# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 144 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.273 0.087 0.053 0.091 0.081 0.090 0.124 0.080 0.061 0.039 0.021 2 S 0.232 0.202 0.096 0.162 0.118 0.066 0.055 0.030 0.021 0.013 0.005 3 M 0.164 0.129 0.084 0.141 0.110 0.102 0.125 0.065 0.044 0.025 0.011 4 K 0.156 0.103 0.091 0.159 0.142 0.111 0.110 0.057 0.039 0.022 0.011 5 K 0.185 0.129 0.121 0.164 0.117 0.096 0.093 0.044 0.028 0.015 0.007 6 T 0.103 0.121 0.119 0.191 0.137 0.107 0.110 0.046 0.035 0.021 0.009 7 K 0.023 0.022 0.032 0.067 0.092 0.157 0.224 0.154 0.118 0.065 0.045 8 N 0.150 0.121 0.199 0.243 0.139 0.065 0.045 0.017 0.011 0.007 0.003 9 W 0.018 0.028 0.078 0.135 0.142 0.171 0.201 0.099 0.069 0.037 0.022 10 L 0.005 0.008 0.031 0.038 0.047 0.061 0.147 0.159 0.204 0.160 0.140 11 L 0.002 0.007 0.051 0.049 0.068 0.112 0.219 0.161 0.155 0.110 0.066 12 V 0.002 0.009 0.132 0.066 0.081 0.127 0.202 0.148 0.113 0.081 0.040 13 F 0.002 0.004 0.046 0.021 0.029 0.064 0.174 0.189 0.186 0.182 0.103 14 L 0.001 0.002 0.018 0.006 0.009 0.017 0.072 0.176 0.222 0.291 0.187 15 T 0.001 0.003 0.044 0.012 0.016 0.035 0.112 0.150 0.204 0.269 0.155 16 V 0.001 0.002 0.034 0.007 0.012 0.027 0.105 0.152 0.236 0.253 0.171 17 T 0.002 0.003 0.041 0.011 0.018 0.040 0.151 0.159 0.228 0.209 0.138 18 F 0.002 0.003 0.029 0.008 0.012 0.024 0.090 0.109 0.226 0.255 0.244 19 C 0.001 0.002 0.021 0.007 0.012 0.024 0.092 0.133 0.245 0.203 0.259 20 F 0.002 0.003 0.025 0.011 0.019 0.040 0.141 0.174 0.249 0.168 0.169 21 L 0.002 0.003 0.022 0.011 0.018 0.041 0.153 0.165 0.244 0.196 0.145 22 M 0.002 0.003 0.015 0.010 0.016 0.030 0.116 0.183 0.247 0.197 0.181 23 L 0.004 0.006 0.020 0.019 0.029 0.049 0.142 0.203 0.218 0.194 0.116 24 G 0.007 0.009 0.026 0.030 0.035 0.050 0.132 0.157 0.188 0.201 0.166 25 C 0.007 0.009 0.018 0.025 0.033 0.046 0.129 0.161 0.215 0.196 0.161 26 Q 0.030 0.054 0.052 0.097 0.116 0.112 0.171 0.137 0.102 0.084 0.045 27 S 0.026 0.037 0.032 0.080 0.097 0.122 0.212 0.146 0.106 0.088 0.054 28 K 0.156 0.156 0.068 0.161 0.136 0.097 0.093 0.057 0.035 0.028 0.014 29 E 0.505 0.238 0.065 0.092 0.050 0.017 0.015 0.008 0.005 0.003 0.002 30 D 0.265 0.188 0.057 0.125 0.096 0.072 0.080 0.048 0.032 0.025 0.012 31 K 0.091 0.103 0.065 0.148 0.131 0.140 0.154 0.076 0.046 0.031 0.015 32 K 0.383 0.182 0.160 0.145 0.051 0.032 0.026 0.011 0.006 0.003 0.001 33 G 0.149 0.114 0.098 0.138 0.124 0.145 0.132 0.056 0.026 0.013 0.006 34 G 0.307 0.174 0.088 0.142 0.094 0.062 0.064 0.030 0.020 0.012 0.006 35 T 