# TARGET T0399 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.006 0.001 0.016 0.166 0.804 2 S 0.026 0.033 0.010 0.068 0.210 0.653 3 M 0.034 0.019 0.059 0.179 0.328 0.382 4 K 0.037 0.006 0.116 0.220 0.379 0.242 5 K 0.076 0.028 0.063 0.293 0.310 0.230 6 T 0.094 0.029 0.024 0.410 0.172 0.271 7 K 0.044 0.008 0.010 0.780 0.056 0.102 8 N 0.025 0.003 0.007 0.892 0.026 0.048 9 W 0.007 0.001 0.004 0.972 0.005 0.011 10 L 0.004 0.001 0.002 0.988 0.002 0.003 11 L 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 13 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 17 T 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 18 F 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 19 C 0.002 0.001 0.006 0.989 0.002 0.001 20 F 0.004 0.001 0.005 0.983 0.005 0.003 21 L 0.009 0.001 0.006 0.968 0.009 0.008 22 M 0.029 0.002 0.006 0.930 0.017 0.017 23 L 0.089 0.006 0.008 0.795 0.049 0.052 24 G 0.185 0.012 0.013 0.450 0.153 0.187 25 C 0.149 0.021 0.015 0.169 0.357 0.288 26 Q 0.080 0.019 0.023 0.091 0.534 0.252 27 S 0.042 0.010 0.034 0.073 0.638 0.202 28 K 0.045 0.020 0.056 0.066 0.634 0.179 29 E 0.051 0.019 0.054 0.076 0.531 0.268 30 D 0.069 0.027 0.044 0.073 0.452 0.334 31 K 0.066 0.027 0.039 0.082 0.421 0.366 32 K 0.074 0.031 0.042 0.112 0.398 0.343 33 G 0.073 0.022 0.048 0.159 0.379 0.319 34 G 0.069 0.015 0.037 0.170 0.360 0.349 35 T 0.081 0.018 0.050 0.239 0.324 0.288 36 K 0.088 0.017 0.040 0.257 0.279 0.320 37 P 0.098 0.013 0.042 0.254 0.255 0.337 38 S 0.115 0.024 0.041 0.345 0.204 0.271 39 N 0.118 0.015 0.043 0.339 0.202 0.283 40 E 0.099 0.012 0.053 0.403 0.216 0.218 41 A 0.059 0.006 0.063 0.466 0.229 0.177 42 A 0.055 0.007 0.056 0.472 0.231 0.178 43 L 0.065 0.010 0.040 0.410 0.225 0.248 44 T 0.075 0.017 0.028 0.454 0.165 0.261 45 K 0.079 0.014 0.028 0.492 0.151 0.236 46 T 0.055 0.008 0.027 0.618 0.131 0.161 47 E 0.052 0.009 0.026 0.646 0.113 0.155 48 N 0.054 0.008 0.029 0.692 0.098 0.120 49 L 0.050 0.004 0.044 0.729 0.104 0.070 50 D 0.059 0.006 0.057 0.684 0.118 0.076 51 F 0.050 0.008 0.057 0.655 0.134 0.096 52 R 0.059 0.010 0.045 0.465 0.232 0.189 53 L 0.041 0.007 0.049 0.413 0.290 0.200 54 S 0.039 0.010 0.047 0.307 0.337 0.261 55 F 0.043 0.010 0.069 0.306 0.344 0.228 56 N 0.070 0.010 0.055 0.201 0.333 0.331 57 K 0.250 0.015 0.049 0.173 0.220 0.294 58 I 0.449 0.019 0.021 0.138 0.134 0.240 59 K 0.567 0.022 0.011 0.093 0.098 0.208 60 V 0.452 0.012 0.015 0.155 0.122 0.244 61 T 0.424 0.010 0.035 0.171 0.148 0.213 62 T 0.470 0.010 0.065 0.180 0.157 0.119 63 D 0.456 0.008 0.090 0.181 0.166 0.099 64 Q 0.381 0.011 0.092 0.182 0.206 0.127 65 N 0.288 0.011 0.073 0.184 0.253 0.192 66 H 0.371 0.011 0.020 0.097 0.218 0.283 67 F 0.448 0.056 0.012 0.045 0.179 0.261 68 S 0.344 0.074 0.010 0.021 0.405 0.146 69 G 0.186 0.009 0.017 0.015 0.595 0.178 70 G 0.066 0.008 0.009 0.006 0.633 0.278 71 T 0.093 0.147 0.003 0.005 0.370 0.381 72 S 0.039 0.032 0.001 0.008 0.054 0.866 73 I 0.001 0.001 