# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 144 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.036 0.048 0.024 0.057 0.093 0.008 0.660 2 S 0.085 0.069 0.028 0.033 0.059 0.214 0.012 0.500 3 M 0.165 0.088 0.022 0.014 0.060 0.134 0.011 0.505 4 K 0.103 0.167 0.009 0.011 0.022 0.167 0.010 0.511 5 K 0.177 0.166 0.008 0.007 0.009 0.164 0.021 0.447 6 T 0.353 0.261 0.010 0.007 0.008 0.062 0.033 0.266 7 K 0.230 0.335 0.039 0.015 0.021 0.053 0.024 0.283 8 N 0.016 0.180 0.032 0.011 0.016 0.066 0.008 0.672 9 W 0.063 0.319 0.029 0.017 0.029 0.116 0.015 0.412 10 L 0.069 0.589 0.081 0.030 0.029 0.055 0.012 0.135 11 L 0.022 0.603 0.070 0.024 0.030 0.049 0.006 0.196 12 V 0.010 0.684 0.065 0.024 0.025 0.028 0.003 0.160 13 F 0.005 0.856 0.016 0.017 0.015 0.016 0.003 0.073 14 L 0.005 0.900 0.012 0.009 0.011 0.010 0.002 0.052 15 T 0.003 0.928 0.005 0.005 0.006 0.010 0.002 0.042 16 V 0.003 0.972 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.016 17 T 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 18 F 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 19 C 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 22 M 0.013 0.971 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.005 23 L 0.033 0.924 0.005 0.005 0.004 0.002 0.013 0.014 24 G 0.126 0.715 0.013 0.013 0.014 0.010 0.048 0.061 25 C 0.160 0.578 0.045 0.033 0.029 0.016 0.038 0.101 26 Q 0.115 0.363 0.047 0.062 0.054 0.060 0.047 0.252 27 S 0.112 0.167 0.067 0.053 0.065 0.066 0.035 0.436 28 K 0.069 0.087 0.039 0.034 0.046 0.096 0.019 0.610 29 E 0.052 0.037 0.024 0.020 0.025 0.311 0.019 0.512 30 D 0.140 0.078 0.023 0.027 0.030 0.143 0.028 0.531 31 K 0.229 0.084 0.037 0.031 0.045 0.195 0.027 0.352 32 K 0.098 0.040 0.030 0.031 0.046 0.330 0.017 0.409 33 G 0.079 0.054 0.025 0.050 0.058 0.081 0.016 0.638 34 G 0.108 0.032 0.025 0.049 0.085 0.084 0.017 0.600 35 T 0.093 0.012 0.027 0.026 0.060 0.065 0.013 0.705 36 K 0.041 0.007 0.016 0.053 0.076 0.084 0.003 0.719 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 38 S 0.011 0.003 0.010 0.025 0.074 0.257 0.002 0.618 39 N 0.234 0.007 0.009 0.009 0.014 0.088 0.008 0.632 40 E 0.120 0.027 0.012 0.010 0.024 0.264 0.003 0.540 41 A 0.066 0.047 0.008 0.009 0.019 0.333 0.004 0.514 42 A 0.081 0.243 0.010 0.010 0.021 0.119 0.006 0.508 43 L 0.146 0.359 0.012 0.018 0.043 0.148 0.015 0.259 44 T 0.214 0.424 0.011 0.032 0.032 0.066 0.024 0.197 45 K 0.168 0.366 0.021 0.022 0.046 0.038 0.019 0.319 46 T 0.114 0.387 0.021 0.052 0.085 0.068 0.017 0.256 47 E 0.105 0.195 0.024 0.034 0.053 0.112 0.028 0.450 48 N 0.128 0.207 0.020 0.030 0.044 0.134 0.038 0.401 49 L 0.320 0.113 0.038 0.018 0.030 0.099 0.033 0.349 50 D 0.048 0.120 0.027 0.024 0.024 0.242 0.017 0.498 51 F 0.149 0.107 0.059 0.053 0.077 0.146 0.032 0.378 52 R 0.165 0.144 0.053 0.080 