# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.345 0.195 0.166 0.150 0.107 0.034 0.002 2 T 0.480 0.239 0.136 0.094 0.039 0.011 0.001 3 T 0.575 0.236 0.122 0.050 0.013 0.004 0.001 4 D 0.456 0.260 0.166 0.093 0.020 0.005 0.001 5 Q 0.454 0.249 0.144 0.094 0.046 0.013 0.001 6 N 0.321 0.247 0.180 0.150 0.075 0.025 0.002 7 H 0.268 0.298 0.199 0.134 0.070 0.028 0.003 8 F 0.145 0.142 0.174 0.234 0.197 0.096 0.012 9 S 0.279 0.274 0.205 0.135 0.069 0.033 0.006 10 G 0.188 0.169 0.149 0.177 0.172 0.123 0.022 11 G 0.157 0.172 0.197 0.191 0.158 0.104 0.021 12 T 0.106 0.141 0.175 0.228 0.198 0.123 0.028 13 S 0.103 0.169 0.195 0.175 0.180 0.145 0.033 14 I 0.068 0.120 0.208 0.291 0.217 0.088 0.009 15 E 0.493 0.394 0.073 0.025 0.011 0.003 0.001 16 Q 0.080 0.218 0.281 0.282 0.105 0.030 0.003 17 L 0.025 0.036 0.070 0.168 0.379 0.296 0.026 18 K 0.079 0.271 0.333 0.231 0.070 0.015 0.001 19 Q 0.193 0.406 0.256 0.116 0.024 0.005 0.001 20 W 0.022 0.048 0.133 0.289 0.360 0.144 0.004 21 F 0.047 0.098 0.215 0.335 0.246 0.058 0.001 22 G 0.377 0.405 0.151 0.049 0.015 0.002 0.001 23 D 0.461 0.375 0.112 0.043 0.008 0.001 0.001 24 P 0.579 0.281 0.090 0.038 0.011 0.001 0.001 25 N 0.648 0.257 0.067 0.022 0.005 0.001 0.001 26 K 0.676 0.248 0.058 0.015 0.003 0.001 0.001 27 S 0.511 0.259 0.161 0.058 0.011 0.001 0.001 28 E 0.623 0.259 0.086 0.026 0.005 0.001 0.001 29 Q 0.599 0.249 0.107 0.036 0.008 0.001 0.001 30 R 0.584 0.262 0.106 0.039 0.009 0.001 0.001 31 N 0.607 0.304 0.063 0.020 0.005 0.001 0.001 32 A 0.321 0.256 0.226 0.152 0.039 0.007 0.001 33 G 0.464 0.315 0.143 0.057 0.018 0.003 0.001 34 N 0.381 0.391 0.161 0.052 0.013 0.003 0.001 35 I 0.064 0.077 0.179 0.308 0.298 0.069 0.004 36 T 0.122 0.368 0.258 0.161 0.067 0.022 0.001 37 L 0.043 0.092 0.189 0.313 0.234 0.120 0.009 38 D 0.143 0.294 0.249 0.189 0.093 0.031 0.002 39 S 0.071 0.147 0.176 0.277 0.217 0.101 0.011 40 Y 0.030 0.055 0.097 0.170 0.338 0.271 0.040 41 T 0.056 0.191 0.249 0.260 0.162 0.075 0.008 42 W 0.047 0.091 0.169 0.245 0.277 0.152 0.019 43 V 0.129 0.214 0.243 0.229 0.129 0.051 0.005 44 K 0.305 0.273 0.205 0.135 0.059 0.021 0.002 45 D 0.385 0.274 0.175 0.109 0.041 0.014 0.002 46 G 0.264 0.325 0.202 0.121 0.057 0.026 0.004 47 A 0.045 0.054 0.093 0.201 0.317 0.240 0.050 48 V 0.049 0.140 0.205 0.237 0.201 0.140 0.028 49 I 0.010 0.024 0.044 0.085 0.224 0.432 0.182 50 N 0.011 0.032 