# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 144 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.085 0.032 0.012 0.126 0.015 0.027 0.380 0.123 0.085 0.036 2 S 0.047 0.077 0.027 0.007 0.089 0.012 0.029 0.504 0.135 0.053 0.021 3 M 0.036 0.048 0.019 0.007 0.063 0.011 0.030 0.570 0.157 0.043 0.016 4 K 0.017 0.049 0.019 0.008 0.036 0.016 0.049 0.635 0.129 0.033 0.009 5 K 0.020 0.034 0.017 0.005 0.029 0.007 0.025 0.620 0.125 0.101 0.017 6 T 0.024 0.050 0.021 0.003 0.040 0.004 0.010 0.693 0.103 0.041 0.012 7 K 0.011 0.044 0.013 0.002 0.023 0.004 0.010 0.808 0.071 0.010 0.005 8 N 0.005 0.008 0.002 0.001 0.007 0.002 0.010 0.911 0.046 0.007 0.003 9 W 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.948 0.030 0.003 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.975 0.018 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.012 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 13 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.003 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 0.001 17 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.003 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.004 0.001 0.001 19 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.979 0.018 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.927 0.043 0.002 0.001 22 M 0.006 0.004 0.002 0.001 0.006 0.003 0.061 0.787 0.110 0.015 0.006 23 L 0.020 0.028 0.012 0.005 0.021 0.012 0.143 0.522 0.158 0.057 0.022 24 G 0.064 0.066 0.038 0.018 0.064 0.022 0.127 0.278 0.102 0.142 0.077 25 C 0.094 0.145 0.058 0.023 0.140 0.022 0.063 0.140 0.080 0.139 0.095 26 Q 0.102 0.117 0.070 0.034 0.125 0.038 0.064 0.118 0.077 0.167 0.087 27 S 0.062 0.148 0.111 0.047 0.112 0.033 0.060 0.186 0.096 0.097 0.047 28 K 0.042 0.084 0.080 0.052 0.067 0.038 0.063 0.255 0.153 0.124 0.042 29 E 0.034 0.109 0.074 0.049 0.070 0.042 0.063 0.223 0.146 0.153 0.036 30 D 0.067 0.147 0.095 0.031 0.122 0.023 0.037 0.148 0.084 0.184 0.062 31 K 0.076 0.108 0.087 0.017 0.111 0.018 0.044 0.224 0.121 0.135 0.060 32 K 0.082 0.174 0.104 0.042 0.126 0.044 0.077 0.153 0.087 0.072 0.039 33 G 0.045 0.155 0.109 0.182 0.071 0.079 0.071 0.081 0.063 0.100 0.044 34 G 0.073 0.077 0.083 0.128 0.092 0.028 0.033 0.087 0.063 0.228 0.108 35 T 0.073 0.242 0.113 0.023 0.206 0.016 0.027 0.074 0.061 0.121 0.044 36 K 0.109 0.303 0.171 0.016 0.241 0.011 0.014 0.045 0.022 0.029 0.038 37 P 0.090 0.168 0.091 0.028 0.145 0.029 0.043 0.196 0.110 0.053 0.048 38 S 0.039 0.151 0.090 0.042 0.076 0.051 0.084 0.262 0.103 0.074 0.028 39 N 0.070 0.076 0.051 0.022 0.097 0.018 0.024 0.243 0.107 0.225 0.067 40 E 0.046 0.122 0.054 0.012 0.098 0.014 0.024 0.385 0.138 0.085 0.022 41 A 0.046 0.075 0.033 0.010 0.086 0.014 0.025 0.513 0.119 0.057 0.022 42 A 0.033 0.038 0.013 0.006 0.048 0.008 0.028 0.599 0.163 0.048 0.016 43 L 0.034 0.042 0.016 0.008 0.059 0.014 0.029 0.577 0.144 0.057 0.021 44 T 0.044 0.105 0.037 0.008 0.101 0.013 0.049 0.469 0.100 0.056 0.018 45 K 