# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 144 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.020 0.002 0.014 0.013 0.035 0.067 0.001 0.001 0.002 0.810 2 S 0.034 0.042 0.003 0.014 0.015 0.035 0.197 0.001 0.001 0.005 0.654 3 M 0.142 0.087 0.003 0.014 0.011 0.028 0.155 0.003 0.001 0.008 0.550 4 K 0.132 0.285 0.005 0.013 0.014 0.025 0.088 0.004 0.001 0.006 0.428 5 K 0.079 0.252 0.007 0.008 0.010 0.015 0.093 0.005 0.001 0.006 0.524 6 T 0.110 0.384 0.013 0.008 0.009 0.019 0.083 0.007 0.001 0.003 0.364 7 K 0.076 0.476 0.006 0.007 0.008 0.016 0.042 0.005 0.001 0.003 0.362 8 N 0.027 0.314 0.004 0.005 0.004 0.006 0.044 0.004 0.001 0.002 0.590 9 W 0.029 0.594 0.007 0.007 0.006 0.007 0.051 0.002 0.001 0.001 0.297 10 L 0.020 0.866 0.002 0.007 0.004 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.076 11 L 0.006 0.940 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.040 12 V 0.002 0.970 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 13 F 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 14 L 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 15 T 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 16 V 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 17 T 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 C 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 22 M 0.012 0.971 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 23 L 0.029 0.923 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.012 24 G 0.086 0.724 0.047 0.007 0.004 0.004 0.002 0.065 0.001 0.001 0.061 25 C 0.133 0.581 0.056 0.023 0.015 0.013 0.007 0.051 0.001 0.001 0.120 26 Q 0.104 0.336 0.057 0.029 0.042 0.037 0.039 0.045 0.001 0.001 0.311 27 S 0.103 0.129 0.059 0.036 0.034 0.053 0.071 0.024 0.001 0.002 0.489 28 K 0.076 0.036 0.017 0.032 0.018 0.039 0.070 0.007 0.001 0.006 0.700 29 E 0.028 0.012 0.011 0.008 0.005 0.010 0.311 0.002 0.001 0.003 0.610 30 D 0.180 0.021 0.005 0.016 0.013 0.027 0.240 0.003 0.001 0.019 0.476 31 K 0.241 0.051 0.011 0.023 0.017 0.029 0.167 0.005 0.001 0.014 0.441 32 K 0.126 0.039 0.013 0.019 0.024 0.030 0.323 0.003 0.001 0.007 0.417 33 G 0.167 0.056 0.005 0.023 0.050 0.082 0.105 0.005 0.001 0.013 0.494 34 G 0.137 0.040 0.010 0.025 0.046 0.110 0.077 0.009 0.001 0.010 0.536 35 T 0.092 0.009 0.017 0.014 0.024 0.056 0.095 0.005 0.001 0.002 0.686 36 K 0.088 0.006 0.003 0.022 0.081 0.132 0.096 0.001 0.001 0.001 0.570 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.984 38 S 0.017 0.004 0.001 0.013 0.043 0.137 0.159 0.001 0.001 0.001 0.625 39 N 0.162 0.018 0.001 0.015 0.015 0.028 0.095 0.001 0.001 0.021 0.643 40 E 0.104 0.044 0.004 0.009 0.018 0.030 0.286 0.001 0.001 0.008 0.496 41 A 0.085 0.087 0.002 0.012 0.032 0.043 0.268 0.001 0.001 0.011 0.459 42 A 0.068 0.228 0.003 0.010 0.033 0.067 0.073 0.002 0.001 0.004 0.512 43 L 0.101 0.392 0.006 0.012 0.047 0.083 0.080 0.004 0.001 0.003 0.272 44 T 0.121 0.515 0.004 0.009 0.044 0.046 0.043 