0.066 0.134 0.246 0.325 0.186 51 A 0.003 0.009 0.014 0.030 0.130 0.483 0.331 52 Q 0.010 0.048 0.122 0.235 0.253 0.229 0.103 53 L 0.006 0.019 0.044 0.110 0.268 0.436 0.116 54 Y 0.029 0.099 0.236 0.304 0.230 0.092 0.010 55 K 0.165 0.303 0.227 0.169 0.093 0.039 0.004 56 N 0.128 0.241 0.256 0.218 0.115 0.038 0.004 57 S 0.123 0.252 0.255 0.235 0.095 0.039 0.003 58 T 0.041 0.115 0.196 0.262 0.242 0.132 0.012 59 V 0.025 0.051 0.096 0.185 0.297 0.290 0.056 60 A 0.024 0.054 0.105 0.203 0.283 0.276 0.055 61 R 0.034 0.112 0.222 0.276 0.233 0.109 0.015 62 S 0.063 0.195 0.207 0.236 0.195 0.094 0.010 63 I 0.032 0.094 0.210 0.328 0.222 0.106 0.008 64 S 0.147 0.295 0.238 0.187 0.102 0.031 0.001 65 N 0.173 0.334 0.259 0.152 0.062 0.019 0.001 66 F 0.047 0.054 0.130 0.302 0.362 0.100 0.004 67 S 0.258 0.465 0.193 0.060 0.020 0.004 0.001 68 F 0.093 0.171 0.281 0.303 0.129 0.023 0.001 69 S 0.434 0.359 0.138 0.053 0.015 0.002 0.001 70 R 0.335 0.263 0.206 0.147 0.042 0.007 0.001 71 E 0.624 0.265 0.077 0.025 0.008 0.001 0.001 72 A 0.395 0.349 0.156 0.076 0.020 0.003 0.001 73 K 0.200 0.433 0.268 0.079 0.018 0.002 0.001 74 I 0.040 0.080 0.203 0.359 0.250 0.066 0.002 75 G 0.069 0.181 0.291 0.257 0.175 0.027 0.001 76 K 0.299 0.393 0.196 0.091 0.019 0.002 0.001 77 E 0.634 0.333 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 78 D 0.169 0.405 0.245 0.157 0.021 0.003 0.001 79 Y 0.029 0.060 0.263 0.379 0.240 0.029 0.001 80 D 0.519 0.399 0.068 0.013 0.002 0.001 0.001 81 E 0.454 0.411 0.111 0.021 0.003 0.001 0.001 82 L 0.070 0.076 0.205 0.402 0.222 0.025 0.001 83 K 0.425 0.362 0.160 0.043 0.009 0.001 0.001 84 I 0.597 0.313 0.064 0.021 0.005 0.001 0.001 85 G 0.589 0.320 0.067 0.018 0.005 0.001 0.001 86 E 0.338 0.337 0.187 0.109 0.026 0.003 0.001 87 S 0.255 0.336 0.259 0.108 0.036 0.005 0.001 88 Y 0.057 0.096 0.269 0.371 0.176 0.030 0.001 89 K 0.590 0.359 0.042 0.007 0.002 0.001 0.001 90 K 0.325 0.490 0.126 0.051 0.008 0.001 0.001 91 V 0.030 0.059 0.133 0.281 0.386 0.108 0.003 92 V 0.069 0.196 0.347 0.311 0.067 0.009 0.001 93 E 0.601 0.328 0.056 0.012 0.002 0.001 0.001 94 K 0.151 0.246 0.300 0.239 0.055 0.009 0.001 95 L 0.083 0.085 0.162 0.272 0.304 0.091 0.003 96 G 0.304 0.370 0.191 0.090 0.036 0.009 0.001 97 E 0.291 0.298 0.198 0.132 0.061 0.018 0.001 98 P 0.271 0.228 0.191 0.175 0.102 0.030 0.002 99 D 0.453 0.309 0.146 0.065 0.021 0.005 0.001 