# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.017 0.023 0.030 0.103 0.128 0.110 0.049 0.540 2 T 0.056 0.037 0.045 0.099 0.144 0.096 0.119 0.404 3 T 0.118 0.050 0.035 0.067 0.081 0.088 0.152 0.409 4 D 0.132 0.035 0.033 0.049 0.082 0.092 0.060 0.516 5 Q 0.098 0.013 0.045 0.039 0.069 0.097 0.071 0.567 6 N 0.040 0.008 0.082 0.060 0.117 0.108 0.069 0.516 7 H 0.047 0.006 0.052 0.053 0.066 0.099 0.048 0.629 8 F 0.104 0.008 0.061 0.070 0.052 0.137 0.042 0.525 9 S 0.061 0.010 0.046 0.029 0.067 0.122 0.077 0.587 10 G 0.031 0.019 0.028 0.026 0.049 0.116 0.033 0.697 11 G 0.027 0.051 0.047 0.055 0.061 0.146 0.059 0.554 12 T 0.006 0.159 0.032 0.040 0.036 0.122 0.084 0.522 13 S 0.012 0.938 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.021 14 I 0.011 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 15 E 0.010 0.933 0.002 0.001 0.001 0.005 0.030 0.020 16 Q 0.014 0.887 0.004 0.001 0.001 0.004 0.073 0.016 17 L 0.095 0.728 0.020 0.002 0.002 0.008 0.118 0.027 18 K 0.193 0.179 0.077 0.008 0.007 0.057 0.265 0.214 19 Q 0.252 0.079 0.014 0.003 0.005 0.064 0.023 0.560 20 W 0.097 0.033 0.020 0.006 0.007 0.088 0.064 0.685 21 F 0.008 0.007 0.011 0.003 0.004 0.264 0.022 0.680 22 G 0.031 0.024 0.010 0.003 0.007 0.085 0.025 0.815 23 D 0.380 0.052 0.011 0.006 0.006 0.064 0.112 0.369 24 P 0.084 0.025 0.028 0.005 0.009 0.123 0.042 0.683 25 N 0.137 0.052 0.018 0.009 0.017 0.097 0.056 0.614 26 K 0.102 0.041 0.030 0.009 0.019 0.126 0.052 0.621 27 S 0.081 0.036 0.024 0.027 0.033 0.124 0.091 0.585 28 E 0.055 0.055 0.020 0.043 0.076 0.098 0.061 0.592 29 Q 0.085 0.025 0.039 0.039 0.056 0.115 0.095 0.546 30 R 0.061 0.005 0.057 0.087 0.083 0.097 0.066 0.543 31 N 0.360 0.005 0.013 0.018 0.029 0.063 0.064 0.448 32 A 0.147 0.001 0.008 0.008 0.010 0.100 0.042 0.684 33 G 0.006 0.002 0.029 0.026 0.053 0.138 0.013 0.734 34 N 0.011 0.002 0.029 0.024 0.065 0.097 0.034 0.737 35 I 0.003 0.002 0.082 0.398 0.091 0.081 0.033 0.311 36 T 0.013 0.011 0.188 0.079 0.191 0.073 0.068 0.377 37 L 0.025 0.006 0.076 0.162 0.139 0.085 0.091 0.417 38 D 0.009 0.008 0.205 0.156 0.387 0.037 0.038 0.160 39 S 0.012 0.011 0.075 0.160 0.286 0.056 0.044 0.356 40 Y 0.010 0.008 0.122 0.225 0.294 0.053 0.051 0.236 41 T 0.024 0.006 0.099 0.170 0.226 0.076 0.077 0.321 42 W 0.018 0.002 0.062 0.154 0.272 0.065 0.045 0.384 43 V 0.140 0.003 0.025 0.076 0.102 0.090 0.057 0.507 44 K 0.266 0.005 0.012 0.019 0.027 0.107 0.058 0.506 45 D 0.026 0.008 0.014 0.013 0.032 0.142 0.042 0.723 46 G 0.007 0.006 0.032 0.042 0.109 0.156 0.064 0.584 47 A 0.002 0.008 0.078 0.307 0.335 0.053 0.057 0.160 48 V 0.003 0.010 0.118 0.197 0.412 0.031 0.088 0.141 49 I 0.002 0.005 0.068 