# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.058 0.064 0.003 0.047 0.058 0.086 0.119 0.013 0.002 0.085 0.465 2 T 0.060 0.027 0.008 0.055 0.051 0.097 0.106 0.005 0.003 0.203 0.385 3 T 0.029 0.038 0.005 0.056 0.060 0.091 0.107 0.003 0.001 0.085 0.526 4 D 0.128 0.087 0.003 0.037 0.026 0.048 0.123 0.011 0.001 0.062 0.472 5 Q 0.125 0.029 0.005 0.030 0.027 0.045 0.162 0.007 0.003 0.114 0.454 6 N 0.033 0.026 0.007 0.105 0.036 0.081 0.127 0.004 0.002 0.087 0.494 7 H 0.051 0.013 0.005 0.087 0.037 0.075 0.117 0.004 0.001 0.077 0.534 8 F 0.122 0.009 0.003 0.090 0.057 0.050 0.151 0.004 0.001 0.079 0.434 9 S 0.036 0.016 0.002 0.054 0.029 0.039 0.122 0.002 0.001 0.092 0.608 10 G 0.023 0.032 0.001 0.045 0.011 0.023 0.151 0.003 0.001 0.056 0.656 11 G 0.019 0.050 0.001 0.031 0.028 0.027 0.170 0.002 0.001 0.094 0.578 12 T 0.005 0.227 0.001 0.059 0.019 0.030 0.098 0.004 0.001 0.154 0.401 13 S 0.015 0.923 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.014 0.034 14 I 0.014 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.027 0.009 15 E 0.003 0.716 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.248 0.020 16 Q 0.009 0.967 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.005 17 L 0.064 0.806 0.016 0.001 0.001 0.001 0.004 0.070 0.015 0.012 0.011 18 K 0.345 0.077 0.172 0.001 0.001 0.002 0.006 0.087 0.259 0.016 0.035 19 Q 0.480 0.018 0.019 0.002 0.005 0.009 0.027 0.006 0.008 0.019 0.408 20 W 0.084 0.005 0.002 0.004 0.002 0.003 0.065 0.002 0.001 0.015 0.817 21 F 0.006 0.002 0.003 0.014 0.011 0.010 0.310 0.001 0.001 0.029 0.613 22 G 0.008 0.005 0.001 0.008 0.002 0.004 0.098 0.002 0.001 0.007 0.864 23 D 0.330 0.010 0.001 0.019 0.009 0.007 0.101 0.007 0.001 0.046 0.468 24 P 0.026 0.013 0.001 0.029 0.008 0.011 0.150 0.003 0.001 0.048 0.710 25 N 0.047 0.039 0.002 0.040 0.009 0.025 0.110 0.004 0.001 0.044 0.679 26 K 0.109 0.054 0.002 0.048 0.011 0.024 0.120 0.006 0.001 0.066 0.560 27 S 0.059 0.047 0.004 0.039 0.018 0.029 0.117 0.004 0.001 0.115 0.566 28 E 0.083 0.081 0.003 0.045 0.033 0.071 0.098 0.007 0.001 0.053 0.524 29 Q 0.120 0.024 0.009 0.031 0.029 0.053 0.102 0.006 0.003 0.087 0.537 30 R 0.046 0.005 0.009 0.031 0.082 0.124 0.123 0.003 0.003 0.070 0.505 31 N 0.314 0.012 0.002 0.019 0.028 0.046 0.067 0.004 0.001 0.035 0.471 32 A 0.138 0.003 0.001 0.008 0.023 0.024 0.124 0.002 0.001 0.046 0.630 33 G 0.006 0.004 0.001 0.027 0.050 0.081 0.159 0.001 0.001 0.022 0.648 34 N 0.017 0.005 0.001 0.022 0.054 0.106 0.104 0.001 0.001 0.031 0.659 35 I 0.003 0.001 0.001 0.032 0.242 0.207 0.132 0.001 0.001 0.036 0.346 36 T 0.016 0.023 0.001 0.068 0.121 0.245 0.069 0.002 0.001 0.060 0.395 37 L 0.022 0.009 0.001 