# TARGET T0399 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 S 0.009 0.012 0.011 0.284 0.003 0.038 0.642 3 M 0.008 0.004 0.035 0.349 0.122 0.126 0.356 4 K 0.011 0.006 0.066 0.497 0.065 0.142 0.214 5 K 0.023 0.004 0.054 0.565 0.071 0.111 0.172 6 T 0.027 0.003 0.032 0.694 0.052 0.048 0.145 7 K 0.022 0.003 0.011 0.831 0.037 0.015 0.081 8 N 0.009 0.001 0.003 0.935 0.011 0.010 0.031 9 W 0.003 0.001 0.002 0.974 0.004 0.008 0.010 10 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.005 0.003 11 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 12 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 13 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 17 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 19 C 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.004 0.001 20 F 0.007 0.001 0.003 0.979 0.001 0.008 0.001 21 L 0.010 0.001 0.006 0.953 0.003 0.025 0.003 22 M 0.020 0.001 0.009 0.898 0.009 0.054 0.009 23 L 0.037 0.004 0.013 0.803 0.029 0.084 0.030 24 G 0.075 0.009 0.015 0.561 0.092 0.152 0.097 25 C 0.077 0.013 0.015 0.281 0.165 0.206 0.243 26 Q 0.063 0.021 0.017 0.128 0.283 0.199 0.289 27 S 0.050 0.017 0.035 0.089 0.241 0.250 0.318 28 K 0.046 0.019 0.048 0.089 0.255 0.323 0.221 29 E 0.039 0.015 0.045 0.083 0.246 0.301 0.270 30 D 0.050 0.020 0.033 0.073 0.266 0.204 0.354 31 K 0.051 0.037 0.037 0.104 0.207 0.158 0.407 32 K 0.049 0.025 0.050 0.127 0.237 0.166 0.345 33 G 0.036 0.014 0.059 0.186 0.173 0.273 0.260 34 G 0.037 0.017 0.051 0.193 0.173 0.205 0.324 35 T 0.034 0.022 0.044 0.259 0.166 0.136 0.340 36 K 0.034 0.014 0.050 0.319 0.142 0.166 0.275 37 P 0.037 0.015 0.059 0.356 0.116 0.133 0.284 38 S 0.042 0.017 0.056 0.408 0.110 0.073 0.294 39 N 0.038 0.013 0.060 0.468 0.076 0.080 0.264 40 E 0.015 0.007 0.077 0.532 0.072 0.112 0.184 41 A 0.011 0.005 0.087 0.574 0.062 0.117 0.144 42 A 0.008 0.003 0.075 0.567 0.068 0.164 0.115 43 L 0.009 0.006 0.065 0.565 0.053 0.196 0.108 44 T 0.011 0.011 0.040 0.492 0.093 0.097 0.258 45 K 0.014 0.008 0.041 0.521 0.088 0.104 0.225 46 T 0.014 0.005 0.051 0.640 0.053 0.132 0.105 47 E 0.009 0.005 0.047 0.676 0.057 0.104 0.102 48 N 0.015 0.006 0.041 0.629 0.057 0.061 0.191 49 L 0.011 0.002 0.055 0.762 0.025 0.091 0.054 50 D 0.013 0.003 0.068 0.718 0.027 0.130 0.042 51 F 0.016 0.009 0.065 0.648 0.057 0.111 0.094 52 R 0.027 0.013 0.055 0.496 0.082 0.167 0.160 53 L 0.021 0.005 0.049 0.365 0.127 0.267 0.166 54 S 0.020 0.008 0.043 0.255 0.152 0.274 0.249 55 F 0.035 0.007 0.043 0.257 0.184 0.157 0.317 56 N 0.090 0.007 0.043 0.188 0.150 0.226 0.296 57 K 0.262 0.015 0.040 0.223 0.120 0.080 0.260 58 I 0.429 0.027 0.015 0.193 0.066 0.025 0.245 59 K 0.505 0.021 0.010 0.181 0.039 0.023 0.222 60 V 0.452 0.012 0.021 0.264 0.044 0.052 0.155 61 T 0.357 0.010 0.034 0.266 0.080 0.096 0.157 62 T 0.388 0.009 0.046 0.223 0.100 0.063 0.170 63 D 0.448 0.017 0.042 0.217 0.067 0.057 0.152 64 Q 0.410 0.016 0.050 0.218 0.062 0.112 0.131 65 N 0.365 0.010 0.049 0.154 0.096 0.189 0.137 66 H 0.372 0.028 0.034 0.118 0.110 0.167 0.171 67 F 0.351 0.032 0.029 0.065 0.130 0.072 0.321 68 S 0.307 0.023 0.031 0.040 0.152 0.125 0.323 69 G 0.209 0.014 0.027 0.029 0.196 0.275 0.251 70 G 0.123 0.011 0.011 0.011 0.237 0.179 0.428 71 T 0.139 0.079 0.004 0.007 0.298 0.027 0.446 72 S 0.133 0.122 0.003 0.027 0.153 0.009 0.554 73 I 0.001 0.001 0.042 0.933 