# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.097 0.054 0.033 0.069 0.076 0.091 0.146 0.124 0.134 0.107 0.070 2 T 0.110 0.099 0.050 0.123 0.113 0.108 0.147 0.094 0.076 0.052 0.029 3 T 0.176 0.156 0.103 0.185 0.126 0.080 0.071 0.044 0.031 0.019 0.010 4 D 0.189 0.125 0.058 0.143 0.118 0.100 0.117 0.070 0.042 0.025 0.014 5 Q 0.110 0.096 0.050 0.147 0.124 0.101 0.120 0.093 0.073 0.054 0.032 6 N 0.121 0.090 0.049 0.114 0.104 0.117 0.151 0.097 0.077 0.055 0.026 7 H 0.119 0.155 0.107 0.242 0.141 0.080 0.065 0.039 0.026 0.017 0.009 8 F 0.040 0.032 0.029 0.053 0.061 0.097 0.164 0.138 0.155 0.141 0.090 9 S 0.083 0.246 0.092 0.217 0.149 0.081 0.055 0.035 0.023 0.013 0.007 10 G 0.114 0.057 0.029 0.078 0.087 0.094 0.150 0.141 0.114 0.083 0.054 11 G 0.234 0.097 0.039 0.117 0.097 0.098 0.115 0.074 0.058 0.046 0.025 12 T 0.054 0.045 0.023 0.071 0.091 0.102 0.140 0.135 0.149 0.111 0.079 13 S 0.031 0.174 0.048 0.112 0.119 0.083 0.108 0.105 0.092 0.074 0.053 14 I 0.014 0.017 0.014 0.065 0.133 0.170 0.253 0.142 0.104 0.050 0.038 15 E 0.832 0.055 0.057 0.037 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.014 0.030 0.035 0.178 0.174 0.207 0.228 0.072 0.038 0.016 0.007 17 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.017 0.044 0.179 0.306 0.438 18 K 0.006 0.020 0.074 0.152 0.219 0.196 0.197 0.079 0.033 0.019 0.005 19 Q 0.004 0.040 0.750 0.151 0.035 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 20 W 0.007 0.005 0.010 0.018 0.043 0.129 0.251 0.216 0.142 0.109 0.070 21 F 0.024 0.027 0.020 0.044 0.050 0.059 0.137 0.180 0.207 0.158 0.094 22 G 0.130 0.072 0.111 0.113 0.116 0.100 0.162 0.083 0.058 0.036 0.019 23 D 0.177 0.222 0.257 0.208 0.081 0.025 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 24 P 0.304 0.126 0.046 0.099 0.086 0.079 0.130 0.071 0.034 0.018 0.008 25 N 0.349 0.198 0.055 0.118 0.076 0.063 0.063 0.039 0.021 0.013 0.006 26 K 0.167 0.253 0.101 0.189 0.112 0.069 0.056 0.029 0.013 0.007 0.003 27 S 0.233 0.128 0.061 0.101 0.091 0.090 0.112 0.072 0.052 0.040 0.019 28 E 0.432 0.225 0.073 0.131 0.060 0.029 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 29 Q 0.194 0.163 0.092 0.177 0.106 0.086 0.082 0.048 0.027 0.018 0.006 30 R 0.114 0.114 0.075 0.156 0.139 0.128 0.117 0.075 0.042 0.028 0.012 31 N 0.171 0.276 0.106 0.186 0.100 0.063 0.051 0.029 0.011 0.006 0.002 32 A 0.072 0.066 0.050 0.103 0.116 0.132 0.150 0.123 0.086 0.066 0.037 33 G 0.329 0.182 0.080 0.140 0.090 0.056 0.063 0.034 0.015 0.008 0.003 34 N 0.224 0.161 0.100 0.239 0.125 0.062 0.045 0.023 0.012 0.006 0.003 35 I 0.029 0.016 0.015 0.022 0.037 0.076 0.139 0.134 0.188 0.194 0.150 36 T 0.048 0.211 0.093 0.296 0.181 0.073 0.049 0.027 0.013 0.006 0.003 37 L 0.009 0.009 