# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 144 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.445 0.013 0.021 0.011 0.013 0.061 0.009 0.001 0.083 0.258 2 S 0.011 0.059 0.003 0.005 0.003 0.004 0.041 0.002 0.001 0.751 0.120 3 M 0.051 0.605 0.005 0.005 0.004 0.005 0.048 0.017 0.002 0.115 0.144 4 K 0.072 0.229 0.004 0.003 0.005 0.004 0.030 0.006 0.001 0.497 0.150 5 K 0.011 0.668 0.008 0.005 0.003 0.005 0.034 0.002 0.001 0.118 0.146 6 T 0.013 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.014 0.045 7 K 0.006 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 0.024 8 N 0.002 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.032 0.020 9 W 0.001 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.007 10 L 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 11 L 0.001 0.746 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.242 0.005 12 V 0.001 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.002 13 F 0.001 0.456 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.537 0.002 14 L 0.001 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 15 T 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 16 V 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 17 T 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 18 F 0.002 0.955 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 0.006 19 C 0.008 0.886 0.006 0.004 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.065 0.016 20 F 0.035 0.548 0.031 0.017 0.004 0.008 0.043 0.007 0.006 0.222 0.080 21 L 0.102 0.400 0.023 0.024 0.009 0.020 0.078 0.017 0.005 0.134 0.188 22 M 0.124 0.176 0.015 0.034 0.012 0.034 0.111 0.013 0.004 0.111 0.366 23 L 0.064 0.064 0.013 0.071 0.028 0.085 0.141 0.007 0.004 0.113 0.410 24 G 0.051 0.031 0.005 0.045 0.024 0.073 0.149 0.006 0.002 0.080 0.535 25 C 0.034 0.015 0.003 0.048 0.039 0.072 0.148 0.004 0.002 0.044 0.590 26 Q 0.042 0.021 0.003 0.034 0.024 0.060 0.116 0.005 0.003 0.044 0.648 27 S 0.131 0.032 0.001 0.012 0.008 0.019 0.094 0.008 0.001 0.040 0.654 28 K 0.235 0.036 0.001 0.008 0.009 0.014 0.080 0.010 0.001 0.034 0.573 29 E 0.047 0.022 0.001 0.008 0.008 0.015 0.085 0.004 0.001 0.030 0.780 30 D 0.074 0.023 0.002 0.011 0.016 0.030 0.090 0.006 0.001 0.054 0.692 31 K 0.164 0.013 0.001 0.013 0.032 0.038 0.103 0.005 0.001 0.081 0.548 32 K 0.070 0.008 0.001 0.015 0.019 0.031 0.102 0.003 0.001 0.054 0.696 33 G 0.043 0.004 0.001 0.012 0.014 0.026 0.106 0.002 0.001 0.036 0.757 34 G 0.007 0.003 0.001 0.013 0.024 0.050 0.131 