# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.034 0.017 0.006 0.079 0.091 0.173 0.059 0.001 0.001 0.004 0.535 2 T 0.030 0.014 0.003 0.077 0.141 0.291 0.065 0.001 0.001 0.004 0.374 3 T 0.027 0.015 0.003 0.055 0.130 0.161 0.053 0.001 0.001 0.004 0.550 4 D 0.022 0.019 0.001 0.044 0.069 0.093 0.068 0.001 0.001 0.003 0.681 5 Q 0.095 0.033 0.002 0.058 0.072 0.127 0.202 0.002 0.001 0.008 0.402 6 N 0.131 0.080 0.003 0.103 0.117 0.152 0.109 0.005 0.001 0.016 0.284 7 H 0.162 0.041 0.009 0.065 0.062 0.108 0.079 0.006 0.001 0.008 0.460 8 F 0.070 0.049 0.020 0.115 0.067 0.108 0.089 0.003 0.001 0.008 0.471 9 S 0.024 0.018 0.005 0.064 0.049 0.067 0.111 0.003 0.001 0.007 0.652 10 G 0.035 0.012 0.003 0.053 0.026 0.050 0.086 0.003 0.001 0.006 0.727 11 G 0.162 0.024 0.007 0.116 0.037 0.082 0.111 0.002 0.001 0.008 0.450 12 T 0.067 0.015 0.011 0.053 0.026 0.030 0.270 0.001 0.001 0.008 0.518 13 S 0.031 0.013 0.004 0.020 0.010 0.019 0.317 0.001 0.001 0.005 0.579 14 I 0.016 0.039 0.003 0.019 0.008 0.016 0.112 0.001 0.001 0.002 0.783 15 E 0.002 0.052 0.001 0.003 0.002 0.003 0.323 0.001 0.001 0.001 0.614 16 Q 0.028 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.792 0.001 0.001 0.002 0.133 17 L 0.056 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.020 18 K 0.012 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 19 Q 0.017 0.921 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.044 20 W 0.108 0.829 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.029 21 F 0.213 0.618 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.108 0.001 0.001 0.045 22 G 0.152 0.204 0.314 0.006 0.004 0.006 0.026 0.120 0.001 0.002 0.167 23 D 0.144 0.106 0.218 0.015 0.012 0.012 0.049 0.020 0.001 0.003 0.422 24 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 25 N 0.022 0.018 0.002 0.016 0.024 0.045 0.272 0.003 0.001 0.008 0.588 26 K 0.474 0.030 0.007 0.018 0.006 0.010 0.076 0.002 0.001 0.007 0.368 27 S 0.208 0.098 0.004 0.024 0.025 0.031 0.134 0.002 0.001 0.006 0.468 28 E 0.136 0.037 0.011 0.027 0.021 0.023 0.130 0.002 0.001 0.012 0.601 29 Q 0.109 0.050 0.004 0.018 0.036 0.044 0.206 0.003 0.001 0.010 0.520 30 R 0.220 0.046 0.014 0.037 0.075 0.098 0.114 0.004 0.001 0.012 0.379 31 N 0.061 0.069 0.002 0.023 0.117 0.104 0.171 0.006 0.001 0.011 0.436 32 A 0.073 0.069 0.017 0.039 0.054 0.088 0.074 0.004 0.001 0.009 0.573 33 G 0.041 0.031 0.003 0.029 0.047 0.060 0.330 0.008 0.001 0.014 0.437 34 N 0.531 0.006 0.014 0.016 0.016 0.020 0.083 0.003 0.001 0.058 0.252 35 I 0.209 0.017 0.038 0.073 0.072 0.062 0.134 0.002 0.001 0.011 0.382 36 T 0.008 0.003 0.006 0.092 0.189 0.266 0.110 0.001 0.001 0.009 0.317 37 L 0.011 0.002 0.002 