# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.019 0.025 0.500 0.011 0.015 0.014 0.006 0.002 0.035 0.077 0.065 0.057 0.174 2 T 0.008 0.014 0.613 0.014 0.014 0.013 0.003 0.001 0.017 0.114 0.049 0.091 0.047 3 T 0.009 0.015 0.300 0.011 0.086 0.058 0.003 0.001 0.018 0.139 0.168 0.034 0.159 4 D 0.016 0.023 0.234 0.024 0.104 0.071 0.004 0.001 0.015 0.112 0.224 0.092 0.080 5 Q 0.039 0.022 0.267 0.024 0.102 0.073 0.006 0.002 0.020 0.102 0.101 0.082 0.160 6 N 0.047 0.022 0.274 0.030 0.049 0.062 0.011 0.003 0.030 0.105 0.162 0.105 0.100 7 H 0.069 0.033 0.229 0.024 0.038 0.050 0.017 0.006 0.044 0.080 0.129 0.107 0.174 8 F 0.063 0.036 0.319 0.019 0.024 0.034 0.012 0.004 0.034 0.069 0.061 0.139 0.186 9 S 0.031 0.025 0.427 0.023 0.023 0.047 0.009 0.004 0.029 0.122 0.097 0.062 0.101 10 G 0.011 0.012 0.345 0.012 0.031 0.047 0.006 0.003 0.029 0.222 0.192 0.037 0.055 11 G 0.006 0.016 0.505 0.003 0.017 0.059 0.004 0.001 0.016 0.177 0.144 0.025 0.026 12 T 0.002 0.042 0.466 0.001 0.011 0.088 0.001 0.001 0.007 0.287 0.039 0.027 0.028 13 S 0.001 0.008 0.757 0.001 0.009 0.132 0.001 0.001 0.003 0.061 0.014 0.005 0.009 14 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.031 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 20 W 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.932 0.001 0.001 0.001 0.005 0.048 0.001 0.001 21 F 0.001 0.001 0.057 0.001 0.024 0.402 0.001 0.001 0.001 0.039 0.472 0.002 0.001 22 G 0.001 0.007 0.179 0.001 0.006 0.036 0.001 0.001 0.002 0.140 0.625 0.001 0.003 23 D 0.001 0.004 0.803 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.159 0.016 0.006 0.001 24 P 0.001 0.021 0.514 0.001 0.159 0.042 0.001 0.001 0.007 0.102 0.137 0.001 0.015 25 N 0.001 0.014 0.395 0.006 0.145 0.050 0.001 0.001 0.010 0.182 0.190 0.006 0.002 26 K 0.001 0.013 0.334 0.002 0.231 0.047 0.001 0.001 0.009 0.198 0.149 0.003 0.012 27 S 0.001 0.015 0.533 0.003 0.086 0.042 0.001 0.001 0.017 0.197 0.079 0.012 0.013 28 E 0.003 0.037 0.419 0.007 0.070 0.072 0.001 0.001 0.016 0.154 0.145 0.035 0.042 29 Q 0.008 0.039 0.324 0.006 0.085 0.110 0.001 0.001 0.013 0.151 0.111 0.035 0.117 30 R 0.011 0.056 0.325 0.010 0.065 0.075 0.002 0.001 0.012 0.130 0.067 0.166 0.079 31 N 0.017 0.024 0.303 0.009 0.128 0.069 0.002 0.001 0.012 0.065 0.145 0.035 0.188 32 A 0.019 0.011 0.210 0.044 0.080 0.052 0.003 0.001 0.009 0.092 0.375 0.055 0.049 33 G 0.015 0.004 0.114 0.045 0.024 0.012 0.003 0.001 0.006 0.121 0.592 0.037 0.027 34 N 0.039 0.012 0.242 0.017 0.013 0.010 0.004 0.001 0.019 0.183 0.265 0.068 0.128 35 I 0.092 0.026 0.318 0.013 0.002 0.002 0.010 0.001 0.023 0.058 0.010 0.230 0.215 36 T 0.193 0.015 0.069 0.014 0.002 0.001 0.019 0.003 0.025 0.019 0.003 0.248 0.390 37 L 0.239 0.005 0.065 0.049 0.002 0.001 0.036 0.008 0.039 0.013 0.004 0.124 0.414 38 D 0.308 0.002 0.048 0.149 0.002 0.001 0.043 0.006 0.030 0.010 0.004 0.293 0.104 39 S 0.373 0.002 0.023 0.015 0.005 0.001 0.043 0.008 0.034 0.007 0.004 0.112 0.372 40 Y 0.534 0.002 0.017 0.027 0.002 0.001 0.039 