0.001 0.001 0.061 0.709 35 T 0.009 0.008 0.001 0.012 0.034 0.033 0.116 0.001 0.001 0.048 0.737 36 K 0.151 0.049 0.002 0.017 0.030 0.026 0.119 0.008 0.001 0.062 0.535 37 P 0.092 0.060 0.002 0.013 0.013 0.015 0.111 0.007 0.001 0.028 0.659 38 S 0.083 0.133 0.004 0.010 0.013 0.019 0.082 0.007 0.001 0.035 0.613 39 N 0.147 0.230 0.002 0.015 0.022 0.033 0.085 0.013 0.001 0.046 0.405 40 E 0.072 0.089 0.005 0.016 0.029 0.037 0.095 0.007 0.001 0.294 0.356 41 A 0.046 0.148 0.006 0.024 0.046 0.051 0.096 0.008 0.001 0.138 0.437 42 A 0.102 0.094 0.003 0.020 0.036 0.058 0.095 0.011 0.001 0.132 0.447 43 L 0.039 0.075 0.004 0.024 0.052 0.069 0.101 0.005 0.002 0.095 0.534 44 T 0.037 0.053 0.012 0.034 0.041 0.069 0.102 0.007 0.005 0.091 0.547 45 K 0.161 0.063 0.003 0.021 0.026 0.042 0.089 0.008 0.002 0.072 0.511 46 T 0.227 0.070 0.004 0.015 0.023 0.022 0.088 0.009 0.001 0.047 0.493 47 E 0.026 0.052 0.002 0.016 0.009 0.015 0.106 0.003 0.001 0.019 0.752 48 N 0.091 0.197 0.004 0.012 0.011 0.021 0.085 0.013 0.002 0.056 0.507 49 L 0.153 0.212 0.004 0.020 0.070 0.052 0.097 0.011 0.001 0.053 0.328 50 D 0.048 0.102 0.005 0.031 0.036 0.060 0.083 0.005 0.001 0.132 0.496 51 F 0.034 0.100 0.003 0.051 0.054 0.117 0.089 0.005 0.001 0.076 0.469 52 R 0.043 0.080 0.003 0.034 0.062 0.094 0.085 0.005 0.001 0.114 0.480 53 L 0.021 0.083 0.009 0.038 0.127 0.087 0.079 0.003 0.002 0.054 0.498 54 S 0.146 0.342 0.006 0.025 0.028 0.040 0.050 0.019 0.002 0.045 0.297 55 F 0.237 0.212 0.008 0.014 0.018 0.025 0.064 0.035 0.002 0.060 0.323 56 N 0.073 0.168 0.006 0.026 0.043 0.053 0.080 0.006 0.001 0.068 0.475 57 K 0.059 0.071 0.004 0.030 0.032 0.075 0.099 0.004 0.001 0.154 0.472 58 I 0.020 0.063 0.005 0.054 0.048 0.055 0.149 0.006 0.001 0.185 0.413 59 K 0.050 0.185 0.008 0.035 0.061 0.064 0.071 0.011 0.002 0.117 0.397 60 V 0.092 0.230 0.005 0.019 0.035 0.035 0.066 0.013 0.001 0.052 0.452 61 T 0.104 0.170 0.011 0.033 0.018 0.033 0.100 0.016 0.006 0.154 0.354 62 T 0.095 0.059 0.056 0.024 0.021 0.028 0.105 0.018 0.031 0.130 0.433 63 D 0.427 0.037 0.003 0.013 0.008 0.015 0.062 0.019 0.003 0.029 0.384 64 Q 0.184 0.011 0.003 0.018 0.010 0.013 0.080 0.007 0.002 0.048 0.625 65 N 0.023 0.004 0.001 0.042 0.009 0.019 0.111 0.001 0.001 0.029 0.760 66 H 0.018 0.004 0.001 0.018 0.008 0.020 0.099 0.002 0.001 0.040 0.792 67 F 0.038 0.004 0.001 0.030 0.031 0.015 0.162 0.002 0.001 0.032 0.685 68 S 0.121 0.020 0.002 0.067 0.014 0.025 0.127 0.004 0.001 0.095 0.524 69 G 0.037 0.019 0.001 0.021 0.004 0.009 0.092 