0.137 0.100 0.091 0.128 0.125 0.133 0.141 0.065 0.043 0.024 0.012 36 K 0.225 0.231 0.200 0.155 0.092 0.038 0.031 0.014 0.008 0.005 0.002 37 P 0.190 0.106 0.074 0.110 0.104 0.113 0.148 0.075 0.044 0.025 0.013 38 S 0.245 0.220 0.112 0.144 0.101 0.063 0.056 0.028 0.017 0.011 0.005 39 N 0.182 0.182 0.090 0.146 0.115 0.096 0.105 0.043 0.023 0.013 0.006 40 E 0.224 0.123 0.089 0.132 0.116 0.098 0.103 0.058 0.031 0.018 0.008 41 A 0.320 0.159 0.134 0.153 0.083 0.059 0.047 0.022 0.012 0.008 0.003 42 A 0.093 0.090 0.099 0.160 0.128 0.132 0.148 0.070 0.043 0.026 0.011 43 L 0.040 0.047 0.062 0.115 0.120 0.151 0.198 0.114 0.081 0.048 0.024 44 T 0.143 0.114 0.223 0.177 0.123 0.082 0.071 0.031 0.019 0.012 0.005 45 K 0.080 0.133 0.171 0.175 0.139 0.103 0.107 0.042 0.026 0.017 0.007 46 T 0.062 0.049 0.051 0.080 0.084 0.136 0.201 0.125 0.101 0.067 0.045 47 E 0.404 0.200 0.162 0.131 0.053 0.021 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 48 N 0.170 0.184 0.144 0.174 0.114 0.081 0.069 0.030 0.018 0.010 0.005 49 L 0.042 0.033 0.033 0.077 0.101 0.185 0.226 0.131 0.086 0.054 0.032 50 D 0.292 0.156 0.228 0.189 0.061 0.036 0.021 0.008 0.005 0.003 0.001 51 F 0.011 0.023 0.069 0.079 0.097 0.157 0.198 0.159 0.104 0.067 0.035 52 R 0.033 0.054 0.100 0.146 0.141 0.110 0.150 0.086 0.080 0.068 0.033 53 L 0.022 0.030 0.098 0.096 0.130 0.143 0.185 0.113 0.087 0.064 0.032 54 S 0.052 0.228 0.299 0.190 0.103 0.051 0.041 0.014 0.011 0.008 0.003 55 F 0.014 0.011 0.012 0.030 0.042 0.101 0.206 0.214 0.168 0.114 0.089 56 N 0.372 0.172 0.135 0.171 0.074 0.029 0.020 0.011 0.008 0.006 0.002 57 K 0.044 0.086 0.085 0.270 0.217 0.134 0.093 0.035 0.021 0.010 0.005 58 I 0.008 0.008 0.012 0.017 0.018 0.032 0.090 0.128 0.228 0.220 0.239 59 K 0.015 0.040 0.059 0.151 0.173 0.160 0.183 0.092 0.069 0.040 0.017 60 V 0.019 0.058 0.164 0.119 0.092 0.101 0.130 0.101 0.100 0.076 0.040 61 T 0.065 0.060 0.062 0.153 0.147 0.128 0.172 0.079 0.066 0.045 0.023 62 T 0.112 0.084 0.043 0.087 0.079 0.097 0.145 0.114 0.110 0.083 0.047 63 D 0.135 0.198 0.065 0.198 0.136 0.088 0.079 0.037 0.029 0.021 0.012 64 Q 0.056 0.050 0.030 0.094 0.095 0.119 0.165 0.136 0.113 0.071 0.069 65 N 0.342 0.215 0.085 0.159 0.094 0.038 0.030 0.015 0.010 0.007 0.003 66 H 0.174 0.160 0.064 0.226 0.153 0.086 0.070 0.032 0.019 0.012 0.006 67 F 0.013 0.011 0.009 0.026 0.026 0.049 0.103 0.150 0.212 0.204 0.197 68 S 0.126 0.270 0.080 0.222 0.133 0.072 0.054 0.020 0.013 0.007 0.003 69 G 0.239 0.227 0.090 0.127 0.099 0.066 0.063 0.034 0.026 0.020 0.009 70 G 0.309 