# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.119 0.151 0.223 0.135 0.098 0.037 0.123 0.056 0.025 0.033 0.001 2 S 0.055 0.224 0.586 0.014 0.028 0.026 0.009 0.001 0.051 0.003 0.002 3 M 0.411 0.019 0.493 0.025 0.006 0.024 0.002 0.001 0.005 0.002 0.013 4 K 0.535 0.083 0.229 0.084 0.021 0.026 0.007 0.002 0.011 0.001 0.001 5 K 0.580 0.091 0.178 0.078 0.029 0.023 0.008 0.001 0.010 0.001 0.001 6 T 0.583 0.150 0.159 0.038 0.019 0.030 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 7 K 0.798 0.066 0.090 0.016 0.009 0.017 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 8 N 0.951 0.016 0.014 0.006 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 W 0.994 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 C 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.955 0.009 0.003 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 22 M 0.828 0.032 0.039 0.066 0.007 0.015 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 23 L 0.532 0.139 0.096 0.168 0.016 0.018 0.010 0.001 0.021 0.001 0.001 24 G 0.388 0.056 0.125 0.145 0.109 0.036 0.061 0.039 0.016 0.025 0.001 25 C 0.255 0.078 0.133 0.374 0.042 0.037 0.052 0.007 0.016 0.005 0.001 26 Q 0.221 0.094 0.154 0.279 0.054 0.040 0.099 0.019 0.023 0.017 0.001 27 S 0.214 0.128 0.244 0.190 0.053 0.062 0.058 0.006 0.035 0.009 0.001 28 K 0.455 0.119 0.201 0.128 0.034 0.023 0.012 0.003 0.018 0.004 0.004 29 E 0.451 0.117 0.199 0.130 0.029 0.032 0.014 0.002 0.020 0.003 0.002 30 D 0.326 0.103 0.225 0.197 0.041 0.041 0.028 0.005 0.027 0.007 0.001 31 K 0.358 0.152 0.207 0.150 0.036 0.027 0.027 0.007 0.026 0.009 0.001 32 K 0.275 0.145 0.215 0.226 0.034 0.019 0.045 0.005 0.026 0.007 0.003 33 G 0.050 0.031 0.141 0.115 0.061 0.011 0.179 0.241 0.006 0.164 0.001 34 G 0.049 0.037 0.163 0.045 0.107 0.021 0.092 0.283 0.006 0.196 0.001 35 T 0.117 0.278 0.424 0.100 0.032 0.024 0.005 0.002 0.013 0.003 0.002 36 K 0.032 0.264 0.474 0.008 0.048 0.020 0.005 0.001 0.140 0.008 0.001 37 P 0.198 0.011 0.666 0.016 0.007 0.034 0.001 0.001 0.005 0.001 0.060 38 S 0.552 0.084 0.192 0.113 0.022 0.018 0.005 0.003 0.009 0.001 0.002 39 N 0.342 0.101 0.232 0.143 0.066 0.048 0.025 0.008 0.027 0.009 0.001 40 E 0.622 0.054 0.181 0.077 0.018 0.020 0.010 0.001 0.013 0.002 0.001 41 A 0.872 0.023 0.049 0.036 0.004 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 42 A 0.836 0.031 0.042 0.061 0.010 0.007 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 43 L 0.723 0.065 0.062 0.108 0.014 0.009 0.008 0.001 0.010 0.001 0.001 44 T 0.591 0.135 0.110 0.092 0.023 0.016 0.011 0.001 0.022 0.001 0.001 45 K 0.606 0.097 0.125 0.103 0.018 0.021 0.014 0.001 0.014 0.001 0.001 46 T 0.481 0.102 0.121 0.188 0.030 0.027 0.025 0.004 0.019 0.003 0.001 47 E 0.385 0.076 0.169 0.266 0.021 0.034 0.028 0.003 0.014 0.003 0.001 48 N 0.188 0.106 0.247 0.150 0.044 0.085 0.079 0.009 0.075 0.016 0.001 49 L 0.883 0.008 0.066 0.027 0.003 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 50 D 0.811 0.013 