# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 144 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.127 0.328 0.010 0.011 0.012 0.064 0.083 0.365 2 S 0.026 0.086 0.006 0.006 0.006 0.030 0.667 0.173 3 M 0.067 0.454 0.003 0.003 0.003 0.041 0.214 0.215 4 K 0.079 0.299 0.007 0.005 0.005 0.059 0.282 0.265 5 K 0.030 0.675 0.003 0.003 0.003 0.034 0.052 0.200 6 T 0.020 0.838 0.001 0.001 0.002 0.014 0.035 0.089 7 K 0.004 0.945 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.021 8 N 0.003 0.933 0.001 0.001 0.001 0.003 0.047 0.010 9 W 0.001 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 10 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 11 L 0.001 0.738 0.001 0.001 0.001 0.001 0.259 0.001 12 V 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 13 F 0.001 0.660 0.001 0.001 0.001 0.001 0.339 0.001 14 L 0.001 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 15 T 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 16 V 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 17 T 0.001 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 18 F 0.009 0.835 0.010 0.001 0.001 0.004 0.133 0.007 19 C 0.013 0.854 0.035 0.003 0.003 0.013 0.061 0.019 20 F 0.062 0.527 0.141 0.005 0.007 0.036 0.086 0.135 21 L 0.086 0.319 0.099 0.013 0.013 0.118 0.103 0.249 22 M 0.128 0.107 0.120 0.014 0.020 0.089 0.091 0.430 23 L 0.124 0.043 0.045 0.019 0.026 0.156 0.084 0.503 24 G 0.045 0.027 0.059 0.029 0.051 0.159 0.073 0.556 25 C 0.051 0.015 0.025 0.018 0.033 0.143 0.039 0.675 26 Q 0.071 0.022 0.031 0.035 0.049 0.152 0.069 0.572 27 S 0.086 0.024 0.010 0.007 0.013 0.130 0.029 0.700 28 K 0.224 0.057 0.012 0.013 0.016 0.112 0.047 0.519 29 E 0.073 0.043 0.012 0.011 0.018 0.117 0.046 0.680 30 D 0.089 0.042 0.019 0.019 0.036 0.100 0.089 0.606 31 K 0.132 0.026 0.021 0.058 0.054 0.107 0.084 0.517 32 K 0.063 0.012 0.016 0.038 0.059 0.110 0.043 0.659 33 G 0.049 0.008 0.012 0.028 0.056 0.102 0.029 0.715 34 G 0.026 0.006 0.013 0.050 0.091 0.123 0.058 0.633 35 T 0.019 0.007 0.011 0.027 0.043 0.113 0.055 0.726 36 K 0.131 0.051 0.012 0.050 0.050 0.136 0.051 0.519 37 P 0.085 0.069 0.007 0.014 0.019 0.093 0.019 0.695 38 S 0.066 0.222 0.011 0.014 0.022 0.089 0.028 0.548 39 N 0.097 0.436 0.008 0.012 0.020 0.058 0.045 0.323 40 E 0.076 0.202 0.017 0.029 0.031 0.074 0.280 0.292 41 A 0.066 0.429 0.012 0.024 0.028 0.056 0.143 0.242 42 A 0.066 0.220 0.016 0.029 0.059 0.062 0.190 0.357 43 L 0.052 0.190 0.017 0.042 0.063 0.098 0.127 0.412 44 T 0.035 0.122 0.029 0.056 0.091 0.083 0.142 0.442 45 K 0.133 0.081 0.012 0.022 0.031 0.121 0.044 0.557 46 T 0.321 0.117 0.013 0.019 0.019 0.079 0.087 0.344 47 E 0.045 0.088 0.006 0.007 0.014 0.113 0.020 0.708 48 N 0.054 0.147 0.020 0.012 0.034 0.068 0.110 0.554 49 L 0.081 0.223 0.019 0.083 0.059 0.086 0.059 0.391 50 D 0.050 0.065 0.040 