# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 144 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.420 0.141 0.183 0.100 0.057 0.031 0.028 0.007 0.024 0.008 0.001 2 S 0.523 0.068 0.191 0.127 0.026 0.034 0.015 0.002 0.010 0.002 0.002 3 M 0.499 0.089 0.138 0.133 0.056 0.031 0.026 0.007 0.013 0.009 0.001 4 K 0.614 0.085 0.179 0.057 0.018 0.019 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 5 K 0.665 0.029 0.137 0.104 0.010 0.029 0.014 0.002 0.006 0.001 0.002 6 T 0.622 0.076 0.114 0.136 0.018 0.017 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 7 K 0.781 0.045 0.122 0.026 0.008 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 8 N 0.930 0.005 0.030 0.019 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 9 W 0.959 0.013 0.010 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.990 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 C 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.978 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 M 0.927 0.001 0.001 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.642 0.005 0.003 0.332 0.001 0.007 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 24 G 0.470 0.011 0.024 0.381 0.025 0.005 0.070 0.010 0.002 0.003 0.001 25 C 0.427 0.057 0.106 0.349 0.016 0.018 0.016 0.001 0.010 0.001 0.001 26 Q 0.296 0.103 0.160 0.289 0.043 0.033 0.053 0.004 0.016 0.003 0.001 27 S 0.374 0.083 0.171 0.255 0.052 0.022 0.020 0.008 0.007 0.008 0.001 28 K 0.395 0.088 0.146 0.220 0.056 0.032 0.033 0.010 0.011 0.009 0.001 29 E 0.449 0.072 0.082 0.275 0.028 0.027 0.038 0.007 0.014 0.006 0.001 30 D 0.288 0.065 0.131 0.300 0.029 0.032 0.103 0.020 0.021 0.010 0.001 31 K 0.441 0.084 0.147 0.186 0.026 0.028 0.046 0.019 0.012 0.010 0.001 32 K 0.243 0.174 0.202 0.293 0.026 0.017 0.022 0.002 0.018 0.002 0.001 33 G 0.066 0.022 0.098 0.084 0.119 0.009 0.153 0.227 0.007 0.215 0.001 34 G 0.059 0.026 0.141 0.059 0.111 0.023 0.169 0.196 0.010 0.204 0.001 35 T 0.084 0.317 0.382 0.097 0.045 0.035 0.008 0.002 0.022 0.006 0.002 36 K 0.031 0.305 0.475 0.008 0.066 0.036 0.004 0.001 0.069 0.004 0.001 37 P 0.331 0.014 0.539 0.030 0.005 0.035 0.002 0.001 0.004 0.001 0.038 38 S 0.430 0.108 0.141 0.196 0.051 0.019 0.022 0.010 0.014 0.008 0.001 39 N 0.290 0.053 0.122 0.200 0.068 0.066 0.106 0.054 0.023 0.016 0.002 40 E 0.429 0.154 0.182 0.134 0.027 0.029 0.022 0.002 0.016 0.003 0.001 41 A 0.603 0.082 0.159 0.068 0.030 0.033 0.007 0.002 0.012 0.003 0.001 42 A 0.734 0.049 0.103 0.057 0.015 0.026 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 43 L 0.679 0.053 0.078 0.125 0.015 0.020 0.014 0.001 0.012 0.001 0.001 44 T 0.568 0.097 0.136 0.119 0.031 0.016 0.015 0.002 0.014 0.001 0.001 45 K 0.423 0.099 0.174 0.181 0.022 0.054 0.027 0.005 0.012 0.002 0.001 46 T 0.217 0.291 0.318 0.071 0.034 0.026 0.006 0.001 0.034 0.002 0.001 47 E 0.703 0.027 0.124 0.090 0.015 0.015 0.014 0.003 0.003 0.003 0.003 48 N 0.147 0.050 0.075 0.341 0.048 0.039 0.221 0.044 0.025 0.010 0.001 49 L 0.474 0.189 