# TARGET T0399 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.485 0.097 0.082 0.088 0.054 0.051 0.047 0.035 0.030 0.021 0.011 2 S 0.276 0.162 0.085 0.101 0.074 0.064 0.086 0.060 0.048 0.031 0.014 3 M 0.223 0.186 0.107 0.142 0.100 0.071 0.072 0.046 0.032 0.016 0.006 4 K 0.480 0.111 0.062 0.090 0.070 0.051 0.055 0.033 0.024 0.016 0.009 5 K 0.141 0.095 0.185 0.194 0.134 0.094 0.084 0.032 0.022 0.012 0.006 6 T 0.127 0.085 0.134 0.155 0.105 0.097 0.130 0.070 0.054 0.031 0.012 7 K 0.073 0.075 0.122 0.206 0.171 0.135 0.121 0.052 0.029 0.013 0.004 8 N 0.130 0.113 0.203 0.146 0.131 0.111 0.096 0.036 0.021 0.009 0.003 9 W 0.031 0.041 0.102 0.148 0.156 0.155 0.207 0.076 0.051 0.024 0.009 10 L 0.023 0.020 0.057 0.070 0.085 0.109 0.229 0.142 0.135 0.089 0.043 11 L 0.022 0.022 0.123 0.094 0.104 0.112 0.229 0.121 0.096 0.055 0.024 12 V 0.013 0.015 0.149 0.077 0.081 0.099 0.221 0.131 0.120 0.069 0.024 13 F 0.013 0.013 0.152 0.044 0.040 0.056 0.183 0.138 0.164 0.136 0.061 14 L 0.007 0.007 0.108 0.032 0.032 0.048 0.204 0.172 0.176 0.147 0.065 15 T 0.006 0.008 0.223 0.020 0.018 0.030 0.143 0.124 0.172 0.165 0.089 16 V 0.006 0.007 0.338 0.025 0.014 0.016 0.095 0.101 0.146 0.161 0.093 17 T 0.003 0.005 0.178 0.018 0.015 0.024 0.121 0.122 0.186 0.200 0.128 18 F 0.004 0.004 0.338 0.012 0.007 0.010 0.071 0.082 0.157 0.181 0.134 19 C 0.002 0.002 0.179 0.013 0.009 0.011 0.076 0.109 0.200 0.223 0.177 20 F 0.001 0.002 0.144 0.008 0.006 0.012 0.080 0.099 0.202 0.243 0.204 21 L 0.001 0.002 0.111 0.010 0.009 0.013 0.091 0.125 0.229 0.226 0.182 22 M 0.001 0.001 0.039 0.006 0.007 0.017 0.094 0.124 0.235 0.250 0.227 23 L 0.001 0.002 0.027 0.008 0.008 0.014 0.086 0.130 0.262 0.274 0.188 24 G 0.001 0.003 0.017 0.016 0.021 0.044 0.163 0.172 0.244 0.188 0.130 25 C 0.002 0.003 0.011 0.011 0.017 0.041 0.150 0.160 0.245 0.220 0.139 26 Q 0.008 0.024 0.031 0.096 0.154 0.172 0.239 0.129 0.084 0.041 0.020 27 S 0.006 0.017 0.014 0.034 0.053 0.085 0.183 0.172 0.190 0.150 0.095 28 K 0.245 0.159 0.088 0.193 0.148 0.078 0.052 0.020 0.010 0.005 0.003 29 E 0.342 0.250 0.064 0.148 0.096 0.046 0.032 0.011 0.005 0.003 0.002 30 D 0.089 0.104 0.046 0.126 0.116 0.110 0.147 0.095 0.072 0.058 0.037 31 K 0.229 0.132 0.054 0.160 0.150 0.109 0.091 0.033 0.021 0.012 0.008 32 K 0.248 0.201 0.130 0.147 0.091 0.063 0.062 0.026 0.017 0.010 0.006 33 G 0.197 0.121 0.062 0.130 0.104 0.094 0.130 0.064 0.048 0.034 0.017 34 G 0.345 0.121 0.046 0.102 0.087 0.078 0.087 0.048 0.041 0.030 0.015 35 T 0.187 0.220 0.077 0.141 0.097 0.076 0.083 0.044 