0.013 0.025 0.041 0.094 0.162 0.165 0.186 0.175 0.120 38 D 0.195 0.210 0.130 0.233 0.123 0.047 0.032 0.017 0.008 0.004 0.002 39 S 0.065 0.051 0.045 0.118 0.105 0.107 0.164 0.132 0.099 0.074 0.039 40 Y 0.014 0.014 0.013 0.034 0.050 0.108 0.150 0.129 0.187 0.175 0.127 41 T 0.128 0.148 0.089 0.199 0.142 0.082 0.094 0.054 0.034 0.019 0.009 42 W 0.028 0.022 0.038 0.068 0.087 0.123 0.164 0.141 0.134 0.117 0.078 43 V 0.088 0.119 0.063 0.147 0.127 0.104 0.142 0.088 0.062 0.040 0.020 44 K 0.126 0.154 0.063 0.160 0.120 0.109 0.114 0.069 0.042 0.028 0.014 45 D 0.266 0.180 0.066 0.146 0.101 0.074 0.070 0.045 0.026 0.016 0.010 46 G 0.431 0.193 0.042 0.126 0.069 0.041 0.044 0.025 0.015 0.009 0.005 47 A 0.039 0.028 0.018 0.046 0.057 0.080 0.137 0.129 0.176 0.151 0.139 48 V 0.047 0.099 0.076 0.201 0.186 0.136 0.102 0.066 0.043 0.028 0.016 49 I 0.005 0.010 0.016 0.030 0.047 0.099 0.166 0.155 0.206 0.165 0.101 50 N 0.011 0.024 0.029 0.083 0.113 0.095 0.143 0.152 0.141 0.111 0.097 51 A 0.009 0.006 0.012 0.025 0.040 0.061 0.124 0.155 0.213 0.211 0.145 52 Q 0.033 0.054 0.074 0.207 0.209 0.139 0.136 0.070 0.043 0.022 0.014 53 L 0.003 0.003 0.008 0.010 0.020 0.023 0.069 0.121 0.204 0.234 0.306 54 Y 0.024 0.052 0.051 0.129 0.151 0.142 0.177 0.098 0.081 0.063 0.033 55 K 0.118 0.245 0.171 0.235 0.104 0.050 0.038 0.018 0.011 0.006 0.003 56 N 0.186 0.112 0.057 0.132 0.115 0.112 0.124 0.076 0.043 0.028 0.016 57 S 0.166 0.127 0.058 0.151 0.115 0.106 0.117 0.072 0.045 0.028 0.014 58 T 0.114 0.095 0.069 0.135 0.117 0.131 0.132 0.087 0.059 0.039 0.023 59 V 0.013 0.015 0.020 0.043 0.065 0.107 0.169 0.132 0.178 0.127 0.130 60 A 0.011 0.015 0.024 0.034 0.048 0.037 0.085 0.113 0.182 0.205 0.247 61 R 0.021 0.046 0.094 0.182 0.215 0.149 0.120 0.071 0.051 0.033 0.017 62 S 0.090 0.151 0.135 0.224 0.138 0.086 0.083 0.046 0.025 0.015 0.007 63 I 0.019 0.019 0.017 0.056 0.079 0.138 0.202 0.164 0.133 0.106 0.066 64 S 0.213 0.194 0.109 0.166 0.096 0.069 0.071 0.042 0.023 0.013 0.005 65 N 0.133 0.099 0.094 0.210 0.139 0.107 0.105 0.052 0.033 0.018 0.010 66 F 0.017 0.011 0.015 0.018 0.027 0.043 0.105 0.122 0.196 0.216 0.229 67 S 0.057 0.186 0.144 0.267 0.180 0.073 0.048 0.024 0.012 0.006 0.003 68 F 0.040 0.022 0.049 0.070 0.105 0.119 0.209 0.169 0.103 0.067 0.047 69 S 0.182 0.185 0.151 0.195 0.115 0.061 0.054 0.028 0.015 0.010 0.005 70 R 0.054 0.092 0.065 0.146 0.139 0.122 0.179 0.104 0.055 0.031 0.014 71 E 0.229 0.157 0.099 0.186 0.123 0.069 0.063 0.039 0.019 0.012 0.004 72 A 0.124 0.085 0.109 0.147 0.108 0.124 0.168 0.073 0.038 0.019 0.007 73 K 0.119 0.165 0.246 0.288 0.116 0.034 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 74 I 0.006 0.004 0.008 0.007 0.016 0.034 0.084 0.107 0.204 