# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.053 0.018 0.070 0.106 0.151 0.061 0.006 0.535 2 T 0.014 0.010 0.104 0.229 0.352 0.064 0.004 0.224 3 T 0.014 0.016 0.033 0.088 0.110 0.092 0.005 0.642 4 D 0.019 0.021 0.078 0.065 0.158 0.190 0.009 0.461 5 Q 0.064 0.024 0.062 0.058 0.082 0.302 0.028 0.380 6 N 0.170 0.050 0.065 0.060 0.073 0.205 0.043 0.334 7 H 0.101 0.050 0.095 0.084 0.121 0.127 0.023 0.398 8 F 0.048 0.039 0.148 0.087 0.112 0.202 0.012 0.351 9 S 0.046 0.033 0.085 0.061 0.103 0.137 0.014 0.520 10 G 0.076 0.022 0.087 0.037 0.093 0.108 0.021 0.557 11 G 0.154 0.012 0.103 0.045 0.073 0.078 0.034 0.501 12 T 0.101 0.011 0.187 0.054 0.049 0.217 0.012 0.368 13 S 0.008 0.009 0.013 0.006 0.011 0.462 0.002 0.489 14 I 0.017 0.018 0.023 0.006 0.058 0.114 0.002 0.763 15 E 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.395 0.001 0.593 16 Q 0.041 0.034 0.001 0.001 0.002 0.807 0.006 0.109 17 L 0.010 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 18 K 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 19 Q 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 20 W 0.025 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 21 F 0.076 0.879 0.002 0.003 0.002 0.002 0.026 0.009 22 G 0.186 0.399 0.072 0.006 0.005 0.019 0.200 0.113 23 D 0.188 0.120 0.195 0.015 0.009 0.036 0.035 0.403 24 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 25 N 0.017 0.009 0.042 0.024 0.037 0.273 0.006 0.593 26 K 0.422 0.020 0.040 0.014 0.019 0.077 0.014 0.394 27 S 0.217 0.058 0.028 0.038 0.050 0.118 0.013 0.478 28 E 0.093 0.031 0.029 0.036 0.048 0.120 0.012 0.630 29 Q 0.074 0.048 0.023 0.055 0.081 0.141 0.012 0.566 30 R 0.083 0.047 0.039 0.086 0.114 0.148 0.014 0.469 31 N 0.050 0.056 0.020 0.074 0.075 0.249 0.014 0.462 32 A 0.107 0.093 0.048 0.065 0.158 0.084 0.023 0.422 33 G 0.073 0.042 0.026 0.051 0.059 0.342 0.040 0.368 34 N 0.421 0.009 0.026 0.038 0.037 0.105 0.087 0.278 35 I 0.109 0.022 0.119 0.175 0.156 0.090 0.013 0.315 36 T 0.008 0.003 0.076 0.310 0.274 0.129 0.003 0.196 37 L 0.006 0.003 0.062 0.208 0.395 0.048 0.002 0.276 38 D 0.004 0.002 0.062 0.260 0.470 0.058 0.002 0.140 39 S 0.027 0.004 0.067 0.198 0.333 0.095 0.012 0.265 40 Y 0.029 0.010 0.128 0.259 0.320 0.071 0.007 0.175 41 T 0.006 0.005 0.085 0.329 0.418 0.042 0.002 0.112 42 W 0.008 0.009 0.045 0.259 0.414 0.030 0.003 0.231 43 V 0.009 0.008 0.050 0.216 0.539 0.040 0.003 0.135 44 K 0.019 0.014 0.031 0.216 0.242 0.071 0.010 0.398 45 D 0.032 0.012 0.027 0.103 0.157 0.115 0.015 0.538 46 G 0.121 0.008 0.036 0.051 0.101 0.115 0.033 0.535 47 A 0.188 0.007 0.076 0.119 0.101 0.266 0.018 0.225 48 V 0.016 0.002 0.129 0.172 0.251 0.125 0.004 0.301 49 I 0.002 0.001 