0.074 0.037 0.099 0.102 0.088 0.109 0.061 0.053 0.041 0.028 71 T 0.113 0.139 0.055 0.137 0.126 0.077 0.118 0.088 0.066 0.054 0.028 72 S 0.044 0.299 0.071 0.121 0.090 0.070 0.116 0.063 0.061 0.041 0.022 73 I 0.052 0.069 0.030 0.135 0.177 0.229 0.184 0.077 0.029 0.012 0.007 74 E 0.821 0.052 0.073 0.040 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.015 0.035 0.039 0.265 0.278 0.185 0.125 0.039 0.013 0.004 0.002 76 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.025 0.060 0.189 0.293 0.421 77 K 0.002 0.007 0.111 0.219 0.373 0.156 0.101 0.018 0.008 0.004 0.001 78 Q 0.010 0.023 0.777 0.113 0.051 0.014 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 79 W 0.009 0.018 0.033 0.051 0.079 0.192 0.342 0.131 0.079 0.046 0.019 80 F 0.028 0.026 0.023 0.034 0.031 0.061 0.193 0.221 0.170 0.140 0.073 81 G 0.205 0.136 0.178 0.139 0.098 0.071 0.067 0.046 0.029 0.021 0.009 82 D 0.234 0.369 0.171 0.117 0.055 0.022 0.017 0.007 0.004 0.003 0.001 83 P 0.199 0.069 0.021 0.062 0.075 0.107 0.182 0.124 0.082 0.049 0.032 84 N 0.496 0.263 0.058 0.085 0.043 0.020 0.015 0.009 0.006 0.004 0.002 85 K 0.090 0.152 0.090 0.176 0.148 0.141 0.112 0.047 0.024 0.013 0.007 86 S 0.336 0.169 0.090 0.126 0.091 0.055 0.060 0.035 0.020 0.012 0.006 87 E 0.182 0.125 0.086 0.174 0.146 0.113 0.096 0.039 0.022 0.011 0.005 88 Q 0.132 0.155 0.142 0.184 0.130 0.079 0.083 0.041 0.028 0.018 0.008 89 R 0.059 0.047 0.054 0.113 0.122 0.162 0.204 0.105 0.072 0.041 0.020 90 N 0.306 0.200 0.147 0.159 0.078 0.045 0.034 0.014 0.009 0.005 0.002 91 A 0.141 0.130 0.070 0.130 0.113 0.120 0.129 0.070 0.048 0.032 0.018 92 G 0.357 0.139 0.050 0.098 0.082 0.076 0.085 0.046 0.034 0.021 0.013 93 N 0.221 0.182 0.086 0.197 0.139 0.073 0.050 0.022 0.015 0.009 0.005 94 I 0.057 0.040 0.046 0.082 0.090 0.122 0.166 0.137 0.120 0.081 0.059 95 T 0.091 0.128 0.074 0.229 0.191 0.103 0.089 0.039 0.029 0.017 0.009 96 L 0.006 0.009 0.014 0.024 0.027 0.044 0.093 0.150 0.218 0.219 0.197 97 D 0.058 0.089 0.089 0.219 0.181 0.118 0.111 0.053 0.041 0.028 0.012 98 S 0.035 0.049 0.056 0.117 0.092 0.098 0.153 0.108 0.125 0.099 0.068 99 Y 0.027 0.020 0.021 0.054 0.062 0.088 0.170 0.150 0.176 0.127 0.105 100 T 0.098 0.108 0.076 0.179 0.131 0.105 0.121 0.067 0.059 0.037 0.019 101 W 0.030 0.028 0.030 0.073 0.070 0.104 0.167 0.147 0.150 0.115 0.086 102 V 0.109 0.122 0.062 0.164 0.134 0.107 0.118 0.065 0.053 0.040 0.026 103 K 0.270 0.196 0.050 0.129 0.098 0.075 0.075 0.044 0.030 0.019 0.013 104 D 0.480 0.185 0.042 0.112 0.069 0.041 0.032 0.016 0.011 0.007 