401 67 F 0.073 0.046 0.144 0.080 0.097 0.213 0.015 0.332 68 S 0.060 0.036 0.099 0.058 0.092 0.156 0.017 0.483 69 G 0.081 0.025 0.095 0.036 0.089 0.099 0.019 0.555 70 G 0.124 0.014 0.112 0.043 0.075 0.085 0.028 0.518 71 T 0.098 0.011 0.200 0.047 0.043 0.213 0.012 0.377 72 S 0.010 0.011 0.017 0.007 0.012 0.460 0.002 0.482 73 I 0.017 0.023 0.029 0.006 0.055 0.114 0.002 0.754 74 E 0.001 0.010 0.002 0.001 0.002 0.405 0.001 0.579 75 Q 0.031 0.041 0.002 0.001 0.002 0.815 0.005 0.104 76 L 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 77 K 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 79 W 0.022 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 80 F 0.078 0.881 0.002 0.002 0.002 0.001 0.027 0.007 81 G 0.190 0.404 0.059 0.005 0.004 0.015 0.227 0.096 82 D 0.222 0.135 0.217 0.015 0.009 0.037 0.042 0.323 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 84 N 0.016 0.009 0.048 0.028 0.045 0.268 0.006 0.580 85 K 0.368 0.019 0.043 0.014 0.021 0.085 0.014 0.436 86 S 0.177 0.044 0.026 0.036 0.043 0.158 0.014 0.502 87 E 0.124 0.027 0.032 0.042 0.052 0.142 0.015 0.566 88 Q 0.071 0.051 0.025 0.052 0.075 0.129 0.010 0.589 89 R 0.070 0.039 0.045 0.106 0.140 0.172 0.014 0.414 90 N 0.055 0.053 0.022 0.090 0.096 0.209 0.015 0.460 91 A 0.071 0.071 0.052 0.080 0.190 0.080 0.018 0.437 92 G 0.057 0.023 0.027 0.063 0.065 0.403 0.036 0.327 93 N 0.384 0.007 0.032 0.045 0.043 0.114 0.081 0.292 94 I 0.079 0.016 0.142 0.231 0.198 0.087 0.011 0.237 95 T 0.006 0.002 0.117 0.287 0.285 0.120 0.002 0.181 96 L 0.003 0.001 0.092 0.276 0.448 0.029 0.001 0.150 97 D 0.001 0.001 0.065 0.317 0.520 0.029 0.001 0.066 98 S 0.013 0.003 0.074 0.200 0.375 0.078 0.008 0.251 99 Y 0.021 0.007 0.139 0.224 0.312 0.108 0.009 0.181 100 T 0.013 0.005 0.096 0.275 0.348 0.086 0.006 0.172 101 W 0.012 0.008 0.054 0.205 0.361 0.048 0.005 0.308 102 V 0.009 0.007 0.050 0.210 0.526 0.057 0.003 0.137 103 K 0.019 0.011 0.023 0.138 0.152 0.079 0.009 0.568 104 D 0.042 0.010 0.026 0.106 0.138 0.117 0.016 0.545 105 G 0.130 0.007 0.038 0.046 0.074 0.123 0.028 0.554 106 A 0.176 0.005 0.099 0.146 0.111 0.210 0.017 0.237 107 V 0.012 0.001 0.186 0.175 0.268 0.109 0.003 0.246 108 I 0.001 0.001 0.096 0.418 0.426 0.010 0.001 0.048 109 N 0.001 0.001 0.202 0.240 0.469 0.021 0.001 0.067 110 A 0.001 0.001 0.108 0.403 0.393 0.016 0.001 0.080 111 Q 0.001 0.001 0.161 0.284 0.484 0.018 0.001 0.052 112 L 0.002 0.001 0.175 0.249 0.375 0.029 0.002 0.168 113 Y 0.003 0.003 0.143 0.323 0.414 0.041 0.002 0.071 114 K 0.009 0.011 0.043 0.125 