# TARGET T0399 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 S 0.010 0.012 0.011 0.282 0.003 0.039 0.642 3 M 0.010 0.004 0.035 0.329 0.124 0.128 0.370 4 K 0.014 0.007 0.067 0.473 0.069 0.142 0.228 5 K 0.030 0.004 0.056 0.529 0.077 0.114 0.189 6 T 0.034 0.004 0.035 0.652 0.059 0.050 0.166 7 K 0.027 0.004 0.011 0.808 0.042 0.016 0.091 8 N 0.013 0.001 0.003 0.923 0.012 0.010 0.037 9 W 0.004 0.001 0.002 0.971 0.004 0.008 0.011 10 L 0.002 0.001 0.001 0.988 0.002 0.004 0.004 11 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.003 0.002 12 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 13 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 17 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 19 C 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 20 F 0.004 0.001 0.001 0.988 0.001 0.004 0.001 21 L 0.006 0.001 0.003 0.976 0.002 0.011 0.002 22 M 0.009 0.001 0.005 0.948 0.004 0.029 0.004 23 L 0.016 0.002 0.006 0.892 0.011 0.061 0.011 24 G 0.033 0.005 0.009 0.675 0.058 0.165 0.056 25 C 0.044 0.011 0.010 0.304 0.164 0.258 0.209 26 Q 0.043 0.021 0.013 0.106 0.265 0.181 0.372 27 S 0.039 0.016 0.035 0.084 0.268 0.262 0.297 28 K 0.035 0.017 0.051 0.084 0.275 0.322 0.216 29 E 0.035 0.016 0.060 0.086 0.254 0.286 0.263 30 D 0.046 0.021 0.044 0.077 0.253 0.228 0.332 31 K 0.054 0.041 0.045 0.085 0.209 0.181 0.384 32 K 0.057 0.027 0.042 0.091 0.270 0.171 0.342 33 G 0.051 0.019 0.042 0.113 0.209 0.235 0.331 34 G 0.055 0.023 0.038 0.127 0.193 0.175 0.388 35 T 0.052 0.024 0.045 0.178 0.182 0.150 0.369 36 K 0.055 0.018 0.052 0.202 0.163 0.171 0.340 37 P 0.063 0.017 0.051 0.214 0.140 0.113 0.402 38 S 0.090 0.025 0.047 0.270 0.120 0.056 0.390 39 N 0.073 0.021 0.048 0.338 0.085 0.058 0.377 40 E 0.025 0.009 0.082 0.474 0.075 0.096 0.239 41 A 0.014 0.005 0.118 0.512 0.060 0.129 0.162 42 A 0.009 0.003 0.105 0.516 0.065 0.189 0.114 43 L 0.010 0.007 0.083 0.527 0.060 0.192 0.121 44 T 0.015 0.014 0.043 0.405 0.122 0.093 0.309 45 K 0.018 0.010 0.051 0.379 0.102 0.123 0.317 46 T 0.014 0.006 0.081 0.510 0.070 0.189 0.129 47 E 0.009 0.006 0.073 0.528 0.082 0.168 0.135 48 N 0.013 0.007 0.063 0.417 0.093 0.078 0.329 49 L 0.011 0.003 0.095 0.648 0.037 0.127 0.078 50 D 0.014 0.004 0.116 0.602 0.036 0.166 0.061 51 F 0.016 0.011 0.098 0.565 0.073 0.123 0.113 52 R 0.029 0.017 0.063 0.429 0.091 0.172 0.199 53 L 0.024 0.006 0.052 0.319 0.133 0.271 0.194 54 S 0.024 0.009 0.044 0.227 0.156 0.266 0.274 55 F 0.040 0.008 0.043 0.240 0.184 0.147 0.338 56 N 0.101 0.007 0.042 0.181 0.151 0.210 0.307 57 K 0.282 0.016 0.038 0.213 0.116 0.075 0.260 58 I 0.439 0.027 0.015 0.191 0.064 0.024 0.240 59 K 0.511 0.020 0.010 0.182 0.038 0.022 0.216 60 V 0.458 0.012 0.021 0.263 0.044 0.051 0.152 61 T 0.363 0.010 0.033 0.265 0.080 0.093 0.155 62 T 0.390 0.009 0.045 0.225 0.100 0.062 0.169 63 D 0.445 0.017 0.042 0.220 0.068 0.057 0.151 64 Q 0.405 0.016 0.050 0.221 0.063 0.114 0.132 65 N 0.359 0.010 0.050 0.155 0.097 0.193 0.137 66 H 0.366 0.028 0.034 0.117 0.112 0.171 0.172 67 F 0.347 0.032 0.029 0.064 0.131 0.072 0.325 68 S 0.307 0.024 0.031 0.038 0.152 0.123 0.326 69 G 0.211 0.014 0.027 0.028 0.195 0.272 0.253 70 G 0.124 0.011 0.010 0.011 0.235 0.178 0.430 71 T 0.137 0.081 0.004 0.007 0.301 0.026 0.444 72 S 0.131 0.120 0.002 0.025 0.157 0.009 0.556 73 I 0.001 0.001 0.043 0.933 0.005 0.013 