# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.114 0.065 0.095 0.137 0.169 0.161 0.104 0.072 0.042 0.020 0.011 0.006 0.002 0.001 2 T 0.152 0.105 0.125 0.140 0.147 0.130 0.099 0.053 0.025 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 3 T 0.320 0.211 0.139 0.116 0.084 0.050 0.036 0.020 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 4 D 0.288 0.177 0.133 0.131 0.108 0.070 0.042 0.023 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 5 Q 0.216 0.142 0.135 0.149 0.128 0.092 0.066 0.034 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 6 N 0.130 0.093 0.122 0.155 0.148 0.120 0.091 0.063 0.040 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 7 H 0.145 0.102 0.106 0.139 0.144 0.118 0.083 0.065 0.052 0.023 0.013 0.005 0.003 0.002 8 F 0.073 0.040 0.057 0.072 0.104 0.134 0.144 0.124 0.090 0.068 0.047 0.027 0.013 0.005 9 S 0.111 0.101 0.099 0.114 0.112 0.104 0.099 0.085 0.071 0.047 0.031 0.014 0.008 0.004 10 G 0.050 0.032 0.039 0.054 0.092 0.105 0.116 0.136 0.120 0.105 0.070 0.051 0.020 0.009 11 G 0.082 0.072 0.079 0.104 0.134 0.124 0.110 0.091 0.070 0.056 0.041 0.020 0.010 0.005 12 T 0.135 0.080 0.087 0.111 0.143 0.126 0.094 0.086 0.060 0.035 0.022 0.012 0.006 0.003 13 S 0.085 0.085 0.098 0.149 0.152 0.143 0.117 0.076 0.051 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 14 I 0.043 0.051 0.096 0.182 0.205 0.157 0.111 0.072 0.044 0.023 0.010 0.004 0.001 0.001 15 E 0.675 0.194 0.073 0.031 0.012 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.154 0.237 0.233 0.172 0.112 0.053 0.023 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.017 0.016 0.038 0.080 0.170 0.221 0.198 0.166 0.061 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 18 K 0.123 0.193 0.236 0.239 0.114 0.067 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.750 0.192 0.039 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 W 0.037 0.044 0.104 0.212 0.264 0.180 0.081 0.049 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 21 F 0.047 0.049 0.096 0.164 0.213 0.194 0.134 0.069 0.023 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 22 G 0.523 0.207 0.116 0.061 0.040 0.022 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 D 0.457 0.240 0.135 0.093 0.042 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 P 0.416 0.164 0.123 0.107 0.087 0.049 0.037 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 N 0.461 0.185 0.136 0.095 0.067 0.031 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.624 0.183 0.075 0.056 0.034 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 S 0.438 0.176 0.134 0.116 0.070 0.036 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.524 0.184 0.111 0.081 0.051 0.026 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.482 0.216 0.120 0.083 0.050 0.025 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 R 0.440 0.179 0.134 0.104 0.069 0.040 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 N 0.440 0.184 0.124 0.098 0.071 0.039 0.028 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.225 0.137 0.154 0.165 0.138 0.087 0.052 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 33 G 0.441 0.187 0.124 0.103 0.062 0.038 0.026 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.270 0.180 0.146 0.129 0.111 0.070 0.049 0.023 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 35 I 0.046 0.034 0.067 0.113 0.169 0.186 0.153 0.115 0.057 0.029 0.018 0.011 0.004 0.001 36 T 0.098 0.094 0.116 0.146 0.177 0.127 0.097 0.068 0.038 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 37 L 0.059 0.032 0.044 0.074 0.113 0.132 0.120 0.135 0.111 0.078 0.055 0.028 