0.035 0.027 0.013 36 K 0.234 0.181 0.085 0.174 0.114 0.079 0.065 0.030 0.021 0.012 0.005 37 P 0.516 0.096 0.042 0.082 0.072 0.060 0.055 0.032 0.023 0.014 0.007 38 S 0.302 0.382 0.096 0.106 0.052 0.025 0.018 0.008 0.006 0.003 0.002 39 N 0.194 0.105 0.060 0.127 0.121 0.125 0.119 0.068 0.049 0.025 0.008 40 E 0.496 0.139 0.109 0.134 0.061 0.030 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 41 A 0.085 0.085 0.360 0.174 0.092 0.070 0.068 0.030 0.021 0.010 0.005 42 A 0.039 0.023 0.074 0.102 0.094 0.138 0.224 0.140 0.097 0.050 0.020 43 L 0.026 0.035 0.151 0.090 0.090 0.127 0.191 0.123 0.090 0.051 0.023 44 T 0.033 0.081 0.596 0.119 0.067 0.044 0.032 0.012 0.008 0.004 0.001 45 K 0.123 0.105 0.146 0.185 0.134 0.108 0.097 0.042 0.031 0.020 0.009 46 T 0.056 0.034 0.028 0.029 0.040 0.061 0.170 0.161 0.187 0.155 0.077 47 E 0.298 0.220 0.141 0.162 0.085 0.048 0.027 0.009 0.006 0.003 0.001 48 N 0.190 0.222 0.114 0.143 0.105 0.078 0.071 0.034 0.025 0.013 0.006 49 L 0.304 0.083 0.086 0.128 0.099 0.094 0.093 0.048 0.038 0.018 0.009 50 D 0.289 0.159 0.165 0.194 0.096 0.046 0.032 0.011 0.005 0.002 0.001 51 F 0.015 0.018 0.039 0.049 0.055 0.115 0.241 0.187 0.148 0.092 0.041 52 R 0.023 0.031 0.078 0.195 0.186 0.174 0.142 0.080 0.049 0.028 0.014 53 L 0.011 0.026 0.150 0.074 0.085 0.108 0.164 0.122 0.123 0.085 0.052 54 S 0.021 0.093 0.163 0.264 0.182 0.116 0.089 0.035 0.021 0.011 0.005 55 F 0.008 0.006 0.008 0.018 0.031 0.053 0.146 0.173 0.208 0.202 0.148 56 N 0.098 0.090 0.096 0.193 0.152 0.130 0.119 0.059 0.037 0.018 0.010 57 K 0.021 0.051 0.102 0.188 0.168 0.149 0.154 0.075 0.051 0.027 0.013 58 I 0.004 0.003 0.004 0.008 0.009 0.018 0.060 0.118 0.223 0.292 0.261 59 K 0.016 0.042 0.039 0.139 0.166 0.165 0.202 0.107 0.073 0.033 0.018 60 V 0.007 0.012 0.020 0.028 0.026 0.039 0.099 0.144 0.218 0.228 0.179 61 T 0.046 0.069 0.052 0.195 0.168 0.142 0.149 0.077 0.052 0.031 0.019 62 T 0.069 0.049 0.025 0.072 0.067 0.083 0.143 0.140 0.152 0.126 0.074 63 D 0.241 0.171 0.067 0.172 0.121 0.082 0.063 0.033 0.026 0.016 0.009 64 Q 0.166 0.077 0.050 0.095 0.082 0.084 0.122 0.098 0.097 0.071 0.056 65 N 0.215 0.170 0.057 0.149 0.128 0.092 0.090 0.043 0.029 0.017 0.010 66 H 0.214 0.205 0.094 0.212 0.122 0.071 0.045 0.018 0.012 0.005 0.003 67 F 0.006 0.004 0.003 0.012 0.022 0.034 0.100 0.142 0.210 0.217 0.249 68 S 0.117 0.206 0.126 0.200 0.154 0.082 0.064 0.025 0.016 0.007 0.003 69 G 0.107 0.058 0.028 0.112 0.120 0.131 0.186 0.113 0.078 0.049 0.019 70 G 0.104 0.049 0.026 0.080 0.092 0.107 0.193 0.128 0.107 0.068 