# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 25 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.181 0.119 0.053 0.111 0.037 0.033 0.081 0.051 0.203 0.067 2 S 0.066 0.398 0.191 0.018 0.181 0.008 0.011 0.052 0.026 0.027 0.020 3 M 0.048 0.054 0.022 0.007 0.063 0.011 0.038 0.389 0.303 0.042 0.023 4 K 0.034 0.040 0.017 0.010 0.049 0.021 0.073 0.457 0.200 0.074 0.024 5 K 0.100 0.080 0.024 0.007 0.126 0.017 0.043 0.343 0.101 0.116 0.042 6 T 0.135 0.095 0.017 0.006 0.189 0.010 0.019 0.353 0.052 0.072 0.052 7 K 0.176 0.066 0.012 0.004 0.235 0.011 0.023 0.351 0.068 0.022 0.033 8 N 0.076 0.046 0.006 0.003 0.105 0.009 0.019 0.629 0.044 0.030 0.034 9 W 0.143 0.033 0.003 0.001 0.114 0.004 0.015 0.588 0.058 0.011 0.030 10 L 0.038 0.020 0.001 0.001 0.055 0.004 0.009 0.834 0.026 0.007 0.006 11 L 0.037 0.011 0.001 0.001 0.045 0.001 0.002 0.883 0.015 0.003 0.003 12 V 0.022 0.008 0.001 0.001 0.026 0.001 0.002 0.916 0.021 0.003 0.002 13 F 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.976 0.007 0.003 0.001 14 L 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.963 0.022 0.002 0.001 15 T 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.970 0.019 0.002 0.001 16 V 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.970 0.015 0.005 0.001 17 T 0.005 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.942 0.030 0.006 0.002 18 F 0.010 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.007 0.897 0.050 0.011 0.004 19 C 0.033 0.018 0.003 0.002 0.031 0.004 0.022 0.782 0.080 0.014 0.011 20 F 0.068 0.041 0.007 0.002 0.076 0.008 0.042 0.617 0.108 0.018 0.012 21 L 0.098 0.115 0.008 0.002 0.179 0.007 0.029 0.468 0.043 0.037 0.015 22 M 0.230 0.086 0.011 0.003 0.336 0.006 0.027 0.190 0.030 0.040 0.040 23 L 0.148 0.127 0.055 0.038 0.237 0.034 0.049 0.126 0.043 0.061 0.081 24 G 0.117 0.153 0.105 0.070 0.190 0.037 0.043 0.114 0.043 0.072 0.055 25 C 0.080 0.099 0.072 0.048 0.127 0.026 0.057 0.185 0.106 0.152 0.049 26 Q 0.052 0.108 0.073 0.064 0.087 0.038 0.058 0.154 0.117 0.201 0.047 27 S 0.087 0.219 0.133 0.027 0.175 0.015 0.023 0.126 0.071 0.084 0.040 28 K 0.059 0.083 0.037 0.013 0.084 0.015 0.038 0.368 0.204 0.068 0.031 29 E 0.058 0.094 0.040 0.018 0.097 0.025 0.063 0.319 0.132 0.120 0.033 30 D 0.103 0.123 0.073 0.017 0.144 0.014 0.030 0.236 0.089 0.117 0.055 31 K 0.073 0.069 0.067 0.033 0.080 0.037 0.057 0.319 0.102 0.112 0.050 32 K 0.053 0.240 0.106 0.064 0.093 0.053 0.084 0.148 0.058 0.073 0.027 33 G 0.042 0.101 0.068 0.131 0.055 0.060 0.046 0.086 0.079 0.243 0.088 34 G 0.072 0.141 0.120 0.052 0.130 0.027 0.030 0.079 0.068 0.200 0.081 35 T 0.103 0.236 0.110 0.027 0.205 0.020 0.035 0.058 0.046 0.109 0.051 36 K 0.065 0.409 0.227 0.020 0.182 0.009 0.012 0.020 0.013 0.024 0.018 37 P 0.077 0.258 0.128 0.017 0.174 0.014 0.020 0.145 0.105 0.033 0.028 38 S 0.029 0.112 0.042 0.012 0.057 0.019 0.043 0.411 0.191 0.064 0.020 39 N 0.041 0.106 0.050 0.013 0.073 0.012 0.027 0.370 0.108 0.164 0.037 40 E 0.036 0.064 0.018 0.005 0.060 0.006 0.014 0.520 0.167 