# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 144 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.572 0.220 0.109 0.064 0.029 0.006 0.001 2 S 0.617 0.234 0.099 0.038 0.010 0.002 0.001 3 M 0.570 0.205 0.137 0.066 0.018 0.004 0.001 4 K 0.688 0.197 0.075 0.030 0.009 0.002 0.001 5 K 0.634 0.241 0.078 0.033 0.011 0.003 0.001 6 T 0.375 0.262 0.172 0.121 0.051 0.018 0.002 7 K 0.288 0.253 0.205 0.148 0.074 0.029 0.003 8 N 0.232 0.233 0.221 0.175 0.089 0.042 0.007 9 W 0.125 0.130 0.167 0.216 0.191 0.130 0.040 10 L 0.082 0.097 0.124 0.199 0.195 0.202 0.101 11 L 0.069 0.092 0.136 0.207 0.212 0.185 0.099 12 V 0.071 0.097 0.128 0.196 0.208 0.182 0.118 13 F 0.063 0.056 0.076 0.179 0.172 0.218 0.235 14 L 0.040 0.035 0.047 0.133 0.122 0.229 0.395 15 T 0.038 0.044 0.073 0.172 0.150 0.187 0.336 16 V 0.037 0.037 0.051 0.116 0.149 0.229 0.380 17 T 0.035 0.046 0.056 0.137 0.140 0.219 0.367 18 F 0.031 0.030 0.042 0.164 0.121 0.214 0.397 19 C 0.033 0.029 0.039 0.162 0.156 0.253 0.328 20 F 0.022 0.029 0.041 0.119 0.174 0.256 0.358 21 L 0.017 0.028 0.043 0.131 0.131 0.240 0.410 22 M 0.018 0.027 0.037 0.101 0.154 0.300 0.363 23 L 0.024 0.049 0.063 0.135 0.232 0.286 0.211 24 G 0.043 0.055 0.065 0.198 0.217 0.286 0.136 25 C 0.035 0.056 0.079 0.188 0.250 0.301 0.091 26 Q 0.052 0.123 0.191 0.304 0.213 0.106 0.012 27 S 0.098 0.169 0.256 0.232 0.185 0.057 0.003 28 K 0.297 0.301 0.215 0.140 0.037 0.008 0.001 29 E 0.683 0.221 0.062 0.024 0.009 0.002 0.001 30 D 0.539 0.224 0.139 0.077 0.018 0.003 0.001 31 K 0.626 0.248 0.083 0.032 0.009 0.001 0.001 32 K 0.609 0.284 0.075 0.026 0.006 0.001 0.001 33 G 0.485 0.267 0.154 0.072 0.019 0.003 0.001 34 G 0.484 0.263 0.160 0.069 0.020 0.003 0.001 35 T 0.434 0.239 0.190 0.100 0.031 0.005 0.001 36 K 0.568 0.262 0.110 0.044 0.014 0.002 0.001 37 P 0.543 0.271 0.113 0.054 0.016 0.003 0.001 38 S 0.539 0.250 0.125 0.060 0.020 0.005 0.001 39 N 0.471 0.249 0.156 0.086 0.030 0.008 0.001 40 E 0.387 0.240 0.183 0.121 0.053 0.014 0.001 41 A 0.415 0.284 0.156 0.092 0.040 0.012 0.001 42 A 0.233 0.234 0.219 0.185 0.092 0.035 0.002 43 L 0.213 0.198 0.233 0.202 0.111 0.041 0.003 44 T 0.325 0.257 0.199 0.134 0.062 0.022 0.002 45 K 0.369 0.250 0.176 0.123 0.060 0.021 0.002 46 T 0.281 0.200 0.221 0.181 0.086 0.029 0.002 47 E 0.492 0.300 0.118 0.058 0.024 0.008 0.001 48 N 0.283 0.225 0.212 0.172 0.077 0.029 0.003 49 L 0.309 0.252 0.198 0.144 0.074 0.022 0.001 50 D 0.339 0.356 0.176 0.082 0.035 0.011 0.001 51 F 0.065 0.102 0.172 0.281 0.276 