0.029 0.114 0.006 0.011 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 51 F 0.546 0.104 0.064 0.235 0.013 0.011 0.011 0.001 0.014 0.001 0.001 52 R 0.437 0.223 0.187 0.048 0.032 0.022 0.020 0.001 0.029 0.001 0.001 53 L 0.382 0.303 0.176 0.056 0.028 0.030 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 54 S 0.300 0.308 0.166 0.115 0.043 0.030 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 55 F 0.312 0.191 0.209 0.134 0.059 0.029 0.028 0.004 0.029 0.005 0.001 56 N 0.332 0.079 0.102 0.240 0.046 0.023 0.152 0.009 0.011 0.007 0.001 57 K 0.143 0.204 0.122 0.251 0.116 0.031 0.091 0.015 0.022 0.005 0.001 58 I 0.045 0.656 0.225 0.019 0.021 0.017 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 59 K 0.024 0.433 0.402 0.009 0.018 0.099 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 60 V 0.059 0.672 0.173 0.017 0.028 0.027 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 61 T 0.070 0.470 0.207 0.030 0.135 0.031 0.008 0.001 0.046 0.002 0.001 62 T 0.216 0.286 0.260 0.055 0.094 0.034 0.015 0.002 0.033 0.004 0.002 63 D 0.262 0.192 0.265 0.095 0.072 0.051 0.026 0.004 0.027 0.005 0.001 64 Q 0.377 0.187 0.154 0.176 0.040 0.023 0.018 0.003 0.018 0.003 0.002 65 N 0.263 0.140 0.134 0.241 0.066 0.027 0.084 0.012 0.023 0.009 0.001 66 H 0.210 0.191 0.181 0.195 0.085 0.031 0.055 0.012 0.029 0.011 0.001 67 F 0.165 0.322 0.257 0.111 0.040 0.040 0.023 0.003 0.031 0.005 0.002 68 S 0.092 0.231 0.393 0.125 0.046 0.045 0.031 0.002 0.028 0.004 0.005 69 G 0.055 0.056 0.148 0.091 0.155 0.020 0.093 0.189 0.013 0.179 0.001 70 G 0.068 0.045 0.167 0.044 0.140 0.047 0.071 0.242 0.008 0.168 0.001 71 T 0.198 0.174 0.330 0.181 0.047 0.044 0.005 0.003 0.010 0.006 0.001 72 S 0.076 0.145 0.420 0.024 0.067 0.107 0.008 0.001 0.137 0.016 0.001 73 I 0.989 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 W 0.978 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 F 0.215 0.001 0.007 0.756 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 81 G 0.021 0.001 0.009 0.018 0.002 0.002 0.457 0.460 0.001 0.029 0.001 82 D 0.022 0.155 0.665 0.015 0.011 0.025 0.013 0.001 0.091 0.002 0.001 83 P 0.396 0.002 0.531 0.024 0.001 0.024 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 84 N 0.319 0.070 0.135 0.315 0.038 0.060 0.026 0.019 0.014 0.004 0.001 85 K 0.301 0.143 0.225 0.216 0.043 0.024 0.017 0.005 0.021 0.004 0.002 86 S 0.219 0.149 0.272 0.159 0.060 0.036 0.040 0.009 0.044 0.009 0.002 87 E 0.301 0.186 0.255 0.127 0.048 0.033 0.015 0.003 0.025 0.004 0.003 88 Q 0.186 0.261 0.264 0.141 0.045 0.050 0.014 0.003 0.031 0.003 0.002 89 R 0.200 0.323 0.262 0.101 0.046 0.027 0.010 0.003 0.024 0.003 0.001 90 N 0.119 0.212 0.320 0.101 0.064 0.075 0.039 0.005 0.053 0.011 0.002 91 A 0.275 0.157 0.222 0.214 0.035 0.018 0.041 0.006 0.019 0.009 0.004 92 G 0.077 0.024 0.074 0.146 0.052 0.012 0.223 0.279 0.004 0.108 0.001 93 N 0.057 0.156 0.225 0.115 0.173 0.023 0.123 0.082 0.021 0.024 0.001 94 I 0.026 0.554 0.341 0.017 