0.045 71 T 0.010 0.034 0.023 0.062 0.097 0.124 0.193 0.164 0.136 0.101 0.057 72 S 0.011 0.232 0.034 0.129 0.096 0.085 0.103 0.086 0.081 0.079 0.063 73 I 0.005 0.007 0.004 0.038 0.160 0.265 0.284 0.126 0.067 0.029 0.015 74 E 0.778 0.118 0.056 0.035 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.008 0.034 0.032 0.352 0.285 0.174 0.088 0.018 0.006 0.002 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.028 0.090 0.225 0.324 0.325 77 K 0.001 0.003 0.025 0.105 0.270 0.309 0.216 0.047 0.018 0.005 0.002 78 Q 0.032 0.051 0.830 0.076 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 W 0.001 0.002 0.002 0.013 0.049 0.212 0.512 0.140 0.046 0.018 0.006 80 F 0.002 0.002 0.002 0.005 0.008 0.023 0.136 0.215 0.263 0.199 0.144 81 G 0.165 0.207 0.161 0.147 0.117 0.083 0.063 0.023 0.014 0.011 0.009 82 D 0.272 0.330 0.230 0.122 0.031 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 83 P 0.046 0.017 0.006 0.026 0.056 0.116 0.230 0.180 0.146 0.110 0.068 84 N 0.482 0.290 0.057 0.088 0.037 0.021 0.012 0.005 0.003 0.002 0.002 85 K 0.141 0.164 0.099 0.174 0.153 0.115 0.087 0.031 0.021 0.011 0.004 86 S 0.301 0.154 0.076 0.116 0.081 0.075 0.073 0.045 0.033 0.025 0.019 87 E 0.113 0.111 0.101 0.181 0.158 0.119 0.115 0.048 0.028 0.017 0.009 88 Q 0.074 0.106 0.143 0.226 0.132 0.096 0.107 0.051 0.032 0.021 0.012 89 R 0.047 0.060 0.100 0.157 0.140 0.142 0.159 0.083 0.059 0.034 0.019 90 N 0.275 0.147 0.115 0.142 0.086 0.073 0.069 0.036 0.027 0.018 0.012 91 A 0.197 0.145 0.072 0.113 0.084 0.077 0.106 0.067 0.063 0.049 0.027 92 G 0.421 0.149 0.045 0.093 0.069 0.063 0.059 0.034 0.031 0.023 0.014 93 N 0.309 0.201 0.066 0.169 0.100 0.059 0.043 0.021 0.015 0.009 0.005 94 I 0.026 0.037 0.032 0.093 0.117 0.140 0.191 0.138 0.117 0.071 0.038 95 T 0.048 0.097 0.069 0.229 0.196 0.129 0.108 0.058 0.036 0.019 0.010 96 L 0.007 0.008 0.008 0.026 0.042 0.063 0.146 0.197 0.222 0.177 0.105 97 D 0.056 0.093 0.087 0.216 0.180 0.140 0.115 0.054 0.033 0.016 0.010 98 S 0.031 0.043 0.026 0.085 0.089 0.108 0.187 0.152 0.132 0.094 0.052 99 Y 0.026 0.025 0.013 0.049 0.060 0.087 0.164 0.156 0.168 0.148 0.103 100 T 0.063 0.082 0.047 0.129 0.120 0.102 0.142 0.098 0.091 0.072 0.054 101 W 0.022 0.033 0.018 0.073 0.090 0.100 0.172 0.151 0.142 0.116 0.083 102 V 0.066 0.100 0.057 0.179 0.145 0.129 0.130 0.079 0.058 0.035 0.024 103 K 0.204 0.106 0.057 0.135 0.120 0.110 0.113 0.063 0.046 0.029 0.016 104 D 0.443 0.200 0.062 0.130 0.062 0.039 0.029 0.014 0.010 0.007 0.004 105 G 0.236 0.136 0.058 0.149 0.117 0.091 0.089 0.050 0.038 