0.048 0.141 0.165 0.095 0.001 0.001 0.161 0.357 38 D 0.007 0.012 0.001 0.098 0.188 0.308 0.073 0.001 0.001 0.072 0.239 39 S 0.008 0.016 0.001 0.056 0.163 0.405 0.054 0.001 0.001 0.051 0.244 40 Y 0.013 0.006 0.001 0.068 0.183 0.356 0.064 0.002 0.001 0.046 0.261 41 T 0.017 0.004 0.002 0.054 0.224 0.393 0.043 0.001 0.001 0.060 0.201 42 W 0.018 0.002 0.005 0.045 0.149 0.243 0.058 0.001 0.001 0.049 0.429 43 V 0.388 0.004 0.003 0.020 0.079 0.063 0.060 0.003 0.001 0.050 0.332 44 K 0.267 0.003 0.002 0.012 0.030 0.027 0.073 0.003 0.001 0.043 0.540 45 D 0.013 0.003 0.001 0.014 0.026 0.036 0.097 0.001 0.001 0.024 0.785 46 G 0.015 0.003 0.002 0.020 0.076 0.086 0.108 0.001 0.001 0.068 0.621 47 A 0.003 0.003 0.001 0.043 0.363 0.306 0.059 0.001 0.001 0.047 0.174 48 V 0.004 0.015 0.001 0.065 0.177 0.396 0.037 0.001 0.001 0.067 0.238 49 I 0.001 0.006 0.001 0.038 0.386 0.412 0.025 0.001 0.001 0.020 0.111 50 N 0.004 0.024 0.001 0.074 0.246 0.516 0.016 0.001 0.001 0.034 0.086 51 A 0.009 0.019 0.001 0.075 0.354 0.354 0.022 0.001 0.001 0.069 0.096 52 Q 0.005 0.011 0.005 0.140 0.282 0.359 0.029 0.001 0.001 0.078 0.088 53 L 0.060 0.013 0.009 0.073 0.169 0.287 0.058 0.004 0.001 0.116 0.209 54 Y 0.449 0.008 0.003 0.046 0.046 0.065 0.060 0.005 0.001 0.141 0.177 55 K 0.026 0.024 0.002 0.023 0.023 0.041 0.122 0.002 0.001 0.063 0.673 56 N 0.010 0.068 0.002 0.013 0.027 0.045 0.083 0.002 0.001 0.038 0.712 57 S 0.023 0.186 0.002 0.024 0.151 0.110 0.071 0.003 0.001 0.124 0.306 58 T 0.006 0.162 0.001 0.036 0.092 0.128 0.038 0.002 0.001 0.383 0.152 59 V 0.013 0.344 0.002 0.032 0.106 0.175 0.032 0.004 0.001 0.124 0.168 60 A 0.036 0.115 0.004 0.039 0.107 0.114 0.038 0.002 0.001 0.406 0.139 61 R 0.008 0.038 0.010 0.045 0.105 0.173 0.052 0.002 0.002 0.384 0.181 62 S 0.112 0.207 0.009 0.033 0.054 0.103 0.079 0.009 0.002 0.156 0.237 63 I 0.237 0.092 0.009 0.028 0.027 0.034 0.089 0.015 0.002 0.156 0.311 64 S 0.026 0.071 0.003 0.025 0.036 0.082 0.136 0.002 0.001 0.075 0.543 65 N 0.016 0.064 0.004 0.026 0.021 0.062 0.099 0.002 0.001 0.100 0.605 66 F 0.015 0.061 0.003 0.060 0.124 0.089 0.164 0.003 0.001 0.083 0.398 67 S 0.070 0.253 0.003 0.028 0.049 0.088 0.068 0.007 0.001 0.071 0.364 68 F 0.061 0.149 0.005 0.029 0.029 0.042 0.085 0.006 0.001 0.063 0.530 69 S 0.080 0.093 0.017 0.047 0.043 0.089 0.091 0.008 0.003 0.112 0.418 70 R 0.293 0.121 0.004 0.040 0.029 0.045 0.062 0.012 0.002 0.033 0.359 71 E 0.167 0.046 0.006 0.017 0.017 0.023 0.081 0.007 0.002 0.068 0.565 72 A 0.022 0.031 0.001 0.023 0.043 0.074 0.115 0.002 0.001 0.024 0.663 73 K 0.049 0.051 0.002 0.043 0.018 0.042 0.089 0.003 0.001 0.059 0.645 74 I 0.006 0.033 0.003 0.032 0.053 0.033 0.133 