0.062 0.066 0.036 0.009 0.074 0.013 0.044 0.394 0.107 0.141 0.054 46 T 0.078 0.169 0.082 0.019 0.168 0.021 0.037 0.263 0.081 0.055 0.027 47 E 0.032 0.115 0.046 0.038 0.047 0.066 0.103 0.330 0.109 0.087 0.026 48 N 0.090 0.058 0.040 0.022 0.134 0.011 0.019 0.239 0.099 0.225 0.063 49 L 0.033 0.064 0.021 0.005 0.077 0.012 0.027 0.498 0.197 0.050 0.016 50 D 0.078 0.067 0.026 0.010 0.108 0.020 0.051 0.409 0.118 0.079 0.036 51 F 0.079 0.179 0.050 0.015 0.172 0.021 0.045 0.234 0.089 0.086 0.031 52 R 0.161 0.105 0.032 0.010 0.223 0.013 0.025 0.208 0.063 0.082 0.078 53 L 0.091 0.273 0.073 0.008 0.273 0.018 0.028 0.127 0.049 0.034 0.024 54 S 0.173 0.195 0.062 0.014 0.261 0.018 0.042 0.106 0.027 0.047 0.055 55 F 0.116 0.079 0.021 0.020 0.150 0.018 0.023 0.259 0.182 0.074 0.058 56 N 0.024 0.066 0.042 0.043 0.057 0.061 0.092 0.396 0.152 0.052 0.015 57 K 0.071 0.053 0.022 0.009 0.106 0.008 0.032 0.285 0.140 0.232 0.042 58 I 0.115 0.165 0.044 0.010 0.231 0.012 0.026 0.190 0.088 0.076 0.044 59 K 0.104 0.177 0.099 0.018 0.210 0.024 0.033 0.173 0.058 0.063 0.040 60 V 0.056 0.271 0.093 0.016 0.133 0.018 0.036 0.192 0.102 0.057 0.024 61 T 0.102 0.114 0.056 0.017 0.180 0.019 0.041 0.235 0.103 0.090 0.042 62 T 0.048 0.105 0.044 0.009 0.102 0.016 0.047 0.386 0.174 0.051 0.019 63 D 0.100 0.076 0.036 0.013 0.116 0.020 0.072 0.300 0.095 0.122 0.050 64 Q 0.061 0.135 0.048 0.045 0.119 0.035 0.060 0.213 0.157 0.092 0.035 65 N 0.027 0.071 0.107 0.150 0.044 0.086 0.084 0.179 0.103 0.114 0.035 66 H 0.103 0.116 0.049 0.021 0.132 0.012 0.044 0.105 0.068 0.281 0.069 67 F 0.119 0.236 0.072 0.022 0.269 0.015 0.017 0.052 0.047 0.082 0.068 68 S 0.048 0.143 0.206 0.131 0.074 0.094 0.058 0.101 0.084 0.037 0.025 69 G 0.032 0.075 0.054 0.052 0.070 0.038 0.098 0.173 0.227 0.145 0.036 70 G 0.062 0.090 0.059 0.024 0.070 0.017 0.027 0.054 0.059 0.471 0.068 71 T 0.015 0.469 0.313 0.011 0.087 0.008 0.013 0.035 0.013 0.024 0.011 72 S 0.040 0.645 0.179 0.002 0.081 0.001 0.002 0.025 0.006 0.007 0.012 73 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.723 0.265 0.004 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.927 0.067 0.002 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.030 0.008 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.027 0.002 0.001 77 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.900 0.096 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.875 0.096 0.004 0.001 79 W 0.007 0.005 0.008 0.002 0.006 0.007 0.209 0.624 0.074 0.049 0.009 80 F 0.022 0.513 0.118 0.015 0.079 0.014 0.067 0.077 0.030 0.051 0.014 81 G 0.024 0.014 0.019 0.055 0.011 0.029 0.033 0.057 0.053 0.508 0.196 82 D 0.038 0.333 0.321 0.037 0.155 0.008 0.013 0.031 0.020 0.029 0.016 83 P 0.070 0.216 0.068 0.037 0.133 0.054 0.075 0.129 0.102 0.055 0.060 84 N 0.082 0.112 0.111 0.064 0.116 0.032 0.053 0.091 0.081 0.179 0.079 85 K 0.099 0.229 0.108 0.018 0.224 0.011 0.019 0.096 0.065 0.076 0.053 86 S 0.125 0.217 0.075 0.015 0.232 0.023 0.027 