0.025 0.013 106 A 0.031 0.048 0.026 0.099 0.109 0.123 0.185 0.133 0.115 0.079 0.052 107 V 0.008 0.028 0.025 0.110 0.142 0.155 0.180 0.136 0.104 0.068 0.045 108 I 0.003 0.004 0.004 0.020 0.035 0.065 0.172 0.208 0.218 0.167 0.103 109 N 0.012 0.018 0.017 0.088 0.114 0.134 0.186 0.150 0.124 0.091 0.066 110 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.011 0.047 0.109 0.243 0.313 0.264 111 Q 0.005 0.019 0.018 0.109 0.144 0.157 0.203 0.140 0.100 0.061 0.044 112 L 0.001 0.002 0.003 0.006 0.008 0.014 0.057 0.112 0.194 0.288 0.314 113 Y 0.017 0.031 0.030 0.148 0.172 0.158 0.189 0.115 0.073 0.042 0.025 114 K 0.093 0.092 0.058 0.162 0.139 0.127 0.144 0.076 0.058 0.035 0.016 115 N 0.150 0.111 0.057 0.146 0.108 0.099 0.105 0.073 0.065 0.055 0.032 116 S 0.163 0.109 0.053 0.139 0.111 0.102 0.117 0.070 0.063 0.044 0.028 117 T 0.108 0.102 0.048 0.109 0.095 0.105 0.136 0.091 0.093 0.068 0.047 118 V 0.028 0.035 0.023 0.057 0.057 0.071 0.122 0.140 0.187 0.150 0.130 119 A 0.059 0.043 0.044 0.112 0.105 0.114 0.145 0.108 0.114 0.085 0.072 120 R 0.099 0.086 0.115 0.195 0.157 0.119 0.096 0.055 0.042 0.024 0.011 121 S 0.055 0.054 0.071 0.132 0.127 0.143 0.160 0.100 0.084 0.048 0.025 122 I 0.011 0.011 0.014 0.028 0.038 0.059 0.128 0.157 0.195 0.197 0.163 123 S 0.062 0.086 0.073 0.107 0.094 0.100 0.152 0.108 0.102 0.071 0.045 124 N 0.130 0.124 0.098 0.185 0.142 0.114 0.100 0.048 0.033 0.018 0.008 125 F 0.013 0.009 0.008 0.021 0.029 0.044 0.115 0.142 0.204 0.216 0.199 126 S 0.153 0.171 0.094 0.189 0.125 0.082 0.075 0.042 0.035 0.021 0.011 127 F 0.051 0.043 0.024 0.079 0.099 0.126 0.175 0.133 0.129 0.087 0.054 128 S 0.054 0.059 0.032 0.078 0.079 0.095 0.156 0.144 0.128 0.102 0.072 129 R 0.215 0.137 0.079 0.144 0.119 0.091 0.092 0.052 0.036 0.023 0.012 130 E 0.243 0.147 0.088 0.197 0.141 0.076 0.054 0.024 0.016 0.009 0.005 131 A 0.147 0.063 0.042 0.080 0.068 0.085 0.148 0.116 0.115 0.089 0.048 132 K 0.236 0.129 0.169 0.232 0.114 0.057 0.041 0.012 0.007 0.003 0.001 133 I 0.004 0.008 0.011 0.013 0.021 0.039 0.105 0.145 0.229 0.226 0.201 134 G 0.020 0.204 0.076 0.142 0.117 0.118 0.123 0.073 0.059 0.041 0.027 135 K 0.229 0.079 0.091 0.204 0.183 0.112 0.068 0.019 0.010 0.003 0.001 136 E 0.567 0.139 0.153 0.080 0.033 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 137 D 0.007 0.031 0.047 0.174 0.158 0.185 0.201 0.097 0.060 0.027 0.013 138 Y 0.004 0.004 0.009 0.015 0.032 0.067 0.187 0.201 0.220 0.159 0.102 139 D 0.071 0.078 0.659 0.116 0.046 0.020 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 