0.012 0.005 38 D 0.105 0.097 0.094 0.127 0.123 0.110 0.102 0.082 0.063 0.042 0.028 0.016 0.007 0.004 39 S 0.063 0.047 0.065 0.094 0.121 0.123 0.110 0.112 0.100 0.070 0.047 0.028 0.014 0.006 40 Y 0.042 0.037 0.051 0.069 0.105 0.124 0.133 0.131 0.106 0.088 0.061 0.033 0.016 0.007 41 T 0.089 0.079 0.094 0.123 0.141 0.122 0.099 0.093 0.070 0.044 0.026 0.012 0.006 0.003 42 W 0.067 0.056 0.080 0.113 0.142 0.136 0.112 0.106 0.080 0.051 0.032 0.015 0.007 0.003 43 V 0.100 0.113 0.122 0.152 0.150 0.123 0.090 0.061 0.042 0.024 0.014 0.006 0.003 0.002 44 K 0.138 0.132 0.137 0.136 0.130 0.112 0.084 0.056 0.037 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 45 D 0.204 0.180 0.141 0.127 0.112 0.082 0.060 0.038 0.028 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 46 G 0.121 0.143 0.134 0.156 0.135 0.105 0.076 0.053 0.040 0.018 0.010 0.004 0.003 0.001 47 A 0.032 0.025 0.047 0.072 0.131 0.164 0.162 0.140 0.095 0.062 0.036 0.022 0.010 0.004 48 V 0.029 0.032 0.044 0.079 0.120 0.134 0.133 0.143 0.105 0.077 0.057 0.027 0.013 0.007 49 I 0.011 0.010 0.013 0.025 0.044 0.062 0.087 0.134 0.170 0.162 0.140 0.088 0.037 0.019 50 N 0.014 0.014 0.018 0.039 0.068 0.081 0.100 0.128 0.143 0.129 0.122 0.082 0.035 0.025 51 A 0.008 0.007 0.008 0.008 0.014 0.027 0.051 0.071 0.133 0.189 0.207 0.153 0.092 0.033 52 Q 0.025 0.025 0.040 0.087 0.130 0.122 0.121 0.146 0.127 0.075 0.053 0.028 0.015 0.008 53 L 0.009 0.009 0.014 0.023 0.045 0.067 0.095 0.121 0.159 0.178 0.142 0.083 0.035 0.021 54 Y 0.034 0.052 0.075 0.122 0.137 0.156 0.144 0.120 0.070 0.041 0.026 0.014 0.005 0.003 55 K 0.063 0.129 0.136 0.155 0.129 0.104 0.103 0.065 0.054 0.032 0.017 0.007 0.004 0.002 56 N 0.029 0.046 0.073 0.116 0.174 0.176 0.138 0.112 0.078 0.033 0.014 0.006 0.003 0.002 57 S 0.059 0.080 0.101 0.127 0.160 0.152 0.120 0.085 0.056 0.030 0.015 0.007 0.005 0.002 58 T 0.057 0.044 0.060 0.088 0.120 0.130 0.121 0.127 0.114 0.068 0.039 0.018 0.010 0.003 59 V 0.035 0.028 0.039 0.062 0.100 0.117 0.124 0.140 0.116 0.096 0.069 0.047 0.017 0.008 60 A 0.033 0.035 0.042 0.050 0.083 0.099 0.109 0.124 0.138 0.125 0.084 0.042 0.024 0.010 61 R 0.110 0.108 0.116 0.150 0.134 0.113 0.089 0.071 0.052 0.026 0.016 0.008 0.004 0.002 62 S 0.110 0.113 0.119 0.145 0.148 0.113 0.099 0.060 0.045 0.024 0.012 0.006 0.004 0.002 63 I 0.037 0.044 0.074 0.123 0.171 0.173 0.127 0.109 0.069 0.039 0.018 0.009 0.004 0.002 64 S 0.158 0.144 0.135 0.153 0.129 0.109 0.069 0.042 0.032 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 65 N 0.206 0.199 0.152 0.125 0.104 0.074 0.063 0.035 0.025 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 66 F 0.065 0.044 0.068 0.099 0.170 0.151 0.136 0.114 0.072 0.040 0.021 0.013 0.005 0.001 67 S 0.190 0.163 0.157 0.164 0.133 0.076 0.059 0.028 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 68 F 0.135 0.060 0.088 0.140 0.167 0.143 0.098 0.074 0.049 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 69 S 0.277 0.174 0.146 0.138 0.108 0.065 0.056 0.019 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 70 R 0.199 0.126 0.146 0.155 0.135 0.104 0.063 0.035 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 71 E 0.383 0.243 0.124 0.092 0.069 0.038 0.028 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.374 0.215 0.147 0.106 0.071 0.041 0.020 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 K 0.244 0.197 0.149 0.150 0.123 0.064 0.039 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.073 0.051 0.094 0.153 0.214 0.183 0.118 0.065 0.030 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 75 G 0.286 0.168 0.162 0.151 0.100 0.060 