0.010 0.001 0.003 0.204 45 K 0.130 0.435 0.008 0.011 0.026 0.045 0.020 0.020 0.001 0.002 0.303 46 T 0.157 0.344 0.019 0.023 0.051 0.066 0.039 0.016 0.001 0.003 0.284 47 E 0.090 0.170 0.011 0.016 0.024 0.032 0.107 0.016 0.001 0.005 0.528 48 N 0.162 0.128 0.014 0.018 0.019 0.045 0.133 0.017 0.001 0.008 0.458 49 L 0.238 0.081 0.013 0.021 0.014 0.026 0.081 0.007 0.001 0.014 0.505 50 D 0.068 0.031 0.021 0.013 0.009 0.011 0.311 0.004 0.001 0.007 0.525 51 F 0.217 0.069 0.013 0.031 0.047 0.070 0.197 0.004 0.001 0.009 0.343 52 R 0.232 0.116 0.007 0.058 0.057 0.118 0.074 0.007 0.001 0.005 0.324 53 L 0.052 0.085 0.016 0.046 0.121 0.116 0.108 0.005 0.001 0.002 0.449 54 S 0.022 0.049 0.003 0.036 0.135 0.190 0.102 0.004 0.001 0.002 0.457 55 F 0.035 0.038 0.002 0.038 0.080 0.214 0.029 0.002 0.001 0.003 0.560 56 N 0.017 0.051 0.003 0.032 0.072 0.105 0.369 0.002 0.001 0.008 0.341 57 K 0.243 0.030 0.002 0.024 0.015 0.027 0.315 0.003 0.001 0.026 0.315 58 I 0.259 0.273 0.012 0.047 0.035 0.050 0.100 0.005 0.001 0.008 0.210 59 K 0.113 0.162 0.022 0.084 0.078 0.083 0.164 0.005 0.001 0.011 0.278 60 V 0.036 0.095 0.018 0.046 0.057 0.054 0.054 0.007 0.001 0.002 0.631 61 T 0.055 0.074 0.003 0.043 0.089 0.279 0.044 0.005 0.001 0.003 0.405 62 T 0.130 0.073 0.005 0.048 0.059 0.091 0.103 0.007 0.001 0.005 0.480 63 D 0.051 0.090 0.004 0.042 0.050 0.065 0.201 0.007 0.001 0.007 0.483 64 Q 0.206 0.095 0.006 0.055 0.027 0.050 0.193 0.006 0.001 0.011 0.351 65 N 0.198 0.120 0.006 0.044 0.028 0.038 0.289 0.010 0.001 0.020 0.245 66 H 0.296 0.036 0.019 0.055 0.014 0.024 0.116 0.019 0.001 0.024 0.397 67 F 0.142 0.050 0.114 0.166 0.052 0.057 0.122 0.006 0.001 0.007 0.285 68 S 0.024 0.018 0.009 0.169 0.079 0.095 0.123 0.004 0.001 0.010 0.470 69 G 0.010 0.009 0.003 0.060 0.025 0.047 0.058 0.004 0.001 0.002 0.782 70 G 0.128 0.012 0.005 0.195 0.034 0.112 0.070 0.004 0.001 0.006 0.434 71 T 0.129 0.006 0.010 0.056 0.021 0.024 0.110 0.001 0.001 0.003 0.641 72 S 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.284 0.001 0.001 0.001 0.698 73 I 0.023 0.015 0.001 0.059 0.003 0.022 0.127 0.001 0.001 0.006 0.744 74 E 0.002 0.058 0.001 0.001 0.002 0.002 0.565 0.001 0.001 0.004 0.366 75 Q 0.034 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.726 0.001 0.001 0.004 0.109 76 L 0.022 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 77 K 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 78 Q 0.001 0.992 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 79 W 0.041 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.005 80 F 0.270 0.540 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.001 0.001 0.012 81 G 0.387 0.144 0.123 0.005 0.001 0.002 0.005 0.230 0.001 0.003 0.099 82 D 0.051 0.013 0.509 0.010 0.001 0.001 0.042 0.027 0.001 0.001 0.348 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.985 84 N 0.019 0.010 0.008 0.046 0.037 0.067 0.301 0.001 0.001 0.005 0.506 85 K 0.185 0.016 0.004 0.034 0.013 