# TARGET T0399 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.006 0.001 0.014 0.161 0.810 2 S 0.029 0.035 0.010 0.061 0.209 0.657 3 M 0.038 0.019 0.056 0.150 0.334 0.402 4 K 0.042 0.006 0.116 0.184 0.395 0.257 5 K 0.089 0.030 0.062 0.241 0.331 0.248 6 T 0.113 0.032 0.024 0.349 0.191 0.292 7 K 0.051 0.008 0.011 0.748 0.065 0.117 8 N 0.029 0.003 0.007 0.876 0.030 0.055 9 W 0.008 0.001 0.003 0.970 0.006 0.012 10 L 0.004 0.001 0.002 0.989 0.002 0.003 11 L 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 13 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 17 T 0.002 0.001 0.002 0.992 0.001 0.002 18 F 0.002 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 19 C 0.002 0.001 0.005 0.990 0.002 0.001 20 F 0.004 0.001 0.005 0.985 0.003 0.002 21 L 0.008 0.001 0.005 0.976 0.006 0.004 22 M 0.024 0.001 0.005 0.945 0.013 0.012 23 L 0.065 0.005 0.005 0.857 0.032 0.035 24 G 0.141 0.011 0.010 0.569 0.113 0.156 25 C 0.133 0.026 0.010 0.172 0.283 0.376 26 Q 0.056 0.017 0.022 0.083 0.528 0.294 27 S 0.027 0.009 0.055 0.086 0.635 0.188 28 K 0.030 0.016 0.089 0.073 0.644 0.148 29 E 0.038 0.016 0.075 0.073 0.589 0.209 30 D 0.061 0.025 0.046 0.069 0.464 0.335 31 K 0.069 0.032 0.037 0.070 0.408 0.384 32 K 0.088 0.037 0.041 0.074 0.398 0.361 33 G 0.085 0.026 0.043 0.099 0.392 0.354 34 G 0.084 0.018 0.036 0.112 0.384 0.367 35 T 0.104 0.023 0.051 0.165 0.346 0.311 36 K 0.115 0.018 0.040 0.179 0.310 0.339 37 P 0.136 0.014 0.034 0.174 0.266 0.376 38 S 0.176 0.032 0.030 0.251 0.200 0.312 39 N 0.178 0.020 0.027 0.244 0.184 0.347 40 E 0.161 0.015 0.043 0.323 0.218 0.240 41 A 0.086 0.008 0.074 0.406 0.253 0.173 42 A 0.075 0.007 0.078 0.397 0.268 0.176 43 L 0.082 0.012 0.059 0.337 0.268 0.242 44 T 0.090 0.023 0.038 0.355 0.193 0.301 45 K 0.094 0.019 0.046 0.375 0.209 0.257 46 T 0.061 0.010 0.050 0.477 0.209 0.194 47 E 0.051 0.010 0.041 0.488 0.192 0.217 48 N 0.051 0.012 0.040 0.536 0.177 0.184 49 L 0.044 0.005 0.053 0.632 0.167 0.099 50 D 0.055 0.008 0.066 0.603 0.166 0.102 51 F 0.049 0.010 0.071 0.583 0.176 0.110 52 R 0.057 0.010 0.053 0.399 0.276 0.205 53 L 0.042 0.007 0.053 0.359 0.323 0.216 54 S 0.041 0.011 0.048 0.288 0.349 0.262 55 F 0.045 0.011 0.070 0.310 0.338 0.226 56 N 0.069 0.010 0.055 0.203 0.335 0.329 57 K 0.251 0.014 0.048 0.177 0.217 0.293 58 I 0.457 0.018 0.020 0.139 0.130 0.236 59 K 0.577 0.021 0.011 0.094 0.095 0.202 60 V 0.474 0.012 0.014 0.148 0.116 0.237 61 T 0.439 0.010 0.033 0.168 0.143 0.207 62 T 0.480 0.010 0.063 0.178 0.153 0.117 63 D 0.459 0.008 0.090 0.182 0.164 0.098 64 Q 0.380 0.011 0.093 0.183 0.206 0.127 65 N 0.283 0.011 0.074 0.185 0.255 0.193 66 H 0.368 0.011 0.020 0.096 0.219 0.287 67 F 0.448 0.056 0.012 0.043 0.178 0.263 68 S 0.347 0.075 0.010 0.021 0.401 0.146 69 G 0.191 0.009 0.017 0.016 0.589 0.179 70 G 0.068 0.008 0.009 0.006 0.631 0.278 71 T 0.094 0.144 0.003 0.005 0.372 0.381 72 S 0.040 0.032 0.001 0.008 0.054 0.866 73 I 0.001 0.001 0.019 