0.005 0.012 0.005 74 E 0.001 0.001 0.059 0.919 0.002 0.017 0.002 75 Q 0.001 0.001 0.056 0.919 0.002 0.020 0.002 76 L 0.001 0.001 0.013 0.966 0.005 0.011 0.004 77 K 0.002 0.001 0.032 0.931 0.005 0.022 0.009 78 Q 0.003 0.002 0.033 0.889 0.006 0.061 0.006 79 W 0.002 0.002 0.027 0.834 0.009 0.119 0.007 80 F 0.013 0.016 0.016 0.387 0.155 0.336 0.076 81 G 0.012 0.010 0.007 0.041 0.276 0.200 0.454 82 D 0.025 0.025 0.008 0.026 0.301 0.043 0.572 83 P 0.051 0.017 0.057 0.045 0.214 0.172 0.443 84 N 0.054 0.018 0.089 0.024 0.213 0.251 0.350 85 K 0.100 0.036 0.102 0.033 0.241 0.175 0.313 86 S 0.111 0.025 0.083 0.043 0.206 0.226 0.306 87 E 0.189 0.017 0.048 0.034 0.255 0.169 0.289 88 Q 0.288 0.017 0.029 0.013 0.189 0.082 0.382 89 R 0.603 0.038 0.010 0.011 0.082 0.029 0.227 90 N 0.603 0.031 0.010 0.007 0.038 0.045 0.266 91 A 0.428 0.013 0.040 0.006 0.109 0.203 0.200 92 G 0.064 0.005 0.040 0.003 0.159 0.694 0.035 93 N 0.124 0.002 0.033 0.001 0.239 0.475 0.126 94 I 0.815 0.007 0.001 0.001 0.021 0.006 0.149 95 T 0.952 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 96 L 0.962 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.031 97 D 0.962 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.027 98 S 0.933 0.002 0.003 0.001 0.009 0.002 0.051 99 Y 0.964 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.026 100 T 0.974 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 101 W 0.954 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.034 102 V 0.805 0.006 0.002 0.001 0.023 0.016 0.147 103 K 0.369 0.012 0.011 0.001 0.224 0.239 0.143 104 D 0.110 0.006 0.010 0.001 0.351 0.428 0.095 105 G 0.142 0.004 0.023 0.001 0.397 0.302 0.132 106 A 0.477 0.013 0.008 0.001 0.154 0.039 0.308 107 V 0.896 0.007 0.001 0.001 0.012 0.005 0.078 108 I 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 109 N 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 110 A 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 111 Q 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 112 L 0.923 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.067 113 Y 0.722 0.004 0.004 0.001 0.062 0.064 0.144 114 K 0.067 0.002 0.007 0.002 0.217 0.678 0.027 115 N 0.026 0.001 0.008 0.002 0.205 0.690 0.068 116 S 0.298 0.016 0.012 0.029 0.121 0.095 0.430 117 T 0.754 0.041 0.005 0.030 0.029 0.022 0.120 118 V 0.852 0.011 0.004 0.051 0.016 0.011 0.055 119 A 0.802 0.005 0.006 0.066 0.016 0.014 0.092 120 R 0.569 0.006 0.025 0.175 0.059 0.044 0.123 121 S 0.454 0.007 0.061 0.207 0.077 0.063 0.130 122 I 0.249 0.011 0.093 0.304 0.083 0.100 0.161 123 S 0.097 0.007 0.064 0.187 0.081 0.467 0.098 124 N 0.069 0.006 0.030 0.054 0.075 0.522 0.244 125 F 0.126 0.034 0.012 0.034 0.088 0.024 0.682 126 S 0.285 0.043 0.017 0.032 0.054 0.029 0.541 127 F 0.184 0.031 0.073 0.071 0.123 0.131 0.388 128 S 0.115 0.015 0.130 0.067 0.132 0.221 0.321 129 R 0.073 0.006 0.146 0.070 0.166 0.299 0.240 130 E 0.056 0.008 0.132 0.050 0.246 0.221 0.287 131 A 0.088 0.007 0.060 0.036 0.429 0.136 0.245 132 K 0.160 0.027 0.026 0.025 0.194 0.108 0.461 133 I 0.151 0.081 0.004 0.009 0.159 0.011 0.585 134 G 0.067 0.021 0.001 0.005 0.029 0.003 0.875 135 K 0.002 0.001 0.069 0.861 0.015 0.037 0.015 136 E 0.001 0.001 0.077 0.855 0.018 0.037 0.011 137 D 0.001 0.001 0.082 0.862 0.010 0.021 0.022 138 Y 0.002 0.001 0.021 0.946 0.005 0.011 0.014 139 D 0.005 