0.199 0.106 0.006 0.502 115 N 0.069 0.016 0.052 0.062 0.192 0.151 0.037 0.423 116 S 0.347 0.009 0.037 0.036 0.057 0.232 0.041 0.242 117 T 0.054 0.011 0.055 0.072 0.103 0.261 0.009 0.435 118 V 0.008 0.005 0.087 0.251 0.375 0.102 0.002 0.170 119 A 0.010 0.019 0.086 0.135 0.305 0.095 0.002 0.348 120 R 0.016 0.050 0.132 0.158 0.293 0.085 0.003 0.263 121 S 0.026 0.104 0.085 0.131 0.262 0.073 0.008 0.310 122 I 0.043 0.169 0.120 0.128 0.278 0.034 0.014 0.215 123 S 0.045 0.165 0.062 0.119 0.152 0.173 0.029 0.256 124 N 0.201 0.089 0.044 0.044 0.076 0.118 0.075 0.353 125 F 0.190 0.127 0.082 0.074 0.099 0.103 0.026 0.299 126 S 0.046 0.066 0.093 0.101 0.132 0.210 0.012 0.339 127 F 0.034 0.067 0.053 0.068 0.148 0.077 0.008 0.545 128 S 0.051 0.106 0.062 0.093 0.216 0.111 0.008 0.354 129 R 0.037 0.080 0.028 0.053 0.063 0.079 0.009 0.651 130 E 0.047 0.193 0.044 0.033 0.065 0.151 0.014 0.453 131 A 0.296 0.156 0.029 0.026 0.040 0.090 0.047 0.316 132 K 0.340 0.127 0.036 0.024 0.041 0.075 0.052 0.306 133 I 0.168 0.093 0.126 0.056 0.058 0.116 0.019 0.365 134 G 0.027 0.055 0.054 0.052 0.074 0.296 0.008 0.434 135 K 0.024 0.049 0.029 0.014 0.058 0.056 0.005 0.764 136 E 0.010 0.029 0.013 0.005 0.008 0.385 0.004 0.546 137 D 0.138 0.036 0.009 0.005 0.007 0.528 0.034 0.243 138 Y 0.094 0.750 0.012 0.003 0.012 0.019 0.004 0.105 139 D 0.009 0.693 0.003 0.004 0.009 0.045 0.002 0.235 140 E 0.063 0.448 0.009 0.006 0.014 0.164 0.030 0.266 141 L 0.133 0.741 0.009 0.007 0.011 0.028 0.014 0.057 142 K 0.092 0.774 0.012 0.013 0.014 0.021 0.011 0.062 143 I 0.070 0.614 0.036 0.008 0.011 0.030 0.043 0.190 144 G 0.380 0.237 0.069 0.011 0.023 0.010 0.094 0.175 145 E 0.148 0.107 0.059 0.030 0.015 0.065 0.034 0.541 146 S 0.014 0.030 0.035 0.013 0.010 0.391 0.006 0.501 147 Y 0.071 0.070 0.052 0.018 0.067 0.119 0.006 0.597 148 K 0.007 0.059 0.007 0.006 0.012 0.203 0.002 0.703 149 K 0.042 0.110 0.011 0.011 0.013 0.549 0.008 0.257 150 V 0.023 0.899 0.002 0.003 0.006 0.010 0.001 0.055 151 V 0.002 0.979 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.010 152 E 0.003 0.968 0.002 0.003 0.006 0.004 0.001 0.013 153 K 0.029 0.908 0.006 0.005 0.008 0.004 0.020 0.019 154 L 0.141 0.748 0.008 0.008 0.011 0.006 0.051 0.027 155 G 0.199 0.263 0.105 0.013 0.013 0.051 0.169 0.187 156 E 0.119 0.064 0.192 0.025 0.018 0.108 0.025 0.447 157 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 158 D 0.019 0.008 0.055 0.044 0.079 0.286 0.004 0.503 159 V 0.201 0.031 0.097 0.019 0.040 0.087 0.008 0.516 160 L 0.128 0.099 0.123 0.104 