# TARGET T0399 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.310 0.108 0.267 0.052 0.087 0.016 0.060 0.020 0.041 0.039 0.001 2 S 0.515 0.026 0.320 0.065 0.008 0.037 0.007 0.003 0.004 0.005 0.012 3 M 0.720 0.064 0.072 0.101 0.014 0.008 0.008 0.004 0.005 0.003 0.001 4 K 0.729 0.031 0.092 0.099 0.006 0.015 0.016 0.004 0.006 0.001 0.001 5 K 0.600 0.059 0.092 0.147 0.016 0.017 0.042 0.006 0.018 0.003 0.001 6 T 0.601 0.064 0.161 0.091 0.009 0.034 0.020 0.004 0.010 0.004 0.002 7 K 0.645 0.099 0.152 0.057 0.012 0.012 0.010 0.003 0.007 0.003 0.001 8 N 0.782 0.019 0.076 0.039 0.005 0.025 0.034 0.010 0.005 0.003 0.001 9 W 0.969 0.009 0.006 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.986 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 F 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 C 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 M 0.969 0.003 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.828 0.008 0.009 0.148 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 G 0.736 0.014 0.031 0.121 0.013 0.009 0.041 0.025 0.005 0.005 0.001 25 C 0.541 0.099 0.110 0.183 0.022 0.021 0.007 0.002 0.012 0.002 0.001 26 Q 0.462 0.068 0.112 0.253 0.034 0.027 0.023 0.007 0.009 0.005 0.001 27 S 0.268 0.189 0.186 0.206 0.090 0.024 0.008 0.006 0.017 0.006 0.001 28 K 0.418 0.103 0.100 0.241 0.038 0.021 0.030 0.018 0.020 0.009 0.001 29 E 0.337 0.115 0.116 0.220 0.044 0.024 0.084 0.016 0.028 0.016 0.001 30 D 0.295 0.058 0.161 0.265 0.024 0.045 0.110 0.013 0.021 0.006 0.001 31 K 0.280 0.078 0.177 0.201 0.029 0.043 0.142 0.022 0.020 0.005 0.001 32 K 0.294 0.115 0.265 0.270 0.008 0.018 0.013 0.002 0.013 0.001 0.001 33 G 0.127 0.053 0.237 0.106 0.100 0.008 0.086 0.175 0.006 0.102 0.001 34 G 0.133 0.070 0.317 0.064 0.144 0.011 0.039 0.075 0.006 0.140 0.001 35 T 0.240 0.177 0.345 0.167 0.034 0.023 0.003 0.002 0.007 0.002 0.001 36 K 0.063 0.280 0.455 0.005 0.071 0.016 0.007 0.001 0.093 0.008 0.001 37 P 0.705 0.003 0.224 0.032 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 38 S 0.547 0.057 0.182 0.141 0.030 0.006 0.018 0.008 0.005 0.007 0.001 39 N 0.286 0.025 0.078 0.207 0.021 0.039 0.207 0.113 0.017 0.007 0.001 40 E 0.696 0.076 0.152 0.044 0.006 0.011 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 41 A 0.830 0.027 0.109 0.015 0.003 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 42 A 0.908 0.017 0.025 0.035 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.833 0.032 0.044 0.058 0.009 0.012 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 44 T 0.640 0.091 0.066 0.165 0.015 0.010 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 45 K 0.616 0.045 0.139 0.081 0.012 0.042 0.034 0.006 0.023 0.003 0.001 46 T 0.506 0.110 0.164 0.146 0.029 0.018 0.008 0.003 0.011 0.004 0.001 47 E 0.731 0.020 0.098 0.094 0.009 0.013 0.024 0.003 0.003 0.002 0.001 48 N 0.351 0.040 0.099 0.350 0.020 0.041 0.031 0.014 0.048 0.004 0.001 49 L 0.655 0.052 0.111 0.097 0.006 0.032 0.031 0.004 0.011 0.001 0.001 50 D 0.725 0.049 0.084 0.085 0.007 0.013 0.028 0.003 0.005 0.001 0.001 51 F 0.563 0.114 0.083 0.176 0.029 0.010 0.011 0.003 0.009 0.001 0.001 52 R 0.621 0.174 0.087 0.041 0.027 0.018 0.016 0.003 0.011 0.001 0.001 53 L 0.441 0.267 0.183 0.048 0.016 0.027 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 54 S 0.279 0.390 0.131 0.074 0.058 0.022 0.007 0.002 0.033 0.004 0.001 55 F 0.828 0.027 0.047 0.028 0.013 0.011 0.022 0.004 0.011 0.009 0.001 56 N 0.768 0.013 0.017 0.170 0.003 0.011 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 57 K 0.392 0.146 0.065 0.290 0.042 0.018 0.029 0.002 0.014 0.001 0.002 58 I 0.063 0.547 0.195 0.085 0.034 0.028 0.008 0.001 0.039 0.001 0.001 59 K 