# TARGET T0399 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0399.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.045 0.014 0.027 0.095 0.080 0.102 0.037 0.601 2 T 0.096 0.025 0.035 0.058 0.099 0.083 0.140 0.465 3 T 0.050 0.013 0.029 0.040 0.056 0.131 0.068 0.614 4 D 0.142 0.017 0.034 0.039 0.054 0.099 0.070 0.545 5 Q 0.056 0.005 0.022 0.018 0.024 0.110 0.048 0.716 6 N 0.019 0.006 0.074 0.037 0.080 0.163 0.074 0.547 7 H 0.016 0.004 0.066 0.029 0.077 0.118 0.072 0.619 8 F 0.052 0.003 0.078 0.049 0.051 0.115 0.039 0.614 9 S 0.079 0.008 0.081 0.059 0.071 0.106 0.105 0.490 10 G 0.016 0.021 0.034 0.012 0.035 0.125 0.033 0.724 11 G 0.018 0.044 0.056 0.022 0.035 0.132 0.023 0.670 12 T 0.025 0.178 0.071 0.060 0.030 0.086 0.070 0.481 13 S 0.030 0.918 0.004 0.002 0.003 0.006 0.013 0.024 14 I 0.118 0.811 0.009 0.002 0.003 0.007 0.021 0.029 15 E 0.029 0.716 0.026 0.015 0.010 0.024 0.071 0.109 16 Q 0.029 0.844 0.012 0.003 0.004 0.009 0.028 0.071 17 L 0.241 0.455 0.054 0.011 0.015 0.037 0.093 0.095 18 K 0.245 0.097 0.081 0.034 0.023 0.063 0.153 0.304 19 Q 0.258 0.018 0.013 0.005 0.007 0.050 0.023 0.625 20 W 0.095 0.006 0.017 0.006 0.009 0.114 0.016 0.737 21 F 0.007 0.003 0.015 0.008 0.018 0.136 0.019 0.795 22 G 0.031 0.005 0.010 0.006 0.011 0.101 0.012 0.824 23 D 0.164 0.021 0.017 0.033 0.025 0.142 0.069 0.529 24 P 0.048 0.023 0.017 0.011 0.018 0.150 0.036 0.697 25 N 0.095 0.048 0.020 0.021 0.043 0.124 0.065 0.584 26 K 0.074 0.036 0.017 0.021 0.028 0.110 0.046 0.667 27 S 0.080 0.055 0.029 0.049 0.061 0.112 0.138 0.476 28 E 0.073 0.043 0.024 0.048 0.063 0.120 0.075 0.554 29 Q 0.087 0.021 0.022 0.039 0.065 0.116 0.068 0.583 30 R 0.115 0.009 0.020 0.028 0.035 0.111 0.052 0.631 31 N 0.278 0.014 0.008 0.015 0.029 0.080 0.051 0.525 32 A 0.048 0.005 0.010 0.014 0.027 0.100 0.035 0.760 33 G 0.017 0.007 0.023 0.038 0.118 0.123 0.035 0.639 34 N 0.019 0.006 0.026 0.071 0.150 0.094 0.037 0.598 35 I 0.010 0.004 0.056 0.199 0.190 0.083 0.034 0.424 36 T 0.018 0.010 0.075 0.141 0.253 0.065 0.056 0.382 37 L 0.018 0.007 0.058 0.155 0.206 0.065 0.102 0.389 38 D 0.028 0.012 0.073 0.167 0.223 0.069 0.086 0.342 39 S 0.057 0.020 0.031 0.146 0.200 0.062 0.063 0.422 40 Y 0.027 0.010 0.033 0.139 0.186 0.079 0.029 0.497 41 T 0.016 0.005 0.035 0.178 0.259 0.071 0.055 0.380 42 W 0.039 0.003 0.026 0.117 0.127 0.095 0.061 0.531 43 V 0.342 0.003 0.015 0.032 0.040 0.073 0.054 0.441 44 K 0.278 0.002 0.005 0.011 0.014 0.058 0.020 0.613 45 D 0.024 0.002 0.009 0.010 0.052 0.108 0.017 0.777 46 G 0.003 0.001 0.040 0.035 0.158 0.135 0.027 0.602 47 A 0.005 0.001 0.083 0.308 0.422 0.039 0.030 0.112 48 V 0.003 0.001 0.072 0.253 0.330 0.024 0.045 