0.005 105 G 0.163 0.090 0.036 0.115 0.124 0.110 0.123 0.085 0.070 0.050 0.034 106 A 0.041 0.056 0.030 0.121 0.121 0.160 0.187 0.103 0.089 0.056 0.036 107 V 0.016 0.029 0.040 0.103 0.115 0.144 0.158 0.115 0.119 0.096 0.064 108 I 0.002 0.007 0.013 0.024 0.037 0.071 0.145 0.240 0.194 0.155 0.112 109 N 0.008 0.029 0.047 0.143 0.129 0.113 0.141 0.114 0.108 0.107 0.060 110 A 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.010 0.036 0.116 0.211 0.298 0.316 111 Q 0.019 0.056 0.078 0.234 0.224 0.106 0.116 0.061 0.052 0.037 0.016 112 L 0.002 0.004 0.008 0.013 0.011 0.027 0.077 0.099 0.214 0.278 0.266 113 Y 0.042 0.072 0.050 0.211 0.187 0.135 0.141 0.060 0.050 0.031 0.019 114 K 0.123 0.180 0.072 0.161 0.129 0.081 0.095 0.060 0.048 0.034 0.018 115 N 0.213 0.161 0.045 0.150 0.132 0.103 0.087 0.046 0.030 0.020 0.013 116 S 0.325 0.164 0.055 0.157 0.106 0.066 0.058 0.029 0.020 0.012 0.006 117 T 0.076 0.073 0.043 0.109 0.097 0.095 0.146 0.113 0.108 0.082 0.058 118 V 0.026 0.039 0.032 0.092 0.095 0.114 0.182 0.143 0.132 0.084 0.062 119 A 0.027 0.033 0.050 0.091 0.077 0.096 0.149 0.114 0.143 0.120 0.099 120 R 0.021 0.035 0.052 0.131 0.137 0.163 0.166 0.100 0.089 0.066 0.040 121 S 0.053 0.075 0.069 0.167 0.130 0.139 0.148 0.081 0.067 0.045 0.027 122 I 0.012 0.012 0.017 0.036 0.039 0.051 0.105 0.165 0.188 0.198 0.176 123 S 0.044 0.057 0.060 0.110 0.096 0.130 0.171 0.114 0.097 0.078 0.042 124 N 0.059 0.111 0.114 0.223 0.152 0.098 0.098 0.050 0.042 0.035 0.018 125 F 0.011 0.009 0.010 0.026 0.033 0.077 0.163 0.202 0.208 0.142 0.119 126 S 0.190 0.190 0.118 0.204 0.118 0.058 0.047 0.025 0.022 0.020 0.007 127 F 0.030 0.041 0.038 0.091 0.090 0.113 0.177 0.139 0.117 0.092 0.072 128 S 0.044 0.044 0.039 0.073 0.071 0.088 0.130 0.111 0.131 0.148 0.121 129 R 0.120 0.247 0.100 0.209 0.123 0.076 0.064 0.026 0.018 0.011 0.006 130 E 0.230 0.223 0.075 0.197 0.123 0.061 0.045 0.022 0.013 0.007 0.004 131 A 0.137 0.055 0.033 0.087 0.116 0.132 0.168 0.089 0.080 0.067 0.035 132 K 0.165 0.203 0.073 0.302 0.156 0.053 0.031 0.009 0.005 0.002 0.001 133 I 0.001 0.002 0.004 0.005 0.005 0.013 0.051 0.109 0.213 0.314 0.282 134 G 0.026 0.194 0.084 0.195 0.171 0.098 0.121 0.045 0.033 0.024 0.010 135 K 0.056 0.121 0.100 0.228 0.160 0.132 0.106 0.045 0.026 0.016 0.010 136 E 0.771 0.059 0.068 0.053 0.021 0.011 0.007 0.003 0.002 0.002 0.001 137 D 0.053 0.246 0.052 0.216 0.165 0.107 0.099 0.032 0.018 0.008 0.003 138 Y 0.002 0.005 0.005 0.019 0.019 0.051 0.107 0.148 0.213 0.187 0.244 139 D 0.189 0.093 0.326 0.232 0.099 0.037 