0.005 74 E 0.001 0.001 0.061 0.917 0.002 0.017 0.002 75 Q 0.001 0.001 0.059 0.917 0.002 0.020 0.002 76 L 0.001 0.001 0.013 0.966 0.005 0.011 0.004 77 K 0.002 0.001 0.033 0.929 0.005 0.022 0.009 78 Q 0.003 0.002 0.034 0.887 0.006 0.062 0.006 79 W 0.002 0.002 0.027 0.831 0.010 0.121 0.008 80 F 0.013 0.017 0.016 0.381 0.158 0.337 0.077 81 G 0.012 0.010 0.007 0.040 0.277 0.198 0.456 82 D 0.025 0.025 0.008 0.026 0.301 0.043 0.571 83 P 0.051 0.017 0.057 0.045 0.214 0.171 0.444 84 N 0.055 0.019 0.089 0.024 0.213 0.250 0.351 85 K 0.100 0.036 0.102 0.033 0.240 0.175 0.313 86 S 0.111 0.025 0.083 0.043 0.206 0.225 0.307 87 E 0.188 0.017 0.048 0.034 0.255 0.169 0.290 88 Q 0.287 0.017 0.029 0.013 0.189 0.082 0.383 89 R 0.601 0.038 0.010 0.011 0.083 0.029 0.228 90 N 0.601 0.031 0.010 0.007 0.039 0.045 0.267 91 A 0.425 0.013 0.041 0.006 0.110 0.205 0.200 92 G 0.064 0.005 0.040 0.003 0.159 0.693 0.035 93 N 0.125 0.002 0.033 0.001 0.240 0.473 0.127 94 I 0.815 0.007 0.001 0.001 0.021 0.006 0.149 95 T 0.951 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 96 L 0.962 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.031 97 D 0.962 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.027 98 S 0.933 0.002 0.003 0.001 0.009 0.002 0.050 99 Y 0.965 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.026 100 T 0.975 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 101 W 0.955 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.034 102 V 0.812 0.006 0.002 0.001 0.022 0.016 0.142 103 K 0.376 0.013 0.011 0.001 0.224 0.240 0.135 104 D 0.117 0.007 0.010 0.001 0.352 0.416 0.097 105 G 0.148 0.004 0.024 0.001 0.389 0.301 0.134 106 A 0.502 0.012 0.008 0.001 0.148 0.038 0.291 107 V 0.909 0.007 0.001 0.001 0.011 0.004 0.068 108 I 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 109 N 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 110 A 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 111 Q 0.981 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 112 L 0.924 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.066 113 Y 0.724 0.004 0.004 0.001 0.061 0.062 0.145 114 K 0.070 0.002 0.007 0.002 0.215 0.675 0.028 115 N 0.026 0.001 0.008 0.002 0.206 0.687 0.069 116 S 0.285 0.016 0.013 0.031 0.125 0.097 0.433 117 T 0.734 0.043 0.005 0.034 0.031 0.024 0.129 118 V 0.832 0.012 0.005 0.061 0.018 0.013 0.060 119 A 0.773 0.006 0.006 0.081 0.018 0.016 0.101 120 R 0.522 0.006 0.026 0.206 0.063 0.047 0.130 121 S 0.402 0.007 0.063 0.247 0.080 0.067 0.134 122 I 0.216 0.011 0.090 0.348 0.080 0.099 0.157 123 S 0.086 0.007 0.058 0.211 0.080 0.458 0.100 124 N 0.059 0.006 0.027 0.061 0.064 0.524 0.259 125 F 0.076 0.024 0.009 0.031 0.069 0.018 0.773 126 S 0.242 0.039 0.017 0.037 0.051 0.030 0.584 127 F 0.166 0.029 0.071 0.081 0.126 0.122 0.405 128 S 0.113 0.015 0.133 0.077 0.124 0.201 0.338 129 R 0.082 0.006 0.162 0.086 0.155 0.268 0.241 130 E 0.063 0.008 0.147 0.062 0.235 0.200 0.286 131 A 0.087 0.007 0.068 0.044 0.416 0.140 0.239 132 K 0.158 0.025 0.027 0.028 0.185 0.123 0.455 133 I 0.144 0.075 0.003 0.009 0.156 0.011 0.602 134 G 0.066 0.020 0.001 0.005 0.028 0.003 0.878 135 K 0.002 0.001 0.068 0.861 0.015 0.038 0.015 136 E 0.001 0.001 0.078 0.851 0.019 0.038 0.011 137 D 0.001 0.001 0.084 0.860 0.010 0.022 0.023 138 Y 0.002 0.001 0.021 0.946 0.005 0.012 0.014 139 D 0.005 