0.003 0.001 0.032 0.782 70 G 0.010 0.035 0.001 0.051 0.012 0.029 0.149 0.001 0.001 0.038 0.673 71 T 0.005 0.162 0.002 0.030 0.019 0.011 0.098 0.001 0.001 0.124 0.547 72 S 0.017 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.052 0.011 73 I 0.016 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.012 0.007 74 E 0.007 0.792 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.151 0.038 75 Q 0.022 0.873 0.004 0.002 0.001 0.003 0.007 0.005 0.001 0.045 0.036 76 L 0.107 0.681 0.056 0.002 0.002 0.003 0.012 0.046 0.012 0.045 0.034 77 K 0.118 0.114 0.098 0.010 0.004 0.011 0.056 0.014 0.132 0.139 0.304 78 Q 0.365 0.017 0.002 0.004 0.003 0.007 0.073 0.004 0.001 0.017 0.508 79 W 0.053 0.005 0.003 0.021 0.006 0.017 0.129 0.003 0.001 0.034 0.729 80 F 0.007 0.002 0.002 0.029 0.007 0.019 0.200 0.001 0.001 0.024 0.708 81 G 0.016 0.007 0.001 0.011 0.008 0.015 0.106 0.002 0.001 0.028 0.807 82 D 0.182 0.012 0.001 0.012 0.012 0.007 0.107 0.005 0.001 0.050 0.612 83 P 0.037 0.014 0.001 0.041 0.005 0.012 0.121 0.003 0.001 0.042 0.724 84 N 0.054 0.032 0.001 0.015 0.006 0.017 0.103 0.004 0.001 0.031 0.738 85 K 0.105 0.055 0.001 0.035 0.028 0.036 0.106 0.007 0.001 0.060 0.565 86 S 0.068 0.049 0.002 0.018 0.036 0.054 0.110 0.006 0.001 0.094 0.562 87 E 0.037 0.040 0.002 0.023 0.052 0.080 0.109 0.005 0.001 0.057 0.595 88 Q 0.059 0.023 0.006 0.023 0.062 0.092 0.105 0.005 0.004 0.086 0.536 89 R 0.121 0.011 0.006 0.021 0.049 0.068 0.114 0.005 0.004 0.095 0.506 90 N 0.250 0.008 0.001 0.015 0.020 0.034 0.081 0.005 0.001 0.047 0.538 91 A 0.077 0.003 0.001 0.009 0.011 0.020 0.116 0.002 0.001 0.035 0.726 92 G 0.005 0.004 0.001 0.020 0.023 0.063 0.139 0.001 0.001 0.020 0.723 93 N 0.008 0.005 0.001 0.030 0.123 0.211 0.102 0.002 0.001 0.047 0.471 94 I 0.003 0.002 0.001 0.044 0.337 0.330 0.045 0.001 0.001 0.034 0.204 95 T 0.004 0.003 0.001 0.064 0.216 0.363 0.037 0.001 0.001 0.044 0.266 96 L 0.007 0.003 0.001 0.039 0.328 0.360 0.029 0.002 0.001 0.044 0.187 97 D 0.013 0.005 0.001 0.049 0.245 0.406 0.038 0.002 0.001 0.048 0.193 98 S 0.030 0.006 0.001 0.033 0.194 0.376 0.051 0.003 0.001 0.054 0.251 99 Y 0.008 0.003 0.001 0.035 0.249 0.374 0.052 0.002 0.001 0.038 0.238 100 T 0.005 0.002 0.001 0.027 0.253 0.390 0.050 0.001 0.002 0.044 0.226 101 W 0.052 0.003 0.003 0.024 0.148 0.187 0.082 0.003 0.004 0.084 0.409 102 V 0.395 0.002 0.001 0.012 0.037 0.040 0.058 0.005 0.001 0.056 0.393 103 K 0.147 0.001 0.001 0.004 0.006 0.013 0.078 0.001 0.001 0.019 0.730 104 D 0.004 0.001 0.001 