0.005 0.019 0.006 0.003 0.186 0.160 41 T 0.471 0.007 0.016 0.015 0.002 0.001 0.020 0.005 0.015 0.006 0.002 0.276 0.166 42 W 0.241 0.021 0.057 0.008 0.003 0.002 0.016 0.004 0.020 0.013 0.009 0.104 0.500 43 V 0.079 0.020 0.213 0.021 0.007 0.003 0.005 0.001 0.012 0.071 0.037 0.291 0.240 44 K 0.027 0.006 0.109 0.051 0.021 0.005 0.002 0.001 0.005 0.149 0.379 0.072 0.174 45 D 0.004 0.002 0.030 0.038 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.111 0.778 0.015 0.010 46 G 0.042 0.010 0.205 0.027 0.018 0.004 0.004 0.001 0.005 0.243 0.326 0.050 0.065 47 A 0.242 0.016 0.157 0.019 0.006 0.002 0.017 0.002 0.012 0.075 0.017 0.194 0.241 48 V 0.529 0.006 0.019 0.019 0.001 0.001 0.033 0.004 0.012 0.006 0.002 0.074 0.293 49 I 0.744 0.001 0.004 0.040 0.001 0.001 0.040 0.004 0.005 0.001 0.001 0.098 0.062 50 N 0.767 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.029 0.004 0.007 0.001 0.001 0.069 0.108 51 A 0.794 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.038 0.006 0.007 0.001 0.001 0.040 0.106 52 Q 0.684 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.029 0.011 0.015 0.001 0.001 0.186 0.056 53 L 0.468 0.007 0.018 0.008 0.003 0.005 0.043 0.016 0.037 0.005 0.013 0.039 0.337 54 Y 0.128 0.016 0.172 0.037 0.007 0.016 0.015 0.009 0.039 0.086 0.086 0.267 0.123 55 K 0.011 0.004 0.067 0.031 0.013 0.020 0.002 0.001 0.006 0.160 0.590 0.028 0.065 56 N 0.002 0.002 0.068 0.014 0.008 0.015 0.001 0.001 0.002 0.124 0.749 0.008 0.007 57 S 0.014 0.012 0.236 0.013 0.022 0.073 0.001 0.001 0.004 0.309 0.235 0.042 0.037 58 T 0.136 0.045 0.140 0.011 0.025 0.080 0.008 0.001 0.008 0.076 0.029 0.091 0.348 59 V 0.260 0.016 0.036 0.020 0.016 0.099 0.014 0.004 0.011 0.011 0.011 0.263 0.241 60 A 0.361 0.004 0.017 0.061 0.012 0.132 0.011 0.005 0.009 0.004 0.009 0.046 0.331 61 R 0.327 0.002 0.009 0.035 0.009 0.204 0.008 0.004 0.004 0.004 0.011 0.316 0.066 62 S 0.260 0.002 0.013 0.006 0.022 0.269 0.007 0.002 0.007 0.003 0.039 0.019 0.351 63 I 0.347 0.005 0.034 0.032 0.018 0.242 0.007 0.002 0.007 0.020 0.072 0.142 0.072 64 S 0.084 0.004 0.044 0.074 0.020 0.160 0.005 0.001 0.006 0.084 0.370 0.073 0.075 65 N 0.046 0.006 0.101 0.011 0.018 0.078 0.004 0.001 0.007 0.087 0.532 0.046 0.063 66 F 0.049 0.017 0.358 0.012 0.020 0.081 0.005 0.002 0.016 0.131 0.079 0.108 0.121 67 S 0.059 0.030 0.269 0.012 0.016 0.073 0.006 0.002 0.020 0.104 0.043 0.184 0.182 68 F 0.033 0.034 0.296 0.009 0.033 0.095 0.007 0.003 0.026 0.083 0.062 0.070 0.248 69 S 0.012 0.018 0.480 0.030 0.034 0.077 0.006 0.002 0.024 0.094 0.051 0.086 0.088 70 R 0.005 0.010 0.215 0.015 0.148 0.206 0.002 0.001 0.020 0.096 0.166 0.037 0.079 71 E 0.004 0.009 0.220 0.010 0.216 0.242 0.001 0.001 0.014 0.081 0.150 0.012 0.038 72 A 0.004 0.011 0.189 0.009 0.182 0.228 0.002 0.002 0.023 0.157 0.127 0.046 0.021 73 K 0.008 0.025 0.345 0.003 0.075 0.120 0.005 0.002 0.042 0.091 0.179 0.021 0.085 74 I 0.006 0.068 0.541 0.003 0.015 0.057 0.004 0.003 0.018 0.117 0.052 0.075 0.040 75 G 0.001 0.005 0.885 0.002 