0.086 0.025 41 A 0.017 0.037 0.011 0.005 0.031 0.008 0.020 0.658 0.166 0.039 0.010 42 A 0.019 0.030 0.009 0.003 0.028 0.005 0.023 0.663 0.156 0.054 0.009 43 L 0.047 0.054 0.010 0.002 0.064 0.004 0.027 0.571 0.114 0.095 0.014 44 T 0.050 0.109 0.028 0.005 0.091 0.008 0.024 0.484 0.113 0.065 0.020 45 K 0.055 0.041 0.018 0.007 0.059 0.011 0.062 0.481 0.162 0.075 0.029 46 T 0.040 0.070 0.045 0.018 0.055 0.022 0.076 0.422 0.118 0.109 0.024 47 E 0.038 0.165 0.071 0.028 0.084 0.030 0.064 0.244 0.083 0.161 0.032 48 N 0.141 0.091 0.047 0.016 0.182 0.009 0.013 0.180 0.090 0.161 0.070 49 L 0.039 0.073 0.020 0.004 0.082 0.009 0.033 0.442 0.248 0.030 0.020 50 D 0.098 0.061 0.016 0.006 0.119 0.014 0.082 0.395 0.091 0.082 0.036 51 F 0.166 0.178 0.026 0.003 0.265 0.009 0.021 0.186 0.062 0.051 0.033 52 R 0.200 0.086 0.019 0.009 0.298 0.018 0.026 0.192 0.046 0.049 0.057 53 L 0.159 0.138 0.039 0.011 0.239 0.019 0.039 0.226 0.052 0.048 0.031 54 S 0.099 0.116 0.048 0.021 0.167 0.021 0.056 0.165 0.065 0.155 0.087 55 F 0.163 0.093 0.031 0.015 0.189 0.015 0.037 0.198 0.133 0.062 0.063 56 N 0.034 0.068 0.049 0.043 0.065 0.095 0.122 0.289 0.129 0.076 0.030 57 K 0.187 0.166 0.030 0.005 0.286 0.006 0.030 0.129 0.042 0.082 0.037 58 I 0.255 0.094 0.007 0.001 0.572 0.003 0.009 0.028 0.012 0.006 0.014 59 K 0.217 0.109 0.017 0.006 0.475 0.015 0.017 0.060 0.015 0.015 0.053 60 V 0.265 0.105 0.016 0.005 0.302 0.010 0.019 0.103 0.026 0.061 0.088 61 T 0.146 0.151 0.059 0.032 0.260 0.028 0.044 0.109 0.037 0.073 0.061 62 T 0.104 0.197 0.090 0.025 0.200 0.017 0.029 0.185 0.065 0.053 0.033 63 D 0.094 0.073 0.031 0.016 0.124 0.021 0.055 0.285 0.166 0.093 0.043 64 Q 0.071 0.095 0.042 0.028 0.101 0.035 0.079 0.260 0.132 0.118 0.039 65 N 0.069 0.134 0.072 0.047 0.114 0.040 0.070 0.184 0.093 0.118 0.058 66 H 0.166 0.087 0.050 0.019 0.177 0.017 0.035 0.112 0.069 0.176 0.092 67 F 0.102 0.241 0.100 0.022 0.210 0.024 0.035 0.098 0.051 0.066 0.052 68 S 0.096 0.138 0.066 0.056 0.157 0.050 0.060 0.135 0.069 0.103 0.070 69 G 0.076 0.127 0.076 0.056 0.113 0.065 0.062 0.092 0.074 0.199 0.060 70 G 0.039 0.125 0.212 0.085 0.077 0.026 0.029 0.108 0.060 0.178 0.062 71 T 0.029 0.345 0.219 0.035 0.078 0.018 0.031 0.094 0.039 0.091 0.019 72 S 0.003 0.551 0.343 0.003 0.016 0.001 0.001 0.052 0.025 0.002 0.002 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.096 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.002 0.001 77 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.887 0.112 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.856 0.136 0.001 0.001 79 W 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.361 0.469 0.114 0.039 0.001 80 F 0.020 0.571 0.137 0.006 0.043 0.008 0.023 0.049 0.021 0.091 0.029 81 G 0.048 0.047 0.049 0.069 0.033 0.030 0.021 0.029 0.024 0.447 0.202 82 D 0.050 0.372 0.293 0.015 0.182 0.004 0.008 0.022 0.016 0.028 0.012 83 P 0.043 0.154 0.039 0.012 0.100 0.014 0.081 0.217 0.282 0.038 0.020 84 N 0.047 0.064 0.054 0.041 0.068 0.039 0.067 0.215 0.151 0.203 0.049 85 K 