0.127 0.100 0.007 0.324 53 L 0.034 0.074 0.079 0.133 0.203 0.080 0.007 0.390 54 S 0.022 0.139 0.043 0.180 0.223 0.076 0.007 0.309 55 F 0.063 0.088 0.041 0.069 0.201 0.044 0.013 0.482 56 N 0.057 0.068 0.029 0.066 0.094 0.372 0.016 0.297 57 K 0.224 0.060 0.020 0.026 0.036 0.196 0.033 0.406 58 I 0.260 0.205 0.057 0.041 0.054 0.093 0.018 0.271 59 K 0.074 0.142 0.125 0.104 0.126 0.124 0.018 0.287 60 V 0.021 0.086 0.073 0.065 0.092 0.046 0.008 0.609 61 T 0.035 0.098 0.074 0.081 0.187 0.067 0.011 0.446 62 T 0.078 0.065 0.055 0.062 0.107 0.104 0.014 0.514 63 D 0.045 0.058 0.028 0.024 0.053 0.182 0.014 0.595 64 Q 0.164 0.083 0.041 0.028 0.065 0.184 0.016 0.420 65 N 0.117 0.146 0.035 0.045 0.037 0.178 0.026 0.414 66 H 0.261 0.046 0.032 0.019 0.029 0.065 0.038 0.511 67 F 0.213 0.090 0.196 0.037 0.055 0.079 0.022 0.307 68 S 0.040 0.055 0.145 0.052 0.075 0.122 0.012 0.501 69 G 0.026 0.023 0.045 0.014 0.034 0.053 0.010 0.796 70 G 0.239 0.029 0.098 0.021 0.024 0.079 0.045 0.466 71 T 0.218 0.008 0.173 0.011 0.012 0.244 0.012 0.322 72 S 0.018 0.009 0.023 0.009 0.019 0.272 0.003 0.647 73 I 0.010 0.015 0.013 0.004 0.049 0.035 0.001 0.873 74 E 0.008 0.013 0.005 0.002 0.006 0.258 0.002 0.707 75 Q 0.016 0.019 0.001 0.001 0.001 0.847 0.002 0.114 76 L 0.054 0.858 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.081 77 K 0.002 0.961 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.029 78 Q 0.015 0.923 0.002 0.003 0.003 0.002 0.007 0.046 79 W 0.242 0.655 0.004 0.003 0.003 0.003 0.049 0.041 80 F 0.113 0.735 0.026 0.015 0.011 0.005 0.040 0.056 81 G 0.127 0.299 0.093 0.019 0.021 0.025 0.144 0.272 82 D 0.135 0.050 0.118 0.030 0.023 0.091 0.017 0.535 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 84 N 0.015 0.006 0.030 0.027 0.063 0.293 0.005 0.562 85 K 0.269 0.006 0.017 0.010 0.013 0.100 0.010 0.575 86 S 0.092 0.029 0.019 0.028 0.042 0.172 0.004 0.615 87 E 0.094 0.042 0.022 0.055 0.074 0.158 0.006 0.548 88 Q 0.114 0.061 0.018 0.041 0.074 0.152 0.008 0.532 89 R 0.134 0.083 0.021 0.078 0.163 0.112 0.015 0.393 90 N 0.066 0.096 0.017 0.070 0.102 0.110 0.021 0.517 91 A 0.075 0.059 0.016 0.045 0.065 0.079 0.033 0.628 92 G 0.151 0.039 0.021 0.065 0.050 0.091 0.086 0.497 93 N 0.371 0.008 0.038 0.050 0.057 0.145 0.039 0.292 94 I 0.099 0.005 0.068 0.117 0.165 0.155 0.006 0.385 95 T 0.023 0.003 0.049 0.260 0.454 0.075 0.002 0.134 96 L 0.010 0.003 0.061 0.303 0.447 0.025 0.002 0.148 97 D 0.005 0.003 0.053 0.321 0.503 0.025 0.001 0.089 98 S 0.006 0.003 0.030 0.273 0.502 0.030 0.002 0.155 99 Y 0.009 0.004 0.024 0.235 0.512 0.042 0.002 0.172 100 T 0.016 0.007 0.022 0.235 0.330 0.098 0.005 0.287 101 W 0.060 0.011 0.025 0.153 0.292 0.082 0.007 0.369 102 V 0.045 0.018 0.022 0.151 0.269 0.111 0.010 0.374 103 K 0.031 0.014 0.014 0.060 0.092 0.116 0.018 0.655 104 