0.105 0.065 0.062 0.053 87 E 0.102 0.185 0.094 0.020 0.215 0.020 0.032 0.134 0.080 0.065 0.052 88 Q 0.114 0.120 0.046 0.021 0.205 0.029 0.042 0.193 0.091 0.090 0.049 89 R 0.079 0.294 0.134 0.026 0.143 0.027 0.048 0.125 0.060 0.040 0.024 90 N 0.095 0.052 0.099 0.047 0.082 0.048 0.071 0.162 0.065 0.167 0.113 91 A 0.031 0.334 0.151 0.088 0.090 0.044 0.096 0.071 0.055 0.029 0.011 92 G 0.026 0.040 0.065 0.295 0.025 0.095 0.033 0.031 0.037 0.264 0.088 93 N 0.118 0.237 0.087 0.044 0.248 0.010 0.020 0.028 0.028 0.096 0.082 94 I 0.171 0.201 0.034 0.003 0.517 0.006 0.008 0.017 0.012 0.010 0.021 95 T 0.209 0.177 0.024 0.007 0.490 0.011 0.019 0.017 0.009 0.008 0.030 96 L 0.387 0.106 0.014 0.004 0.397 0.006 0.005 0.008 0.006 0.009 0.057 97 D 0.169 0.163 0.061 0.028 0.327 0.052 0.044 0.034 0.018 0.043 0.061 98 S 0.298 0.136 0.039 0.014 0.365 0.009 0.011 0.021 0.016 0.031 0.061 99 Y 0.133 0.222 0.082 0.032 0.309 0.029 0.025 0.030 0.031 0.051 0.057 100 T 0.154 0.205 0.077 0.024 0.325 0.020 0.028 0.025 0.026 0.068 0.049 101 W 0.155 0.260 0.099 0.017 0.321 0.013 0.019 0.029 0.020 0.029 0.038 102 V 0.180 0.129 0.164 0.069 0.140 0.052 0.069 0.073 0.040 0.035 0.048 103 K 0.027 0.048 0.076 0.222 0.035 0.154 0.160 0.116 0.109 0.037 0.017 104 D 0.026 0.047 0.064 0.438 0.024 0.115 0.062 0.039 0.047 0.118 0.021 105 G 0.072 0.042 0.034 0.053 0.065 0.020 0.016 0.021 0.035 0.493 0.148 106 A 0.110 0.261 0.034 0.004 0.473 0.011 0.040 0.017 0.013 0.019 0.018 107 V 0.363 0.052 0.003 0.001 0.552 0.003 0.006 0.002 0.002 0.002 0.015 108 I 0.180 0.086 0.006 0.003 0.699 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 109 N 0.390 0.026 0.001 0.001 0.558 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 110 A 0.283 0.094 0.010 0.002 0.555 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 111 Q 0.246 0.112 0.009 0.003 0.565 0.003 0.005 0.002 0.001 0.006 0.047 112 L 0.266 0.160 0.024 0.014 0.339 0.010 0.009 0.010 0.011 0.029 0.130 113 Y 0.115 0.198 0.171 0.074 0.203 0.053 0.050 0.046 0.023 0.030 0.037 114 K 0.022 0.039 0.031 0.034 0.034 0.056 0.142 0.272 0.278 0.073 0.019 115 N 0.040 0.270 0.192 0.047 0.102 0.031 0.029 0.079 0.063 0.122 0.023 116 S 0.048 0.127 0.063 0.014 0.083 0.019 0.035 0.185 0.132 0.227 0.067 117 T 0.090 0.200 0.055 0.007 0.169 0.010 0.042 0.221 0.110 0.064 0.032 118 V 0.131 0.139 0.032 0.017 0.167 0.029 0.036 0.214 0.098 0.078 0.059 119 A 0.124 0.107 0.040 0.024 0.188 0.027 0.035 0.262 0.095 0.052 0.046 120 R 0.072 0.134 0.053 0.012 0.146 0.029 0.050 0.294 0.112 0.073 0.025 121 S 0.121 0.136 0.037 0.010 0.228 0.012 0.045 0.230 0.060 0.082 0.039 122 I 0.287 0.071 0.014 0.010 0.238 0.012 0.016 0.134 0.070 0.051 0.097 123 S 0.054 0.176 0.081 0.041 0.147 0.117 0.111 0.154 0.055 0.041 0.024 124 N 0.223 0.102 0.036 0.017 0.247 0.012 0.025 0.081 0.037 0.129 0.091 125 F 0.168 0.168 0.040 0.014 0.321 0.013 0.013 0.083 0.061 0.055 0.063 126 S 0.107 0.166 0.061 0.017 0.277 0.040 0.064 0.149 0.051 0.038 0.031 127 