# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.085 0.595 0.190 0.046 0.037 0.022 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 2 T 0.063 0.250 0.306 0.052 0.151 0.078 0.029 0.006 0.053 0.012 0.001 3 T 0.292 0.244 0.253 0.082 0.061 0.026 0.010 0.002 0.024 0.003 0.003 4 D 0.294 0.176 0.217 0.130 0.070 0.050 0.028 0.005 0.023 0.006 0.001 5 Q 0.309 0.220 0.169 0.174 0.051 0.027 0.021 0.004 0.022 0.003 0.002 6 N 0.224 0.210 0.175 0.182 0.073 0.029 0.059 0.009 0.030 0.007 0.001 7 H 0.168 0.253 0.227 0.137 0.088 0.040 0.038 0.007 0.034 0.008 0.001 8 F 0.151 0.345 0.262 0.101 0.040 0.042 0.017 0.003 0.032 0.004 0.002 9 S 0.099 0.240 0.378 0.128 0.050 0.035 0.030 0.002 0.030 0.004 0.004 10 G 0.038 0.041 0.120 0.070 0.152 0.017 0.104 0.230 0.011 0.217 0.001 11 G 0.057 0.043 0.173 0.041 0.137 0.045 0.069 0.252 0.007 0.176 0.001 12 T 0.188 0.185 0.343 0.173 0.045 0.040 0.005 0.003 0.010 0.007 0.001 13 S 0.057 0.154 0.426 0.024 0.073 0.100 0.008 0.001 0.139 0.017 0.001 14 I 0.982 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 W 0.974 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.213 0.001 0.009 0.751 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.021 0.001 0.011 0.017 0.003 0.003 0.443 0.464 0.001 0.036 0.001 23 D 0.021 0.170 0.664 0.012 0.012 0.020 0.009 0.001 0.087 0.002 0.001 24 P 0.314 0.002 0.608 0.022 0.001 0.029 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 25 N 0.350 0.093 0.150 0.267 0.038 0.049 0.020 0.014 0.015 0.003 0.001 26 K 0.287 0.147 0.217 0.208 0.057 0.028 0.021 0.006 0.023 0.004 0.002 27 S 0.212 0.175 0.255 0.160 0.070 0.034 0.034 0.008 0.043 0.008 0.002 28 E 0.285 0.185 0.268 0.123 0.050 0.039 0.017 0.004 0.023 0.004 0.003 29 Q 0.192 0.280 0.245 0.134 0.048 0.047 0.015 0.003 0.032 0.003 0.002 30 R 0.268 0.265 0.249 0.096 0.054 0.025 0.011 0.003 0.024 0.004 0.001 31 N 0.192 0.221 0.279 0.109 0.058 0.063 0.026 0.004 0.040 0.007 0.002 32 A 0.246 0.178 0.221 0.227 0.033 0.018 0.041 0.005 0.022 0.005 0.003 33 G 0.065 0.023 0.075 0.105 0.056 0.010 0.209 0.312 0.004 0.140 0.001 34 N 0.061 0.128 0.232 0.109 0.167 0.029 0.131 0.089 0.020 0.035 0.001 35 I 0.041 0.490 0.373 0.027 0.029 0.018 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 36 T 0.038 0.488 0.348 0.021 0.032 0.050 0.003 0.001 0.017 0.001 0.002 37 L 0.050 0.539 0.245 0.030 0.069 0.035 0.004 0.001 0.023 0.001 0.002 38 D 0.074 0.429 0.233 0.051 0.127 0.036 0.014 0.002 0.032 0.002 0.001 39 S 0.076 0.515 0.150 0.045 0.152 0.021 0.011 0.003 0.025 0.002 0.001 40 Y 0.053 0.579 0.193 0.030 0.087 0.034 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 41 T 0.046 0.728 0.122 0.019 0.042 0.022 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 42 W 0.086 0.454 0.222 0.040 0.094 0.064 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 43 V 0.082 0.441 0.221 0.095 0.058 0.054 0.013 0.002 0.033 0.002 0.001 44 K 0.147 0.363 0.193 0.107 0.056 0.048 0.037 0.004 0.036 0.007 0.002 45 D 0.079 0.082 0.181 0.279 0.053 0.037 0.246 0.011 0.019 0.011 0.002 46 G 0.020 0.052 0.044 0.052 0.134 0.010 0.109 0.454 0.009 0.115 0.001 47 A 0.041 0.454 0.377 0.032 0.056 0.020 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 48 V 0.014 0.737 0.171 0.012 0.031 0.022 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 49 I 0.007 0.794 0.092 0.006 0.078 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 50 N 0.006 0.706 0.144 0.004 0.088 0.039 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 51 A 0.007 0.819 0.097 0.003 0.043 0.023 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 52 Q 0.010 0.820 0.098 0.002 0.027 0.032 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 53 L 0.051 0.547 0.230 0.014 0.045 