0.060 0.089 0.072 0.133 0.491 51 F 0.033 0.148 0.029 0.075 0.102 0.083 0.078 0.451 52 R 0.023 0.069 0.055 0.078 0.150 0.092 0.092 0.441 53 L 0.022 0.079 0.051 0.100 0.088 0.091 0.082 0.487 54 S 0.112 0.410 0.029 0.055 0.071 0.044 0.091 0.188 55 F 0.164 0.247 0.038 0.035 0.048 0.059 0.076 0.334 56 N 0.092 0.211 0.029 0.058 0.082 0.065 0.069 0.393 57 K 0.038 0.050 0.032 0.031 0.055 0.081 0.156 0.557 58 I 0.024 0.059 0.035 0.052 0.067 0.137 0.204 0.422 59 K 0.049 0.093 0.043 0.056 0.068 0.095 0.110 0.486 60 V 0.082 0.099 0.024 0.030 0.037 0.088 0.059 0.581 61 T 0.072 0.072 0.047 0.045 0.058 0.090 0.174 0.442 62 T 0.099 0.038 0.035 0.032 0.038 0.122 0.105 0.530 63 D 0.272 0.038 0.018 0.021 0.027 0.080 0.071 0.471 64 Q 0.059 0.008 0.014 0.010 0.016 0.108 0.039 0.745 65 N 0.024 0.008 0.035 0.024 0.057 0.169 0.067 0.616 66 H 0.018 0.004 0.037 0.025 0.062 0.131 0.063 0.659 67 F 0.060 0.003 0.053 0.040 0.047 0.125 0.033 0.639 68 S 0.104 0.008 0.057 0.052 0.066 0.109 0.098 0.505 69 G 0.014 0.017 0.025 0.011 0.030 0.118 0.027 0.757 70 G 0.014 0.037 0.046 0.021 0.035 0.132 0.018 0.697 71 T 0.024 0.183 0.046 0.055 0.028 0.086 0.066 0.512 72 S 0.024 0.937 0.002 0.002 0.002 0.004 0.010 0.018 73 I 0.065 0.881 0.005 0.002 0.002 0.005 0.016 0.023 74 E 0.016 0.813 0.015 0.011 0.008 0.014 0.062 0.060 75 Q 0.021 0.878 0.011 0.003 0.005 0.007 0.034 0.040 76 L 0.176 0.540 0.043 0.014 0.021 0.028 0.110 0.068 77 K 0.251 0.113 0.080 0.043 0.034 0.053 0.177 0.249 78 Q 0.263 0.019 0.012 0.008 0.010 0.053 0.026 0.608 79 W 0.082 0.005 0.012 0.007 0.010 0.100 0.015 0.769 80 F 0.007 0.002 0.012 0.009 0.020 0.139 0.017 0.795 81 G 0.030 0.004 0.008 0.007 0.013 0.108 0.013 0.816 82 D 0.156 0.017 0.014 0.038 0.027 0.135 0.063 0.549 83 P 0.040 0.018 0.015 0.012 0.019 0.138 0.033 0.725 84 N 0.092 0.049 0.020 0.022 0.048 0.124 0.063 0.583 85 K 0.075 0.043 0.018 0.026 0.036 0.108 0.046 0.648 86 S 0.070 0.056 0.030 0.055 0.067 0.107 0.123 0.494 87 E 0.073 0.059 0.025 0.071 0.085 0.110 0.088 0.490 88 Q 0.067 0.026 0.026 0.051 0.090 0.110 0.072 0.560 89 R 0.141 0.012 0.022 0.036 0.046 0.103 0.051 0.590 90 N 0.370 0.017 0.007 0.018 0.029 0.067 0.048 0.444 91 A 0.033 0.006 0.008 0.013 0.030 0.101 0.027 0.783 92 G 0.015 0.008 0.022 0.038 0.159 0.117 0.040 0.602 93 N 0.025 0.010 0.025 0.121 0.214 0.083 0.050 0.473 94 I 0.008 0.005 0.049 0.244 0.252 0.064 0.034 0.344 95 T 0.009 0.007 0.065 0.180 0.354 0.048 0.049 0.289 96 L 0.009 0.005 0.054 0.227 0.308 0.046 0.093 0.258 97 D 0.022 0.009 0.064 0.216 0.283 0.052 0.072 0.284 98 S 0.051 0.015 0.026 0.215 0.259 0.051 0.054 0.329 99 Y 0.028 0.009 0.024 0.140 0.194 0.079 0.028 0.498 100 T 0.013 0.004 0.030 0.169 0.257 0.077 0.052 0.398 101 W 0.048 0.003 0.020 0.093 0.101 0.096 0.051 0.588 102 V 0.584 0.004 0.009 0.019 0.023 0.049 0.046 0.266 103 K 0.219 