0.022 0.136 0.001 0.001 0.009 0.580 86 S 0.168 0.034 0.003 0.033 0.046 0.078 0.139 0.001 0.001 0.008 0.490 87 E 0.058 0.043 0.002 0.032 0.058 0.078 0.153 0.001 0.001 0.007 0.567 88 Q 0.068 0.054 0.003 0.025 0.068 0.143 0.118 0.003 0.001 0.003 0.516 89 R 0.132 0.078 0.004 0.028 0.151 0.197 0.102 0.004 0.001 0.004 0.300 90 N 0.050 0.092 0.004 0.020 0.112 0.109 0.118 0.006 0.001 0.004 0.485 91 A 0.059 0.040 0.003 0.015 0.081 0.157 0.073 0.005 0.001 0.006 0.561 92 G 0.164 0.023 0.006 0.020 0.056 0.096 0.124 0.008 0.001 0.025 0.479 93 N 0.318 0.007 0.028 0.015 0.022 0.026 0.186 0.004 0.001 0.009 0.386 94 I 0.104 0.006 0.010 0.043 0.139 0.153 0.089 0.001 0.001 0.004 0.449 95 T 0.015 0.004 0.003 0.073 0.214 0.355 0.096 0.001 0.001 0.002 0.237 96 L 0.014 0.003 0.001 0.058 0.273 0.480 0.028 0.001 0.001 0.001 0.142 97 D 0.008 0.005 0.001 0.051 0.335 0.482 0.030 0.001 0.001 0.002 0.086 98 S 0.010 0.006 0.001 0.036 0.356 0.454 0.031 0.001 0.001 0.002 0.104 99 Y 0.007 0.006 0.001 0.030 0.270 0.496 0.029 0.001 0.001 0.001 0.158 100 T 0.016 0.006 0.001 0.034 0.247 0.448 0.072 0.001 0.001 0.004 0.171 101 W 0.033 0.011 0.002 0.032 0.236 0.312 0.064 0.001 0.001 0.003 0.306 102 V 0.022 0.012 0.001 0.025 0.220 0.336 0.062 0.001 0.001 0.002 0.318 103 K 0.016 0.010 0.001 0.017 0.121 0.216 0.095 0.001 0.001 0.004 0.520 104 D 0.064 0.007 0.001 0.018 0.062 0.124 0.118 0.002 0.001 0.016 0.587 105 G 0.414 0.004 0.012 0.021 0.040 0.051 0.114 0.002 0.001 0.016 0.328 106 A 0.138 0.003 0.007 0.045 0.167 0.156 0.133 0.001 0.001 0.005 0.344 107 V 0.016 0.001 0.003 0.047 0.235 0.378 0.049 0.001 0.001 0.002 0.270 108 I 0.005 0.001 0.001 0.040 0.347 0.578 0.006 0.001 0.001 0.001 0.022 109 N 0.005 0.001 0.001 0.066 0.310 0.515 0.019 0.001 0.001 0.001 0.082 110 A 0.002 0.001 0.001 0.075 0.406 0.496 0.005 0.001 0.001 0.001 0.015 111 Q 0.001 0.001 0.001 0.075 0.316 0.531 0.017 0.001 0.001 0.001 0.058 112 L 0.002 0.001 0.001 0.096 0.303 0.512 0.020 0.001 0.001 0.002 0.063 113 Y 0.004 0.003 0.001 0.056 0.259 0.503 0.048 0.001 0.001 0.003 0.125 114 K 0.012 0.006 0.001 0.045 0.094 0.199 0.185 0.001 0.001 0.008 0.450 115 N 0.048 0.012 0.002 0.019 0.039 0.086 0.441 0.001 0.001 0.022 0.330 116 S 0.452 0.013 0.004 0.021 0.022 0.031 0.102 0.002 0.001 0.100 0.254 117 T 0.125 0.016 0.046 0.017 0.018 0.020 0.306 0.002 0.001 0.010 0.440 118 V 0.068 0.024 0.012 0.064 0.151 0.225 0.152 0.001 0.001 0.010 0.294 119 A 0.032 0.037 0.002 0.043 0.091 0.268 0.076 0.002 0.001 0.003 0.447 120 R 0.034 0.066 0.002 0.070 0.170 0.284 0.062 0.002 0.001 0.003 0.306 121 S 0.031 0.063 0.002 0.071 0.171 0.186 0.111 0.003 0.001 0.004 0.360 122 I 0.065 0.084 0.004 0.084 0.146 0.228 0.054 0.003 0.001 0.004 0.329 123 S 0.056 0.115 0.005 0.103 0.199 0.247 0.069 0.002 0.001 0.006 0.198 124 N 0.086 0.074 0.005 0.077 0.108 0.161 0.100 0.006 0.001 0.010 0.374 125 F 0.089 0.102 0.014 0.110 0.076 0.146 0.063 0.006 0.001 0.005 0.388 126 S 0.053 0.063 0.008 