0.003 0.021 0.001 0.001 0.009 0.036 0.022 0.004 0.010 76 K 0.001 0.006 0.117 0.002 0.182 0.556 0.001 0.001 0.002 0.058 0.058 0.003 0.015 77 E 0.001 0.003 0.047 0.001 0.157 0.684 0.001 0.001 0.001 0.028 0.069 0.006 0.003 78 D 0.001 0.007 0.074 0.001 0.151 0.658 0.001 0.001 0.003 0.028 0.056 0.004 0.017 79 Y 0.001 0.003 0.077 0.002 0.070 0.783 0.001 0.001 0.003 0.023 0.026 0.005 0.008 80 D 0.001 0.002 0.038 0.003 0.075 0.774 0.001 0.001 0.002 0.023 0.067 0.009 0.005 81 E 0.002 0.003 0.024 0.001 0.075 0.740 0.001 0.001 0.006 0.014 0.121 0.003 0.011 82 L 0.004 0.008 0.064 0.003 0.042 0.714 0.001 0.002 0.009 0.027 0.095 0.017 0.015 83 K 0.005 0.010 0.160 0.003 0.054 0.580 0.001 0.001 0.008 0.046 0.095 0.015 0.022 84 I 0.001 0.003 0.052 0.004 0.030 0.240 0.001 0.001 0.004 0.055 0.606 0.002 0.004 85 G 0.001 0.003 0.136 0.002 0.009 0.093 0.001 0.001 0.003 0.082 0.667 0.002 0.002 86 E 0.001 0.011 0.512 0.001 0.012 0.160 0.001 0.001 0.004 0.234 0.050 0.009 0.008 87 S 0.001 0.023 0.645 0.001 0.014 0.173 0.001 0.001 0.004 0.096 0.027 0.004 0.012 88 Y 0.001 0.001 0.036 0.001 0.036 0.907 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.002 89 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 90 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 91 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 92 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 94 K 0.001 0.001 0.010 0.001 0.015 0.917 0.001 0.001 0.001 0.004 0.049 0.001 0.002 95 L 0.002 0.004 0.062 0.001 0.022 0.493 0.001 0.001 0.004 0.047 0.356 0.007 0.001 96 G 0.001 0.004 0.188 0.001 0.004 0.043 0.001 0.001 0.003 0.116 0.633 0.001 0.005 97 E 0.001 0.005 0.795 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 0.005 0.122 0.039 0.006 0.002 98 P 0.001 0.016 0.507 0.002 0.059 0.077 0.001 0.001 0.018 0.137 0.163 0.002 0.016 99 D 0.001 0.012 0.259 0.014 0.073 0.110 0.001 0.003 0.025 0.272 0.210 0.016 0.006 100 V 0.003 0.021 0.332 0.006 0.135 0.138 0.004 0.007 0.048 0.131 0.120 0.012 0.044 101 L 0.007 0.035 0.304 0.010 0.096 0.157 0.008 0.026 0.107 0.111 0.050 0.040 0.049 102 S 0.023 0.037 0.266 0.031 0.078 0.169 0.009 0.009 0.067 0.088 0.079 0.056 0.087 103 Q 0.030 0.017 0.180 0.017 0.120 0.260 0.006 0.005 0.022 0.081 0.100 0.061 0.102 104 S 0.019 0.016 0.220 0.014 0.134 0.236 0.003 0.005 0.026 0.092 0.108 0.053 0.074 105 M 0.026 0.022 0.244 0.014 0.090 0.166 0.003 0.001 0.016 0.112 0.168 0.058 0.078 106 S 0.021 0.020 0.281 0.005 0.063 0.132 0.002 0.001 0.011 0.145 0.175 0.054 0.090 107 S 0.008 0.024 0.388 0.006 0.023 0.068 0.002 0.001 0.006 0.181 0.228 0.030 0.037 108 D 0.003 0.011 0.501 0.005 0.020 0.069 0.001 0.001 0.005 0.181 0.164 0.016 0.025 109 K 0.003 0.008 0.192 0.007 0.060 0.277 0.001 0.001 0.004 0.146 0.254 0.015 0.034 110 E 0.009 0.014 0.128 0.014 0.086 0.316 0.001 0.001 0.006 0.127 0.210 0.039 0.049 111 E 0.039 0.017 0.178 0.013 0.080 0.272 0.004 0.002 0.019 0.080 0.068 0.082 0.145 112 M 0.083 0.012 0.145 0.025 0.029 0.323 0.008 0.005 0.040 0.030 