# TARGET T0399 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.299 0.075 0.226 0.146 0.051 0.024 0.093 0.046 0.022 0.018 0.001 2 S 0.388 0.154 0.343 0.030 0.018 0.023 0.016 0.002 0.020 0.005 0.001 3 M 0.566 0.040 0.334 0.024 0.003 0.020 0.004 0.002 0.004 0.002 0.002 4 K 0.631 0.070 0.130 0.102 0.014 0.018 0.020 0.004 0.009 0.001 0.001 5 K 0.562 0.111 0.127 0.091 0.032 0.021 0.031 0.008 0.012 0.004 0.001 6 T 0.411 0.233 0.177 0.072 0.023 0.049 0.009 0.002 0.020 0.002 0.001 7 K 0.534 0.205 0.137 0.046 0.029 0.020 0.006 0.001 0.018 0.002 0.001 8 N 0.509 0.079 0.202 0.066 0.019 0.075 0.021 0.004 0.019 0.003 0.003 9 W 0.888 0.043 0.022 0.028 0.006 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 10 L 0.948 0.020 0.015 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.980 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.985 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 F 0.994 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.983 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.943 0.008 0.003 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.899 0.032 0.014 0.034 0.006 0.006 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 18 F 0.884 0.050 0.017 0.033 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 C 0.839 0.083 0.024 0.028 0.018 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 20 F 0.853 0.076 0.027 0.026 0.007 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 21 L 0.705 0.187 0.035 0.044 0.011 0.007 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 22 M 0.574 0.216 0.111 0.045 0.008 0.022 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 23 L 0.350 0.277 0.163 0.133 0.019 0.027 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 24 G 0.269 0.172 0.158 0.104 0.151 0.032 0.045 0.017 0.023 0.027 0.001 25 C 0.249 0.151 0.169 0.256 0.088 0.038 0.018 0.004 0.020 0.005 0.001 26 Q 0.320 0.123 0.160 0.240 0.081 0.029 0.016 0.007 0.016 0.008 0.001 27 S 0.327 0.137 0.171 0.225 0.068 0.025 0.013 0.009 0.016 0.009 0.001 28 K 0.309 0.209 0.165 0.160 0.060 0.020 0.027 0.011 0.028 0.008 0.001 29 E 0.356 0.149 0.163 0.196 0.036 0.024 0.034 0.010 0.024 0.007 0.001 30 D 0.228 0.118 0.300 0.140 0.040 0.066 0.056 0.008 0.035 0.006 0.001 31 K 0.393 0.135 0.237 0.146 0.028 0.024 0.014 0.005 0.013 0.004 0.001 32 K 0.233 0.141 0.264 0.288 0.019 0.015 0.015 0.003 0.018 0.002 0.001 33 G 0.079 0.056 0.203 0.089 0.127 0.007 0.132 0.208 0.007 0.091 0.001 34 G 0.125 0.128 0.333 0.067 0.145 0.012 0.039 0.065 0.005 0.080 0.001 35 T 0.097 0.389 0.361 0.079 0.037 0.020 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 36 K 0.024 0.272 0.519 0.002 0.066 0.020 0.007 0.001 0.084 0.005 0.001 37 P 0.426 0.008 0.462 0.027 0.001 0.037 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 38 S 0.559 0.110 0.144 0.123 0.031 0.011 0.006 0.006 0.007 0.003 0.001 39 N 0.386 0.109 0.245 0.097 0.047 0.041 0.021 0.009 0.034 0.009 0.001 40 E 0.829 0.027 0.061 0.060 0.004 0.007 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 41 A 0.863 0.014 0.062 0.041 0.003 0.005 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 42 A 0.778 0.014 0.041 0.128 0.006 0.007 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 43 L 0.695 0.035 0.101 0.106 0.009 0.018 0.020 0.004 0.008 0.001 0.001 44 T 0.519 0.137 0.147 0.138 0.015 0.025 0.006 0.002 0.010 0.001 0.001 45 K 0.556 0.088 0.231 0.041 0.018 0.023 0.014 0.003 0.022 0.004 0.001 46 T 0.821 0.027 0.070 0.044 0.015 0.005 0.005 0.005 0.002 0.005 0.001 47 E 0.817 0.029 0.052 0.071 0.015 0.004 0.005 0.003 0.002 0.003 0.001 48 N 0.389 0.059 0.156 0.241 0.024 0.057 0.020 0.007 0.045 0.002 0.001 49 L 0.918 0.016 0.021 0.026 0.002 0.006 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 50 D 0.903 0.013 0.039 0.033 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 F 0.753 0.024 0.024 0.183 0.006 