0.077 0.392 0.460 0.016 0.001 0.052 50 N 0.002 0.001 0.142 0.229 0.480 0.035 0.001 0.111 51 A 0.001 0.002 0.089 0.383 0.444 0.013 0.001 0.067 52 Q 0.002 0.003 0.097 0.326 0.486 0.019 0.001 0.068 53 L 0.005 0.006 0.110 0.281 0.432 0.025 0.003 0.139 54 Y 0.004 0.011 0.079 0.326 0.487 0.026 0.003 0.064 55 K 0.013 0.030 0.036 0.148 0.257 0.073 0.008 0.436 56 N 0.066 0.027 0.045 0.074 0.201 0.145 0.038 0.404 57 S 0.346 0.016 0.038 0.040 0.067 0.176 0.052 0.264 58 T 0.086 0.018 0.077 0.082 0.110 0.241 0.013 0.373 59 V 0.011 0.007 0.127 0.246 0.288 0.157 0.003 0.162 60 A 0.007 0.014 0.133 0.175 0.383 0.059 0.002 0.227 61 R 0.009 0.035 0.155 0.199 0.353 0.060 0.002 0.187 62 S 0.016 0.069 0.095 0.153 0.268 0.092 0.007 0.299 63 I 0.023 0.122 0.121 0.160 0.356 0.033 0.009 0.176 64 S 0.024 0.143 0.055 0.133 0.182 0.192 0.023 0.248 65 N 0.199 0.085 0.040 0.052 0.096 0.125 0.090 0.314 66 F 0.232 0.155 0.071 0.077 0.106 0.090 0.030 0.240 67 S 0.050 0.065 0.087 0.128 0.153 0.187 0.014 0.318 68 F 0.031 0.059 0.060 0.093 0.206 0.078 0.009 0.464 69 S 0.054 0.078 0.061 0.101 0.229 0.093 0.010 0.373 70 R 0.037 0.051 0.028 0.059 0.072 0.074 0.010 0.670 71 E 0.049 0.105 0.057 0.038 0.065 0.137 0.013 0.537 72 A 0.224 0.110 0.035 0.033 0.052 0.093 0.033 0.420 73 K 0.282 0.089 0.045 0.032 0.057 0.088 0.039 0.368 74 I 0.163 0.072 0.138 0.060 0.065 0.119 0.016 0.367 75 G 0.025 0.050 0.062 0.053 0.078 0.310 0.007 0.416 76 K 0.018 0.044 0.028 0.012 0.052 0.050 0.004 0.791 77 E 0.008 0.026 0.012 0.004 0.007 0.413 0.004 0.527 78 D 0.120 0.031 0.007 0.004 0.005 0.595 0.031 0.206 79 Y 0.071 0.806 0.010 0.003 0.009 0.016 0.003 0.083 80 D 0.006 0.785 0.002 0.003 0.006 0.029 0.002 0.167 81 E 0.055 0.552 0.007 0.005 0.011 0.139 0.027 0.204 82 L 0.121 0.777 0.008 0.005 0.008 0.021 0.015 0.045 83 K 0.091 0.803 0.010 0.010 0.011 0.015 0.011 0.048 84 I 0.073 0.624 0.039 0.007 0.009 0.026 0.044 0.179 85 G 0.345 0.257 0.077 0.011 0.022 0.010 0.093 0.186 86 E 0.157 0.112 0.059 0.027 0.014 0.062 0.036 0.532 87 S 0.017 0.034 0.038 0.013 0.010 0.405 0.007 0.477 88 Y 0.073 0.076 0.056 0.015 0.054 0.126 0.006 0.594 89 K 0.006 0.055 0.005 0.005 0.009 0.207 0.002 0.710 90 K 0.042 0.105 0.009 0.008 0.010 0.570 0.007 0.248 91 V 0.020 0.914 0.002 0.002 0.004 0.010 0.001 0.048 92 V 0.002 0.983 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 93 E 0.003 0.975 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.010 94 K 0.030 0.920 0.004 0.004 0.006 0.003 0.018 0.015 95 L 0.125 0.776 0.006 0.007 0.008 0.005 0.049 0.023 96 G 0.207 0.268 0.103 0.012 0.011 0.044 0.183 0.171 97 E 0.129 0.071 0.192 0.025 0.017 0.102 0.027 0.437 98 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 