0.047 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.393 0.191 0.136 0.128 0.076 0.034 0.025 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 E 0.695 0.153 0.070 0.045 0.020 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 D 0.312 0.223 0.174 0.127 0.088 0.038 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Y 0.061 0.062 0.142 0.222 0.220 0.155 0.062 0.045 0.021 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 80 D 0.622 0.161 0.081 0.074 0.032 0.018 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.463 0.283 0.133 0.058 0.027 0.016 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.056 0.035 0.081 0.130 0.233 0.190 0.123 0.089 0.038 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 83 K 0.322 0.231 0.170 0.123 0.081 0.035 0.023 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 I 0.408 0.111 0.103 0.119 0.103 0.068 0.044 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 85 G 0.382 0.205 0.132 0.130 0.070 0.038 0.028 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 E 0.544 0.158 0.117 0.071 0.054 0.028 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.502 0.181 0.107 0.091 0.062 0.026 0.019 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 Y 0.072 0.055 0.149 0.238 0.232 0.138 0.062 0.033 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.738 0.164 0.051 0.026 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.302 0.405 0.169 0.064 0.034 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 V 0.029 0.032 0.070 0.134 0.222 0.228 0.149 0.092 0.032 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 92 V 0.071 0.095 0.168 0.245 0.218 0.122 0.042 0.025 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.879 0.095 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.121 0.134 0.181 0.218 0.160 0.099 0.048 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.052 0.037 0.069 0.116 0.178 0.208 0.185 0.098 0.039 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 96 G 0.253 0.183 0.183 0.130 0.118 0.062 0.042 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.485 0.202 0.108 0.094 0.053 0.026 0.015 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 P 0.202 0.095 0.120 0.143 0.160 0.118 0.084 0.038 0.021 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 99 D 0.360 0.211 0.142 0.108 0.074 0.044 0.033 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 100 V 0.236 0.120 0.115 0.131 0.138 0.105 0.062 0.045 0.028 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 101 L 0.098 0.064 0.089 0.127 0.166 0.154 0.124 0.079 0.045 0.027 0.015 0.008 0.003 0.001 102 S 0.210 0.128 0.119 0.139 0.132 0.092 0.066 0.048 0.032 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 103 Q 0.189 0.115 0.108 0.133 0.128 0.105 0.070 0.059 0.046 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 104 S 0.132 0.082 0.102 0.125 0.140 0.132 0.104 0.072 0.050 0.031 0.017 0.008 0.003 0.001 105 M 0.133 0.104 0.127 0.160 0.151 0.121 0.079 0.056 0.034 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 106 S 0.181 0.119 0.128 0.143 0.141 0.110 0.077 0.044 0.030 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 107 S 0.237 0.155 0.153 0.153 0.118 0.080 0.055 0.024 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 108 D 0.389 0.214 0.134 0.099 0.072 0.040 0.029 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.270 0.182 0.148 0.141 0.107 0.069 0.041 0.020 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 110 E 0.296 0.192 0.144 0.132 0.092 0.060 0.042 0.019 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 111 E 0.172 0.138 0.134 0.150 0.137 