# TARGET T0399 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.003 0.984 2 S 0.002 0.006 0.010 0.051 0.005 0.019 0.907 3 M 0.005 0.006 0.094 0.206 0.067 0.165 0.458 4 K 0.005 0.002 0.108 0.237 0.048 0.222 0.379 5 K 0.006 0.004 0.085 0.296 0.075 0.141 0.393 6 T 0.006 0.004 0.035 0.351 0.097 0.080 0.427 7 K 0.002 0.002 0.028 0.789 0.025 0.049 0.105 8 N 0.001 0.001 0.011 0.934 0.008 0.022 0.023 9 W 0.001 0.001 0.006 0.981 0.001 0.005 0.005 10 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 13 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 17 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 19 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 22 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 23 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.015 0.001 24 G 0.001 0.001 0.002 0.945 0.001 0.049 0.002 25 C 0.006 0.003 0.012 0.877 0.010 0.062 0.031 26 Q 0.033 0.010 0.037 0.590 0.062 0.119 0.149 27 S 0.042 0.016 0.059 0.258 0.139 0.139 0.347 28 K 0.038 0.012 0.084 0.159 0.223 0.205 0.280 29 E 0.043 0.010 0.110 0.082 0.259 0.311 0.186 30 D 0.040 0.011 0.155 0.053 0.166 0.354 0.221 31 K 0.053 0.015 0.165 0.045 0.169 0.297 0.255 32 K 0.087 0.032 0.111 0.036 0.155 0.362 0.217 33 G 0.071 0.016 0.063 0.020 0.171 0.476 0.184 34 G 0.067 0.022 0.029 0.011 0.237 0.235 0.399 35 T 0.096 0.052 0.023 0.010 0.155 0.061 0.602 36 K 0.085 0.040 0.030 0.022 0.165 0.049 0.609 37 P 0.023 0.009 0.143 0.086 0.105 0.284 0.350 38 S 0.014 0.012 0.140 0.179 0.075 0.395 0.185 39 N 0.016 0.009 0.126 0.311 0.071 0.225 0.243 40 E 0.025 0.007 0.101 0.387 0.089 0.092 0.298 41 A 0.033 0.009 0.123 0.496 0.062 0.092 0.185 42 A 0.033 0.013 0.096 0.605 0.036 0.120 0.098 43 L 0.027 0.010 0.069 0.576 0.044 0.151 0.122 44 T 0.041 0.007 0.057 0.518 0.051 0.118 0.207 45 K 0.039 0.006 0.048 0.484 0.080 0.137 0.206 46 T 0.019 0.006 0.061 0.401 0.070 0.146 0.297 47 E 0.018 0.008 0.075 0.343 0.089 0.246 0.220 48 N 0.021 0.005 0.082 0.314 0.091 0.225 0.262 49 L 0.029 0.007 0.076 0.358 0.119 0.156 0.255 50 D 0.050 0.011 0.091 0.364 0.086 0.161 0.238 51 F 0.129 0.021 0.079 0.412 0.066 0.108 0.184 52 R 0.245 0.023 0.053 0.324 0.065 0.077 0.213 53 L 0.369 0.035 0.028 0.220 0.091 0.064 0.192 54 S 0.233 0.017 0.022 0.187 0.067 0.113 0.361 55 F 0.098 0.009 0.098 0.358 0.062 0.111 0.264 56 N 0.085 0.003 0.126 0.221 0.175 0.222 0.168 57 K 0.254 0.007 0.153 0.144 0.097 0.219 0.127 58 I 0.569 0.029 0.013 0.093 0.027 0.016 0.253 59 K 0.724 0.019 0.005 0.041 0.016 0.011 0.183 60 V 0.528 0.015 0.011 0.038 0.032 0.019 0.356 61 T 0.345 0.015 0.010 0.022 0.071 0.027 0.510 62 T 0.175 0.014 0.060 0.031 0.219 0.071 0.430 63 D 0.096 0.015 0.097 0.023 0.126 0.115 0.528 64 Q 0.057 0.013 0.239 0.051 0.151 0.219 0.271 65 N 0.047 0.006 0.123 0.039 0.159 0.463 0.163 66 H 0.127 0.025 0.051 0.020 0.268 0.262 0.246 67 F 0.185 0.079 0.006 0.006 0.157 0.029 0.537 68 S 0.214 0.091 0.006 0.003 0.141 0.050 0.496 69 G 0.125 0.028 0.013 0.004 0.183 0.364 0.282 70 G 0.079 0.017 0.009 0.005 0.284 0.241 0.367 71 T 0.060 0.045 0.001 0.006 0.310 0.014 0.564 72 S 0.042 0.075 0.001 0.010 0.053 0.003 0.816 73 I 0.001 0.001 0.013 0.979 0.001 0.004 0.003 74 E 0.001 0.001 0.011 0.987 0.001 0.002 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.010 0.988 