0.033 0.342 0.180 0.012 0.018 0.188 0.067 0.001 0.158 0.001 0.001 60 V 0.193 0.328 0.276 0.064 0.033 0.069 0.004 0.001 0.029 0.002 0.001 61 T 0.231 0.159 0.180 0.213 0.052 0.092 0.018 0.006 0.042 0.006 0.001 62 T 0.374 0.200 0.169 0.133 0.070 0.017 0.012 0.004 0.014 0.006 0.001 63 D 0.192 0.065 0.204 0.204 0.017 0.154 0.072 0.009 0.078 0.003 0.002 64 Q 0.399 0.099 0.229 0.185 0.012 0.031 0.016 0.005 0.021 0.002 0.001 65 N 0.340 0.062 0.212 0.248 0.021 0.023 0.063 0.015 0.008 0.007 0.001 66 H 0.152 0.053 0.104 0.349 0.029 0.038 0.203 0.041 0.027 0.003 0.001 67 F 0.060 0.307 0.505 0.043 0.033 0.033 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 68 S 0.074 0.264 0.418 0.079 0.046 0.040 0.019 0.003 0.052 0.005 0.001 69 G 0.127 0.036 0.669 0.066 0.031 0.009 0.020 0.021 0.003 0.016 0.002 70 G 0.034 0.013 0.058 0.079 0.052 0.004 0.049 0.582 0.004 0.123 0.001 71 T 0.007 0.175 0.707 0.012 0.071 0.017 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 72 S 0.008 0.085 0.806 0.002 0.042 0.041 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 73 I 0.994 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 W 0.904 0.002 0.005 0.087 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 F 0.365 0.007 0.029 0.584 0.002 0.003 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 81 G 0.094 0.012 0.147 0.016 0.052 0.003 0.030 0.124 0.006 0.517 0.001 82 D 0.053 0.038 0.789 0.005 0.006 0.036 0.008 0.001 0.049 0.001 0.016 83 P 0.291 0.003 0.659 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 84 N 0.327 0.116 0.148 0.194 0.063 0.067 0.038 0.022 0.021 0.003 0.001 85 K 0.347 0.274 0.143 0.156 0.036 0.022 0.005 0.002 0.016 0.001 0.001 86 S 0.210 0.403 0.187 0.088 0.064 0.022 0.003 0.002 0.020 0.001 0.001 87 E 0.206 0.403 0.136 0.096 0.100 0.020 0.005 0.001 0.031 0.002 0.001 88 Q 0.152 0.272 0.395 0.058 0.036 0.056 0.005 0.002 0.020 0.002 0.002 89 R 0.139 0.372 0.283 0.068 0.048 0.029 0.007 0.002 0.048 0.004 0.001 90 N 0.268 0.152 0.279 0.097 0.032 0.061 0.046 0.008 0.043 0.011 0.003 91 A 0.164 0.072 0.205 0.338 0.030 0.016 0.131 0.011 0.021 0.011 0.001 92 G 0.021 0.005 0.031 0.027 0.044 0.001 0.086 0.609 0.001 0.174 0.001 93 N 0.060 0.309 0.374 0.121 0.062 0.033 0.022 0.006 0.012 0.002 0.001 94 I 0.007 0.642 0.271 0.006 0.043 0.015 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 95 T 0.010 0.842 0.098 0.005 0.025 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 96 L 0.012 0.637 0.238 0.006 0.055 0.034 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 97 D 0.039 0.663 0.138 0.022 0.086 0.025 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 98 S 0.029 0.606 0.112 0.019 0.199 0.010 0.003 0.001 0.019 0.002 0.001 99 Y 0.064 0.451 0.277 0.032 0.116 0.031 0.005 0.003 0.015 0.005 0.001 100 T 0.045 0.718 0.069 0.038 0.092 0.011 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 101 W 0.064 0.333 0.343 0.029 0.106 0.048 0.019 0.006 0.041 0.010 0.001 102 V 0.165 0.275 0.381 0.063 0.035 0.044 0.006 0.003 0.019 0.005 0.003 103 K 0.205 0.300 0.128 0.116 0.073 0.036 0.060 0.008 0.054 0.018 0.001 104 D 0.069 0.037 0.107 0.242 0.042 0.017 0.425 0.026 0.019 0.013 0.003 105 G 0.016 0.013 0.053 0.038 0.089 0.002 0.084 0.635 0.001 0.069 0.001 106 A 0.012 0.437 0.419 0.017 0.093 0.011 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 107 V 0.003 0.802 0.131 0.002 0.040 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 108 I 0.008 0.834 0.105 0.005 0.020 0.017 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 109 N 0.002 0.805 0.090 0.002 0.057 0.018 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 110 A 0.003 0.826 0.083 0.001 0.063 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 