# TARGET T0399 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.227 0.122 0.025 0.108 0.012 0.021 0.308 0.062 0.056 0.022 2 S 0.030 0.310 0.102 0.006 0.095 0.005 0.012 0.340 0.064 0.027 0.010 3 M 0.006 0.011 0.005 0.002 0.009 0.002 0.008 0.736 0.200 0.017 0.004 4 K 0.006 0.016 0.005 0.002 0.012 0.006 0.025 0.754 0.139 0.029 0.006 5 K 0.013 0.038 0.012 0.004 0.025 0.005 0.030 0.687 0.112 0.066 0.007 6 T 0.023 0.028 0.020 0.005 0.020 0.007 0.019 0.539 0.150 0.169 0.020 7 K 0.008 0.107 0.056 0.019 0.030 0.018 0.026 0.600 0.105 0.026 0.006 8 N 0.011 0.021 0.009 0.005 0.018 0.011 0.040 0.736 0.102 0.038 0.009 9 W 0.005 0.014 0.005 0.002 0.010 0.002 0.013 0.805 0.115 0.027 0.002 10 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.904 0.065 0.005 0.002 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.016 0.918 0.052 0.002 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.933 0.046 0.002 0.001 13 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.048 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.050 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 17 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.028 0.001 0.001 19 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.026 0.001 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.030 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.933 0.048 0.001 0.001 22 M 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.043 0.836 0.092 0.018 0.001 23 L 0.011 0.073 0.018 0.006 0.027 0.018 0.088 0.560 0.155 0.037 0.007 24 G 0.038 0.034 0.015 0.018 0.033 0.030 0.083 0.365 0.135 0.216 0.033 25 C 0.085 0.151 0.051 0.013 0.157 0.032 0.116 0.199 0.087 0.072 0.036 26 Q 0.121 0.152 0.061 0.020 0.199 0.025 0.057 0.113 0.061 0.119 0.072 27 S 0.082 0.274 0.097 0.014 0.244 0.013 0.024 0.114 0.056 0.056 0.025 28 K 0.051 0.104 0.087 0.033 0.077 0.031 0.050 0.297 0.157 0.083 0.029 29 E 0.031 0.095 0.052 0.051 0.074 0.049 0.088 0.281 0.134 0.116 0.030 30 D 0.071 0.191 0.087 0.026 0.176 0.016 0.033 0.137 0.085 0.133 0.045 31 K 0.051 0.045 0.044 0.012 0.044 0.014 0.042 0.271 0.208 0.215 0.055 32 K 0.040 0.167 0.090 0.042 0.094 0.042 0.131 0.206 0.086 0.084 0.019 33 G 0.044 0.184 0.134 0.097 0.088 0.032 0.028 0.055 0.056 0.211 0.070 34 G 0.069 0.145 0.173 0.060 0.117 0.027 0.021 0.080 0.052 0.176 0.082 35 T 0.120 0.224 0.080 0.009 0.240 0.010 0.024 0.115 0.067 0.070 0.040 36 K 0.083 0.312 0.261 0.018 0.180 0.007 0.011 0.070 0.018 0.017 0.024 37 P 0.061 0.139 0.074 0.016 0.105 0.015 0.022 0.354 0.124 0.058 0.033 38 S 0.020 0.135 0.069 0.026 0.054 0.045 0.067 0.461 0.077 0.035 0.011 39 N 0.048 0.039 0.021 0.011 0.043 0.007 0.011 0.258 0.100 0.388 0.072 40 E 0.027 0.108 0.049 0.005 0.066 0.004 0.009 0.572 0.100 0.051 0.009 41 A 0.032 0.041 0.012 0.002 0.051 0.004 0.012 0.690 0.121 0.025 0.011 42 A 0.010 0.027 0.011 0.005 0.025 0.005 0.018 0.788 0.089 0.018 0.005 43 L 0.024 0.019 0.006 0.003 0.032 0.005 0.023 0.727 0.108 0.043 0.010 44 T 0.021 0.060 0.024 0.005 