F 0.170 0.105 0.036 0.015 0.192 0.014 0.036 0.193 0.096 0.079 0.065 128 S 0.089 0.114 0.059 0.048 0.164 0.058 0.053 0.212 0.094 0.073 0.037 129 R 0.041 0.179 0.089 0.042 0.086 0.043 0.068 0.245 0.111 0.070 0.025 130 E 0.082 0.060 0.037 0.017 0.103 0.014 0.027 0.181 0.157 0.242 0.081 131 A 0.036 0.330 0.114 0.011 0.139 0.021 0.043 0.148 0.098 0.044 0.015 132 K 0.144 0.131 0.046 0.011 0.177 0.014 0.044 0.137 0.054 0.130 0.113 133 I 0.099 0.305 0.090 0.025 0.234 0.022 0.029 0.050 0.036 0.069 0.043 134 G 0.073 0.458 0.189 0.015 0.182 0.009 0.006 0.020 0.006 0.015 0.028 135 K 0.024 0.030 0.009 0.004 0.039 0.009 0.018 0.397 0.397 0.056 0.017 136 E 0.008 0.022 0.017 0.005 0.018 0.019 0.077 0.607 0.184 0.038 0.005 137 D 0.044 0.038 0.010 0.004 0.039 0.005 0.020 0.329 0.101 0.371 0.039 138 Y 0.074 0.031 0.011 0.013 0.086 0.011 0.015 0.343 0.241 0.130 0.046 139 D 0.005 0.019 0.019 0.031 0.008 0.057 0.053 0.550 0.227 0.027 0.003 140 E 0.020 0.018 0.007 0.007 0.035 0.006 0.034 0.270 0.128 0.455 0.018 141 L 0.087 0.157 0.055 0.007 0.196 0.007 0.020 0.213 0.133 0.091 0.034 142 K 0.092 0.155 0.142 0.010 0.184 0.024 0.035 0.229 0.059 0.036 0.034 143 I 0.014 0.291 0.061 0.014 0.043 0.027 0.119 0.221 0.164 0.036 0.009 144 G 0.037 0.040 0.045 0.034 0.037 0.022 0.041 0.135 0.067 0.431 0.111 145 E 0.024 0.316 0.157 0.012 0.104 0.010 0.024 0.180 0.068 0.080 0.024 146 S 0.057 0.476 0.156 0.005 0.092 0.004 0.007 0.129 0.019 0.026 0.029 147 Y 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.002 0.002 0.745 0.223 0.009 0.002 148 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.907 0.083 0.002 0.001 149 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.046 0.009 0.001 150 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.949 0.042 0.002 0.001 151 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.880 0.113 0.001 0.001 152 E 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.035 0.841 0.103 0.005 0.001 153 K 0.011 0.007 0.010 0.002 0.010 0.009 0.220 0.562 0.081 0.074 0.015 154 L 0.024 0.554 0.128 0.017 0.079 0.011 0.057 0.051 0.023 0.042 0.014 155 G 0.027 0.025 0.042 0.144 0.017 0.048 0.033 0.046 0.047 0.391 0.179 156 E 0.028 0.349 0.289 0.071 0.109 0.010 0.019 0.043 0.029 0.036 0.016 157 P 0.118 0.197 0.061 0.022 0.183 0.022 0.029 0.102 0.100 0.078 0.087 158 D 0.065 0.154 0.091 0.023 0.151 0.031 0.057 0.186 0.137 0.070 0.035 159 V 0.162 0.150 0.041 0.007 0.284 0.008 0.027 0.139 0.075 0.065 0.042 160 L 0.171 0.179 0.048 0.013 0.261 0.025 0.025 0.100 0.062 0.052 0.066 161 S 0.140 0.181 0.069 0.017 0.319 0.024 0.037 0.095 0.040 0.040 0.039 162 Q 0.144 0.121 0.036 0.014 0.206 0.015 0.029 0.151 0.108 0.108 0.068 163 S 0.097 0.192 0.078 0.022 0.237 0.026 0.045 0.146 0.070 0.056 0.030 164 M 0.099 0.163 0.066 0.019 0.146 0.024 0.073 0.184 0.091 0.084 0.050 165 S 0.082 0.126 0.096 0.050 0.134 0.037 0.049 0.134 0.095 0.136 0.060 166 S 0.030 0.259 0.133 0.085 0.073 0.067 0.075 0.126 0.082 0.054 0.017 167 D 