0.029 0.015 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 95 T 0.019 0.552 0.329 0.010 0.023 0.050 0.002 0.001 0.011 0.001 0.002 96 L 0.023 0.686 0.182 0.013 0.049 0.026 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 97 D 0.035 0.509 0.235 0.023 0.109 0.046 0.008 0.001 0.032 0.001 0.001 98 S 0.076 0.539 0.154 0.039 0.132 0.023 0.009 0.002 0.026 0.001 0.001 99 Y 0.070 0.519 0.168 0.047 0.125 0.034 0.010 0.002 0.022 0.002 0.001 100 T 0.070 0.590 0.167 0.039 0.067 0.032 0.007 0.001 0.027 0.001 0.001 101 W 0.140 0.351 0.261 0.070 0.065 0.067 0.012 0.001 0.028 0.002 0.002 102 V 0.106 0.377 0.199 0.157 0.056 0.045 0.017 0.003 0.037 0.003 0.001 103 K 0.136 0.276 0.223 0.124 0.062 0.051 0.071 0.008 0.034 0.014 0.003 104 D 0.085 0.095 0.172 0.319 0.054 0.036 0.189 0.014 0.023 0.011 0.002 105 G 0.023 0.138 0.084 0.089 0.180 0.013 0.096 0.287 0.014 0.074 0.001 106 A 0.015 0.543 0.320 0.022 0.064 0.017 0.005 0.001 0.011 0.001 0.002 107 V 0.004 0.810 0.129 0.006 0.027 0.017 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 108 I 0.001 0.883 0.052 0.001 0.051 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 109 N 0.001 0.766 0.144 0.001 0.034 0.048 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 110 A 0.001 0.834 0.097 0.001 0.032 0.029 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 111 Q 0.002 0.871 0.072 0.001 0.020 0.025 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 112 L 0.014 0.561 0.248 0.006 0.050 0.100 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 113 Y 0.080 0.569 0.125 0.048 0.077 0.035 0.015 0.002 0.047 0.003 0.001 114 K 0.109 0.162 0.173 0.151 0.146 0.046 0.148 0.012 0.025 0.026 0.001 115 N 0.107 0.073 0.119 0.211 0.103 0.051 0.218 0.049 0.028 0.041 0.001 116 S 0.438 0.114 0.228 0.097 0.041 0.019 0.027 0.014 0.009 0.011 0.002 117 T 0.538 0.157 0.130 0.093 0.036 0.023 0.010 0.003 0.007 0.002 0.001 118 V 0.494 0.331 0.082 0.040 0.028 0.012 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 119 A 0.565 0.261 0.094 0.025 0.029 0.012 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 120 R 0.573 0.172 0.095 0.029 0.080 0.015 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 121 S 0.518 0.183 0.173 0.053 0.027 0.023 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 122 I 0.594 0.151 0.108 0.080 0.021 0.018 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 123 S 0.428 0.079 0.103 0.258 0.037 0.012 0.064 0.003 0.012 0.003 0.001 124 N 0.172 0.044 0.069 0.133 0.111 0.019 0.222 0.166 0.012 0.052 0.001 125 F 0.155 0.324 0.338 0.081 0.039 0.029 0.011 0.002 0.019 0.001 0.001 126 S 0.142 0.380 0.312 0.055 0.034 0.049 0.008 0.001 0.019 0.001 0.001 127 F 0.159 0.460 0.172 0.059 0.076 0.039 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 128 S 0.284 0.182 0.266 0.072 0.089 0.051 0.014 0.002 0.033 0.005 0.001 129 R 0.615 0.069 0.122 0.096 0.037 0.025 0.015 0.002 0.013 0.005 0.001 130 E 0.599 0.048 0.082 0.182 0.022 0.016 0.029 0.004 0.013 