0.099 0.137 0.056 0.017 0.166 0.018 0.029 0.178 0.089 0.151 0.061 86 S 0.086 0.158 0.095 0.031 0.150 0.023 0.030 0.186 0.085 0.103 0.053 87 E 0.073 0.130 0.065 0.019 0.143 0.021 0.032 0.260 0.118 0.097 0.043 88 Q 0.137 0.100 0.033 0.008 0.218 0.011 0.026 0.198 0.085 0.134 0.050 89 R 0.079 0.268 0.154 0.020 0.148 0.018 0.038 0.171 0.048 0.031 0.024 90 N 0.093 0.040 0.083 0.058 0.062 0.051 0.082 0.224 0.078 0.150 0.078 91 A 0.028 0.354 0.157 0.115 0.064 0.070 0.062 0.078 0.032 0.027 0.013 92 G 0.025 0.049 0.052 0.228 0.027 0.118 0.081 0.041 0.035 0.251 0.093 93 N 0.077 0.281 0.124 0.048 0.167 0.012 0.011 0.021 0.025 0.142 0.092 94 I 0.218 0.106 0.007 0.001 0.649 0.002 0.004 0.004 0.002 0.002 0.005 95 T 0.279 0.086 0.009 0.003 0.573 0.003 0.004 0.004 0.002 0.006 0.031 96 L 0.397 0.080 0.015 0.007 0.389 0.011 0.010 0.008 0.006 0.009 0.069 97 D 0.167 0.152 0.059 0.048 0.276 0.071 0.052 0.035 0.021 0.040 0.080 98 S 0.247 0.143 0.042 0.010 0.357 0.008 0.012 0.032 0.021 0.062 0.066 99 Y 0.255 0.094 0.018 0.004 0.484 0.008 0.012 0.025 0.022 0.037 0.041 100 T 0.133 0.271 0.069 0.010 0.389 0.010 0.013 0.030 0.016 0.020 0.039 101 W 0.242 0.146 0.046 0.015 0.287 0.019 0.037 0.061 0.025 0.050 0.072 102 V 0.148 0.119 0.182 0.066 0.134 0.048 0.056 0.075 0.044 0.074 0.052 103 K 0.049 0.045 0.075 0.273 0.047 0.170 0.058 0.114 0.057 0.079 0.033 104 D 0.035 0.214 0.154 0.177 0.075 0.096 0.122 0.029 0.027 0.058 0.014 105 G 0.043 0.045 0.050 0.098 0.040 0.027 0.013 0.011 0.023 0.456 0.197 106 A 0.100 0.318 0.033 0.003 0.522 0.003 0.005 0.002 0.002 0.004 0.007 107 V 0.311 0.032 0.001 0.001 0.648 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 108 I 0.208 0.099 0.007 0.001 0.674 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 109 N 0.365 0.013 0.001 0.001 0.613 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 110 A 0.242 0.070 0.005 0.001 0.665 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 111 Q 0.255 0.066 0.004 0.001 0.639 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 112 L 0.406 0.070 0.008 0.003 0.352 0.005 0.004 0.004 0.004 0.026 0.117 113 Y 0.109 0.136 0.102 0.175 0.139 0.115 0.065 0.033 0.015 0.043 0.068 114 K 0.041 0.062 0.065 0.338 0.048 0.165 0.108 0.053 0.038 0.060 0.021 115 N 0.089 0.108 0.142 0.094 0.136 0.025 0.020 0.070 0.067 0.193 0.055 116 S 0.049 0.104 0.050 0.019 0.083 0.028 0.044 0.240 0.248 0.092 0.043 117 T 0.128 0.215 0.035 0.006 0.239 0.010 0.027 0.176 0.044 0.070 0.049 118 V 0.265 0.088 0.013 0.006 0.279 0.009 0.017 0.184 0.047 0.041 0.050 119 A 0.146 0.109 0.027 0.015 0.276 0.025 0.029 0.271 0.046 0.024 0.032 120 R 0.161 0.126 0.023 0.006 0.263 0.012 0.019 0.287 0.057 0.028 0.020 121 S 0.134 0.077 0.012 0.002 0.165 0.004 0.028 0.416 0.063 0.065 0.034 122 I 0.158 0.038 0.015 0.019 0.120 0.034 0.075 0.287 0.120 0.064 0.070 123 S 0.027 0.292 0.076 0.056 0.076 0.107 0.169 0.118 0.041 0.022 0.016 124 N 0.083 0.039 0.040 0.049 0.069 0.019 0.022 0.052 0.040 0.386 0.202 125 F 0.129 0.292 0.069 0.006 0.355 0.006 0.014 