# TARGET T0399 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.132 0.120 0.072 0.032 0.139 0.022 0.020 0.157 0.082 0.145 0.079 2 S 0.051 0.260 0.132 0.031 0.130 0.023 0.028 0.209 0.066 0.050 0.019 3 M 0.098 0.134 0.051 0.010 0.153 0.008 0.019 0.325 0.108 0.059 0.036 4 K 0.048 0.073 0.039 0.025 0.078 0.024 0.032 0.419 0.164 0.072 0.026 5 K 0.038 0.132 0.040 0.006 0.119 0.008 0.025 0.470 0.110 0.039 0.012 6 T 0.114 0.055 0.012 0.004 0.127 0.006 0.019 0.418 0.137 0.071 0.036 7 K 0.034 0.132 0.036 0.013 0.112 0.019 0.029 0.510 0.092 0.016 0.007 8 N 0.028 0.022 0.010 0.002 0.044 0.003 0.020 0.726 0.110 0.022 0.014 9 W 0.005 0.006 0.003 0.001 0.008 0.002 0.010 0.793 0.150 0.017 0.004 10 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.893 0.088 0.004 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.929 0.062 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.052 0.001 0.001 13 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.041 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.050 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.926 0.072 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.941 0.052 0.001 0.001 17 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.920 0.072 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.915 0.064 0.001 0.001 19 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.901 0.065 0.002 0.001 20 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.058 0.822 0.104 0.003 0.001 21 L 0.005 0.005 0.001 0.001 0.011 0.010 0.086 0.769 0.103 0.007 0.002 22 M 0.019 0.008 0.002 0.001 0.029 0.012 0.113 0.677 0.100 0.029 0.010 23 L 0.031 0.033 0.006 0.006 0.059 0.029 0.120 0.423 0.162 0.110 0.020 24 G 0.038 0.127 0.038 0.030 0.105 0.039 0.077 0.241 0.144 0.138 0.022 25 C 0.074 0.166 0.060 0.029 0.159 0.036 0.062 0.132 0.099 0.145 0.039 26 Q 0.064 0.155 0.047 0.030 0.118 0.031 0.071 0.168 0.155 0.119 0.041 27 S 0.053 0.103 0.054 0.049 0.082 0.041 0.058 0.168 0.159 0.181 0.052 28 K 0.047 0.131 0.068 0.044 0.111 0.038 0.053 0.193 0.154 0.125 0.035 29 E 0.056 0.097 0.063 0.045 0.082 0.052 0.057 0.137 0.124 0.227 0.061 30 D 0.084 0.159 0.091 0.039 0.157 0.024 0.037 0.125 0.094 0.137 0.054 31 K 0.102 0.142 0.066 0.027 0.134 0.024 0.034 0.128 0.116 0.160 0.066 32 K 0.085 0.241 0.116 0.026 0.218 0.015 0.025 0.109 0.079 0.058 0.028 33 G 0.098 0.122 0.059 0.030 0.132 0.031 0.048 0.194 0.130 0.104 0.051 34 G 0.103 0.144 0.087 0.029 0.176 0.018 0.032 0.145 0.087 0.126 0.052 35 T 0.134 0.135 0.053 0.028 0.174 0.028 0.034 0.164 0.098 0.101 0.052 36 K 0.060 0.209 0.105 0.059 0.155 0.038 0.043 0.154 0.073 0.075 0.029 37 P 0.156 0.092 0.033 0.016 0.191 0.012 0.019 0.164 0.100 0.138 0.079 38 S 0.110 0.157 0.060 0.020 0.204 0.015 0.028 0.211 0.083 0.070 0.042 39 N 0.108 0.212 0.098 0.023 0.195 0.015 0.027 0.172 0.052 0.057 0.040 40 E 0.077 0.186 0.099 0.033 0.121 0.020 0.029 0.251 0.096 0.058 0.030 41 A 0.040 0.084 0.041 0.030 0.072 0.031 0.047 0.400 0.182 0.054 0.019 42 A 0.029 0.074 0.044 0.035 0.054 0.034 0.042 0.359 0.195 0.103 