100 V 0.285 0.248 0.217 0.152 0.074 0.022 0.002 101 L 0.163 0.148 0.185 0.232 0.195 0.071 0.006 102 S 0.259 0.269 0.197 0.147 0.094 0.032 0.002 103 Q 0.292 0.295 0.202 0.134 0.058 0.018 0.001 104 S 0.298 0.233 0.200 0.154 0.087 0.026 0.001 105 M 0.290 0.259 0.220 0.155 0.060 0.015 0.001 106 S 0.384 0.249 0.190 0.116 0.048 0.012 0.001 107 S 0.466 0.242 0.152 0.098 0.035 0.007 0.001 108 D 0.655 0.241 0.068 0.025 0.009 0.002 0.001 109 K 0.474 0.267 0.143 0.081 0.027 0.007 0.001 110 E 0.360 0.308 0.183 0.096 0.040 0.011 0.001 111 E 0.085 0.172 0.227 0.267 0.169 0.071 0.009 112 M 0.026 0.061 0.100 0.190 0.303 0.278 0.043 113 Q 0.014 0.040 0.076 0.157 0.267 0.360 0.087 114 T 0.007 0.020 0.041 0.083 0.210 0.421 0.218 115 V 0.006 0.014 0.031 0.065 0.194 0.349 0.340 116 W 0.004 0.013 0.018 0.040 0.129 0.399 0.397 117 S 0.018 0.063 0.163 0.278 0.243 0.180 0.055 118 S 0.049 0.164 0.327 0.292 0.101 0.061 0.007 119 G 0.089 0.175 0.234 0.239 0.177 0.079 0.007 120 I 0.053 0.056 0.098 0.212 0.359 0.206 0.016 121 K 0.170 0.308 0.268 0.168 0.063 0.022 0.001 122 T 0.436 0.336 0.138 0.062 0.023 0.006 0.001 123 K 0.483 0.290 0.127 0.073 0.023 0.004 0.001 124 S 0.428 0.263 0.156 0.096 0.047 0.010 0.001 125 S 0.368 0.268 0.213 0.109 0.033 0.008 0.001 126 S 0.412 0.381 0.139 0.046 0.017 0.004 0.001 127 A 0.145 0.252 0.225 0.231 0.115 0.030 0.002 128 T 0.022 0.128 0.281 0.313 0.178 0.072 0.006 129 I 0.004 0.012 0.021 0.065 0.263 0.547 0.090 130 E 0.005 0.053 0.195 0.441 0.213 0.086 0.006 131 L 0.001 0.006 0.012 0.031 0.168 0.652 0.130 132 Y 0.005 0.036 0.160 0.312 0.286 0.176 0.025 133 F 0.006 0.019 0.048 0.146 0.316 0.391 0.073 134 E 0.078 0.258 0.283 0.206 0.129 0.043 0.003 135 N 0.245 0.340 0.208 0.136 0.055 0.015 0.001 136 G 0.303 0.355 0.184 0.106 0.042 0.010 0.001 137 L 0.155 0.273 0.242 0.200 0.099 0.029 0.001 138 L 0.113 0.112 0.217 0.265 0.222 0.067 0.003 139 K 0.364 0.381 0.161 0.067 0.023 0.004 0.001 140 N 0.392 0.350 0.160 0.068 0.026 0.005 0.001 141 K 0.232 0.208 0.261 0.212 0.074 0.012 0.001 142 T 0.614 0.286 0.065 0.025 0.009 0.001 0.001 143 Q 0.585 0.243 0.117 0.045 0.009 0.001 0.001 144 K 0.783 0.178 0.030 0.008 0.002 0.001 0.001 145 D 0.701 0.255 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001 146 L 0.217 0.101 0.238 0.309 0.119 0.016 0.001 147 E 0.779 0.194 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001