0.088 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 54 Y 0.134 0.494 0.129 0.071 0.063 0.036 0.018 0.001 0.050 0.002 0.001 55 K 0.140 0.110 0.168 0.171 0.091 0.039 0.218 0.014 0.022 0.027 0.001 56 N 0.091 0.049 0.092 0.228 0.080 0.037 0.272 0.082 0.018 0.050 0.001 57 S 0.314 0.131 0.299 0.110 0.044 0.021 0.041 0.015 0.012 0.010 0.002 58 T 0.348 0.238 0.218 0.084 0.049 0.031 0.015 0.004 0.010 0.003 0.001 59 V 0.279 0.485 0.132 0.037 0.033 0.019 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 60 A 0.363 0.433 0.120 0.021 0.033 0.016 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 61 R 0.381 0.304 0.115 0.025 0.116 0.019 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 62 S 0.329 0.293 0.232 0.041 0.041 0.034 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 63 I 0.518 0.199 0.148 0.059 0.025 0.022 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 64 S 0.437 0.098 0.113 0.224 0.039 0.015 0.056 0.003 0.013 0.002 0.001 65 N 0.177 0.057 0.071 0.180 0.118 0.019 0.214 0.115 0.014 0.036 0.001 66 F 0.131 0.345 0.332 0.071 0.049 0.028 0.017 0.002 0.022 0.002 0.001 67 S 0.127 0.383 0.336 0.046 0.028 0.054 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 68 F 0.166 0.457 0.179 0.061 0.065 0.039 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 69 S 0.281 0.204 0.245 0.083 0.089 0.045 0.015 0.002 0.031 0.005 0.001 70 R 0.491 0.100 0.147 0.111 0.059 0.034 0.027 0.004 0.019 0.007 0.001 71 E 0.561 0.067 0.108 0.168 0.026 0.018 0.029 0.004 0.016 0.003 0.001 72 A 0.523 0.095 0.093 0.197 0.027 0.010 0.033 0.006 0.012 0.003 0.001 73 K 0.235 0.178 0.198 0.163 0.068 0.042 0.070 0.008 0.032 0.005 0.001 74 I 0.149 0.270 0.385 0.106 0.026 0.033 0.009 0.001 0.017 0.001 0.002 75 G 0.051 0.104 0.450 0.038 0.085 0.106 0.033 0.007 0.067 0.057 0.001 76 K 0.870 0.008 0.076 0.023 0.005 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 77 E 0.881 0.007 0.022 0.074 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 78 D 0.544 0.053 0.061 0.277 0.009 0.025 0.013 0.002 0.015 0.001 0.001 79 Y 0.749 0.056 0.098 0.050 0.008 0.009 0.020 0.002 0.007 0.001 0.001 80 D 0.889 0.014 0.018 0.050 0.005 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.644 0.021 0.017 0.279 0.008 0.005 0.017 0.001 0.006 0.001 0.001 82 L 0.588 0.128 0.169 0.060 0.012 0.009 0.015 0.001 0.017 0.001 0.001 83 K 0.382 0.268 0.191 0.051 0.021 0.043 0.013 0.001 0.029 0.001 0.001 84 I 0.196 0.163 0.363 0.185 0.026 0.024 0.024 0.001 0.016 0.001 0.001 85 G 0.050 0.008 0.040 0.018 0.057 0.009 0.049 0.492 0.003 0.273 0.001 86 E 0.457 0.079 0.270 0.089 0.042 0.032 0.012 0.004 0.008 0.006 0.001 87 S 0.374 0.111 0.198 0.180 0.035 0.065 0.013 0.002 0.016 0.004 0.001 88 Y 0.821 0.049 0.052 0.037 0.014 0.013 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 89 K 0.965 0.006 0.012 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.939 0.008 0.007 0.036 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 V 0.955 0.015 0.006 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 92 V 0.979 0.009 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.982 0.005 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.961 0.006 0.004 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 95 L 0.247 0.008 0.029 0.687 0.002 0.002 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 96 G 0.022 0.002 0.012 0.014 0.008 0.003 0.245 0.602 0.001 0.091 0.001 97 E 0.030 0.230 0.620 0.013 0.021 0.017 0.006 0.001 0.060 0.003 0.001 98 P 0.301 0.005 0.621 0.023 0.002 0.025 0.002 0.001 0.002 0.001 0.019 99 D 0.448 0.099 0.148 0.172 0.049 0.038 0.018 0.013 0.012 0.003 0.001 100 V 0.313 0.216 0.226 0.104 0.072 0.029 0.011 0.003 0.024 0.002 0.001 101 L 0.267 0.316 