0.379 0.394 0.013 0.081 0.059 50 N 0.002 0.010 0.064 0.245 0.591 0.009 0.027 0.052 51 A 0.004 0.006 0.102 0.373 0.389 0.018 0.031 0.077 52 Q 0.003 0.001 0.170 0.368 0.305 0.022 0.056 0.075 53 L 0.062 0.002 0.094 0.135 0.263 0.069 0.077 0.298 54 Y 0.449 0.003 0.028 0.050 0.039 0.070 0.106 0.255 55 K 0.022 0.008 0.009 0.010 0.021 0.122 0.028 0.780 56 N 0.031 0.022 0.012 0.016 0.042 0.132 0.046 0.698 57 S 0.010 0.024 0.027 0.210 0.345 0.084 0.063 0.237 58 T 0.007 0.027 0.063 0.156 0.358 0.037 0.161 0.191 59 V 0.007 0.051 0.036 0.271 0.378 0.027 0.090 0.140 60 A 0.023 0.040 0.087 0.252 0.263 0.033 0.153 0.149 61 R 0.011 0.012 0.100 0.238 0.289 0.028 0.193 0.130 62 S 0.070 0.050 0.044 0.164 0.232 0.055 0.124 0.261 63 I 0.212 0.036 0.046 0.079 0.063 0.085 0.141 0.338 64 S 0.043 0.044 0.034 0.067 0.104 0.111 0.083 0.515 65 N 0.026 0.050 0.024 0.026 0.070 0.098 0.092 0.614 66 F 0.026 0.094 0.062 0.107 0.093 0.107 0.127 0.384 67 S 0.057 0.337 0.046 0.058 0.063 0.069 0.067 0.303 68 F 0.083 0.344 0.026 0.027 0.048 0.050 0.031 0.390 69 S 0.110 0.217 0.063 0.037 0.051 0.070 0.086 0.365 70 R 0.180 0.216 0.025 0.018 0.036 0.081 0.084 0.360 71 E 0.190 0.070 0.018 0.015 0.027 0.081 0.166 0.432 72 A 0.051 0.090 0.020 0.032 0.034 0.120 0.049 0.604 73 K 0.021 0.098 0.016 0.021 0.048 0.105 0.042 0.650 74 I 0.008 0.072 0.032 0.045 0.046 0.125 0.089 0.582 75 G 0.138 0.451 0.019 0.013 0.019 0.041 0.148 0.171 76 K 0.283 0.335 0.010 0.006 0.006 0.031 0.129 0.200 77 E 0.039 0.365 0.027 0.009 0.012 0.068 0.029 0.451 78 D 0.059 0.471 0.010 0.004 0.009 0.043 0.044 0.361 79 Y 0.152 0.506 0.011 0.005 0.005 0.035 0.098 0.189 80 D 0.063 0.534 0.010 0.017 0.015 0.051 0.059 0.252 81 E 0.078 0.160 0.062 0.013 0.026 0.071 0.156 0.433 82 L 0.315 0.100 0.053 0.017 0.019 0.074 0.111 0.311 83 K 0.167 0.035 0.045 0.017 0.023 0.094 0.144 0.474 84 I 0.016 0.050 0.011 0.003 0.007 0.088 0.024 0.800 85 G 0.114 0.194 0.019 0.006 0.009 0.085 0.070 0.503 86 E 0.023 0.420 0.022 0.026 0.018 0.081 0.062 0.348 87 S 0.013 0.820 0.003 0.001 0.003 0.016 0.037 0.106 88 Y 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.009 89 K 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 90 K 0.005 0.942 0.003 0.001 0.001 0.003 0.032 0.014 91 V 0.033 0.887 0.009 0.002 0.002 0.004 0.045 0.019 92 V 0.202 0.191 0.115 0.007 0.006 0.024 0.367 0.088 93 E 0.316 0.098 0.016 0.004 0.006 0.056 0.024 0.479 94 K 0.061 0.025 0.011 0.003 0.004 0.062 0.023 0.812 95 L 0.010 0.012 0.019 0.003 0.004 0.213 0.023 0.716 96 G 0.034 0.040 0.016 0.005 0.007 0.118 0.033 0.747 97 E 0.254 0.104 0.013 0.006 0.007 0.068 0.073 0.475 98 P 0.096 0.047 0.045 0.007 0.013 0.127 0.077 0.589 