0.107 0.201 0.310 0.042 0.001 0.001 0.004 0.320 38 D 0.003 0.002 0.001 0.112 0.316 0.413 0.037 0.001 0.001 0.001 0.115 39 S 0.007 0.002 0.001 0.090 0.118 0.211 0.067 0.001 0.001 0.003 0.502 40 Y 0.016 0.002 0.001 0.193 0.256 0.347 0.044 0.001 0.001 0.002 0.139 41 T 0.012 0.004 0.001 0.118 0.260 0.331 0.050 0.001 0.001 0.006 0.218 42 W 0.013 0.004 0.001 0.100 0.230 0.312 0.034 0.001 0.001 0.002 0.305 43 V 0.013 0.005 0.001 0.082 0.212 0.391 0.083 0.001 0.001 0.004 0.208 44 K 0.020 0.009 0.001 0.049 0.079 0.150 0.092 0.001 0.001 0.008 0.590 45 D 0.023 0.006 0.001 0.025 0.052 0.072 0.105 0.002 0.001 0.012 0.702 46 G 0.338 0.004 0.011 0.023 0.026 0.031 0.098 0.001 0.001 0.070 0.396 47 A 0.173 0.006 0.025 0.057 0.070 0.064 0.328 0.001 0.001 0.020 0.256 48 V 0.011 0.002 0.004 0.097 0.202 0.298 0.106 0.001 0.001 0.010 0.269 49 I 0.004 0.002 0.002 0.100 0.289 0.508 0.020 0.001 0.001 0.002 0.073 50 N 0.002 0.002 0.001 0.167 0.264 0.454 0.018 0.001 0.001 0.001 0.091 51 A 0.003 0.001 0.001 0.104 0.388 0.422 0.012 0.001 0.001 0.001 0.070 52 Q 0.002 0.002 0.001 0.147 0.291 0.463 0.018 0.001 0.001 0.001 0.076 53 L 0.007 0.002 0.001 0.105 0.301 0.459 0.015 0.001 0.001 0.001 0.110 54 Y 0.005 0.006 0.001 0.120 0.252 0.490 0.033 0.001 0.001 0.004 0.090 55 K 0.011 0.008 0.002 0.053 0.098 0.277 0.092 0.001 0.001 0.006 0.453 56 N 0.034 0.007 0.002 0.041 0.065 0.148 0.085 0.003 0.001 0.022 0.594 57 S 0.361 0.004 0.026 0.021 0.035 0.043 0.119 0.001 0.001 0.043 0.347 58 T 0.026 0.012 0.016 0.048 0.073 0.077 0.324 0.001 0.001 0.011 0.413 59 V 0.015 0.011 0.006 0.075 0.163 0.466 0.056 0.001 0.001 0.007 0.199 60 A 0.013 0.035 0.002 0.103 0.210 0.433 0.036 0.001 0.001 0.002 0.167 61 R 0.012 0.046 0.001 0.066 0.284 0.341 0.033 0.001 0.001 0.001 0.215 62 S 0.034 0.061 0.001 0.050 0.181 0.326 0.037 0.002 0.001 0.002 0.308 63 I 0.045 0.127 0.001 0.044 0.167 0.275 0.039 0.003 0.001 0.004 0.294 64 S 0.051 0.126 0.005 0.039 0.097 0.180 0.098 0.011 0.001 0.008 0.385 65 N 0.163 0.059 0.012 0.035 0.042 0.108 0.095 0.016 0.001 0.011 0.459 66 F 0.278 0.063 0.070 0.051 0.052 0.100 0.076 0.009 0.001 0.012 0.288 67 S 0.049 0.027 0.020 0.061 0.093 0.098 0.152 0.004 0.001 0.007 0.488 68 F 0.020 0.016 0.013 0.042 0.028 0.054 0.029 0.001 0.001 0.003 0.795 69 S 0.028 0.053 0.002 0.118 0.086 0.154 0.116 0.002 0.001 0.006 0.435 70 R 0.053 0.034 0.004 0.042 0.024 0.042 0.152 0.003 0.001 0.005 0.642 71 E 0.071 0.086 0.003 0.059 0.030 0.075 0.146 0.003 0.001 0.007 0.520 72 A 0.177 0.083 0.006 0.057 0.051 0.089 0.097 0.005 0.001 0.008 0.428 73 K 0.273 0.115 0.006 0.046 0.031 0.054 0.082 0.009 0.001 0.010 0.373 74 I 0.257 0.131 0.103 0.078 0.055 0.066 