0.052 0.006 0.018 0.650 0.106 0.051 0.009 45 K 0.067 0.035 0.017 0.003 0.054 0.007 0.026 0.438 0.115 0.189 0.047 46 T 0.039 0.184 0.102 0.016 0.102 0.008 0.014 0.380 0.088 0.050 0.018 47 E 0.004 0.011 0.007 0.009 0.007 0.042 0.160 0.638 0.103 0.015 0.004 48 N 0.080 0.089 0.037 0.011 0.129 0.007 0.023 0.206 0.093 0.259 0.067 49 L 0.102 0.207 0.044 0.004 0.240 0.005 0.008 0.167 0.078 0.099 0.047 50 D 0.182 0.065 0.019 0.007 0.201 0.008 0.027 0.277 0.070 0.078 0.064 51 F 0.171 0.140 0.021 0.007 0.267 0.007 0.011 0.206 0.064 0.063 0.044 52 R 0.103 0.085 0.017 0.012 0.205 0.017 0.038 0.328 0.078 0.075 0.042 53 L 0.267 0.115 0.020 0.005 0.313 0.007 0.020 0.154 0.031 0.027 0.040 54 S 0.075 0.227 0.092 0.018 0.190 0.013 0.025 0.181 0.052 0.103 0.025 55 F 0.145 0.090 0.026 0.014 0.187 0.011 0.015 0.275 0.117 0.060 0.060 56 N 0.015 0.068 0.024 0.018 0.044 0.039 0.074 0.560 0.125 0.023 0.009 57 K 0.072 0.050 0.012 0.003 0.098 0.003 0.020 0.238 0.147 0.317 0.040 58 I 0.175 0.234 0.054 0.005 0.350 0.005 0.011 0.073 0.031 0.026 0.036 59 K 0.181 0.159 0.050 0.009 0.315 0.008 0.020 0.072 0.041 0.066 0.079 60 V 0.106 0.266 0.080 0.009 0.241 0.009 0.028 0.133 0.059 0.037 0.032 61 T 0.127 0.156 0.087 0.018 0.221 0.017 0.037 0.078 0.061 0.130 0.068 62 T 0.061 0.294 0.132 0.020 0.155 0.022 0.048 0.130 0.075 0.041 0.021 63 D 0.150 0.137 0.069 0.010 0.185 0.008 0.025 0.099 0.071 0.135 0.111 64 Q 0.058 0.130 0.033 0.016 0.122 0.015 0.035 0.156 0.279 0.121 0.034 65 N 0.027 0.123 0.076 0.041 0.073 0.043 0.069 0.205 0.205 0.104 0.033 66 H 0.091 0.094 0.037 0.010 0.135 0.011 0.036 0.121 0.112 0.283 0.069 67 F 0.209 0.181 0.052 0.006 0.317 0.005 0.014 0.040 0.028 0.063 0.085 68 S 0.033 0.200 0.245 0.117 0.114 0.063 0.058 0.079 0.039 0.036 0.015 69 G 0.023 0.142 0.119 0.097 0.073 0.054 0.132 0.131 0.101 0.099 0.029 70 G 0.036 0.048 0.152 0.061 0.032 0.028 0.008 0.016 0.044 0.441 0.132 71 T 0.010 0.540 0.298 0.008 0.119 0.002 0.007 0.008 0.002 0.002 0.003 72 S 0.003 0.818 0.151 0.001 0.024 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.767 0.229 0.002 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.033 0.001 0.001 75 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.036 0.007 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.905 0.091 0.004 0.001 77 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.772 0.212 0.004 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.681 0.125 0.024 0.001 79 W 0.002 0.007 0.007 0.005 0.004 0.061 0.483 0.266 0.110 0.054 0.002 80 F 0.055 0.253 0.076 0.065 0.093 0.017 0.050 0.044 0.042 0.238 0.066 81 G 0.015 0.011 0.033 0.258 0.009 0.226 0.050 0.022 0.035 0.275 0.065 82 D 0.108 0.240 0.156 0.028 0.328 0.008 0.014 0.026 0.018 0.023 0.052 83 P 0.029 0.140 0.047 0.009 0.101 0.015 0.039 0.304 0.254 0.043 0.018 84 N 0.058 0.078 0.024 0.007 0.092 0.013 0.066 0.209 0.164 0.245 0.043 85 K 0.121 0.110 0.035 0.005 0.176 0.006 0.025 0.208 0.143 0.128 0.043 86 S 0.085 0.143 0.043 0.009 0.179 0.013 0.025 0.245 