0.251 0.280 75 G 0.015 0.276 0.162 0.176 0.137 0.083 0.072 0.036 0.023 0.015 0.006 76 K 0.159 0.111 0.162 0.208 0.162 0.089 0.070 0.025 0.009 0.004 0.001 77 E 0.899 0.040 0.036 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 D 0.032 0.222 0.107 0.268 0.140 0.097 0.088 0.031 0.010 0.004 0.001 79 Y 0.003 0.002 0.004 0.010 0.032 0.066 0.163 0.210 0.188 0.179 0.142 80 D 0.108 0.105 0.579 0.144 0.044 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 81 E 0.007 0.047 0.476 0.303 0.108 0.034 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 82 L 0.003 0.001 0.003 0.002 0.006 0.011 0.046 0.082 0.179 0.268 0.399 83 K 0.036 0.185 0.239 0.243 0.165 0.066 0.037 0.018 0.007 0.004 0.001 84 I 0.029 0.074 0.388 0.173 0.116 0.097 0.067 0.033 0.013 0.007 0.003 85 G 0.529 0.124 0.072 0.088 0.059 0.038 0.053 0.024 0.008 0.004 0.002 86 E 0.333 0.080 0.048 0.080 0.068 0.086 0.150 0.079 0.046 0.022 0.008 87 S 0.087 0.419 0.153 0.191 0.083 0.032 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 88 Y 0.010 0.010 0.016 0.035 0.077 0.137 0.293 0.187 0.125 0.070 0.039 89 K 0.661 0.101 0.148 0.057 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 90 K 0.045 0.116 0.242 0.371 0.147 0.043 0.025 0.008 0.002 0.001 0.001 91 V 0.006 0.003 0.008 0.007 0.013 0.015 0.048 0.094 0.216 0.311 0.279 92 V 0.010 0.025 0.052 0.130 0.167 0.196 0.248 0.097 0.043 0.027 0.005 93 E 0.002 0.030 0.847 0.096 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.025 0.026 0.050 0.071 0.103 0.244 0.305 0.122 0.033 0.016 0.005 95 L 0.046 0.037 0.025 0.042 0.039 0.057 0.135 0.172 0.202 0.149 0.095 96 G 0.380 0.089 0.080 0.089 0.087 0.061 0.094 0.059 0.032 0.018 0.010 97 E 0.145 0.180 0.256 0.231 0.103 0.034 0.027 0.012 0.007 0.004 0.002 98 P 0.060 0.042 0.025 0.045 0.066 0.096 0.223 0.164 0.129 0.093 0.058 99 D 0.323 0.259 0.095 0.165 0.076 0.034 0.021 0.013 0.007 0.004 0.002 100 V 0.114 0.086 0.070 0.155 0.137 0.116 0.139 0.093 0.047 0.027 0.014 101 L 0.042 0.037 0.035 0.079 0.087 0.107 0.156 0.137 0.139 0.111 0.070 102 S 0.132 0.138 0.090 0.163 0.124 0.093 0.115 0.067 0.043 0.024 0.011 103 Q 0.081 0.077 0.116 0.198 0.148 0.109 0.111 0.073 0.045 0.027 0.014 104 S 0.097 0.066 0.063 0.105 0.101 0.105 0.159 0.113 0.090 0.066 0.034 105 M 0.091 0.096 0.077 0.164 0.140 0.121 0.135 0.083 0.053 0.029 0.014 106 S 0.159 0.141 0.099 0.137 0.109 0.085 0.105 0.068 0.047 0.031 0.018 107 S 0.156 0.120 0.070 0.136 0.117 0.089 0.119 0.078 0.055 0.039 0.022 108 D 0.316 0.314 0.089 0.131 0.060 0.032 0.027 0.015 0.008 0.005 0.002 109 K 0.237 0.145 0.065 0.167 0.123 0.089 0.078 0.047 0.025 0.015 0.008 110 E 0.299 0.157 0.079 0.153 0.101 0.067 0.066 0.042 0.020 0.012 0.006 111 E 0.035 0.059 0.050 0.150 