0.188 0.080 0.020 0.017 0.014 0.004 0.012 0.002 0.001 50 D 0.497 0.097 0.158 0.124 0.017 0.061 0.022 0.003 0.017 0.001 0.003 51 F 0.236 0.242 0.128 0.239 0.076 0.029 0.028 0.005 0.014 0.003 0.001 52 R 0.135 0.457 0.220 0.054 0.056 0.029 0.020 0.001 0.027 0.001 0.001 53 L 0.101 0.480 0.304 0.023 0.030 0.039 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 54 S 0.133 0.500 0.162 0.046 0.084 0.050 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 55 F 0.340 0.286 0.162 0.055 0.084 0.038 0.006 0.001 0.025 0.003 0.001 56 N 0.491 0.083 0.138 0.132 0.036 0.040 0.053 0.006 0.016 0.003 0.002 57 K 0.332 0.169 0.100 0.201 0.057 0.034 0.074 0.015 0.015 0.003 0.001 58 I 0.145 0.440 0.294 0.055 0.021 0.018 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 59 K 0.157 0.251 0.420 0.037 0.034 0.058 0.008 0.001 0.030 0.001 0.001 60 V 0.225 0.306 0.280 0.061 0.040 0.054 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 61 T 0.280 0.187 0.197 0.121 0.060 0.077 0.023 0.006 0.044 0.003 0.001 62 T 0.332 0.294 0.146 0.097 0.073 0.024 0.011 0.003 0.017 0.003 0.001 63 D 0.296 0.131 0.201 0.180 0.037 0.075 0.040 0.008 0.024 0.006 0.002 64 Q 0.456 0.165 0.160 0.144 0.024 0.019 0.011 0.002 0.014 0.003 0.001 65 N 0.303 0.058 0.117 0.304 0.040 0.028 0.107 0.020 0.013 0.008 0.002 66 H 0.113 0.124 0.159 0.185 0.055 0.042 0.214 0.057 0.032 0.019 0.001 67 F 0.059 0.418 0.362 0.055 0.021 0.029 0.016 0.002 0.036 0.002 0.001 68 S 0.087 0.185 0.490 0.098 0.046 0.051 0.016 0.001 0.020 0.004 0.002 69 G 0.059 0.035 0.212 0.070 0.139 0.022 0.087 0.077 0.012 0.286 0.001 70 G 0.071 0.021 0.131 0.035 0.150 0.020 0.040 0.101 0.010 0.422 0.001 71 T 0.172 0.153 0.302 0.187 0.141 0.022 0.004 0.002 0.007 0.010 0.001 72 S 0.106 0.148 0.558 0.038 0.077 0.032 0.004 0.001 0.018 0.017 0.001 73 I 0.992 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 77 K 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.936 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 W 0.843 0.002 0.003 0.145 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 80 F 0.209 0.006 0.028 0.695 0.003 0.001 0.054 0.001 0.002 0.001 0.001 81 G 0.044 0.003 0.030 0.022 0.024 0.003 0.186 0.501 0.001 0.184 0.001 82 D 0.015 0.165 0.609 0.006 0.029 0.019 0.003 0.001 0.152 0.001 0.001 83 P 0.146 0.003 0.775 0.015 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.041 84 N 0.160 0.132 0.270 0.211 0.044 0.050 0.050 0.050 0.029 0.003 0.001 85 K 0.136 0.292 0.323 0.116 0.052 0.037 0.010 0.003 0.027 0.002 0.002 86 S 0.142 0.372 0.260 0.079 0.091 0.027 0.007 0.002 0.015 0.005 0.001 87 E 0.166 0.365 0.225 0.078 0.098 0.039 0.007 0.002 0.018 0.003 0.001 88 Q 0.215 0.262 0.235 0.096 0.053 0.071 0.021 0.004 0.037 0.005 0.001 89 R 0.250 0.305 0.255 0.073 0.055 0.020 0.008 0.002 0.027 0.005 0.001 90 N 0.245 0.148 0.254 0.127 0.047 0.068 0.051 0.012 0.034 0.012 0.001 91 A 0.203 0.082 0.251 0.328 0.026 0.020 0.064 0.005 0.013 0.006 0.002 92 G 0.022 0.003 0.010 0.013 0.039 0.002 0.080 0.648 0.001 