0.950 0.020 0.010 74 E 0.001 0.001 0.020 0.963 0.015 0.002 75 Q 0.001 0.001 0.019 0.976 0.005 0.001 76 L 0.001 0.001 0.008 0.986 0.006 0.001 77 K 0.001 0.001 0.008 0.985 0.006 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.015 0.967 0.016 0.002 79 W 0.001 0.001 0.008 0.946 0.030 0.015 80 F 0.001 0.005 0.006 0.810 0.075 0.103 81 G 0.005 0.011 0.004 0.086 0.166 0.729 82 D 0.031 0.014 0.017 0.031 0.323 0.583 83 P 0.083 0.013 0.081 0.030 0.412 0.382 84 N 0.061 0.014 0.136 0.023 0.504 0.263 85 K 0.096 0.019 0.119 0.019 0.539 0.207 86 S 0.126 0.016 0.070 0.028 0.490 0.270 87 E 0.150 0.028 0.041 0.030 0.422 0.328 88 Q 0.213 0.032 0.037 0.043 0.341 0.335 89 R 0.332 0.037 0.047 0.056 0.294 0.235 90 N 0.412 0.017 0.036 0.036 0.296 0.202 91 A 0.365 0.016 0.052 0.030 0.442 0.096 92 G 0.161 0.004 0.049 0.023 0.638 0.125 93 N 0.286 0.005 0.021 0.007 0.520 0.160 94 I 0.680 0.008 0.005 0.002 0.167 0.138 95 T 0.889 0.004 0.001 0.001 0.034 0.070 96 L 0.958 0.005 0.001 0.001 0.011 0.025 97 D 0.948 0.001 0.001 0.001 0.020 0.030 98 S 0.971 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 99 Y 0.981 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 100 T 0.977 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 101 W 0.970 0.002 0.001 0.001 0.015 0.013 102 V 0.888 0.006 0.003 0.001 0.079 0.022 103 K 0.408 0.007 0.019 0.004 0.511 0.051 104 D 0.056 0.002 0.026 0.003 0.876 0.036 105 G 0.081 0.004 0.060 0.005 0.803 0.047 106 A 0.678 0.012 0.008 0.002 0.191 0.109 107 V 0.940 0.003 0.001 0.001 0.019 0.037 108 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 109 N 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 110 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 111 Q 0.982 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 112 L 0.917 0.004 0.001 0.001 0.033 0.044 113 Y 0.526 0.020 0.002 0.001 0.406 0.045 114 K 0.070 0.004 0.003 0.002 0.882 0.040 115 N 0.059 0.002 0.004 0.002 0.880 0.053 116 S 0.673 0.009 0.001 0.002 0.260 0.054 117 T 0.957 0.005 0.001 0.001 0.011 0.025 118 V 0.962 0.003 0.001 0.004 0.006 0.026 119 A 0.957 0.005 0.001 0.009 0.011 0.016 120 R 0.886 0.004 0.008 0.021 0.038 0.042 121 S 0.755 0.002 0.018 0.037 0.105 0.083 122 I 0.542 0.009 0.059 0.118 0.190 0.081 123 S 0.211 0.009 0.091 0.166 0.324 0.199 124 N 0.153 0.010 0.013 0.021 0.338 0.466 125 F 0.261 0.016 0.013 0.013 0.257 0.441 126 S 0.333 0.045 0.010 0.018 0.223 0.371 127 F 0.193 0.042 0.066 0.071 0.364 0.264 128 S 0.064 0.011 0.080 0.061 0.618 0.167 129 R 0.050 0.007 0.146 0.084 0.576 0.137 130 E 0.072 0.014 0.091 0.047 0.632 0.145 131 A 0.090 0.012 0.050 0.036 0.581 0.231 132 K 0.092 0.026 0.019 0.018 0.322 0.524 133 I 0.099 0.075 0.005 0.010 0.216 0.595 134 G 0.052 0.012 0.003 0.030 0.131 0.772 135 K 0.010 0.001 0.057 0.834 0.057 0.040 136 E 0.008 0.002 0.058 0.856 0.057 0.019 137 D 0.004 0.001 0.033 0.921 0.028 0.013 138 Y 0.003 0.001 0.014 0.958 0.012 0.012 139 D 0.003 0.001 