# TARGET T0399 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.758 0.175 0.050 0.014 0.002 0.001 0.001 2 S 0.828 0.134 0.028 0.009 0.001 0.001 0.001 3 M 0.800 0.138 0.040 0.016 0.005 0.001 0.001 4 K 0.787 0.139 0.045 0.020 0.007 0.002 0.001 5 K 0.724 0.162 0.071 0.033 0.009 0.002 0.001 6 T 0.751 0.170 0.048 0.021 0.007 0.002 0.001 7 K 0.633 0.224 0.093 0.037 0.012 0.002 0.001 8 N 0.636 0.249 0.069 0.034 0.010 0.002 0.001 9 W 0.686 0.170 0.070 0.047 0.021 0.006 0.001 10 L 0.633 0.197 0.080 0.064 0.022 0.004 0.001 11 L 0.612 0.217 0.089 0.052 0.023 0.006 0.001 12 V 0.551 0.171 0.117 0.097 0.049 0.013 0.001 13 F 0.447 0.189 0.174 0.108 0.055 0.024 0.003 14 L 0.390 0.170 0.196 0.148 0.071 0.022 0.003 15 T 0.269 0.166 0.238 0.148 0.104 0.064 0.011 16 V 0.157 0.124 0.202 0.238 0.161 0.096 0.022 17 T 0.122 0.120 0.214 0.219 0.182 0.111 0.033 18 F 0.064 0.093 0.173 0.236 0.203 0.170 0.061 19 C 0.089 0.083 0.203 0.233 0.206 0.138 0.047 20 F 0.129 0.095 0.217 0.203 0.175 0.140 0.040 21 L 0.171 0.095 0.203 0.210 0.171 0.123 0.027 22 M 0.136 0.079 0.142 0.191 0.230 0.186 0.036 23 L 0.105 0.103 0.127 0.193 0.261 0.194 0.017 24 G 0.096 0.153 0.168 0.282 0.239 0.060 0.002 25 C 0.160 0.271 0.234 0.212 0.108 0.014 0.001 26 Q 0.414 0.310 0.161 0.094 0.020 0.001 0.001 27 S 0.718 0.196 0.065 0.018 0.003 0.001 0.001 28 K 0.817 0.133 0.036 0.012 0.002 0.001 0.001 29 E 0.798 0.139 0.046 0.014 0.003 0.001 0.001 30 D 0.734 0.166 0.067 0.026 0.006 0.001 0.001 31 K 0.747 0.173 0.054 0.020 0.005 0.001 0.001 32 K 0.685 0.207 0.074 0.027 0.006 0.001 0.001 33 G 0.632 0.240 0.089 0.033 0.006 0.001 0.001 34 G 0.628 0.234 0.090 0.039 0.008 0.001 0.001 35 T 0.702 0.199 0.066 0.026 0.006 0.001 0.001 36 K 0.730 0.185 0.058 0.022 0.005 0.001 0.001 37 P 0.671 0.223 0.071 0.028 0.006 0.001 0.001 38 S 0.566 0.258 0.112 0.050 0.012 0.001 0.001 39 N 0.601 0.245 0.098 0.044 0.010 0.001 0.001 40 E 0.544 0.273 0.118 0.051 0.012 0.001 0.001 41 A 0.548 0.269 0.112 0.055 0.015 0.002 0.001 42 A 0.605 0.247 0.095 0.041 0.010 0.001 0.001 43 L 0.529 0.268 0.121 0.060 0.019 0.003 0.001 44 T 0.316 0.247 0.193 0.156 0.074 0.014 0.001 45 K 0.389 0.305 0.176 0.097 0.029 0.005 0.001 46 T 0.528 0.259 0.121 0.063 0.023 0.006 0.001 47 E 0.412 0.283 0.154 0.097 0.042 0.011 0.001 48 N 0.177 0.187 0.223 0.246 0.138 0.029 0.001 49 L 0.411 0.315 0.169 0.077 0.024 0.005 0.001 50 D 0.389 0.274 0.167 0.107 0.049 0.013 0.001 51 F 0.284 0.264 0.198 0.159 0.077 0.018 0.001 52 R 0.282 0.303 