0.004 0.008 0.029 0.095 0.001 0.001 0.006 0.853 105 G 0.004 0.002 0.001 0.015 0.112 0.215 0.119 0.001 0.001 0.019 0.513 106 A 0.001 0.001 0.001 0.020 0.330 0.552 0.018 0.001 0.001 0.012 0.065 107 V 0.001 0.001 0.001 0.028 0.246 0.476 0.019 0.001 0.001 0.039 0.189 108 I 0.001 0.001 0.001 0.021 0.503 0.414 0.006 0.001 0.001 0.014 0.041 109 N 0.002 0.001 0.001 0.044 0.352 0.493 0.009 0.001 0.001 0.030 0.070 110 A 0.001 0.001 0.001 0.031 0.504 0.415 0.004 0.001 0.001 0.011 0.033 111 Q 0.001 0.001 0.001 0.035 0.445 0.422 0.008 0.001 0.001 0.032 0.054 112 L 0.018 0.003 0.002 0.064 0.348 0.306 0.035 0.002 0.002 0.048 0.174 113 Y 0.467 0.008 0.001 0.026 0.060 0.055 0.047 0.007 0.001 0.098 0.230 114 K 0.030 0.011 0.001 0.008 0.008 0.016 0.108 0.002 0.001 0.021 0.795 115 N 0.011 0.028 0.001 0.008 0.007 0.018 0.114 0.002 0.001 0.030 0.781 116 S 0.016 0.080 0.002 0.046 0.192 0.242 0.081 0.003 0.001 0.074 0.264 117 T 0.014 0.065 0.003 0.039 0.145 0.189 0.074 0.003 0.001 0.178 0.290 118 V 0.024 0.099 0.003 0.037 0.193 0.221 0.054 0.007 0.001 0.083 0.276 119 A 0.037 0.049 0.003 0.038 0.122 0.184 0.057 0.005 0.001 0.252 0.251 120 R 0.017 0.033 0.014 0.044 0.131 0.171 0.071 0.004 0.005 0.206 0.304 121 S 0.086 0.049 0.006 0.042 0.092 0.140 0.081 0.011 0.002 0.087 0.404 122 I 0.085 0.019 0.005 0.033 0.071 0.089 0.085 0.007 0.002 0.102 0.501 123 S 0.018 0.017 0.003 0.057 0.093 0.119 0.095 0.002 0.001 0.045 0.550 124 N 0.030 0.020 0.002 0.038 0.046 0.106 0.100 0.003 0.001 0.084 0.571 125 F 0.023 0.023 0.003 0.041 0.108 0.076 0.128 0.004 0.001 0.072 0.521 126 S 0.047 0.061 0.004 0.069 0.064 0.089 0.101 0.006 0.002 0.057 0.500 127 F 0.095 0.081 0.004 0.046 0.042 0.069 0.100 0.009 0.002 0.044 0.507 128 S 0.124 0.049 0.012 0.048 0.034 0.042 0.096 0.011 0.006 0.072 0.507 129 R 0.195 0.052 0.003 0.038 0.023 0.046 0.098 0.009 0.001 0.034 0.501 130 E 0.083 0.038 0.003 0.035 0.015 0.036 0.090 0.008 0.001 0.043 0.647 131 A 0.070 0.020 0.002 0.053 0.039 0.039 0.097 0.002 0.001 0.032 0.646 132 K 0.036 0.021 0.001 0.041 0.021 0.043 0.122 0.002 0.001 0.021 0.693 133 I 0.009 0.023 0.001 0.034 0.042 0.029 0.098 0.002 0.001 0.019 0.743 134 G 0.236 0.433 0.003 0.016 0.013 0.014 0.033 0.029 0.001 0.038 0.186 135 K 0.297 0.367 0.001 0.006 0.007 0.007 0.043 0.018 0.001 0.039 0.215 136 E 0.091 0.277 0.024 0.017 0.014 0.015 0.054 0.006 0.004 0.042 0.457 137 D 0.284 0.199 0.007 0.018 0.013 0.026 0.059 0.025 0.002 0.034 0.332 138 Y 0.300 0.099 0.005 0.011 0.010 0.019 0.077 0.030 0.002 