0.003 0.001 131 A 0.549 0.072 0.082 0.203 0.022 0.009 0.042 0.007 0.010 0.003 0.001 132 K 0.267 0.146 0.172 0.185 0.058 0.039 0.087 0.011 0.028 0.006 0.001 133 I 0.179 0.240 0.370 0.120 0.026 0.031 0.011 0.002 0.017 0.002 0.002 134 G 0.071 0.106 0.428 0.052 0.080 0.107 0.037 0.008 0.058 0.051 0.001 135 K 0.859 0.011 0.080 0.027 0.006 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 136 E 0.877 0.008 0.025 0.074 0.005 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 137 D 0.530 0.054 0.066 0.282 0.009 0.027 0.014 0.002 0.016 0.001 0.001 138 Y 0.746 0.056 0.099 0.049 0.008 0.010 0.021 0.002 0.007 0.001 0.001 139 D 0.885 0.014 0.019 0.052 0.005 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 140 E 0.659 0.020 0.018 0.262 0.009 0.005 0.018 0.001 0.006 0.001 0.001 141 L 0.620 0.109 0.158 0.063 0.010 0.009 0.014 0.001 0.015 0.001 0.001 142 K 0.462 0.225 0.159 0.055 0.020 0.035 0.014 0.001 0.028 0.001 0.001 143 I 0.200 0.133 0.335 0.232 0.028 0.023 0.031 0.001 0.015 0.002 0.001 144 G 0.043 0.006 0.034 0.015 0.045 0.007 0.050 0.524 0.002 0.272 0.001 145 E 0.508 0.069 0.266 0.076 0.031 0.026 0.009 0.003 0.007 0.004 0.001 146 S 0.412 0.094 0.184 0.186 0.031 0.060 0.013 0.002 0.014 0.004 0.001 147 Y 0.810 0.054 0.052 0.040 0.015 0.014 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 148 K 0.969 0.006 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.952 0.007 0.006 0.027 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 V 0.957 0.014 0.006 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 151 V 0.981 0.007 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 E 0.986 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.964 0.005 0.003 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 154 L 0.222 0.007 0.026 0.719 0.001 0.002 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 155 G 0.021 0.002 0.011 0.012 0.007 0.002 0.246 0.611 0.001 0.087 0.001 156 E 0.028 0.227 0.628 0.012 0.019 0.017 0.005 0.001 0.060 0.003 0.001 157 P 0.298 0.004 0.625 0.022 0.002 0.024 0.002 0.001 0.002 0.001 0.019 158 D 0.465 0.087 0.134 0.189 0.044 0.036 0.018 0.013 0.011 0.003 0.001 159 V 0.311 0.206 0.216 0.113 0.079 0.029 0.014 0.003 0.026 0.002 0.001 160 L 0.275 0.311 0.224 0.092 0.036 0.027 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 161 S 0.225 0.275 0.260 0.070 0.069 0.050 0.015 0.002 0.030 0.002 0.001 162 Q 0.371 0.264 0.166 0.088 0.050 0.025 0.009 0.002 0.023 0.002 0.001 163 S 0.301 0.215 0.171 0.128 0.100 0.026 0.019 0.003 0.033 0.003 0.001 164 M 0.325 0.213 0.183 0.121 0.063 0.035 0.020 0.004 0.032 0.003 0.001 165 S 0.232 0.228 0.201 0.204 0.044 0.036 0.023 0.003 0.025 0.002 0.001 166 S 0.225 0.153 0.188 0.213 0.079 0.033 0.044 0.020 0.020 0.024 0.001 167 D 0.110 0.079 0.269 0.127 0.088 0.095 0.133 0.014 0.048 0.036 0.001 168 K 0.658 0.041 0.137 0.115 0.014 0.013 0.007 0.002 0.007 0.004 0.003 169 E 0.662 0.050 0.096 0.122 0.019 0.020 0.016 0.005 0.007 0.003 0.001 170 E 