0.001 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.002 0.001 77 K 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.005 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.006 0.966 0.001 0.026 0.001 79 W 0.001 0.001 0.008 0.929 0.003 0.054 0.005 80 F 0.006 0.008 0.022 0.638 0.046 0.234 0.048 81 G 0.009 0.013 0.013 0.105 0.349 0.245 0.265 82 D 0.014 0.006 0.003 0.008 0.195 0.015 0.759 83 P 0.016 0.007 0.055 0.090 0.119 0.338 0.375 84 N 0.052 0.016 0.080 0.097 0.158 0.339 0.258 85 K 0.184 0.028 0.073 0.082 0.159 0.066 0.408 86 S 0.359 0.031 0.027 0.108 0.093 0.042 0.341 87 E 0.593 0.020 0.020 0.061 0.085 0.037 0.184 88 Q 0.661 0.035 0.017 0.039 0.059 0.034 0.155 89 R 0.499 0.029 0.028 0.039 0.077 0.050 0.278 90 N 0.268 0.015 0.076 0.050 0.093 0.313 0.185 91 A 0.079 0.006 0.063 0.020 0.115 0.654 0.063 92 G 0.072 0.004 0.034 0.007 0.211 0.580 0.092 93 N 0.235 0.011 0.021 0.006 0.231 0.188 0.309 94 I 0.665 0.040 0.004 0.004 0.055 0.012 0.221 95 T 0.893 0.021 0.002 0.003 0.009 0.003 0.071 96 L 0.925 0.006 0.001 0.002 0.009 0.003 0.053 97 D 0.899 0.004 0.002 0.003 0.013 0.006 0.074 98 S 0.854 0.004 0.004 0.007 0.028 0.007 0.096 99 Y 0.842 0.006 0.006 0.009 0.023 0.013 0.101 100 T 0.888 0.011 0.005 0.007 0.028 0.013 0.049 101 W 0.815 0.027 0.012 0.010 0.035 0.023 0.079 102 V 0.579 0.030 0.035 0.009 0.042 0.066 0.239 103 K 0.120 0.009 0.078 0.003 0.082 0.630 0.077 104 D 0.021 0.002 0.029 0.001 0.103 0.817 0.027 105 G 0.056 0.002 0.024 0.001 0.422 0.337 0.160 106 A 0.503 0.025 0.004 0.001 0.123 0.027 0.317 107 V 0.947 0.019 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 108 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 109 N 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 110 A 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 111 Q 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 112 L 0.932 0.009 0.001 0.002 0.003 0.003 0.050 113 Y 0.470 0.006 0.006 0.008 0.057 0.134 0.319 114 K 0.108 0.005 0.008 0.017 0.244 0.533 0.084 115 N 0.060 0.006 0.013 0.040 0.338 0.401 0.143 116 S 0.066 0.005 0.020 0.173 0.355 0.161 0.220 117 T 0.255 0.039 0.024 0.306 0.096 0.091 0.190 118 V 0.455 0.039 0.017 0.337 0.031 0.026 0.095 119 A 0.419 0.010 0.033 0.337 0.045 0.022 0.134 120 R 0.361 0.008 0.067 0.378 0.060 0.050 0.077 121 S 0.309 0.006 0.064 0.388 0.060 0.090 0.083 122 I 0.425 0.021 0.048 0.256 0.048 0.057 0.145 123 S 0.409 0.014 0.034 0.167 0.062 0.134 0.180 124 N 0.302 0.012 0.039 0.138 0.104 0.206 0.200 125 F 0.286 0.017 0.024 0.108 0.084 0.055 0.426 126 S 0.343 0.027 0.033 0.096 0.074 0.054 0.374 127 F 0.346 0.030 0.037 0.078 0.072 0.050 0.387 128 S 0.243 0.019 0.037 0.071 0.094 0.101 0.434 129 R 0.131 0.014 0.037 0.061 0.185 0.263 0.308 130 E 0.058 0.005 0.073 0.032 0.240 0.246 0.346 131 A 0.096 0.012 0.049 0.027 0.306 0.097 0.412 132 K 0.165 0.046 0.035 0.017 0.127 0.118 0.493 133 I 0.114 0.074 0.003 0.008 0.123 0.008 0.670 134 G 0.042 0.015 0.002 0.006 0.019 0.003 0.914 135 K 0.005 0.002 0.177 0.748 0.009 0.042 0.018 136 E 0.002 0.001 0.213 0.707 0.005 0.066 0.006 137 D 0.004 0.002 0.325 0.590 0.006 0.051 0.021 138 Y 0.004 0.004 0.168 0.758 0.007 0.034 0.026 139 D 0.005 0.002 0.128 0.709 0.023 0.098 0.035 140 E 0.011 0.003 0.112 0.726 0.014 0.109 0.025 141 L 0.068 