99 D 0.096 0.086 0.059 0.016 0.031 0.131 0.095 0.487 100 V 0.060 0.061 0.108 0.020 0.037 0.142 0.118 0.453 101 L 0.062 0.071 0.071 0.036 0.053 0.127 0.106 0.474 102 S 0.174 0.122 0.032 0.031 0.050 0.091 0.150 0.350 103 Q 0.114 0.055 0.049 0.028 0.051 0.118 0.169 0.417 104 S 0.080 0.033 0.050 0.044 0.067 0.134 0.128 0.466 105 M 0.101 0.026 0.032 0.036 0.061 0.108 0.058 0.578 106 S 0.070 0.027 0.017 0.028 0.042 0.116 0.048 0.652 107 S 0.027 0.039 0.011 0.015 0.021 0.139 0.050 0.699 108 D 0.095 0.274 0.008 0.015 0.021 0.084 0.124 0.379 109 K 0.086 0.283 0.010 0.022 0.034 0.099 0.102 0.364 110 E 0.022 0.092 0.037 0.072 0.141 0.069 0.342 0.226 111 E 0.014 0.158 0.036 0.075 0.262 0.054 0.171 0.230 112 M 0.016 0.180 0.052 0.191 0.319 0.033 0.064 0.146 113 Q 0.007 0.060 0.041 0.314 0.398 0.015 0.090 0.076 114 T 0.009 0.021 0.051 0.237 0.375 0.023 0.181 0.105 115 V 0.010 0.005 0.116 0.379 0.242 0.025 0.142 0.081 116 W 0.071 0.007 0.055 0.241 0.324 0.041 0.048 0.212 117 S 0.299 0.005 0.015 0.062 0.082 0.056 0.049 0.432 118 S 0.009 0.002 0.023 0.073 0.147 0.094 0.020 0.632 119 G 0.018 0.003 0.016 0.045 0.121 0.088 0.052 0.657 120 I 0.034 0.002 0.015 0.245 0.086 0.113 0.036 0.468 121 K 0.029 0.002 0.034 0.057 0.096 0.075 0.034 0.673 122 T 0.052 0.001 0.010 0.059 0.109 0.077 0.059 0.634 123 K 0.065 0.001 0.014 0.027 0.045 0.087 0.025 0.736 124 S 0.068 0.001 0.008 0.018 0.017 0.075 0.041 0.772 125 S 0.022 0.002 0.021 0.018 0.042 0.122 0.039 0.734 126 S 0.023 0.001 0.017 0.019 0.029 0.144 0.017 0.750 127 A 0.001 0.001 0.056 0.304 0.408 0.041 0.016 0.174 128 T 0.001 0.002 0.064 0.114 0.449 0.045 0.070 0.256 129 I 0.001 0.001 0.021 0.479 0.447 0.009 0.011 0.033 130 E 0.001 0.001 0.049 0.314 0.583 0.005 0.013 0.034 131 L 0.001 0.001 0.039 0.563 0.358 0.006 0.013 0.022 132 Y 0.001 0.001 0.091 0.391 0.439 0.009 0.019 0.051 133 F 0.131 0.001 0.058 0.208 0.249 0.047 0.078 0.228 134 E 0.723 0.004 0.008 0.031 0.017 0.025 0.068 0.125 135 N 0.026 0.003 0.004 0.006 0.041 0.062 0.021 0.837 136 G 0.034 0.003 0.012 0.088 0.231 0.065 0.044 0.523 137 L 0.002 0.002 0.009 0.405 0.451 0.018 0.012 0.100 138 L 0.021 0.006 0.011 0.282 0.134 0.054 0.089 0.402 139 K 0.005 0.006 0.012 0.353 0.485 0.016 0.021 0.102 140 N 0.035 0.047 0.008 0.131 0.254 0.046 0.050 0.429 141 K 0.033 0.011 0.021 0.336 0.241 0.045 0.052 0.262 142 T 0.064 0.025 0.022 0.182 0.227 0.048 0.049 0.382 143 Q 0.151 0.008 0.013 0.038 0.051 0.079 0.059 0.601 144 K 0.026 0.007 0.019 0.061 0.051 0.114 0.025 0.696 145 D 0.034 0.010 0.010 0.011 0.036 0.087 0.039 0.773 146 L 0.050 0.007 0.025 0.052 0.040 0.129 0.054 0.643 147 E 0.019 0.008 0.070 0.075 0.122 0.101 0.051 0.552