0.001 0.021 0.895 0.007 0.059 0.013 140 E 0.005 0.002 0.039 0.827 0.008 0.108 0.011 141 L 0.007 0.005 0.040 0.822 0.035 0.042 0.050 142 K 0.011 0.005 0.073 0.742 0.036 0.089 0.043 143 I 0.004 0.001 0.033 0.333 0.041 0.568 0.020 144 G 0.004 0.002 0.012 0.070 0.099 0.697 0.117 145 E 0.034 0.036 0.004 0.030 0.229 0.035 0.633 146 S 0.062 0.094 0.002 0.044 0.085 0.010 0.702 147 Y 0.001 0.001 0.025 0.957 0.004 0.009 0.003 148 K 0.001 0.001 0.036 0.946 0.002 0.014 0.002 149 K 0.001 0.001 0.033 0.947 0.002 0.015 0.002 150 V 0.002 0.001 0.008 0.976 0.003 0.008 0.003 151 V 0.002 0.001 0.015 0.961 0.003 0.012 0.006 152 E 0.003 0.001 0.018 0.941 0.003 0.030 0.004 153 K 0.002 0.001 0.016 0.900 0.006 0.071 0.004 154 L 0.012 0.010 0.011 0.548 0.116 0.255 0.048 155 G 0.012 0.008 0.005 0.066 0.298 0.182 0.429 156 E 0.019 0.020 0.005 0.031 0.313 0.051 0.560 157 P 0.033 0.011 0.044 0.062 0.200 0.145 0.505 158 D 0.037 0.015 0.092 0.040 0.251 0.243 0.323 159 V 0.105 0.026 0.128 0.075 0.242 0.146 0.277 160 L 0.195 0.033 0.124 0.096 0.124 0.097 0.331 161 S 0.348 0.025 0.088 0.086 0.082 0.077 0.293 162 Q 0.458 0.023 0.081 0.082 0.083 0.079 0.194 163 S 0.485 0.024 0.044 0.069 0.090 0.063 0.224 164 M 0.484 0.029 0.027 0.051 0.092 0.093 0.225 165 S 0.326 0.026 0.032 0.042 0.138 0.112 0.324 166 S 0.062 0.007 0.029 0.032 0.201 0.570 0.098 167 D 0.035 0.003 0.017 0.010 0.156 0.659 0.120 168 K 0.302 0.014 0.009 0.020 0.158 0.076 0.421 169 E 0.522 0.017 0.006 0.022 0.076 0.059 0.298 170 E 0.719 0.010 0.009 0.030 0.060 0.018 0.154 171 M 0.853 0.014 0.004 0.020 0.016 0.004 0.089 172 Q 0.930 0.004 0.005 0.017 0.009 0.002 0.033 173 T 0.965 0.002 0.004 0.011 0.002 0.002 0.015 174 V 0.958 0.002 0.007 0.015 0.003 0.004 0.012 175 W 0.950 0.002 0.008 0.016 0.005 0.006 0.013 176 S 0.879 0.004 0.019 0.029 0.013 0.013 0.043 177 S 0.690 0.003 0.048 0.053 0.057 0.079 0.070 178 G 0.538 0.010 0.049 0.044 0.092 0.157 0.110 179 I 0.559 0.036 0.012 0.014 0.103 0.024 0.252 180 K 0.468 0.041 0.012 0.009 0.069 0.038 0.363 181 T 0.302 0.027 0.034 0.018 0.170 0.211 0.238 182 K 0.110 0.008 0.042 0.009 0.241 0.353 0.237 183 S 0.071 0.010 0.054 0.006 0.310 0.264 0.287 184 S 0.112 0.026 0.044 0.006 0.294 0.301 0.218 185 S 0.124 0.013 0.048 0.004 0.256 0.203 0.351 186 A 0.224 0.012 0.027 0.002 0.283 0.110 0.341 187 T 0.611 0.010 0.007 0.001 0.086 0.041 0.243 188 I 0.860 0.007 0.001 0.001 0.017 0.002 0.113 189 E 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 190 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 191 Y 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 192 F 0.946 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 193 E 0.849 0.002 0.004 0.001 0.025 0.037 0.083 194 N 0.063 0.001 0.013 0.002 0.097 0.810 0.014 195 G 0.045 0.001 0.012 0.001 0.103 0.804 0.034 196 L 0.606 0.014 0.004 0.003 0.033 0.027 0.312 197 L 0.893 0.032 0.001 0.002 0.006 0.006 0.060 198 K 0.889 0.010 0.002 0.011 0.014 0.008 0.066 199 N 0.781 0.009 0.007 0.028 0.036 0.023 0.117 200 K 0.413 0.007 0.030 0.084 0.121 0.077 0.266 201 T 0.208 0.010 0.063 0.116 0.200 0.106 0.298 202 Q 0.101 0.009 0.064 0.242 0.095 0.108 0.382 203 K 0.071 0.007 0.045 0.171 0.167 0.332 0.207 204 D 0.049 0.010 0.023 0.130 0.109 0.407 0.271 205 L 0.006 0.008 0.003 0.017 0.008 0.021 0.937 206 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998