140 E 0.012 0.057 0.275 0.290 0.195 0.104 0.050 0.011 0.004 0.002 0.001 141 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.059 0.101 0.195 0.264 0.364 142 K 0.094 0.170 0.204 0.219 0.156 0.086 0.051 0.011 0.006 0.002 0.001 143 I 0.052 0.075 0.208 0.156 0.125 0.118 0.146 0.061 0.032 0.020 0.007 144 G 0.469 0.150 0.066 0.112 0.070 0.046 0.048 0.017 0.011 0.006 0.005 145 E 0.016 0.027 0.019 0.042 0.073 0.123 0.293 0.182 0.121 0.069 0.036 146 S 0.039 0.570 0.076 0.130 0.062 0.040 0.032 0.016 0.012 0.012 0.010 147 Y 0.003 0.008 0.007 0.042 0.147 0.272 0.291 0.117 0.067 0.029 0.017 148 K 0.776 0.132 0.034 0.038 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.015 0.062 0.062 0.482 0.255 0.095 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 150 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.030 0.104 0.251 0.328 0.278 151 V 0.001 0.001 0.005 0.044 0.180 0.324 0.297 0.095 0.037 0.012 0.006 152 E 0.006 0.031 0.828 0.114 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.001 0.003 0.006 0.027 0.083 0.275 0.461 0.104 0.029 0.009 0.003 154 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.076 0.182 0.261 0.250 0.215 155 G 0.187 0.273 0.136 0.160 0.110 0.064 0.040 0.014 0.007 0.006 0.004 156 E 0.242 0.371 0.192 0.140 0.039 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 157 P 0.011 0.007 0.003 0.013 0.031 0.062 0.162 0.183 0.220 0.179 0.129 158 D 0.311 0.245 0.089 0.181 0.085 0.045 0.026 0.008 0.005 0.002 0.002 159 V 0.117 0.176 0.086 0.175 0.148 0.115 0.101 0.038 0.024 0.013 0.006 160 L 0.026 0.021 0.017 0.043 0.053 0.099 0.164 0.161 0.161 0.143 0.112 161 S 0.082 0.099 0.066 0.149 0.132 0.127 0.162 0.081 0.054 0.031 0.017 162 Q 0.091 0.119 0.201 0.252 0.137 0.072 0.064 0.028 0.019 0.011 0.006 163 S 0.062 0.071 0.053 0.125 0.126 0.125 0.174 0.105 0.084 0.051 0.025 164 M 0.092 0.075 0.059 0.141 0.122 0.135 0.148 0.087 0.073 0.046 0.024 165 S 0.147 0.107 0.070 0.110 0.099 0.098 0.138 0.086 0.072 0.047 0.026 166 S 0.247 0.221 0.093 0.138 0.090 0.070 0.065 0.034 0.023 0.013 0.005 167 D 0.663 0.196 0.036 0.055 0.024 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 168 K 0.269 0.157 0.054 0.163 0.119 0.085 0.071 0.036 0.026 0.014 0.006 169 E 0.254 0.131 0.083 0.174 0.115 0.079 0.075 0.041 0.027 0.014 0.007 170 E 0.017 0.046 0.046 0.167 0.165 0.174 0.190 0.096 0.060 0.027 0.013 171 M 0.010 0.013 0.016 0.044 0.061 0.109 0.191 0.204 0.176 0.121 0.054 172 Q 0.018 0.040 0.050 0.167 0.176 0.164 0.165 0.100 0.067 0.036 0.016 173 T 0.003 0.007 0.015 0.030 0.040 