0.124 0.089 0.045 87 E 0.100 0.164 0.056 0.013 0.203 0.014 0.037 0.227 0.095 0.061 0.029 88 Q 0.129 0.104 0.051 0.013 0.198 0.019 0.041 0.194 0.084 0.112 0.055 89 R 0.083 0.259 0.131 0.027 0.178 0.023 0.037 0.149 0.044 0.044 0.024 90 N 0.107 0.084 0.118 0.054 0.086 0.054 0.090 0.196 0.066 0.087 0.059 91 A 0.039 0.163 0.112 0.177 0.076 0.078 0.098 0.112 0.047 0.070 0.027 92 G 0.021 0.178 0.127 0.196 0.056 0.072 0.033 0.061 0.052 0.166 0.040 93 N 0.131 0.058 0.025 0.021 0.134 0.020 0.028 0.044 0.066 0.348 0.125 94 I 0.199 0.204 0.029 0.002 0.522 0.001 0.002 0.008 0.005 0.008 0.019 95 T 0.101 0.322 0.038 0.003 0.502 0.003 0.005 0.009 0.003 0.004 0.010 96 L 0.447 0.065 0.009 0.003 0.381 0.003 0.005 0.007 0.004 0.009 0.068 97 D 0.202 0.097 0.039 0.028 0.280 0.036 0.043 0.039 0.028 0.086 0.121 98 S 0.169 0.241 0.070 0.009 0.385 0.004 0.005 0.021 0.019 0.036 0.041 99 Y 0.275 0.123 0.038 0.007 0.297 0.010 0.025 0.055 0.043 0.055 0.072 100 T 0.116 0.256 0.087 0.018 0.283 0.016 0.028 0.034 0.030 0.079 0.053 101 W 0.106 0.338 0.111 0.012 0.332 0.008 0.007 0.023 0.013 0.026 0.024 102 V 0.144 0.163 0.292 0.047 0.118 0.023 0.031 0.080 0.037 0.024 0.041 103 K 0.015 0.037 0.046 0.169 0.018 0.212 0.231 0.185 0.056 0.021 0.010 104 D 0.006 0.294 0.228 0.280 0.031 0.036 0.035 0.019 0.016 0.044 0.012 105 G 0.048 0.040 0.040 0.037 0.033 0.019 0.009 0.016 0.039 0.538 0.183 106 A 0.114 0.286 0.031 0.002 0.522 0.002 0.005 0.006 0.007 0.016 0.010 107 V 0.425 0.051 0.006 0.002 0.480 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.028 108 I 0.227 0.077 0.012 0.016 0.627 0.016 0.008 0.001 0.001 0.002 0.015 109 N 0.410 0.028 0.004 0.001 0.520 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 110 A 0.257 0.122 0.007 0.001 0.570 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 111 Q 0.326 0.066 0.006 0.001 0.546 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.051 112 L 0.157 0.272 0.050 0.015 0.331 0.019 0.012 0.017 0.016 0.045 0.066 113 Y 0.042 0.274 0.443 0.061 0.121 0.011 0.008 0.018 0.010 0.005 0.007 114 K 0.008 0.012 0.008 0.025 0.010 0.073 0.170 0.446 0.179 0.056 0.012 115 N 0.034 0.376 0.163 0.042 0.177 0.016 0.039 0.043 0.028 0.059 0.024 116 S 0.089 0.077 0.041 0.016 0.104 0.009 0.015 0.136 0.078 0.267 0.166 117 T 0.091 0.145 0.047 0.006 0.177 0.009 0.042 0.335 0.064 0.056 0.029 118 V 0.123 0.112 0.028 0.019 0.182 0.018 0.020 0.334 0.076 0.048 0.039 119 A 0.062 0.076 0.029 0.032 0.123 0.028 0.041 0.410 0.110 0.060 0.029 120 R 0.074 0.076 0.037 0.014 0.110 0.019 0.050 0.443 0.112 0.042 0.022 121 S 0.071 0.100 0.033 0.011 0.120 0.017 0.069 0.382 0.082 0.078 0.037 122 I 0.203 0.088 0.023 0.011 0.192 0.010 0.020 0.144 0.082 0.117 0.113 123 S 0.024 0.079 0.040 0.031 0.056 0.084 0.133 0.354 0.140 0.046 0.015 124 N 0.112 0.108 0.044 0.006 0.153 0.004 0.012 0.160 0.115 0.228 0.059 125 F 0.299 0.059 0.012 0.003 0.216 0.005 0.010 0.106 0.102 0.086 0.102 126 S 0.088 0.134 0.040 0.022 0.214 0.041 0.070 0.215 0.091 0.054 0.032 127 F 