0.020 0.950 0.019 0.010 74 E 0.001 0.001 0.020 0.962 0.015 0.002 75 Q 0.001 0.001 0.019 0.975 0.005 0.001 76 L 0.001 0.001 0.008 0.985 0.006 0.001 77 K 0.001 0.001 0.009 0.984 0.006 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.015 0.966 0.016 0.002 79 W 0.001 0.001 0.008 0.946 0.030 0.016 80 F 0.001 0.005 0.006 0.806 0.076 0.106 81 G 0.005 0.011 0.004 0.085 0.167 0.729 82 D 0.032 0.014 0.017 0.031 0.323 0.582 83 P 0.085 0.013 0.081 0.029 0.411 0.381 84 N 0.062 0.014 0.137 0.023 0.502 0.263 85 K 0.097 0.020 0.119 0.019 0.538 0.207 86 S 0.126 0.016 0.071 0.028 0.491 0.269 87 E 0.151 0.028 0.041 0.030 0.422 0.327 88 Q 0.213 0.032 0.037 0.044 0.340 0.335 89 R 0.332 0.037 0.047 0.056 0.294 0.235 90 N 0.411 0.017 0.036 0.036 0.296 0.204 91 A 0.365 0.016 0.052 0.030 0.441 0.096 92 G 0.161 0.004 0.049 0.023 0.638 0.125 93 N 0.286 0.005 0.022 0.007 0.520 0.160 94 I 0.681 0.008 0.005 0.002 0.167 0.137 95 T 0.889 0.004 0.001 0.001 0.034 0.070 96 L 0.958 0.005 0.001 0.001 0.011 0.025 97 D 0.949 0.001 0.001 0.001 0.019 0.030 98 S 0.972 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 99 Y 0.981 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 100 T 0.977 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 101 W 0.967 0.002 0.001 0.001 0.016 0.014 102 V 0.874 0.007 0.004 0.001 0.090 0.025 103 K 0.357 0.006 0.021 0.004 0.557 0.053 104 D 0.052 0.002 0.027 0.003 0.877 0.039 105 G 0.091 0.005 0.052 0.004 0.795 0.053 106 A 0.672 0.013 0.007 0.002 0.184 0.123 107 V 0.935 0.003 0.001 0.001 0.020 0.042 108 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 109 N 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 110 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 111 Q 0.981 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 112 L 0.919 0.004 0.001 0.001 0.033 0.042 113 Y 0.532 0.020 0.002 0.001 0.403 0.042 114 K 0.070 0.004 0.003 0.002 0.883 0.038 115 N 0.059 0.002 0.004 0.001 0.883 0.051 116 S 0.683 0.009 0.001 0.002 0.254 0.051 117 T 0.958 0.005 0.001 0.001 0.011 0.025 118 V 0.964 0.003 0.001 0.003 0.005 0.024 119 A 0.962 0.005 0.001 0.007 0.010 0.015 120 R 0.899 0.004 0.007 0.017 0.034 0.039 121 S 0.776 0.002 0.016 0.029 0.100 0.077 122 I 0.574 0.009 0.054 0.098 0.187 0.079 123 S 0.240 0.009 0.089 0.140 0.329 0.193 124 N 0.174 0.009 0.013 0.019 0.342 0.443 125 F 0.306 0.017 0.013 0.012 0.248 0.405 126 S 0.400 0.045 0.011 0.016 0.211 0.318 127 F 0.233 0.039 0.065 0.057 0.365 0.241 128 S 0.073 0.011 0.080 0.050 0.625 0.161 129 R 0.060 0.007 0.131 0.065 0.589 0.148 130 E 0.089 0.013 0.077 0.037 0.616 0.168 131 A 0.128 0.013 0.042 0.027 0.535 0.255 132 K 0.143 0.032 0.018 0.014 0.286 0.507 133 I 0.140 0.084 0.005 0.009 0.189 0.574 134 G 0.070 0.013 0.003 0.030 0.134 0.750 135 K 0.009 0.001 0.066 0.831 0.057 0.037 136 E 0.008 0.002 0.063 0.851 0.059 0.018 137 D 0.004 0.001 0.037 0.915 0.031 0.013 138 Y 0.003 0.001 0.014 0.956 0.013 0.013 139 D 0.003 