0.010 0.964 0.014 0.008 140 E 0.002 0.001 0.016 0.946 0.023 0.013 141 L 0.005 0.001 0.019 0.919 0.036 0.021 142 K 0.007 0.005 0.046 0.801 0.117 0.024 143 I 0.007 0.001 0.036 0.557 0.273 0.126 144 G 0.005 0.002 0.007 0.022 0.387 0.577 145 E 0.021 0.059 0.002 0.007 0.244 0.667 146 S 0.007 0.017 0.001 0.007 0.044 0.924 147 Y 0.001 0.001 0.018 0.945 0.018 0.017 148 K 0.001 0.001 0.013 0.974 0.009 0.003 149 K 0.001 0.001 0.007 0.991 0.001 0.001 150 V 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 151 V 0.001 0.001 0.004 0.993 0.003 0.001 152 E 0.001 0.001 0.006 0.988 0.005 0.001 153 K 0.001 0.001 0.004 0.973 0.017 0.006 154 L 0.001 0.002 0.003 0.853 0.067 0.074 155 G 0.003 0.009 0.005 0.137 0.183 0.663 156 E 0.015 0.011 0.013 0.052 0.277 0.631 157 P 0.045 0.010 0.124 0.064 0.356 0.401 158 D 0.051 0.010 0.196 0.068 0.363 0.313 159 V 0.132 0.020 0.196 0.071 0.350 0.231 160 L 0.197 0.021 0.111 0.117 0.307 0.247 161 S 0.245 0.026 0.067 0.170 0.253 0.239 162 Q 0.332 0.028 0.081 0.212 0.217 0.129 163 S 0.289 0.015 0.092 0.209 0.257 0.138 164 M 0.343 0.012 0.078 0.121 0.293 0.153 165 S 0.314 0.014 0.063 0.083 0.394 0.132 166 S 0.167 0.009 0.057 0.052 0.540 0.176 167 D 0.140 0.008 0.027 0.017 0.570 0.238 168 K 0.248 0.015 0.029 0.018 0.479 0.211 169 E 0.458 0.010 0.015 0.015 0.258 0.244 170 E 0.772 0.006 0.005 0.008 0.095 0.114 171 M 0.909 0.006 0.002 0.003 0.034 0.046 172 Q 0.937 0.003 0.001 0.003 0.016 0.040 173 T 0.967 0.001 0.001 0.003 0.009 0.020 174 V 0.966 0.002 0.001 0.003 0.009 0.019 175 W 0.944 0.003 0.002 0.004 0.022 0.025 176 S 0.896 0.002 0.007 0.008 0.048 0.039 177 S 0.735 0.004 0.009 0.011 0.124 0.117 178 G 0.681 0.008 0.003 0.004 0.156 0.148 179 I 0.794 0.022 0.003 0.002 0.095 0.084 180 K 0.753 0.024 0.005 0.003 0.122 0.093 181 T 0.423 0.027 0.026 0.004 0.402 0.118 182 K 0.115 0.013 0.035 0.004 0.684 0.148 183 S 0.042 0.007 0.071 0.004 0.791 0.085 184 S 0.053 0.007 0.091 0.005 0.719 0.126 185 S 0.219 0.021 0.070 0.003 0.512 0.174 186 A 0.558 0.028 0.020 0.001 0.219 0.174 187 T 0.770 0.005 0.003 0.001 0.066 0.155 188 I 0.938 0.003 0.001 0.001 0.021 0.038 189 E 0.973 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 190 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 191 Y 0.986 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 192 F 0.970 0.001 0.001 0.001 0.020 0.008 193 E 0.788 0.005 0.001 0.001 0.175 0.029 194 N 0.094 0.001 0.005 0.008 0.854 0.037 195 G 0.089 0.003 0.015 0.031 0.807 0.054 196 L 0.697 0.015 0.005 0.032 0.172 0.080 197 L 0.912 0.006 0.001 0.019 0.022 0.040 198 K 0.923 0.003 0.001 0.010 0.010 0.054 199 N 0.930 0.012 0.003 0.010 0.019 0.026 200 K 0.745 0.006 0.023 0.028 0.088 0.110 201 T 0.480 0.006 0.059 0.037 0.265 0.153 202 Q 0.272 0.007 0.151 0.054 0.402 0.115 203 K 0.122 0.010 0.138 0.061 0.465 0.203 204 D 0.089 0.029 0.049 0.030 0.410 0.393 205 L 0.067 0.015 0.013 0.028 0.206 0.672 206 E 0.003 0.004 0.001 0.004 0.039 0.948