D 0.062 0.020 0.014 0.046 0.043 0.108 0.055 0.652 105 G 0.357 0.012 0.028 0.066 0.033 0.089 0.120 0.294 106 A 0.322 0.002 0.078 0.081 0.136 0.247 0.014 0.120 107 V 0.017 0.001 0.039 0.257 0.340 0.070 0.002 0.273 108 I 0.005 0.001 0.042 0.359 0.561 0.013 0.001 0.018 109 N 0.002 0.001 0.027 0.337 0.497 0.010 0.001 0.126 110 A 0.001 0.001 0.039 0.367 0.569 0.004 0.001 0.019 111 Q 0.002 0.001 0.034 0.366 0.546 0.011 0.001 0.040 112 L 0.004 0.002 0.040 0.265 0.579 0.018 0.001 0.091 113 Y 0.009 0.004 0.048 0.194 0.569 0.050 0.002 0.123 114 K 0.020 0.007 0.029 0.061 0.153 0.106 0.012 0.612 115 N 0.111 0.015 0.025 0.039 0.046 0.115 0.040 0.608 116 S 0.472 0.008 0.019 0.022 0.018 0.083 0.049 0.328 117 T 0.083 0.009 0.085 0.036 0.049 0.168 0.011 0.560 118 V 0.032 0.016 0.078 0.115 0.224 0.163 0.006 0.367 119 A 0.027 0.035 0.067 0.087 0.191 0.094 0.004 0.494 120 R 0.031 0.047 0.082 0.099 0.183 0.127 0.007 0.425 121 S 0.052 0.093 0.069 0.084 0.116 0.146 0.013 0.427 122 I 0.144 0.114 0.074 0.066 0.174 0.098 0.019 0.312 123 S 0.091 0.184 0.104 0.147 0.143 0.090 0.019 0.221 124 N 0.069 0.088 0.058 0.072 0.102 0.061 0.027 0.523 125 F 0.100 0.058 0.118 0.057 0.127 0.067 0.015 0.459 126 S 0.045 0.061 0.072 0.090 0.123 0.213 0.013 0.384 127 F 0.061 0.050 0.050 0.038 0.069 0.097 0.013 0.621 128 S 0.075 0.117 0.072 0.058 0.095 0.121 0.011 0.451 129 R 0.075 0.078 0.053 0.032 0.058 0.118 0.020 0.565 130 E 0.116 0.073 0.035 0.014 0.035 0.195 0.019 0.513 131 A 0.279 0.122 0.058 0.032 0.037 0.106 0.040 0.326 132 K 0.256 0.050 0.031 0.017 0.019 0.081 0.034 0.513 133 I 0.206 0.052 0.210 0.046 0.062 0.099 0.017 0.308 134 G 0.048 0.044 0.055 0.036 0.093 0.280 0.009 0.436 135 K 0.041 0.043 0.035 0.020 0.085 0.036 0.004 0.737 136 E 0.022 0.037 0.017 0.012 0.029 0.265 0.006 0.612 137 D 0.133 0.054 0.007 0.007 0.013 0.335 0.019 0.432 138 Y 0.224 0.383 0.021 0.011 0.030 0.039 0.010 0.281 139 D 0.043 0.351 0.025 0.036 0.045 0.133 0.016 0.350 140 E 0.189 0.140 0.020 0.016 0.023 0.064 0.038 0.510 141 L 0.412 0.214 0.073 0.020 0.032 0.034 0.037 0.178 142 K 0.062 0.231 0.273 0.105 0.075 0.054 0.018 0.183 143 I 0.005 0.029 0.058 0.011 0.021 0.025 0.005 0.845 144 G 0.066 0.086 0.161 0.052 0.068 0.061 0.025 0.483 145 E 0.183 0.016 0.093 0.014 0.015 0.178 0.015 0.486 146 S 0.034 0.014 0.027 0.009 0.015 0.291 0.005 0.604 147 Y 0.028 0.021 0.018 0.005 0.031 0.053 0.003 0.841 148 K 0.009 0.016 0.004 0.002 0.006 0.347 0.002 0.613 149 K 0.034 0.041 0.001 0.001 0.002 0.647 0.003 0.272 150 V 0.032 0.843 0.001 0.002 0.003 0.007 0.001 0.112 151 V 0.002 0.940 0.002 0.002 0.006 0.005 0.001 0.042 152 E 0.005 0.943 0.002 0.004 0.005 0.002 0.003 0.038 153 K 0.053 0.867 0.003 0.004 0.005 0.003 0.018 0.047 154 L 0.030 0.887 0.007 0.009 0.006 0.002 0.018 0.040 155 G 0.142 0.402 0.039 0.023 