111 Q 0.004 0.773 0.133 0.002 0.023 0.033 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 112 L 0.035 0.609 0.230 0.016 0.016 0.055 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 113 Y 0.058 0.310 0.358 0.032 0.061 0.082 0.019 0.002 0.072 0.006 0.001 114 K 0.346 0.092 0.292 0.083 0.022 0.041 0.076 0.009 0.017 0.018 0.004 115 N 0.209 0.069 0.100 0.308 0.037 0.025 0.191 0.042 0.013 0.005 0.002 116 S 0.229 0.152 0.229 0.088 0.079 0.020 0.090 0.082 0.013 0.018 0.001 117 T 0.223 0.355 0.263 0.048 0.037 0.037 0.010 0.002 0.021 0.002 0.001 118 V 0.395 0.329 0.149 0.047 0.031 0.023 0.005 0.001 0.018 0.002 0.001 119 A 0.480 0.186 0.151 0.084 0.039 0.035 0.007 0.002 0.013 0.002 0.001 120 R 0.464 0.250 0.148 0.046 0.050 0.019 0.007 0.002 0.015 0.001 0.001 121 S 0.451 0.223 0.181 0.045 0.028 0.036 0.010 0.003 0.021 0.001 0.001 122 I 0.347 0.233 0.207 0.114 0.011 0.039 0.006 0.001 0.040 0.001 0.001 123 S 0.497 0.097 0.269 0.074 0.032 0.009 0.008 0.003 0.004 0.006 0.001 124 N 0.135 0.034 0.047 0.438 0.025 0.042 0.197 0.046 0.032 0.003 0.001 125 F 0.048 0.330 0.514 0.025 0.021 0.039 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 126 S 0.170 0.584 0.134 0.041 0.033 0.020 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 127 F 0.178 0.346 0.226 0.081 0.031 0.064 0.017 0.002 0.052 0.002 0.001 128 S 0.330 0.265 0.167 0.088 0.050 0.031 0.017 0.005 0.041 0.007 0.001 129 R 0.444 0.109 0.087 0.153 0.050 0.048 0.076 0.007 0.017 0.008 0.001 130 E 0.257 0.103 0.164 0.353 0.023 0.033 0.036 0.005 0.022 0.001 0.003 131 A 0.133 0.202 0.436 0.053 0.075 0.016 0.040 0.016 0.022 0.007 0.001 132 K 0.155 0.167 0.394 0.071 0.021 0.103 0.058 0.004 0.021 0.002 0.005 133 I 0.028 0.467 0.362 0.051 0.048 0.031 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 134 G 0.007 0.247 0.418 0.004 0.259 0.030 0.001 0.001 0.023 0.011 0.001 135 K 0.976 0.004 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 E 0.957 0.002 0.007 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 D 0.794 0.005 0.015 0.160 0.002 0.008 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 138 Y 0.937 0.003 0.017 0.034 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 139 D 0.950 0.002 0.006 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 E 0.509 0.024 0.016 0.427 0.010 0.003 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 141 L 0.136 0.213 0.429 0.127 0.021 0.032 0.009 0.001 0.031 0.001 0.001 142 K 0.068 0.335 0.367 0.011 0.024 0.056 0.041 0.001 0.096 0.001 0.001 143 I 0.056 0.015 0.887 0.017 0.001 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 144 G 0.020 0.002 0.019 0.018 0.016 0.001 0.020 0.738 0.001 0.164 0.001 145 E 0.019 0.153 0.675 0.020 0.048 0.052 0.015 0.001 0.014 0.002 0.001 146 S 0.011 0.086 0.828 0.003 0.025 0.033 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 147 Y 0.991 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 E 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.940 0.004 0.006 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.426 0.008 0.033 0.527 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 155 G 0.073 0.005 0.070 0.014 0.039 0.001 0.041 0.297 0.003 0.457 0.001 156 E 0.067 0.079 0.749 0.007 0.018 0.023 0.008 0.001 0.038 0.006 0.004 157 P 0.168 0.004 0.776 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 158 D 0.611 0.042 0.116 0.172 0.016 0.025 0.006 0.004 0.005 0.001 0.001 159 V 0.165 0.577 0.138 0.028 0.055 0.018 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 160 L 0.220 0.519 0.110 0.080 0.030 0.019 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 161 S 0.145 0.459 0.117 0.044 0.183 0.022 0.006 0.002 0.021 0.002 0.001 162 Q 0.144 