0.001 0.021 0.896 0.007 0.058 0.013 140 E 0.005 0.002 0.039 0.829 0.008 0.107 0.011 141 L 0.006 0.005 0.039 0.825 0.035 0.042 0.049 142 K 0.011 0.005 0.072 0.744 0.035 0.089 0.043 143 I 0.004 0.001 0.032 0.335 0.040 0.567 0.020 144 G 0.004 0.002 0.012 0.070 0.098 0.698 0.117 145 E 0.033 0.036 0.004 0.030 0.229 0.035 0.633 146 S 0.062 0.094 0.002 0.043 0.085 0.010 0.703 147 Y 0.001 0.001 0.026 0.956 0.004 0.010 0.003 148 K 0.001 0.001 0.038 0.944 0.002 0.014 0.002 149 K 0.001 0.001 0.035 0.944 0.002 0.016 0.002 150 V 0.002 0.001 0.008 0.975 0.003 0.008 0.003 151 V 0.002 0.001 0.017 0.958 0.003 0.013 0.006 152 E 0.004 0.001 0.019 0.937 0.004 0.032 0.004 153 K 0.002 0.001 0.017 0.893 0.007 0.076 0.004 154 L 0.013 0.011 0.012 0.534 0.122 0.256 0.052 155 G 0.013 0.008 0.005 0.065 0.299 0.179 0.430 156 E 0.020 0.019 0.005 0.034 0.314 0.055 0.554 157 P 0.034 0.011 0.049 0.070 0.196 0.163 0.477 158 D 0.040 0.015 0.097 0.045 0.247 0.246 0.309 159 V 0.113 0.026 0.127 0.086 0.239 0.139 0.270 160 L 0.205 0.033 0.119 0.108 0.118 0.096 0.321 161 S 0.356 0.024 0.085 0.096 0.081 0.077 0.281 162 Q 0.471 0.023 0.074 0.088 0.080 0.076 0.188 163 S 0.491 0.024 0.042 0.074 0.087 0.061 0.222 164 M 0.484 0.027 0.027 0.055 0.093 0.092 0.223 165 S 0.328 0.025 0.033 0.046 0.137 0.115 0.315 166 S 0.063 0.007 0.030 0.034 0.199 0.571 0.097 167 D 0.036 0.003 0.017 0.010 0.154 0.656 0.124 168 K 0.290 0.014 0.009 0.019 0.163 0.079 0.426 169 E 0.507 0.017 0.006 0.021 0.082 0.064 0.303 170 E 0.708 0.010 0.009 0.028 0.064 0.020 0.161 171 M 0.852 0.014 0.004 0.018 0.016 0.004 0.092 172 Q 0.933 0.004 0.005 0.015 0.008 0.002 0.033 173 T 0.966 0.002 0.004 0.010 0.002 0.002 0.015 174 V 0.960 0.002 0.007 0.014 0.003 0.004 0.012 175 W 0.952 0.002 0.007 0.015 0.005 0.006 0.013 176 S 0.884 0.004 0.018 0.026 0.013 0.012 0.043 177 S 0.704 0.003 0.047 0.048 0.056 0.074 0.069 178 G 0.551 0.010 0.049 0.041 0.090 0.150 0.108 179 I 0.566 0.035 0.012 0.014 0.102 0.024 0.247 180 K 0.471 0.041 0.012 0.009 0.069 0.038 0.361 181 T 0.304 0.027 0.033 0.018 0.170 0.210 0.237 182 K 0.110 0.008 0.042 0.009 0.241 0.353 0.237 183 S 0.071 0.010 0.054 0.006 0.310 0.263 0.287 184 S 0.111 0.026 0.044 0.006 0.293 0.302 0.217 185 S 0.123 0.013 0.049 0.004 0.257 0.204 0.350 186 A 0.223 0.012 0.027 0.002 0.284 0.111 0.341 187 T 0.609 0.010 0.007 0.001 0.087 0.042 0.244 188 I 0.859 0.007 0.001 0.001 0.017 0.002 0.114 189 E 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 190 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 191 Y 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 192 F 0.946 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 193 E 0.850 0.002 0.004 0.001 0.024 0.036 0.083 194 N 0.066 0.001 0.014 0.002 0.098 0.805 0.015 195 G 0.047 0.001 0.012 0.001 0.105 0.799 0.035 196 L 0.604 0.015 0.004 0.003 0.034 0.028 0.313 197 L 0.891 0.032 0.001 0.002 0.006 0.006 0.061 198 K 0.886 0.010 0.002 0.011 0.014 0.009 0.068 199 N 0.778 0.009 0.007 0.029 0.036 0.023 0.118 200 K 0.410 0.007 0.031 0.086 0.122 0.078 0.267 201 T 0.206 0.010 0.062 0.118 0.200 0.106 0.298 202 Q 0.100 0.009 0.064 0.243 0.095 0.108 0.381 203 K 0.071 0.007 0.045 0.172 0.167 0.332 0.206 204 D 0.049 0.010 0.023 0.131 0.109 0.408 0.270 205 L 0.006 0.008 0.003 0.018 0.008 0.021 0.937 206 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998