0.003 0.005 0.010 0.014 0.067 0.016 0.666 104 D 0.020 0.003 0.011 0.010 0.072 0.102 0.016 0.766 105 G 0.003 0.002 0.045 0.061 0.247 0.109 0.032 0.501 106 A 0.003 0.001 0.062 0.352 0.470 0.022 0.019 0.070 107 V 0.002 0.001 0.068 0.329 0.386 0.013 0.029 0.170 108 I 0.001 0.001 0.107 0.384 0.430 0.010 0.008 0.059 109 N 0.001 0.001 0.124 0.297 0.513 0.007 0.012 0.045 110 A 0.003 0.002 0.074 0.463 0.327 0.016 0.011 0.103 111 Q 0.004 0.003 0.114 0.308 0.459 0.017 0.025 0.071 112 L 0.019 0.004 0.049 0.178 0.261 0.059 0.072 0.358 113 Y 0.209 0.013 0.042 0.134 0.099 0.057 0.214 0.231 114 K 0.074 0.019 0.009 0.026 0.041 0.081 0.043 0.706 115 N 0.029 0.031 0.014 0.016 0.053 0.097 0.029 0.731 116 S 0.036 0.063 0.025 0.068 0.139 0.107 0.042 0.521 117 T 0.022 0.053 0.032 0.095 0.124 0.091 0.086 0.497 118 V 0.039 0.128 0.043 0.150 0.155 0.068 0.101 0.316 119 A 0.045 0.072 0.041 0.078 0.140 0.060 0.224 0.340 120 R 0.013 0.038 0.072 0.144 0.157 0.061 0.243 0.272 121 S 0.061 0.108 0.068 0.108 0.191 0.066 0.096 0.303 122 I 0.057 0.042 0.053 0.104 0.170 0.080 0.093 0.400 123 S 0.029 0.028 0.052 0.093 0.166 0.090 0.062 0.481 124 N 0.063 0.030 0.028 0.067 0.129 0.090 0.125 0.468 125 F 0.028 0.017 0.027 0.058 0.062 0.140 0.083 0.585 126 S 0.038 0.036 0.052 0.080 0.113 0.125 0.056 0.502 127 F 0.054 0.027 0.020 0.025 0.041 0.088 0.031 0.713 128 S 0.146 0.044 0.066 0.047 0.051 0.091 0.120 0.435 129 R 0.197 0.048 0.021 0.034 0.047 0.088 0.047 0.519 130 E 0.039 0.014 0.021 0.016 0.034 0.090 0.042 0.744 131 A 0.017 0.041 0.057 0.059 0.098 0.127 0.043 0.559 132 K 0.026 0.047 0.047 0.040 0.080 0.120 0.035 0.605 133 I 0.014 0.029 0.082 0.075 0.046 0.102 0.056 0.595 134 G 0.167 0.357 0.041 0.021 0.023 0.044 0.138 0.210 135 K 0.343 0.308 0.015 0.010 0.010 0.037 0.089 0.188 136 E 0.026 0.126 0.031 0.019 0.019 0.089 0.049 0.640 137 D 0.104 0.334 0.010 0.009 0.015 0.052 0.079 0.396 138 Y 0.266 0.221 0.021 0.011 0.013 0.090 0.074 0.303 139 D 0.106 0.179 0.021 0.032 0.047 0.079 0.057 0.479 140 E 0.022 0.027 0.041 0.018 0.052 0.088 0.130 0.622 141 L 0.130 0.016 0.059 0.052 0.068 0.145 0.053 0.476 142 K 0.369 0.007 0.034 0.050 0.052 0.067 0.066 0.354 143 I 0.008 0.007 0.009 0.005 0.012 0.093 0.010 0.856 144 G 0.005 0.024 0.028 0.015 0.044 0.143 0.009 0.731 145 E 0.019 0.097 0.022 0.052 0.028 0.085 0.027 0.670 146 S 0.036 0.902 0.003 0.005 0.004 0.006 0.016 0.028 147 Y 0.046 0.878 0.005 0.003 0.004 0.007 0.023 0.034 148 K 0.011 0.835 0.010 0.012 0.010 0.012 0.058 0.052 149 K 0.011 0.917 0.010 0.005 0.006 0.004 0.020 0.027 150 V 0.105 0.688 0.025 0.018 0.034 0.018 0.065 0.048 151 V 0.214 0.091 0.107 0.081 0.060 0.037 0.259 0.151 152 E 0.373 0.018 0.011 0.020 0.019 0.045 0.031 0.484 153 K 0.115 0.003 0.007 0.007 0.010 0.068 0.011 0.780 154 L 0.005 0.001 0.004 0.005 0.012 0.136 0.006 0.831 155 G 