0.077 0.083 0.075 0.035 0.103 0.020 0.029 0.084 0.074 0.320 0.100 168 K 0.092 0.250 0.083 0.010 0.197 0.013 0.026 0.130 0.108 0.062 0.029 169 E 0.082 0.217 0.073 0.011 0.202 0.029 0.070 0.157 0.063 0.058 0.037 170 E 0.285 0.129 0.022 0.008 0.281 0.011 0.034 0.086 0.041 0.044 0.058 171 M 0.196 0.135 0.020 0.009 0.436 0.021 0.026 0.071 0.024 0.023 0.038 172 Q 0.247 0.104 0.013 0.005 0.505 0.011 0.021 0.038 0.014 0.014 0.028 173 T 0.284 0.075 0.010 0.002 0.575 0.002 0.003 0.010 0.004 0.006 0.029 174 V 0.198 0.140 0.017 0.006 0.532 0.011 0.018 0.023 0.006 0.013 0.036 175 W 0.301 0.115 0.042 0.015 0.294 0.009 0.017 0.046 0.020 0.031 0.110 176 S 0.077 0.083 0.082 0.110 0.116 0.095 0.113 0.153 0.065 0.056 0.049 177 S 0.020 0.204 0.132 0.200 0.044 0.088 0.135 0.079 0.044 0.041 0.013 178 G 0.049 0.031 0.070 0.128 0.041 0.026 0.013 0.032 0.030 0.431 0.148 179 I 0.068 0.238 0.121 0.032 0.180 0.020 0.033 0.104 0.093 0.073 0.038 180 K 0.081 0.140 0.107 0.073 0.105 0.071 0.071 0.082 0.072 0.125 0.074 181 T 0.079 0.144 0.143 0.116 0.125 0.038 0.048 0.081 0.072 0.106 0.048 182 K 0.103 0.149 0.117 0.065 0.136 0.038 0.047 0.096 0.072 0.119 0.059 183 S 0.132 0.143 0.152 0.064 0.159 0.050 0.033 0.067 0.071 0.080 0.049 184 S 0.078 0.129 0.080 0.051 0.108 0.069 0.100 0.131 0.135 0.085 0.034 185 S 0.156 0.093 0.055 0.025 0.149 0.027 0.039 0.050 0.062 0.255 0.090 186 A 0.144 0.183 0.031 0.009 0.367 0.026 0.083 0.040 0.028 0.047 0.043 187 T 0.355 0.082 0.005 0.003 0.466 0.008 0.022 0.005 0.005 0.011 0.038 188 I 0.213 0.051 0.003 0.002 0.713 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 189 E 0.297 0.018 0.001 0.001 0.668 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 190 L 0.282 0.070 0.006 0.001 0.614 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 191 Y 0.202 0.103 0.004 0.003 0.623 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.052 192 F 0.286 0.150 0.167 0.061 0.148 0.009 0.006 0.007 0.007 0.018 0.142 193 E 0.008 0.006 0.018 0.103 0.010 0.220 0.348 0.188 0.077 0.013 0.009 194 N 0.013 0.329 0.154 0.292 0.031 0.045 0.052 0.015 0.022 0.039 0.009 195 G 0.017 0.020 0.059 0.177 0.015 0.036 0.005 0.012 0.018 0.456 0.185 196 L 0.037 0.527 0.128 0.005 0.243 0.002 0.009 0.011 0.010 0.014 0.014 197 L 0.492 0.089 0.013 0.005 0.257 0.007 0.006 0.010 0.013 0.009 0.099 198 K 0.068 0.220 0.105 0.128 0.170 0.120 0.064 0.050 0.026 0.020 0.029 199 N 0.223 0.154 0.076 0.016 0.342 0.008 0.011 0.042 0.025 0.035 0.067 200 K 0.104 0.161 0.084 0.017 0.179 0.035 0.043 0.142 0.107 0.088 0.039 201 T 0.106 0.290 0.102 0.014 0.243 0.011 0.033 0.085 0.038 0.043 0.034 202 Q 0.108 0.092 0.052 0.035 0.136 0.033 0.036 0.179 0.123 0.113 0.094 203 K 0.014 0.239 0.130 0.085 0.047 0.081 0.114 0.174 0.072 0.034 0.010 204 D 0.074 0.040 0.036 0.028 0.062 0.011 0.018 0.062 0.041 0.473 0.155 205 L 0.067 0.295 0.106 0.016 0.211 0.011 0.015 0.112 0.088 0.055 0.023 206 E 0.066 0.206 0.128 0.029 0.139 0.045 0.055 0.189 0.071 0.042 0.031