# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.006 0.019 0.703 0.003 0.005 0.008 0.001 0.001 0.027 0.079 0.009 0.113 0.025 2 T 0.003 0.021 0.751 0.004 0.006 0.008 0.001 0.001 0.027 0.048 0.019 0.011 0.100 3 T 0.003 0.040 0.619 0.007 0.025 0.016 0.002 0.001 0.037 0.125 0.033 0.064 0.029 4 D 0.002 0.021 0.684 0.009 0.031 0.016 0.001 0.001 0.029 0.095 0.039 0.013 0.059 5 Q 0.002 0.014 0.362 0.014 0.206 0.060 0.002 0.002 0.024 0.137 0.133 0.021 0.023 6 N 0.002 0.012 0.250 0.024 0.187 0.056 0.002 0.002 0.027 0.104 0.297 0.018 0.018 7 H 0.008 0.037 0.279 0.008 0.168 0.052 0.005 0.005 0.052 0.129 0.176 0.032 0.049 8 F 0.004 0.036 0.625 0.004 0.014 0.013 0.004 0.008 0.110 0.087 0.022 0.017 0.056 9 S 0.003 0.020 0.713 0.005 0.005 0.005 0.002 0.004 0.061 0.091 0.013 0.057 0.021 10 G 0.002 0.027 0.480 0.003 0.013 0.011 0.003 0.003 0.096 0.213 0.088 0.009 0.052 11 G 0.001 0.039 0.532 0.004 0.018 0.021 0.001 0.001 0.045 0.219 0.096 0.011 0.011 12 T 0.001 0.036 0.673 0.001 0.008 0.023 0.001 0.001 0.038 0.173 0.021 0.011 0.013 13 S 0.001 0.008 0.869 0.001 0.004 0.048 0.001 0.001 0.006 0.050 0.004 0.001 0.009 14 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 20 W 0.001 0.001 0.005 0.001 0.023 0.906 0.001 0.001 0.001 0.005 0.060 0.001 0.001 21 F 0.001 0.001 0.047 0.001 0.008 0.211 0.001 0.001 0.001 0.027 0.700 0.002 0.002 22 G 0.001 0.004 0.149 0.001 0.005 0.016 0.001 0.001 0.002 0.108 0.709 0.002 0.004 23 D 0.001 0.005 0.825 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.136 0.014 0.007 0.002 24 P 0.001 0.013 0.536 0.002 0.032 0.014 0.001 0.001 0.016 0.123 0.236 0.002 0.025 25 N 0.001 0.021 0.365 0.008 0.051 0.010 0.001 0.001 0.012 0.177 0.331 0.015 0.008 26 K 0.003 0.024 0.521 0.010 0.092 0.023 0.001 0.001 0.026 0.151 0.075 0.019 0.052 27 S 0.015 0.062 0.385 0.012 0.095 0.042 0.004 0.002 0.035 0.087 0.088 0.070 0.104 28 E 0.022 0.058 0.298 0.012 0.061 0.055 0.004 0.004 0.044 0.095 0.072 0.177 0.097 29 Q 0.025 0.071 0.305 0.011 0.045 0.041 0.004 0.003 0.020 0.091 0.084 0.048 0.252 30 R 0.019 0.044 0.340 0.013 0.040 0.030 0.003 0.002 0.008 0.105 0.156 0.159 0.083 31 N 0.009 0.022 0.257 0.010 0.028 0.014 0.001 0.001 0.004 0.141 0.291 0.053 0.169 32 A 0.005 0.006 0.153 0.019 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.192 0.519 0.026 0.045 33 G 0.004 0.004 0.080 0.018 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.312 0.496 0.054 0.015 34 N 0.029 0.020 0.318 0.010 0.010 0.005 0.003 0.001 0.003 0.159 0.151 0.031 0.262 35 I 0.090 0.015 0.240 0.012 0.003 0.004 0.010 0.002 0.011 0.047 0.013 0.444 0.107 36 T 0.176 0.018 0.082 0.014 0.002 0.003 0.023 0.003 0.013 0.010 0.005 0.153 0.498 37 L 0.230 0.011 0.045 0.030 0.003 0.002 0.018 0.003 0.017 0.006 0.004 0.397 0.234 38 D 0.250 0.005 0.047 0.201 0.005 0.003 0.020 0.002 0.012 0.011 0.008 0.137 0.300 39 S 0.182 0.003 0.040 0.028 0.006 0.004 0.008 0.001 0.010 0.016 0.018 0.442 0.241 40 Y 0.179 0.003 0.044 0.014 0.007 0.003 0.006 0.001 0.004 0.010 0.014 