0.042 0.030 0.029 0.028 126 S 0.144 0.242 0.057 0.018 0.308 0.020 0.034 0.067 0.026 0.035 0.050 127 F 0.153 0.207 0.066 0.021 0.246 0.019 0.033 0.105 0.043 0.054 0.054 128 S 0.109 0.136 0.068 0.031 0.204 0.033 0.041 0.191 0.070 0.075 0.043 129 R 0.066 0.120 0.062 0.024 0.112 0.025 0.045 0.299 0.138 0.075 0.033 130 E 0.067 0.066 0.034 0.021 0.086 0.023 0.052 0.284 0.181 0.140 0.047 131 A 0.044 0.161 0.051 0.014 0.096 0.022 0.049 0.281 0.159 0.093 0.029 132 K 0.087 0.077 0.036 0.013 0.115 0.014 0.051 0.245 0.105 0.166 0.091 133 I 0.089 0.216 0.067 0.017 0.159 0.025 0.039 0.171 0.052 0.119 0.045 134 G 0.055 0.364 0.184 0.029 0.138 0.015 0.017 0.088 0.032 0.048 0.030 135 K 0.059 0.041 0.019 0.006 0.062 0.007 0.017 0.456 0.244 0.061 0.028 136 E 0.007 0.044 0.017 0.006 0.019 0.011 0.047 0.654 0.168 0.023 0.004 137 D 0.034 0.027 0.008 0.002 0.036 0.004 0.040 0.532 0.111 0.181 0.026 138 Y 0.029 0.044 0.012 0.003 0.043 0.005 0.011 0.607 0.174 0.053 0.020 139 D 0.008 0.012 0.007 0.006 0.012 0.015 0.033 0.732 0.155 0.017 0.006 140 E 0.032 0.027 0.007 0.001 0.033 0.002 0.021 0.642 0.116 0.111 0.008 141 L 0.041 0.086 0.012 0.001 0.074 0.002 0.024 0.606 0.109 0.032 0.012 142 K 0.046 0.020 0.014 0.016 0.045 0.036 0.112 0.557 0.084 0.044 0.027 143 I 0.033 0.274 0.075 0.045 0.067 0.071 0.127 0.176 0.048 0.065 0.019 144 G 0.037 0.033 0.065 0.095 0.038 0.020 0.014 0.090 0.045 0.389 0.173 145 E 0.045 0.172 0.094 0.023 0.108 0.020 0.036 0.292 0.101 0.083 0.026 146 S 0.032 0.327 0.100 0.013 0.082 0.008 0.022 0.235 0.085 0.065 0.031 147 Y 0.014 0.009 0.002 0.001 0.010 0.001 0.006 0.768 0.159 0.017 0.012 148 K 0.002 0.005 0.002 0.002 0.004 0.004 0.008 0.906 0.064 0.003 0.001 149 K 0.009 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.933 0.014 0.022 0.002 150 V 0.005 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.922 0.047 0.011 0.002 151 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.839 0.143 0.005 0.001 152 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.857 0.125 0.005 0.001 153 K 0.006 0.013 0.008 0.001 0.009 0.003 0.265 0.527 0.113 0.051 0.004 154 L 0.049 0.354 0.111 0.015 0.094 0.018 0.041 0.093 0.045 0.131 0.049 155 G 0.043 0.064 0.074 0.159 0.040 0.077 0.044 0.051 0.031 0.294 0.123 156 E 0.070 0.277 0.300 0.032 0.191 0.007 0.013 0.025 0.015 0.051 0.018 157 P 0.093 0.235 0.066 0.015 0.225 0.012 0.040 0.109 0.151 0.033 0.021 158 D 0.039 0.135 0.071 0.036 0.090 0.047 0.081 0.192 0.184 0.089 0.035 159 V 0.137 0.119 0.037 0.009 0.203 0.010 0.025 0.164 0.086 0.141 0.069 160 L 0.124 0.101 0.039 0.017 0.183 0.021 0.038 0.189 0.103 0.125 0.061 161 S 0.093 0.228 0.111 0.024 0.206 0.021 0.028 0.145 0.055 0.054 0.035 162 Q 0.111 0.072 0.028 0.010 0.137 0.017 0.038 0.260 0.160 0.116 0.050 163 S 0.075 0.212 0.059 0.012 0.182 0.014 0.038 0.205 0.103 0.070 0.030 164 M 0.094 0.076 0.033 0.019 0.112 0.024 0.069 0.196 0.130 0.166 0.081 165 S 0.119 0.118 0.082 0.030 0.164 0.023 0.047 0.140 0.066 0.146 0.064 166 S 0.052 0.201 0.123 0.084 0.105 0.072 0.078 