# TARGET T0399 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 132 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.621 0.234 0.089 0.039 0.013 0.003 0.001 2 S 0.418 0.233 0.165 0.115 0.052 0.015 0.002 3 M 0.546 0.255 0.108 0.060 0.023 0.007 0.001 4 K 0.383 0.247 0.172 0.126 0.056 0.015 0.001 5 K 0.416 0.239 0.173 0.107 0.050 0.013 0.001 6 T 0.428 0.328 0.163 0.060 0.017 0.004 0.001 7 K 0.329 0.267 0.196 0.133 0.056 0.017 0.002 8 N 0.284 0.289 0.217 0.130 0.060 0.018 0.002 9 W 0.177 0.180 0.208 0.227 0.152 0.052 0.004 10 L 0.130 0.123 0.155 0.213 0.212 0.143 0.024 11 L 0.146 0.139 0.159 0.179 0.190 0.153 0.034 12 V 0.213 0.147 0.163 0.174 0.156 0.110 0.037 13 F 0.243 0.125 0.128 0.144 0.144 0.138 0.078 14 L 0.245 0.110 0.114 0.125 0.122 0.148 0.134 15 T 0.267 0.126 0.125 0.122 0.095 0.112 0.153 16 V 0.270 0.117 0.103 0.109 0.086 0.120 0.196 17 T 0.229 0.109 0.084 0.104 0.093 0.141 0.240 18 F 0.172 0.107 0.096 0.114 0.097 0.161 0.252 19 C 0.116 0.087 0.078 0.112 0.101 0.194 0.311 20 F 0.069 0.069 0.080 0.120 0.116 0.213 0.334 21 L 0.024 0.044 0.072 0.126 0.113 0.258 0.363 22 M 0.023 0.040 0.069 0.120 0.139 0.291 0.319 23 L 0.014 0.035 0.053 0.105 0.161 0.402 0.232 24 G 0.008 0.022 0.045 0.135 0.263 0.411 0.117 25 C 0.007 0.031 0.058 0.143 0.271 0.415 0.075 26 Q 0.023 0.120 0.226 0.338 0.212 0.076 0.005 27 S 0.028 0.117 0.247 0.326 0.221 0.059 0.002 28 K 0.228 0.356 0.251 0.127 0.033 0.005 0.001 29 E 0.576 0.278 0.098 0.037 0.010 0.001 0.001 30 D 0.268 0.282 0.268 0.145 0.034 0.003 0.001 31 K 0.611 0.253 0.093 0.034 0.008 0.001 0.001 32 K 0.658 0.208 0.088 0.036 0.009 0.001 0.001 33 G 0.424 0.268 0.180 0.096 0.028 0.004 0.001 34 G 0.518 0.260 0.122 0.070 0.026 0.005 0.001 35 T 0.417 0.253 0.171 0.106 0.043 0.010 0.001 36 K 0.462 0.283 0.149 0.075 0.025 0.005 0.001 37 P 0.539 0.239 0.116 0.075 0.026 0.005 0.001 38 S 0.512 0.247 0.132 0.077 0.026 0.005 0.001 39 N 0.365 0.286 0.205 0.109 0.030 0.005 0.001 40 E 0.609 0.281 0.081 0.024 0.005 0.001 0.001 41 A 0.514 0.255 0.137 0.071 0.020 0.003 0.001 42 A 0.245 0.192 0.206 0.222 0.110 0.024 0.001 43 L 0.289 0.260 0.214 0.162 0.061 0.013 0.001 44 T 0.333 0.337 0.199 0.099 0.027 0.004 0.001 45 K 0.223 0.292 0.245 0.159 0.064 0.016 0.001 46 T 0.157 0.169 0.185 0.225 0.174 0.083 0.007 47 E 0.500 0.310 0.114 0.050 0.019 0.006 0.001 48 N 0.203 0.273 0.262 0.181 0.069 0.012 0.001 49 L 0.352 0.292 0.186 0.107 0.047 0.015 0.002 50 D 0.355 0.382 0.168 0.066 0.021 0.007 0.001 51 F 0.044 