0.032 43 L 0.089 0.058 0.023 0.013 0.108 0.011 0.024 0.274 0.141 0.191 0.067 44 T 0.084 0.087 0.031 0.012 0.112 0.010 0.018 0.269 0.172 0.160 0.045 45 K 0.057 0.185 0.075 0.024 0.135 0.015 0.029 0.278 0.114 0.065 0.023 46 T 0.051 0.135 0.053 0.023 0.106 0.019 0.050 0.386 0.111 0.049 0.017 47 E 0.038 0.065 0.042 0.026 0.060 0.036 0.089 0.389 0.113 0.115 0.029 48 N 0.126 0.055 0.024 0.010 0.160 0.007 0.009 0.343 0.133 0.078 0.056 49 L 0.024 0.045 0.019 0.009 0.044 0.014 0.021 0.618 0.155 0.035 0.015 50 D 0.066 0.047 0.015 0.007 0.085 0.011 0.037 0.535 0.100 0.075 0.023 51 F 0.044 0.074 0.022 0.010 0.076 0.012 0.032 0.511 0.138 0.066 0.016 52 R 0.045 0.110 0.037 0.026 0.081 0.023 0.040 0.395 0.128 0.094 0.022 53 L 0.056 0.114 0.052 0.032 0.097 0.027 0.055 0.335 0.107 0.092 0.034 54 S 0.083 0.077 0.048 0.031 0.100 0.026 0.054 0.227 0.096 0.189 0.069 55 F 0.106 0.156 0.057 0.029 0.193 0.022 0.023 0.178 0.107 0.081 0.048 56 N 0.041 0.098 0.043 0.029 0.079 0.036 0.056 0.345 0.138 0.110 0.023 57 K 0.181 0.117 0.030 0.007 0.278 0.007 0.018 0.142 0.066 0.105 0.049 58 I 0.179 0.232 0.034 0.004 0.450 0.006 0.008 0.051 0.011 0.009 0.016 59 K 0.276 0.122 0.038 0.007 0.417 0.007 0.010 0.047 0.009 0.019 0.049 60 V 0.126 0.167 0.072 0.058 0.191 0.034 0.036 0.168 0.054 0.054 0.040 61 T 0.080 0.130 0.093 0.063 0.137 0.025 0.020 0.242 0.081 0.087 0.042 62 T 0.156 0.136 0.032 0.010 0.252 0.018 0.036 0.254 0.054 0.025 0.026 63 D 0.226 0.059 0.014 0.014 0.303 0.015 0.025 0.206 0.051 0.035 0.051 64 Q 0.200 0.082 0.014 0.024 0.278 0.026 0.036 0.198 0.058 0.038 0.046 65 N 0.123 0.150 0.030 0.024 0.245 0.037 0.064 0.167 0.067 0.061 0.032 66 H 0.213 0.078 0.019 0.014 0.206 0.015 0.035 0.067 0.049 0.159 0.146 67 F 0.164 0.202 0.054 0.025 0.322 0.014 0.027 0.034 0.035 0.047 0.075 68 S 0.127 0.243 0.089 0.054 0.226 0.056 0.049 0.037 0.036 0.046 0.036 69 G 0.038 0.082 0.062 0.091 0.087 0.204 0.221 0.061 0.056 0.069 0.029 70 G 0.067 0.065 0.051 0.062 0.043 0.019 0.013 0.009 0.035 0.481 0.157 71 T 0.012 0.469 0.325 0.030 0.097 0.006 0.007 0.008 0.009 0.029 0.008 72 S 0.003 0.536 0.447 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.794 0.202 0.002 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.055 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.060 0.005 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.067 0.003 0.001 77 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.808 0.180 0.004 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.828 0.098 0.003 0.001 79 W 0.002 0.007 0.007 0.010 0.003 0.017 0.426 0.436 0.067 0.024 0.001 80 F 0.050 0.365 0.074 0.012 0.154 0.011 0.048 0.071 0.055 0.129 0.030 81 G 0.078 0.058 0.084 0.127 0.046 0.025 0.011 0.035 0.056 0.329 0.151 82 D 0.024 0.265 0.393 0.054 0.124 0.012 0.013 0.047 0.029 0.022 0.017 83 P 0.036 0.091 0.035 0.019 0.061 0.029 0.071 0.265 0.274 0.087 0.032 84 N 0.054 0.083 0.040 0.013 0.097 0.020 0.051 0.148 0.208 0.241 0.045 85 K 0.121 0.119 0.033 0.012 0.204 0.015 0.035 0.137 0.109 0.158 0.055 86 S 0.120 0.159 0.066 