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 52 R 0.642 0.058 0.088 0.103 0.021 0.019 0.045 0.008 0.013 0.002 0.001 53 L 0.504 0.135 0.180 0.108 0.019 0.023 0.013 0.003 0.012 0.002 0.001 54 S 0.343 0.188 0.154 0.192 0.028 0.031 0.030 0.006 0.025 0.004 0.001 55 F 0.331 0.187 0.248 0.089 0.053 0.020 0.031 0.007 0.025 0.009 0.001 56 N 0.282 0.101 0.179 0.188 0.023 0.061 0.129 0.005 0.029 0.002 0.001 57 K 0.144 0.366 0.315 0.080 0.026 0.042 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 58 I 0.038 0.664 0.214 0.014 0.015 0.026 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 59 K 0.027 0.572 0.299 0.005 0.013 0.049 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 60 V 0.067 0.506 0.322 0.018 0.017 0.047 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 61 T 0.126 0.436 0.132 0.047 0.189 0.025 0.008 0.007 0.022 0.009 0.001 62 T 0.254 0.366 0.154 0.058 0.125 0.013 0.006 0.002 0.015 0.006 0.001 63 D 0.237 0.205 0.226 0.109 0.057 0.069 0.032 0.008 0.050 0.005 0.002 64 Q 0.390 0.215 0.181 0.100 0.032 0.029 0.022 0.004 0.023 0.004 0.001 65 N 0.267 0.146 0.141 0.233 0.052 0.049 0.074 0.010 0.024 0.004 0.001 66 H 0.185 0.292 0.151 0.160 0.115 0.026 0.034 0.010 0.021 0.005 0.001 67 F 0.103 0.443 0.247 0.066 0.079 0.028 0.010 0.003 0.016 0.004 0.001 68 S 0.143 0.354 0.187 0.158 0.058 0.035 0.021 0.004 0.037 0.003 0.001 69 G 0.067 0.092 0.142 0.123 0.186 0.009 0.226 0.099 0.015 0.041 0.001 70 G 0.024 0.025 0.109 0.034 0.157 0.005 0.051 0.231 0.002 0.362 0.001 71 T 0.032 0.281 0.409 0.033 0.223 0.010 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 72 S 0.032 0.195 0.414 0.008 0.229 0.051 0.001 0.001 0.031 0.037 0.001 73 I 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 W 0.922 0.001 0.002 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 F 0.528 0.005 0.026 0.432 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 81 G 0.216 0.008 0.096 0.094 0.024 0.004 0.066 0.295 0.003 0.194 0.001 82 D 0.038 0.092 0.700 0.006 0.007 0.035 0.010 0.001 0.111 0.001 0.001 83 P 0.415 0.003 0.544 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 84 N 0.430 0.056 0.115 0.240 0.026 0.052 0.042 0.016 0.019 0.002 0.001 85 K 0.379 0.144 0.169 0.234 0.021 0.026 0.007 0.002 0.016 0.001 0.001 86 S 0.237 0.249 0.225 0.164 0.080 0.017 0.005 0.004 0.014 0.004 0.001 87 E 0.230 0.195 0.205 0.156 0.121 0.025 0.023 0.008 0.027 0.010 0.001 88 Q 0.184 0.240 0.377 0.095 0.036 0.043 0.004 0.002 0.016 0.001 0.002 89 R 0.169 0.426 0.214 0.079 0.057 0.017 0.005 0.002 0.025 0.005 0.001 90 N 0.119 0.215 0.372 0.077 0.035 0.079 0.042 0.004 0.051 0.005 0.002 91 A 0.208 0.128 0.282 0.220 0.040 0.019 0.056 0.013 0.021 0.011 0.001 92 G 0.044 0.018 0.040 0.058 0.070 0.002 0.214 0.370 0.002 0.182 0.001 93 N 0.056 0.145 0.206 0.274 0.048 0.064 0.169 0.015 0.019 0.003 0.001 94 I 0.003 0.674 0.248 0.003 0.055 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 95 T 0.004 0.803 0.140 0.003 0.025 0.017 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 96 L 0.007 0.714 0.168 0.002 0.075 0.023 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 97 D 0.170 0.550 0.044 0.108 0.106 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 98 S 0.007 0.626 0.031 0.008 0.317 0.003 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 99 Y 0.012 0.753 0.088 0.009 0.094 0.013 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 100 T 0.013 0.814 0.038 0.008 0.107 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 101 W 0.030 0.559 0.151 0.033 0.164 0.033 0.005 0.002 0.017 0.005 0.001 102 V 0.056 0.549 0.193 0.058 0.083 0.027 0.004 0.002 0.022 0.004 0.001 103 K 0.130 0.520 0.071 0.036 0.119 0.020 0.034 0.004 0.046 0.021 0.001 104 D 0.054 0.043 0.075 0.226 0.021 0.031 0.476 0.004 0.063 0.004 0.003 105 G 0.011 0.007 0.030 0.021 0.069 0.001 0.097 0.695 0.001 0.067 0.002 106 A 0.013 0.519 