0.001 0.010 0.963 0.014 0.008 140 E 0.002 0.001 0.017 0.943 0.024 0.013 141 L 0.005 0.001 0.020 0.914 0.038 0.022 142 K 0.007 0.005 0.047 0.799 0.118 0.025 143 I 0.008 0.001 0.036 0.555 0.274 0.127 144 G 0.005 0.002 0.007 0.022 0.387 0.578 145 E 0.020 0.059 0.002 0.007 0.243 0.668 146 S 0.007 0.018 0.001 0.007 0.045 0.923 147 Y 0.001 0.001 0.019 0.946 0.018 0.017 148 K 0.001 0.001 0.012 0.976 0.009 0.003 149 K 0.001 0.001 0.007 0.991 0.001 0.001 150 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 151 V 0.001 0.001 0.004 0.993 0.003 0.001 152 E 0.001 0.001 0.005 0.989 0.005 0.001 153 K 0.001 0.001 0.004 0.975 0.015 0.006 154 L 0.001 0.002 0.003 0.854 0.061 0.079 155 G 0.003 0.009 0.005 0.123 0.172 0.689 156 E 0.014 0.011 0.012 0.044 0.263 0.657 157 P 0.040 0.010 0.109 0.052 0.364 0.426 158 D 0.042 0.009 0.178 0.060 0.383 0.329 159 V 0.116 0.019 0.189 0.062 0.372 0.241 160 L 0.188 0.021 0.111 0.104 0.324 0.252 161 S 0.243 0.027 0.068 0.140 0.264 0.257 162 Q 0.334 0.030 0.089 0.176 0.230 0.141 163 S 0.292 0.016 0.101 0.172 0.271 0.147 164 M 0.343 0.013 0.081 0.097 0.305 0.162 165 S 0.299 0.015 0.063 0.068 0.416 0.138 166 S 0.159 0.009 0.055 0.045 0.556 0.177 167 D 0.133 0.008 0.029 0.017 0.586 0.226 168 K 0.245 0.015 0.030 0.018 0.485 0.206 169 E 0.467 0.010 0.015 0.014 0.251 0.243 170 E 0.775 0.006 0.005 0.008 0.092 0.114 171 M 0.911 0.006 0.002 0.003 0.033 0.046 172 Q 0.938 0.003 0.001 0.003 0.016 0.039 173 T 0.967 0.001 0.001 0.003 0.009 0.019 174 V 0.967 0.002 0.001 0.003 0.009 0.018 175 W 0.943 0.003 0.002 0.004 0.022 0.025 176 S 0.896 0.002 0.007 0.008 0.048 0.039 177 S 0.732 0.005 0.009 0.011 0.126 0.118 178 G 0.678 0.008 0.003 0.004 0.157 0.150 179 I 0.792 0.022 0.003 0.002 0.095 0.086 180 K 0.754 0.024 0.005 0.003 0.121 0.093 181 T 0.422 0.027 0.026 0.004 0.403 0.118 182 K 0.114 0.013 0.036 0.004 0.687 0.147 183 S 0.041 0.007 0.071 0.004 0.792 0.085 184 S 0.053 0.007 0.090 0.005 0.720 0.125 185 S 0.219 0.021 0.070 0.003 0.512 0.175 186 A 0.559 0.028 0.020 0.001 0.218 0.173 187 T 0.771 0.005 0.003 0.001 0.066 0.155 188 I 0.938 0.002 0.001 0.001 0.020 0.038 189 E 0.973 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 190 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 191 Y 0.986 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 192 F 0.970 0.001 0.001 0.001 0.020 0.008 193 E 0.786 0.005 0.001 0.001 0.177 0.029 194 N 0.093 0.001 0.005 0.008 0.856 0.036 195 G 0.089 0.003 0.015 0.031 0.808 0.054 196 L 0.698 0.015 0.005 0.032 0.171 0.080 197 L 0.912 0.006 0.001 0.019 0.021 0.040 198 K 0.924 0.003 0.001 0.010 0.009 0.054 199 N 0.930 0.012 0.003 0.010 0.019 0.026 200 K 0.745 0.006 0.023 0.028 0.088 0.110 201 T 0.480 0.005 0.059 0.037 0.265 0.153 202 Q 0.272 0.007 0.151 0.054 0.401 0.115 203 K 0.122 0.010 0.138 0.061 0.464 0.204 204 D 0.089 0.029 0.049 0.030 0.409 0.393 205 L 0.067 0.015 0.013 0.028 0.206 0.672 206 E 0.003 0.004 0.001 0.004 0.039 0.948