0.030 0.182 0.038 0.056 0.088 0.074 0.132 0.055 87 E 0.100 0.203 0.085 0.031 0.250 0.018 0.025 0.098 0.068 0.083 0.038 88 Q 0.180 0.084 0.022 0.013 0.185 0.012 0.019 0.099 0.089 0.193 0.104 89 R 0.072 0.324 0.140 0.040 0.232 0.020 0.027 0.077 0.028 0.020 0.020 90 N 0.244 0.097 0.058 0.022 0.189 0.024 0.030 0.119 0.057 0.067 0.093 91 A 0.053 0.091 0.092 0.196 0.078 0.130 0.076 0.120 0.074 0.062 0.029 92 G 0.013 0.082 0.087 0.286 0.029 0.130 0.086 0.095 0.065 0.109 0.018 93 N 0.092 0.079 0.053 0.037 0.103 0.016 0.018 0.041 0.069 0.363 0.128 94 I 0.214 0.227 0.032 0.005 0.459 0.002 0.003 0.006 0.006 0.015 0.032 95 T 0.253 0.114 0.024 0.008 0.518 0.008 0.014 0.007 0.004 0.011 0.041 96 L 0.450 0.064 0.005 0.004 0.407 0.003 0.002 0.003 0.001 0.007 0.054 97 D 0.246 0.087 0.012 0.019 0.530 0.035 0.021 0.006 0.002 0.010 0.030 98 S 0.367 0.058 0.006 0.002 0.526 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.033 99 Y 0.362 0.064 0.006 0.002 0.502 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 100 T 0.374 0.074 0.010 0.003 0.429 0.005 0.005 0.004 0.002 0.010 0.084 101 W 0.215 0.162 0.038 0.029 0.343 0.027 0.026 0.022 0.016 0.045 0.078 102 V 0.195 0.152 0.129 0.118 0.179 0.050 0.028 0.031 0.024 0.036 0.058 103 K 0.059 0.044 0.054 0.155 0.053 0.121 0.075 0.112 0.155 0.118 0.055 104 D 0.019 0.202 0.178 0.217 0.067 0.081 0.094 0.054 0.048 0.031 0.008 105 G 0.051 0.049 0.034 0.033 0.061 0.036 0.059 0.069 0.176 0.341 0.092 106 A 0.159 0.245 0.058 0.006 0.461 0.003 0.005 0.006 0.009 0.021 0.029 107 V 0.332 0.056 0.006 0.003 0.543 0.003 0.004 0.002 0.002 0.006 0.043 108 I 0.235 0.090 0.004 0.001 0.654 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 109 N 0.379 0.026 0.001 0.001 0.568 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 110 A 0.331 0.050 0.002 0.001 0.595 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 111 Q 0.243 0.123 0.006 0.001 0.593 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 112 L 0.348 0.143 0.040 0.008 0.357 0.004 0.003 0.004 0.001 0.007 0.084 113 Y 0.031 0.089 0.169 0.355 0.055 0.166 0.047 0.044 0.018 0.012 0.013 114 K 0.005 0.030 0.029 0.278 0.008 0.222 0.213 0.113 0.070 0.028 0.004 115 N 0.018 0.045 0.039 0.055 0.025 0.016 0.021 0.102 0.152 0.460 0.067 116 S 0.072 0.426 0.089 0.005 0.226 0.004 0.005 0.046 0.056 0.046 0.025 117 T 0.332 0.091 0.014 0.001 0.478 0.001 0.003 0.025 0.009 0.009 0.037 118 V 0.290 0.153 0.032 0.007 0.321 0.010 0.015 0.071 0.020 0.026 0.056 119 A 0.089 0.338 0.122 0.030 0.223 0.008 0.004 0.114 0.042 0.017 0.014 120 R 0.029 0.034 0.023 0.019 0.047 0.011 0.016 0.570 0.202 0.034 0.015 121 S 0.032 0.057 0.032 0.010 0.038 0.015 0.079 0.584 0.127 0.016 0.010 122 I 0.023 0.032 0.029 0.033 0.026 0.031 0.094 0.554 0.110 0.056 0.013 123 S 0.006 0.554 0.206 0.042 0.065 0.039 0.021 0.037 0.022 0.006 0.002 124 N 0.091 0.007 0.005 0.008 0.021 0.002 0.001 0.006 0.021 0.500 0.339 125 F 0.129 0.306 0.059 0.005 0.316 0.005 0.005 0.018 0.019 0.069 0.069 126 S 0.154 0.144 0.051 0.046 0.271 0.035 0.045 0.074 0.043 