0.431 0.231 0.063 0.063 0.037 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 163 S 0.158 0.371 0.226 0.066 0.099 0.022 0.006 0.003 0.044 0.004 0.001 164 M 0.210 0.209 0.375 0.079 0.041 0.043 0.012 0.002 0.024 0.004 0.002 165 S 0.241 0.182 0.240 0.226 0.040 0.032 0.008 0.004 0.019 0.007 0.001 166 S 0.174 0.151 0.219 0.157 0.114 0.016 0.062 0.012 0.026 0.068 0.001 167 D 0.123 0.034 0.113 0.242 0.034 0.053 0.308 0.060 0.018 0.013 0.003 168 K 0.203 0.276 0.218 0.169 0.058 0.017 0.032 0.014 0.011 0.002 0.001 169 E 0.083 0.467 0.290 0.057 0.059 0.022 0.007 0.002 0.012 0.001 0.001 170 E 0.018 0.792 0.103 0.009 0.061 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 171 M 0.016 0.766 0.072 0.015 0.118 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 172 Q 0.007 0.769 0.060 0.005 0.146 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 173 T 0.006 0.814 0.066 0.002 0.098 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 174 V 0.014 0.880 0.064 0.003 0.016 0.009 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 175 W 0.044 0.675 0.172 0.006 0.070 0.021 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 176 S 0.150 0.533 0.113 0.053 0.083 0.019 0.007 0.001 0.036 0.004 0.001 177 S 0.183 0.109 0.389 0.204 0.066 0.006 0.020 0.003 0.008 0.012 0.001 178 G 0.015 0.002 0.018 0.018 0.015 0.002 0.156 0.723 0.003 0.047 0.001 179 I 0.055 0.224 0.633 0.034 0.012 0.031 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 180 K 0.054 0.319 0.321 0.078 0.034 0.097 0.038 0.005 0.051 0.003 0.001 181 T 0.145 0.290 0.251 0.126 0.116 0.024 0.012 0.008 0.018 0.009 0.001 182 K 0.198 0.150 0.220 0.149 0.084 0.063 0.042 0.013 0.067 0.012 0.001 183 S 0.216 0.096 0.233 0.257 0.089 0.028 0.028 0.019 0.014 0.018 0.002 184 S 0.272 0.126 0.213 0.255 0.071 0.015 0.017 0.009 0.012 0.009 0.001 185 S 0.089 0.122 0.224 0.253 0.173 0.011 0.035 0.061 0.010 0.021 0.001 186 A 0.016 0.367 0.257 0.054 0.258 0.013 0.011 0.006 0.009 0.008 0.001 187 T 0.001 0.805 0.067 0.003 0.117 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 188 I 0.001 0.876 0.063 0.001 0.046 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 189 E 0.001 0.849 0.118 0.001 0.009 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 190 L 0.001 0.930 0.027 0.001 0.021 0.008 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 191 Y 0.001 0.893 0.074 0.001 0.006 0.016 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 192 F 0.004 0.610 0.245 0.003 0.059 0.042 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 193 E 0.191 0.498 0.076 0.040 0.021 0.045 0.005 0.001 0.116 0.007 0.001 194 N 0.011 0.004 0.015 0.093 0.003 0.008 0.849 0.002 0.010 0.006 0.001 195 G 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.001 0.093 0.876 0.001 0.015 0.001 196 L 0.044 0.628 0.256 0.026 0.019 0.015 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 197 L 0.008 0.258 0.605 0.001 0.004 0.103 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 198 K 0.509 0.140 0.026 0.301 0.009 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 199 N 0.010 0.383 0.087 0.008 0.491 0.007 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 200 K 0.156 0.613 0.078 0.031 0.077 0.011 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 201 T 0.175 0.453 0.134 0.072 0.117 0.019 0.004 0.002 0.020 0.003 0.001 202 Q 0.258 0.235 0.152 0.189 0.037 0.059 0.021 0.004 0.039 0.004 0.001 203 K 0.353 0.223 0.183 0.121 0.052 0.018 0.016 0.003 0.023 0.009 0.001 204 D 0.089 0.012 0.088 0.116 0.007 0.143 0.487 0.005 0.049 0.001 0.004 205 L 0.393 0.082 0.228 0.255 0.007 0.019 0.004 0.002 0.007 0.001 0.002 206 E 0.343 0.129 0.253 0.109 0.042 0.027 0.032 0.020 0.011 0.032 0.001