0.109 0.111 0.151 0.155 0.003 0.001 0.008 0.339 127 F 0.042 0.052 0.008 0.044 0.044 0.059 0.114 0.004 0.001 0.005 0.628 128 S 0.062 0.099 0.005 0.066 0.075 0.180 0.105 0.003 0.001 0.005 0.399 129 R 0.063 0.070 0.003 0.035 0.040 0.075 0.104 0.005 0.001 0.013 0.593 130 E 0.115 0.095 0.010 0.022 0.024 0.040 0.203 0.006 0.001 0.010 0.476 131 A 0.238 0.118 0.007 0.020 0.028 0.033 0.183 0.007 0.001 0.010 0.357 132 K 0.232 0.126 0.012 0.025 0.025 0.037 0.076 0.014 0.001 0.011 0.442 133 I 0.148 0.112 0.070 0.044 0.041 0.070 0.098 0.006 0.001 0.006 0.404 134 G 0.057 0.070 0.012 0.061 0.050 0.080 0.166 0.005 0.001 0.005 0.494 135 K 0.042 0.043 0.002 0.034 0.017 0.042 0.041 0.002 0.001 0.004 0.773 136 E 0.020 0.046 0.002 0.020 0.016 0.022 0.243 0.002 0.001 0.004 0.625 137 D 0.164 0.049 0.002 0.014 0.007 0.018 0.445 0.004 0.001 0.008 0.288 138 Y 0.323 0.265 0.013 0.035 0.010 0.021 0.033 0.005 0.001 0.006 0.290 139 D 0.026 0.294 0.012 0.038 0.071 0.057 0.157 0.003 0.001 0.008 0.334 140 E 0.146 0.153 0.007 0.034 0.024 0.039 0.146 0.010 0.001 0.008 0.432 141 L 0.256 0.382 0.007 0.047 0.039 0.067 0.033 0.010 0.001 0.003 0.155 142 K 0.086 0.283 0.014 0.072 0.169 0.085 0.106 0.009 0.001 0.005 0.170 143 I 0.007 0.038 0.005 0.019 0.018 0.019 0.034 0.008 0.001 0.001 0.851 144 G 0.142 0.043 0.006 0.103 0.065 0.282 0.031 0.012 0.001 0.006 0.311 145 E 0.293 0.015 0.039 0.026 0.014 0.014 0.081 0.003 0.001 0.002 0.513 146 S 0.005 0.004 0.002 0.007 0.006 0.012 0.300 0.001 0.001 0.001 0.663 147 Y 0.027 0.021 0.002 0.039 0.004 0.029 0.110 0.001 0.001 0.006 0.762 148 K 0.004 0.049 0.001 0.002 0.001 0.002 0.476 0.001 0.001 0.004 0.462 149 K 0.032 0.108 0.001 0.001 0.001 0.001 0.726 0.001 0.001 0.005 0.127 150 V 0.013 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 151 V 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 152 E 0.001 0.990 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 153 K 0.024 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.005 154 L 0.230 0.624 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.001 0.001 0.014 155 G 0.469 0.157 0.050 0.004 0.002 0.003 0.003 0.212 0.001 0.005 0.094 156 E 0.037 0.009 0.789 0.006 0.001 0.001 0.028 0.011 0.001 0.001 0.119 157 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.985 158 D 0.013 0.008 0.004 0.058 0.045 0.076 0.189 0.001 0.001 0.002 0.604 159 V 0.063 0.018 0.002 0.074 0.031 0.036 0.120 0.001 0.001 0.005 0.650 160 L 0.103 0.049 0.002 0.118 0.098 0.168 0.066 0.001 0.001 0.008 0.387 161 S 0.077 0.101 0.002 0.092 0.111 0.149 0.113 0.002 0.001 0.008 0.346 162 Q 0.063 0.085 0.002 0.041 0.064 0.100 0.077 0.007 0.001 0.003 0.557 163 S 0.131 0.095 0.006 0.040 0.110 0.159 0.085 0.008 0.001 0.005 0.361 164 M 0.071 0.032 0.005 0.023 0.034 0.050 0.095 0.006 0.001 0.005 0.680 165 S 0.083 0.045 0.013 0.022 0.042 0.065 0.282 0.005 0.001 0.007 0.437 166 S 0.153 0.033 0.004 0.017 0.022 0.036 0.150 0.004 0.001 0.028 0.552 167 D 