0.184 0.001 93 N 0.049 0.145 0.260 0.198 0.079 0.051 0.156 0.019 0.033 0.010 0.001 94 I 0.047 0.562 0.295 0.034 0.025 0.020 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 95 T 0.042 0.634 0.200 0.016 0.055 0.031 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 96 L 0.074 0.495 0.262 0.025 0.072 0.039 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 97 D 0.136 0.370 0.242 0.066 0.082 0.056 0.011 0.002 0.032 0.002 0.001 98 S 0.108 0.464 0.186 0.047 0.135 0.024 0.009 0.003 0.019 0.005 0.001 99 Y 0.186 0.332 0.254 0.068 0.073 0.040 0.015 0.003 0.025 0.003 0.001 100 T 0.131 0.456 0.173 0.073 0.106 0.024 0.012 0.002 0.021 0.002 0.001 101 W 0.109 0.381 0.292 0.039 0.069 0.060 0.013 0.004 0.028 0.004 0.001 102 V 0.214 0.166 0.456 0.047 0.018 0.059 0.008 0.002 0.027 0.003 0.002 103 K 0.387 0.133 0.132 0.226 0.031 0.022 0.038 0.007 0.014 0.007 0.002 104 D 0.019 0.019 0.043 0.318 0.026 0.012 0.498 0.044 0.013 0.007 0.001 105 G 0.014 0.019 0.050 0.022 0.073 0.006 0.152 0.557 0.005 0.103 0.001 106 A 0.042 0.420 0.408 0.052 0.045 0.015 0.005 0.001 0.009 0.002 0.001 107 V 0.007 0.785 0.124 0.009 0.056 0.010 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 108 I 0.004 0.851 0.065 0.003 0.065 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 109 N 0.003 0.798 0.111 0.004 0.056 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 110 A 0.002 0.892 0.060 0.001 0.030 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 111 Q 0.007 0.777 0.117 0.002 0.040 0.031 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 112 L 0.035 0.651 0.165 0.018 0.061 0.050 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 113 Y 0.069 0.308 0.254 0.054 0.121 0.085 0.020 0.003 0.078 0.008 0.001 114 K 0.563 0.071 0.140 0.115 0.036 0.024 0.025 0.008 0.008 0.009 0.002 115 N 0.137 0.046 0.067 0.495 0.028 0.018 0.172 0.017 0.015 0.005 0.001 116 S 0.154 0.101 0.126 0.100 0.113 0.020 0.192 0.144 0.015 0.035 0.001 117 T 0.197 0.321 0.311 0.066 0.044 0.036 0.009 0.001 0.013 0.001 0.001 118 V 0.120 0.494 0.271 0.024 0.030 0.037 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 119 A 0.304 0.142 0.318 0.058 0.027 0.096 0.015 0.001 0.037 0.001 0.003 120 R 0.254 0.444 0.120 0.044 0.103 0.014 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 121 S 0.223 0.369 0.225 0.041 0.064 0.051 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 122 I 0.247 0.358 0.217 0.062 0.023 0.060 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 123 S 0.301 0.285 0.109 0.143 0.106 0.021 0.019 0.002 0.012 0.003 0.001 124 N 0.107 0.164 0.107 0.188 0.137 0.069 0.168 0.025 0.029 0.006 0.001 125 F 0.135 0.438 0.267 0.053 0.034 0.031 0.013 0.002 0.027 0.001 0.001 126 S 0.237 0.373 0.204 0.052 0.066 0.045 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 127 F 0.234 0.281 0.198 0.089 0.061 0.086 0.012 0.002 0.034 0.002 0.001 128 S 0.430 0.139 0.175 0.151 0.035 0.028 0.016 0.002 0.018 0.004 0.001 129 R 0.289 0.133 0.083 0.232 0.097 0.027 0.090 0.025 