# TARGET T0399 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.010 0.009 0.029 0.176 0.759 2 S 0.022 0.015 0.015 0.109 0.153 0.686 3 M 0.017 0.012 0.051 0.314 0.190 0.415 4 K 0.013 0.009 0.065 0.571 0.155 0.187 5 K 0.010 0.003 0.060 0.725 0.084 0.117 6 T 0.004 0.002 0.019 0.889 0.023 0.063 7 K 0.002 0.001 0.005 0.969 0.007 0.017 8 N 0.001 0.001 0.002 0.987 0.003 0.007 9 W 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 13 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 17 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 19 C 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 20 F 0.001 0.001 0.010 0.984 0.004 0.001 21 L 0.003 0.001 0.018 0.971 0.007 0.002 22 M 0.007 0.001 0.024 0.950 0.010 0.009 23 L 0.016 0.002 0.031 0.894 0.015 0.043 24 G 0.055 0.009 0.043 0.521 0.049 0.322 25 C 0.122 0.022 0.044 0.281 0.093 0.438 26 Q 0.147 0.029 0.018 0.097 0.135 0.575 27 S 0.075 0.024 0.020 0.058 0.337 0.485 28 K 0.029 0.010 0.169 0.098 0.514 0.181 29 E 0.026 0.009 0.223 0.083 0.565 0.094 30 D 0.029 0.017 0.220 0.076 0.579 0.079 31 K 0.041 0.024 0.125 0.055 0.529 0.227 32 K 0.047 0.027 0.076 0.051 0.537 0.261 33 G 0.040 0.017 0.047 0.042 0.545 0.309 34 G 0.035 0.019 0.018 0.020 0.373 0.534 35 T 0.033 0.033 0.010 0.025 0.241 0.660 36 K 0.027 0.023 0.015 0.054 0.246 0.635 37 P 0.016 0.015 0.062 0.195 0.324 0.389 38 S 0.013 0.011 0.103 0.393 0.238 0.243 39 N 0.010 0.004 0.083 0.716 0.108 0.080 40 E 0.007 0.002 0.054 0.843 0.061 0.033 41 A 0.013 0.002 0.051 0.812 0.081 0.041 42 A 0.025 0.004 0.056 0.784 0.086 0.046 43 L 0.034 0.006 0.042 0.774 0.083 0.062 44 T 0.037 0.006 0.051 0.683 0.093 0.128 45 K 0.037 0.007 0.059 0.523 0.131 0.243 46 T 0.032 0.008 0.116 0.420 0.206 0.218 47 E 0.036 0.009 0.109 0.319 0.257 0.270 48 N 0.027 0.006 0.063 0.178 0.310 0.416 49 L 0.039 0.005 0.066 0.221 0.371 0.296 50 D 0.139 0.005 0.049 0.133 0.355 0.319 51 F 0.399 0.015 0.038 0.099 0.221 0.227 52 R 0.671 0.015 0.009 0.050 0.095 0.160 53 L 0.679 0.029 0.007 0.037 0.058 0.191 54 S 0.520 0.017 0.012 0.044 0.134 0.273 55 F 0.141 0.005 0.349 0.193 0.235 0.077 56 N 0.143 0.002 0.361 0.158 0.266 0.070 57 K 0.137 0.003 0.413 0.131 0.256 0.060 58 I 0.353 0.029 0.033 0.091 0.181 0.313 59 K 0.466 0.027 0.014 0.061 0.118 0.314 60 V 0.375 0.031 0.021 0.053 0.146 0.373 61 T 0.250 0.028 0.030 0.046 0.298 0.348 62 T 0.092 0.020 0.140 0.052 0.460 0.236 63 D 0.056 0.013 0.201 0.041 0.436 0.252 64 Q 0.041 0.015 0.346 0.044 0.456 0.099 65 N 0.054 0.008 0.157 0.029 0.513 0.239 66 H 0.106 0.013 0.083 0.019 0.413 0.368 67 F 0.161 0.061 0.015 0.017 0.276 0.471 68 S 0.199 0.054 0.013 0.011 0.519 0.204 69 G 0.127 0.020 0.007 0.010 0.595 0.241 70 G 0.051 0.012 0.006 0.006 0.558 0.367 71 T 0.079 0.082 0.001 0.006 0.287 0.545 72 S 0.021 0.014 0.001 0.026 0.041 0.897 73 I 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.002 74 E 