0.228 0.136 0.044 0.007 0.001 53 L 0.466 0.274 0.144 0.085 0.026 0.005 0.001 54 S 0.587 0.273 0.092 0.036 0.010 0.002 0.001 55 F 0.280 0.225 0.214 0.195 0.074 0.012 0.001 56 N 0.620 0.267 0.080 0.026 0.006 0.001 0.001 57 K 0.361 0.292 0.171 0.119 0.047 0.010 0.001 58 I 0.234 0.235 0.223 0.193 0.091 0.022 0.001 59 K 0.332 0.348 0.184 0.096 0.033 0.007 0.001 60 V 0.173 0.184 0.189 0.236 0.158 0.054 0.004 61 T 0.266 0.219 0.181 0.184 0.112 0.035 0.002 62 T 0.402 0.339 0.153 0.075 0.026 0.006 0.001 63 D 0.255 0.262 0.214 0.175 0.075 0.018 0.001 64 Q 0.178 0.176 0.180 0.213 0.178 0.070 0.005 65 N 0.172 0.245 0.238 0.206 0.105 0.031 0.003 66 H 0.218 0.312 0.241 0.151 0.061 0.015 0.001 67 F 0.086 0.120 0.159 0.249 0.258 0.113 0.016 68 S 0.164 0.247 0.223 0.188 0.110 0.056 0.011 69 G 0.073 0.095 0.122 0.215 0.239 0.212 0.044 70 G 0.056 0.079 0.109 0.187 0.239 0.266 0.063 71 T 0.024 0.056 0.100 0.187 0.303 0.264 0.065 72 S 0.042 0.175 0.183 0.231 0.210 0.133 0.027 73 I 0.020 0.096 0.223 0.324 0.231 0.093 0.013 74 E 0.204 0.489 0.227 0.058 0.016 0.005 0.001 75 Q 0.013 0.124 0.315 0.343 0.162 0.038 0.006 76 L 0.002 0.006 0.023 0.121 0.448 0.378 0.023 77 K 0.015 0.170 0.344 0.300 0.129 0.038 0.004 78 Q 0.164 0.504 0.234 0.073 0.018 0.005 0.001 79 W 0.006 0.026 0.117 0.320 0.386 0.138 0.007 80 F 0.009 0.025 0.082 0.229 0.386 0.254 0.015 81 G 0.184 0.342 0.242 0.143 0.066 0.020 0.002 82 D 0.218 0.401 0.257 0.097 0.023 0.005 0.001 83 P 0.155 0.214 0.260 0.247 0.102 0.021 0.001 84 N 0.508 0.308 0.122 0.045 0.015 0.003 0.001 85 K 0.484 0.249 0.132 0.094 0.034 0.006 0.001 86 S 0.463 0.308 0.147 0.063 0.017 0.002 0.001 87 E 0.590 0.236 0.098 0.055 0.017 0.003 0.001 88 Q 0.522 0.276 0.123 0.059 0.017 0.003 0.001 89 R 0.375 0.275 0.178 0.120 0.044 0.008 0.001 90 N 0.492 0.312 0.119 0.057 0.017 0.003 0.001 91 A 0.258 0.199 0.210 0.211 0.102 0.019 0.001 92 G 0.520 0.319 0.105 0.042 0.011 0.002 0.001 93 N 0.287 0.377 0.207 0.098 0.026 0.004 0.001 94 I 0.049 0.094 0.165 0.324 0.283 0.081 0.004 95 T 0.096 0.287 0.303 0.208 0.084 0.021 0.001 96 L 0.026 0.045 0.098 0.241 0.357 0.206 0.027 97 D 0.060 0.192 0.247 0.266 0.167 0.062 0.006 98 S 0.020 0.064 0.135 0.243 0.279 0.217 0.041 99 Y 0.007 0.018 0.038 0.111 0.272 0.434 0.120 100 T 0.016 0.079 0.157 0.249 0.253 0.206 0.040 101 W 0.018 0.043 0.081 0.189 0.322 0.294 0.053 102 V 0.075 0.201 0.233 0.260 0.164 0.059 0.007 103 K 0.158 0.261 0.231 0.202 0.105 0.039 0.005 104 D 0.258 0.333 0.202 0.131 0.056 