0.051 0.004 0.001 0.006 0.249 75 G 0.057 0.067 0.009 0.032 0.049 0.101 0.222 0.011 0.001 0.005 0.446 76 K 0.006 0.010 0.005 0.009 0.004 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.945 77 E 0.004 0.059 0.001 0.007 0.007 0.011 0.397 0.001 0.001 0.001 0.512 78 D 0.160 0.036 0.001 0.005 0.001 0.007 0.601 0.006 0.001 0.010 0.172 79 Y 0.173 0.748 0.001 0.004 0.005 0.006 0.009 0.002 0.001 0.002 0.050 80 D 0.092 0.603 0.018 0.011 0.019 0.015 0.045 0.005 0.001 0.002 0.190 81 E 0.094 0.475 0.039 0.022 0.015 0.018 0.050 0.007 0.001 0.005 0.275 82 L 0.170 0.482 0.009 0.028 0.037 0.067 0.019 0.009 0.001 0.002 0.176 83 K 0.098 0.486 0.008 0.029 0.044 0.049 0.084 0.029 0.001 0.005 0.170 84 I 0.058 0.337 0.027 0.025 0.015 0.027 0.021 0.018 0.001 0.002 0.470 85 G 0.169 0.160 0.008 0.040 0.029 0.049 0.083 0.041 0.001 0.013 0.408 86 E 0.348 0.032 0.203 0.021 0.008 0.008 0.099 0.003 0.001 0.013 0.264 87 S 0.016 0.037 0.008 0.013 0.010 0.017 0.380 0.002 0.001 0.003 0.515 88 Y 0.044 0.039 0.014 0.024 0.012 0.038 0.116 0.001 0.001 0.010 0.701 89 K 0.009 0.137 0.001 0.008 0.006 0.010 0.247 0.001 0.001 0.002 0.579 90 K 0.065 0.101 0.002 0.005 0.004 0.005 0.474 0.001 0.001 0.004 0.338 91 V 0.062 0.807 0.001 0.003 0.005 0.005 0.030 0.001 0.001 0.001 0.085 92 V 0.008 0.939 0.001 0.001 0.005 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.032 93 E 0.019 0.923 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.043 94 K 0.028 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.015 95 L 0.083 0.865 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 0.017 96 G 0.244 0.355 0.101 0.005 0.005 0.009 0.013 0.166 0.001 0.002 0.100 97 E 0.085 0.084 0.626 0.007 0.004 0.006 0.020 0.009 0.001 0.002 0.158 98 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 99 D 0.035 0.016 0.007 0.033 0.044 0.069 0.138 0.003 0.001 0.018 0.638 100 V 0.262 0.052 0.015 0.051 0.016 0.021 0.089 0.001 0.001 0.004 0.489 101 L 0.180 0.093 0.007 0.122 0.047 0.108 0.126 0.001 0.001 0.003 0.312 102 S 0.113 0.119 0.003 0.105 0.054 0.078 0.157 0.004 0.001 0.012 0.355 103 Q 0.136 0.161 0.006 0.049 0.032 0.046 0.084 0.005 0.001 0.005 0.475 104 S 0.097 0.147 0.004 0.046 0.038 0.057 0.177 0.010 0.001 0.006 0.419 105 M 0.138 0.113 0.007 0.040 0.036 0.057 0.164 0.010 0.001 0.014 0.420 106 S 0.141 0.173 0.011 0.035 0.037 0.069 0.174 0.010 0.001 0.008 0.342 107 S 0.147 0.120 0.018 0.031 0.035 0.057 0.150 0.011 0.001 0.013 0.419 108 D 0.110 0.061 0.010 0.015 0.014 0.022 0.140 0.006 0.001 0.014 0.608 109 K 0.085 0.044 0.031 0.017 0.014 0.021 0.156 0.003 0.001 0.012 0.617 110 E 0.050 0.035 0.005 0.013 0.017 0.022 0.388 0.002 0.001 0.013 0.455 111 E 0.121 