0.155 0.064 0.007 0.320 161 S 0.050 0.098 0.101 0.093 0.152 0.154 0.008 0.345 162 Q 0.074 0.155 0.059 0.078 0.118 0.084 0.014 0.419 163 S 0.090 0.210 0.058 0.073 0.142 0.126 0.025 0.277 164 M 0.183 0.108 0.058 0.072 0.084 0.085 0.047 0.363 165 S 0.134 0.106 0.065 0.083 0.110 0.112 0.040 0.349 166 S 0.095 0.042 0.033 0.045 0.052 0.186 0.027 0.520 167 D 0.055 0.019 0.018 0.022 0.034 0.198 0.020 0.634 168 K 0.062 0.015 0.028 0.018 0.028 0.187 0.015 0.647 169 E 0.064 0.016 0.017 0.027 0.024 0.566 0.011 0.275 170 E 0.101 0.052 0.038 0.058 0.068 0.326 0.012 0.344 171 M 0.031 0.171 0.065 0.151 0.327 0.049 0.004 0.200 172 Q 0.015 0.104 0.083 0.205 0.380 0.078 0.004 0.130 173 T 0.014 0.116 0.061 0.283 0.354 0.033 0.006 0.133 174 V 0.010 0.101 0.052 0.311 0.453 0.008 0.003 0.061 175 W 0.010 0.114 0.052 0.325 0.376 0.020 0.006 0.097 176 S 0.009 0.093 0.094 0.229 0.482 0.017 0.006 0.071 177 S 0.026 0.179 0.039 0.160 0.309 0.045 0.021 0.221 178 G 0.204 0.062 0.039 0.088 0.188 0.076 0.088 0.255 179 I 0.221 0.048 0.084 0.139 0.154 0.098 0.037 0.218 180 K 0.027 0.021 0.056 0.129 0.161 0.091 0.009 0.506 181 T 0.019 0.010 0.022 0.117 0.244 0.176 0.008 0.404 182 K 0.046 0.010 0.045 0.057 0.121 0.090 0.010 0.622 183 S 0.016 0.006 0.016 0.037 0.045 0.320 0.010 0.551 184 S 0.149 0.003 0.016 0.033 0.035 0.168 0.049 0.546 185 S 0.178 0.006 0.023 0.025 0.030 0.310 0.031 0.397 186 A 0.144 0.002 0.053 0.142 0.072 0.318 0.021 0.248 187 T 0.030 0.001 0.097 0.201 0.250 0.179 0.005 0.237 188 I 0.004 0.001 0.066 0.377 0.423 0.026 0.001 0.102 189 E 0.001 0.001 0.106 0.275 0.564 0.014 0.001 0.040 190 L 0.001 0.001 0.063 0.459 0.396 0.015 0.001 0.066 191 Y 0.001 0.001 0.103 0.324 0.539 0.005 0.001 0.028 192 F 0.001 0.001 0.096 0.430 0.389 0.014 0.001 0.071 193 E 0.001 0.001 0.121 0.293 0.387 0.073 0.001 0.123 194 N 0.004 0.002 0.068 0.098 0.238 0.181 0.006 0.403 195 G 0.121 0.003 0.076 0.081 0.197 0.144 0.058 0.319 196 L 0.162 0.002 0.069 0.093 0.082 0.314 0.018 0.260 197 L 0.006 0.001 0.050 0.203 0.285 0.083 0.002 0.369 198 K 0.002 0.001 0.032 0.331 0.526 0.040 0.001 0.067 199 N 0.010 0.005 0.033 0.070 0.218 0.109 0.003 0.551 200 K 0.026 0.015 0.147 0.131 0.297 0.090 0.004 0.290 201 T 0.019 0.016 0.058 0.100 0.161 0.224 0.010 0.412 202 Q 0.054 0.033 0.116 0.063 0.185 0.062 0.016 0.471 203 K 0.033 0.063 0.035 0.039 0.062 0.333 0.011 0.424 204 D 0.114 0.043 0.022 0.017 0.034 0.242 0.034 0.494 205 L 0.220 0.222 0.050 0.027 0.075 0.072 0.015 0.319 206 E 0.102 0.133 0.038 0.038 0.052 0.157 0.016 0.464