0.083 0.633 41 T 0.162 0.005 0.032 0.004 0.003 0.002 0.005 0.001 0.004 0.006 0.004 0.698 0.075 42 W 0.094 0.021 0.069 0.002 0.004 0.004 0.005 0.001 0.007 0.011 0.005 0.093 0.683 43 V 0.050 0.029 0.293 0.018 0.013 0.006 0.003 0.001 0.005 0.038 0.052 0.238 0.254 44 K 0.008 0.004 0.146 0.037 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.118 0.531 0.054 0.080 45 D 0.002 0.001 0.036 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.702 0.022 0.023 46 G 0.008 0.003 0.106 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.348 0.435 0.035 0.048 47 A 0.116 0.014 0.223 0.012 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.073 0.015 0.348 0.187 48 V 0.278 0.006 0.036 0.010 0.001 0.001 0.035 0.004 0.011 0.006 0.004 0.058 0.552 49 I 0.430 0.002 0.009 0.090 0.001 0.001 0.041 0.005 0.008 0.003 0.001 0.360 0.051 50 N 0.642 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 0.050 0.003 0.007 0.001 0.001 0.066 0.206 51 A 0.698 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.052 0.003 0.005 0.001 0.001 0.136 0.099 52 Q 0.646 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.049 0.004 0.009 0.001 0.001 0.172 0.109 53 L 0.390 0.006 0.037 0.004 0.001 0.001 0.028 0.004 0.016 0.004 0.002 0.145 0.363 54 Y 0.064 0.006 0.354 0.040 0.004 0.002 0.007 0.002 0.028 0.058 0.030 0.205 0.200 55 K 0.005 0.002 0.061 0.014 0.014 0.006 0.001 0.001 0.002 0.153 0.685 0.015 0.041 56 N 0.002 0.003 0.062 0.007 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.253 0.631 0.017 0.012 57 S 0.026 0.015 0.325 0.010 0.018 0.026 0.002 0.001 0.003 0.314 0.112 0.068 0.081 58 T 0.131 0.035 0.210 0.009 0.023 0.107 0.017 0.006 0.017 0.053 0.031 0.092 0.270 59 V 0.250 0.021 0.058 0.032 0.033 0.203 0.047 0.014 0.019 0.019 0.018 0.096 0.192 60 A 0.278 0.009 0.049 0.113 0.047 0.181 0.032 0.008 0.012 0.015 0.023 0.107 0.128 61 R 0.249 0.007 0.055 0.039 0.065 0.205 0.023 0.004 0.011 0.020 0.053 0.105 0.163 62 S 0.132 0.010 0.104 0.023 0.086 0.276 0.014 0.003 0.012 0.033 0.076 0.063 0.168 63 I 0.068 0.010 0.182 0.027 0.088 0.278 0.007 0.002 0.011 0.066 0.092 0.085 0.084 64 S 0.017 0.009 0.175 0.017 0.087 0.268 0.002 0.001 0.007 0.100 0.236 0.039 0.044 65 N 0.005 0.009 0.160 0.006 0.085 0.250 0.001 0.001 0.004 0.110 0.329 0.012 0.027 66 F 0.004 0.013 0.318 0.004 0.073 0.236 0.001 0.001 0.009 0.172 0.122 0.021 0.026 67 S 0.005 0.027 0.341 0.004 0.080 0.206 0.001 0.001 0.012 0.124 0.129 0.027 0.041 68 F 0.003 0.042 0.326 0.005 0.069 0.219 0.001 0.001 0.013 0.141 0.120 0.020 0.039 69 S 0.001 0.015 0.420 0.013 0.067 0.212 0.001 0.001 0.007 0.154 0.086 0.010 0.013 70 R 0.001 0.007 0.139 0.006 0.118 0.321 0.001 0.001 0.005 0.082 0.308 0.005 0.008 71 E 0.002 0.009 0.173 0.007 0.221 0.214 0.001 0.001 0.005 0.062 0.284 0.005 0.018 72 A 0.005 0.012 0.246 0.004 0.232 0.174 0.002 0.001 0.020 0.144 0.110 0.034 0.019 73 K 0.007 0.055 0.454 0.003 0.081 0.068 0.002 0.001 0.041 0.087 0.112 0.013 0.075 74 I 0.005 0.106 0.527 0.004 0.026 0.022 0.002 0.001 0.046 