0.055 0.392 139 D 0.062 0.030 0.003 0.039 0.066 0.095 0.084 0.003 0.001 0.060 0.558 140 E 0.011 0.009 0.001 0.035 0.017 0.064 0.093 0.001 0.001 0.053 0.715 141 L 0.017 0.009 0.002 0.061 0.080 0.091 0.133 0.003 0.001 0.054 0.549 142 K 0.270 0.018 0.002 0.040 0.046 0.049 0.085 0.005 0.001 0.120 0.363 143 I 0.053 0.012 0.001 0.021 0.008 0.015 0.082 0.002 0.001 0.033 0.774 144 G 0.012 0.025 0.001 0.016 0.006 0.019 0.109 0.001 0.001 0.014 0.796 145 E 0.007 0.130 0.001 0.014 0.031 0.021 0.094 0.001 0.001 0.024 0.676 146 S 0.014 0.912 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.003 0.001 0.020 0.037 147 Y 0.015 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.010 0.011 148 K 0.007 0.926 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.026 0.027 149 K 0.022 0.866 0.002 0.004 0.006 0.014 0.008 0.002 0.001 0.030 0.046 150 V 0.071 0.741 0.014 0.006 0.008 0.012 0.020 0.016 0.005 0.054 0.053 151 V 0.073 0.102 0.172 0.020 0.017 0.039 0.043 0.013 0.181 0.167 0.173 152 E 0.411 0.014 0.002 0.005 0.009 0.013 0.055 0.003 0.001 0.022 0.466 153 K 0.077 0.003 0.001 0.011 0.005 0.010 0.080 0.002 0.001 0.023 0.789 154 L 0.006 0.001 0.001 0.018 0.006 0.012 0.164 0.001 0.001 0.008 0.783 155 G 0.010 0.005 0.001 0.005 0.004 0.008 0.079 0.001 0.001 0.011 0.877 156 E 0.135 0.027 0.001 0.007 0.032 0.011 0.109 0.007 0.001 0.021 0.648 157 P 0.073 0.038 0.001 0.052 0.011 0.025 0.114 0.006 0.001 0.068 0.610 158 D 0.035 0.044 0.002 0.040 0.028 0.071 0.112 0.004 0.001 0.068 0.596 159 V 0.046 0.031 0.002 0.112 0.051 0.101 0.101 0.005 0.001 0.074 0.475 160 L 0.040 0.033 0.003 0.047 0.097 0.120 0.086 0.006 0.001 0.085 0.480 161 S 0.033 0.027 0.002 0.047 0.087 0.144 0.085 0.005 0.001 0.091 0.479 162 Q 0.024 0.013 0.002 0.026 0.063 0.111 0.095 0.002 0.001 0.126 0.537 163 S 0.035 0.012 0.006 0.021 0.070 0.082 0.117 0.005 0.004 0.126 0.522 164 M 0.153 0.012 0.001 0.015 0.022 0.031 0.097 0.005 0.001 0.045 0.617 165 S 0.201 0.014 0.001 0.008 0.015 0.019 0.084 0.004 0.001 0.042 0.612 166 S 0.022 0.012 0.001 0.006 0.010 0.013 0.093 0.002 0.001 0.014 0.828 167 D 0.060 0.051 0.002 0.008 0.025 0.038 0.101 0.005 0.001 0.037 0.671 168 K 0.050 0.042 0.002 0.014 0.113 0.106 0.132 0.004 0.001 0.069 0.468 169 E 0.012 0.027 0.002 0.036 0.108 0.274 0.103 0.002 0.001 0.074 0.361 170 E 0.010 0.028 0.002 0.035 0.169 0.359 0.056 0.003 0.001 0.061 0.277 171 M 0.009 0.034 0.002 0.031 0.237 0.301 0.040 0.003 0.001 0.058 0.285 172 Q 0.006 0.021 0.001 0.039 0.270 0.397 0.029 0.002 0.001 