0.041 0.081 0.178 113 Q 0.222 0.008 0.043 0.029 0.020 0.277 0.012 0.005 0.020 0.016 0.017 0.140 0.190 114 T 0.341 0.005 0.019 0.022 0.019 0.259 0.014 0.006 0.012 0.007 0.013 0.115 0.168 115 V 0.340 0.004 0.017 0.014 0.016 0.258 0.014 0.007 0.012 0.005 0.025 0.135 0.152 116 W 0.285 0.004 0.035 0.021 0.029 0.299 0.010 0.005 0.015 0.008 0.066 0.046 0.176 117 S 0.231 0.005 0.060 0.040 0.043 0.278 0.008 0.002 0.009 0.030 0.121 0.088 0.086 118 S 0.097 0.005 0.037 0.046 0.036 0.147 0.006 0.001 0.006 0.069 0.412 0.057 0.080 119 G 0.058 0.010 0.119 0.014 0.024 0.075 0.005 0.001 0.009 0.100 0.419 0.085 0.079 120 I 0.048 0.036 0.353 0.014 0.026 0.042 0.003 0.001 0.010 0.108 0.062 0.133 0.163 121 K 0.031 0.055 0.342 0.008 0.031 0.029 0.003 0.001 0.013 0.108 0.072 0.107 0.201 122 T 0.015 0.041 0.297 0.011 0.049 0.029 0.002 0.001 0.012 0.160 0.179 0.054 0.151 123 K 0.004 0.020 0.490 0.009 0.027 0.010 0.001 0.001 0.004 0.229 0.142 0.035 0.029 124 S 0.002 0.011 0.415 0.004 0.034 0.009 0.001 0.001 0.003 0.239 0.247 0.010 0.025 125 S 0.001 0.008 0.126 0.013 0.040 0.008 0.001 0.001 0.002 0.184 0.596 0.010 0.012 126 S 0.008 0.015 0.312 0.017 0.055 0.006 0.002 0.001 0.006 0.223 0.288 0.023 0.044 127 A 0.027 0.013 0.393 0.037 0.021 0.002 0.008 0.002 0.021 0.216 0.079 0.112 0.069 128 T 0.127 0.017 0.208 0.038 0.008 0.001 0.029 0.007 0.080 0.063 0.020 0.066 0.336 129 I 0.331 0.005 0.099 0.053 0.001 0.001 0.056 0.013 0.053 0.016 0.002 0.274 0.097 130 E 0.498 0.002 0.019 0.026 0.001 0.001 0.089 0.025 0.046 0.004 0.001 0.121 0.170 131 L 0.520 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.177 0.053 0.038 0.001 0.001 0.070 0.126 132 Y 0.506 0.005 0.010 0.025 0.001 0.001 0.104 0.085 0.067 0.002 0.001 0.110 0.084 133 F 0.235 0.007 0.083 0.021 0.004 0.003 0.058 0.049 0.139 0.017 0.015 0.088 0.281 134 E 0.058 0.006 0.151 0.106 0.010 0.007 0.019 0.011 0.079 0.128 0.184 0.115 0.126 135 N 0.010 0.003 0.065 0.048 0.011 0.005 0.003 0.001 0.019 0.189 0.589 0.027 0.029 136 G 0.020 0.007 0.162 0.043 0.010 0.011 0.005 0.001 0.011 0.268 0.385 0.047 0.031 137 L 0.094 0.039 0.214 0.011 0.014 0.021 0.012 0.002 0.019 0.086 0.050 0.287 0.151 138 L 0.175 0.041 0.066 0.005 0.009 0.018 0.024 0.004 0.020 0.012 0.010 0.042 0.575 139 K 0.142 0.021 0.107 0.087 0.007 0.036 0.017 0.006 0.022 0.025 0.010 0.418 0.101 140 N 0.079 0.007 0.121 0.019 0.036 0.110 0.008 0.002 0.015 0.023 0.030 0.083 0.467 141 K 0.041 0.008 0.122 0.024 0.085 0.321 0.006 0.002 0.014 0.042 0.151 0.075 0.108 142 T 0.031 0.012 0.107 0.027 0.134 0.300 0.002 0.001 0.009 0.062 0.187 0.055 0.074 143 Q 0.017 0.011 0.186 0.004 0.143 0.309 0.002 0.001 0.006 0.083 0.145 0.028 0.066 144 K 0.004 0.013 0.202 0.006 0.079 0.214 0.001 0.001 0.008 0.149 0.283 0.019 0.021 145 D 0.004 0.013 0.384 0.004 0.026 0.117 0.001 0.001 0.009 0.141 0.263 0.021 0.017 146 L 0.004 0.018 0.397 0.003 0.039 0.197 0.001 0.001 0.007 0.172 0.086 0.013 0.062 147 E 0.003 0.022 0.430 0.008 0.056 0.188 0.001 0.001 0.010 0.125 0.068 0.064 0.023