0.051 0.086 127 F 0.146 0.169 0.079 0.051 0.204 0.030 0.035 0.095 0.070 0.078 0.044 128 S 0.099 0.114 0.081 0.085 0.167 0.047 0.037 0.107 0.069 0.131 0.063 129 R 0.064 0.109 0.063 0.066 0.124 0.041 0.067 0.170 0.135 0.116 0.044 130 E 0.085 0.081 0.023 0.029 0.116 0.023 0.041 0.093 0.142 0.301 0.067 131 A 0.045 0.250 0.116 0.025 0.172 0.027 0.039 0.104 0.112 0.083 0.027 132 K 0.260 0.115 0.035 0.002 0.217 0.002 0.008 0.023 0.033 0.186 0.118 133 I 0.118 0.348 0.067 0.004 0.413 0.003 0.006 0.007 0.004 0.011 0.019 134 G 0.006 0.695 0.249 0.002 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 K 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.502 0.470 0.009 0.001 136 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.871 0.117 0.001 0.001 137 D 0.004 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.011 0.745 0.129 0.096 0.002 138 Y 0.009 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.746 0.201 0.021 0.003 139 D 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.012 0.804 0.165 0.007 0.001 140 E 0.003 0.008 0.004 0.003 0.007 0.003 0.016 0.701 0.119 0.134 0.003 141 L 0.030 0.035 0.012 0.005 0.042 0.003 0.042 0.653 0.124 0.039 0.015 142 K 0.025 0.078 0.033 0.025 0.052 0.040 0.132 0.462 0.096 0.047 0.011 143 I 0.011 0.179 0.082 0.033 0.066 0.102 0.260 0.183 0.042 0.033 0.008 144 G 0.049 0.013 0.011 0.010 0.018 0.005 0.005 0.018 0.032 0.632 0.207 145 E 0.044 0.410 0.126 0.013 0.216 0.009 0.015 0.057 0.038 0.049 0.023 146 S 0.037 0.601 0.210 0.005 0.088 0.001 0.001 0.022 0.006 0.014 0.015 147 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.741 0.239 0.007 0.001 148 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.919 0.073 0.001 0.001 149 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.917 0.065 0.012 0.001 150 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.078 0.006 0.001 151 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.816 0.169 0.004 0.001 152 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.074 0.795 0.121 0.003 0.001 153 K 0.002 0.003 0.002 0.006 0.003 0.023 0.452 0.401 0.072 0.034 0.001 154 L 0.050 0.299 0.067 0.016 0.165 0.012 0.060 0.101 0.067 0.138 0.026 155 G 0.054 0.050 0.091 0.209 0.035 0.057 0.018 0.046 0.063 0.289 0.089 156 E 0.018 0.237 0.428 0.073 0.098 0.016 0.020 0.053 0.025 0.020 0.013 157 P 0.052 0.116 0.057 0.036 0.071 0.034 0.057 0.174 0.177 0.172 0.054 158 D 0.029 0.092 0.053 0.031 0.073 0.050 0.132 0.226 0.184 0.107 0.022 159 V 0.087 0.098 0.034 0.012 0.130 0.013 0.020 0.131 0.135 0.275 0.064 160 L 0.205 0.126 0.032 0.009 0.262 0.011 0.020 0.084 0.077 0.100 0.075 161 S 0.099 0.220 0.060 0.010 0.276 0.015 0.028 0.150 0.081 0.038 0.022 162 Q 0.221 0.049 0.013 0.010 0.202 0.011 0.021 0.150 0.121 0.111 0.091 163 S 0.111 0.209 0.050 0.029 0.268 0.031 0.040 0.132 0.058 0.043 0.029 164 M 0.198 0.100 0.033 0.018 0.215 0.019 0.032 0.138 0.068 0.089 0.090 165 S 0.100 0.079 0.066 0.095 0.120 0.071 0.065 0.129 0.076 0.138 0.060 166 S 0.026 0.135 0.119 0.258 0.059 0.095 0.080 0.103 0.055 0.054 0.015 