0.098 0.008 52 R 0.108 0.264 0.260 0.219 0.109 0.038 0.002 53 L 0.100 0.176 0.240 0.251 0.169 0.059 0.004 54 S 0.103 0.258 0.279 0.221 0.104 0.032 0.003 55 F 0.028 0.054 0.106 0.249 0.326 0.217 0.020 56 N 0.127 0.273 0.291 0.201 0.082 0.024 0.002 57 K 0.111 0.255 0.315 0.229 0.066 0.021 0.002 58 I 0.032 0.039 0.067 0.180 0.402 0.252 0.027 59 K 0.060 0.170 0.257 0.283 0.150 0.074 0.006 60 V 0.080 0.165 0.247 0.254 0.163 0.084 0.008 61 T 0.259 0.294 0.220 0.151 0.056 0.018 0.002 62 T 0.215 0.203 0.222 0.197 0.120 0.039 0.004 63 D 0.284 0.305 0.200 0.128 0.059 0.022 0.003 64 Q 0.149 0.179 0.212 0.253 0.145 0.057 0.005 65 N 0.328 0.333 0.180 0.103 0.041 0.014 0.001 66 H 0.157 0.272 0.265 0.192 0.081 0.029 0.004 67 F 0.079 0.070 0.101 0.219 0.317 0.187 0.027 68 S 0.149 0.276 0.233 0.195 0.095 0.046 0.005 69 G 0.170 0.211 0.174 0.183 0.154 0.096 0.013 70 G 0.113 0.180 0.227 0.225 0.165 0.081 0.009 71 T 0.101 0.172 0.210 0.232 0.194 0.081 0.011 72 S 0.124 0.198 0.230 0.196 0.153 0.085 0.014 73 I 0.104 0.158 0.242 0.284 0.156 0.052 0.004 74 E 0.572 0.347 0.056 0.016 0.006 0.002 0.001 75 Q 0.121 0.276 0.295 0.237 0.058 0.012 0.001 76 L 0.041 0.044 0.088 0.191 0.403 0.218 0.015 77 K 0.088 0.260 0.311 0.259 0.070 0.012 0.001 78 Q 0.485 0.412 0.073 0.021 0.007 0.001 0.001 79 W 0.068 0.164 0.282 0.343 0.121 0.022 0.001 80 F 0.090 0.125 0.235 0.275 0.226 0.048 0.001 81 G 0.388 0.352 0.173 0.064 0.020 0.003 0.001 82 D 0.585 0.293 0.086 0.028 0.006 0.001 0.001 83 P 0.450 0.256 0.153 0.099 0.037 0.005 0.001 84 N 0.611 0.266 0.083 0.030 0.009 0.001 0.001 85 K 0.526 0.289 0.119 0.049 0.015 0.002 0.001 86 S 0.457 0.284 0.167 0.070 0.020 0.003 0.001 87 E 0.375 0.241 0.221 0.122 0.035 0.005 0.001 88 Q 0.551 0.258 0.127 0.048 0.014 0.003 0.001 89 R 0.382 0.228 0.217 0.127 0.040 0.007 0.001 90 N 0.593 0.274 0.089 0.032 0.009 0.002 0.001 91 A 0.421 0.261 0.166 0.105 0.036 0.010 0.001 92 G 0.450 0.261 0.159 0.087 0.034 0.009 0.001 93 N 0.407 0.333 0.161 0.069 0.023 0.007 0.001 94 I 0.142 0.179 0.214 0.244 0.163 0.053 0.005 95 T 0.074 0.206 0.232 0.250 0.155 0.076 0.008 96 L 0.041 0.061 0.104 0.203 0.271 0.269 0.051 97 D 0.058 0.154 0.213 0.260 0.188 0.110 0.017 98 S 0.059 0.107 0.143 0.227 0.247 0.178 0.039 99 Y 0.034 0.069 0.100 0.172 0.288 0.280 0.057 100 T 0.070 0.186 0.216 0.221 0.178 0.110 0.019 101 W 0.058 0.093 0.155 0.258 0.256 0.152 0.026 102 V 0.202 0.252 0.234 0.175 0.090 0.041 0.006 103 K 0.244 0.213 0.225 0.184 0.090 0.037 0.006 104 D 0.465 0.307 0.119 