0.051 0.011 0.026 0.026 0.049 0.299 0.002 0.001 0.015 0.400 112 M 0.066 0.183 0.008 0.046 0.091 0.150 0.088 0.002 0.001 0.007 0.358 113 Q 0.041 0.150 0.009 0.058 0.224 0.254 0.074 0.002 0.001 0.005 0.182 114 T 0.037 0.271 0.007 0.050 0.146 0.176 0.053 0.002 0.001 0.003 0.254 115 V 0.037 0.185 0.002 0.054 0.278 0.313 0.016 0.001 0.001 0.001 0.112 116 W 0.030 0.227 0.003 0.052 0.192 0.304 0.024 0.005 0.001 0.003 0.161 117 S 0.044 0.242 0.003 0.045 0.183 0.302 0.026 0.004 0.001 0.002 0.148 118 S 0.041 0.268 0.007 0.052 0.137 0.181 0.049 0.010 0.001 0.005 0.248 119 G 0.180 0.070 0.007 0.032 0.078 0.125 0.113 0.037 0.001 0.018 0.341 120 I 0.288 0.066 0.091 0.036 0.055 0.079 0.095 0.006 0.001 0.011 0.272 121 K 0.022 0.030 0.006 0.032 0.066 0.094 0.182 0.006 0.001 0.006 0.558 122 T 0.049 0.014 0.007 0.018 0.054 0.086 0.089 0.004 0.001 0.017 0.661 123 K 0.066 0.023 0.006 0.025 0.026 0.034 0.145 0.003 0.001 0.009 0.663 124 S 0.064 0.009 0.005 0.013 0.031 0.027 0.279 0.002 0.001 0.027 0.542 125 S 0.099 0.009 0.007 0.018 0.013 0.019 0.138 0.001 0.001 0.028 0.668 126 S 0.073 0.006 0.004 0.015 0.033 0.034 0.329 0.002 0.001 0.035 0.470 127 A 0.352 0.003 0.020 0.025 0.053 0.067 0.179 0.001 0.001 0.060 0.240 128 T 0.032 0.004 0.002 0.040 0.147 0.253 0.211 0.001 0.001 0.012 0.298 129 I 0.008 0.001 0.005 0.031 0.415 0.483 0.014 0.001 0.001 0.002 0.040 130 E 0.001 0.001 0.001 0.058 0.410 0.448 0.025 0.001 0.001 0.001 0.055 131 L 0.004 0.001 0.001 0.031 0.420 0.481 0.006 0.001 0.001 0.001 0.057 132 Y 0.002 0.001 0.001 0.044 0.323 0.585 0.005 0.001 0.001 0.001 0.041 133 F 0.001 0.001 0.001 0.035 0.481 0.434 0.006 0.001 0.001 0.001 0.042 134 E 0.002 0.002 0.001 0.064 0.271 0.470 0.043 0.001 0.001 0.002 0.145 135 N 0.003 0.002 0.001 0.040 0.150 0.407 0.107 0.001 0.001 0.008 0.282 136 G 0.068 0.001 0.002 0.017 0.060 0.096 0.090 0.001 0.001 0.116 0.550 137 L 0.475 0.001 0.063 0.011 0.014 0.016 0.201 0.001 0.001 0.037 0.182 138 L 0.007 0.005 0.005 0.029 0.062 0.095 0.156 0.001 0.001 0.008 0.633 139 K 0.006 0.003 0.001 0.020 0.250 0.614 0.022 0.001 0.001 0.003 0.080 140 N 0.020 0.022 0.001 0.020 0.210 0.369 0.044 0.001 0.001 0.001 0.313 141 K 0.038 0.026 0.001 0.022 0.253 0.359 0.028 0.001 0.001 0.001 0.272 142 T 0.022 0.068 0.001 0.015 0.167 0.254 0.151 0.005 0.001 0.006 0.312 143 Q 0.148 0.088 0.006 0.024 0.068 0.147 0.103 0.006 0.001 0.010 0.401 144 K 0.092 0.115 0.008 0.022 0.045 0.090 0.138 0.009 0.001 0.009 0.472 145 D 0.168 0.032 0.012 0.012 0.037 0.089 0.171 0.013 0.001 0.026 0.440 146 L 0.185 0.071 0.097 0.028 0.041 0.063 0.073 0.004 0.001 0.012 0.426 147 E 0.027 0.030 0.011 0.028 0.060 0.076 0.219 0.003 0.001 0.004 0.542