0.118 0.047 0.093 0.029 167 D 0.101 0.187 0.200 0.039 0.188 0.012 0.014 0.071 0.046 0.096 0.045 168 K 0.044 0.047 0.016 0.005 0.062 0.009 0.024 0.371 0.362 0.041 0.020 169 E 0.029 0.055 0.026 0.012 0.053 0.025 0.071 0.491 0.139 0.078 0.020 170 E 0.120 0.070 0.019 0.006 0.133 0.007 0.024 0.349 0.104 0.109 0.059 171 M 0.135 0.085 0.012 0.004 0.203 0.010 0.024 0.392 0.066 0.038 0.032 172 Q 0.137 0.109 0.023 0.012 0.232 0.024 0.029 0.330 0.036 0.037 0.031 173 T 0.251 0.117 0.010 0.001 0.421 0.003 0.007 0.136 0.018 0.017 0.020 174 V 0.165 0.151 0.009 0.001 0.442 0.004 0.011 0.167 0.020 0.013 0.016 175 W 0.273 0.068 0.018 0.004 0.256 0.006 0.034 0.207 0.030 0.032 0.071 176 S 0.112 0.056 0.048 0.087 0.095 0.116 0.054 0.237 0.048 0.068 0.078 177 S 0.008 0.273 0.086 0.179 0.025 0.130 0.225 0.042 0.014 0.012 0.006 178 G 0.041 0.019 0.035 0.074 0.031 0.009 0.005 0.015 0.028 0.521 0.223 179 I 0.121 0.244 0.047 0.005 0.271 0.007 0.023 0.097 0.103 0.046 0.035 180 K 0.120 0.151 0.077 0.065 0.155 0.052 0.099 0.085 0.049 0.072 0.075 181 T 0.104 0.169 0.115 0.114 0.129 0.079 0.090 0.060 0.042 0.060 0.038 182 K 0.074 0.054 0.107 0.132 0.088 0.060 0.040 0.073 0.086 0.214 0.072 183 S 0.156 0.106 0.089 0.042 0.182 0.030 0.041 0.095 0.103 0.111 0.045 184 S 0.097 0.129 0.097 0.045 0.179 0.048 0.067 0.071 0.075 0.137 0.055 185 S 0.246 0.105 0.052 0.028 0.277 0.021 0.025 0.031 0.033 0.095 0.087 186 A 0.129 0.232 0.066 0.016 0.424 0.026 0.038 0.014 0.012 0.022 0.022 187 T 0.238 0.122 0.009 0.003 0.599 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.014 188 I 0.252 0.033 0.001 0.001 0.710 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 189 E 0.271 0.016 0.001 0.001 0.703 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 190 L 0.215 0.058 0.003 0.001 0.709 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 191 Y 0.242 0.071 0.003 0.001 0.647 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 192 F 0.332 0.161 0.093 0.008 0.262 0.004 0.003 0.004 0.002 0.013 0.119 193 E 0.011 0.020 0.046 0.470 0.011 0.342 0.032 0.033 0.010 0.012 0.014 194 N 0.005 0.219 0.126 0.410 0.012 0.080 0.124 0.012 0.005 0.006 0.002 195 G 0.011 0.009 0.019 0.079 0.008 0.011 0.004 0.011 0.046 0.647 0.155 196 L 0.046 0.525 0.047 0.004 0.191 0.006 0.017 0.058 0.052 0.032 0.022 197 L 0.366 0.081 0.012 0.008 0.313 0.011 0.021 0.063 0.020 0.034 0.069 198 K 0.120 0.162 0.089 0.079 0.168 0.081 0.067 0.096 0.038 0.050 0.052 199 N 0.209 0.127 0.058 0.018 0.321 0.019 0.017 0.102 0.032 0.056 0.042 200 K 0.075 0.129 0.044 0.012 0.144 0.015 0.030 0.261 0.191 0.067 0.033 201 T 0.076 0.087 0.036 0.009 0.106 0.014 0.071 0.277 0.188 0.087 0.050 202 Q 0.127 0.046 0.022 0.010 0.100 0.015 0.058 0.278 0.141 0.143 0.061 203 K 0.025 0.317 0.108 0.047 0.082 0.080 0.130 0.118 0.041 0.039 0.014 204 D 0.117 0.107 0.087 0.046 0.131 0.018 0.015 0.050 0.032 0.243 0.154 205 L 0.174 0.153 0.041 0.005 0.275 0.008 0.025 0.106 0.115 0.049 0.048 206 E 0.084 0.180 0.073 0.029 0.203 0.044 0.094 0.140 0.069 0.044 0.039