0.012 0.012 0.001 130 E 0.161 0.219 0.229 0.169 0.072 0.046 0.062 0.009 0.027 0.005 0.001 131 A 0.183 0.235 0.392 0.077 0.036 0.022 0.024 0.005 0.019 0.004 0.002 132 K 0.119 0.259 0.368 0.059 0.025 0.083 0.031 0.003 0.050 0.001 0.003 133 I 0.048 0.470 0.318 0.091 0.022 0.032 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 134 G 0.031 0.107 0.420 0.007 0.240 0.043 0.008 0.005 0.039 0.099 0.001 135 K 0.818 0.007 0.140 0.010 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 136 E 0.859 0.017 0.030 0.057 0.010 0.009 0.008 0.004 0.004 0.002 0.001 137 D 0.604 0.038 0.032 0.276 0.013 0.014 0.011 0.004 0.006 0.001 0.001 138 Y 0.850 0.038 0.044 0.037 0.006 0.009 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 139 D 0.891 0.012 0.027 0.053 0.003 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 140 E 0.581 0.043 0.040 0.246 0.011 0.017 0.050 0.006 0.005 0.001 0.001 141 L 0.177 0.201 0.483 0.088 0.005 0.015 0.009 0.001 0.021 0.001 0.001 142 K 0.187 0.147 0.454 0.049 0.020 0.070 0.029 0.001 0.040 0.001 0.001 143 I 0.127 0.181 0.350 0.232 0.025 0.036 0.022 0.001 0.024 0.001 0.001 144 G 0.036 0.009 0.050 0.017 0.082 0.021 0.071 0.508 0.008 0.199 0.001 145 E 0.293 0.187 0.232 0.157 0.083 0.032 0.003 0.001 0.008 0.002 0.001 146 S 0.182 0.200 0.413 0.058 0.065 0.046 0.004 0.001 0.020 0.012 0.001 147 Y 0.973 0.002 0.015 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 K 0.991 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.988 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 V 0.981 0.003 0.003 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 151 V 0.988 0.002 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 E 0.959 0.001 0.003 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.918 0.004 0.003 0.067 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.208 0.007 0.038 0.710 0.002 0.002 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 155 G 0.025 0.002 0.018 0.021 0.021 0.003 0.236 0.549 0.001 0.125 0.001 156 E 0.016 0.244 0.586 0.006 0.035 0.013 0.003 0.001 0.094 0.001 0.001 157 P 0.128 0.004 0.806 0.010 0.001 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 158 D 0.326 0.163 0.234 0.116 0.051 0.044 0.023 0.026 0.014 0.002 0.001 159 V 0.214 0.332 0.238 0.076 0.045 0.053 0.006 0.001 0.033 0.001 0.002 160 L 0.186 0.419 0.219 0.076 0.038 0.034 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 161 S 0.160 0.377 0.200 0.058 0.113 0.052 0.010 0.002 0.026 0.002 0.001 162 Q 0.277 0.278 0.198 0.090 0.061 0.052 0.011 0.002 0.029 0.003 0.001 163 S 0.195 0.251 0.315 0.089 0.055 0.034 0.013 0.002 0.042 0.004 0.001 164 M 0.326 0.106 0.259 0.122 0.050 0.055 0.038 0.014 0.016 0.011 0.002 165 S 0.211 0.187 0.277 0.173 0.054 0.030 0.029 0.006 0.022 0.011 0.001 166 S 0.320 0.112 0.201 0.184 0.064 0.025 0.044 0.018 0.012 0.019 0.002 167 D 0.106 0.080 0.162 0.197 0.059 0.050 0.260 0.041 0.028 0.016 0.001 168 K 0.264 0.216 0.268 0.109 0.048 0.027 0.034 0.011 0.016 0.005 0.002 169 E 0.177 0.372 