0.017 0.003 105 G 0.178 0.354 0.236 0.149 0.058 0.023 0.003 106 A 0.028 0.100 0.178 0.283 0.287 0.111 0.013 107 V 0.010 0.082 0.213 0.322 0.246 0.112 0.014 108 I 0.001 0.004 0.012 0.052 0.210 0.526 0.195 109 N 0.002 0.029 0.160 0.354 0.276 0.150 0.030 110 A 0.001 0.003 0.007 0.030 0.151 0.589 0.220 111 Q 0.002 0.033 0.179 0.394 0.271 0.108 0.013 112 L 0.002 0.008 0.022 0.099 0.369 0.451 0.049 113 Y 0.020 0.180 0.334 0.299 0.131 0.033 0.002 114 K 0.105 0.301 0.249 0.213 0.098 0.031 0.002 115 N 0.106 0.304 0.275 0.188 0.092 0.032 0.002 116 S 0.042 0.175 0.235 0.286 0.185 0.072 0.005 117 T 0.027 0.041 0.088 0.176 0.288 0.330 0.050 118 V 0.014 0.033 0.059 0.141 0.259 0.393 0.101 119 A 0.017 0.027 0.052 0.113 0.234 0.413 0.143 120 R 0.021 0.057 0.102 0.184 0.244 0.260 0.132 121 S 0.048 0.098 0.149 0.216 0.230 0.192 0.068 122 I 0.063 0.103 0.156 0.216 0.226 0.188 0.047 123 S 0.086 0.147 0.170 0.225 0.203 0.148 0.020 124 N 0.124 0.222 0.216 0.189 0.149 0.088 0.012 125 F 0.040 0.057 0.113 0.244 0.327 0.198 0.021 126 S 0.207 0.351 0.232 0.136 0.055 0.018 0.002 127 F 0.235 0.245 0.215 0.183 0.092 0.027 0.002 128 S 0.354 0.304 0.170 0.110 0.047 0.013 0.001 129 R 0.291 0.249 0.221 0.149 0.069 0.019 0.001 130 E 0.370 0.255 0.166 0.124 0.065 0.019 0.002 131 A 0.260 0.312 0.211 0.137 0.060 0.019 0.001 132 K 0.222 0.351 0.233 0.132 0.049 0.012 0.001 133 I 0.019 0.054 0.148 0.344 0.332 0.098 0.006 134 G 0.225 0.423 0.238 0.089 0.022 0.003 0.001 135 K 0.336 0.331 0.208 0.102 0.021 0.002 0.001 136 E 0.712 0.252 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 137 D 0.281 0.387 0.225 0.087 0.019 0.002 0.001 138 Y 0.027 0.086 0.228 0.404 0.228 0.027 0.001 139 D 0.381 0.461 0.131 0.023 0.003 0.001 0.001 140 E 0.239 0.446 0.230 0.072 0.012 0.001 0.001 141 L 0.034 0.072 0.142 0.314 0.359 0.078 0.002 142 K 0.075 0.209 0.331 0.269 0.099 0.016 0.001 143 I 0.339 0.397 0.170 0.069 0.020 0.004 0.001 144 G 0.233 0.301 0.227 0.155 0.067 0.016 0.001 145 E 0.079 0.110 0.180 0.264 0.257 0.103 0.007 146 S 0.203 0.365 0.212 0.140 0.062 0.016 0.002 147 Y 0.053 0.166 0.306 0.308 0.136 0.028 0.002 148 K 0.544 0.369 0.072 0.013 0.003 0.001 0.001 149 K 0.105 0.459 0.317 0.099 0.017 0.002 0.001 150 V 0.008 0.018 0.072 0.356 0.468 0.077 0.001 151 V 0.067 0.311 0.361 0.199 0.055 0.007 0.001 152 E 0.388 0.496 0.095 0.017 0.003 0.001 0.001 153 K 0.028 0.111 0.289 0.392 0.154 0.024 0.001 154 L 0.018 0.032 0.096 0.267 0.373 0.203 0.011 155 G 0.298 0.324 0.185 0.113 