0.063 0.171 173 T 0.007 0.014 0.001 0.048 0.255 0.380 0.031 0.001 0.001 0.086 0.176 174 V 0.006 0.006 0.013 0.046 0.354 0.317 0.029 0.003 0.006 0.082 0.138 175 W 0.117 0.010 0.002 0.040 0.179 0.197 0.054 0.007 0.002 0.056 0.338 176 S 0.236 0.008 0.002 0.026 0.087 0.088 0.068 0.008 0.002 0.064 0.412 177 S 0.011 0.004 0.001 0.028 0.019 0.048 0.112 0.001 0.001 0.021 0.753 178 G 0.030 0.007 0.001 0.014 0.016 0.039 0.110 0.003 0.001 0.064 0.716 179 I 0.060 0.006 0.001 0.017 0.114 0.045 0.129 0.004 0.001 0.069 0.553 180 K 0.060 0.006 0.001 0.033 0.022 0.043 0.114 0.003 0.001 0.086 0.631 181 T 0.047 0.005 0.001 0.013 0.021 0.038 0.120 0.002 0.001 0.075 0.677 182 K 0.041 0.005 0.001 0.018 0.034 0.048 0.125 0.002 0.001 0.051 0.675 183 S 0.083 0.004 0.001 0.013 0.025 0.035 0.142 0.003 0.001 0.075 0.618 184 S 0.020 0.004 0.001 0.017 0.055 0.102 0.161 0.002 0.001 0.033 0.604 185 S 0.012 0.002 0.001 0.024 0.053 0.164 0.167 0.001 0.001 0.027 0.548 186 A 0.001 0.001 0.001 0.035 0.221 0.608 0.030 0.001 0.001 0.016 0.088 187 T 0.002 0.001 0.001 0.027 0.151 0.483 0.027 0.001 0.001 0.056 0.253 188 I 0.001 0.001 0.001 0.015 0.513 0.418 0.006 0.001 0.001 0.012 0.036 189 E 0.001 0.001 0.001 0.036 0.356 0.447 0.010 0.001 0.001 0.047 0.103 190 L 0.001 0.001 0.001 0.019 0.570 0.378 0.003 0.001 0.001 0.006 0.023 191 Y 0.002 0.001 0.002 0.050 0.350 0.435 0.016 0.001 0.002 0.048 0.093 192 F 0.348 0.001 0.001 0.044 0.148 0.160 0.038 0.006 0.001 0.080 0.171 193 E 0.392 0.001 0.001 0.010 0.024 0.031 0.056 0.005 0.001 0.048 0.432 194 N 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.018 0.107 0.001 0.001 0.004 0.860 195 G 0.002 0.003 0.001 0.035 0.129 0.229 0.085 0.001 0.001 0.041 0.474 196 L 0.002 0.001 0.001 0.019 0.481 0.345 0.019 0.001 0.001 0.025 0.107 197 L 0.007 0.003 0.001 0.033 0.257 0.210 0.041 0.001 0.001 0.053 0.392 198 K 0.008 0.007 0.001 0.031 0.308 0.382 0.031 0.001 0.001 0.038 0.195 199 N 0.026 0.022 0.001 0.035 0.148 0.236 0.058 0.003 0.001 0.050 0.420 200 K 0.023 0.018 0.009 0.028 0.210 0.201 0.058 0.005 0.006 0.061 0.381 201 T 0.207 0.029 0.003 0.021 0.092 0.096 0.059 0.010 0.003 0.047 0.432 202 Q 0.223 0.013 0.003 0.016 0.046 0.045 0.065 0.009 0.002 0.047 0.531 203 K 0.054 0.006 0.002 0.019 0.023 0.026 0.092 0.001 0.001 0.018 0.758 204 D 0.056 0.009 0.001 0.014 0.007 0.017 0.096 0.002 0.001 0.034 0.762 205 L 0.057 0.009 0.001 0.012 0.019 0.012 0.129 0.003 0.001 0.029 0.728 206 E 0.064 0.023 0.002 0.030 0.017 0.023 0.114 0.004 0.001 0.049 0.674