0.261 0.069 0.051 0.036 0.012 0.002 0.017 0.001 0.001 170 E 0.083 0.584 0.174 0.042 0.062 0.033 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 171 M 0.065 0.635 0.158 0.029 0.068 0.024 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 172 Q 0.041 0.649 0.110 0.036 0.113 0.025 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 173 T 0.014 0.766 0.068 0.009 0.116 0.011 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 174 V 0.024 0.765 0.128 0.007 0.042 0.023 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 175 W 0.078 0.428 0.290 0.023 0.059 0.073 0.005 0.001 0.041 0.002 0.001 176 S 0.260 0.342 0.177 0.068 0.081 0.034 0.008 0.002 0.025 0.004 0.001 177 S 0.185 0.107 0.230 0.270 0.060 0.031 0.085 0.007 0.021 0.005 0.001 178 G 0.043 0.012 0.042 0.023 0.066 0.010 0.106 0.521 0.005 0.171 0.001 179 I 0.194 0.206 0.408 0.120 0.023 0.020 0.009 0.001 0.015 0.002 0.001 180 K 0.150 0.122 0.238 0.199 0.064 0.073 0.082 0.027 0.025 0.018 0.002 181 T 0.136 0.223 0.209 0.143 0.130 0.033 0.056 0.026 0.022 0.022 0.001 182 K 0.163 0.158 0.263 0.151 0.076 0.063 0.059 0.020 0.028 0.018 0.002 183 S 0.126 0.230 0.328 0.115 0.068 0.040 0.031 0.007 0.039 0.014 0.002 184 S 0.212 0.175 0.305 0.136 0.058 0.039 0.034 0.007 0.019 0.011 0.004 185 S 0.161 0.182 0.270 0.161 0.092 0.033 0.045 0.016 0.024 0.014 0.003 186 A 0.111 0.333 0.253 0.120 0.107 0.012 0.028 0.012 0.012 0.010 0.001 187 T 0.014 0.657 0.154 0.047 0.073 0.015 0.018 0.002 0.019 0.001 0.001 188 I 0.001 0.854 0.103 0.003 0.030 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 189 E 0.002 0.801 0.150 0.002 0.021 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 190 L 0.001 0.839 0.105 0.001 0.026 0.009 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 191 Y 0.005 0.790 0.106 0.003 0.049 0.033 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 192 F 0.030 0.412 0.347 0.012 0.081 0.071 0.004 0.001 0.036 0.004 0.001 193 E 0.434 0.219 0.143 0.098 0.047 0.022 0.009 0.004 0.011 0.010 0.004 194 N 0.014 0.018 0.029 0.542 0.015 0.009 0.353 0.007 0.011 0.002 0.001 195 G 0.003 0.004 0.011 0.004 0.036 0.001 0.097 0.757 0.002 0.085 0.001 196 L 0.040 0.386 0.504 0.020 0.017 0.018 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 197 L 0.019 0.299 0.596 0.019 0.010 0.039 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 198 K 0.046 0.592 0.179 0.026 0.118 0.018 0.005 0.001 0.013 0.002 0.001 199 N 0.054 0.265 0.301 0.070 0.110 0.082 0.036 0.007 0.068 0.006 0.002 200 K 0.080 0.588 0.191 0.043 0.060 0.017 0.004 0.002 0.014 0.002 0.001 201 T 0.068 0.483 0.211 0.051 0.107 0.046 0.009 0.002 0.019 0.004 0.001 202 Q 0.259 0.228 0.248 0.069 0.071 0.064 0.018 0.006 0.024 0.009 0.004 203 K 0.357 0.217 0.121 0.175 0.044 0.026 0.031 0.005 0.018 0.005 0.001 204 D 0.092 0.101 0.127 0.250 0.056 0.100 0.180 0.028 0.058 0.007 0.001 205 L 0.356 0.143 0.292 0.116 0.022 0.026 0.022 0.003 0.015 0.004 0.002 206 E 0.484 0.096 0.188 0.129 0.029 0.028 0.021 0.005 0.011 0.006 0.002