0.271 49 I 0.001 0.001 0.136 0.330 0.430 0.014 0.012 0.077 50 N 0.001 0.001 0.135 0.301 0.502 0.007 0.013 0.041 51 A 0.003 0.001 0.098 0.438 0.322 0.016 0.011 0.112 52 Q 0.002 0.001 0.130 0.286 0.484 0.014 0.014 0.068 53 L 0.012 0.002 0.057 0.159 0.249 0.062 0.037 0.422 54 Y 0.243 0.014 0.049 0.145 0.088 0.070 0.167 0.225 55 K 0.065 0.038 0.008 0.017 0.028 0.082 0.019 0.743 56 N 0.033 0.138 0.016 0.012 0.045 0.097 0.034 0.625 57 S 0.027 0.293 0.035 0.084 0.150 0.073 0.066 0.272 58 T 0.017 0.182 0.040 0.116 0.163 0.052 0.221 0.208 59 V 0.028 0.369 0.047 0.125 0.119 0.033 0.160 0.118 60 A 0.046 0.179 0.068 0.086 0.146 0.039 0.288 0.149 61 R 0.014 0.096 0.078 0.125 0.139 0.048 0.317 0.183 62 S 0.095 0.254 0.067 0.049 0.098 0.065 0.112 0.259 63 I 0.168 0.096 0.044 0.068 0.082 0.082 0.151 0.308 64 S 0.048 0.060 0.024 0.030 0.054 0.096 0.086 0.603 65 N 0.064 0.048 0.022 0.022 0.045 0.111 0.111 0.578 66 F 0.053 0.044 0.025 0.037 0.035 0.157 0.092 0.558 67 S 0.053 0.058 0.037 0.027 0.038 0.127 0.054 0.606 68 F 0.071 0.048 0.017 0.011 0.016 0.094 0.029 0.715 69 S 0.225 0.102 0.037 0.021 0.025 0.080 0.117 0.392 70 R 0.178 0.072 0.016 0.016 0.026 0.087 0.046 0.559 71 E 0.037 0.027 0.026 0.021 0.050 0.104 0.074 0.660 72 A 0.016 0.072 0.045 0.061 0.103 0.116 0.048 0.537 73 K 0.019 0.059 0.044 0.050 0.096 0.124 0.027 0.581 74 I 0.012 0.034 0.077 0.075 0.047 0.100 0.070 0.585 75 G 0.191 0.496 0.020 0.014 0.013 0.026 0.132 0.108 76 K 0.306 0.417 0.011 0.006 0.007 0.029 0.061 0.162 77 E 0.024 0.206 0.020 0.014 0.015 0.079 0.042 0.599 78 D 0.073 0.546 0.006 0.006 0.009 0.035 0.068 0.257 79 Y 0.173 0.492 0.014 0.009 0.010 0.057 0.063 0.182 80 D 0.083 0.413 0.016 0.027 0.035 0.050 0.053 0.323 81 E 0.036 0.068 0.054 0.022 0.050 0.081 0.204 0.484 82 L 0.235 0.035 0.051 0.044 0.051 0.117 0.074 0.392 83 K 0.465 0.009 0.022 0.028 0.030 0.054 0.059 0.333 84 I 0.007 0.007 0.007 0.004 0.010 0.090 0.011 0.865 85 G 0.006 0.023 0.021 0.013 0.044 0.144 0.010 0.740 86 E 0.021 0.064 0.020 0.060 0.032 0.095 0.027 0.680 87 S 0.051 0.811 0.006 0.011 0.009 0.015 0.029 0.068 88 Y 0.073 0.794 0.007 0.005 0.008 0.013 0.032 0.068 89 K 0.017 0.707 0.018 0.027 0.020 0.026 0.073 0.112 90 K 0.016 0.861 0.015 0.010 0.011 0.008 0.026 0.053 91 V 0.126 0.622 0.028 0.022 0.042 0.024 0.071 0.066 92 V 0.176 0.094 0.105 0.101 0.077 0.046 0.218 0.184 93 E 0.314 0.020 0.013 0.029 0.030 0.055 0.033 0.506 94 K 0.139 0.003 0.011 0.011 0.017 0.087 0.014 0.719 95 L 0.006 0.001 0.006 0.008 0.021 0.138 0.009 0.811 96 G 0.016 0.003 0.005 0.007 0.015 0.088 0.009 0.858 97 E 0.139 0.029 0.007 0.032 0.024 0.119 0.037 0.614 98 P 0.066 0.037 0.023 0.022 0.030 0.134 0.057 