0.234 0.116 0.034 0.007 0.262 0.005 0.019 0.093 0.054 0.098 0.077 128 S 0.104 0.153 0.076 0.054 0.202 0.045 0.039 0.130 0.067 0.088 0.040 129 R 0.047 0.137 0.083 0.046 0.101 0.041 0.071 0.231 0.130 0.083 0.030 130 E 0.085 0.061 0.028 0.015 0.098 0.015 0.044 0.135 0.158 0.280 0.081 131 A 0.036 0.505 0.114 0.009 0.220 0.005 0.011 0.034 0.025 0.026 0.017 132 K 0.193 0.143 0.066 0.004 0.160 0.007 0.015 0.031 0.031 0.175 0.174 133 I 0.129 0.376 0.070 0.007 0.340 0.003 0.005 0.010 0.007 0.018 0.035 134 G 0.005 0.580 0.361 0.006 0.032 0.001 0.001 0.007 0.002 0.005 0.001 135 K 0.002 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.467 0.492 0.023 0.003 136 E 0.002 0.010 0.006 0.001 0.005 0.001 0.007 0.819 0.143 0.005 0.001 137 D 0.003 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.006 0.536 0.172 0.262 0.004 138 Y 0.013 0.007 0.003 0.001 0.019 0.001 0.002 0.560 0.341 0.047 0.008 139 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.051 0.672 0.238 0.023 0.001 140 E 0.008 0.020 0.005 0.001 0.022 0.001 0.012 0.226 0.229 0.471 0.006 141 L 0.272 0.103 0.009 0.001 0.246 0.002 0.007 0.093 0.080 0.087 0.100 142 K 0.019 0.201 0.385 0.091 0.108 0.020 0.012 0.050 0.046 0.053 0.015 143 I 0.004 0.016 0.007 0.026 0.010 0.102 0.570 0.201 0.046 0.012 0.006 144 G 0.017 0.017 0.027 0.028 0.010 0.010 0.003 0.008 0.028 0.709 0.143 145 E 0.029 0.544 0.141 0.003 0.251 0.001 0.003 0.008 0.004 0.008 0.007 146 S 0.007 0.771 0.170 0.001 0.044 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 147 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.803 0.187 0.003 0.001 148 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.021 0.001 0.001 149 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.024 0.011 0.001 150 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.001 0.001 151 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.920 0.071 0.005 0.001 152 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.061 0.846 0.082 0.005 0.001 153 K 0.002 0.003 0.003 0.003 0.003 0.025 0.268 0.595 0.078 0.019 0.002 154 L 0.008 0.572 0.207 0.040 0.073 0.008 0.025 0.021 0.010 0.030 0.005 155 G 0.028 0.008 0.026 0.147 0.006 0.107 0.028 0.019 0.023 0.448 0.159 156 E 0.074 0.343 0.170 0.029 0.252 0.012 0.017 0.030 0.018 0.022 0.034 157 P 0.094 0.200 0.057 0.012 0.235 0.009 0.011 0.138 0.131 0.052 0.062 158 D 0.046 0.110 0.025 0.009 0.110 0.027 0.107 0.295 0.183 0.072 0.017 159 V 0.180 0.124 0.031 0.004 0.228 0.006 0.022 0.185 0.091 0.091 0.039 160 L 0.163 0.096 0.023 0.013 0.213 0.015 0.018 0.185 0.112 0.089 0.073 161 S 0.072 0.134 0.037 0.021 0.193 0.028 0.062 0.284 0.107 0.043 0.021 162 Q 0.147 0.082 0.025 0.006 0.174 0.009 0.033 0.156 0.102 0.184 0.084 163 S 0.113 0.254 0.080 0.010 0.329 0.009 0.024 0.080 0.032 0.041 0.029 164 M 0.189 0.101 0.040 0.011 0.191 0.015 0.028 0.098 0.072 0.153 0.101 165 S 0.097 0.223 0.190 0.029 0.205 0.013 0.021 0.079 0.054 0.054 0.035 166 S 0.013 0.051 0.036 0.037 0.029 0.082 0.158 0.355 0.155 0.071 0.013 167 