0.064 0.161 0.178 0.222 0.178 0.102 174 V 0.006 0.012 0.013 0.072 0.105 0.136 0.205 0.171 0.137 0.096 0.048 175 W 0.002 0.005 0.005 0.029 0.053 0.084 0.170 0.202 0.198 0.154 0.097 176 S 0.012 0.029 0.055 0.109 0.142 0.153 0.189 0.129 0.097 0.054 0.030 177 S 0.094 0.098 0.054 0.155 0.132 0.127 0.160 0.085 0.050 0.032 0.014 178 G 0.339 0.206 0.070 0.168 0.095 0.051 0.037 0.015 0.009 0.006 0.003 179 I 0.025 0.035 0.018 0.051 0.050 0.056 0.125 0.131 0.157 0.181 0.173 180 K 0.151 0.223 0.101 0.223 0.124 0.067 0.058 0.022 0.015 0.009 0.006 181 T 0.235 0.131 0.051 0.116 0.090 0.093 0.109 0.062 0.056 0.036 0.021 182 K 0.342 0.176 0.062 0.150 0.087 0.067 0.054 0.024 0.018 0.012 0.009 183 S 0.367 0.146 0.058 0.099 0.079 0.072 0.063 0.036 0.036 0.026 0.018 184 S 0.244 0.197 0.072 0.197 0.108 0.070 0.053 0.025 0.017 0.011 0.005 185 S 0.168 0.174 0.094 0.213 0.160 0.095 0.056 0.021 0.011 0.006 0.003 186 A 0.013 0.020 0.015 0.088 0.112 0.128 0.231 0.174 0.117 0.069 0.032 187 T 0.006 0.029 0.042 0.243 0.286 0.218 0.118 0.036 0.014 0.006 0.003 188 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.059 0.161 0.288 0.289 0.189 189 E 0.006 0.034 0.037 0.398 0.326 0.131 0.047 0.014 0.004 0.002 0.001 190 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.030 0.087 0.247 0.343 0.287 191 Y 0.004 0.023 0.024 0.263 0.295 0.184 0.146 0.038 0.017 0.004 0.002 192 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.073 0.144 0.263 0.300 0.198 193 E 0.071 0.216 0.129 0.365 0.145 0.047 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 194 N 0.239 0.238 0.069 0.196 0.115 0.069 0.051 0.015 0.005 0.002 0.001 195 G 0.698 0.176 0.028 0.056 0.022 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 196 L 0.066 0.205 0.076 0.292 0.200 0.103 0.044 0.009 0.004 0.001 0.001 197 L 0.006 0.006 0.003 0.009 0.012 0.021 0.079 0.133 0.251 0.251 0.229 198 K 0.017 0.065 0.085 0.302 0.265 0.158 0.077 0.020 0.008 0.002 0.001 199 N 0.172 0.177 0.178 0.213 0.114 0.064 0.048 0.019 0.010 0.004 0.002 200 K 0.093 0.092 0.121 0.201 0.171 0.143 0.101 0.041 0.022 0.010 0.005 201 T 0.125 0.125 0.093 0.110 0.095 0.094 0.149 0.091 0.065 0.037 0.017 202 Q 0.023 0.056 0.084 0.193 0.198 0.146 0.154 0.076 0.042 0.021 0.008 203 K 0.257 0.219 0.281 0.142 0.057 0.023 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 204 D 0.273 0.140 0.115 0.179 0.121 0.079 0.058 0.020 0.011 0.005 0.002 205 L 0.102 0.044 0.031 0.042 0.047 0.072 0.136 0.137 0.153 0.140 0.095 206 E 0.253 0.368 0.091 0.139 0.072 0.033 0.022 0.010 0.006 0.003 0.002