0.632 99 D 0.084 0.067 0.031 0.030 0.054 0.116 0.090 0.528 100 V 0.054 0.057 0.045 0.044 0.063 0.113 0.099 0.525 101 L 0.058 0.089 0.047 0.052 0.082 0.099 0.082 0.490 102 S 0.099 0.067 0.029 0.073 0.111 0.081 0.149 0.391 103 Q 0.046 0.023 0.027 0.064 0.084 0.104 0.175 0.477 104 S 0.034 0.019 0.026 0.072 0.104 0.132 0.084 0.529 105 M 0.151 0.015 0.013 0.034 0.056 0.116 0.044 0.571 106 S 0.125 0.013 0.007 0.019 0.032 0.098 0.046 0.660 107 S 0.093 0.014 0.006 0.010 0.021 0.095 0.026 0.735 108 D 0.112 0.024 0.009 0.017 0.045 0.101 0.050 0.641 109 K 0.023 0.014 0.027 0.038 0.084 0.136 0.047 0.632 110 E 0.012 0.013 0.059 0.083 0.221 0.089 0.084 0.439 111 E 0.006 0.013 0.058 0.172 0.309 0.057 0.092 0.293 112 M 0.004 0.012 0.102 0.240 0.369 0.039 0.042 0.191 113 Q 0.002 0.002 0.081 0.289 0.484 0.015 0.051 0.075 114 T 0.003 0.003 0.083 0.318 0.340 0.020 0.157 0.078 115 V 0.004 0.005 0.115 0.296 0.388 0.031 0.053 0.107 116 W 0.064 0.006 0.061 0.172 0.264 0.056 0.034 0.343 117 S 0.229 0.013 0.022 0.102 0.085 0.061 0.099 0.388 118 S 0.020 0.005 0.018 0.030 0.086 0.126 0.025 0.690 119 G 0.035 0.003 0.013 0.030 0.078 0.118 0.034 0.689 120 I 0.047 0.002 0.013 0.144 0.074 0.105 0.043 0.571 121 K 0.024 0.001 0.011 0.028 0.050 0.100 0.037 0.749 122 T 0.045 0.002 0.012 0.045 0.060 0.084 0.054 0.698 123 K 0.068 0.001 0.016 0.022 0.038 0.092 0.040 0.723 124 S 0.104 0.002 0.016 0.018 0.028 0.078 0.055 0.699 125 S 0.057 0.003 0.039 0.050 0.158 0.138 0.044 0.511 126 S 0.004 0.001 0.056 0.041 0.134 0.091 0.040 0.634 127 A 0.002 0.001 0.183 0.197 0.444 0.044 0.022 0.108 128 T 0.001 0.001 0.103 0.178 0.410 0.023 0.045 0.238 129 I 0.001 0.001 0.146 0.448 0.314 0.014 0.010 0.067 130 E 0.001 0.001 0.237 0.301 0.404 0.007 0.012 0.039 131 L 0.001 0.001 0.112 0.448 0.359 0.008 0.024 0.048 132 Y 0.002 0.001 0.329 0.213 0.349 0.014 0.025 0.066 133 F 0.179 0.002 0.099 0.259 0.236 0.038 0.039 0.147 134 E 0.290 0.007 0.027 0.087 0.081 0.053 0.029 0.426 135 N 0.020 0.004 0.011 0.014 0.103 0.088 0.004 0.757 136 G 0.008 0.002 0.024 0.059 0.264 0.069 0.020 0.554 137 L 0.010 0.003 0.016 0.544 0.242 0.041 0.018 0.127 138 L 0.009 0.002 0.025 0.220 0.226 0.052 0.025 0.441 139 K 0.008 0.005 0.022 0.274 0.338 0.037 0.026 0.290 140 N 0.076 0.027 0.033 0.164 0.253 0.046 0.052 0.349 141 K 0.041 0.019 0.037 0.211 0.187 0.067 0.046 0.392 142 T 0.150 0.042 0.023 0.102 0.144 0.063 0.040 0.436 143 Q 0.278 0.037 0.018 0.048 0.065 0.074 0.064 0.416 144 K 0.022 0.009 0.013 0.033 0.062 0.117 0.022 0.722 145 D 0.062 0.015 0.011 0.032 0.062 0.093 0.072 0.653 146 L 0.051 0.017 0.011 0.048 0.049 0.118 0.058 0.648 147 E 0.055 0.020 0.021 0.046 0.090 0.096 0.056 0.617