0.002 0.001 0.047 0.656 75 G 0.110 0.571 0.001 0.010 0.014 0.018 0.028 0.016 0.001 0.023 0.207 76 K 0.264 0.425 0.001 0.005 0.004 0.004 0.022 0.008 0.001 0.087 0.179 77 E 0.009 0.629 0.006 0.011 0.005 0.008 0.052 0.005 0.001 0.031 0.244 78 D 0.038 0.806 0.004 0.003 0.003 0.013 0.014 0.010 0.001 0.036 0.073 79 Y 0.288 0.579 0.003 0.004 0.002 0.003 0.013 0.017 0.003 0.030 0.059 80 D 0.056 0.586 0.012 0.005 0.014 0.021 0.034 0.007 0.003 0.041 0.222 81 E 0.086 0.171 0.052 0.017 0.013 0.071 0.053 0.034 0.021 0.132 0.348 82 L 0.493 0.055 0.011 0.020 0.019 0.017 0.070 0.012 0.007 0.053 0.243 83 K 0.112 0.038 0.007 0.012 0.026 0.020 0.066 0.005 0.002 0.050 0.662 84 I 0.021 0.049 0.002 0.010 0.008 0.014 0.101 0.003 0.001 0.041 0.750 85 G 0.081 0.147 0.004 0.013 0.010 0.009 0.110 0.004 0.001 0.063 0.560 86 E 0.014 0.135 0.002 0.014 0.019 0.022 0.119 0.005 0.001 0.053 0.617 87 S 0.025 0.655 0.001 0.009 0.003 0.009 0.027 0.007 0.001 0.049 0.216 88 Y 0.020 0.841 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.006 0.001 0.036 0.079 89 K 0.005 0.748 0.003 0.002 0.009 0.009 0.012 0.001 0.001 0.150 0.061 90 K 0.010 0.939 0.002 0.002 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.014 0.020 91 V 0.114 0.736 0.012 0.003 0.003 0.006 0.010 0.034 0.010 0.028 0.043 92 V 0.375 0.100 0.195 0.008 0.008 0.017 0.014 0.060 0.093 0.039 0.091 93 E 0.429 0.016 0.009 0.005 0.018 0.036 0.036 0.004 0.004 0.032 0.411 94 K 0.163 0.005 0.002 0.008 0.004 0.005 0.064 0.002 0.001 0.017 0.729 95 L 0.005 0.002 0.002 0.011 0.017 0.016 0.235 0.001 0.001 0.018 0.694 96 G 0.012 0.009 0.001 0.015 0.005 0.010 0.092 0.002 0.001 0.010 0.845 97 E 0.328 0.039 0.001 0.012 0.013 0.008 0.073 0.009 0.001 0.022 0.494 98 P 0.071 0.036 0.001 0.021 0.014 0.018 0.139 0.005 0.001 0.101 0.593 99 D 0.021 0.042 0.002 0.067 0.018 0.056 0.126 0.002 0.001 0.086 0.579 100 V 0.046 0.051 0.002 0.148 0.019 0.047 0.116 0.004 0.001 0.144 0.423 101 L 0.039 0.051 0.004 0.095 0.047 0.064 0.112 0.008 0.002 0.109 0.471 102 S 0.091 0.075 0.004 0.035 0.055 0.090 0.082 0.006 0.001 0.157 0.405 103 Q 0.050 0.037 0.004 0.046 0.040 0.072 0.108 0.005 0.002 0.138 0.497 104 S 0.041 0.030 0.007 0.044 0.055 0.091 0.142 0.004 0.002 0.124 0.460 105 M 0.088 0.027 0.004 0.025 0.041 0.069 0.120 0.006 0.002 0.061 0.559 106 S 0.094 0.022 0.004 0.020 0.028 0.044 0.125 0.003 0.001 0.070 0.588 107 S 0.049 0.039 0.003 0.012 0.014 0.023 0.115 0.003 0.001 0.042 0.700 108 D 0.152 0.129 0.002 0.012 0.016 0.024 0.098 0.005 0.001 0.051 0.510 109 K 0.092 0.101 0.003 0.011 0.020 0.031 0.123 0.005 0.001 0.098 0.516 110 E 0.020 0.047 0.004 0.028 0.051 0.103 0.104 0.002 0.001 0.332 0.308 111 E 0.013 