0.153 0.022 0.054 0.031 75 G 0.001 0.008 0.868 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.008 0.082 0.008 0.002 0.015 76 K 0.001 0.004 0.133 0.001 0.287 0.472 0.001 0.001 0.002 0.039 0.060 0.001 0.002 77 E 0.001 0.002 0.027 0.001 0.411 0.417 0.001 0.001 0.001 0.017 0.120 0.002 0.001 78 D 0.001 0.003 0.079 0.001 0.507 0.336 0.001 0.001 0.001 0.026 0.042 0.001 0.003 79 Y 0.001 0.002 0.088 0.001 0.147 0.734 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.001 0.001 80 D 0.001 0.002 0.012 0.001 0.102 0.734 0.001 0.001 0.001 0.007 0.142 0.001 0.001 81 E 0.001 0.005 0.016 0.001 0.143 0.664 0.001 0.001 0.001 0.005 0.163 0.001 0.002 82 L 0.001 0.006 0.114 0.001 0.072 0.764 0.001 0.001 0.002 0.016 0.017 0.002 0.004 83 K 0.002 0.004 0.216 0.003 0.048 0.560 0.001 0.001 0.005 0.039 0.101 0.009 0.012 84 I 0.001 0.001 0.033 0.001 0.020 0.118 0.001 0.001 0.001 0.018 0.807 0.001 0.001 85 G 0.001 0.002 0.066 0.001 0.010 0.045 0.001 0.001 0.002 0.097 0.776 0.001 0.001 86 E 0.001 0.014 0.835 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.011 0.093 0.003 0.009 0.007 87 S 0.001 0.008 0.896 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.005 0.038 0.007 0.001 0.016 88 Y 0.001 0.001 0.063 0.001 0.008 0.906 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.001 0.001 89 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 90 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 94 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 95 L 0.001 0.001 0.020 0.001 0.008 0.343 0.001 0.001 0.001 0.020 0.604 0.001 0.002 96 G 0.001 0.001 0.047 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.054 0.888 0.001 0.001 97 E 0.001 0.003 0.890 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.087 0.008 0.005 0.001 98 P 0.001 0.007 0.694 0.002 0.014 0.011 0.001 0.001 0.016 0.096 0.129 0.001 0.029 99 D 0.002 0.016 0.394 0.024 0.052 0.021 0.001 0.001 0.019 0.223 0.200 0.038 0.009 100 V 0.015 0.022 0.346 0.022 0.075 0.040 0.007 0.006 0.106 0.085 0.043 0.034 0.199 101 L 0.074 0.037 0.163 0.036 0.068 0.041 0.023 0.014 0.143 0.029 0.020 0.146 0.205 102 S 0.071 0.021 0.147 0.038 0.040 0.048 0.017 0.013 0.145 0.029 0.022 0.235 0.175 103 Q 0.092 0.019 0.163 0.020 0.042 0.038 0.010 0.005 0.041 0.035 0.038 0.092 0.407 104 S 0.070 0.020 0.244 0.021 0.036 0.037 0.008 0.002 0.025 0.057 0.057 0.288 0.134 105 M 0.030 0.031 0.331 0.008 0.028 0.026 0.004 0.001 0.015 0.100 0.088 0.085 0.251 106 S 0.009 0.016 0.450 0.010 0.022 0.016 0.001 0.001 0.004 0.163 0.122 0.100 0.088 107 S 0.003 0.007 0.178 0.012 0.028 0.013 0.001 0.001 0.001 0.202 0.494 0.024 0.038 108 D 0.003 0.008 0.134 0.009 0.027 0.013 0.001 0.001 0.001 0.239 0.511 0.023 0.031 109 K 0.020 0.017 0.300 0.016 0.037 0.020 0.001 0.001 0.002 0.190 0.185 0.071 0.139 110 E 0.084 0.021 0.207 0.019 0.014 0.022 0.005 0.001 0.006 0.083 0.053 0.200 0.287 111 E 0.197 0.011 0.098 0.029 0.006 0.012 0.011 0.001 0.009 0.021 0.013 0.191 0.401 112 M 0.390 0.003 0.037 0.046 0.003 0.010 0.015 