0.151 0.155 0.174 0.108 0.062 0.038 0.017 112 M 0.006 0.010 0.016 0.031 0.048 0.090 0.152 0.155 0.200 0.182 0.112 113 Q 0.011 0.022 0.045 0.108 0.131 0.148 0.197 0.131 0.103 0.070 0.035 114 T 0.006 0.010 0.038 0.056 0.071 0.104 0.166 0.143 0.169 0.144 0.094 115 V 0.002 0.004 0.007 0.017 0.031 0.058 0.103 0.116 0.218 0.231 0.213 116 W 0.001 0.002 0.005 0.012 0.023 0.037 0.083 0.114 0.229 0.246 0.247 117 S 0.006 0.009 0.018 0.044 0.077 0.125 0.170 0.139 0.169 0.144 0.099 118 S 0.034 0.041 0.058 0.124 0.135 0.143 0.188 0.121 0.084 0.046 0.027 119 G 0.044 0.043 0.029 0.100 0.101 0.126 0.187 0.129 0.110 0.077 0.055 120 I 0.010 0.007 0.006 0.015 0.022 0.039 0.085 0.102 0.200 0.201 0.312 121 K 0.135 0.170 0.075 0.191 0.169 0.085 0.082 0.045 0.025 0.016 0.009 122 T 0.074 0.083 0.051 0.108 0.101 0.127 0.139 0.092 0.094 0.072 0.059 123 K 0.431 0.187 0.037 0.111 0.080 0.043 0.048 0.028 0.016 0.011 0.007 124 S 0.284 0.193 0.033 0.109 0.075 0.068 0.077 0.056 0.045 0.037 0.022 125 S 0.197 0.233 0.039 0.143 0.121 0.088 0.078 0.046 0.027 0.018 0.010 126 S 0.335 0.153 0.041 0.123 0.100 0.082 0.067 0.043 0.026 0.021 0.011 127 A 0.100 0.091 0.049 0.123 0.113 0.156 0.165 0.096 0.060 0.034 0.014 128 T 0.067 0.128 0.053 0.250 0.182 0.115 0.097 0.053 0.031 0.016 0.009 129 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.031 0.060 0.203 0.285 0.402 130 E 0.023 0.111 0.099 0.350 0.277 0.081 0.034 0.015 0.006 0.003 0.002 131 L 0.004 0.002 0.008 0.008 0.016 0.020 0.052 0.114 0.181 0.232 0.362 132 Y 0.011 0.027 0.026 0.120 0.188 0.169 0.170 0.112 0.083 0.052 0.042 133 F 0.003 0.003 0.004 0.008 0.016 0.020 0.070 0.116 0.226 0.245 0.288 134 E 0.055 0.209 0.147 0.260 0.161 0.075 0.049 0.022 0.012 0.007 0.004 135 N 0.178 0.111 0.074 0.169 0.136 0.106 0.117 0.052 0.032 0.015 0.009 136 G 0.722 0.107 0.027 0.054 0.028 0.018 0.020 0.013 0.006 0.003 0.002 137 L 0.082 0.134 0.051 0.213 0.159 0.107 0.129 0.062 0.037 0.016 0.010 138 L 0.015 0.013 0.016 0.018 0.029 0.042 0.095 0.118 0.187 0.227 0.239 139 K 0.049 0.139 0.247 0.294 0.168 0.058 0.028 0.010 0.004 0.002 0.001 140 N 0.119 0.123 0.210 0.168 0.114 0.079 0.092 0.051 0.023 0.014 0.006 141 K 0.050 0.036 0.043 0.097 0.117 0.129 0.186 0.133 0.103 0.069 0.037 142 T 0.227 0.297 0.134 0.152 0.067 0.040 0.043 0.022 0.011 0.006 0.002 143 Q 0.053 0.118 0.193 0.214 0.138 0.100 0.090 0.048 0.024 0.015 0.006 144 K 0.403 0.197 0.155 0.115 0.054 0.030 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 145 D 0.422 0.222 0.111 0.136 0.054 0.023 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 146 L 0.079 0.065 0.060 0.066 0.083 0.091 0.171 0.150 0.110 0.075 0.049 147 E 0.190 0.144 0.115 0.183 0.138 0.077 0.080 0.042 0.018 0.009 0.004