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 77 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.003 79 W 0.001 0.001 0.003 0.974 0.010 0.012 80 F 0.001 0.002 0.005 0.874 0.037 0.080 81 G 0.002 0.003 0.004 0.086 0.137 0.768 82 D 0.003 0.003 0.008 0.016 0.328 0.642 83 P 0.006 0.004 0.030 0.013 0.467 0.480 84 N 0.024 0.010 0.053 0.016 0.505 0.393 85 K 0.137 0.019 0.103 0.066 0.416 0.259 86 S 0.289 0.015 0.065 0.117 0.200 0.315 87 E 0.384 0.019 0.058 0.097 0.212 0.231 88 Q 0.388 0.039 0.043 0.080 0.188 0.262 89 R 0.346 0.052 0.069 0.054 0.260 0.219 90 N 0.202 0.027 0.106 0.042 0.437 0.186 91 A 0.130 0.009 0.103 0.028 0.556 0.174 92 G 0.119 0.004 0.037 0.010 0.619 0.212 93 N 0.281 0.007 0.011 0.004 0.346 0.352 94 I 0.696 0.015 0.003 0.002 0.075 0.208 95 T 0.896 0.010 0.001 0.001 0.022 0.069 96 L 0.920 0.003 0.001 0.001 0.015 0.059 97 D 0.908 0.002 0.002 0.001 0.022 0.066 98 S 0.886 0.002 0.003 0.002 0.031 0.076 99 Y 0.848 0.003 0.003 0.003 0.048 0.094 100 T 0.901 0.004 0.002 0.002 0.034 0.056 101 W 0.852 0.027 0.003 0.002 0.046 0.070 102 V 0.498 0.024 0.009 0.003 0.451 0.015 103 K 0.127 0.004 0.018 0.002 0.825 0.025 104 D 0.031 0.001 0.018 0.001 0.926 0.022 105 G 0.320 0.010 0.006 0.001 0.622 0.041 106 A 0.759 0.008 0.001 0.001 0.048 0.184 107 V 0.975 0.003 0.001 0.001 0.005 0.016 108 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 109 N 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 110 A 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 111 Q 0.970 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 112 L 0.898 0.012 0.001 0.001 0.017 0.073 113 Y 0.346 0.012 0.003 0.001 0.615 0.024 114 K 0.039 0.003 0.012 0.003 0.924 0.020 115 N 0.006 0.001 0.019 0.008 0.952 0.015 116 S 0.089 0.012 0.022 0.014 0.834 0.029 117 T 0.371 0.029 0.013 0.065 0.148 0.374 118 V 0.658 0.054 0.017 0.088 0.071 0.113 119 A 0.592 0.010 0.028 0.135 0.113 0.121 120 R 0.596 0.009 0.038 0.134 0.107 0.115 121 S 0.503 0.006 0.062 0.163 0.141 0.125 122 I 0.329 0.010 0.086 0.320 0.182 0.073 123 S 0.352 0.012 0.060 0.258 0.209 0.109 124 N 0.230 0.007 0.081 0.283 0.238 0.161 125 F 0.279 0.011 0.068 0.223 0.235 0.183 126 S 0.359 0.012 0.062 0.192 0.146 0.229 127 F 0.357 0.039 0.062 0.216 0.147 0.179 128 S 0.141 0.036 0.043 0.148 0.340 0.290 129 R 0.042 0.012 0.114 0.166 0.451 0.216 130 E 0.032 0.005 0.194 0.121 0.481 0.167 131 A 0.036 0.008 0.149 0.121 0.477 0.208 132 K 0.052 0.017 0.028 0.018 0.269 0.616 133 I 0.073 0.056 0.003 0.010 0.121 0.737 134 G 0.034 0.011 0.001 0.007 0.065 0.881 135 K 0.003 0.001 0.078 0.880 0.025 0.014 136 E 0.008 0.001 0.117 0.830 0.036 0.009 137 D 0.010 0.002 0.141 0.795 0.043 0.009 138 Y 0.009 0.003 0.107 0.833 0.034 0.014 139 D 0.010 0.002 0.098 0.820 0.044 0.025 140 E 0.038 0.005 0.143 0.606 0.109 0.099 141 L 0.077 0.039 0.019 0.226 0.174 0.464 142 K 0.065 0.048 0.019 0.062 0.736 