0.061 0.032 0.013 0.003 105 G 0.105 0.164 0.186 0.222 0.189 0.110 0.023 106 A 0.025 0.064 0.110 0.191 0.282 0.266 0.062 107 V 0.011 0.033 0.079 0.151 0.254 0.333 0.139 108 I 0.001 0.005 0.010 0.024 0.127 0.463 0.370 109 N 0.003 0.014 0.039 0.098 0.197 0.331 0.318 110 A 0.001 0.002 0.003 0.008 0.058 0.413 0.515 111 Q 0.004 0.034 0.090 0.213 0.269 0.273 0.118 112 L 0.004 0.015 0.041 0.104 0.298 0.437 0.102 113 Y 0.028 0.131 0.283 0.321 0.161 0.069 0.007 114 K 0.194 0.248 0.239 0.179 0.094 0.042 0.004 115 N 0.280 0.251 0.205 0.162 0.075 0.025 0.003 116 S 0.399 0.320 0.143 0.087 0.034 0.015 0.002 117 T 0.132 0.163 0.198 0.226 0.170 0.097 0.015 118 V 0.118 0.182 0.187 0.210 0.183 0.103 0.017 119 A 0.106 0.176 0.203 0.217 0.174 0.105 0.019 120 R 0.092 0.177 0.215 0.227 0.175 0.094 0.020 121 S 0.072 0.180 0.192 0.211 0.209 0.113 0.023 122 I 0.026 0.055 0.089 0.198 0.275 0.281 0.076 123 S 0.027 0.081 0.139 0.224 0.254 0.230 0.045 124 N 0.051 0.134 0.211 0.268 0.185 0.120 0.030 125 F 0.022 0.032 0.057 0.130 0.300 0.380 0.078 126 S 0.072 0.237 0.227 0.191 0.163 0.098 0.011 127 F 0.029 0.087 0.186 0.307 0.250 0.127 0.014 128 S 0.061 0.125 0.213 0.270 0.236 0.089 0.006 129 R 0.272 0.311 0.223 0.130 0.051 0.012 0.001 130 E 0.526 0.350 0.084 0.027 0.009 0.002 0.001 131 A 0.204 0.300 0.224 0.192 0.067 0.013 0.001 132 K 0.067 0.308 0.375 0.190 0.050 0.010 0.001 133 I 0.021 0.054 0.129 0.301 0.338 0.149 0.008 134 G 0.024 0.118 0.264 0.341 0.205 0.046 0.001 135 K 0.111 0.305 0.289 0.221 0.064 0.010 0.001 136 E 0.374 0.505 0.089 0.024 0.008 0.001 0.001 137 D 0.072 0.305 0.262 0.278 0.073 0.010 0.001 138 Y 0.014 0.048 0.193 0.379 0.301 0.064 0.001 139 D 0.323 0.479 0.150 0.039 0.008 0.001 0.001 140 E 0.295 0.435 0.209 0.052 0.008 0.001 0.001 141 L 0.052 0.053 0.130 0.346 0.341 0.074 0.003 142 K 0.239 0.363 0.241 0.119 0.032 0.005 0.001 143 I 0.462 0.367 0.101 0.046 0.019 0.005 0.001 144 G 0.403 0.390 0.136 0.049 0.018 0.003 0.001 145 E 0.153 0.223 0.248 0.245 0.112 0.019 0.001 146 S 0.210 0.267 0.296 0.137 0.072 0.017 0.001 147 Y 0.096 0.147 0.301 0.313 0.119 0.023 0.001 148 K 0.637 0.321 0.033 0.006 0.002 0.001 0.001 149 K 0.175 0.405 0.232 0.154 0.030 0.004 0.001 150 V 0.023 0.042 0.085 0.184 0.439 0.217 0.010 151 V 0.039 0.165 0.345 0.361 0.078 0.012 0.001 152 E 0.478 0.406 0.086 0.023 0.006 0.001 0.001 153 K 0.061 0.167 0.313 0.343 0.099 0.016 0.001 154 L 0.045 0.064 0.138 0.270 0.363 0.116 0.004 155 G 0.269 0.401 0.211 0.083 0.030 0.006 0.001 156 E 0.278 