0.089 0.025 0.010 0.014 0.012 0.021 0.217 0.004 0.001 0.021 0.588 168 K 0.162 0.019 0.015 0.022 0.019 0.031 0.269 0.002 0.001 0.020 0.441 169 E 0.065 0.026 0.005 0.018 0.038 0.038 0.332 0.002 0.001 0.010 0.467 170 E 0.105 0.056 0.005 0.031 0.096 0.159 0.145 0.002 0.001 0.008 0.392 171 M 0.120 0.122 0.006 0.051 0.162 0.267 0.051 0.003 0.001 0.004 0.215 172 Q 0.054 0.058 0.004 0.042 0.267 0.340 0.059 0.002 0.001 0.004 0.170 173 T 0.018 0.044 0.003 0.027 0.308 0.392 0.025 0.002 0.001 0.001 0.181 174 V 0.011 0.026 0.001 0.032 0.303 0.536 0.018 0.001 0.001 0.001 0.071 175 W 0.011 0.039 0.001 0.032 0.364 0.335 0.034 0.002 0.001 0.001 0.182 176 S 0.010 0.041 0.001 0.023 0.378 0.451 0.025 0.001 0.001 0.001 0.071 177 S 0.037 0.038 0.001 0.024 0.106 0.203 0.073 0.005 0.001 0.005 0.506 178 G 0.137 0.015 0.009 0.027 0.042 0.078 0.101 0.011 0.001 0.026 0.554 179 I 0.335 0.010 0.044 0.025 0.025 0.040 0.142 0.002 0.001 0.007 0.369 180 K 0.021 0.006 0.003 0.023 0.028 0.035 0.150 0.002 0.001 0.008 0.725 181 T 0.063 0.008 0.006 0.033 0.044 0.088 0.143 0.002 0.001 0.006 0.607 182 K 0.099 0.007 0.002 0.030 0.025 0.043 0.092 0.002 0.001 0.003 0.697 183 S 0.062 0.007 0.002 0.030 0.062 0.100 0.156 0.002 0.001 0.006 0.573 184 S 0.064 0.005 0.002 0.030 0.044 0.069 0.087 0.001 0.001 0.006 0.691 185 S 0.045 0.003 0.002 0.032 0.063 0.085 0.147 0.001 0.001 0.005 0.617 186 A 0.088 0.004 0.002 0.045 0.221 0.266 0.090 0.001 0.001 0.006 0.277 187 T 0.035 0.003 0.002 0.063 0.243 0.365 0.080 0.001 0.001 0.006 0.201 188 I 0.013 0.001 0.001 0.036 0.382 0.524 0.010 0.001 0.001 0.001 0.032 189 E 0.004 0.001 0.001 0.055 0.291 0.556 0.023 0.001 0.001 0.001 0.069 190 L 0.001 0.001 0.001 0.019 0.474 0.480 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 191 Y 0.001 0.001 0.001 0.021 0.306 0.632 0.005 0.001 0.001 0.001 0.036 192 F 0.001 0.001 0.001 0.007 0.396 0.580 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 193 E 0.001 0.001 0.001 0.012 0.147 0.300 0.087 0.001 0.001 0.001 0.451 194 N 0.009 0.001 0.001 0.019 0.117 0.205 0.166 0.001 0.001 0.010 0.473 195 G 0.114 0.002 0.001 0.029 0.112 0.148 0.213 0.001 0.001 0.074 0.305 196 L 0.214 0.002 0.005 0.027 0.067 0.066 0.257 0.001 0.001 0.014 0.347 197 L 0.025 0.003 0.002 0.042 0.209 0.333 0.092 0.001 0.001 0.005 0.289 198 K 0.015 0.002 0.001 0.028 0.240 0.614 0.021 0.001 0.001 0.001 0.078 199 N 0.010 0.006 0.001 0.027 0.227 0.331 0.069 0.001 0.001 0.001 0.327 200 K 0.026 0.007 0.001 0.036 0.195 0.417 0.039 0.001 0.001 0.002 0.276 201 T 0.015 0.008 0.001 0.029 0.182 0.237 0.156 0.001 0.001 0.004 0.369 202 Q 0.074 0.010 0.001 0.033 0.099 0.208 0.119 0.001 0.001 0.009 0.446 203 K 0.038 0.026 0.003 0.022 0.044 0.061 0.316 0.002 0.001 0.009 0.480 204 D 0.101 0.016 0.003 0.021 0.037 0.058 0.153 0.004 0.001 0.040 0.566 205 L 0.223 0.025 0.024 0.032 0.035 0.081 0.084 0.001 0.001 0.007 0.490 206 E 0.013 0.009 0.002 0.017 0.023 0.031 0.318 0.001 0.001 0.008 0.578