0.398 0.188 0.166 0.121 0.043 0.033 0.021 0.004 0.024 0.001 0.001 171 M 0.426 0.278 0.178 0.050 0.028 0.016 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 172 Q 0.348 0.419 0.109 0.025 0.071 0.014 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 173 T 0.183 0.635 0.051 0.015 0.094 0.010 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 174 V 0.138 0.699 0.064 0.008 0.057 0.019 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 175 W 0.167 0.556 0.173 0.015 0.019 0.056 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 176 S 0.371 0.313 0.126 0.039 0.042 0.045 0.006 0.001 0.057 0.001 0.001 177 S 0.181 0.072 0.157 0.393 0.031 0.014 0.129 0.003 0.017 0.003 0.001 178 G 0.010 0.003 0.013 0.009 0.029 0.003 0.149 0.619 0.002 0.163 0.001 179 I 0.139 0.236 0.500 0.055 0.029 0.020 0.005 0.001 0.012 0.002 0.001 180 K 0.211 0.194 0.351 0.098 0.022 0.075 0.014 0.001 0.028 0.003 0.002 181 T 0.177 0.204 0.187 0.295 0.048 0.028 0.028 0.004 0.023 0.004 0.002 182 K 0.113 0.095 0.132 0.181 0.143 0.042 0.111 0.086 0.030 0.066 0.001 183 S 0.131 0.193 0.321 0.145 0.060 0.045 0.035 0.006 0.047 0.013 0.003 184 S 0.374 0.088 0.211 0.221 0.022 0.024 0.023 0.006 0.018 0.010 0.004 185 S 0.118 0.160 0.205 0.219 0.086 0.040 0.089 0.033 0.032 0.017 0.002 186 A 0.116 0.256 0.327 0.140 0.064 0.026 0.031 0.009 0.022 0.005 0.004 187 T 0.029 0.547 0.203 0.077 0.071 0.030 0.017 0.004 0.021 0.001 0.001 188 I 0.004 0.798 0.105 0.008 0.062 0.008 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 189 E 0.002 0.803 0.127 0.002 0.031 0.028 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 190 L 0.001 0.861 0.079 0.001 0.033 0.019 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 191 Y 0.001 0.883 0.062 0.001 0.020 0.027 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 192 F 0.004 0.569 0.309 0.002 0.027 0.078 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 193 E 0.248 0.431 0.166 0.023 0.027 0.059 0.009 0.001 0.032 0.002 0.004 194 N 0.070 0.031 0.102 0.316 0.036 0.019 0.400 0.005 0.010 0.010 0.001 195 G 0.006 0.002 0.006 0.006 0.011 0.002 0.196 0.711 0.001 0.059 0.001 196 L 0.063 0.317 0.544 0.022 0.025 0.011 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 197 L 0.128 0.284 0.462 0.035 0.018 0.047 0.004 0.001 0.017 0.001 0.003 198 K 0.245 0.426 0.180 0.057 0.054 0.016 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 199 N 0.261 0.222 0.178 0.117 0.105 0.041 0.022 0.003 0.046 0.005 0.001 200 K 0.484 0.101 0.186 0.096 0.057 0.017 0.023 0.004 0.026 0.005 0.002 201 T 0.441 0.141 0.147 0.179 0.030 0.021 0.017 0.003 0.018 0.002 0.001 202 Q 0.309 0.164 0.201 0.181 0.040 0.034 0.029 0.005 0.033 0.003 0.001 203 K 0.299 0.202 0.225 0.190 0.022 0.017 0.025 0.003 0.013 0.003 0.001 204 D 0.092 0.076 0.271 0.117 0.083 0.086 0.168 0.023 0.049 0.036 0.001 205 L 0.474 0.099 0.257 0.113 0.019 0.013 0.005 0.001 0.012 0.002 0.005 206 E 0.361 0.220 0.209 0.109 0.033 0.030 0.012 0.003 0.021 0.002 0.001