99 D 0.020 0.009 0.056 0.044 0.078 0.279 0.004 0.511 100 V 0.210 0.033 0.093 0.020 0.041 0.090 0.008 0.507 101 L 0.118 0.100 0.108 0.108 0.155 0.070 0.007 0.334 102 S 0.047 0.109 0.091 0.096 0.163 0.140 0.008 0.346 103 Q 0.068 0.169 0.050 0.076 0.113 0.085 0.013 0.426 104 S 0.082 0.222 0.049 0.068 0.134 0.138 0.025 0.282 105 M 0.186 0.129 0.052 0.068 0.082 0.086 0.049 0.347 106 S 0.135 0.123 0.057 0.077 0.098 0.124 0.042 0.344 107 S 0.108 0.053 0.037 0.053 0.059 0.175 0.030 0.484 108 D 0.054 0.025 0.020 0.025 0.040 0.175 0.019 0.641 109 K 0.063 0.019 0.034 0.025 0.039 0.201 0.017 0.603 110 E 0.075 0.020 0.026 0.038 0.035 0.494 0.012 0.299 111 E 0.072 0.058 0.045 0.069 0.088 0.272 0.010 0.386 112 M 0.026 0.146 0.068 0.143 0.333 0.053 0.004 0.228 113 Q 0.016 0.115 0.080 0.189 0.336 0.103 0.005 0.156 114 T 0.018 0.163 0.056 0.241 0.303 0.044 0.007 0.167 115 V 0.017 0.215 0.049 0.224 0.375 0.015 0.005 0.101 116 W 0.017 0.200 0.054 0.233 0.327 0.031 0.008 0.131 117 S 0.017 0.207 0.079 0.174 0.376 0.029 0.010 0.110 118 S 0.044 0.269 0.034 0.107 0.205 0.053 0.030 0.258 119 G 0.257 0.105 0.038 0.066 0.136 0.075 0.089 0.234 120 I 0.213 0.084 0.102 0.119 0.123 0.102 0.035 0.222 121 K 0.030 0.030 0.055 0.112 0.137 0.094 0.011 0.529 122 T 0.031 0.015 0.026 0.099 0.213 0.142 0.012 0.464 123 K 0.051 0.011 0.049 0.061 0.107 0.098 0.012 0.610 124 S 0.020 0.006 0.019 0.047 0.048 0.303 0.010 0.546 125 S 0.095 0.004 0.016 0.032 0.035 0.146 0.031 0.641 126 S 0.111 0.006 0.019 0.023 0.029 0.388 0.027 0.397 127 A 0.254 0.002 0.046 0.108 0.057 0.267 0.035 0.230 128 T 0.049 0.002 0.102 0.170 0.192 0.216 0.007 0.261 129 I 0.004 0.001 0.070 0.388 0.401 0.030 0.001 0.106 130 E 0.001 0.001 0.105 0.281 0.562 0.015 0.001 0.036 131 L 0.001 0.001 0.057 0.446 0.407 0.015 0.001 0.073 132 Y 0.001 0.001 0.098 0.324 0.551 0.004 0.001 0.023 133 F 0.001 0.001 0.089 0.445 0.381 0.013 0.001 0.071 134 E 0.001 0.001 0.125 0.315 0.399 0.057 0.001 0.102 135 N 0.003 0.001 0.067 0.108 0.252 0.180 0.005 0.382 136 G 0.116 0.002 0.073 0.090 0.222 0.137 0.067 0.292 137 L 0.190 0.001 0.067 0.101 0.085 0.295 0.020 0.240 138 L 0.005 0.001 0.050 0.242 0.314 0.075 0.001 0.312 139 K 0.001 0.001 0.027 0.362 0.535 0.028 0.001 0.046 140 N 0.008 0.004 0.036 0.082 0.275 0.096 0.002 0.497 141 K 0.017 0.009 0.148 0.167 0.361 0.075 0.003 0.218 142 T 0.016 0.011 0.059 0.125 0.198 0.192 0.010 0.389 143 Q 0.046 0.023 0.124 0.075 0.217 0.054 0.015 0.447 144 K 0.030 0.043 0.036 0.045 0.071 0.359 0.011 0.404 145 D 0.105 0.030 0.021 0.019 0.038 0.262 0.033 0.493 146 L 0.205 0.177 0.052 0.032 0.093 0.081 0.014 0.346 147 E 0.088 0.109 0.037 0.041 0.058 0.179 0.014 0.474