0.023 0.018 0.173 0.179 156 E 0.090 0.035 0.059 0.023 0.016 0.043 0.013 0.723 157 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 158 D 0.012 0.006 0.023 0.030 0.056 0.117 0.004 0.753 159 V 0.203 0.011 0.022 0.014 0.020 0.063 0.007 0.659 160 L 0.191 0.061 0.066 0.087 0.143 0.108 0.005 0.338 161 S 0.104 0.104 0.053 0.155 0.166 0.107 0.007 0.304 162 Q 0.085 0.073 0.037 0.049 0.095 0.051 0.010 0.600 163 S 0.121 0.105 0.039 0.099 0.171 0.105 0.013 0.347 164 M 0.044 0.042 0.014 0.035 0.055 0.059 0.013 0.739 165 S 0.084 0.068 0.019 0.042 0.083 0.144 0.021 0.539 166 S 0.164 0.031 0.010 0.017 0.029 0.141 0.025 0.583 167 D 0.117 0.027 0.008 0.015 0.016 0.149 0.021 0.646 168 K 0.112 0.022 0.020 0.018 0.029 0.179 0.016 0.604 169 E 0.060 0.041 0.024 0.064 0.067 0.274 0.013 0.457 170 E 0.059 0.027 0.028 0.059 0.116 0.128 0.010 0.573 171 M 0.048 0.050 0.050 0.201 0.301 0.102 0.005 0.245 172 Q 0.019 0.024 0.050 0.368 0.369 0.035 0.004 0.131 173 T 0.013 0.016 0.037 0.265 0.429 0.020 0.002 0.217 174 V 0.012 0.010 0.048 0.332 0.507 0.017 0.002 0.071 175 W 0.012 0.015 0.032 0.295 0.441 0.028 0.003 0.175 176 S 0.013 0.025 0.044 0.265 0.496 0.030 0.004 0.122 177 S 0.027 0.023 0.033 0.119 0.197 0.074 0.012 0.515 178 G 0.145 0.015 0.016 0.047 0.076 0.105 0.039 0.555 179 I 0.395 0.014 0.033 0.043 0.056 0.146 0.019 0.295 180 K 0.027 0.019 0.032 0.059 0.065 0.146 0.013 0.640 181 T 0.077 0.021 0.027 0.055 0.097 0.115 0.015 0.594 182 K 0.085 0.019 0.038 0.045 0.062 0.157 0.012 0.582 183 S 0.043 0.012 0.021 0.038 0.059 0.189 0.012 0.624 184 S 0.063 0.014 0.037 0.049 0.079 0.149 0.017 0.592 185 S 0.042 0.009 0.021 0.042 0.054 0.219 0.017 0.597 186 A 0.137 0.009 0.049 0.106 0.110 0.198 0.026 0.366 187 T 0.153 0.004 0.045 0.126 0.273 0.222 0.009 0.168 188 I 0.026 0.001 0.049 0.379 0.473 0.035 0.002 0.034 189 E 0.004 0.001 0.026 0.368 0.551 0.012 0.001 0.039 190 L 0.001 0.001 0.018 0.468 0.491 0.003 0.001 0.019 191 Y 0.002 0.001 0.046 0.336 0.540 0.008 0.001 0.067 192 F 0.001 0.001 0.025 0.445 0.481 0.011 0.001 0.036 193 E 0.003 0.001 0.046 0.155 0.458 0.061 0.003 0.273 194 N 0.004 0.001 0.020 0.042 0.093 0.145 0.012 0.683 195 G 0.149 0.005 0.032 0.116 0.037 0.115 0.074 0.472 196 L 0.459 0.001 0.014 0.015 0.059 0.378 0.005 0.070 197 L 0.028 0.001 0.020 0.350 0.386 0.084 0.001 0.129 198 K 0.007 0.001 0.017 0.345 0.589 0.017 0.001 0.024 199 N 0.004 0.002 0.017 0.308 0.448 0.016 0.001 0.203 200 K 0.009 0.003 0.029 0.198 0.485 0.033 0.002 0.241 201 T 0.013 0.007 0.011 0.155 0.375 0.185 0.004 0.250 202 Q 0.055 0.014 0.023 0.071 0.255 0.122 0.009 0.450 203 K 0.042 0.027 0.023 0.052 0.079 0.265 0.008 0.504 204 D 0.056 0.019 0.009 0.015 0.027 0.161 0.012 0.702 205 L 0.236 0.055 0.024 0.028 0.061 0.078 0.011 0.507 206 E 0.027 0.041 0.023 0.030 0.052 0.233 0.009 0.585