0.069 143 I 0.023 0.006 0.007 0.018 0.890 0.057 144 G 0.006 0.003 0.009 0.010 0.863 0.109 145 E 0.042 0.131 0.002 0.007 0.565 0.254 146 S 0.010 0.018 0.002 0.040 0.050 0.881 147 Y 0.001 0.001 0.009 0.986 0.002 0.002 148 K 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 149 K 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 150 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 151 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 152 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.001 153 K 0.001 0.001 0.003 0.987 0.005 0.005 154 L 0.001 0.001 0.002 0.954 0.008 0.034 155 G 0.002 0.002 0.001 0.042 0.049 0.904 156 E 0.009 0.004 0.003 0.020 0.096 0.868 157 P 0.054 0.009 0.019 0.039 0.224 0.655 158 D 0.198 0.015 0.046 0.053 0.269 0.419 159 V 0.494 0.015 0.054 0.090 0.165 0.182 160 L 0.656 0.009 0.030 0.073 0.093 0.140 161 S 0.676 0.007 0.032 0.070 0.088 0.127 162 Q 0.629 0.012 0.035 0.069 0.099 0.157 163 S 0.480 0.019 0.041 0.054 0.148 0.259 164 M 0.241 0.025 0.035 0.029 0.210 0.459 165 S 0.147 0.039 0.027 0.022 0.553 0.212 166 S 0.062 0.007 0.028 0.012 0.704 0.187 167 D 0.057 0.003 0.026 0.008 0.720 0.186 168 K 0.433 0.019 0.014 0.004 0.415 0.115 169 E 0.751 0.007 0.005 0.002 0.079 0.156 170 E 0.945 0.006 0.002 0.001 0.015 0.031 171 M 0.954 0.001 0.001 0.001 0.012 0.030 172 Q 0.947 0.001 0.001 0.001 0.011 0.039 173 T 0.955 0.001 0.001 0.002 0.011 0.031 174 V 0.949 0.002 0.001 0.002 0.013 0.033 175 W 0.954 0.004 0.001 0.001 0.015 0.025 176 S 0.846 0.005 0.002 0.003 0.115 0.029 177 S 0.443 0.006 0.006 0.007 0.447 0.091 178 G 0.198 0.005 0.010 0.005 0.670 0.112 179 I 0.471 0.068 0.009 0.006 0.356 0.091 180 K 0.478 0.066 0.008 0.006 0.235 0.208 181 T 0.278 0.026 0.018 0.006 0.459 0.212 182 K 0.124 0.010 0.027 0.003 0.548 0.287 183 S 0.125 0.013 0.040 0.002 0.593 0.226 184 S 0.187 0.014 0.057 0.003 0.521 0.218 185 S 0.334 0.015 0.028 0.001 0.330 0.293 186 A 0.563 0.011 0.005 0.001 0.182 0.239 187 T 0.819 0.004 0.001 0.001 0.032 0.144 188 I 0.966 0.002 0.001 0.001 0.006 0.026 189 E 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 190 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 191 Y 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 192 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 193 E 0.642 0.001 0.001 0.001 0.336 0.020 194 N 0.036 0.001 0.001 0.001 0.935 0.027 195 G 0.148 0.007 0.001 0.001 0.814 0.029 196 L 0.562 0.026 0.003 0.005 0.126 0.279 197 L 0.887 0.025 0.003 0.004 0.035 0.045 198 K 0.886 0.005 0.006 0.010 0.033 0.060 199 N 0.799 0.004 0.013 0.020 0.062 0.102 200 K 0.670 0.008 0.024 0.029 0.118 0.151 201 T 0.491 0.024 0.026 0.051 0.158 0.249 202 Q 0.285 0.019 0.130 0.098 0.350 0.117 203 K 0.146 0.013 0.122 0.117 0.424 0.178 204 D 0.053 0.013 0.093 0.102 0.473 0.266 205 L 0.043 0.024 0.018 0.043 0.344 0.528 206 E 0.041 0.010 0.010 0.050 0.148 0.741