0.092 0.195 0.329 0.249 0.085 0.008 52 R 0.100 0.247 0.266 0.226 0.114 0.042 0.006 53 L 0.050 0.117 0.184 0.268 0.249 0.115 0.017 54 S 0.084 0.270 0.282 0.205 0.105 0.047 0.007 55 F 0.017 0.026 0.064 0.207 0.380 0.274 0.032 56 N 0.066 0.257 0.335 0.220 0.085 0.032 0.004 57 K 0.032 0.115 0.252 0.311 0.206 0.077 0.007 58 I 0.007 0.013 0.029 0.092 0.286 0.476 0.098 59 K 0.016 0.058 0.120 0.241 0.314 0.215 0.037 60 V 0.025 0.050 0.099 0.213 0.315 0.260 0.039 61 T 0.083 0.232 0.255 0.237 0.132 0.055 0.006 62 T 0.123 0.220 0.257 0.246 0.118 0.033 0.003 63 D 0.390 0.362 0.152 0.066 0.023 0.006 0.001 64 Q 0.303 0.246 0.210 0.159 0.066 0.014 0.001 65 N 0.472 0.306 0.146 0.056 0.016 0.004 0.001 66 H 0.250 0.328 0.233 0.125 0.048 0.015 0.002 67 F 0.067 0.092 0.157 0.264 0.266 0.140 0.014 68 S 0.139 0.244 0.231 0.197 0.118 0.061 0.011 69 G 0.089 0.141 0.172 0.213 0.191 0.153 0.042 70 G 0.122 0.153 0.165 0.189 0.179 0.151 0.041 71 T 0.084 0.136 0.168 0.211 0.221 0.142 0.039 72 S 0.046 0.104 0.152 0.226 0.244 0.184 0.043 73 I 0.055 0.109 0.177 0.306 0.248 0.095 0.012 74 E 0.293 0.458 0.186 0.051 0.010 0.002 0.001 75 Q 0.055 0.248 0.369 0.249 0.067 0.010 0.001 76 L 0.009 0.011 0.034 0.178 0.451 0.301 0.016 77 K 0.052 0.240 0.377 0.251 0.071 0.008 0.001 78 Q 0.402 0.397 0.133 0.048 0.015 0.005 0.001 79 W 0.063 0.181 0.304 0.287 0.127 0.036 0.002 80 F 0.051 0.092 0.203 0.298 0.245 0.103 0.009 81 G 0.337 0.262 0.181 0.125 0.068 0.024 0.004 82 D 0.359 0.311 0.179 0.094 0.040 0.015 0.002 83 P 0.243 0.199 0.208 0.199 0.113 0.035 0.003 84 N 0.507 0.266 0.118 0.068 0.031 0.009 0.001 85 K 0.502 0.258 0.144 0.067 0.024 0.004 0.001 86 S 0.661 0.215 0.076 0.035 0.011 0.002 0.001 87 E 0.505 0.260 0.140 0.072 0.019 0.003 0.001 88 Q 0.500 0.302 0.129 0.053 0.014 0.002 0.001 89 R 0.372 0.264 0.186 0.128 0.043 0.007 0.001 90 N 0.582 0.239 0.104 0.051 0.019 0.004 0.001 91 A 0.590 0.208 0.106 0.065 0.024 0.006 0.001 92 G 0.523 0.224 0.138 0.081 0.028 0.006 0.001 93 N 0.583 0.254 0.096 0.046 0.016 0.005 0.001 94 I 0.188 0.210 0.236 0.212 0.118 0.034 0.003 95 T 0.125 0.234 0.259 0.214 0.117 0.045 0.006 96 L 0.044 0.058 0.113 0.235 0.310 0.207 0.033 97 D 0.079 0.201 0.253 0.236 0.144 0.073 0.013 98 S 0.077 0.111 0.149 0.218 0.229 0.180 0.035 99 Y 0.051 0.079 0.129 0.232 0.282 0.189 0.039 100 T 0.078 0.128 0.169 0.206 0.192 0.177 0.050 101 W 0.067 0.111 0.138 0.202 0.235 0.199 0.048 102 V 0.079 0.125 0.177 0.223 0.218 0.145 0.032 103 K 0.279 0.241 0.178 0.140 0.092 0.053 