0.012 0.003 0.005 0.005 0.011 0.092 0.008 0.864 156 E 0.127 0.032 0.007 0.024 0.017 0.110 0.033 0.650 157 P 0.111 0.055 0.026 0.022 0.025 0.116 0.084 0.561 158 D 0.105 0.083 0.032 0.027 0.045 0.108 0.092 0.508 159 V 0.060 0.051 0.048 0.033 0.056 0.107 0.086 0.559 160 L 0.062 0.070 0.046 0.050 0.072 0.109 0.070 0.521 161 S 0.072 0.051 0.029 0.060 0.092 0.092 0.117 0.487 162 Q 0.050 0.023 0.023 0.047 0.063 0.113 0.145 0.536 163 S 0.058 0.023 0.023 0.055 0.067 0.138 0.093 0.544 164 M 0.178 0.018 0.009 0.017 0.028 0.110 0.034 0.606 165 S 0.149 0.018 0.005 0.010 0.017 0.091 0.035 0.674 166 S 0.075 0.024 0.006 0.009 0.019 0.111 0.027 0.729 167 D 0.071 0.042 0.010 0.019 0.053 0.111 0.060 0.634 168 K 0.031 0.031 0.028 0.053 0.096 0.126 0.070 0.565 169 E 0.020 0.027 0.051 0.102 0.201 0.084 0.107 0.407 170 E 0.011 0.027 0.049 0.141 0.269 0.069 0.092 0.343 171 M 0.008 0.025 0.074 0.204 0.363 0.051 0.048 0.227 172 Q 0.004 0.006 0.058 0.256 0.475 0.024 0.061 0.116 173 T 0.004 0.005 0.056 0.323 0.361 0.025 0.133 0.092 174 V 0.005 0.007 0.078 0.290 0.402 0.038 0.052 0.128 175 W 0.072 0.007 0.051 0.173 0.237 0.062 0.035 0.363 176 S 0.235 0.014 0.021 0.097 0.085 0.059 0.087 0.403 177 S 0.025 0.006 0.016 0.028 0.081 0.117 0.023 0.705 178 G 0.034 0.003 0.016 0.034 0.096 0.109 0.040 0.667 179 I 0.044 0.003 0.015 0.173 0.098 0.096 0.048 0.524 180 K 0.018 0.001 0.014 0.047 0.084 0.088 0.043 0.704 181 T 0.023 0.002 0.015 0.071 0.098 0.078 0.051 0.662 182 K 0.053 0.001 0.025 0.053 0.088 0.097 0.049 0.633 183 S 0.064 0.002 0.018 0.029 0.044 0.075 0.051 0.717 184 S 0.062 0.004 0.042 0.066 0.187 0.123 0.055 0.461 185 S 0.007 0.001 0.056 0.049 0.150 0.093 0.047 0.596 186 A 0.003 0.001 0.130 0.190 0.470 0.049 0.024 0.133 187 T 0.001 0.001 0.084 0.182 0.448 0.023 0.042 0.220 188 I 0.001 0.001 0.106 0.441 0.376 0.012 0.008 0.056 189 E 0.001 0.001 0.166 0.341 0.436 0.006 0.009 0.040 190 L 0.001 0.001 0.077 0.479 0.380 0.007 0.015 0.041 191 Y 0.002 0.001 0.275 0.224 0.380 0.015 0.023 0.080 192 F 0.289 0.001 0.066 0.249 0.195 0.032 0.043 0.125 193 E 0.290 0.004 0.020 0.065 0.061 0.051 0.023 0.486 194 N 0.014 0.002 0.010 0.010 0.098 0.090 0.003 0.773 195 G 0.006 0.001 0.027 0.065 0.301 0.068 0.019 0.513 196 L 0.008 0.001 0.015 0.559 0.240 0.035 0.017 0.125 197 L 0.007 0.001 0.030 0.240 0.230 0.044 0.023 0.424 198 K 0.006 0.002 0.026 0.282 0.345 0.033 0.023 0.282 199 N 0.055 0.012 0.041 0.180 0.258 0.042 0.045 0.366 200 K 0.031 0.010 0.039 0.209 0.178 0.068 0.035 0.429 201 T 0.114 0.027 0.027 0.103 0.146 0.066 0.040 0.478 202 Q 0.227 0.028 0.019 0.049 0.064 0.081 0.057 0.474 203 K 0.027 0.008 0.014 0.031 0.049 0.114 0.024 0.733 204 D 0.078 0.016 0.010 0.024 0.043 0.092 0.069 0.667 205 L 0.067 0.020 0.011 0.037 0.040 0.122 0.061 0.642 206 E 0.056 0.020 0.018 0.033 0.066 0.097 0.053 0.659