0.226 0.091 0.037 0.028 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 102 S 0.235 0.262 0.260 0.066 0.074 0.050 0.016 0.002 0.031 0.003 0.001 103 Q 0.436 0.222 0.157 0.083 0.045 0.024 0.008 0.001 0.020 0.002 0.001 104 S 0.356 0.197 0.159 0.140 0.076 0.023 0.016 0.002 0.028 0.002 0.001 105 M 0.326 0.205 0.183 0.123 0.065 0.034 0.024 0.004 0.032 0.004 0.001 106 S 0.261 0.222 0.202 0.185 0.041 0.037 0.023 0.003 0.023 0.002 0.001 107 S 0.265 0.162 0.173 0.215 0.066 0.029 0.039 0.014 0.020 0.016 0.001 108 D 0.151 0.084 0.243 0.151 0.081 0.082 0.134 0.015 0.036 0.023 0.001 109 K 0.528 0.086 0.168 0.146 0.023 0.018 0.011 0.003 0.011 0.004 0.002 110 E 0.560 0.099 0.138 0.111 0.030 0.025 0.017 0.005 0.011 0.003 0.001 111 E 0.359 0.235 0.188 0.089 0.051 0.035 0.016 0.003 0.022 0.001 0.001 112 M 0.444 0.270 0.165 0.049 0.032 0.018 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 113 Q 0.403 0.359 0.110 0.029 0.067 0.016 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 114 T 0.265 0.528 0.063 0.022 0.092 0.013 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 115 V 0.239 0.576 0.079 0.013 0.054 0.020 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 116 W 0.285 0.441 0.170 0.024 0.020 0.045 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 117 S 0.495 0.220 0.095 0.049 0.051 0.027 0.006 0.001 0.055 0.001 0.001 118 S 0.199 0.061 0.135 0.441 0.029 0.012 0.102 0.003 0.014 0.003 0.001 119 G 0.014 0.004 0.019 0.011 0.031 0.004 0.152 0.589 0.003 0.172 0.001 120 I 0.182 0.232 0.452 0.069 0.026 0.019 0.004 0.001 0.012 0.002 0.001 121 K 0.208 0.179 0.317 0.127 0.027 0.083 0.020 0.002 0.031 0.004 0.001 122 T 0.174 0.203 0.173 0.309 0.048 0.030 0.029 0.004 0.025 0.004 0.002 123 K 0.126 0.105 0.144 0.198 0.131 0.044 0.101 0.064 0.030 0.057 0.001 124 S 0.111 0.180 0.323 0.139 0.065 0.053 0.040 0.007 0.064 0.016 0.003 125 S 0.466 0.066 0.199 0.190 0.017 0.017 0.015 0.004 0.014 0.008 0.004 126 S 0.142 0.118 0.176 0.249 0.073 0.042 0.106 0.045 0.027 0.021 0.001 127 A 0.130 0.205 0.317 0.169 0.063 0.025 0.045 0.012 0.023 0.006 0.004 128 T 0.035 0.481 0.222 0.101 0.074 0.030 0.024 0.006 0.023 0.002 0.001 129 I 0.005 0.784 0.119 0.009 0.060 0.008 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 130 E 0.002 0.810 0.126 0.002 0.029 0.025 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 131 L 0.001 0.875 0.069 0.001 0.033 0.016 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 132 Y 0.001 0.881 0.063 0.001 0.020 0.029 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 133 F 0.003 0.586 0.301 0.001 0.023 0.075 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 134 E 0.209 0.472 0.171 0.019 0.026 0.060 0.007 0.001 0.031 0.001 0.004 135 N 0.067 0.034 0.107 0.288 0.039 0.019 0.421 0.005 0.011 0.010 0.001 136 G 0.005 0.002 0.005 0.006 0.010 0.001 0.195 0.721 0.001 0.054 0.001 137 L 0.051 0.339 0.535 0.020 0.027 0.010 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 138 L 0.090 0.298 0.498 0.028 0.017 0.045 0.004 0.001 0.016 0.001 0.003 139 K 0.165 0.515 0.190 0.043 0.051 0.016 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 140 N 0.200 0.283 0.214 0.078 0.108 0.043 0.015 0.002 0.052 0.004 0.001 141 K 0.470 0.115 0.195 0.092 0.057 0.017 0.017 0.003 0.027 0.004 0.002 142 T 0.390 0.147 0.152 0.197 0.040 0.024 0.022 0.004 0.021 0.003 0.001 143 Q 0.295 0.163 0.205 0.184 0.041 0.035 0.035 0.005 0.032 0.003 0.002 144 K 0.296 0.204 0.213 0.199 0.023 0.017 0.028 0.003 0.013 0.003 0.001 145 D 0.094 0.081 0.268 0.128 0.080 0.085 0.166 0.022 0.046 0.030 0.001 146 L 0.426 0.124 0.273 0.115 0.022 0.014 0.005 0.001 0.014 0.002 0.005 147 E 0.326 0.251 0.225 0.096 0.034 0.030 0.011 0.003 0.022 0.002 0.001