167 D 0.062 0.064 0.073 0.101 0.064 0.049 0.037 0.075 0.081 0.303 0.092 168 K 0.127 0.198 0.059 0.025 0.243 0.025 0.035 0.087 0.092 0.066 0.042 169 E 0.181 0.093 0.042 0.028 0.245 0.026 0.049 0.084 0.060 0.111 0.080 170 E 0.303 0.122 0.019 0.007 0.398 0.006 0.014 0.030 0.015 0.035 0.050 171 M 0.406 0.059 0.006 0.006 0.435 0.006 0.006 0.012 0.004 0.011 0.050 172 Q 0.214 0.131 0.015 0.018 0.558 0.014 0.009 0.012 0.003 0.007 0.020 173 T 0.353 0.048 0.003 0.001 0.563 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.025 174 V 0.267 0.123 0.012 0.003 0.554 0.005 0.004 0.009 0.002 0.001 0.020 175 W 0.388 0.067 0.012 0.002 0.390 0.004 0.005 0.017 0.004 0.009 0.102 176 S 0.232 0.089 0.043 0.051 0.224 0.037 0.028 0.073 0.040 0.072 0.110 177 S 0.021 0.160 0.089 0.177 0.064 0.141 0.127 0.093 0.078 0.043 0.008 178 G 0.176 0.066 0.055 0.020 0.157 0.005 0.006 0.020 0.032 0.239 0.223 179 I 0.290 0.159 0.023 0.005 0.297 0.007 0.010 0.041 0.055 0.045 0.068 180 K 0.116 0.186 0.132 0.079 0.206 0.049 0.063 0.058 0.024 0.042 0.044 181 T 0.044 0.169 0.062 0.103 0.104 0.114 0.141 0.114 0.063 0.066 0.021 182 K 0.043 0.061 0.103 0.169 0.044 0.061 0.033 0.084 0.083 0.243 0.075 183 S 0.056 0.073 0.060 0.071 0.071 0.047 0.049 0.130 0.148 0.222 0.072 184 S 0.039 0.143 0.097 0.115 0.083 0.063 0.105 0.120 0.122 0.084 0.028 185 S 0.049 0.075 0.050 0.037 0.066 0.031 0.044 0.073 0.155 0.333 0.086 186 A 0.116 0.265 0.073 0.017 0.279 0.018 0.033 0.039 0.065 0.059 0.036 187 T 0.353 0.060 0.013 0.008 0.366 0.009 0.010 0.009 0.021 0.041 0.110 188 I 0.190 0.173 0.008 0.002 0.603 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.014 189 E 0.423 0.018 0.001 0.001 0.510 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 190 L 0.282 0.070 0.003 0.001 0.614 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 191 Y 0.151 0.125 0.004 0.001 0.697 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 192 F 0.532 0.138 0.050 0.003 0.195 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.074 193 E 0.009 0.005 0.020 0.137 0.009 0.387 0.136 0.170 0.088 0.027 0.010 194 N 0.001 0.096 0.102 0.766 0.005 0.014 0.004 0.004 0.002 0.004 0.001 195 G 0.002 0.005 0.006 0.015 0.003 0.005 0.009 0.069 0.049 0.784 0.052 196 L 0.015 0.674 0.112 0.002 0.135 0.002 0.005 0.029 0.013 0.009 0.003 197 L 0.549 0.029 0.003 0.001 0.330 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.076 198 K 0.084 0.253 0.088 0.038 0.214 0.090 0.094 0.102 0.012 0.008 0.016 199 N 0.257 0.136 0.036 0.011 0.316 0.004 0.003 0.125 0.048 0.020 0.043 200 K 0.050 0.049 0.022 0.029 0.083 0.039 0.040 0.458 0.171 0.038 0.022 201 T 0.080 0.194 0.077 0.013 0.106 0.016 0.056 0.276 0.119 0.038 0.023 202 Q 0.040 0.035 0.014 0.015 0.043 0.016 0.070 0.488 0.178 0.078 0.023 203 K 0.011 0.516 0.236 0.043 0.074 0.022 0.016 0.034 0.026 0.017 0.006 204 D 0.110 0.017 0.014 0.019 0.041 0.005 0.003 0.016 0.032 0.402 0.340 205 L 0.138 0.261 0.080 0.009 0.281 0.007 0.009 0.050 0.049 0.065 0.051 206 E 0.063 0.210 0.124 0.061 0.163 0.035 0.054 0.141 0.075 0.039 0.035