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 140 E 0.033 0.177 0.260 0.334 0.153 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 141 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.046 0.095 0.215 0.253 0.372 142 K 0.057 0.201 0.137 0.285 0.188 0.064 0.044 0.012 0.007 0.004 0.001 143 I 0.022 0.128 0.315 0.144 0.112 0.089 0.077 0.038 0.036 0.028 0.012 144 G 0.499 0.109 0.082 0.139 0.073 0.043 0.035 0.009 0.006 0.003 0.001 145 E 0.222 0.103 0.055 0.103 0.108 0.077 0.126 0.090 0.059 0.039 0.019 146 S 0.042 0.494 0.091 0.143 0.085 0.037 0.046 0.021 0.020 0.014 0.006 147 Y 0.005 0.015 0.013 0.046 0.076 0.232 0.334 0.158 0.074 0.029 0.019 148 K 0.733 0.045 0.161 0.047 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.032 0.054 0.104 0.415 0.245 0.103 0.039 0.007 0.002 0.001 0.001 150 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.026 0.053 0.188 0.268 0.456 151 V 0.001 0.004 0.050 0.134 0.294 0.233 0.212 0.039 0.020 0.010 0.004 152 E 0.003 0.010 0.901 0.054 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.005 0.021 0.084 0.096 0.152 0.252 0.290 0.058 0.025 0.012 0.004 154 L 0.011 0.008 0.010 0.013 0.012 0.031 0.133 0.222 0.214 0.194 0.152 155 G 0.242 0.152 0.168 0.149 0.116 0.058 0.051 0.029 0.017 0.013 0.005 156 E 0.133 0.434 0.218 0.123 0.057 0.015 0.010 0.004 0.003 0.002 0.001 157 P 0.093 0.031 0.013 0.040 0.053 0.112 0.212 0.151 0.141 0.084 0.071 158 D 0.487 0.232 0.067 0.111 0.051 0.023 0.013 0.007 0.005 0.003 0.001 159 V 0.069 0.127 0.108 0.208 0.153 0.127 0.101 0.053 0.029 0.016 0.009 160 L 0.024 0.032 0.031 0.053 0.078 0.091 0.165 0.179 0.148 0.123 0.076 161 S 0.051 0.078 0.100 0.180 0.151 0.149 0.144 0.069 0.042 0.027 0.010 162 Q 0.105 0.102 0.209 0.220 0.131 0.078 0.072 0.036 0.026 0.016 0.006 163 S 0.064 0.046 0.045 0.088 0.093 0.127 0.202 0.119 0.112 0.069 0.035 164 M 0.117 0.128 0.062 0.165 0.153 0.107 0.126 0.058 0.045 0.028 0.012 165 S 0.138 0.120 0.074 0.125 0.097 0.104 0.133 0.072 0.066 0.044 0.028 166 S 0.261 0.257 0.079 0.138 0.111 0.052 0.051 0.025 0.014 0.008 0.004 167 D 0.405 0.333 0.049 0.085 0.051 0.023 0.027 0.014 0.008 0.005 0.002 168 K 0.173 0.104 0.036 0.119 0.141 0.152 0.136 0.076 0.035 0.017 0.011 169 E 0.516 0.144 0.106 0.123 0.043 0.031 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 170 E 0.025 0.034 0.050 0.148 0.159 0.197 0.185 0.106 0.053 0.030 0.014 171 M 0.005 0.009 0.020 0.032 0.047 0.068 0.142 0.205 0.195 0.165 0.112 172 Q 0.012 0.027 0.107 0.155 0.170 0.157 0.157 0.082 0.064 0.049 0.019 173 T 0.009 