0.118 0.003 0.067 0.075 0.167 0.076 0.002 0.001 0.238 0.242 112 M 0.013 0.169 0.002 0.046 0.163 0.235 0.056 0.003 0.001 0.108 0.205 113 Q 0.009 0.090 0.001 0.034 0.140 0.367 0.037 0.002 0.001 0.145 0.175 114 T 0.005 0.027 0.002 0.090 0.144 0.296 0.038 0.001 0.001 0.289 0.108 115 V 0.006 0.015 0.011 0.151 0.253 0.278 0.031 0.002 0.001 0.176 0.077 116 W 0.093 0.037 0.004 0.163 0.220 0.173 0.059 0.006 0.001 0.079 0.164 117 S 0.145 0.023 0.004 0.066 0.079 0.114 0.082 0.005 0.001 0.103 0.378 118 S 0.017 0.010 0.003 0.075 0.044 0.111 0.139 0.002 0.001 0.089 0.510 119 G 0.031 0.012 0.004 0.077 0.057 0.099 0.137 0.003 0.001 0.068 0.511 120 I 0.041 0.005 0.002 0.021 0.132 0.110 0.147 0.002 0.001 0.043 0.497 121 K 0.055 0.006 0.002 0.027 0.069 0.105 0.110 0.003 0.001 0.090 0.534 122 T 0.069 0.003 0.003 0.017 0.027 0.052 0.119 0.002 0.001 0.076 0.630 123 K 0.088 0.003 0.002 0.020 0.029 0.044 0.138 0.002 0.001 0.050 0.623 124 S 0.132 0.002 0.003 0.010 0.021 0.032 0.112 0.003 0.001 0.068 0.616 125 S 0.033 0.001 0.002 0.033 0.058 0.074 0.141 0.001 0.001 0.065 0.591 126 S 0.012 0.001 0.002 0.031 0.034 0.070 0.140 0.001 0.001 0.066 0.642 127 A 0.002 0.001 0.001 0.096 0.261 0.360 0.081 0.001 0.001 0.045 0.156 128 T 0.001 0.001 0.001 0.167 0.138 0.383 0.061 0.001 0.001 0.030 0.219 129 I 0.001 0.001 0.001 0.072 0.419 0.416 0.023 0.001 0.001 0.008 0.062 130 E 0.001 0.001 0.001 0.219 0.302 0.384 0.011 0.001 0.001 0.019 0.063 131 L 0.001 0.001 0.001 0.070 0.466 0.389 0.013 0.001 0.001 0.017 0.045 132 Y 0.003 0.001 0.001 0.161 0.277 0.389 0.026 0.001 0.001 0.032 0.109 133 F 0.096 0.001 0.001 0.126 0.173 0.217 0.053 0.002 0.001 0.081 0.250 134 E 0.262 0.003 0.001 0.060 0.029 0.046 0.070 0.004 0.001 0.036 0.489 135 N 0.007 0.003 0.001 0.011 0.020 0.022 0.076 0.001 0.001 0.017 0.842 136 G 0.009 0.004 0.002 0.025 0.138 0.082 0.062 0.001 0.001 0.060 0.616 137 L 0.016 0.014 0.001 0.035 0.315 0.293 0.058 0.003 0.001 0.059 0.206 138 L 0.007 0.006 0.001 0.018 0.150 0.173 0.057 0.002 0.001 0.162 0.424 139 K 0.009 0.006 0.001 0.017 0.306 0.318 0.036 0.001 0.001 0.049 0.255 140 N 0.114 0.034 0.002 0.012 0.112 0.157 0.043 0.003 0.001 0.061 0.462 141 K 0.053 0.011 0.006 0.011 0.089 0.084 0.091 0.007 0.003 0.069 0.576 142 T 0.217 0.024 0.006 0.012 0.054 0.072 0.081 0.006 0.002 0.030 0.496 143 Q 0.117 0.009 0.002 0.008 0.021 0.027 0.060 0.002 0.001 0.021 0.733 144 K 0.014 0.003 0.001 0.007 0.036 0.042 0.117 0.001 0.001 0.021 0.757 145 D 0.028 0.007 0.001 0.017 0.041 0.093 0.110 0.001 0.001 0.030 0.672 146 L 0.017 0.002 0.001 0.008 0.028 0.036 0.115 0.001 0.001 0.017 0.776 147 E 0.016 0.005 0.001 0.024 0.082 0.113 0.110 0.001 0.001 0.023 0.626