0.017 104 D 0.347 0.252 0.155 0.113 0.069 0.045 0.019 105 G 0.134 0.172 0.176 0.183 0.176 0.123 0.035 106 A 0.037 0.079 0.123 0.192 0.230 0.235 0.105 107 V 0.021 0.060 0.102 0.183 0.228 0.249 0.156 108 I 0.004 0.015 0.033 0.075 0.169 0.413 0.292 109 N 0.003 0.016 0.054 0.158 0.254 0.309 0.205 110 A 0.002 0.005 0.011 0.031 0.110 0.402 0.440 111 Q 0.004 0.027 0.082 0.213 0.308 0.265 0.100 112 L 0.005 0.013 0.031 0.095 0.265 0.451 0.141 113 Y 0.027 0.112 0.204 0.297 0.236 0.106 0.018 114 K 0.170 0.288 0.246 0.178 0.080 0.032 0.006 115 N 0.172 0.236 0.230 0.194 0.112 0.048 0.009 116 S 0.273 0.251 0.203 0.148 0.081 0.037 0.008 117 T 0.147 0.174 0.190 0.204 0.168 0.098 0.019 118 V 0.091 0.084 0.114 0.189 0.245 0.224 0.052 119 A 0.159 0.171 0.170 0.180 0.159 0.127 0.035 120 R 0.132 0.185 0.211 0.211 0.146 0.087 0.027 121 S 0.114 0.163 0.177 0.184 0.166 0.141 0.056 122 I 0.040 0.050 0.081 0.151 0.243 0.308 0.127 123 S 0.081 0.116 0.149 0.190 0.200 0.196 0.069 124 N 0.082 0.147 0.177 0.187 0.166 0.168 0.072 125 F 0.033 0.050 0.089 0.179 0.267 0.281 0.100 126 S 0.107 0.215 0.201 0.183 0.145 0.117 0.032 127 F 0.061 0.096 0.154 0.236 0.263 0.166 0.024 128 S 0.089 0.109 0.160 0.231 0.259 0.136 0.016 129 R 0.203 0.251 0.263 0.180 0.078 0.022 0.003 130 E 0.305 0.337 0.193 0.110 0.042 0.012 0.001 131 A 0.158 0.211 0.263 0.222 0.114 0.031 0.002 132 K 0.316 0.357 0.182 0.092 0.039 0.013 0.001 133 I 0.026 0.037 0.094 0.272 0.364 0.194 0.014 134 G 0.097 0.221 0.265 0.242 0.134 0.039 0.002 135 K 0.309 0.371 0.224 0.078 0.016 0.002 0.001 136 E 0.639 0.270 0.069 0.019 0.004 0.001 0.001 137 D 0.273 0.390 0.232 0.085 0.017 0.002 0.001 138 Y 0.029 0.055 0.162 0.420 0.292 0.042 0.001 139 D 0.356 0.470 0.145 0.027 0.003 0.001 0.001 140 E 0.172 0.417 0.309 0.090 0.011 0.001 0.001 141 L 0.021 0.033 0.081 0.277 0.410 0.175 0.004 142 K 0.078 0.281 0.335 0.207 0.081 0.017 0.001 143 I 0.231 0.298 0.216 0.162 0.070 0.021 0.001 144 G 0.178 0.252 0.247 0.183 0.103 0.035 0.002 145 E 0.196 0.241 0.233 0.185 0.108 0.034 0.003 146 S 0.247 0.376 0.210 0.110 0.040 0.014 0.002 147 Y 0.089 0.162 0.240 0.311 0.169 0.028 0.002 148 K 0.449 0.378 0.131 0.035 0.007 0.001 0.001 149 K 0.199 0.450 0.254 0.082 0.013 0.002 0.001 150 V 0.025 0.026 0.070 0.289 0.451 0.136 0.004 151 V 0.042 0.195 0.358 0.310 0.088 0.008 0.001 152 E 0.334 0.460 0.148 0.045 0.010 0.002 0.001 153 K 0.092 0.249 0.334 0.230 0.076 0.018 0.001 154 L 0.032 0.057 0.143 0.297 0.326 0.134 0.011 155 G 0.210 0.291 