0.015 0.024 0.426 0.165 0.040 0.262 142 K 0.069 0.022 0.040 0.220 0.067 0.076 0.506 143 I 0.012 0.006 0.060 0.150 0.075 0.662 0.034 144 G 0.006 0.002 0.026 0.032 0.067 0.790 0.077 145 E 0.024 0.024 0.008 0.026 0.215 0.034 0.669 146 S 0.025 0.050 0.004 0.046 0.040 0.011 0.825 147 Y 0.001 0.001 0.018 0.966 0.001 0.008 0.006 148 K 0.001 0.001 0.010 0.985 0.001 0.003 0.001 149 K 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 150 V 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.003 0.001 151 V 0.002 0.001 0.007 0.984 0.001 0.005 0.001 152 E 0.001 0.001 0.007 0.970 0.001 0.020 0.001 153 K 0.002 0.001 0.008 0.935 0.002 0.049 0.004 154 L 0.005 0.004 0.016 0.748 0.033 0.158 0.035 155 G 0.009 0.006 0.015 0.219 0.176 0.400 0.176 156 E 0.022 0.005 0.002 0.037 0.264 0.024 0.646 157 P 0.037 0.006 0.021 0.181 0.078 0.087 0.591 158 D 0.116 0.012 0.051 0.262 0.174 0.115 0.270 159 V 0.358 0.025 0.059 0.260 0.064 0.049 0.185 160 L 0.518 0.028 0.024 0.243 0.026 0.021 0.139 161 S 0.469 0.010 0.027 0.189 0.048 0.040 0.218 162 Q 0.371 0.010 0.042 0.135 0.086 0.052 0.303 163 S 0.264 0.015 0.035 0.097 0.096 0.062 0.430 164 M 0.142 0.014 0.052 0.079 0.109 0.132 0.472 165 S 0.087 0.011 0.060 0.068 0.124 0.255 0.396 166 S 0.051 0.006 0.042 0.032 0.210 0.416 0.244 167 D 0.063 0.005 0.036 0.020 0.263 0.358 0.254 168 K 0.148 0.013 0.041 0.042 0.260 0.121 0.375 169 E 0.400 0.021 0.021 0.031 0.106 0.045 0.374 170 E 0.772 0.028 0.006 0.017 0.026 0.011 0.140 171 M 0.906 0.006 0.002 0.007 0.009 0.004 0.066 172 Q 0.926 0.003 0.002 0.005 0.009 0.004 0.050 173 T 0.943 0.001 0.002 0.004 0.008 0.003 0.038 174 V 0.961 0.006 0.001 0.005 0.006 0.002 0.020 175 W 0.929 0.005 0.002 0.008 0.005 0.004 0.048 176 S 0.723 0.014 0.008 0.026 0.038 0.038 0.154 177 S 0.322 0.010 0.020 0.037 0.115 0.349 0.148 178 G 0.106 0.006 0.029 0.011 0.225 0.391 0.232 179 I 0.177 0.042 0.029 0.010 0.208 0.102 0.432 180 K 0.301 0.072 0.031 0.009 0.162 0.100 0.326 181 T 0.237 0.040 0.042 0.004 0.164 0.093 0.419 182 K 0.123 0.022 0.058 0.003 0.187 0.266 0.339 183 S 0.079 0.010 0.090 0.002 0.257 0.317 0.245 184 S 0.059 0.010 0.098 0.001 0.352 0.348 0.132 185 S 0.149 0.008 0.065 0.001 0.211 0.246 0.320 186 A 0.393 0.015 0.008 0.001 0.212 0.037 0.335 187 T 0.883 0.008 0.001 0.001 0.008 0.003 0.097 188 I 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 189 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 190 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 191 Y 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 192 F 0.852 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.134 193 E 0.171 0.003 0.006 0.001 0.095 0.629 0.096 194 N 0.011 0.001 0.004 0.001 0.069 0.907 0.009 195 G 0.037 0.001 0.008 0.001 0.508 0.391 0.054 196 L 0.466 0.055 0.009 0.013 0.143 0.044 0.270 197 L 0.866 0.050 0.002 0.009 0.015 0.005 0.052 198 K 0.880 0.007 0.002 0.012 0.015 0.008 0.076 199 N 0.811 0.005 0.005 0.032 0.036 0.023 0.088 200 K 0.735 0.008 0.012 0.057 0.061 0.030 0.097 201 T 0.667 0.009 0.018 0.087 0.052 0.052 0.115 202 Q 0.487 0.012 0.042 0.147 0.068 0.080 0.164 203 K 0.304 0.018 0.051 0.126 0.181 0.111 0.210 204 D 0.142 0.015 0.065 0.084 0.180 0.175 0.339 205 L 0.062 0.025 0.015 0.054 0.072 0.032 0.741 206 E 0.010 0.003 0.005 0.008 0.008 0.006 0.960