0.313 0.021 0.114 0.008 0.002 0.002 0.004 0.004 0.001 107 V 0.001 0.820 0.108 0.001 0.054 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 108 I 0.001 0.886 0.073 0.001 0.021 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 109 N 0.001 0.757 0.191 0.001 0.012 0.025 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 110 A 0.001 0.893 0.034 0.001 0.051 0.007 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 111 Q 0.002 0.831 0.121 0.001 0.007 0.025 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 112 L 0.009 0.519 0.365 0.005 0.012 0.063 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 113 Y 0.070 0.609 0.120 0.017 0.043 0.033 0.008 0.001 0.094 0.003 0.001 114 K 0.094 0.043 0.237 0.124 0.017 0.044 0.387 0.006 0.024 0.021 0.003 115 N 0.016 0.021 0.039 0.085 0.040 0.016 0.494 0.280 0.003 0.005 0.001 116 S 0.090 0.525 0.180 0.096 0.055 0.016 0.018 0.004 0.015 0.002 0.001 117 T 0.029 0.552 0.316 0.006 0.060 0.021 0.003 0.001 0.009 0.003 0.001 118 V 0.069 0.792 0.068 0.019 0.026 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 119 A 0.056 0.549 0.184 0.015 0.160 0.017 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 120 R 0.161 0.539 0.157 0.012 0.056 0.039 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 121 S 0.328 0.362 0.176 0.015 0.061 0.042 0.003 0.001 0.008 0.003 0.001 122 I 0.300 0.392 0.094 0.137 0.034 0.014 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 123 S 0.259 0.094 0.448 0.129 0.038 0.006 0.015 0.003 0.003 0.005 0.001 124 N 0.008 0.001 0.003 0.066 0.002 0.009 0.812 0.089 0.009 0.001 0.001 125 F 0.008 0.295 0.629 0.012 0.010 0.033 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 126 S 0.034 0.513 0.303 0.032 0.035 0.061 0.006 0.001 0.013 0.002 0.001 127 F 0.247 0.362 0.162 0.102 0.061 0.022 0.011 0.006 0.021 0.005 0.001 128 S 0.318 0.176 0.240 0.091 0.053 0.031 0.029 0.009 0.044 0.008 0.001 129 R 0.628 0.063 0.066 0.123 0.031 0.022 0.042 0.010 0.009 0.007 0.001 130 E 0.512 0.061 0.151 0.218 0.010 0.022 0.014 0.003 0.006 0.001 0.002 131 A 0.354 0.153 0.258 0.115 0.046 0.015 0.029 0.008 0.020 0.002 0.001 132 K 0.207 0.080 0.205 0.230 0.021 0.070 0.153 0.007 0.023 0.002 0.002 133 I 0.027 0.385 0.449 0.062 0.032 0.033 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 134 G 0.004 0.223 0.432 0.004 0.275 0.030 0.001 0.001 0.015 0.015 0.001 135 K 0.976 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 E 0.973 0.002 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 D 0.896 0.003 0.013 0.072 0.001 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 138 Y 0.983 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 D 0.980 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 E 0.826 0.009 0.003 0.155 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 L 0.676 0.068 0.116 0.098 0.008 0.017 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 142 K 0.775 0.052 0.061 0.059 0.007 0.013 0.021 0.002 0.008 0.001 0.001 143 I 0.363 0.050 0.198 0.359 0.009 0.008 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 144 G 0.069 0.003 0.034 0.043 0.017 0.002 0.048 0.596 0.002 0.186 0.001 145 E 0.047 0.160 0.647 0.033 0.036 0.048 0.013 0.001 0.013 0.002 0.001 146 S 0.050 0.172 0.655 0.010 0.043 0.043 0.003 0.002 0.012 0.011 0.001 147 Y 0.986 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 E 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.962 0.003 0.005 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.598 0.007 0.024 0.367 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 G 0.130 0.005 0.068 0.040 0.033 0.003 0.063 0.450 0.003 0.205 0.001 156 E 0.056 0.108 0.689 0.009 0.027 0.023 0.009 0.001 0.067 0.011 0.001 157 P 0.291 0.002 0.644 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 158 D 0.735 0.011 0.045 0.176 0.008 0.010 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 159 