0.216 0.148 0.081 0.045 0.008 156 E 0.166 0.236 0.217 0.197 0.126 0.053 0.006 157 P 0.134 0.148 0.197 0.241 0.191 0.080 0.010 158 D 0.349 0.312 0.184 0.099 0.041 0.014 0.002 159 V 0.321 0.294 0.198 0.115 0.052 0.017 0.002 160 L 0.163 0.182 0.211 0.251 0.150 0.041 0.003 161 S 0.329 0.267 0.193 0.133 0.060 0.015 0.001 162 Q 0.431 0.283 0.159 0.086 0.031 0.009 0.001 163 S 0.351 0.230 0.184 0.149 0.069 0.017 0.001 164 M 0.415 0.298 0.167 0.085 0.028 0.007 0.001 165 S 0.498 0.238 0.136 0.087 0.034 0.008 0.001 166 S 0.732 0.184 0.051 0.023 0.008 0.002 0.001 167 D 0.769 0.155 0.049 0.020 0.006 0.001 0.001 168 K 0.543 0.267 0.116 0.051 0.017 0.004 0.001 169 E 0.432 0.331 0.155 0.060 0.017 0.004 0.001 170 E 0.085 0.235 0.266 0.237 0.126 0.045 0.005 171 M 0.018 0.045 0.099 0.215 0.313 0.265 0.045 172 Q 0.009 0.068 0.182 0.303 0.261 0.148 0.029 173 T 0.003 0.010 0.032 0.094 0.249 0.443 0.168 174 V 0.002 0.019 0.069 0.197 0.334 0.314 0.065 175 W 0.007 0.020 0.053 0.139 0.296 0.401 0.085 176 S 0.033 0.115 0.226 0.311 0.221 0.085 0.009 177 S 0.250 0.280 0.235 0.148 0.067 0.018 0.003 178 G 0.378 0.323 0.173 0.087 0.029 0.009 0.001 179 I 0.200 0.123 0.152 0.244 0.205 0.070 0.004 180 K 0.435 0.325 0.152 0.066 0.019 0.005 0.001 181 T 0.556 0.248 0.107 0.062 0.022 0.005 0.001 182 K 0.613 0.238 0.092 0.041 0.013 0.002 0.001 183 S 0.622 0.219 0.092 0.047 0.017 0.003 0.001 184 S 0.457 0.312 0.151 0.062 0.016 0.003 0.001 185 S 0.257 0.401 0.222 0.091 0.026 0.004 0.001 186 A 0.025 0.144 0.275 0.306 0.195 0.051 0.005 187 T 0.007 0.090 0.254 0.363 0.211 0.067 0.009 188 I 0.001 0.003 0.010 0.049 0.216 0.591 0.131 189 E 0.001 0.023 0.160 0.373 0.293 0.127 0.023 190 L 0.001 0.001 0.005 0.040 0.220 0.620 0.113 191 Y 0.002 0.063 0.244 0.408 0.224 0.056 0.003 192 F 0.007 0.045 0.143 0.325 0.359 0.116 0.004 193 E 0.188 0.478 0.269 0.057 0.008 0.001 0.001 194 N 0.583 0.295 0.092 0.027 0.003 0.001 0.001 195 G 0.337 0.385 0.214 0.054 0.008 0.001 0.001 196 L 0.089 0.296 0.369 0.197 0.045 0.004 0.001 197 L 0.020 0.027 0.068 0.255 0.457 0.167 0.005 198 K 0.056 0.242 0.330 0.248 0.102 0.021 0.001 199 N 0.217 0.349 0.214 0.138 0.061 0.019 0.001 200 K 0.229 0.333 0.266 0.135 0.033 0.005 0.001 201 T 0.245 0.265 0.240 0.183 0.058 0.009 0.001 202 Q 0.371 0.248 0.195 0.124 0.051 0.010 0.001 203 K 0.688 0.237 0.058 0.014 0.003 0.001 0.001 204 D 0.510 0.298 0.135 0.046 0.009 0.001 0.001 205 L 0.167 0.164 0.235 0.269 0.138 0.027 0.001 206 E 0.692 0.215 0.066 0.021 0.005 0.001 0.001