0.021 0.144 0.097 0.095 0.108 0.158 0.115 0.119 0.087 0.048 174 V 0.009 0.016 0.033 0.052 0.058 0.094 0.200 0.155 0.173 0.134 0.078 175 W 0.006 0.007 0.016 0.026 0.025 0.049 0.131 0.163 0.216 0.202 0.159 176 S 0.021 0.038 0.064 0.122 0.130 0.120 0.160 0.114 0.103 0.078 0.051 177 S 0.112 0.138 0.089 0.150 0.121 0.106 0.116 0.064 0.050 0.034 0.020 178 G 0.251 0.096 0.039 0.124 0.100 0.090 0.113 0.070 0.055 0.037 0.023 179 I 0.058 0.039 0.022 0.059 0.058 0.082 0.141 0.148 0.160 0.135 0.097 180 K 0.173 0.236 0.059 0.185 0.121 0.078 0.068 0.035 0.023 0.013 0.008 181 T 0.203 0.104 0.041 0.084 0.078 0.089 0.117 0.092 0.083 0.064 0.047 182 K 0.302 0.195 0.047 0.142 0.107 0.068 0.059 0.030 0.022 0.016 0.010 183 S 0.289 0.143 0.037 0.102 0.078 0.074 0.091 0.062 0.052 0.040 0.033 184 S 0.204 0.152 0.041 0.156 0.127 0.106 0.095 0.047 0.036 0.022 0.015 185 S 0.223 0.139 0.057 0.162 0.139 0.100 0.076 0.041 0.030 0.020 0.014 186 A 0.030 0.042 0.027 0.111 0.118 0.199 0.196 0.120 0.079 0.049 0.029 187 T 0.021 0.042 0.043 0.134 0.137 0.142 0.140 0.104 0.100 0.086 0.051 188 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.016 0.055 0.198 0.204 0.270 0.241 189 E 0.012 0.057 0.079 0.322 0.239 0.116 0.078 0.036 0.029 0.023 0.008 190 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.022 0.073 0.197 0.321 0.375 191 Y 0.020 0.041 0.040 0.159 0.154 0.108 0.173 0.093 0.092 0.074 0.046 192 F 0.002 0.003 0.006 0.011 0.010 0.026 0.060 0.108 0.205 0.313 0.256 193 E 0.055 0.368 0.068 0.247 0.152 0.056 0.030 0.011 0.006 0.004 0.002 194 N 0.274 0.229 0.030 0.147 0.119 0.065 0.063 0.036 0.020 0.011 0.005 195 G 0.666 0.120 0.026 0.065 0.046 0.022 0.021 0.011 0.010 0.008 0.004 196 L 0.053 0.130 0.038 0.268 0.251 0.105 0.090 0.037 0.018 0.007 0.003 197 L 0.002 0.003 0.006 0.008 0.006 0.015 0.054 0.068 0.232 0.300 0.307 198 K 0.018 0.059 0.044 0.265 0.334 0.135 0.097 0.027 0.013 0.005 0.002 199 N 0.166 0.209 0.206 0.190 0.087 0.048 0.035 0.020 0.020 0.012 0.007 200 K 0.085 0.056 0.047 0.133 0.169 0.146 0.159 0.080 0.057 0.046 0.021 201 T 0.067 0.165 0.072 0.106 0.076 0.081 0.155 0.116 0.081 0.055 0.025 202 Q 0.022 0.039 0.050 0.160 0.158 0.187 0.170 0.108 0.056 0.036 0.015 203 K 0.546 0.122 0.193 0.081 0.030 0.011 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 204 D 0.142 0.258 0.071 0.208 0.143 0.083 0.059 0.018 0.010 0.005 0.002 205 L 0.011 0.007 0.006 0.015 0.017 0.053 0.110 0.131 0.218 0.191 0.240 206 E 0.422 0.188 0.171 0.150 0.045 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001