0.057 0.020 0.003 156 E 0.246 0.357 0.238 0.108 0.038 0.012 0.001 157 P 0.117 0.151 0.212 0.284 0.175 0.056 0.004 158 D 0.369 0.348 0.160 0.075 0.036 0.012 0.001 159 V 0.316 0.288 0.191 0.140 0.053 0.013 0.001 160 L 0.145 0.191 0.221 0.245 0.153 0.042 0.003 161 S 0.342 0.253 0.181 0.129 0.070 0.024 0.002 162 Q 0.304 0.237 0.183 0.159 0.085 0.028 0.003 163 S 0.277 0.220 0.178 0.171 0.110 0.040 0.004 164 M 0.335 0.285 0.184 0.122 0.056 0.017 0.002 165 S 0.292 0.224 0.186 0.172 0.090 0.032 0.003 166 S 0.427 0.245 0.144 0.106 0.055 0.020 0.002 167 D 0.511 0.235 0.125 0.080 0.036 0.011 0.002 168 K 0.326 0.194 0.165 0.162 0.107 0.041 0.006 169 E 0.356 0.306 0.177 0.104 0.044 0.012 0.002 170 E 0.103 0.242 0.266 0.241 0.111 0.034 0.004 171 M 0.019 0.050 0.098 0.231 0.357 0.223 0.022 172 Q 0.007 0.032 0.074 0.178 0.306 0.342 0.061 173 T 0.008 0.016 0.046 0.139 0.254 0.436 0.101 174 V 0.005 0.011 0.032 0.114 0.256 0.453 0.128 175 W 0.002 0.006 0.012 0.039 0.141 0.502 0.297 176 S 0.003 0.009 0.029 0.098 0.279 0.453 0.128 177 S 0.010 0.079 0.197 0.293 0.269 0.140 0.012 178 G 0.022 0.133 0.238 0.318 0.217 0.067 0.005 179 I 0.019 0.066 0.150 0.293 0.330 0.135 0.007 180 K 0.288 0.409 0.202 0.080 0.018 0.003 0.001 181 T 0.392 0.340 0.160 0.084 0.022 0.003 0.001 182 K 0.660 0.239 0.069 0.026 0.006 0.001 0.001 183 S 0.574 0.271 0.100 0.042 0.011 0.002 0.001 184 S 0.465 0.285 0.147 0.079 0.021 0.003 0.001 185 S 0.396 0.366 0.150 0.064 0.019 0.004 0.001 186 A 0.106 0.272 0.288 0.236 0.084 0.012 0.001 187 T 0.071 0.343 0.320 0.195 0.061 0.010 0.001 188 I 0.002 0.010 0.042 0.171 0.432 0.319 0.025 189 E 0.009 0.105 0.325 0.377 0.153 0.030 0.001 190 L 0.001 0.006 0.020 0.106 0.376 0.461 0.030 191 Y 0.011 0.151 0.374 0.332 0.113 0.019 0.001 192 F 0.004 0.018 0.057 0.243 0.477 0.195 0.007 193 E 0.132 0.484 0.280 0.089 0.014 0.001 0.001 194 N 0.269 0.408 0.197 0.099 0.023 0.003 0.001 195 G 0.481 0.345 0.124 0.040 0.009 0.001 0.001 196 L 0.300 0.370 0.203 0.096 0.028 0.004 0.001 197 L 0.085 0.109 0.243 0.330 0.197 0.034 0.001 198 K 0.300 0.367 0.209 0.092 0.028 0.004 0.001 199 N 0.343 0.306 0.192 0.115 0.039 0.005 0.001 200 K 0.165 0.222 0.300 0.227 0.076 0.010 0.001 201 T 0.446 0.281 0.153 0.087 0.029 0.004 0.001 202 Q 0.569 0.247 0.113 0.053 0.015 0.002 0.001 203 K 0.730 0.188 0.057 0.020 0.004 0.001 0.001 204 D 0.796 0.152 0.039 0.011 0.002 0.001 0.001 205 L 0.651 0.193 0.089 0.052 0.014 0.002 0.001 206 E 0.808 0.150 0.033 0.008 0.001 0.001 0.001