V 0.443 0.261 0.095 0.095 0.060 0.019 0.007 0.002 0.017 0.001 0.001 160 L 0.533 0.222 0.123 0.077 0.014 0.017 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 161 S 0.587 0.167 0.076 0.084 0.051 0.015 0.004 0.002 0.012 0.002 0.001 162 Q 0.404 0.224 0.153 0.117 0.052 0.023 0.007 0.002 0.017 0.001 0.001 163 S 0.459 0.154 0.186 0.104 0.052 0.017 0.006 0.004 0.014 0.004 0.001 164 M 0.310 0.181 0.147 0.231 0.049 0.031 0.019 0.005 0.024 0.002 0.001 165 S 0.263 0.177 0.205 0.215 0.063 0.024 0.016 0.007 0.017 0.011 0.001 166 S 0.206 0.158 0.205 0.188 0.152 0.015 0.018 0.008 0.014 0.035 0.001 167 D 0.110 0.056 0.238 0.184 0.070 0.149 0.100 0.015 0.062 0.014 0.002 168 K 0.583 0.077 0.089 0.184 0.017 0.016 0.018 0.007 0.007 0.001 0.001 169 E 0.489 0.106 0.105 0.237 0.022 0.011 0.016 0.005 0.007 0.001 0.001 170 E 0.201 0.461 0.151 0.070 0.087 0.013 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 171 M 0.084 0.672 0.122 0.027 0.075 0.010 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 172 Q 0.112 0.670 0.114 0.018 0.063 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 173 T 0.048 0.749 0.120 0.003 0.061 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 174 V 0.090 0.794 0.056 0.012 0.017 0.012 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 175 W 0.079 0.666 0.142 0.011 0.072 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 176 S 0.207 0.468 0.118 0.078 0.078 0.024 0.003 0.001 0.020 0.002 0.001 177 S 0.149 0.236 0.183 0.263 0.128 0.005 0.013 0.003 0.010 0.010 0.001 178 G 0.028 0.014 0.047 0.035 0.070 0.010 0.413 0.325 0.011 0.047 0.001 179 I 0.051 0.413 0.444 0.025 0.029 0.026 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 180 K 0.105 0.454 0.224 0.068 0.047 0.055 0.010 0.003 0.030 0.003 0.001 181 T 0.103 0.450 0.177 0.129 0.087 0.019 0.008 0.003 0.020 0.003 0.001 182 K 0.108 0.160 0.151 0.103 0.145 0.058 0.122 0.036 0.083 0.033 0.001 183 S 0.179 0.112 0.218 0.251 0.090 0.035 0.059 0.013 0.025 0.016 0.002 184 S 0.260 0.062 0.173 0.339 0.066 0.019 0.035 0.023 0.008 0.012 0.002 185 S 0.110 0.180 0.251 0.200 0.167 0.009 0.020 0.036 0.010 0.016 0.001 186 A 0.044 0.332 0.298 0.087 0.191 0.013 0.011 0.006 0.008 0.009 0.001 187 T 0.003 0.749 0.087 0.007 0.142 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 188 I 0.001 0.845 0.078 0.001 0.061 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 189 E 0.001 0.769 0.192 0.001 0.007 0.020 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 190 L 0.001 0.911 0.043 0.001 0.016 0.013 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 191 Y 0.002 0.913 0.049 0.001 0.009 0.014 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 192 F 0.005 0.642 0.192 0.004 0.098 0.036 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 193 E 0.026 0.764 0.049 0.010 0.025 0.024 0.003 0.001 0.096 0.002 0.001 194 N 0.017 0.006 0.033 0.049 0.011 0.012 0.829 0.006 0.013 0.023 0.001 195 G 0.012 0.001 0.012 0.013 0.018 0.001 0.204 0.716 0.001 0.022 0.001 196 L 0.247 0.435 0.210 0.053 0.029 0.014 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 197 L 0.120 0.360 0.353 0.029 0.018 0.079 0.011 0.001 0.027 0.002 0.001 198 K 0.500 0.263 0.108 0.077 0.023 0.016 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 199 N 0.155 0.164 0.296 0.130 0.108 0.055 0.039 0.008 0.043 0.002 0.001 200 K 0.388 0.163 0.229 0.069 0.039 0.031 0.036 0.010 0.027 0.007 0.001 201 T 0.392 0.252 0.159 0.081 0.058 0.027 0.010 0.007 0.010 0.004 0.001 202 Q 0.425 0.138 0.105 0.231 0.016 0.037 0.017 0.002 0.026 0.002 0.001 203 K 0.363 0.171 0.130 0.266 0.026 0.011 0.014 0.002 0.014 0.003 0.001 204 D 0.020 0.002 0.017 0.056 0.003 0.085 0.785 0.005 0.025 0.001 0.001 205 L 0.386 0.083 0.183 0.314 0.006 0.018 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 206 E 0.308 0.173 0.256 0.133 0.046 0.027 0.015 0.011 0.013 0.018 0.001