0.322 0.213 0.130 0.045 0.011 0.001 157 P 0.244 0.219 0.206 0.190 0.112 0.028 0.002 158 D 0.403 0.292 0.184 0.088 0.027 0.006 0.001 159 V 0.291 0.271 0.231 0.135 0.056 0.015 0.001 160 L 0.185 0.171 0.196 0.227 0.168 0.050 0.003 161 S 0.341 0.288 0.178 0.117 0.058 0.017 0.001 162 Q 0.333 0.286 0.197 0.124 0.044 0.014 0.001 163 S 0.297 0.208 0.224 0.161 0.088 0.022 0.001 164 M 0.451 0.312 0.143 0.069 0.020 0.005 0.001 165 S 0.409 0.223 0.198 0.116 0.042 0.011 0.001 166 S 0.571 0.215 0.127 0.064 0.018 0.004 0.001 167 D 0.732 0.204 0.046 0.013 0.004 0.001 0.001 168 K 0.377 0.278 0.175 0.117 0.042 0.009 0.001 169 E 0.285 0.359 0.178 0.102 0.058 0.017 0.001 170 E 0.042 0.130 0.194 0.291 0.214 0.116 0.013 171 M 0.013 0.045 0.107 0.212 0.306 0.279 0.037 172 Q 0.012 0.045 0.116 0.242 0.280 0.253 0.053 173 T 0.003 0.010 0.023 0.049 0.218 0.491 0.206 174 V 0.004 0.014 0.029 0.070 0.188 0.429 0.268 175 W 0.005 0.018 0.038 0.110 0.221 0.377 0.231 176 S 0.017 0.065 0.156 0.283 0.257 0.183 0.038 177 S 0.068 0.168 0.275 0.252 0.163 0.070 0.006 178 G 0.199 0.293 0.199 0.175 0.091 0.039 0.003 179 I 0.112 0.128 0.234 0.257 0.189 0.075 0.005 180 K 0.275 0.235 0.249 0.172 0.049 0.019 0.001 181 T 0.539 0.280 0.109 0.046 0.020 0.006 0.001 182 K 0.464 0.282 0.133 0.082 0.031 0.008 0.001 183 S 0.264 0.268 0.205 0.142 0.089 0.029 0.003 184 S 0.162 0.239 0.263 0.212 0.089 0.032 0.003 185 S 0.123 0.313 0.279 0.152 0.094 0.035 0.005 186 A 0.018 0.075 0.140 0.323 0.299 0.133 0.014 187 T 0.003 0.029 0.119 0.278 0.303 0.240 0.028 188 I 0.001 0.002 0.003 0.012 0.104 0.678 0.201 189 E 0.001 0.021 0.141 0.456 0.251 0.117 0.012 190 L 0.001 0.002 0.004 0.011 0.094 0.690 0.200 191 Y 0.001 0.019 0.138 0.329 0.335 0.161 0.017 192 F 0.003 0.015 0.056 0.209 0.405 0.288 0.024 193 E 0.112 0.425 0.236 0.130 0.082 0.015 0.001 194 N 0.390 0.423 0.113 0.051 0.019 0.004 0.001 195 G 0.225 0.388 0.240 0.118 0.026 0.003 0.001 196 L 0.123 0.337 0.315 0.172 0.045 0.007 0.001 197 L 0.060 0.074 0.167 0.300 0.311 0.084 0.003 198 K 0.172 0.318 0.271 0.164 0.065 0.010 0.001 199 N 0.313 0.387 0.197 0.075 0.023 0.004 0.001 200 K 0.263 0.317 0.240 0.138 0.038 0.005 0.001 201 T 0.300 0.281 0.203 0.138 0.067 0.011 0.001 202 Q 0.308 0.249 0.257 0.143 0.037 0.005 0.001 203 K 0.768 0.209 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 204 D 0.599 0.299 0.076 0.022 0.003 0.001 0.001 205 L 0.207 0.099 0.256 0.290 0.129 0.018 0.001 206 E 0.768 0.203 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001