0.099 0.074 0.044 0.030 0.012 0.006 0.002 0.002 0.001 112 M 0.041 0.038 0.065 0.105 0.144 0.161 0.143 0.119 0.081 0.048 0.029 0.016 0.008 0.003 113 Q 0.045 0.049 0.069 0.107 0.138 0.138 0.127 0.119 0.088 0.057 0.034 0.017 0.009 0.005 114 T 0.029 0.021 0.030 0.045 0.068 0.091 0.103 0.134 0.139 0.129 0.101 0.063 0.030 0.015 115 V 0.022 0.021 0.029 0.042 0.060 0.081 0.093 0.123 0.142 0.137 0.117 0.077 0.038 0.018 116 W 0.020 0.019 0.028 0.046 0.069 0.094 0.120 0.145 0.123 0.126 0.095 0.066 0.032 0.017 117 S 0.022 0.028 0.037 0.052 0.077 0.099 0.114 0.135 0.130 0.129 0.088 0.049 0.025 0.016 118 S 0.074 0.082 0.086 0.096 0.105 0.103 0.102 0.104 0.088 0.070 0.045 0.026 0.012 0.006 119 G 0.081 0.096 0.098 0.130 0.124 0.116 0.107 0.086 0.075 0.044 0.025 0.011 0.006 0.003 120 I 0.036 0.035 0.071 0.091 0.143 0.164 0.163 0.132 0.070 0.048 0.026 0.014 0.006 0.002 121 K 0.187 0.183 0.152 0.155 0.130 0.075 0.052 0.029 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 122 T 0.253 0.153 0.145 0.133 0.119 0.081 0.046 0.030 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 123 K 0.388 0.199 0.124 0.118 0.075 0.045 0.029 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 124 S 0.302 0.204 0.173 0.129 0.088 0.049 0.032 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 125 S 0.352 0.223 0.147 0.108 0.077 0.045 0.024 0.010 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 126 S 0.216 0.213 0.138 0.126 0.108 0.079 0.064 0.027 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 127 A 0.052 0.065 0.090 0.121 0.146 0.156 0.134 0.103 0.065 0.032 0.020 0.010 0.005 0.001 128 T 0.028 0.045 0.060 0.120 0.188 0.144 0.137 0.125 0.071 0.036 0.024 0.012 0.008 0.003 129 I 0.005 0.005 0.009 0.012 0.025 0.050 0.086 0.130 0.158 0.167 0.157 0.112 0.069 0.015 130 E 0.015 0.017 0.027 0.082 0.160 0.124 0.131 0.173 0.134 0.060 0.041 0.021 0.010 0.005 131 L 0.004 0.003 0.004 0.006 0.011 0.021 0.043 0.073 0.129 0.224 0.244 0.149 0.061 0.028 132 Y 0.022 0.023 0.036 0.068 0.108 0.118 0.123 0.157 0.126 0.088 0.067 0.036 0.017 0.010 133 F 0.012 0.015 0.023 0.043 0.074 0.090 0.098 0.132 0.150 0.148 0.110 0.064 0.031 0.012 134 E 0.042 0.060 0.077 0.121 0.146 0.147 0.149 0.107 0.076 0.042 0.020 0.009 0.003 0.003 135 N 0.102 0.129 0.135 0.155 0.130 0.107 0.089 0.055 0.044 0.027 0.014 0.008 0.003 0.002 136 G 0.336 0.198 0.130 0.102 0.083 0.053 0.044 0.020 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 137 L 0.126 0.115 0.161 0.172 0.166 0.113 0.065 0.040 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 138 L 0.063 0.049 0.085 0.121 0.183 0.165 0.144 0.095 0.052 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 139 K 0.324 0.190 0.145 0.128 0.094 0.054 0.032 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 140 N 0.359 0.171 0.128 0.116 0.093 0.055 0.039 0.018 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 141 K 0.219 0.145 0.149 0.173 0.132 0.087 0.048 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 142 T 0.363 0.176 0.142 0.121 0.095 0.051 0.031 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 143 Q 0.260 0.154 0.142 0.147 0.126 0.077 0.047 0.024 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 144 K 0.472 0.169 0.115 0.113 0.064 0.035 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 145 D 0.577 0.204 0.099 0.054 0.030 0.015 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 L 0.094 0.041 0.084 0.147 0.227 0.178 0.099 0.071 0.033 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 147 E 0.258 0.148 0.148 0.168 0.121 0.079 0.039 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001