0.001 0.007 0.007 0.005 0.217 0.258 113 Q 0.521 0.001 0.015 0.026 0.002 0.012 0.019 0.001 0.006 0.003 0.003 0.230 0.161 114 T 0.539 0.001 0.009 0.011 0.002 0.009 0.025 0.002 0.005 0.001 0.001 0.085 0.310 115 V 0.518 0.001 0.007 0.019 0.002 0.010 0.020 0.002 0.005 0.001 0.002 0.334 0.080 116 W 0.411 0.004 0.012 0.011 0.008 0.020 0.019 0.003 0.009 0.003 0.007 0.072 0.422 117 S 0.211 0.006 0.065 0.107 0.039 0.038 0.011 0.002 0.010 0.025 0.058 0.278 0.150 118 S 0.084 0.009 0.061 0.027 0.068 0.040 0.004 0.001 0.008 0.072 0.304 0.125 0.197 119 G 0.032 0.034 0.171 0.008 0.057 0.027 0.003 0.001 0.007 0.120 0.293 0.050 0.197 120 I 0.011 0.030 0.406 0.005 0.022 0.012 0.002 0.002 0.009 0.198 0.114 0.129 0.061 121 K 0.005 0.045 0.392 0.005 0.017 0.009 0.001 0.001 0.009 0.264 0.109 0.053 0.091 122 T 0.002 0.040 0.323 0.004 0.027 0.015 0.001 0.001 0.003 0.265 0.274 0.015 0.032 123 K 0.002 0.028 0.249 0.007 0.040 0.013 0.001 0.001 0.002 0.239 0.377 0.018 0.023 124 S 0.004 0.017 0.323 0.008 0.038 0.008 0.001 0.001 0.002 0.268 0.255 0.018 0.057 125 S 0.007 0.007 0.140 0.018 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.341 0.358 0.053 0.040 126 S 0.039 0.007 0.143 0.034 0.017 0.003 0.002 0.001 0.002 0.254 0.330 0.043 0.127 127 A 0.249 0.004 0.092 0.044 0.004 0.001 0.005 0.001 0.002 0.090 0.018 0.361 0.129 128 T 0.553 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.019 0.001 0.002 0.002 0.001 0.051 0.353 129 I 0.829 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.032 130 E 0.909 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.030 131 L 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.025 132 Y 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.044 133 F 0.722 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.115 0.140 134 E 0.246 0.001 0.038 0.058 0.002 0.001 0.006 0.001 0.004 0.024 0.104 0.287 0.229 135 N 0.010 0.001 0.019 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.776 0.030 0.052 136 G 0.004 0.002 0.069 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.462 0.384 0.058 0.015 137 L 0.096 0.046 0.286 0.004 0.003 0.002 0.004 0.001 0.005 0.045 0.009 0.265 0.235 138 L 0.103 0.040 0.055 0.003 0.003 0.004 0.021 0.005 0.012 0.007 0.004 0.056 0.688 139 K 0.146 0.026 0.070 0.104 0.008 0.009 0.023 0.003 0.013 0.012 0.006 0.485 0.094 140 N 0.101 0.016 0.101 0.057 0.012 0.015 0.011 0.001 0.012 0.023 0.020 0.096 0.534 141 K 0.080 0.015 0.121 0.054 0.029 0.031 0.010 0.001 0.010 0.063 0.068 0.359 0.160 142 T 0.035 0.017 0.259 0.013 0.058 0.064 0.005 0.001 0.008 0.081 0.094 0.045 0.320 143 Q 0.022 0.013 0.220 0.016 0.187 0.150 0.003 0.001 0.005 0.112 0.122 0.096 0.054 144 K 0.007 0.010 0.099 0.007 0.256 0.207 0.001 0.001 0.002 0.065 0.299 0.017 0.029 145 D 0.004 0.022 0.165 0.004 0.169 0.161 0.001 0.001 0.003 0.086 0.356 0.010 0.019 146 L 0.004 0.029 0.528 0.004 0.061 0.096 0.001 0.001 0.006 0.157 0.069 0.016 0.030 147 E 0.003 0.020 0.657 0.004 0.028 0.045 0.001 0.001 0.006 0.134 0.047 0.029 0.026