D 0.124 0.139 0.081 0.017 0.176 0.008 0.022 0.062 0.064 0.196 0.111 168 K 0.127 0.136 0.037 0.007 0.208 0.007 0.015 0.149 0.130 0.122 0.061 169 E 0.137 0.183 0.032 0.005 0.358 0.007 0.023 0.094 0.048 0.077 0.036 170 E 0.355 0.106 0.018 0.005 0.397 0.006 0.011 0.032 0.011 0.018 0.040 171 M 0.254 0.105 0.025 0.017 0.455 0.017 0.016 0.042 0.011 0.020 0.038 172 Q 0.286 0.092 0.012 0.007 0.474 0.007 0.011 0.031 0.009 0.023 0.048 173 T 0.229 0.169 0.022 0.003 0.484 0.004 0.005 0.026 0.006 0.012 0.041 174 V 0.167 0.168 0.030 0.004 0.495 0.005 0.011 0.046 0.014 0.023 0.036 175 W 0.265 0.146 0.058 0.013 0.222 0.011 0.026 0.087 0.041 0.047 0.084 176 S 0.071 0.147 0.185 0.111 0.129 0.053 0.036 0.099 0.068 0.067 0.034 177 S 0.005 0.105 0.101 0.153 0.022 0.164 0.289 0.107 0.037 0.014 0.004 178 G 0.041 0.016 0.033 0.037 0.021 0.011 0.005 0.014 0.036 0.565 0.221 179 I 0.136 0.238 0.046 0.006 0.364 0.009 0.023 0.046 0.051 0.046 0.034 180 K 0.176 0.102 0.047 0.016 0.273 0.021 0.034 0.045 0.056 0.118 0.112 181 T 0.111 0.261 0.149 0.033 0.276 0.015 0.017 0.025 0.031 0.049 0.033 182 K 0.111 0.118 0.080 0.035 0.141 0.027 0.041 0.121 0.123 0.140 0.064 183 S 0.078 0.126 0.108 0.056 0.095 0.036 0.048 0.100 0.126 0.158 0.070 184 S 0.063 0.143 0.054 0.031 0.130 0.033 0.118 0.162 0.139 0.090 0.036 185 S 0.171 0.070 0.023 0.007 0.154 0.008 0.015 0.027 0.070 0.309 0.144 186 A 0.167 0.265 0.042 0.009 0.417 0.007 0.009 0.008 0.011 0.038 0.027 187 T 0.455 0.034 0.006 0.004 0.445 0.004 0.006 0.001 0.001 0.006 0.039 188 I 0.187 0.097 0.008 0.002 0.696 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 189 E 0.221 0.036 0.001 0.001 0.728 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 190 L 0.411 0.032 0.003 0.001 0.504 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 191 Y 0.337 0.048 0.003 0.001 0.540 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.065 192 F 0.252 0.168 0.177 0.030 0.311 0.006 0.004 0.007 0.005 0.011 0.031 193 E 0.006 0.007 0.028 0.437 0.005 0.364 0.062 0.042 0.025 0.020 0.005 194 N 0.001 0.045 0.050 0.788 0.003 0.049 0.042 0.016 0.005 0.002 0.001 195 G 0.002 0.003 0.005 0.015 0.002 0.005 0.001 0.008 0.035 0.865 0.059 196 L 0.006 0.659 0.130 0.001 0.129 0.001 0.007 0.035 0.025 0.007 0.001 197 L 0.638 0.019 0.003 0.001 0.227 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.101 198 K 0.045 0.121 0.087 0.143 0.119 0.188 0.173 0.050 0.026 0.027 0.021 199 N 0.225 0.174 0.090 0.010 0.366 0.004 0.004 0.020 0.010 0.027 0.069 200 K 0.208 0.128 0.046 0.019 0.217 0.025 0.023 0.115 0.066 0.076 0.077 201 T 0.098 0.244 0.123 0.032 0.199 0.014 0.023 0.091 0.040 0.086 0.052 202 Q 0.128 0.151 0.058 0.021 0.203 0.012 0.026 0.165 0.104 0.074 0.058 203 K 0.024 0.182 0.097 0.039 0.081 0.061 0.088 0.262 0.118 0.034 0.015 204 D 0.161 0.055 0.027 0.010 0.105 0.008 0.020 0.142 0.080 0.240 0.153 205 L 0.127 0.196 0.054 0.010 0.196 0.009 0.017 0.146 0.103 0.094 0.047 206 E 0.054 0.152 0.078 0.032 0.118 0.039 0.060 0.252 0.115 0.071 0.031